一种分子信标探针法检测人类MTHFR基因多态性的试剂盒、方法及其应用与流程

文档序号:14003289阅读:448来源:国知局

本发明属于基因检测技术领域,具体涉及一种分子信标检测人类mthfr基因多态性的试剂盒、方法及其应用。



背景技术:

mthfr基因是亚甲基四氢叶酸还原酶蛋白编码基因,是叶酸代谢与甲硫氨酸代谢中的关键酶。mthfr蛋白可以使5,10-亚甲基四氢叶酸还原为5-甲基四氢叶酸,从而作为甲基的间接供体参与体内嘌呤、嘧啶的合成及dna、rna、蛋白质的甲基化,同时维持体内正常的同型半胱氨酸水平。正常的mthfr活性才能维持叶酸甲硫氨酸循环的有效性,保证dna的合成和甲基化的正常进行。若mthfr酶活性发生变化,则导致5-甲基四氢叶酸生成障碍,引起dna合成和甲基化异常、高同型半胱氨酸血症而导致多种遗传性疾病的发生。

研究发现,mthfr677位点的多态性是影响该酶活性的一个重要因素,导致酶活性和热稳定性下降。mthfrc677t是一个常见的不耐热错义突变,其第677号密码子中的胞嘧啶(c)被胸腺嘧啶(t)代替。若以个体携带677cc基因型时其mthfr活性为100%,携带ct基因型的活性则为cc的71%,基因型为tt型的只有34%。据报道,mthfrc677t位点tt基因型个体的hcy水平较cc或ct基因型可升高约25%。低血浆叶酸浓度及维生素摄取不足会加重t等位基因相关风险。

通过对mthfr基因c677t位点检测,可以至直接发现被检测者叶酸代谢方面的遗传缺陷(即叶酸利用能力),从而根据风险高低(相关代谢酶的活性程度)建议更准确的补充剂量。

目前针对多态性位点分析的方法主要有荧光定量pcr(qpcr)、pcr-限制性片段长度多态性(pcr-restrictionlengthpolymorphism,pcr-rflp)、扩增阻滞突变系统-pcr(amplificationrefractorymutationsystempcr,arms-pcr)等,但是由于这些方法操作步骤多,费时费力,或者需要pcr后处理,易产生污染,因此不适用于人群大规模的快速检测。测序法是核酸测序的金标准,虽然准确,但是操作步骤繁琐且成本较高。本发明,借助非对称pcr、分子信标技术和溶解曲线分析技术,发明了一种快速、准确的基因分型方法和试剂盒。



技术实现要素:

本发明所要解决的技术问题是提供一种分子信标检测人类mthfr基因多态性的试剂盒、方法及其应用。

为解决上述技术问题,本发明采用的技术方案如下:

一种分子信标探针法检测人类mthfr基因多态性的引物,包括如下核酸序列:

(1)扩增mthfr基因rs1801133多态性位点的引物对,其核苷酸序列如seqidno.:1和seqidno.:2所示;

(2)用于检测mthfr基因rs1801133多态性位点的探针序列,其核苷酸序列如seqidno.:3所示,其中探针的5末端标记fam,3末端标记dabsyl。

上述引物对和荧光探针对在一次检测中共同使用。

上述分子信标探针法检测人类mthfr基因多态性的引物和探针在检测mthfr基因多态性中的应用在本发明的保护范围之内。

一种分子信标探针法用于检测人类mthfr基因多态性的试剂盒,该试剂盒包括权利要求1所述的引物和探针以及2xpcr反应混合液,阳性标准品。

一种分子信标探针法用于检测人类mthfr基因多态性的方法,包括如下步骤:

(1)提取人外周血基因组dna;

(2)分别以提取的人外周血基因组dna和阳性标准品为模板、权利要求1和2中的引物、探针、pcr反应混合液,进行实时荧光定量pcr反应;

