物作为生物标记物的用途。
[0100] 54. -种以选自 Notchl、Notch2、Notch3、AXIN2、LEFl、NKDl、SFRP2、FRZB、SFRP4、 DKK2、FAM58A、FU43860、CDKN2A、CCDC168、ZNF527、HRAS、FAT1、0R7G3、WNT11、WNT10A、WNT3、 WNT7A和DTX3L的组的化合物作为生物标记物的用途。
[0101] 55. -种以化合物HRAS或FATl作为生物标记物的用途。
[0102] 56. -种以选自由 FAM58A、FLJ43860、N0TCH1、0R7G3、CCDC168、ZNF527 和 CDKN2A 组成的组的化合物作为生物标记物的用途。
[0103] 57. -种以选自 Notchl、Notch2、Notch3、FAM58A、FLJ43860、CDKN2A、CCDC168、 ZNF527、HRAS、FAT1、0R7G3、WNT11、WNT10A、WNT3、WNT7A、和 DTX3L 的组，优选选自 Notchl、 Notch2、Notch3、FAM58A、FLJ43860、CDKN2A、CCDC168、ZNF527、HRAS、FAT1、0R7G3、和 DTX3L 的组的化合物作为生物标记物的用途。
[0104] 58.根据项目48至57中任一项的化合物的用途，其中该用途指示癌症患者对Wnt 抑制剂治疗的敏感性。
[0105] 59.根据项目39至42、44至51、或53至58中的任一项，其中至少两种生物标记 物、至少三种或至少四种生物标记物是用于共同指示癌症患者对Wnt抑制剂治疗的敏感 性。
[0106] 60.根据项目1至59中的任一项，其中：
[0107] -患者样本中的WNT11、WNT10A、WNT3或WNT7A表达较对照组更高，该表达指示患 者对Wnt抑制剂的治疗的敏感性；
[0108] -患者样本中的AXIN2、LEFl或NKDl表达相较于处理前对照组在处理之后减少， 该表达指示患者对Wnt抑制剂治疗的敏感性；
[0109] -患者样本中的Notchl、Notch2或Notch3表达相较于对照组减少（具体地，活性 或功能的降低），该表达（具体地，活性或功能的降低）指示患者对Wnt抑制剂治疗的敏感 性；
[0110] -患者样本中的SFRP2、FRZB、SFRP4或DKK2表达较对照组更低，该表达指示患者 对Wnt抑制剂治疗的敏感性；
[0111] -患者样本中的 FAM58A、FLJ43860、CDKN2A、CCDC168、ZNF527、FAT I、0R7G3 或 DTX3L 表达相较于对照组更低（具体地，功能的损失更高），该表达（具体地，功能的损失）指示患 者对Wnt抑制剂治疗的敏感性；
[0112] -患者样本中的HRAS表达相较于对照组更高（具体地，功能增强），指示患者对 Wnt抑制剂治疗的敏感性。
[0113] 61.根据项目60,其中该Wnt抑制剂是如项目35至37中任一项所定义。
【附图说明】
[0114] 图IA显示化合物A的结构。图IB显示化合物B的结构。
[0115] 图2A显示3H-放射性标记的化合物B与PORCN的结合。化合物B与PORCN之间的 特异性相互作用可通过未标记的化合物B竞争消除（图2A)。图2B显示化合物A与PORCN 的结合。
[0116] 图3A显示在Wnt共同培养检测中化合物A对Wnt信号传导的有效抑制作用，IC5q为0. 4nM。图3B绘示抑制效果是通过添加经外源Wnt3A调节的条件培养液恢复。
[0117] 图4显示不同剂量的化合物A对经HA-Wnt3A转染的293A细胞的效应。如图4所 显示，化合物A有效地减低HA-Wnt3A在上清液中的丰度同时保留溶胞产物HA-Wnt3A，表明 Wnt3A分泌是以剂量依赖性方式实质上受化合物A抑制。
