专利名称：一种slc15a2基因多态性检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明属于分子生物 学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种SLC15A2基因多态性检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
肠道肽转运蛋白2(寡肽转运蛋白，PepT2,peptide transporter, SLC 15A2)是哺乳动物体内能够转运二肽、三肽的蛋白。研究表明，一些类肽的小分子药物是SLC15A2的底物，该小分子药物代谢情况与SLC15A2基因多态性相关。目前，对SLC15A2基因多态性进行检测、分析的方法主要有直接测序法和PCR-RFLP分析法等，其中最常用的方法有PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。再次，以上这些方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。本发明目标检测的SLC15A2基因突变位点，如表所示
序号 SLC15A2位点突变的内容简写
~SEQ ID NO. 41的第82位核苷酸，发生C — T突变C82T
—2SEQ ID NO. 42的第115位核苷酸，发生G — A突变G115A
~1SEQ ID NO. 43的第133位核苷酸，发生G — A突变G133A
~SEQ ID NO. 44的第107位核苷酸，发生C — T突变C107TSEQ ID NO. 41GTGTTGCCATTGTATCTGAAGGATTATTTGTTGGTGATTCTGACATGTGTTCTTTGCTCTAAGGAAATGGCCCCAGCCCAGCCAGGTCCCCAGGAGGTTTTCCTACAAGTCTTGAATCTGGCAGATGATGAGGTGAAGGTGACAGTGGTGGGAAATGAAAACAATTCTCTGTTGATAGAGTCCATCAAATCCTTTCAGGTGAGGTGTGTACCTGAATGAATTAGAAACTCTGTATGCTATATTGATCTTGATTTTTCCTTAACATTAATTGTATCATAAGCATCTTCCCATGTCTTTAGATAATCTTTGAGCACATGATTTTAATGGGCATATSEQ ID NO. 42CAACATCTTACCAAGGATCTGCCTGATGATCAAATTTTCTGAGTATAGGTCTTATTTCATCAGCTGTTACTGATTTTTACTTTCCTCTGTTGTAGGTAAAGGATACAGAAAGCAGAACAACCAATGGGATGACAACCGTGAGGTTTGAATGTCAATGAGATTCCAGGCCACTCTGTTTTCTTGAATCTTGGATCTCTTCTAATCTTTGGGGCTGCATTCTACTTGTTCTGAACAGGAATTCCCTCTCGTAGAATGCCAGGGGCACTGGTGTCAAAAGGSEQ ID NO. 43CTGGGCAAAGACTGAGTCAATTTAGAGTAATCCATACAGACATAGTGAACACTTACGAGAAGTTAATTCCACACTTGGAGACCAGACGATAAATGACAAAGTCAAACAACGGGATGAAGATAAGAACCAGAAGGGGATTTAGAACCTGTAACACCATGATAAAAAGGATTAGCTACAAATATTCTCCTATCATGAGTGTGAGCACTGCACT
CATTTGCTTGTTTACACTCTGTCTCACATCTACACACACTTTTGTCATTGTAAGTACAGAATGACTCCACATTCCTC
AGTCCATTTACACCCASEQ ID NO. 44GAGAGGAGGTTGAATGCAGTAGGATAGAATCATTTTGAACATTAGGAAAGACTCTATCAAGCCATAAGATGTTTCTGCATTTCCAACTTACTGGATATTTCTCAGCCGCCCAGTCTAGCCAGTGCTGTCGCTTTGGAATGTCTCCAGAACGGTTCTTGAAACGATTGGAAATAGCAAACTAGGGCAGAGAGTAGACATCATGGGAGAGACAAAGAGAAAAACATCCTCTG CCTTTTCCAACTTATTATACCTTCCTTCAAACACCATACTTCTAGTGACTTATTCCAACTCTTTGACCTAATCAGGCATTGA
发明内容
本发明的目的之一是提供SLC15A2基因多态性检测液相芯片。该液相芯片可用于单项或者并行检测SLC15A2基因四种常见基因型C82T、G115A、G133A和C107T的野生型和
