对人偏肺病毒具有特异性的人抗体或其抗原结合性片段的制作方法_3

文档序号:9239568阅读:来源:国知局
氨酸、精氨酸、组氨酸)、酸性氨基酸(天冬氨酸、谷氨酸)、中性氨基酸(丝氨酸、苏氨 酸、天冬酰胺、谷氨酰胺)、具有烃链的氨基酸(丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸) 及其他(甘氨酸、蛋氨酸、半胱氨酸)的组等。
[0244] 作为将非天然型氨基酸也包括在内的可相互取代的氨基酸残基的例子,还有如下 所述的分组,同一组中所含的氨基酸残基可相互取代。A组:亮氨酸、异亮氨酸、正亮氨酸、 缬氨酸、正缬氨酸、丙氨酸、2-氨基丁酸、蛋氨酸、邻甲基丝氨酸、叔丁基甘氨酸、叔丁基丙氨 酸、环己基丙氨酸;B组:天冬氨酸、谷氨酸、异天冬氨酸、异谷氨酸、2-氨基己二酸、2-氨基 辛二酸;C组:天冬酰胺、谷氨酰胺;D组:赖氨酸、精氨酸、鸟氨酸、2, 4-二氨基丁酸、2, 3-二 氨基丙酸;E组:脯氨酸、3-羟基脯氨酸、4-羟基脯氨酸;F组:丝氨酸、苏氨酸、高丝氨酸;G 组:苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸。
[0245] 氨基酸序列、碱基序列的同一性可以使用Karlin和Altschul的算法 BLAST (PNAS, 1990 (vol. 87) p2264 ;PNAS, 1993 (vol. 90) p5873)来确定。已开发了基于 BLAST 算法的被称为 BLASTN、BLASTX 的程序(J Mol Biol, 1990 (vol. 215) p403)。在使用 BLASTN 对碱基序列进行分析的情况下,参数例如设定为分数(score) = 100、字长(wordlength)= 12。另外,在使用BLASTX对氨基酸序列进行分析的情况下,参数例如设定为分数(score) =50、字长(wordlength) = 3。在使用BLAST和Gapped BLAST程序的情况下,使用各程序 的默认参数。或者,在求取蛋白质的氨基酸序列的同一性时,也可以将所比较的2种蛋白质 的氨基酸序列并排,计数作为相同的氨基酸残基的部分的数量,通过"(相同的氨基酸残基 数/蛋白质全长的氨基酸残基数)X 100 (%) "求出蛋白质的氨基酸序列的同一性。
[0246] 将本发明中发现的人来源抗hMPV抗体及其抗原结合性片段与它们的序列表中的 氨基酸序列的序列号的对应关系示于表1。
[0247] [表 1]
[0248] 各种人抗hMPV抗体相关氨基酸序列的序列号一览
[0249]
[0250] (表中,各单元中的编号表示各自的序列号。)
[0251] 这些得到的抗体中,对表位组相同且中和活性、⑶R序列也非常类似的 EV046143(VH :序列号 102,VL :序列号 107)和 EV046150(VH :序列号 122,VL :序列号 127)分 析序列的同一性时,在H链的可变区(序列号102和122)中观察到约73%的同一性。在L 链的可变区的氨基酸序列(序列号107和127)中,观察到约82%的同一性。在各自的FR 区域(FR1+FR2+FR3+FR4)中,VH的同一性为83%,VL的同一性为约89%。另外,关于CDR 的氨基酸序列,在H链CDRl的氨基酸序列(序列号103和123)中,在60% (3/5)观察到 同一性。在H链CDR2的氨基酸序列(序列号104和124)中观察到约53% (9/17)的同一 性。对H链CDR3的氨基酸序列(序列号105和125)进行比较时,观察到37. 5% (6/16)的 同一性。归纳起来看,在H链的⑶R整体中具有约46% (18/38)的同一性。另一方面,对L 链CDRl的氨基酸序列(序列号108和128)进行比较时,观察到约42% (5/12)的同一性。 在L链CDR2的氨基酸序列(序列号109和129)中,观察到约87% (6/7)的同一性。进而, 对L链CDR3的氨基酸序列(序列号120和130)进行比较时,观察到75% (6/8)的同一性。 归纳起来看,在L链的CDR整体中具有约63% (17/72)的同一性。因此,综合地来判断,在 上述13种抗体和CDR序列整体上具有50%以上的同一性的抗体或其片段的情况下,可能具 有同样的结合活性和hMPV中和活性。进而,在具有60%以上(优选70%以上、80%以上、 90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上或99%以上)的同一性的情况下,换言 之,在各3个⑶R序列(⑶Rl、⑶R2和⑶R3)整体中具有一个~数个(具体而言为1~15 个、1~10个、1~9个、1~8个、1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2 个或1个)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基 酸序列的情况下,可能具有与上述13个抗hMPV抗体同样的结合活性和中和活性。
[0252] 因此,本发明的优选的抗体或抗原结合性片段例如为如下情况:选自序列号3~5 和8~10、13~15和18~20、23~25和28~30、33~35和38~40、43~45和48~ 50、53 ~55 和 58 ~60、63 ~65 和 68 ~70、73 ~75 和 78 ~80、83 ~85 和 88 ~90、93 ~ 95 和 98 ~100、103 ~105 和 108 ~110、113 ~115 和 118 ~120 以及 123 ~125 和 128 ~ 130的组合组中的1个组合中的6个氨基酸序列分别相当于重链的⑶R1、⑶R2和⑶R3以 及轻链的CDR1、CDR2和CDR3。但是,只要是与hMPV的F蛋白质特异性结合且能够中和其 生物活性的单克隆抗体,则CDR序列也可以为如下的氨基酸序列:在选自序列号3~5和 8~10、13~15和18~20、23~25和28~30、33~35和38~40、43~45和48~50、 53 ~55 和 58 ~60、63 ~65 和 68 ~70、73 ~75 和 78 ~80、83 ~85 和 88 ~90、93 ~95 和 98 ~100、103 ~105 和 108 ~110、113 ~115 和 118 ~120 以及 123 ~125 和 128 ~ 130的组合组中的1个组合中的6个氨基酸序列中,具有一个~数个(具体而言为1~9 个、1~8个、1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)或⑶R序 列中的氨基酸残基数的50%以下(优选40%、30%、20%或10%以下)的氨基酸残基的缺 失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合。另外,CDR以外的氨基酸序列没有 特别限定,CDR以外的氨基酸序列来源于其他抗体、特别是其他种的抗体的、所谓CDR移植 抗体也包含在本发明的抗体中。其中,更优选CDR以外的氨基酸序列也为人来源的抗体,但 可以根据需要在框架区(FR)具有1个~数个(具体而言为1~30个、1~25个、1~20 个、1~15个、1~10个、1~9个、1~8个、1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3 个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组 合。
[0253] 另外,根据情况,只要是与hMPV的F蛋白质特异性结合且能够中和其生物活性的 单克隆抗体,则下述情况也包含在本发明中:该抗体中含有的6个CDR序列的组合中选自 序列号3~5和8~10、13~15和18~20、23~25和28~30、33~35和38~40、 43~45和48~50、53~55和58~60、63~65和68~70、73~75和78~80、83~ 85 和 88 ~90、93 ~95 和 98 ~100、103 ~105 和 108 ~110、113 ~115 和 118 ~120 以 及123~125和128~130的组合组中的1个组合中的6个氨基酸序列中的5个~1个部 分地取代为其他6个组合中的不同的氨基酸序列的情况(例如,在序列号3~5和8~10 分别相当于重链的⑶Rl、⑶R2和⑶R3以及轻链的⑶Rl、⑶R2和⑶R3的情况下,其中的重 链的⑶R2(序列号4)和⑶R3(序列号5)取代为序列号13~15和18~20的组合中的重 链的CDR2 (序列号14)和CDR3 (序列号15)的情况)。
