RNA表达；生物标记物蛋白质的功能性效应；生物标记物基因、cDNA或mRNA的功能性效 应；蛋白质、cDNA、基因或mRNA活性或其损失、或例如框移突变、缺失、易位、插入、复制、转 化、功能性突变的突变状态；或其组合。
[0167] 在一个特定实施方式中，"基因表达"、"基因产物"或"表达"表示DNA表达、DNA拷 贝数、mRNA表达、cDNA表达、蛋白质转录、蛋白质表达、DNA修饰、cDNA修饰、mRNA修饰、蛋 白质修饰、DNA功能、cDNA功能、mRNA功能、蛋白质功能、DNA突变、cDNA突变、mRNA突变、蛋 白质突变、或其组合；优选为DNA突变。DNA修饰包括DNA烷基化或酰化。例如，甲基化为 涉及添加甲基到胞嘧啶或腺嘌呤DNA核苷酸的生化过程。mRNA修饰包括RNA编辑，该RNA 编辑为涉及核苷酸在其由RNA聚合酶产生以形成序列之后的改变的生化过程。cDNA修饰包 括在mRNA层级进行的翻译为cDNA修饰的任何修饰。蛋白质修饰包括涉及氨基酸在其经过 翻译之后的改变的生化过程。蛋白质功能应理解为蛋白质进行由基因中编码的信息所特定 的职责，包括信号转导、酶反应等的促进。
[0168] 术语"多肽"可与术语"蛋白质"互换使用且在其最广泛意义上是指两个或更多个 氨基酸亚基、氨基酸类似物、或肽模拟物的化合物。这些亚基可由肽键键联。在另一个实施 方式中，亚基可由其他键（例如，酯、醚等）键联。
[0169] 如本文所用，术语"氨基酸"是指天然和/或非天然或合成氨基酸中的任何一者、 和D和L光学异构体二者、氨基酸类似物和肽模拟物。如果肽链短，则三个或更多个氨基酸 的肽通常称为寡肽。如果肽链长，则肽通常称为多肽或蛋白质。
[0170] 术语"分离的"意指与组分、细胞和其中多核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或其片段 性质上通常相关联的分离。例如，分离的多核苷酸是自其通常在其天然或自然的环境中，例 如在染色体上相关联的3'和5'邻接核苷酸相分离。如本领域技术人员所了解，非自然生 成的多核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或其片段不需要"分离"以区分其与其自然生成的对 应物。此外，"浓缩"、"分离"或"稀释"的多核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或其片段可与其 自然生成的对应物区分开，在于每体积中分子的浓度或数量在"浓缩"类型中比其自然生成 的对应物的每体积中分子的浓度或数量大或在"分离"类型中比其自然生成的对应物的每 体积中分子的浓度或数量小。其一级序列或例如其糖基化方式不同于自然生成的对应物的 多核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或其片段不需要以分离的形式存在，这是因为其可通过其 一级序列或者通过例如糖基化方式的另一特征与其自然生成的对应物区分。因此，非自然 生成的多核苷酸是提供作为与分离的自然生成的多核苷酸分开的实施方式。提供产生于细 菌细胞中的蛋白质作为与自其中本质上产生其的真核细胞分离的的自然生成的蛋白质分 开的实施方式。
[0171] "探针"当在多核苷酸操作情况中使用时是指一种提供作为可通过与靶杂交检测 潜在性地存在于目标样本中的靶的试剂的寡核苷酸。通常，探针包括标记物或可在杂交反 应之前或之后附着标记物的装置。适宜的标记物包括但不限于放射性同位素、萤光染料、化 学发光化合物、染料和蛋白质（包括酶）。
[0172] "引物"为短多核苷酸，一般具有通过与靶杂交和之后促进与靶互补的多核苷酸 的聚合，结合至潜在性地存于目标样本中的靶或"模板"的游离3'-OH基。"聚合酶链反 应"（"PCR"）为其中复制复本是由靶多核苷酸使用由"上游"和"下游"引物组成的"引物 对"或"引物组"、和聚合催化剂（例如DNA聚合酶，且通常是热稳定聚合酶）进行的反应。 PCR的方法为本领域中所熟知，且教导于例如PCR:A Practical Approach，M. MacPherson等 人，牛津大学出版社下的IRL出版社（1991)中。产生多核苷酸的复制复本的所有方法例如 PCR或基因克隆在本文中统称为"复制"。引物也可用作用于杂交反应（例如南方或北方墨 点分析法）中的探针（Sambrook 等人，Molecular Cloning :A Laboratory Manual，第 2 版 (1989))〇
