专利名称：一种突变的木糖异构酶及其基因的制作方法
技术领域：
本发明属于酶的基因工程和酶生化工程领域。具体地说，本发明涉及一种突变的木糖异构酶，这种突变的木糖异构酶能将D-木糖异构化为D-木酮糖，而不能催化D-葡萄糖生成D-果糖。本发明还涉及编码该突变木糖异构酶的基因。
背景技术：
木糖异构酶(Xylose Isomerase，XI)(EC 5.3.1.5)又称葡萄糖异构酶，可以催化D-木糖到D-木酮糖及D-葡萄糖到D-果糖的异构化反应，在微生物体内的糖代谢过程中起着重要的作用，是工业上生产高果糖浆的关键酶。
根据序列同源性，木糖异构酶可以分为两大类，第一类约由390个氨基酸残基组成，第二类约由440个氨基酸残基组成。木糖异构酶需要Mg2+、Mn2+或Co2+作为辅因子；其活性中心主要包括与两个金属离子配位的残基和底物结合残基。
自然界微生物体内对于木糖的利用主要有两条途径，一个是通过木糖还原酶和木糖醇脱氢酶的两步作用将木糖转化为木酮糖；另外一条途径是通过木糖异构酶直接将木糖转化为木酮糖；近年来，随着环境污染与能源危机的日益加剧，构建能够发酵木糖生产乙醇的重组酿酒酵母成为研究热点。木糖异构酶途径因不需要辅酶，成为构建木糖发酵菌种的首选便利途径。最近，国内在发酵木糖生产乙醇重组酵母构建方面也取得了可喜的进展，通过在酿酒酵母工业菌株中表达Thermus thermophilus木糖异构酶，建立了木糖代谢途径(WANG Y.，SHI W.L.，LIU X.Y.，et al.Biotechnology Letters，2004，26(11)885-890)，但由于木糖异构酶活性较低使得重组菌对木糖的利用并不理想。
美国专利(US6475768)报道通过对Thermus thermophilus的木糖异构酶F163，E372，V379位置上的氨基酸进行突变，提高了该酶在低温下的活性。虽然有大量文献报道，通过定向进化或定点突变方法提高了来源于Thermoanaerobacteriumthermosulfurigenes、Thermotoga neapolitana、Thermotoga neapolitana等菌种中木糖异构酶对底物D-葡萄糖的催化活性，但对于提高木糖异构酶对底物D-木糖特异性的研究较少。
发明内容
本发明的目的是提供一种突变的木糖异构酶，该突变的木糖异构酶来自Thermusthermophilus，在没有改变原始酶热稳定性的基础上，提高对底物D-木糖的专一性，不能催化D-葡萄糖生成D-果糖的反应。
本发明另一个目的是提供编码上述突变木糖异构酶的基因(核苷酸序列)，该基因可用于构建利用木糖的重组菌。
本发明的目的可以通过下列措施来达到一种突变的木糖异构酶，其氨基酸序列为SEQ ID NO.2所示。该序列表示原木糖异构酶氨基酸序列(即野生型Thermus thermophilus xylA基因所表达的氨基酸序列)的91位的残基被天冬氨酸残基取代。
编码权利要求1所述的木糖异构酶的核苷酸序列(即对应于野生型木糖异构酶氨基酸序列91位的密码子发生突变为表达天冬氨酸的密码子)，如SEQ ID NO.1所述。
含有上述核苷酸序列的表达载体。如质粒、噬菌体等。
用上述表达载体转化的细菌或酵母菌。所述的细菌常用的为大肠杆菌。
本发明所提供的突变木糖异构酶可以用于含有木糖的混合液(如木糖、葡萄糖等混合液)中专一地检测木糖的含量。
进一步将详细解释本发明(1)突变XI和突变xylA基因已知91位的天冬酰胺残基位于木糖异构酶活性中心附近。用天冬氨酸取代对应于91位的天冬酰胺残基，导致具有高热稳定性的以D-木糖为最适底物的突变蛋白的表达。
可以通过常规技术将Thermus thermophilus HB8木糖异构酶基因中编码Asn91的密码子突变为编码Asp的密码子，而获得突变的xylA基因。
在本发明中“对应于91位的氨基酸残基”表示对应于SEQ ID NO.2的氨基酸序列中的91位氨基酸残基。氨基酸残基的位置可以改变。例如，如果在N端插入氨基酸残基，本来位于91位的氨基酸残基成为92位。在这种情况下，对应于原来的91位的氨基酸残基被指定为本发明的91位的氨基酸残基。
本发明的有益效果本发明提供了一种突变型的木糖异构酶及基因序列，该突变的木糖异构酶在没有改变原始酶热稳定性的基础上，提高了其对底物D-木糖的特异性，使其不能将D-葡萄糖异构化为D-果糖。本发明所提供的基因序列可用于构建利用木糖的重组菌。本发明所提供的突变木糖异构酶也可以用于木糖、葡萄糖等混合液中专一地检测木糖的含量。
图1是表达重组质粒构建图。
图2是表达产物的SDS-PAGE分析。
具体实施例方式
以下通过实施例对本发明作进一步的阐述，但不限制本发明。
实施例1Thermus thermophilus xylA基因的克隆及Asn91位点的突变Thermus thermophilus HB8购自美国菌种保藏中心(ATCC)ATCC27634。
