一种与鸡优良生产性状相关的鸡fabp1基因分子遗传标记及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于分子生物技术领域，涉及一种肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记及 其在辅助筛选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中的应用。
【背景技术】
[0002] 目前对于分子遗传标记较为完整的描述，是指易于识别、遵循孟德尔遗传模式的、 具有个体特异性或分布规律具有种质特征的某一类表性特征或遗传物质，其范围包括：基 因或遗传物质产物的变异特征、作为基因或遗传物质载体的染色体的形态学变异、基因或 遗传物质本身的变异等。DNA分子遗传标记技术是一种新兴的分子标记技术，目前已经在分 子生物学特别是在分子遗传学上得到了广泛的应用。由于真核生物的遗传信息都储存在染 色体和细胞器基因组的DNA序列中，因此从理论上讲，DNA水平上的分子标记是所有遗传标 记中最为稳定最为可靠的。现代分子生物学技术的发展使得直接利用DNA序列中核苷酸的 变异作为遗传标记成为了可能。
[0003] 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP)是指在染色体基因组 水平上单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性，而其中最少一种等位基因在群体中的频 率不小于1%。它包括碱基的转换、颠换、插入及缺失等形式。由于SNP具有高密度性、富有 代表性、遗传稳定性及易实现分析的自动化等优点，因此作为一类遗传标记，SNP在遗传学 分析中得到了广泛的应用。
[0004] 脂肪酸结合蛋白（Fatty acid binding protein，FABP)广泛存在于脊椎动物和 费脊椎动物的细胞质中，属于脂质结合蛋白超家族成员。FABP蛋白是一族小分子细胞内蛋 白，对长链脂肪酸有很高的亲和力，能把脂肪酸从细胞膜转移到细胞内，在长链脂肪酸的代 谢中起重要作用。迄今为止已经发现了 9种类型的FABP蛋白，每种类型的FABP蛋白在不 同的组织和细胞中表达。
[0005] FABPl是肝型脂肪酸结合蛋白，属于FABP超家族中的一员，存在于肝细胞和小肠 粘膜细胞胞质吗，对软脂酸盐、油酸和硬脂酸盐等具有高度亲和力，参与脂肪酸的摄取和转 运。在肝脏，长链脂肪酸一般通过位于肝细胞膜上的FABP脂肪酸转运蛋白摄取入胞，随后 在FABPl的辅助下被转运到线粒体、过氧化物酶体、内质网等进行β-氧化，从而调控细胞 内的脂肪酸代谢，最终使体内脂肪酸代谢保持相对平衡。作为分子标记，FABPl表现出高遗 传的多态性。脂肪性状是评价鸡肉品质的重要指标，此类性状的发育会直接影响其商品性 能。因此，对于调控脂肪性状发育基因的SNPs的表征对于通过肉鸡的分子育种和辅助选择 提高其生产性能具有十分重要的作用。在申请人相关实验涉及鸡的群体中，FABPl单核苷酸 未突变的个体其产肉率以及肉质均优于纯合突变个体以及杂合突变个体，从数据上直观地 体现了 FABPl基因 SNPs对鸡生产性状的影响。这一发现若应用到优质家禽的育种等研宄 工作中，有望为培育出高产优质肉性状的优良品种提供帮助。经检索，目前FABPl基因 SNPs 作为遗传标记，特别是作为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记应用于筛选或预测具备优 良屠宰性状的肉食鸡品种还未见报道。
【发明内容】
[0006] 针对现有技术的不足，本发明要解决的问题是提供一种与鸡优良生产性状相关的 鸡FABPl基因分子遗传标记及其在辅助筛选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中的 应用。
[0007] 本发明所述的与鸡优良生产性状相关的鸡FABPl基因分子遗传标记是鸡FABPl基 因单核苷酸多态性序列上的多态性位点，其特征在于：所述鸡FABPl基因单核苷酸多态性 序列的多态性位点是在FABPl基因序列第二外显子的第83位为C或T的碱基多态性位点， 表现为CC、CT或TT三种基因型，其中TT型为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记。
[0008] 本发明所述与鸡优良生产性状相关的鸡FABPl基因分子遗传标记在辅助筛选或 预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中的应用。
[0009] 上述应用的具体方法是：以待检测鸡FABPl基因组DNA为模板，以引物对FABPl E2F/E2R进行PCR扩增，扩增完成后进行琼脂糖凝胶电泳，然后使用特定的限制性核酸内切 酶对扩增出的目的片段进行酶切；之后对酶切产物再一次进行琼脂糖凝胶电泳，来检测酶 切产物的片段大小，分析确定鸡FABPl基因的碱基多态性位点，当FABPl基因序列第二外显 子的第83位为C或T，且基因型为TT型时，即可判定待检测鸡品种为具有优良屠宰性状的 品种鸡；
