染色体Xp11.22区段多态性检测特异性引物和液相芯片的制作方法
【专利摘要】本发明公开了一种染色体Xp11.22区段多态性检测液相芯片和特异性引物，该液相芯片主要包括有：每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为：针对A65G位点的SEQ?ID?NO.7及SEQ?ID?NO.8，针对G121A位点的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10，和/或针对C162T位点的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，能实现多个突变位点的野生型和突变型单独和并行检测。
【专利说明】染色体Xp11.22区段多态性检测特异性引物和液相芯片
【技术领域】
[0001]本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种染色体Xpll.22区段多态性检测特异性引物和液相芯片。
【背景技术】
[0002]染色体Xpll.22区域对一些神经发育障碍来说是一个基因丰富的区域，目前已确认了染色体Xpll.22罕见间质性微缺失的身份，颅面异形和/或唇裂/腭裂，以及这个区域内的PHF8基因截断突变，染色体Xpll.22区域内具有语言和认知能力的基因，这有助于自闭症表型的研究，虽然两者之间的关系并没有得到系统的证明，但是染色体Xpll.22区域大量的缺失，包括FAM120C和WNK3基因，可能与自闭症的发病机理有关联。另外染色体Xpll.22区域的遗传突变与前列腺癌的发生存在相关性。
[0003]目前，染色体Xpll.22区段突变检测方法主要有:基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALD1-TOF MS)技术，荧光定量PCR技术，Illumina光纤微珠芯片技术和SNPlex基因分型技术。基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术是一种软电离技术，在蛋白质等生物大分子的检测中有着强大而成熟的功能，但是在核酸检测领域，由于核酸分子本身的特殊性，检测受到一定的限制。荧光定量PCR技术具有灵敏度高、特异性强、自动化程度高的特点，但也存在样品易污染、假阳性率高的缺点，且每次只能检测一种突变类型。Illumina光纤微珠芯片技术虽然是高灵敏度和精确性的高通量检测系统，但是自动化程度低，手工操作比较多，也不能满足实际应用的需要。而SNPlexTM System技术对SNP序列特异性要求较高，不能随意地分析所选择的单核苷酸多态性位点，难以应用于临床检测诊断，而且该方法操作比较复杂，不能满足实际应用的需要。
[0004]本发明目标检测的染色体Xpll.22区段突变位点，如表所示:
[0005]
【权利要求】
1.一种染色体Xpl1.22区段多态性检测液相芯片，其特征是，包括有 (A).针对染色体Xpll.22区段不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对:每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为:针对A65G位点的SEQ ID N0.7及SEQ ID N0.8，针对G121A位点的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，和 / 或针对 C162T 位点的 SEQ ID N0.11 及 SEQ IDN0.12 ;所述 tag 序列选自 SEQ ID N0.1 ~SEQ ID N0.6 ； (B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID N0.13~SEQ ID N0.18，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的染色体Xpll.22区段多态性检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为针对A65G位点的SEQ ID N0.19及SEQ ID N0.20，针对G121A位点的SEQ IDN0.21 及 SEQ ID N0.22，和 / 或针对 C162T 位点的 SEQ ID N0.23 及 SEQ ID N0.24。
3.根据权利要求1或2所述的染色体Xpll.22区段多态性检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物为:针对A65G位点的由SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.7组成的序列及由SEQ IDN0.2和SEQ ID N0.8组成的序列，针对G121A位点的由SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.9组成的序列及由SEQ ID N0.4和SEQ ID N0.10组成的序列，和/或针对C162T位点的由SEQ IDN0.5和SEQ ID N0.11组成的序列及由SEQ ID N0.6和SEQ ID N0.12组成的序列。
4.根据权利要求1或2所述的染色体Xpl1.22区段多态性检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂为5 — 10个T。
5.用于染色体Xpll.22区段多态性检测的特异性引物，其特征是，所述特异性引物为针对 A65G 位点的 SEQ ID N0.7 及 SEQ ID N0.8，针对 G121A 位点的 SEQ ID N0.9 及 SEQ IDN0.10，和 / 或针对 C162T 位点的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12。
【文档编号】C12N15/11GK103571926SQ201210251301
【公开日】2014年2月12日 申请日期:2012年7月18日 优先权日:2012年7月18日
【发明者】许嘉森, 吴诗扬 申请人:益善生物技术股份有限公司