(3)根据检测到的荧光信号值对rs1801133位点进行溶解曲线基因型判定,其中荧光通道选择fam通道,

进一步地,所述步骤(2)中,实时荧光定量pcr反应的扩增体系为:总体积20μl,2xpcr反应混合液10ul,seqidno.:10.02um,seqidno.:2,0.2um,seqidno.:30.2um,模板dna50ng。

更进一步地,所述步骤(2)中,实时荧光定量pcr反应中的扩增程序为:95℃,2min;95℃,5s,60℃,45s,收集荧光,50个循环;溶解曲线分析程序为:95℃1min;45℃2分钟,45-90℃,连续收集荧光。

本发明提供了一种分子信标探针法检测人类mthfr基因多态性的引物和试剂盒,实现了对mthfr基因多态性位点进行快速、简单的检测。本发明检测结果准确,易于判读。与测序法相比,该方法不需要对pcr产物进行一系列复杂的后续处理,pcr扩增和检测同步进行,整个检测过程无需开盖操作,降低了pcr产物造成污染的风险,大大缩短了检测时间,降低了检测成本。

附图说明

图1为不同基因型对应的检测结果图示。

具体实施方式

根据下述实施例,可以更好地理解本发明。然而,本领域的技术人员容易理解,实施例所描述的内容仅用于说明本发明,而不应当也不会限制权利要求书中所详细描述的本发明。

实施例1:

步骤1:dna提取

取200μl外周血,按照全血基因组dna提取试剂盒说明书进行dna提取(购自杭州新捷生物科技有限公司),提取dna用于后续实验或者存放于-20℃。

步骤2:pcr扩增和检测

(1)扩增mthfr基因rs1801133多态性位点的引物对,其核苷酸序列如seqidno.:1和seqidno.:2所示;

(2)用于检测mthfr基因rs1801133多态性位点的分子信标序列,其核苷酸序列如seqidno.:3所示,其中探针的5末端标记fam,3末端标记dabsyl。

在0.2ml中,配制如下反应体系:总体积20μl,2xpcr反应混合液10ul,seqidno.:10.02um,seqidno.:2,0.2um,seqidno.:30.02um,模板dna50ng。,加水补足至总体积20μl,同时设立阳性标准品和阴性对照。实时荧光定量pcr反应中的扩增程序为:95℃,2min;95℃,5s,60℃,45s,收集荧光,50个循环;溶解曲线分析程序为:95℃1min;45℃2分钟,50-90℃,连续收集荧光。

步骤3:结果分析

反应结束后,应用仪器自带软件进行数据分析。运行溶解曲线基因型分析程序,进行基因型判读。

步骤4:结果统计

10例标本的基因型结果统计如下:

以上所述,是本发明较佳的实施例,并非本发明任何形式上或实质上的限制,应当指出,对于本技术领域的技术人员,在不脱离本发明的范围前提下,还可以对之做一些修改和改进,这些改进和补充也应该视为本发明的保护范围。

序列表

<110>北京迪安医学检验实验室有限公司

<120>一种分子信标探针法检测人类mthfr基因多态性的试剂盒、方法及其应用

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<170>siposequencelisting1.0

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<211>20

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<400>1

ctcgccttgaacaggtggag20

<210>2

<211>21

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<400>2

cggaagaatgtgtcagcctca21

<210>3

<211>37

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<400>3

ccggatctgtctgcgggagccgatttcatcgatccgg37

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<211>181

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<400>4

ctcgccttgaacaggtggaggccagcctctcctgactgtcatccctattggcaggttacc60

ccaaaggccaccccgaagcagggagctttgaggctgacctgaagcacttgaaggagaagg120

tgtctgcgggagccgatttcatcatcacgcagcttttctttgaggctgacacattcttcc180

g181

<210>5

<211>181

<212>dna

<213>人工序列(artificialsequence)

<400>5

ctcgccttgaacaggtggaggccagcctctcctgactgtcatccctattggcaggttacc60

ccaaaggccaccccgaagcagggagctttgaggctgacctgaagcacttgaaggagaagg120

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