[0173] 如本文所用，"差异性表达"意指通常相较于对照组情况下的表达的可测量的差 异。例如，当应用于基因时，其可指相较于正常细胞中的正常、野生型、功能性基因的基因的 差异性突变状态。差异性突变的基因可相较于野生型基因突变，这会导致突变基因的功能 损失。其也可指经由基因或由基因编码的蛋白产品转录和/或翻译的mRNA的差异性产生。 经差异性表达的基因可相较于正常或对照组细胞的表达程度为过度表达或不足表达。然 而，如本文所用，过度表达为基因表达的增加且一般是至少1. 25倍、或至少1. 5倍、或至少2 倍、或至少3倍或至少4倍表达超过在正常或对照组对应物细胞或组织中所检测到的表达。 如本文所用，不足表达为基因表达的减低且一般是至少1. 25倍、或至少1. 5倍、或至少2倍 或至少3倍或至少4倍表达低于在正常或对照组对应物细胞或组织中所检测到的表达。术 语"差异性表达"也指癌细胞或癌性组织中的表达与对照组（例如对照组细胞或正常组织， 例如非癌性细胞或组织）中的表达不同的情况。作为一个实施例，若癌症样本中的表达是 至少1. 25倍、或至少1. 5倍、或至少2倍或至少3倍或至少4倍低于对照组中的表达，则生 物标记物是差异性表达或差异性地下调。
[0174] 基因的高表达水平可因为基因的过度表达或基因拷贝数的增加而发生。基因也可 因负向调节物的失调或不存在转为增加的蛋白水平。
[0175] 术语"cDNA"是指互补DNA，也就是，存在于细胞或生物体中的mRNA分子与例如逆 转录酶的酶形成为cDNA。"cDNA库"是存在于细胞或生物体中的所有mRNA分子的集合，均 由酶逆转录酶转化为cDNA分子，接着插入至"载体"（可在添加外源性DNA后继续复制的其 他DNA分子）中。库的示例性载体包括噬菌体（也称为"抗菌素"）、感染细菌的病毒（例 如，λ噬菌体）。库可被探测目标特异性cDNA (以及因此mRNA)。
[0176] 作为一个实施例，可通过使用例如Affymetrix? HG-U133-Plus-2基因芯片的基 因芯片测量信使RNA含量来评估转录活性。大数目的目标基因的RNA的高通量即时定量因 而在可再现系统中变为可能。
[0177] 术语"严苛杂交条件"是指使得核酸探针将特异性地杂交至其靶向子序列而不杂 交至其他序列的条件。决定杂交严苛性的条件包括：温度、离子强度和例如甲酰胺的变性剂 的浓度。改变这些因素中的一个因素会影响另一个因素且本领域普通技术人员当了解维持 所想要严苛度的条件的改变。高度严苛杂交的一个实施例为：〇. 015M氯化钠、0. 0015M柠檬 酸钠，在65至68 °C下或0. 015M氯化钠、0. 0015M柠檬酸钠和50 %甲酰胺，在42 °C下（参见 Sambrook，上述）。"中等严苛"杂交的一个实施例为以下的条件：0. 015M氯化钠、0. 0015M柠 檬酸钠，在50至65 °C下或0. 015M氯化钠、0. 0015M柠檬酸钠和20%甲酰胺，在37至50 °C 下。当在需要中等量的核酸失配时使用中等严苛条件。本领域普通技术人员应当了解洗涤 为杂交条件的一部分。例如，洗涤条件可包括02. X至0.1 X SSC/0. 1% SDS和42至68°C的 温度，其中增加的温度可增强洗涤条件的严苛性。
[0178] 当杂交以反向平行构型在两个单股多核苷酸之间发生时，反应称为"退火"并将那 些多核苷酸描述作"互补"。若杂交可在第一多核苷酸和第二多核苷酸这些股的一者之间发 生，则双股多核苷酸可与另一多核苷酸"互补"或"同系"。"互补"或"同系"（一种多核苷 酸与另一种多核苷酸互补的程度）可依照大致上被接受的碱基配对原则根据预期彼此形 成氢键结合的反向的股中碱基的比例量化。