培养基制备酵母粉4g/L，蛋白胨8g/L，NaCl 2.0g/L，将pH调至7.0，高压蒸气灭菌121℃，15min。
将Thermus thermophilus HB8接种于上述培养基中，置75℃摇床，200rpm，培养12-16小时。8000rpm，4℃，离心15min，收集菌体。
运用基因组提取试剂盒(上海华舜生物工程有限公司)，提取Thermus Thermophilus基因组。以该基因组为模板，使用如下PCR引物(上海博亚公司合成)正向引物5’-GGAATTCCATATGTACGAGCCCAAACCGGAGCACAGG-3’(SEQ IDNO.3)反向引物5’-AAGGAAAAAAGCGGCCGCTCACCCCCGCACCCCCAG-3’(SEQ IDNO.4)PCR扩增木糖异构酶基因xylA。PCR循环参数为95℃，2min；94℃，30s；70℃，50s；68℃，1.5min，共进行35个循环。
用DNA回收试剂盒(Takara公司)对扩增出的基因进行回收纯化。将纯化的基因与T-Vector进行常规的连接反应，将连接液转化DH5α菌株进行质粒的扩增。运用质粒提取试剂盒(上海博亚公司)，提取质粒。运用上述的PCR引物进行扩增鉴定确定插入xylA基因，得到阳性重组T-vector-xylA质粒。
根据多点突变试剂盒(QuikChangeMulti Site-Directed Mutagenesis Kit，购自STRATAGENE公司)的要求，设计如下引物，5’-ATGGTCACCGCCGACCTCTTCTCCGAC-3’(SEQ ID NO.7)，以T-vector-xylA质粒为模板进行PCR，将Asn91突变为Asp91。用限制性内切酶Dpn I消化原始质粒模板，将PCR产物转化高效率的感受态细胞，培养后提取质粒进行测序，即可得到含有突变基因(SEQ ID NO.1)的质粒。
实施例2表达重组质粒的构建、筛选与鉴定用正向引物5′-CCATATGTACGAACCAAAACCGGAACATCGCTTTACCTTT-3′(SEQ ID NO.5)反向引物5′-AAGGAAAAAAGCGGCCGCTCAACCACGCACACCCAGGAG-3′(SEQ ID NO.6)从实施例1中含突变基因的质粒上PCR扩增突变基因xylA，用限制性内切酶NdeI和NotI双酶切突变基因xylA和载体pET-22b(+)，回收后将上述双酶切过的突变基因xylA及pET-22b(+)载体连接，运用常规基因工程技术将连接液转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞，提取质粒。运用上述引物进行扩增鉴定突变基因xylA确定连接到表达载体pET-22b(+)上。
实施例3Thermus thermophilus木糖异构酶在大肠杆菌Rosetta中的表达将含有突变基因xylA的pET-22b(+)-xylA重组质粒转化到经过商业化的表达宿主大肠杆菌Rosetta(DE3)中，挑取单菌落到含75μg/mL氨苄青霉素和34μg/ml氯霉素的LB培养液，37℃振荡培养过夜，然后按2％(v/v)接种量接种到含有75μg/mL氨苄青霉素和34μg/mL氯霉素的LB培养液中，37℃培养至OD600约为0.6时，加入IPTG至终浓度0.9mM，诱导表达7h，取一定体积菌液8000rpm，4℃，离心15min收集菌体。
实施例4木糖异构酶活性测定方法1.粗酶液制备取10mL诱导后培养液8000rpm，4℃，离心15min收集菌体，用无菌水洗涤两次后，菌体重悬于0.5mL pH7.5 50mM Tris-HCl缓冲液中，冰浴中超声破碎细胞，12,000rpm，4℃离心10min取上清即为粗酶液。将粗酶液置于80℃水浴，加热40min，12,000rpm，4℃离心10min可去除绝大部分蛋白。取上清后，再通过常规蛋白纯化方法进行纯化。(纯化产品经鉴定其序列符合SEQ ID NO.2)。
2.酶活力测定木糖异构酶活力测定采用两步法，第一步取纯化的突变木糖异构酶50μL，0.1M D-木糖50μL，10mM MgCl250μL，85℃，反应15min，冰浴终止反应；第二步取10μL上述反应液，加入1uL(0.08U/μL)山梨醇脱氢酶，3μL 25mM NADH，186μL pH7.550mM Tris-HCl缓冲液，加入96孔微培养板。使用酶标仪在25℃下检测OD340的光吸收变化。酶活力单位(U)定义为每分钟催化产生1μmol木酮糖所需的酶量。通过ΔA340/min的变化根据标准曲线方程y＝2805.81357X(其中YmΔA340/min；X木酮糖的浓度，单位mol/L)确定木糖异构酶的活力。结果显示，在上述反应条件下木糖异构酶比活约为160U/mg。
<110>南京工业大学<120>一种突变的木糖异构酶及其基因<160>7<210>1<211>1164<212>DNA<213>artificial<220>