突变型。实现上述目的的技术方案如下一种SLC15A2基因多态性检测液相芯片，包括有(A).针对SLC15A2基因不同多态性位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因多态性位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为针对C82T位点的SEQ ID NO. 9及SEQ ID NO. 10 ;针对G115A位点的 SEQ ID NO. 11 及 SEQ ID NO. 12 ;针对G133A位点的 SEQ ID NO. 13 及 SEQ ID NO. 14 ;和/或针对C107T位点的SEQ ID NO. 15及SEQ ID NO. 16 ;所述tag序列选自SEQ ID NO. I SEQ ID NO. 8 ；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 17 SEQ ID NO. 24，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。优选地，所述扩增引物为针对C82T位点的SEQ ID NO. 25及SEQ ID NO. 26 ;针对G115A 位点的 SEQ ID NO. 27 及 SEQ ID NO. 28 ;针对 G133A 位点的 SEQ ID NO. 29 及 SEQ IDNO. 30 ;和 / 或针对 C107T 位点的 SEQ ID NO. 31 及 SEQ ID NO. 32。优选地，所述ASPE引物为针对C82T位点的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 9组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 10组成的序列；针对G115A位点的由SEQ ID NO. 3和SEQ IDN0. 11组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 12组成的序列；针对G133A位点的由SEQ IDN0. 5和SEQ ID NO. 13组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 14组成的序列；和/或针对C107T位点的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 15组成的序列及由SEQ IDNO. 8和SEQ ID NO. 16组成的序列。本发明的另一目的是提供用于SLC15A2基因多态性检测的特异性引物。实现该目的的技术方案如下用于SLC15A2基因多态性检测的特异性引物，该特异性引物为针对C8 2T位点的 SEQ IDN0. 9 及 SEQ ID NO. 10 ;针对 G115A 位点的 SEQ ID NO. 11 及 SEQ ID NO. 12 ;针对G133A 位点的 SEQ ID NO. 13 及 SEQ ID NO. 14 ;和 / 或针对 C107T 位点的 SEQ ID NO. 15 及SEQ ID NO. 16。本发明的主要优点在于I.本发明所提供的检测方法与测序法的吻合率高达100%，且检测所需要的时间远远低于常用的测序技术，特别符合实际应用需要。所制备的SLC15A2基因多态性检测液相芯片具有非常好的信号-噪声比，并且所设计的探针以及anti-tag序列之间基本上不存在交叉反应，tag标签序列、anti-tag标签序列的选取以及tag标签序列与具体ASPE引物的结合，能够避免交叉反应，实现多个多态性位点的并行检测。2.本发明设计的ASPE引物特异性引物能够灵敏特异地识别目标检测的突变位点，准确区分各种型别的基因型；在同一个反应体系中，不同的特异性引物之间、特异性引物与非目标检测的PCR扩增产物之间基本上不存在交叉反应，检测特异性好，交叉反应率低于3% ;除了能够检测单个位点突变情况，也能够同时并行检测多个突变位点的多态性情况，检测效果一致。3.本发明通过发明人长期积累的设计经验和大量的实验操作，从众多的特异性引物中选取了最优的组合。本发明的检测方法步骤简单，四种多态性位点检测可通过一步多重PCR即可完成四条含有多态性位点的目标序列的扩增，避免了反复多次PCR等复杂操作过程中存在的诸多不确定因素，因而可大大提高检测准确率，体现了精确的同时定性、定量分析特征。4.本发明不仅克服了传统固相芯片敏感性不高，检测结果的可重复性差的缺陷，同时对现有的液相芯片技术进行改进，使得所制备微球能适用于不同的检测项目，具有很强的拓展性。检测的荧光信号值大大提高，从而使得检测的灵敏度进一步得到提高，信噪比增强，检测结果更加准确可靠。
具体实施例方式实施例I本实施例所述SLC15A2基因多态性检测液相芯片，主要包括有一、ASPE 引物针对SLC15A2基因四种常见基因型C82T、G115A、G133A和C107T的野生型和突变型，分别设计特异性引物序列。ASPE引物由“tag序列+特异性引物序列”组成。ASPE引物序列如下表所示表1SLC15A2基因的ASPE引物序列(tag序列+特异性引物序列)
权利要求
1.一种SLC15A2基因多态性检测液相芯片，其特征是，包括有 (A).针对SLC15A2基因不同多态性位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因多态性位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为针对C82T位点的SEQ ID NO. 9及SEQ ID NO. 10;针对G115A位点的 SEQ ID NO. 11 及 SEQ ID NO. 12 ;针对 G133A 位点的 SEQ ID NO. 13 及 SEQ ID NO. 14 ;和/或针对C107T位点的SEQ ID NO. 15及SEQ ID NO. 16 ;所述tag序列选自SEQ ID NO. I SEQ ID NO. 8 ； (B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 17 SEQ ID NO. 24，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求I所述的SLC15A2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为针对 C82T 位点的 SEQ ID NO. 25 及 SEQ ID NO. 26 ;针对 Gl 15A 位点的 SEQ ID NO. 27 及SEQ ID NO. 28 ;针对 G133A 位点的 SEQ ID NO. 29 及 SEQ ID NO. 30 ;和 / 或针对 C107T 位点的 SEQ ID NO. 31 及 SEQ ID NO. 32。
