一种肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于分子生物技术领域，涉及一种肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记及 其在辅助筛选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中的应用。
【背景技术】
[0002] DNA标记，又称DNA多态性标记、DNA分子标记，是DNA水平上遗传多态性的直 接反映，也是遗传标记的重要组成部分。DNA分子标记与形态标记、细胞学标记和蛋白 质标记相比具有很多优点：不受环境条件的影响，不受发育阶段的限制，也不受个体和生 物组织器官的限制；同时基因组DNA变异非常丰富，可供选择的分子标记数量大大超过 形态标记、细胞学标记和蛋白质标记的数量。单核苷酸多态性标记（singlenucleotide polymorphism,SNP)是DNA遗传标记中的一种类型，是同一物种不同个体基因组DNA的等 位序列上单个核苷酸存在差别的现象，属于最为常见的一种遗传变异。SNPs在生物基因组 中的分布是不均匀的，主要表现为在非编码区多于编码区，同义突变的概率低于其他方式 突变的概率。SNPs在生物学诸多领域的研宄中具有特殊的应用价值，如基因组结构与功能 的阐明、遗传改良操作、生物遗传多样性分析、基因连锁图谱构建和关联分析等。随着相关 检测技术的不断创新及完善，SNP作为一类新型的分子标记方法将拥有更广阔的发展空间。 目前SNPs的检测和筛选方法大致可以分为两类：一类是直接查找法，即运用现代生物信息 学手段，从已有的核苷酸数据库中寻找SNPs;另一种是实验法，又可分为四种类型，即直接 测序法、DNA分子构象法、基因芯片技术以及限制性酶切法。其中使用限制性酶切检测SNPs 具备了简便、快速、灵敏和经济的特点，非常适用于大批量样品的分析。其核心在于正确选 择所使用合适的内切酶，使得基因中的单碱基改变通过琼脂糖凝胶电泳中的片段差异体现 出来，就可以初步获悉基因的单核苷酸多态性特征。
[0003] 在多种生物中，plin基因编码的脂滴包被蛋白（perilipin，PLIN)属于脂滴包被 蛋白PAT家族中最具代表性的一员，是一种受激素调控的包被在脂滴表面含量最为丰富的 可磷酸化蛋白。它参与了调节脂肪细胞内脂质代谢的过程，对于脂滴内甘油三酯的储存和 动员具有关键性的调节作用。在基础状态下，PLIN蛋白可以保护脂滴内的脂质免于脂肪 组织三酰甘油水解酶（adiposetriglyceridelipase，ATGL)和激素敏感脂酶（hormoral sensentivelipase，HSL)的降解；在儿茶酷胺等激素的刺激下PLIN蛋白发生磷酸化，从而 使脂滴暴露于ATGL和HSL下，加快脂解；同时，PLIN蛋白还介导了HSL向脂滴内的转运过 程，并与脂滴核心的酯类结合，从而增加了脂解程度。目前，对PLIN蛋白的研宄证明该蛋 白对多种生物的脂质代谢和脂肪性状形成有重要的调控作用。敲除了plin基因的小鼠脂 肪组织明显减少，肌肉组织增加，并且高脂饮食导致的肥胖被明显抑制；plin被视为人类 动脉粥样硬化噬斑稳定性的分子标志，其mRNA在严重肥胖者的皮下脂肪组织明显低于非 肥胖组织；plin基因的突变在糖尿病发生过程中与男人体质量的降低有关，可能增加女人 糖尿病的患病风险；人类plin基因的SNPs位点对白人的肥胖和动脉粥样硬化风险有重要 的遗传决定性；同时，plin的SNPs对于牛和鸡等生物的脂肪沉积和脂肪形状形成具有重要 影响，可以作为影响肉质的候选基因用于肉牛和肉鸡的评价与育种研宄。
[0004] 脂肪性状是评价鸡肉品质的重要指标，此类性状的发育会直接影响其商品性能。 因此，调控脂肪性状发育基因的SNPs的表征对于通过肉鸡的分子育种和辅助选择提高其 生产性能具有十分重要的作用。但经检索，目前plinl基因SNPs作为遗传标记，特别是作 为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记应用于筛选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品 种还未见报道。
【发明内容】
[0005] 针对现有技术的不足，本发明要解决的问题是提供一种肉食鸡的优良屠宰性状分 子遗传标记及其在辅助筛选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中的应用。
[0006] 本发明所述的肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记是鸡Plinl基因单核苷酸多 态性序列上的多态性位点，其特征在于：所述鸡plinl基因单核苷酸多态性序列的多态性 位点是在plinl基因序列第八外显子的第49位为A或T的碱基多态性位点，表现为AA、AT 或TT三种基因型，其中TT型为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记。
[0007] 本发明所述肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记在辅助筛选或预测具备优良屠 宰性状的肉食鸡品种中的应用。
[0008] 上述应用的具体方法是：以待检测鸡plinl基因组DNA为模板，以引物对 plinlE8F/E8R进行PCR扩增，扩增完成后进行琼脂糖凝胶电泳，然后使用特定的限制性核 酸内切酶对扩增出的目的片段进行酶切；之后对酶切产物再一次进行琼脂糖凝胶电泳，来 检测酶切产物的片段大小，分析确定鸡plinl基因的碱基多态性位点，当plinl基因序列第 八外显子的第49位为A或T，且基因型为TT型时，即可判定待检测鸡品种为具有优良屠宰 性状的品种鸡；
[0009]其中：
[0010] 所述引物对plinlE8F/E8R的核苷酸序列为：
[0011] plinlE8F：CATAAAGGCGAGGCAAAGGTTC；
[0012] plinlE8R：CACGGATGGACAGATGGACAA；
[0013] 所述PCR扩增的反应程序为：95°C预变性4-5min;94°C变性30-35s，55-61°C退火 30-35s，72°C延伸lmin，28-35个循环，最后72°C延伸lOmin，并置于4°C保存；
[0014] 所述特定的限制性核酸内切酶为：NspI、BstNSI、NspHI、PauAI或PunAII，其酶切 作用位点为扩增出目的基因中的以下序列：5'…RCATG1Y…3'或3'?YtGTACR…5'。
[0015] 上述方法优选的实施方式是：对于plinlE8F/E8R引物对来说，PCR扩增程序为： 95°C预变性4min;94°C变性30s，55°C退火30s，72°C延伸lmin，35个循环，最后72°C延伸 lOmin，并置于4°C保存。所述特定的限制性核酸内切酶为：NspI、BstNSI或NspHI。
[0016] 本发明利用限制性核酸内酶切的方法快速筛查鸡plinl基因第八外显子位点上 的错义突变产生的单核苷酸多态性进行检测，通过对鸡品种的SNP进行基因分型和基因频 率分析，同时对酶切多态位点与鸡生长性状之间进行关联分析，寻找与鸡生长性状相关的 SNPs作为分子标记，并以该功能SNPs作为肉食鸡的优良屠宰性状分子遗传标记，在辅助筛 选或预测具备优良屠宰性状的肉食鸡品种中广泛应用，加快了良种鸡的选育速度和提高种 群品质。
[0017]本发明通过以SNP位点为酶切位点，选择合适的特异性核酸内切酶，然后根据SNP突变后酶切出的DNA片段大小不同来确定鸡plinl基因单核苷酸多态性特征。
[0018]根据鸡plinl基因单核苷酸多态性特征，本发明确定鸡plinl基因单核苷酸多态 性序列的多态性位