[0118] 图5A展现化合物A实际上强烈阻断自分泌L-Wnt3A细胞（一种过度表达Wnt3A 的小鼠乳腺细胞系）中LRP6的Wnt依赖性磷酸化。图5B显示在所有19种Wnt当中保留 推定的Wnt棕榈酰基化位点（Ser209)周围的残基。图5C显示化合物A证实抗所有所测试 的Wnt (包括Wnt 1、2、3、3A、6、7A、和9A)的相当的抑制活性。
[0119] 图6为每种癌症类型的不同细胞系对化合物A的治疗的响应。响应性细胞系定义 为在以10至IOOnM化合物A处理48小时后达成大于50 %的AXIN2mRNA减少。如图6所显 示，头颈部癌细胞（HNSCC)系属于响应化合物A的前几种癌症类型。
[0120] 图7显示在HNSCC细胞系当中，96个中有31个在化合物A处理后显示Wnt路径抑 制。
[0121] 图8A显示化合物A有效地抑制HN30中的Wnt依赖性AXIN2产生，IC5。为0. 3nM。 图8B绘示化合物A强烈地减低HN30菌落形成，但IC5。右移。
[0122] 图9A显示化合物A的减少菌落形成的效应可部分地通过过度表达显性β -连环 蛋白恢复。图9Β证实化合物A的细胞效应与PORCN依赖性Wnt信号传导活性的抑制一致； 对PORCN的shRNA实质上抑制Wnt靶基因 ΑΧΙΝ2的表达。图9C显示对PORCN的shRNA也 抑制体外ΗΝ30细胞的菌落形成。
[0123] 图10显示化合物A的体内抗肿瘤活性；也就是，在HNSCC ΗΝ30的小鼠皮下异种移 植模型中。当每天一次给药时，化合物A诱导剂量依赖性药效和减少肿瘤重量（图10Α)。 在化合物A以3mg/kg的单次给药之后，肿瘤中AXIN2mRNA表达的程度在给药后5至10小 时之间减低~60至95% (图10B)。另外，如图IOC所显示，HN30肿瘤中的pLRP6水平实 质上以时间依赖性方式减低。
[0124] 图11为HNSCC细胞系组中最会突变的致癌基因或肿瘤抑制基因。
[0125] 图12为其聚集功能损失突变与来自HNSCC细胞系的化合物A 响应数据最优选 相关联的前几种候选基因。
[0126] 图13A和图13B显示化合物A响应性头颈部癌细胞系中的高度富集的Notchl功能 损失（LoF)突变。A)头颈部癌细胞系中Notchl的潜在LoF突变的图。N :N-端；C :C-端； LNR :Linl2-N〇tch重复；TMD :跨膜域；PEST :脯氨酸、谷氨酸、丝氨酸、苏氨酸富集（PEST) 域。框移（fs)和无义突变（X)包括 E488fs、A495fs、K538fs、G192X、P460fs、E216X，以红色 突显。B)头颈部癌细胞系中Notchl框移和无义突变的列表。C)NotchlC478F显示在DLLl 刺激或无 DLLl刺激下的Notchl报告基因检测中相较于野生型其活性完全减低。
[0127] 图14显示化合物A的体内药效。于小鼠 SNU1076异种移植模型中，于5mg/kg剂 量下的化合物A在14天处理之后明显抑制肿瘤生长（T/C :25% )(图14A)。化合物A实质 上抑制Wnt路径，这点如AXIN2减少70%所指示（图14B)。
[0128] 图15显示头颈癌细胞系中的FATl突变。FATl突变集中在化合物A响应性头颈癌 细胞系中。
[0129] 图16显示头颈癌细胞系中的HRAS突变。HRAS突变集中在化合物A响应性头颈癌 细胞系中。
【具体实施方式】
[0130] 定义
[0131] 除非本文清楚地另作指明，否则如本说明书和权利要求书所用，单数形式"一"、 "一个"和"该"包括复数形式的参考。例如，术语"一个细胞"包括复数个细胞，包括其混合 物。
[0132] 例如pH、温度、时间、浓度、和分子量的所有指定数值（包括范围）为可改变（+) 或（_)〇. 1增量的近似值，虽然不总是明确规定，然而，应了解所有指定数值前面存在术语 "约"。虽然不总是明确规定，然而，也应了解描述于本文中的试剂仅是示例性的，且那些等 效物是为本领域所熟知的。
