用于同时检测五种牛病病毒的多重连接探针扩增检测试剂盒及引物和探针的制作方法_3

文档序号:9284689阅读:来源:国知局
1,其中,所述SEQID NO:2,SEQIDNO:4,SEQIDNO:6,SEQIDNO:8 和SEQIDNO:10 的 5' 端进行磷酸化处 理;每种探针的浓度为luM,可以分装也可以混合在一起;
[0074] (3)连接反应液,其包括:Ligase-65缓冲液A和Ligase-65缓冲液B,均购自 MRC-Holland公司;所述连接反应液的配方如表3所示;
[0075] (4)PCR反应液,其包括如序列表SEQIDNO: 11至SEQIDNO: 12所示的通用引 物Pl和P2,所述PCR反应液可以根据现有技术公知的方法自行配制也可以通过购买获 得,例如,购自TheMRC-Holland公司的PCR反应液,其包括dNTPs、Tris-HCl、KC1、EDTA、 BRIJ(0.04% )、通用引物Pl和P2 ;
[0076] (5)Ligase-65 连接酶,购自MRC-Holland公司;
[0077] (6)SALSA聚合酶 5U/yL,购自MRC-Holland公司;
[0078] (7)DEPC水;
[0079] (8)阴性对照;
[0080] (9)阳性对照:蓝舌病病毒NS3基因、牛病毒性腹泻病毒5'UTR基因、牛地方流
[0081] 行性白血病病毒gP51基因、牛传染性鼻气管炎病毒gB基因、口蹄疫病毒3D基
[0082] 因的阳性重组质粒DNA的混合物。。
[0083] 2、试剂盒的使用方法
[0084] 2. 1DNA/RNA提取
[0085]2. 2RNA反转录成cDNA
[0086] 用Promega公司的M-MLV反转录试剂盒,利用随机引物,将样品RNA反转录后获 得cDNA;反转录反应体系(20yL) :5XRT-缓冲4yL,dNTP(2. 5mM) 4yL,M-MLV反转录酶 ((200U/yL)IyL,反转录酶抑制剂(40U/yL) 0. 5yL),随机引物(0. 5yg/yL)IyL,样品 RNA9. 5yL。反应条件:25。(:/IOmin42。(: /60min95。(: /5min(TC/5min。
[0087] 2. 3MLPA检测
[0088] 2. 3.IDNA变性
[0089]取n个0. 2mLPCR反应管(n=样本数+1管阴性对照+1管阳性对照),做好标记; 每管加入5yL制备好的DNA溶液,98°C变性5min,然后冷却到25°C。
[0090] 2. 3. 2杂交反应
[0091] 每个杂交反应需要I. 5yLMLPABuffer和I. 5yL探针混合物,根据需要配制好 杂交反应液,充分混匀后,吸取3yL加入2. 2的PCR反应管中。
[0092] 反应条件:95°C温育lmin,60°C杂交 16-20h,54°C温育。
[0093] 2. 3. 3连接反应
[0094] 每个连接反应需要31yL连接反应液和IyLLigase-65连接酶,根据需要配制好 杂交反应液,充分混匀后,吸取32yL加入2. 2的PCR反应管中。
[0095] 反应条件:54°C连接 15min,98°C灭活 5min,20°C停留。
[0096] 2. 3. 4PCR反应
[0097] 每个PCR反应需要9. 5yLPCR反应液和0.5ulSALSA聚合酶,根据需要配制好 PCR反应液,充分混匀后,吸取10yL加入2. 2的PCR反应管中。
[0098] 反应条件:951€3〇86(:,6〇1€3〇86(:,721€6〇86(:,35个循环 ;72。(:孵育2〇111111,151€ 停留。
[0099] 2. 3. 5毛细管电泳仪凝胶电泳:
[0100] 将PCR扩增产物置于毛细管电泳仪加样板上电泳,并以15-500bp标定Marker和 25bpDNAMarker作为对照,观察电泳结果并记录。
[0101] 2. 4结果描述及判定
[0102] ①质控标准:
[0103] 阳性对照在146bp、120bp、110bp、98bp、88bp处有特异性扩增条带。
[0104] 阴性对照无特异性扩增条带。
[0105] 如阴性对照和阳性条件不满足以上条件,此次试验视为无效。
[0106] ②结果判断:
