Nkx3.1基因突变检测特异性引物和液相芯片的制作方法
【专利摘要】本发明公开了一种NKX3.1基因突变检测液相芯片和特异性引物，该液相芯片主要包括有：每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为：针对C95T位点的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10，针对G189A位点的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12，针对A49G位点的SEQ?ID?NO.13及SEQ?ID?NO.14，和/或针对G133A位点的SEQ?ID?NO.15及SEQ?ID?NO.16；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，实现多个突变位点的野生型和突变型并行检测。
【专利说明】NKX3.1基因突变检测特异性引物和液相芯片
【技术领域】
[0001]本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种NKX3.1基因突变检测特异性引物和液相芯片。
【背景技术】
[0002]NKX3.1 英文名称为 the human NK-3 prostate specific gene I,位于 8 号染色体8p21上，是同源结构域蛋白NK家族的成员，和果蝇属的NK-3蛋白有着密切联系。NKX3.1基因由2个外显子组成，该基因对前列腺上皮细胞发挥着增强的抑制和区分作用。NKX3.1是前列腺特异表达的、受雄激素调节的同源盒基因，在前列腺胚胎发育、上皮分化及肿瘤发生发展中起重要作用。在胚胎形成过程中，NKX3.1的表达可作为前列腺上皮分化的重要标志。NKX3.1在成年前列腺上有高水平的表达，在睾丸和几个其他的组织上发挥着低水平表达。在前列腺癌症患者身上，发现了 NKX3.1表达的缺失，NKX3.1基因在前列腺功能和调节前列腺上皮细胞的增殖方面发挥着关键作用。
[0003]目前，NKX3.1基因突变检测方法主要有=Illumina光纤微珠芯片技术、基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术(MALD1-T0F-MS)和荧光定量PCR技术，虽然Illumina光纤微珠芯片技术是高灵敏度和精确性的高通量检测系统，但是自动化程度低，手工操作比较多，难以满足实际应用的需要，荧光定量PCR技术存在灵敏度低，样品易污染、假阳性率高的缺点，基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术是一种软电离技术，在蛋白质等生物大分子的检测中有着强大而成熟的功能，但是在核酸检测领域，由于核酸分子本身的特殊性，检测受到一定的限制。
[0004]本发明目标检测的NKX3.1基因突变位点，如表所示:
[0005]
【权利要求】
1.一种NKX3.1基因突变检测液相芯片，其特征在于，包括有:(A).针对NKX3.1基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对:每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为:针对C95T位点的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，针对 G189A 位点的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12,针对 A49G 位点的 SEQ ID N0.13 及 SEQ ID N0.14，和 / 或针对 G133A 位点的 SEQ ID N0.15及 SEQ ID N0.16 ;所述 tag 序列选自 SEQ ID N0.1 -SEQ ID N0.8 ； (B).有ant1-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述ant1-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述ant1-tag序列选自SEQ ID N0.17-SEQ ID N0.24，且所述ant1-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的NKX3.1基因突变检测液相芯片，其特征在于，所述扩增引物为:针对 C95T 位点的 SEQ ID N0.25 及 SEQ ID N0.26，针对 G189A 位点的 SEQ ID N0.27 及SEQ ID N0.28，针对 A49G 位点的 SEQ ID N0.29 及 SEQ ID N0.30，和 / 或针对G133A 位点的SEQ ID N0.31 及 SEQ ID N0.32。
3.根据权利 要求1或2所述的NKX3.1基因突变检测液相芯片，其特征在于，所述ASPE引物为:针对C95T位点的由SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.9组成的序列及由SEQ ID N0.2和SEQ ID N0.10组成的序列，针对G189A位点的由SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.11组成的序列及由SEQ ID N0.4和SEQ ID N0.12组成的序列，针对A49G位点的由SEQ ID N0.5和SEQID N0.13组成的序列及由SEQ ID N0.6和SEQ ID N0.14组成的序列，和/或针对G133A位点的由SEQ ID N0.7和SEQ ID N0.15组成的序列及由SEQ ID N0.8和SEQ ID N0.16组成的序列。
4.根据权利要求1所述的NKX3.1基因突变检测液相芯片，其特征在于，所述间隔臂为5— 10 个 T。
5.用于NKX3.1基因突变检测的特异性引物，其特征在于，所述特异性引物序列为:针对 C95T 位点的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，针对 G189A 位点的 SEQ ID N0.11 及 SEQ IDN0.12，针对 A49G 位点的 SEQ ID N0.13 及 SEQ ID N0.14，和 / 或针对 G133A 位点的 SEQ IDN0.15 及 SEQ ID N0.16。
【文档编号】C12Q1/68GK103451266SQ201210177487
【公开日】2013年12月18日 申请日期:2012年5月31日 优先权日:2012年5月31日
【发明者】许嘉森, 何嘉英 申请人:益善生物技术股份有限公司