一种结核分枝杆菌RNA/DNA同步定量分析方法与流程

文档序号:12018727阅读:来源:国知局
一种结核分枝杆菌RNA/DNA同步定量分析方法与流程

技术特征:
1.一种非诊断目的的结核分枝杆菌RNA/DNA同步定量分析方法,其特征在于具体步骤如下:(1)通过生物信息学分析,选择结核分支杆菌的16SrRNA的保守片段为靶目标,其基因片段的扩增目标核苷酸序列为:SEQIDNO.5;选择结核分支杆菌的23SrDNA基因的保守片段为靶目标,其基因片段的扩增目标核苷酸序列为:SEQIDNO.9;(2)应用primerexpress软件和primerpremier5.0软件,设计关于16SrRNA和23SrDNA的引物和探针序列,具体为:16SrRNA引物和探针序列:逆转录引物:SEQIDNO.1;上游引物:SEQIDNO.2;下游引物:SEQIDNO.3;Taqman探针序列:SEQIDNO.4;23SrDNA引物和探针序列:上游引物:SEQIDNO.6;下游引物:SEQIDNO.7;Taqman探针序列:SEQIDNO.8;(3)构建和制备质粒定量标准品利用DNA重组技术将包含目的扩增片段的基因SEQIDNO.5和SEQIDNO.9克隆到质粒载体pGEM-TEasyVector中,构建的重组质粒作为检测结核杆菌RNA/DNA同步定量分析的定量标准品;(4)分离样本中结核分枝杆菌,提取总核酸,使提取的样本中同时含有DNA与RNA成分;(5)分别以结核分枝杆菌复合群的16SrRNA和23SrDNA为靶目标,对16SrRNA,使用设计的一条逆转录引物SEQIDNO.1、一对PCR引物SEQIDNO.2和SEQIDNO.3以及一条Taqman探针SEQIDNO.4;对23SrDNA,使用设计的另一对PCR引物SEQIDNO.6和SEQIDNO.7以及另一条Taqman探针SEQIDNO.8,对提取的同一例样本同时进行RT-qPCR,其中,RT部分为单重的只针对16SrRNA的逆转录反应,qPCR部分为两重的针对16SrRNA和23SrDNA的实时定量PCR反应;通过比较16SrRNA和23SrDNA的Ct值以及5个绝对浓度已知的定量内参做出的标准曲线,求得待测标本中结核分枝杆菌DNA的绝对浓度,作为待测标本中结核分枝杆菌DNA定量检测结果;计算分别对应FAM和HEX检测通道的16SrRNA与23SrDNA的Ct值,算出(DNA+RNA)/DNA比值,作为判定标本中结核分枝杆菌生长活性的标准:当该比值大于200时,待测标本中结核分枝杆菌为活跃生长的活菌,当比值在2-200之间,为生长较慢的活菌,比值小于2时,为不生长的死菌。2.一种关于结核分支杆菌23SrDNAPCR反应的引物和探针序列,其特征在于具体为:上游引物:SEQIDNO.6;下游引物:SEQIDNO.7;Taqman探针序列:SEQIDNO.8。
当前第2页1 2 3 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1