[0029] 其中
[0030] Y选自N和CR10;其中R 10选自氢、卤素 、C η烷基、卤代C η烷基、C卜6烷氧基、卤代 C^6烷氧基和-OXNR 1QaR1Qb;其中R 1(|3和R 1Qb独立选自氢和C ^烷基；
[0031] 1^选自氛基、卤素 、C K烷基、卤代C K烷基、C K烷氧基、卤代C K烷氧基、C 6_1(|芳 基、二甲基-氨基、Cp6烷基-硫烷基和C 3_8杂环烷基，可选由多至2个C H烷基取代；
[0032] 馬和R 5独立选自氢、氰基、卤素 、C ^烷基、卤代C ^烷基、C ^烷氧基、卤代C ^烷 氧基和二甲基氨基；
[0033] 馬和R 4独立选自氢、卤素、氰基、C ^烷基、卤代C ^烷基、C ^烷氧基和卤代C ^烷 氧基；或者RjP R 2或R种R 5与其都结合的苯基一起形成C 5_1(|杂芳基；
[0034] &和R 7独立选自氢、C ^烷基、卤代C ^烷基、C ^烷氧基和卤代C ^烷氧基；附加 条件是M5PR7不都为氢；
[0035] R8选自氛、卤素 、C K烷基、卤代C K烷基、C K烷氧基和卤代C K烷氧基；
[0036] R9选自-S(O) 2Rn和-R11;其中R11选自芳基、杂芳基、环烷基和杂环烷基；
[0037] 其中R9的所述芳基、杂芳基、环烷基和杂环烷基能可选地由1-3个独立选自以下 的基团取代：Cp6烷基、卤代C H烷基、C H烷氧基、卤代C H烷氧基、C 6_1(|芳基-C M烷基、C 5_1Q杂芳基-CV4烷基、C 3_12环烷基和C 3_8杂环烷基；
[0038] 其中R9的所述芳基-烷基取代基可选地由1-3个独立选自以下的基团取代！Cp 6烷基、卤代Cp6烷基、C i_6烷氧基、卤代C i_6烷氧基和甲基-哌嘆基；和其药学上可接受的盐。
[0039] 在另一个实施方式中，本发明包括式I (a)的hedgehog信号转导抑制剂：
[0040]
[0041] 或其药学上可接受的盐，其中
[0042] Rll是Cp8烷基、C 2_8烯基、C 3_14环烷基、C 6_14芳基、5-14元杂芳基、3-14元环杂烷基、 (V8烷氧基、卤素、NRi3Ri4、c(o) 〇Ri3、c (O)Nrisrilcv8卤代烷基、甲酰基、烷酯基、CV8烷基 OH、C (0) R13、S02R13、C (0) NHCV8烷基 R13、NR13R14、SO 2NR13R14、0CF3、NHC (0) R13、CH2OC (0) NRl3R14、CH2NRl3R14、NHC (O) ORl3、NHC (O) NRl3R14、CH2NHSO2Rl3、CH2NHC (O) ORl3、OC (O) Rl3 或NHC(O) R13,其可以是取代的或未取代的；
[0043] R12 是 H，CV8烷基、C 6_14芳基、C B卤代烷基、C B烷氧基、卤素 、NH 2、CN、0CF3、0H、 C (0) NR13R14、C (0) R13、NR13R14、NHC (0) R13、S02R13、S02NR13R14 ;
[0044] R13和R14独立地是H、(V8烷基、C 2_8烯基、C 3_14环烷基、C 6_14芳基、5-14元杂芳基、 3-14元环杂烷基、Cp8卤代烷基、C u烷基0H、C u烷氧基、或一个原子上的R13和R14能形 成含环的杂原子，和
[0045] 其中R11、R13和R14可以未取代或由C1^烷基、C3_ 14环烷基、C6_14芳基、5-14元杂 芳基、3-14元环杂烷基、Cp8烷基0Η、0Η、氧络、C u卤代烷基、羧C u烷基、或SO 2(^_8烷基、卤 素、-〇CH3、-〇CF3、-OH、_順2中的一个或多个取代。
[0046] 牛物标志物