<223>突变的木糖异构酶核苷酸序列<400>
gtg tac gag ccc aaa ccg gag cac agg ttt acc ttt ggc ctt tgg 45Met Tyr Glu Pro Lys Pro Glu His Arg Phe Thr Phe Gly Leu Trp1 5 10 15act gtg ggc aat gtg ggc cgt gat ccc ttc ggg gac gcg gtt cgg 90Thr Val Gly Asn Val Gly Arg Asp Pro Phe Gly Asp Ala Val Arg20 25 30gag agg ctg gac ccg gtt tac gtg gtt cat aag ctg gcg gag ctt 135Glu Arg Leu Asp Pro Val Tyr Val Val His Lys Leu Ala Glu Leu35 40 45ggg gcc tac ggg gta aac ctt cac gac gag gac ctg atc ccg cgg 180Gly Ala Tyr Gly Val Asn Leu His Asp Glu Asp Leu Ile Pro Arg50 55 60ggc acg cct cct cag gag cgg gac cag atc gtg agg cgc ttc aag 225Gly Thr Pro Pro Gln Glu Arg Asp Gln Ile Val Arg Arg Phe Lys65 70 75aag gct ctc gat gaa acc ggc ctc aag gtc ccc atg gtc acc gcc 270Lys Ala Leu Asp Glu Thr Gly Leu Lys Val Pro Met Val Thr Ala80 85 90gac ctc ttc tcc gac cct gct ttc aag gac ggg gcc ttc acg agc 315Asp Leu Phe Ser Asp Pro Ala Phe Lys Asp Gly Ala Phe Thr Ser95 100 105ccg gac cct tgg gtt cgg gcc tat gcc ttg cgg aag agc ctg gag 360Pro Asp Pro Trp Val Arg Ala Tyr Ala Leu Arg Lys Ser Leu Glu110 115 120acc atg gac ctg ggg gca gag ctt ggg gcc gag atc tac gtg gtc 405Thr Met Asp Leu Gly Ala Glu Leu Gly Ala Glu Ile Tyr Val Val
125 130 135tgg ccg ggc cgg gag gga gct gag gtg gag gcc acg ggc aag gcc 450Trp Pro Gly Arg Glu Gly Ala Glu Val Glu Ala Thr Gly Lys Ala140 145 150cgg aag gtc tgg gac tgg gtg cgg gag gcg ctg aac ttc atg gcc 495Arg Lys Val Trp Asp Trp Val Arg Glu Ala Leu Asn Phe Met Ala155 160 165gcc tac gcc gag gac cag gga tac ggg tac cgg ttt gcc ctc gag 540Ala Tyr Ala Glu Asp Gln Gly Tyr Gly Tyr Arg Phe Ala Leu Glu170 175 180ccc aag cct aac gag ccc cgg ggg gac att tac ttc gcc acc gtg 585Pro Lys Pro Asn Glu Pro Arg Gly Asp Ile Tyr Phe Ala Thr Val185 190 195ggg agc atg ctc gcc ttt att cat acc ctg gac cgg ccc gag cgc 630Gly Ser Met Leu Ala Phe Ile His Thr Leu Asp Arg Pro Glu Arg200 205 210ttc ggc ctg aac ccc gag ttc gcc cac gag acc atg gcc ggg ctt 675Phe Gly Leu Asn Pro Glu Phe Ala His Glu Thr Met Ala Gly Leu215 220 225aac ttt gtc cac gcc gtg gcc cag gct ctc gac gcc ggg aag ctt 720Asn Phe Val His Ala Val Ala