[0133] 本文中术语"标记物"或"生物标记物"可互换使用。生物标记物为核酸或多肽和 该核酸或多肽的存在、不存在或差异性表达、描述基因数量的参数、基因或蛋白质突变、功 能或活性，且用于确定对任何Wnt抑制剂的敏感性。例如，Notchl为生物标记物，且癌症样 本细胞中Notchl的mRNA表达相较于正常（非癌性）组织或对照组织中的Notchl表达减 少。
[0134] " PORCN"是指豪猪，一种Wnt翻译后修饰时所需的膜结合酰基转移酶。除 非另外明确地陈述，否则如本文所用的PORCN是指人类P0RCN，检索号NM_017617. 3/ NP_060087(4851/P46531. 4)。
[0135] "Notchl"是指Notch同系物1。其为Notch信号传导中的单通道跨膜受体。除 非另外明确地陈述，否则如本文所用的Notchl是指人类Notchl，检索号NM_017617. 3/ NP_060087/GI: 148833508 (4851/P46531. 4)。"Notch2" 是指神经性基因座 notch 同系物 蛋白质2, 一种Notch信号传导中的单通道跨膜受体。除非另外明确地陈述，否则如本文 所用的 Notch2 是指人类 Notch2,检索号 NM_024408. 3/NP_077719/GI: 24041035 (4853/ Q04721. 3)。"Notch3"是指神经性基因座notch同系物蛋白质3, 一种Notch信号传导中的 单通道跨膜受体。除非另外明确地陈述，否则如本文所用的Notch3是指人类Notch3,检索 号 NM_000435. 2/NP_000426/GI:134244285(4854/Q9UM47. 2)。
[0136] "AXIN2"是指轴抑制蛋白质2。其为在调节β-连环蛋白的稳定性中具有重要作 用的细胞溶质蛋白质。除非另外明确地陈述，否则如本文所用的ΑΧΙΝ2是指人类ΑΧΙΝ2,检 索号 NM_004655. 3/NP_004646/GI: 195927059 (8313/Q9Y2T1)。
[0137] "LEF1"是指淋巴增强子-结合因子1。其为与β -连环蛋白形成复合物和驱动下 游靶基因表达的核蛋白。除非另外明确地陈述，否则如本文所用的LEFl是指人类LEF1，检 索号 NM_016269/NP_001124185/GI :7705917 (51176/Q9UJU2. 1)。
[0138] "NKD1"是指裸角质层1。其为与蓬乱蛋白（Disheveled)相互作用的细胞溶质蛋 白质。除非另外明确地陈述，否则如本文所用的NKDl是指人类NKD1，检索号NM_033119/ NP_149110/GI:14916433(85407/Q969G9. 1)。
[0139] "SFRP2"是指分泌卷曲相关蛋白2。其为Wnt信号传导的可溶性调节物质。除非另 外明确地陈述，否则如本文所用的SFRP2是指人类SFRP2,检索号NM_003013. 2/NP_003004/ GI:48475052(6423/Q96HF1. 2)。
[0140] "FRZB"是指卷曲相关蛋白，也是一种Wnt信号传导的可溶性调节物质。除非另 外明确地陈述，否则如本文所用的FRZB是指人类FRZB，检索号NM_001463. 3/NP_001454/ GI:38455388(2487/Q92765. 2)〇
[0141] "SFRP4"是指分泌卷曲相关蛋白4,也是一种Wnt信号传导的可溶性调节物质。 除非另外明确地陈述，否则如本文所用的SFRP4是指人类SFRP4-检索号NM_003014. 3/ NP_003005/GI:170784838 ^424/Q6FHJ7. 2)。
[0142] "DKK2"是指dickkopf-相关蛋白2,也是一种Wnt信号传导的可溶性调节物 质。除非另外明确地陈述，否则如本文所用的DKK2是指人类DKK2,检索号NM_014421. 2/ NP_055236/GI:7657023(27123/Q9UBU2. I)〇
