抗菌化合物的制作方法

专利名称：抗菌化合物的制作方法
技术领域：
本发明涉及抑制Fab I并用于治疗细菌性感染的药用活性化合物。
背景技术：
尽管在所有的有机体中饱和脂肪酸生物合成的总路径是相似的，然而就它们的结构组织而言脂肪酸合酶(FAS)体系是有很大不同的。脊椎动物和酵母具有一个FAS，其中所有的酶活性分别编码在一个或两个多肽链上，并且酰基载体蛋白质(ACP)是该复合体的一个完整部分。相反，在细菌的FAS中，由独特的、单功能酶催化每一步反应并且所述ACP是一种不连续的蛋白质。因此，用抗菌药剂具有选择性抑制细菌体系的巨大潜力。
Fab I(以前命名为EnvM)功能在参与细菌脂肪酸生物合成的每一个循环的四步反应的最后一个步骤作为一个烯酰基-ACP还原酶发挥其功能作用(Bergler等，(1994)，J.Biol.Chem.269，5493-5496)。在所述途径中，由β-酮脂酰基-ACP合酶催化第一步，该酶使丙二酰基-ACP与乙酰铺酶A(FabH，合酶III)缩合。在后面的各轮(rounds)中，丙二酰基-ACP与生长链酰基-ACP(FabB和FabF，分别为合酶I和II)缩合。在所述延长的循环中的第二个步骤为依赖NADPH的β-酮脂酰基-ACP还原酶(FabG)还原酮酯。由β-羟基酰基-ACP脱水酶(FabA或FabZ)催化的随后的脱水产生反式-2-烯酰基-ACP，该烯酰基-ACP依次被依赖NADH的烯酰基-ACP还原酶(Fab I)转化为酰基-ACP。在该循环的其它各轮中，每次循环加上两个碳原子，最后产生棕榈酰基-ACP(16C)，在该棕榈酰基-ACP中终止所述环，主要归因于由棕榈酰基-ACP引起的Fab I的反馈性抑制(Heath等，(1996)，J.Biol Chem.271，1833-1836)。因此，Fab I是一个主要的生物合成酶并且在细菌脂肪酸生物合成的整个合成途径中是一个关键的调节点。因此，对于抗菌干扰而言，Fab I是一个理想的目标。
研究已经显示二氮杂烃基硼抗生素抑制脂肪酸、磷脂和脂多糖(LPS)的生物合成并且这些化合物的抗菌靶子为Fab I。例如，已经报道来自于Grassberger等，(1984)J.Med Chem 27 947-953的衍生物2b18是一种非竞争性的Fab I抑制剂(Bergler等，(1994)，J.Biol.Chem.269，5493-5496)。含有来自于抵抗二氮杂烃基硼的鼠伤寒沙门氏菌(S.Typhimurium)的Fab I基因的质粒在大肠杆菌(E.Coli)中也被赋予二氮杂烃基硼的抗性(Turnowsky等，(1998)，J.Bacteriol.，171，6555-6565)。另外，由二氮杂烃基硼抑制Fab I或通过在一种Fab I温度敏感突变株中升高温度抑制Fab I是致死的。这些结果证实Fab I对有机物的生存是至关重要的(Bergler等，(1994)，J.Biol.Chem.269，5493-5496)。
最近的研究显示Fab I也是广谱抗菌药三氯生的靶子(McMurry等，(1998)Nature 394，531-532)。E.coli Fab I与NAD和三氯生络合的一种晶体结构显示三氯生通过模仿它的天然酶作用物作为一种位点定向的、十分有效的Fab I抑制剂起作用(Levy等，(1999)Nature 398383-384)。Ward等，((1999)Biochem.38，12514-12525)已经指出没有证据证明在Fab I和可能类似于二氮杂烃基硼的三氯生之间形成共价络合物(complex)；三氯生这些化合物不同之处在于，它是一种可逆的FabI抑制剂。Fab I与NAD和三氯生的络合物的结构数据提供有关Fab I作为一种治疗目标的重要资料。
重要的是，已经发现某些化合物是Fab I抑制剂并具有抗菌活性，因此，在哺乳动物特别是人类中可以用于治疗细菌性感染。
发明概述本发明包括式(I)化合物，按照下文描述，所述化合物抑制Fab I并用于治疗细菌性性感染。
本发明也包括含有按照式(I)的化合物和药学上可接受的载体的药用组合物。
