专利名称：一种kitlg基因检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明屈于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种KITLG基因检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
KITLG (the KIT ligand gene)是位于 12p22 的 KIT 配体基因。KITLG 突变是一个获得功能性突变，能增加色素细胞黑色素的数量，即KITLG基因突变引起家族性进行性色
素过度沉着症。目前，对KITLG基因多态性进行检测、分析的报道不多，其研究的方法主要是直接测序法和PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。此外，以上方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。本发明目标检测的KITLG基因突变位点，如表所示
权利要求
1.一种KITLG基因多态性检测液相芯片，其特征是，包括有(A).针对每种多态性位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物每种ASPE引物由 5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列选自针对 C74T 的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20、针对 A123G 的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ IDN0. 22、针对 A181G 的 SEQ ID NO. 23 及 SEQ ID NO. 24、针对 A89G 的 SEQ ID NO. 25 及 SEQ IDN0. 26、针对 G96A 的 SEQ ID NO. 27 及 SEQ ID NO. 28、针对 A106G 的 SEQ ID NO. 29 及 SEQ IDN0. 30、针对 T161G 的 SEQ ID NO. 31 及 SEQ ID NO. 32、针对 A151G 的 SEQ ID NO. 33 及 SEQ IDN0. ；34、针对G122T的SEQ ID NO. 35及SEQ ID NO. 36中的一对以上；所述tag序列选自 SEQ IDN0. 1 SEQ ID NO. 18 ；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 37 SEQ ID NO. M中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).用于扩增出需要检测的、具有相应多态性位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的KITLG基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物选自针对 C74T 的 SEQ ID NO. 55 及 SEQ ID NO. 56、针对 A123G 的 SEQ ID NO. 57 及 SEQ ID NO. 58、针对 A18IG 的 SEQ ID NO. 59 及 SEQ ID NO. 60、针对 A89G 的 SEQ ID NO. 61 及 SEQ ID NO. 62、针对 G96A 的 SEQ ID NO. 63 及 SEQ ID NO. 64、针对 A106G 的 SEQ ID NO. 65 及 SEQ ID NO. 66、针对 T161G 的 SEQ ID NO. 67 及 SEQ ID NO. 68、针对 A151G 的 SEQ ID NO. 69 及 SEQ ID NO. 70、针对 G122T 的 SEQ ID N0. 71 及 SEQ ID N0. 72 中的一对以上。
3.根据权利要求1所述的KITLG基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物为由SEQ ID NO. 1和SEQ ID N0. 19组成的序列及SEQ ID N0. 2和SEQ ID N0. 20组成的序列、由SEQID N0. 3和SEQ ID N0. 21组成的序列及由SEQ ID N0. 4和SEQ ID N0. 22组成的序列、由SEQ IDN0. 5和SEQ ID N0. 23组成的序列及由SEQ ID N0. 6和SEQ ID N0. 24组成的序列、由SEQ IDN0. 7和SEQ ID N0. 25组成的序列及由SEQ ID N0. 8和SEQ ID N0. 26组成的序列、由SEQ IDN0. 9和SEQ ID N0. 27组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID N0. 28 组成的序列、由SEQ IDN0. 11和SEQ ID N0. 29组成的序列及由SEQ ID N0. 12和SEQ ID N0. 30组成的序列、由SEQ IDN0. 13和SEQ ID N0. 31组成的序列及由SEQ ID N0. 14和SEQ ID N0. 32组成的序列、由SEQ IDN0. 15和SEQ ID N0. 33组成的序列及由SEQ ID N0. 16和 SEQ ID N0. 34组成的序列、和/或由SEQ ID N0. 17和SEQ ID N0. 35组成的序列及由SEQ ID N0. 18和SEQ ID N0. 36组成的序列。