[0143] "WNT11"是指WNT 11。其为分泌Wnt配体蛋白质。除非另外明确地陈述，否则如 本文所用的 WNTll 是指人类 WNT11，检索号 NM_004626. 2/NP_004617/GI :17017974 (7481/ 096014)。
[0144] "WNT10A"是指WNT10A，也是一种分泌Wnt配体蛋白质。除非另外明确地陈 述，否则如本文所用的WNTlOA是指人类WNT10A，检索号NM_025216. 2/NP_079492/ GI: 16936520 (80326/Q9GZT5)〇
[0145] "WNT3 "是指WNT3，也是一种分泌Wnt配体蛋白质。除非另外明确地陈述，否则 如本文所用的 WNT3 是指人类 WNT3,检索号 NM_030753. 3/NP_110380/GI: 13540477(7473/ P56703)。
[0146] "WNT7A"是指WNT7A，也是一种分泌Wnt配体蛋白质。除非另外明确地陈述，否则 如本文所用的 WNT7A 是指人类 WNT7A，检索号 NM_004625. 3/NP_004616/GI: 17505191 (7476/ 000755)〇
[0147] "FAM58A"是指具有序列相似性家族58的成员A。该基因包含细胞周期蛋白箱 式折叠域（cyclin-box-fold domain)，可具有控制核细胞分裂周期的作用。除非另外明 确地陈述，否则如本文所用的FAM58A是指人类FAM58A，检索号NM_152274. 3/NP_689487/ GI:196049382 (92002/Q8N1B3)〇
[0148] "FLJ43860"是指FLJ43860蛋白，一种功能未知的未特征化蛋白质。除非另外明确 地陈述，否则如本文所用的FLJ43860是指人类FLJ43860,检索号NM_207414. 2/NP_997297/ GI:148727311 (389690/Q6ZUA9)。
[0149] "CDKN2A"是指细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A，一种用于细胞周期进展的 重要抑制剂。除非另外明确地陈述，否则如本文所用的⑶KN2A是指人类⑶KN2A，检索号 NM_000077. 4/NP_478104/GI:4502749(1029/P42771)〇
[0150] "0R7G3"是指嗅觉受体7G3,为嗅觉G-蛋白偶联受体（GPCR)受体之一。除非另外明 确地陈述，否则本文所用的0R7G3是指人类0R7G3,检索号NM_001001958. 1/NP_001001958/ GI:50080201(390883/Q8NG95) 〇
[0151] "DTX3L"是指类似Deltex 3, 一种E3泛素连接酶，其果蝇同系物Deltex为果蝇 中Notch信号传导的正调节物质。除非另外明确地陈述，否则本文所用的DTX3L是指人类 DTX3L，检索号 NM_138287. 3/NP_612144. 1/GI: 19923717 (151636/Q8TDB6)。
[0152] "CCDC168"是指含有卷曲螺旋域的168,是一种具有卷曲螺旋域的蛋白质。除非 另外明确地陈述，否则本文所用的(XDC168是指人类(XDC168,检索号ΝΜ_001146197. 1/ ΝΡ_001139669. 1/GI:226246553(643677/Q8NDH2)〇
[0153] "ZNF527"是指锌指蛋白527,属于锌指蛋白家族。除非另外明确地陈述，否则本文 所用的 ZNF527 是指人类 ZNF527,检索号 NM_032453. 1/NP_115829/GI: 149192840(84503/ Q8NB42)〇
[0154] "HRAS"是指Harvey大鼠肉瘤病毒致癌基因同系物，是一种小G蛋白，其活 化MP激酶路径。除非另外明确地陈述，否则本文所用的HRAS是指人类HRAS，检 索号 NM_005343. 2/NM_176795. 3NM_001130442. 1/NP_001123914. 1/GI:47117697/ GI:194363760/GI:194363761(3265/Ρ01112) 〇