本发明也是一种通过抑制Fab I治疗细菌性感染的方法。具体地说，本发明的化合物用作抗菌剂。
详细说明本发明包括式(I)化合物或其药学上可接受的盐 其中R1为芳基或Het；R2为H、C1-6烷基或芳基-C0-6烷基；X为H、C1-4烷基、OR′、SR′、C1-4烷基磺酰基、C1-4烷基次磺酰基(sulfoxyl)、CN、N(R′)2、CH2N(R′)2、NO2、CF3、CO2R′、CON(R′)2、COR′、NR′C(O)R′、F、Cl、Br、I或CF3S(O)r-；R′为H、C1-6烷基或Ar-C0-6烷基；而r为0、1或2。
在该发明中也包括本发明化合物的药学上可接受的加成盐和络合物。本发明的化合物可以具有一个或多个手性中心，在此情况下除非特别指明本发明包括每个独特的外消旋化合物，以及每个独特的非外消旋化合物。
在其中化合物可以具有不饱和的碳碳双键的情况下，顺式(Z)和反式(E)异构物皆在本发明的范围内。在其中化合物可以以互变异构形式存在的情况下，如酮-烯醇互变异构体，如 ，打算将每种互变异构体皆包括在本发明中，无论其是否通过用R′进行的适宜取代而以平衡态存在或被锁定为一种形式。在任何一种情况下，任何取代基的含义不依赖于它的含义，或在任何的其它情况下，任何其它取代基的含义。
在本发明中也包括本发明化合物的前体药物。认为前体药物为在体内释放按照式(I)的活性母体药物的任何共供价连接的载体。
式(I)化合物抑制Fab I。抑制该酶可用于治疗细菌性感染。本发明的化合物也可用作抗真菌剂。另外，所述化合物可以与已知的抗菌素联合使用。
关于式(I)适宜地，R1为苯基，未被取代或被亚甲基二氧基取代，或被一个到三个选自以下的取代基所取代C1-4烷基、OR′、N(R′)2、F、Cl、Br、I和CF3，其中R′为H或C1-6烷基。
或者，R1为苯并咪唑基或吡啶基，未被取代或被C1-4烷基、OR′、N(R′)2、F、Cl、Br、I和CF3所取代，其中R′为H或C1-6烷基。
适宜地，R2为H、C1-6烷基或苯基-C0-6烷基，其中苯基未被取代或被亚甲基二氧基取代，或被一个到三个选自以下的取代基所取代C1-4烷基、OR″、CO2R′、N(R＇)2、F、Cl、Br、I和CF3，其中R′为H或C1-6烷基而R″为H、C1-6烷基或苄基。
适宜地，X为H、C1-4烷基、OR′、CN、N(R′)2、NO2、CF3、CO2R′、CON(R′)2、COR′、F、Cl、Br、I，其中R′为H或C1-6烷基。
本发明的代表性的新化合物为此后在实施例1-24中指定的化合物。
在本文中使用在肽和化学领域中常用的缩写和符号以便描述本发明化合物。通常，氨基酸缩写按照Eur.J.Biochem.，158，9(1984)所述遵循IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature。
在此使用的C1-4烷基意指一个1到4个碳原子的任选取代的烷基基团，并包括甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基和叔丁基。C1-6烷基又包括戊基、正戊基、异戊基、新戊基和己基及其简单的脂族异构体。C0-4烷基和C0-6烷基还表示烷基基团不需要存在(例如存在一个共价键)。
任何C1-4烷基和C1-6烷基可以被Rx基团任选取代，Rx基团可以在导致稳定结构的任何碳原子上并且可以通过常规的合成技术获得。对于RX适宜的基团为C1-4烷基、OR′、SR′、C1-4烷基磺酰基、C1-4烷基次磺酰基、芳基磺酰基、芳基次磺酰基、C1-4烷基磺酰胺、芳基磺酰胺、CN、N(R′)2、CH2N(R′)2、NO2、CF3、CO2R′、CON(R′)2、COR＇、NR′C(O)R′、F、Cl、Br、I或CF3S(O)r-，其中R′和r如式(I)化合物中定义。
卤素或卤基意指F、Cl、Br和I。
当在此应用时Ar或芳基意指苯基或萘基，或被一到三个取代基取代的苯基或萘基，所述取代基如那些以上定义的烷基，或被亚甲基二氧基取代的苯基或萘基。