[0179] 多核苷酸或多核苷酸区域（或多肽或多肽区域）具有特定百分比（例如，80%、 85%、90%、95%、98%或99%)的与另一序列的"序列一致性"，意指当在比对时，在比较 两种序列中该百分比的碱基（或氨基酸）是相同的。该比对和百分比同系或序列一致性 可利用本领域中已知的软件程序，例如，述于Current Protocols in Molecular Biology， Ausubel等人编辑，（1987)增刊30,第7. 7. 18部分，表7. 7. I中确定。优选地，预设参数是 用于比对。一种优选的比对程序为使用预设参数的BLAST。具体地，优选的程序为BLASTN 和BLASTP，使用以下预设参数：遗传密码=标准；筛选=无；股=两股；截止=60 ;预期= 10 ;矩阵=BL0SUM62 ;描述=50序列；选择=高得分值；数据库=非冗余。
[0180] 本文中生物标记物包括基因变异体且具有至少95 %序列一致性的基因。
[0181] 术语"细胞增殖性疾病"应包括特征是异常细胞生长和/或分裂或功能损失的正 常生理功能的失调。"细胞增殖性疾病"的实例包括但不限于增殖、瘤形成、化生和各种自体 免疫疾病（例如特征是T细胞凋亡的失调的那些）。
[0182] 如本文所用，术语"肿瘤性细胞"、"肿瘤性疾病"、"瘤形成"、"肿瘤"、"肿瘤细胞"、 "癌症"和"癌细胞"（可互换使用）是指展现相对地自主生长使得其展现特征是细胞增殖 的控制显著损失（也就是，失调的细胞分裂）的异常性生长表达型的细胞。肿瘤性细胞可 为恶性或良性。转移性细胞或组织意指细胞可侵入并破坏邻近身体结构。
[0183] "头颈部癌症"或"头颈部鳞状细胞癌"可互换使用且是指出现于头部或颈部区域 中的癌症16。其主要为鼻腔、鼻窦、唇、口、唾腺、喉（throat/larynx)的癌症。90%的头颈部 癌症被归类为头颈部鳞状细胞癌。其以发生率计为全球第六位癌症，全球每年有约600, 000 例。HNSCC患者的5年存活率为约40至50%。
[0184] "抑制肿瘤生长"指示肿瘤细胞生长的减慢，这可通过本领域中已知的任何方式 来评估，包括但不限于测量肿瘤大小，利用3H-胸苷并入检测确定肿瘤细胞是否增殖，通过 FDG-PET(氟化脱氧葡萄糖正电子发射断层扫描）成像测量葡萄糖吸收，或计数肿瘤细胞。 "抑制"肿瘤细胞生长意指任何或所有以下状态：减慢、延缓和停止肿瘤生长以及肿瘤缩小。
[0185] "药物组合物"为活性剂和另一种惰性（例如，可检测试剂或标签）或活性载剂（例 如，化合物或组合物）（例如佐剂、稀释剂、黏结剂、稳定剂、缓冲剂、盐、亲油性溶剂、防腐剂 等）的组合。载剂也包括医药赋形剂和添加剂，例如；蛋白质、肽、氨基酸、脂质和碳水化合 物（例如糖，包括单糖和寡糖；衍生糖，例如醛醇、醛醣酸、酯化糖等；和多醣或糖聚合物）， 其可单独或以组合方式（单独地或以组合方式占1至99. 99% (以重量或体积计））存在。 碳水化合物赋形剂包括例如：单糖，例如果糖、麦芽糖、半乳糖、葡萄糖、D-甘露糖、山梨糖 等；二糖，例如乳糖、蔗糖、海藻糖、纤维二醣等；多醣，例如棉籽糖、松三糖、麦芽糊精、葡聚 糖、淀粉等；和醛醇，例如甘露醇、木糖醇、麦芽糖醇、乳糖醇、木糖醇山梨糖醇（葡萄糖醇） 和肌醇。
[0186] 示例性蛋白质赋形剂包括血清白蛋白，例如人类血清白蛋白（HSA)、重组人类白蛋 白（rHA)、明胶、酪蛋白等。也可在缓冲能力上发挥作用的代表性氨基酸/抗体组分包括丙 氨酸、甘氨酸、精氨酸、甜菜碱、组氨酸、谷氨酸、天冬氨酸、半胱氨酸、赖氨酸、亮氨酸、异亮 氨酸、缬氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、阿斯巴甜（aspartame)等。
[0187] 术语"载剂"进一步包括缓冲剂或pH调节剂；通常，缓冲剂为从有机酸或碱制得的 盐。代表性缓冲剂包括有机酸盐，例如柠檬酸、抗坏血酸、葡萄糖酸、碳酸、酒石酸、琥珀酸、 乙酸或邻苯二甲酸的盐；Tris、氨基丁三醇盐酸盐或磷酸盐缓冲液。其他载剂包括聚合物 赋形剂/添加剂，例如聚乙烯吡咯烷酮、聚蔗糖（一种聚合糖）、葡萄糖（例如环糊精，例如 2-羟丙基-正交-环糊精）、聚乙二醇、矫味剂、抗菌剂、甜味剂、抗氧化剂、抗静电剂、表面 活性剂（例如聚山梨糖醇酯，例如TWEEN 20?和TWEEN 80?)、脂质（例如磷脂、脂肪酸）、类 固醇（例如胆固醇）和螯合剂（例如Η)ΤΑ)。