[0155] "FAT1"是指FAT1，一种原f丐粘附蛋白，据报告可结合至β -连环蛋白（catenin) 且防止其核易位。除非另外明确地陈述，否则FATl是指人类FAT1，检索号NM_005245. 3/ NP_005236/GI:75813622(2195/Q14517)。
[0156] 在本文中，对于任何所给基因仅列出一种基因检索号。应了解本发明包括与该基 因有关的任何剪接形式。剪接形式在本文中意指单一基因的mRNA以选择方式剪接，导致 单一基因的多种蛋白质变异体的表达。例如，Notch2具有两种剪接变异体，NM_024408和 ΝΜ_001200001。对于 Notch2,仅列出 NM_024408。
[0157] 如本文所用，"敏感性"意指细胞或患者对于Wnt抑制剂响应，其意为因 Wnt抑制 剂的作用导致延迟、停止、抑制肿瘤生长、侵袭或转移或达成肿瘤缩小或消退。在本发明的 一个实施方式中，当用10至IOOnM化合物A处理细胞或患者样本48小时，如该细胞或患者 样本对于治疗以大于50% Axin2减低反应（Wnt路径抑制）（例如Axin2mRNA或蛋白水平 减低），则该细胞或患者样本对Wnt抑制剂具有"敏感性"。在一个特定的实施方式中，当用 50nM化合物A处理细胞或患者样本48小时，如该细胞或患者样本对于治疗以Axin2mRNA含 量减低大于50 %反应，则该细胞或患者样本对Wnt抑制剂具有"敏感性"。
[0158] 当至少一种选自表1的生物标记物相较于对照组差异性地下调时，该细胞对Wnt 抑制剂的抑制为"敏感性"或展现"敏感性"。或者，当在超过一种、超过两种、超过三种或整 组生物标记物差异性地表达时，该细胞对Wnt抑制剂的抑制为"敏感性"。
[0159] "对照组细胞"或"正常细胞"是指非癌性组织或细胞。
[0160] "对照组组织"或"正常组织"是指非癌性组织或细胞。
[0161] "对照组样本"或"正常样本"是指非癌性组织或细胞。
[0162] 如本文所用，"对照组"为对照组细胞、对照组组织或对照组样本中的生物标记物 表达或描述与正常或健康生物标记物表达（即正常非癌性细胞、样本或组织中的生物标记 物表达）充分相关联的值的参数或数值。
[0163] Notchl "胞外域"在本文中表示氨基酸1至1735的Notchl区。
[0164] 术语"核酸"和"多核苷酸"可互换使用且是指任何长度的核苷酸聚合形式，脱氧 核糖核苷酸或核糖核苷酸或其类似物。多核苷酸可具有任何三维结构且可执行任何功能。 以下为多核苷酸的非限制性实例：基因或基因片段（例如探针、引物、EST或SAGE标签）、外 显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、核酶、cDNA、重组多核苷酸、分支多核 苷酸、质粒、载体、任何序列的分离的DNA、任何序列的分离的RNA、核酸探针和引物。多核苷 酸可包括修饰的核苷酸，例如甲基化核苷酸和核苷酸类似物。若存在，则对核苷酸结构的修 饰可在聚合物组装之前或之后进行。核苷酸的序列可间杂非核苷酸组分。多核苷酸可进一 步在聚合之后修饰，例如，通过与标记物组分结合。该术语也指双股分子和单股分子。除非 另外指明或另有需要，否则本发明的任何实施方式为：多核苷酸包括双股形式且包括已知 或预测构成双股形式的两个互补单股形式。
[0165] "基因"是指包含至少一个可在转录和翻译之后编码特定多肽或蛋白质的开放读 码框（ORF)的多核苷酸。多核苷酸序列可用于识别与其相关联的基因的较大片段或全长编 码序列。本领域技术人员已知分离较大片段序列的方法。
[0166] "基因表达"、"基因产物"或"表达"在本文中均可互换使用，且是指当基因转录和 翻译时所产生的核酸或氨基酸（例如肽或多肽）、生物标记物的DNA拷贝数、生物标记物的 基因组DNA、cDNA或RNA序列；生物标记物基因表达、生物标记物蛋白质表达、生物标记物 m