[0107] 阳性:在146bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在口蹄疫病毒;在120bp处有 特异性扩增条带,表示样本中存在牛地方流行性白血病病毒。在IlObp处有特异性扩增条 带,表示样本中存在牛病毒性腹泻病毒;在98bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在牛 传染性鼻气管炎病毒;在88bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在蓝舌病病毒。必要时 对MLPA扩增产物测序,进行确认试验。
[0108] 阴性:无特异性扩增条带,表明样品中无口蹄疫病毒、牛地方流行性白血病病毒、 牛病毒性腹泻病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、蓝舌病病毒。
[0109] 实施例2、试剂盒的灵敏度试验
[0110] 1、材料
[0111] 蓝舌病灭活病毒、牛病毒性腹泻灭活病毒、牛传染性鼻气管炎灭活病毒均由实验 室保存,牛地方流行性白血病灭活病毒由中国兽药监察所提供,0型口蹄疫灭活病毒由中国 农业科学院兰州兽医研究所提供。
[0112] 2、方法
[0113] 1)体外重组质粒DNA的制备
[0114] 蓝舌病病毒NS3基因阳性重组质粒的制备:克隆蓝舌病病毒NS3基因,回收PCR扩 增产物,长度为492bp,与pGEM-T载体(购自PromeGA公司)进行连接,转化JM109感受态 细胞,碱裂解法提取质粒DNA,经PCR和酶切鉴定后获得蓝舌病病毒NS3的阳性重组质粒,命 名为BTV-NS3-DNA;蓝舌病病毒NS3基因序列如序列表中SEQIDNO:13所示。
[0115] 牛传染性鼻气管炎病毒gB基因阳性重组质粒的制备:克隆牛传染性鼻气管炎病 毒gB基因,回收PCR扩增产物,长度为365bp,与pGEM-T载体(购自PromeGA公司)进行连 接,转化JM109感受态细胞,碱裂解法提取质粒DNA,经PCR和酶切鉴定后获得牛传染性鼻气 管炎病毒gB基因的阳性重组质粒,命名为IBRV-gB-DNA;牛传染性鼻气管炎病毒gB基因基 因序列如序列表中SEQIDNO:14所示。
[0116] 牛病毒性腹泻病毒5'UTR基因的阳性重组质粒的制备:克隆牛病毒性腹泻病毒 5'UTR基因,回收PCR扩增产物,长度为284bp,与pGEM-T载体(购自PromeGA公司)进行 连接,转化JM109感受态细胞,碱裂解法提取质粒DNA,经PCR和酶切鉴定后获得牛病毒性 腹泻病毒5'UTR基因的阳性重组质粒,命名为BVDV-5'UTR-DNA;牛病毒性腹泻病毒5'UTR 基因序列如序列表中SEQIDNO:15所不。
[0117] 牛地方流行性白血病病毒gP51基因的阳性重组质粒的制备:克隆牛地方流行性 白血病病毒gP51基因,回收PCR扩增产物,长度为500bp,与pGEM-T载体(购自PromeGA公 司)进行连接,转化JM109感受态细胞,碱裂解法提取质粒DNA,经PCR和酶切鉴定后获得牛 地方流行性白血病病毒gP51基因的阳性重组质粒,命名为EBLV-gP51-DNA;牛地方流行性 白血病病毒gP51基因序列如序列表中SEQIDNO:16所示。
[0118] 口蹄疫病毒3D基因体外转录RNA制备:扩增0型口蹄疫病毒3D基因的RT-PCR 扩增产物,长度为1410bp,与pGEM-T载体(购自Promega公司)进行连接,转化JM109 感受态细胞,碱裂解法提取质粒DNA,经PCR和酶切鉴定后获得阳性重组质粒,命名为 pGEM-FMDV-S。以纯化的质粒为模板,将质粒线性化之后,用Promega公司的RiboMAXTM LargeScaleRNAProductionSystem_T7试剂盒进行体外转录;将体外转录产物用DNAse 除去其中的DNA模板后经TRIZOL提取后进行测定后,即得到口蹄疫病毒3D基因的体外转 录RNA,命名为FMDV-3D-RNA; 口蹄疫病毒3D基因序列如序列表中SEQIDNO:17所示。
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