Gln Ala Leu Asp Ala Gly Lys Leu230 235 240ttc cac att gac ctc aac gac caa cgg atg agc cgg ttt gac cag 765Phe His Ile Asp Leu Asn Asp Gln Arg Met Ser Arg Phe Asp Gln245 250 255gac ctc cgc ttc ggc tcg gag aac ctc aag gcg gcc ttt ttc ctg 810Asp Leu Arg Phe Gly Ser Glu Asn Leu Lys Ala Ala Phe Phe Leu260 265 270gtg gac ctc ctg gaa agc tcc ggc tac cag ggc ccc cgc cac ttt 855Val Asp Leu Leu Glu Ser Ser Gly Tyr Gln Gly Pro Arg His Phe275 280 285gac gcc cac gcc ctg cgt acc gag gac gaa gaa ggg gtt tgg gcc 900Asp Ala His Ala Leu Arg Thr Glu Asp Glu Glu Gly Val Trp Ala290 295 300ttc gcc cga ggc tgc atg cgt acc tac ctg atc tta aag gaa agg 945Phe Ala Arg Gly Cys Met Arg Thr Tyr Leu Ile Leu Lys Glu Arg305 310 315gct gaa gcc ttc cgc gag gat ccc gag gtc aag gag ctt ctt gcc 990
Ala Glu Ala Phe Arg Glu Asp Pro Glu Val Lys Glu Leu Leu Ala320 325 330gct tac tat caa gaa gat cct gcg gcc ttg gcc ctt ttg ggc ccc 1035Ala Tyr Tyr Gln Glu Asp Pro Ala Ala Leu Ala Leu Leu Gly Pro335 340 345tac tcc cgc gag aag gcc gaa gcc ctc aag cgg gcg gag ctt ccc 1080Tyr Ser Arg Glu Lys Ala Glu Ala Leu Lys Arg Ala Glu Leu Pro350 355 360ctc gag gcc aag cgg cgc cgg ggt tat gcc ctg gaa cgc ctg gac 1125Leu Glu Ala Lys Arg Arg Arg Gly Tyr Ala Leu Glu Arg Leu Asp365 370 375cag ctg gcg gtg gag tac ctc ctg ggg gtg cgg ggg tga 1164Gln Leu Ala Val Glu Tyr Leu Leu Gly Val Arg Gly380 385<210>2<211>387<212>PRT<213>artificial<220>
<223>突变的木糖异构酶氨基酸序列<400>
Met Tyr Glu Pro Lys Pro Glu His Arg Phe Thr Phe Gly Leu Trp1 5 10 15Thr Val Gly Asn Val Gly Arg Asp Pro Phe Gly Asp Ala Val Arg20 25 30Glu Arg Leu Asp Pro Val Tyr Val Val His Lys Leu Ala Glu Leu35 40 45Gly Ala Tyr Gly Val Asn Leu His Asp Glu Asp Leu Ile Pro Arg50 55 60Gly Thr Pro Pro Gln Glu Arg Asp Gln Ile Val Arg Arg Phe Lys65 70 75Lys Ala Leu Asp Glu Thr Gly Leu Lys Val Pro Met Val Thr Ala80 85 90Asp Leu Phe Ser Asp Pro Ala Phe Lys Asp Gly Ala Phe Thr Ser95 100 105Pro Asp Pro Trp Val Arg Ala Tyr Ala Leu Arg Lys Ser Leu Glu110 115 120Thr Met Asp Leu Gly Ala Glu Leu Gly Ala Glu Ile Tyr Val Val125 130 135Trp Pro Gly Arg Glu Gly Ala Glu Val Glu Ala Thr Gly Lys Ala140 145 150