[0047] 本发明的生物标志物包括表1所列一个或多个基因或者其基因产物。通过分析表 1所鉴定一种或多种生物标志物的表达水平，能选择hedgehog通路被活化并因而可能响应 Hedgehog信号通路抑制剂如Smoothened(SMO)诘抗剂治疗的患癌个体。
[0048] 本发明的生物标志物包括 GLI-1、0TX-2、SHR00M2、PDUM3、SPHK1、SFRP1、APBA2 和 SPATA20。GLI-1、SHR00M2、PDUM3、SPHK1、SFRP1 和 APBA2 上调（mRNA 表达增加），而 0TX-2 和SPATA20下调（mRNA表达减少）。在一个示例中，所述表达概况可以是代表一个或多个 下列基因 GLI-1、0TX-2、SHR00M2、PDUM3、SPHK1、SFRP1、APBA2 和 SPATA20 的 mRNA 水平的 一组值。在另一个示例中，所述表达概况可以是代表一个或多个下列基因 GLI-1、0TX-2、 SHR00M2、和SPHKl的mRNA水平的一组值。在另一个示例中，所述表达概况可以包 括表示一个或多个由 GLI-l、0TX-2、SHR00M2、roUM3、SPHKl、SFRPl、APBA2 和 SPATA20 所编 码蛋白或多肽的一组值。短语"mRNA表达"可表示患癌个体样品的mRNA表达量相较对照样 品增加或减少。通常，mRNA表达增加或减少指与对照（如从对照测定的正常水平）相比， 1. 5倍或更多（如2、3、4或5倍）的表达差异。
[0049] 样品制各
[0050] 可以使用取自患有增生性疾病个体的任何合适细胞测试样品。一般，所述细胞测 试样品或组织样品通过活检或手术切除获自癌症受试者。细胞、组织或液体样品可通过针 吸取活检移出。为此，将连接注射器的细针经皮肤插入目标组织。所述针通常用超声或计 算机断层扫描（CT)成像引导至目标区域。一旦针插入组织，用注射器产生真空，从而细胞 或液体可经针吸入并收集于注射器中。细胞或组织的样品还可通过切开性活检或空芯针活 检移出。为此，从目标区域移出圆锥形、圆柱形或少量组织。CT成像、超声或内窥镜一般用 于指导此类活检。更特定地，完整癌病灶可通过切除性活检或手术切除来移出。本发明中， 所述测试样品典型是作为手术切除一部分移出的细胞样品。
[0051] 例如，组织的测试样品也可保存于例如RNAlater (安碧公司（Ambion);得克萨斯 州奥斯丁）或速冻并_80°C保存，供以后使用。活检的组织样品还可用固定剂如甲醛、多聚 甲醛或乙酸/乙醇固定。固定的组织样品可包埋于蜡（石蜡）或塑料树脂。包埋的组织样 品（或冷冻组织样品）可切成薄切片。还可从固定或蜡包埋组织样品或冷冻组织样品中提 取RNA或蛋白。一旦细胞样品或组织样品从癌症受试者中移出，可以使用本领域熟知以及 下述技术对其分离RNA或蛋白。
[0052] 从取自癌症患者的活检中提取RNA的一个示例可以包括例如硫氰酸胍裂解然后 CsCl 离心（Chirgwin 等，Biochemistry 18:5294-5299,1979)。可如从单细胞制备 cDNA库 的方法所述，获得来自单细胞的RNA (参见例如Dulac，Curr. Top. Dev. Biol. 36:245, 1998 ; Jena等，J. Immunol. Methodsl90:199, 1996)。在一个实施方式中，可针对目标序列富集所 述RNA群，如表1和2所详述。例如，可通过随机六聚体和引物特异性cDNA合成、或多轮基 于cDNA合成和模板导向体外转录的线性扩增来完成富集（参见例如Wang等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:9717, 1989 ;Dulac等，同上；Jena等，同上）。