3.根据权利要求I所述的SLC15A2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物为针对C82T位点的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 9组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 10组成的序列；针对G115A位点的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 11组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 12组成的序列；针对G133A位点的由SEQ ID NO. 5和SEQID NO. 13组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 14组成的序列；和/或针对C107T位点的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 15组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 16组成的序列。
4.根据权利要求I所述的SLC15A2基因多态性检测液相芯片，其特征是， (A).所述ASPE引物为针对C82T位点的由SEQID NO. I和SEQ ID NO. 9组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 10组成的序列；针对G115A位点的由SEQ ID NO. 3和SEQID NO. 11组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 12组成的序列；针对G133A位点的由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 13组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 14组成的序列；和针对C107T位点的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 15组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 16组成的序列； (B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 17 SEQ ID NO. 24，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).所述扩增引物为针对C82T位点的SEQID NO. 25及SEQ ID NO. 26 ;针对G115A位点的 SEQ ID NO. 27及 SEQ ID NO. 28 ;针对G133A位点的 SEQ ID NO. 29及 SEQ ID NO. 30 ；和针对 C107T 位点的 SEQ ID NO. 31 及 SEQ ID NO. 32。
5.根据权利要求1-4任一项所述的SLC15A2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂为5-10个T。
6.用于SLC15A2基因多态性检测的特异性引物，其特征是，所述特异性引物序列为针对 C82T 位点的 SEQ ID NO. 9 及 SEQ ID NO. 10 ;针对 Gl 15A 位点的 SEQ ID NO. 11 及 SEQ IDNO. 12 ;针对 G133A 位点的 SEQ ID NO. 13 及 SEQ ID NO. 14 ;和 / 或针对 C107T 位点的 SEQID NO. 15 及 SEQ ID NO 16。
全文摘要
本发明公开了一种SLC15A2基因检测特异性引物和液相芯片，该液相芯片主要包括有每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为针对C82T位点的SEQ ID NO.9及SEQ ID NO.10；针对G115A位点的SEQID NO.11及SEQ ID NO.12；针对G133A位点的SEQ ID NO.13及SEQ ID NO.14；和/或针对C107T位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，实现多个突变位点的野生型和突变型并行检测。
文档编号C12Q1/68GK102952868SQ20111025155
公开日2013年3月6日 申请日期2011年8月29日 优先权日2011年8月29日
发明者许嘉森, 罗小笛 申请人:广州益善生物技术有限公司