点风险等位基因C的纯合子（CC基因型）相比于携带rsl050501 位点野生型等位基因T的纯合子（TT基因型）和rsl050501位点的杂合子（TC基因型），W 关节痛〉=l〇、DAS> = 5、HRFIgG阳性、发病年龄<55和APF阳性为指标的严重类风湿关节 炎的相对危险度分别高于W关节痛<10、DAS<5、HRFIgG阴性、发病年龄〉=55和APF阴性 为指标的轻度类风湿关节炎的相对危险度。
[0030] 在实际应用中，可将检测rsl050501的多态性（即等位基因）或基因型的物质与 其它物质（如检测其它的与类风湿关节炎相关的单核巧酸多态性或基因型的物质）联合在 一起制备筛查类风湿关节炎患者或预测类风湿关节炎患者的病情严重程度的产品。
[0031] 其中，检测人基因组中rsl050501的多态性（即等位基因）或基因型的物质可为 通过下述至少一种方法确定rsl050501的多态性（即等位基因）或基因型所需的试剂和/ 或仪器；DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱、SNP 巧片和化qMan探针技术。其中，利用化qMan探针技术确定rsl050501的多态性（即等位 基因）或基因型所需的试剂和/或仪器包括化qMan探针、PCR引物对、定量PCR仪和进行基 因分型的模块（如7500System SDS software) W及化qMan探针技术所需要的其他试剂； SNP巧片包括基于核酸杂交反应的巧片、基于单碱基延伸反应的巧片、基于等位基因特异性 引物延伸反应的巧片、基于"一步法"反应的巧片、基于引物连接反应的巧片、基于限制性内 切酶反应的巧片、基于蛋白DNA结合反应的巧片，及基于巧光分子DNA结合反应的巧片。
[0032] 所述产品可为试剂或试剂盒，还可为由试剂或试剂盒和仪器组成的系统，如由引 物和DNA测序仪组成的系统，由PCR试剂和DNA测序试剂和DNA测序仪组成的系统，由 化qMan探针、PCR引物对、定量PCR仪和进行基因分型的模块W及化qMan探针技术所需要 的其他试剂组成的系统。
[0033] 本发明的一个实施例中，采用化qMan探针技术确定rs 1050501的多态性（即等位 基因）和基因型。所述PCR引物对在序列上没有特殊要求，只要能扩增出包括rsl050501 在内的基因组DM片段即可，具体可为序列表中SEQ ID No. 1和SEQ ID No. 2所示的单链 DM。所述化qMan探针具体可为所述成套探针。所述定量PCR仪为ABI 7300实时巧光定 量PCR仪。所述进行基因分型的模块具体可为7500System SDS software。
[0034] 本发明在一个来自中国大陆人群的样本（404个类风湿关节炎患者和778个正常 健康人）中发现rsl050501是与类风湿关节炎相关的单核巧酸多态性。可将检测rsl050501 的多态性（即等位基因）或基因型的物质与其它物质（如检测其它的与类风湿关节炎相关 的单核巧酸多态性（即等位基因）或基因型的物质）联合在一起制备筛查中国大陆人群中 类风湿关节炎患者或预测中国大陆人群中类风湿关节炎患者的病情严重程度的产品。
【附图说明】
[0035] 图1为病例组和对照组中部分人群的rsl050501基因分型聚类图。
【具体实施方式】
[0036] 下面结合【具体实施方式】对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了 阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均 为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0037] 下述实施例中的2X"TagMan GT master mix为Life technology公司产品，货号 为 4371355。
[003引 下述实施例中的ABI 7300实时巧光定量PCR仪为Appl ied Biosystems公司产 品，型号为7300。
[0039] 实施例1、rsl050501是与类风湿关节炎相关的单核巧酸多态性
[0040] 一、类风湿关节炎病例组及对照组入选标准
[0041] 类风湿关节炎病例组的入选标准；404例类风湿关节炎患者，所有患者均来自中 国大陆，且无血缘关系。所有患者均符合1987年美国风湿病学会（ACR)制定的RA分类标 准（Arthritis&Rheumatism, 1988 ;31(3):315_24)。
[0042] 类风湿关节炎对照组入选标准；既往无类风湿关节炎或其他自身免疫疾病病史的 正常健康人（年龄、性别均与病例组相匹配），对照组所有人均来自中国大陆。
[0043] 类风湿关节炎病例组包括404例类风湿关节炎患者，对照组包括778个正常健康 人。类风湿关节炎病例组和对照组中不同性别的人数和平均年龄见表1，类风湿关节炎对照 组的年龄分布及性别比例与病例组均无显著区别。
[0044] rsl050501单核巧酸多态性位点位于FCGR2B基因中，其基本信息见表2。
[0045] rsl050501单核巧酸多态性位点及其两翼序列为；
[0046] ATCATTGTGGCTGTGGTCACTGGGA[T/C]TGCTGTAGCGGCCATTGTTGCTGCT〇
[0047] 表1、类风湿关节炎病例组和对照组基本特征
[0048]
【主权项】
1. 检测人基因组中rsl050501的多态性或基因型的物质在制备筛查类风湿关节炎患 者产品中的应用。
2. 检测人基因组中rsl050501的多态性或基因型的物质在制备预测类风湿关节炎患 者病情的产品中的应用。
3. 检测人基因组中rsl050501的多态性或基因型的物质在制备检测类风湿关节炎易 感性产品中的应用。
4. 检测人基因组中rsl050501的多态性或基因型的物质在制备检测与类风湿关节炎 相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。
5. 检测人基因组中rsl050501的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定与类 风湿关节炎相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。
6. 人基因组中rsl050501的多态性或基因型在制备筛查类风湿关节炎患者的产品或 预测类风湿关节炎患者病情的产品中的应用。
7. 人基因组中rsl050501的多态性或基因型在制备检测类风湿关节炎易感性产品中 的应用。
8. 含有检测人基因组中rsl050501的多态性或基因型的物质的产品，为a)-e)中的任 一种产品： a) 检测与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性或基因型的产品； b) 鉴定或辅助鉴定与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性或基因型的产品； c) 筛查类风湿关节炎患者产品； d) 检测类风湿关节炎易感性产品； e) 预测类风湿关节炎患者病情的产品。
9. 根据权利要求8所述的产品，其特征在于：所述检测人基因组中rsl050501的多态 性或基因型的物质包括扩增包括rsl050501在内的基因组DNA片段的PCR引物对和成套探 针。
10. 根据权利要求9所述的产品，其特征在于：所述PCR引物对为序列表中SEQ ID No. 1 所示的单链DNA和序列表中SEQ ID No. 2所示的单链DNA ; 和/或， 所述成套探针由TaqMan探针C和TaqMan探针T组成，所述TaqMan探针C的核苷酸序 列如序列表中SEQ ID No. 3所示，所述TaqMan探针T的核苷酸序列如序列表中SEQ ID No. 4 所示。
【专利摘要】本发明公开了与类风湿关节炎相关的单个基因单核苷酸多态性位点及其应用。本发明所保护的技术方案是检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质在制备筛查类风湿关节炎患者产品中的应用和检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质在制备预测类风湿关节炎患者病情的产品中的应用。可将检测rs1050501的多态性或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与麻风病相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备筛查麻风病患者或预测类风湿关节炎患者病情的产品。
【IPC分类】C12Q1-68
【公开号】CN104630374
【申请号】CN201510079225
【发明人】刘万里, 孙晓麟, 徐利玲, 栗占国, 沈志勋
【申请人】清华大学, 北京大学人民医院
【公开日】2015年5月20日
【申请日】2015年2月13日