其它从样品分离RNA的 方法为本领域已知且包括Trizol (英杰公司（Invitrogen))、硫氰酸胍-苯酷-氯仿提取、 PureLink微到中等总RNA纯化系统（英杰公司）、RNeasy试剂盒（凯杰公司（Qiagen))、 Oligotex 试剂盒（凯杰公司）、PureYield? RNA Midiprep(普洛麦格公司（Promega))、 PolyATtract系统1000(普洛麦格公司）、Maxwell (R) 16系统（普洛麦格公司）、SV总 RNA分离（普洛麦格公司）、TOTALLY RNAtm试剂盒（安碧公司）、Poiy (A)Purist ?试剂盒 (安碧公司）和任何其他方法。提取和分析RNA样品的方法公开于Molecular Cloning, A Laboratory Manual (《分子克隆，实验室手册》）（Sambrook和 Russell (编），第3版（2001)， 美国纽约冷泉港的冷泉港实验室出版社（Cold Spring Harbor Laboratory Press))。
[0053] Hedgehog表达概况能在取自受试者的活检如新鲜组织、冷冻组织、福尔马林 (FFPE)或其他固定剂处理的组织上进行。特定地，当所述样品是FFPE样品时，用Qiagen RNeasy FFPE提取试剂盒（凯杰公司）从FFPE切片中提取RNA，并用随机六聚体和ABI大 容量cDNA库试剂盒（加利福尼亚州福斯特市的应用生物系统公司（Applied Biosystems)) 反转录成cDNA。
[0054] 患有肿瘤或癌症的受试者一般是哺乳动物受试者，如灵长类动物。在一个示例性 实施方式中，所述受试者是人。如本文所用，术语患者和受试者是同义的。
[0055] 任何癌症或肿瘤能根据本发明方法筛选，且包括但不限于结肠癌、肺癌、胰腺癌、 胃癌、前列腺癌、和肝细胞癌、基底细胞癌、乳腺癌、骨肉瘤、软组织肉瘤、慢性髓性白血病、 急性髓性白血病、血液学癌症，成神经管细胞瘤、横纹肌肉瘤，神经母细胞瘤、胰腺癌、乳腺 癌、脑膜瘤、成胶质细胞瘤、星形细胞瘤、黑素瘤、胃癌、食管癌，胆管癌、前列腺癌、小细胞 肺癌、非小细胞肺癌、胶质细胞癌、多发性骨髓瘤、结肠癌、神经外胚层肿瘤、神经内分泌瘤、 肥大细胞瘤和Gorlin综合征、胶质瘤、结直肠癌、GIST、胃食管癌、骨髓增生性瘤和急性白 血病。
[0056] 牛物标志物表汰的检测
[0057] 在一个示例中，所述方法包括测定基因 GLI-1、0TX-2、SHR00M2、PDLIM3、SPHK1、 SFRP1、APBA2和SPATA20中一个或多个的表达。目标基因序列可以用试剂检测，所述试剂 可用于特异性检测所述基因，如从该基因转录的RNA或该基因编码的多肽。
[0058] 在一个实施方式中，所述方法包括：提供含核苷酸序列，例如至少10、15、25或40 个核苷酸，和多至全部或几乎全部编码序列的核酸探针，所述编码序列与GLI-1、0TX-2、 SHR00M2、、SPHKI、SFRPI、APBA2和SPATA20核酸序列的一部分编码序列互补；从有癌 细胞的哺乳动物中获得组织样品；将所述核酸探针在严谨条件下与获自成神经管细胞瘤患 者活检的RNA接触（如在Northern印迹、原位杂交试验、PCR等中）；测定所述探针与RNA 杂交的量。核酸可在RNA富集和/或扩增期间或之后进行标记。
[0059] 生物标志物 GLI-l、OTX-2、SHROOM2、roUM3、SPHKl、SFRPl、APBA2 和 SPATA20 也意 在包括天然产生的序列，所述序列包括等位基因变体和其他家族成员。本发明的生物标志 物还包括与密码子简并引起的所列序列互补的序列以及足够同源的序列和在严谨条