专利名称：一种apoB基因SNP检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种apo B基因 SNP检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
载脂蛋白Bfepolipoprotein B, apoB)是富含胆固醇和甘油三酯脂蛋白的重要组成成分，对脂质在人体转运、代谢、维持体内脂质水平的恒定起重要作用。载脂蛋白B有二种亚型apo B 100和apo B 48。apo B 48在小肠中产生，仅见于CM，是apo B100的N-末端部分；apo B100是CM、低密度脂蛋白(LDL)和VLDL的主要结构蛋白质，能够与LDL受体相结合，它对含有apo b的脂蛋白的组装、分泌、降解密切相关，对维持体内血脂水平的恒定起重要作用，其水平升高是动脉粥样硬化主要危险因素之一。apo B基因位于人2号染色体短臂上，全长431Λ，含有观个内含子和四个外显子。 在已知基因中，apo B基因具有最明显的多态性，其核苷酸变异有75处，其中导致氨基酸改变的有M处。本发明目标检测的apoB基因SNP位点，如表所示
权利要求
1.一种apo B基因SNP检测液相芯片，其特征在于，主要包括有(A).针对每种SNP分别设计的野生型和突变型的ASPE引物每种ASPE引物由5’端的 t ag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成，所述野生型和突变型的特异性引物分别为针对C181T SNP位点的SEQ ID NO. 12及SEQ ID NO. 13、针对C245A SNP位点的 SEQ ID NO. 14 及 SEQ ID NO. 15、针对 C245T SNP 位点的 SEQ IDN0. 14 及 SEQ ID NO. 16、针对 G153A SNP 位点的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18、针对 G82A SNP 位点的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20、和 / 或针对 G62A SNP 位点的 SEQ IDN0. 21 及 SEQ ID NO. 22;所述 tag 序列选自 SEQ ID NO. 1-11 ；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 23 SEQ IDN0. 33中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).用于扩增出需要检测的、具有相应SNP位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的apoB基因SNP检测液相芯片，其特征在于，所述扩增引物是针对C181T SNP位点的 SEQ ID NO. ；34及 SEQ ID NO. 35、针对C245A、C245T、G153ASNP位点的 SEQ ID NO. 36 及 SEQ ID NO. 37、针对G82A SNP位点的 SEQ ID NO. 38 及 SEQID NO. 39、 和 / 或针对 G62A SNP 位点的 SEQ ID NO. 40 及 SEQ ID NO. 41。
3.根据权利要求1所述的apoB基因SNP检测液相芯片，其特征在于，所述ASPE引物为由SEQ ID NO. 1和SEQ ID NO. 12组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 13组成的序列、由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 14组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ IDN0. 15组成的序列、由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 14组成的序列及由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 16组成的序列、由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 17组成的序列及由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 18组成的序列、由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 19组成的序列及由SEQ IDN0. 9和SEQ ID NO. 20、 和 / 或由 SEQ ID NO. 10 和 SEQ ID N0. 21 组成的序列及由 SEQ IDN0. 11 和 SEQ ID N0. 22 组成的序列。
4.根据权利要求1所述的apoB基因SNP检测液相芯片，其特征在于，主要包括以下成份(A).所述ASPE引物为由SEQ ID NO. 1和SEQ ID N0. 12组成的序列及由SEQ ID N0. 2和SEQ ID N0. 13组成的序列、由SEQ ID N0. 3和SEQ ID N0. 14组成的序列及由SEQ ID N0. 4和SEQ ID N0. 15组成的序列、由SEQ ID N0. 3和SEQ ID N0. 14组成的序列及由 SEQ ID N0. 5和SEQ ID N0. 16组成的序列、由SEQ ID N0. 6和SEQ IDN0. 17组成的序列及由SEQ ID N0. 7和SEQ ID N0. 18组成的序列、由SEQ ID N0. 8和SEQ ID N0. 19组成的序列及由 SEQ ID N0. 9 和 SEQ ID N0. 20、和由 SEQ ID NO. 10 和 SEQ ID N0. 21 组成的序列及由SEQ ID NO. 11和SEQ ID N0. 22组成的序列；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID N0. 23 SEQ IDN0. 33中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).所述扩增引物是针对C181TSNP位点的SEQ ID N0. ；34及SEQ ID N0. 35、针对 C245A、C245T、G153A SNP位点的 SEQ ID N0. 36 及 SEQ ID N0. 37、针对G82A SNP 位点的 SEQ ID N0. 38 及 SEQ ID N0. 39、和针对 G62A SNP 位点的 SEQ ID N0. 40 及 SEQ IDN0. 41。
5.根据权利要求1-4任一项所述的apoB基因SNP检测液相芯片，其特征在于，所述间隔臂为5-10个Τ。
6. 一种用于apo B基因SNP检测的特异性引物，其特征在于，包括有针对C181TSNP 位点的 SEQ ID NO. 12 及 SEQ ID NO. 13、针对 C245A SNP 位点的 SEQ ID NO. 14 及 SEQ ID NO. 15、针对 C245T SNP 位点的 SEQ ID NO. 14 及 SEQ ID NO. 16、针对 G153A SNP 位点的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18、针对 G82A SNP 位点的 SEQ IDN0. 19 及 SEQ ID NO. 20、和 / 或针对 G62A SNP 位点的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22。
全文摘要
本发明公开了一种apoB基因SNP检测特异性引物和液相芯片，所述液相芯片包括有由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变的特异性引物组成的ASPE引物，所述特异性引物分别为针对C181T SNP位点的SEQ ID NO.12及SEQ ID NO.13、针对C245A SNP位点的SEQ ID NO.14及SEQ ID NO.15、针对C245T SNP位点的SEQ IDNO.14及SEQ ID NO.16、针对G153A SNP位点的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18、针对G82A SNP位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20、和/或针对G62A SNP位点的SEQ IDNO.21及SEQ ID NO.22；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的apoB基因SNP检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，并实现多个多态性位点的并行检测。
文档编号C12Q1/68GK102533948SQ20101059090
公开日2012年7月4日 申请日期2010年12月16日 优先权日2010年12月16日
发明者朱泽尧, 秦会娟, 许嘉森, 郭婧 申请人:广州益善生物技术有限公司