[0010] 其中：
[0011] 所述引物对FABPl E2F/E2R的核苷酸序列为：
[0012] FABPl E2F ： CTTGAGAGGCTCTTCCACAATAG ；
[0013] FABPl E2R ：GTTGGACTGGATAGCCTTTAAGTTC ；
[0014] 所述PCR扩增的反应程序为：95°C预变性4-5min ;94°C变性30-35s，55-61°C退火 30-35s，72°C延伸lmin，28-35个循环，最后72°C延伸lOmin，并置于4°C保存；
[0015] 所述特定的限制性核酸内切酶为：ASP MDI、Bsp AI、MboI、CacI及HacI，其酶切作 用位点为扩增出目的基因中的以下序列：5' 一1GATC…3'或3' 一CTAGt-S^
[0016] 上述方法优选的实施方式是：对于FABPl E2F/E2R引物对来说，PCR扩增程序为： 95°C预变性4min ;94°C变性30s，57°C退火30s，72°C延伸lmin，35个循环，最后72°C延伸 lOmin，并置于4°C保存。所述特定的限制性核酸内切酶为：MboI。
[0017] 本发明利用限制性核酸内酶切的方法快速筛查鸡FABPl基因第二外显子位点上 的产生的单核苷酸多态性进行检测，通过对鸡品种的SNP进行基因分型和基因频率分析， 同时对酶切多态位点与鸡生长性状之间进行关联分析，寻找与鸡生长性状相关的SNPs作 为分子标记，并以该功能SNPs作为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记，在辅助筛选或预 测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中广泛应用，加快了良种鸡的选育速度和提高种群品 质。
[0018] 本发明通过以SNP位点为酶切位点，选择合适的特异性核酸内切酶，然后根据SNP 突变后酶切出的DNA片段大小不同来确定鸡FABPl基因单核苷酸多态性特征。
[0019] 根据鸡FABPl基因单核苷酸多态性特征，本发明确定鸡FABPl基因单核苷酸多态 性序列的多态性位点是在FABPl基因序列第二外显子的第83位为C或T的碱基多态性位 点，表现为CC、CT或TT三种基因型，其中TT型为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记标 的。实验发现：CC、CT或TT三种基因型的鸡在产肉率以及肉质优化等方面都有很大差别，TT 型鸡屠宰性状（产肉率以及肉质）明显优于CC、CT两种类型，所以该基因型的雏鸡可以作 为具备优良屠宰性状的种鸡来培育，这也肯定了基因型为TT的鸡可以作为种鸡来培育具 有优良屠宰性状的品种鸡的可实施性。本发明应用方法简单、快速、低成本、便于推广应用， 可广泛应用于鸡的辅助选择和分子育种中，将为培育出高产优质肉性状的优良品种提供支 持。
【附图说明】
[0020] 图1为本发明所述肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记的实际应用流程示意图。
[0021] 图2为本发明扩增的鸡的FABPl编码基因结构示意图与第二外显子序列。
[0022] 其中，第二外显子的83位核苷酸用下划线及黑体放大字母示意。在野生基因中， 第83位核苷酸为T，突变基因中为C。
[0023] 图3为本发明所述不同基因型FABPl基因酶切位点及酶切后所得片段大小的示意 图。
[0024] 图4为本发明中部分样品PCR产物经特异性酶切筛查到的鸡FABPl基因序列琼脂 糖凝胶电泳结果图。其中，TT为未突变型，CT为杂合突变型，CC为纯合突变型。
【具体实施方式】
[0025] 本发明首先根据鸡FABPl基因的保守序列设计引物，以不同品种鸡基因组DNA为 模板，进行PCR扩增，测序。然后，进行特异性酶切，并将酶切结果的琼脂糖凝胶电泳图和序 列比对筛查出不同品种鸡FABPl基因 SNP位点。然后，根据在群体中检测到的基因型，进行 群体遗传统计分析和生长性状的关联分析，筛选出与鸡生长性状密切相关的分子标记。最 后，利用获得的分子遗传标记在辅助筛选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中应用， 将筛选到的拥有与鸡优异屠宰性状相关分子标记的鸡作为种鸡进行培养，以期繁殖更多的 优质鸡。下面对本发明做详细说明，所述内容是对本发明的解释而不是限定。
[0026] 实施例1 :不同品种鸡FABPl基因部分DNA序列的克隆
[0027] 1、鸡血的采集及处理：随机抽取无病健康鸡，包括670只鲁禽3号鸡以及60只琅 琊鸡，由翅下静脉采血，EDTA做抗凝处理。
[0028] 2、基因组DNA的提取：利用Tiangen血液DNA提取试剂盒提取DNA。使用200 μ L 新鲜、冷冻或加入各种抗凝剂的血液，加入20 μ L蛋白酶K溶液，混匀；然后加入200 μ L缓 冲液GB，混匀后70°C放置10分钟；加入200 μ