[0254] 本发明中,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,为如下的抗体或其抗原结合 性片段,其含有:(a)选自序列号2、12、22、32、42、52、62、72、82、92、102、112和122的氨基 酸序列;在序列号2、12、22、32、42、52、62、72、82、92、102、112和122的氨基酸序列中具有 一个~数个(具体而言为1~9个、1~8个、1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~ 3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的 组合的氨基酸序列;或者,与序列号2、12、22、32、42、52、62、72、82、92、102、112和122的氨 基酸序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%、 98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列的组中的重链可变区(VH),以及(b)选自序 列号 7、17、27、37、47、57、67、77、87、97、107、117 和 127 的氨基酸序列;在序列号 7、17、27、 37、47、57、67、77、87、97、107、117和127的氨基酸序列的序列中具有一个~数个(具体而言 为1~9个、1~8个、1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个) 氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或 者,与序列号7、17、27、37、47、57、67、77、87、97、107、117和127的氨基酸序列具有60%以上 (优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%、98%以上或99%以上)的 同一性的氨基酸序列的组中的轻链可变区(VL)。
[0255] 本发明中,作为抗hMPV抗体的更优选的另一实施方式,含有:(a_l)由序列号2的 氨基酸序列;在序列号2的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8个、 1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取 代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号2的氨基酸 序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、 98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-Ι)由序 列号7的氨基酸序列;在序列号7的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与上述同 样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列; 或者与序列号7的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同一性的氨基 酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0256] 或者,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_2)由序列号12的氨基 酸序列;在序列号12的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8个、 1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取 代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号12的氨基酸 序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、 98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-2)由序列 号17的氨基酸序列;在序列号17的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与上述同 样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列; 或者与序列号17的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同一性的氨 基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0257] 或者,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_3)由序列号22的氨基 酸序列;在序列号22的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8个、 1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取 代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号22的氨基酸 序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、 98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-3)由序列 号27的氨基酸序列;在序列号27的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与上述同 样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列; 或者与序列号27的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同一性的氨 基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0258] 本发明中,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_4)由序列号33的 氨基酸序列;在序列号33的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8 个、1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、 取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号33的氨 基酸序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以 上、98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-4)由 序列号38的氨基酸序列;在序列号38的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与上 述同样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸 序列;或者与序列号38的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同一 性的氨基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0259] 或者,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a-5)由序列号43的氨基 酸序列;在序列号43的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8个、 1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取 代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号43的氨基酸 序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、 98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-5)由序列 号47的氨基酸序列;在序列号47的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与上述同 样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列; 或者与序列号47的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同一性的氨 基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0260] 或者,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_6)由序列号52的氨基 酸序列;在序列号57的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8个、 1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取 代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号57的氨基酸 序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、 98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-6)由序列 