4.根据权利要求1所述的KITLG基因多态性检测液相芯片，其特征是，(A).所述ASPE引物为由SEQ ID NO. 1和SEQ ID N0. 19组成的序列及SEQ ID N0. 2 和SEQ ID N0. 20组成的序列、由SEQ ID N0. 3和SEQ ID N0. 21组成的序列及由SEQ ID N0. 4和SEQ ID N0. 22组成的序列、由SEQ ID N0. 5和SEQ ID N0. 23组成的序列及由SEQ ID N0. 6和SEQ ID N0. 24组成的序列、由SEQ ID N0. 7和SEQ ID N0. 25组成的序列及由 SEQ ID N0. 8和SEQ ID N0. 26组成的序列、由SEQ ID N0. 9和SEQ ID N0. 27组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID N0.沘组成的序列、由SEQ ID NO. 11和SEQ ID N0.四组成的序列及由 SEQ IDN0. 12 和 SEQ ID N0. 30 组成的序列、由 SEQ ID N0. 13 和 SEQ ID N0. 31 组成的序列及由 SEQ IDN0. 14 和 SEQ ID N0. 32 组成的序列、由 SEQ ID N0. 15 和 SEQ ID N0. 33组成的序列及由SEQ IDN0. 16和SEQ ID NO. 34组成的序列、和由SEQ ID NO. 17和SEQ ID NO. 35组成的序列及由SEQID NO. 18和SEQ ID NO. 36组成的序列；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 37 SEQ ID NO. M中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).所述扩增引物为针对C74T的SEQID NO. 55及SEQ ID NO. 56、针对A123G的 SEQID NO. 57 及 SEQ ID NO. 58、针对 A18IG 的 SEQ ID NO. 59 及 SEQ ID NO. 60、针对 A89G 的 SEQ IDN0. 61 及 SEQ ID NO. 62、针对 G96A 的 SEQ ID NO. 63 及 SEQ ID NO. 64、针对 A106G 的 SEQ IDN0. 65 及 SEQ ID NO. 66、针对 T161G 的 SEQ ID NO. 67 及 SEQ ID NO. 68、针对 A151G 的 SEQ IDN0. 69 及 SEQ ID NO. 70 和针对 G122T 的 SEQ ID NO. 71 及 SEQ ID NO. 72。
5.根据权利要求1-4任一项所述的KITLG基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂序列为5-10个T。
6.一种用于KITLG基因多态性检测的特异性引物，其特征是，所述特异性引物选自针对 C74T 的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20、针对 A123G 的 SEQ ID N0. 21 及 SEQ ID N0. 22、针对 A181G 的 SEQ ID N0. 23 及 SEQ ID N0. 24、针对A89G 的 SEQ ID N0. 25 及 SEQ ID N0. 26、针对 G96A 的 SEQ ID N0. 27 及 SEQ ID N0. 28、针对 A106G 的 SEQ ID N0. 29 及 SEQ ID N0. 30、针对 T161G 的 SEQ ID N0. 31 及 SEQ ID N0. 32、针对 A151G 的 SEQ ID N0. 33 及 SEQ ID N0. 34、 针对G122T的SEQ ID N0. 35及SEQ ID N0. 36中的一对以上。
全文摘要
本发明公开了一种KITLG基因SNP检测特异性引物和液相芯片，主要包括有每种由5′端的tag序列和3′端针对目的基因突变位点的特异性引物组成的ASPE引物，所述特异性引物序列选自SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20、SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22、SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24、SEQ ID NO.25及SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.27及SEQ ID NO.28、SEQ IDNO.29及SEQ ID NO.30、SEQ ID NO.31及SEQ ID NO.32、SEQ ID NO.33及SEQ ID NO.34、SEQ ID NO.35及SEQ ID NO.36中的一对以上；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，实现多态性位点的野生型和突变型并行检测。
文档编号C12Q1/68GK102181573SQ201110153879
公开日2011年9月14日 申请日期2011年6月9日 优先权日2011年6月9日
发明者许嘉森, 邹凤文, 郭靖 申请人:广州益善生物技术有限公司