Arg Lys Val Trp Asp Trp Val Arg Glu Ala Leu Asn Phe Met Ala155 160 165Ala Tyr Ala Glu Asp Gln Gly Tyr Gly Tyr Arg Phe Ala Leu Glu170 175 180Pro Lys Pro Asn Glu Pro Arg Gly Asp Ile Tyr Phe Ala Thr Val185 190 195Gly Ser Met Leu Ala Phe Ile His Thr Leu Asp Arg Pro Glu Arg200 205 210Phe Gly Leu Asn Pro Glu Phe Ala His Glu Thr Met Ala Gly Leu215 220 225Asn Phe Val His Ala Val Ala Gln Ala Leu Asp Ala Gly Lys Leu230 235 240Phe His Ile Asp Leu Asn Asp Gln Arg Met Ser Arg Phe Asp Gln245 250 255Asp Leu Arg Phe Gly Ser Glu Asn Leu Lys Ala Ala Phe Phe Leu260 265 270Val Asp Leu Leu Glu Ser Ser Gly Tyr Gln Gly Pro Arg His Phe275 280 285Asp Ala His Ala Leu Arg Thr Glu Asp Glu Glu Gly Val Trp Ala290 295 300Phe Ala Arg Gly Cys Met Arg Thr Tyr Leu Ile Leu Lys Glu Arg305 310 315Ala Glu Ala Phe Arg Glu Asp Pro Glu Val Lys Glu Leu Leu Ala320 325 330Ala Tyr Tyr Gln Glu Asp Pro Ala Ala Leu Ala Leu Leu Gly Pro335 340 345Tyr Ser Arg Glu Lys Ala Glu Ala Leu Lys Arg Ala Glu Leu Pro350 355 360Leu Glu Ala Lys Arg Arg Arg Gly Tyr Ala Leu Glu Arg Leu Asp365 370 375Gln Leu Ala Val Glu Tyr Leu Leu Gly Val Arg Gly380 385<210>3<211>37<212>DNA<213>artificial<220>
<223>上游引物<400>
ggaattccat atgtacgagc ccaaaccgga gcacagg 37<210>4<211>36
<212>DNA<213>artificial<220>
<223>下游引物<400>
aaggaaaaaa gcggccgctc acccccgcac ccccag 36<210>5<211>40<212>DNA<213>artificial<220>
<223>上游引物<400>
ccatatgtac gaaccaaaac cggaacatcg ctttaccttt 40<210>6<211>39<212>DNA<213>artificial<220>
<223>下游引物<400>
aaggaaaaaa gcggccgctc aaccacgcac acccaggag 39<210>7<211>27<212>DNA<213>artificial<220>
<223>人工引物<400>
atggtcaccg ccgacctctt ctccgac 2权利要求
1.一种突变的木糖异构酶，其氨基酸序列为SEQ ID NO.2所示。
2.编码权利要求1所述的木糖异构酶的核苷酸序列。
3.根据权利要求2所述的核苷酸序列，如SEQ ID NO.1所述。
4.含有权利要求2所述核苷酸序列的表达载体。
5.用权利要求4所述表达载体转化的细菌或酵母菌。
6.权利要求1所述的木糖异构酶在检测含有木糖的混合液中木糖含量的应用。
全文摘要
本发明公开了一种突变的木糖异构酶及其基因。该突变的木糖异构酶来自嗜热栖热菌(Thermus thermophilus)，其氨基酸序列为SEQ ID NO.2所示。该突变的木糖异构酶在没有改变原有热稳定性的基础上，提高了对底物D－木糖的特异性。该突变的木糖异构酶可以用于木糖、葡萄糖等混合液中专一地检测木糖的含量，本发明所提供的突变木糖异构酶的基因可用于构建利用木糖的重组菌。
文档编号C12N1/19GK1884508SQ20061008576
公开日2006年12月27日 申请日期2006年6月29日 优先权日2006年6月29日
发明者严明, 许伟, 丁莉, 许琳, 欧阳平凯 申请人:南京工业大学