号62的氨基酸序列;在序列号62的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与上述同 样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列; 或者与序列号62的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同一性的氨 基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0261] 本发明中,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_7)由序列号62的 氨基酸序列;在序列号62的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8 个、1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、 取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号62的氨 基酸序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以 上、98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-7)由 序列号67的氨基酸序列;在序列号67的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与上 述同样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸 序列;或者与序列号67的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同一 性的氨基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0262] 或者,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_8)由序列号72的氨基 酸序列;在序列号72的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8个、 1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取 代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号72的氨基酸 序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、 98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-8)由序列 号77的氨基酸序列;在序列号77的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与上述同 样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列; 或者与序列号77的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同一性的氨 基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0263] 或者,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_9)由序列号82的氨基 酸序列;在序列号82的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8个、 1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取 代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号82的氨基酸 序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、 98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-9)由序列 号87的氨基酸序列;在序列号87的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与上述同 样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列; 或者与序列号87的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同一性的氨 基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0264] 本发明中,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_10)由序列号92的 氨基酸序列;在序列号92的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8 个、1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、 取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号92的氨 基酸序列具有60%以上(优选70%以上、80%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以 上、98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-ΙΟ)由 序列号97的氨基酸序列;在序列号97的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与上 述同样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸 序列;或者与序列号97的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同一 性的氨基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0265] 或者,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_ll)由序列号102的氨 基酸序列;在序列号102的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8个、 1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取 代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号102的氨基 酸序列具有60 %以上(优选70%以上、80%以上、90 %以上、95%以上、96%以上、97 %以 上、98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-ΙΙ)由 序列号107的氨基酸序列;在序列号107的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与 上述同样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基 酸序列;或者与序列号107的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同 一性的氨基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0266] 或者,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_12)由序列号112的氨 基酸序列;在序列号112的氨基酸序列中具有一个~数个(具体而言为1~9个、1~8个、 1~7个、1~6个、1~5个、1~4个、1~3个、1~2个或1个)氨基酸残基的缺失、取 代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基酸序列;或者与序列号112的氨基 酸序列具有60 %以上(优选70%以上、80%以上、90 %以上、95%以上、96%以上、97 %以 上、98%以上或99%以上)的同一性的氨基酸序列表示的重链可变区(VH),以及(b-12)由 序列号117的氨基酸序列;在序列号117的氨基酸序列中具有一个~数个(具体的数量与 上述同样)氨基酸残基的缺失、取代、插入、添加或者其中任意2种以上突变的组合的氨基 酸序列;或者与序列号117的氨基酸序列具有60%以上(具体的百分数与上述同样)的同 一性的氨基酸序列表示的轻链可变区(VL)。
[0267] 或者,作为抗hMPV抗体的优选的另一实施方式,含有:(a_13)由序列号122的
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