[0188] 如本文所用，术语"药学上可接受的载剂"包括任何标准药学载剂，例如经磷酸盐 缓冲的盐水溶液、水和乳液（例如油/水或水/油乳液）和各种类型的润湿剂。这些组合 物也可包括稳定剂和防腐剂和任何上述载剂，其额外限制条件为那些是体内可接受使用 的。关于载剂、稳定剂和佐剂的实施例，请参见Remington's Pharmaceutical Science，第 15 版（Mack Publ. Co. ,Easton(1975)和 Physician' s Desk Reference，第 52 版，Medical Economics, Montvale, N. J. (1998)〇
[0189] "有效量"为足以实现敏感性细胞或患者样本中有益或所想要的结果（例如，预防 肿瘤生长）的量。其也可表示抑制Wnt路径的量。有效量可分一或多次施用、应用或给药。
[0190] "受试者"、"个体"或"患者"在本文中可互换使用，其是指脊椎动物，优选是哺乳动 物，更优选是人。哺乳动物包括但不限于小鼠、猿、人、农场动物、竞技类动物和宠物。
[0191] 如本文所用，"Wnt抑制剂"减低Wnt路径的活性。Wnt抑制剂是可抑制Wnt信号传 导路径的化合物，且包括PORCN抑制剂。该抑制可包括（例如）抑制PORCN和它的Wnt的 棕榈酰基化、或降低包括卷曲蛋白和蓬乱蛋白的Wnt路径组分之间的缔合。优选地，Wnt抑 制剂为PORCN抑制剂。
[0192] 在一个具体的实施方式中，用于如本文所述的处理的Wnt抑制剂是如 TO2010/101849A1(PCT/US10/025813)中所公开的任何适宜化合物，优选是式（1)的化合 物：
[0193] CN 105190313 A 说明书 16/29 页
[0194] 或其生理上可接受的盐，其中：
[0195] 其中的X1J2J3和X 4选自N和CR7;
[0196] X5、X6、X7和X 8中的其中之一是N且其他为CH ;
[0197] X9选自 N 和 CH;
[0198] Z选自苯基、吡嗪基、吡啶基、哒嗪基和哌嗪基；其中Z的各苯基、吡嗪基、吡啶基、 哒嗪基或哌嗪基任选被R6基取代；
[0199] R1、R2和 R3为氢；
[0200] m 为 1 ;
[0201] R4选自氢、卤素、二氟甲基、三氟甲基和甲基；
[0202] R6选自氢、卤素和-C(O)R10;其中R 10为甲基；和
[0203] R7选自氢、卤素、氰基、甲基和三氟甲基。
[0204] 具体地，该Wnt抑制剂可为选自下组的化合物：N-[5-(3-氟苯基）吡 啶-2-基]-2-[5-甲基-6-(哒嗪-4-基）吡啶-3-基]乙酰胺；
[0205] 2- [5-甲基-6- (2-甲基吡啶-4-基）吡啶-3-基]-N- [5-(吡嗪-2-基）吡 啶-2-基]乙酰胺；
[0206] N-(2, 3' -联吡啶-6' -基）-2_(2'，3-二甲基-2, 4' -联吡啶-5-基）乙酰胺；
[0207] N- (5- (4-乙酰基哌嗪-1-基）吡啶-2-基）-2- (2' -甲基-3-(三氟甲基）-2, 4' -联 吡啶-5-基）乙酰胺；
[0208] N- (5- (4-乙酰基哌嗪-1-基）吡啶-2-基）-2- (2' -氟-3-甲基-2, 4' -联吡 啶-5-基）乙酰胺；和
[0209] 2- (2' -氟-3-甲基-2, 4' -联吡啶-5-基）-N- (5-(吡嗪-2-基）吡啶-2-基）乙 酰胺；
[0210] 或其药学上可接受的盐。
[0211] 在一个不同的实施方式中，该Wnt抑制剂为2-[5-甲基-6-(2-甲基吡啶-4-基） 吡啶-3-基]-N- [5-(吡嗪-2-基）吡啶-2-基]乙酰胺（化合物A)。
[0212] 可依照本发明使用如 TO2011/123785 (PCT/US2011/030950)或 W02011/088123(PCT/US2011/020994)中所公开的其他 Wnt 抑制剂。
[0213] 本发明的详细陈沐
[0214] 现已识别出多种基因可充当用于Wnt抑制剂的生物标记物。它们列于表1中。这 些生物标记物可用于确定癌症患者对抑制剂的敏感性且有助于监测接受治疗的这些患者 的反应。另外，明确定义的生物标记物可指示哪位患者应接受治疗，也就是，可用于患者分 级并增加化合物将最终引起患者响应的机会。它容许较及时且积极的治疗，与试验和误差 方法相反。这些生物标记物也可用于监测治疗的有效性。若生物标记物指示患者已变为对 该治疗不敏感，则施用剂量可增加、减少、完全停药或改用另一种治疗施用。因此，所识别的 生物标记物（即，选自表1的任何生物标记物）是与Wnt抑制剂或PORCN抑制剂相关联的 适宜生物标记物。使用这些生物标记物的方法确保恰当患者接受适宜的治疗且在治疗过程 中患者可被监测其持续的Wnt (特别是P0RCN)抑制剂敏感性。治疗方法中的癌症患者可根 据其对Wnt抑制剂的敏感性选择性地获得治疗。这些生物标记物是通过在细胞系和小鼠异 种移植中进行实验来识别，或基于生物信息分析来确定。
[0215] -或多种本文所识别生物标记物的基因表达的减少可用于确定患者对任何Wnt 抑制剂的敏感性，例如，生物标记物的减少或过度表达指示癌症患者对Wnt抑制剂（特别是 化合物A)的施用敏感且将有利地响应Wnt抑制剂（特别是化合物A)的施用。作为另一个 实施例，在利用Wnt抑制剂治疗之后，可获得患者样本并检测该样本的敏感性以发现该患 者是否仍旧对Wnt抑制剂的治疗敏感。或者，可检测超过一种选自表1的生物标记物的组 合以获得该结果。以Wnt抑制剂（特别是如本文所定义的那些，尤其是化合物A)的治疗可 以是选择性的。这意指仅被识别为敏感的这些患者或极有可能响应Wnt抑制剂治疗的这些 患者接受Wnt抑制剂。其他可任选接受其他药物的替代治疗。
[0216] 已确定这些生物标记物在患者样本中在治疗之前或治疗之后相较于对照组样本 的基因表达的变化（包括活性或功能的损失或增益）可指示患者响应于Wnt抑制剂的治 疗。例如，Wnt抑制剂可为化合物A。更具体地，WNT11、WNT10A、WNT3、WNT7A在患者样本中 较对照组更高的表达指示患者对Wnt抑制剂的治疗更可能敏感。另一方面，患者对Wnt抑 制剂的治疗更可能敏感是由AXIN2、LEF1、NKDl的表达相较于对照组表达减少所指示。若 Notchl、Notch2或Notch3表达减少，或具体地，若其活性或功能相较于对照组减低，则其指 示患者对Wnt抑制剂的治疗更可能敏感。该活性或功能可能是因突变引起。相较于对照 组，在患者样本中检测到较低的SFRP2、FRZB、SFRP4或DKK2表达，可指示患者对Wnt抑制剂 的治疗的敏感性。相较于对照组水平，FAM58A、FLJ43860、CDKN2A、CCDC168、ZNF527、FAT1、 0R7G3或DTX3L的较低表达，特别是其功能损失，可指示患者将极有可能响应Wnt抑制剂的 治疗。当患者样本显示较对照组HRAS的更高表达（特别是功能增益）时，患者对Wnt抑制 剂的治疗敏感的可能性更大。
[0217] 已证实头颈癌细胞高度响应于Wnt抑制剂。患有头颈部癌症的癌症患者可自Wnt 抑制剂的治疗获益。一般而言，本发明的化合物将以治疗有效量经由本领域中已知的任何 常用且可接受的模式单独或以与一或多种治疗剂组合方式施用。治疗有效量可广泛地改 变，取决于疾病的严重度、个体的年龄和相对健康状态、所使用化合物的效力和其他因素。 一般而言，指示以约0. 03至2. 5mg/kg体重的日剂量可全身性地获得令人满意的结果。较 大哺乳动物（例如人）中的所指示日剂量在自约0. 5mg至约IOOmg范围内，可方便地施用， 例如，以多达一天四次的分次剂量。用于口服的适宜单位剂型包含约1至50mg活性成分。
[0218] 患有相较于对照组出现选自表1的生物标记物的差异性下调表达的头颈部癌症 的患者，尤其可自Wnt抑制剂（优