Het或杂环指一个任选取代的五或六元单环，或一个九元或十元双环，所述环含有一到三个选自氮、氧或硫的杂原子，所述环是稳定的并且可以通过常规的化学合成获得。示例性的杂环为苯并呋喃基、苯并咪唑基、苯并吡喃基、苯并噻吩基、呋喃基、咪唑基、二氢吲哚基、吗啉基、哌啶基、哌嗪基、吡咯基、吡咯烷基、四氢吡啶基、吡啶基、噻唑基、噻吩基、喹啉基、异喹啉基、及四和五氢喹啉基和异喹啉基。在所述杂环上可以实现的最多可达三个取代基的任意组合，如以上对烷基定义的组合，可通过化学合成获得并且是稳定的，均在本发明的范围内。
在此某些基团用缩写表示。t-Bu指叔丁基基团，Boc指叔丁氧基羰基基团，Fmoc指芴基甲氧基羰基，Ph指苯基，Cbz指苄氧基羰基基团，Bn指苄基基团，Me指甲基，Et指乙基，Ac指乙酰基，Alk指C1-4烷基，Nph指1-或2-萘基而cHex指环己基。Tet指5-四唑基。
在此某些试剂用缩写表示。DCC指二环己基碳化二亚胺，DMAP指二甲基氨基吡啶，EDC指1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳化二亚胺盐酸盐，HOBt指1-羟基苯并三唑，THF指四氢呋喃，DIEA指二异丙基乙基胺，DEAD指偶氮二羧酸二乙酯，PPh3指三苯基膦，DIAD指偶氮二羧酸二异丙基酯，DME指二甲氧基乙烷，DMF指二甲基甲酰胺，NBS指N-溴琥珀酰亚胺，Pd/C指钯碳催化剂，PPA指多磷酸，DPPA指二苯基磷酰基叠氮化物，BOP指苯并三唑-1-基氧基-三(二甲基氨基)鏻六氟磷酸盐，HF指氢氟酸，TEA指三乙胺，TFA指三氟乙酸，PCC指氯铬酸吡啶鎓。
通常，在EDC和HOBT存在下，通过使式(II)化合物与式(III)化合物反应制备所述式(I)化合物 其中R1、R2和X如式(I)所定义，所述化合物带有任何被保护的反应性官能团；并且随后移去任何保护基团，并任选形成一种药学上可接受的盐。
详细地说，通过描述于方案I的通用方法制备式(I)化合物。流程I 试剂和条件(a)N-(苄氧基羰基)氧基琥珀酰亚胺、Et3N、DMF；(b)4-苄氧基苄基氯、NaH、DMF；(c)H2、10％Pd/C、HCl、MeOH、二噁烷；(d)4-羟基苯甲酸、EDC、HOBt.H2O、(i-Pr)2NEt、DMF。
用适宜的保护基团例如苄氧基羰基(Cbz)基团在哌啶氮上保护商业上获得的1，2，3，4-四氢-9H-吡啶并[3，4-b]吲哚(I-1)，产生I-2。对于本领域的技术人员而言用保护基团掩蔽反应性官能度是众所周知的，并且在标准参考书如Greene“有机合成中的保护基团”(Wiley-Interscience出版)中列出了其它保护基团。适宜时，例如用烷基基团、芳基烷基基团、酰基基团或磺酰基基团使吲哚氮进行官能化作用产生N-取代的衍生物。例如，可以用一种适宜的苄基卤衍生物如4-苄氧基苄基氯使吲哚氮烷基化，产生苄基化的衍生物I-3。烷基化反应通常需要求用强碱如氢化钠、LDA或LiN(TMS)2使吲哚去质子并且典型地在一种极性的、对质子有惰性的溶剂中进行该烷基化反应，通常使用的溶剂为THF、DMF或它们的混合物。通过在酸性条件下、在催化量的载于活性碳上的钯金属(Pd/C)存在下氢化移去该Cbz保护基团，得到盐酸胺I-4。Greene描述了移去Cbz保护基团的其它标准方法(上面引用)。然后通过与一种活化的适宜羧酸衍生物反应转化所述胺衍生物为酰胺I-5。例如，通过与EDC和HOBt反应将4-羟基苯甲酸转化为一种活化的形式，并且随后在一种适宜的溶剂如DMF、CH2Cl2或CH3CN中使该活化的形式与胺I-4反应。可以使用一种额外的碱如三乙胺(Et3N)、二异丙基乙基胺((i-Pr)2NEt)或吡啶，这取决于是否需要中和酸。
已知有许多另外的方法将一种羧酸转化为一种酰胺并且可以在标准参考书中找到，如通过引用结合到本文中的“有机合成方法的概略(compendium of Organic Synthetic Methods)”Vol.I-VI(Wiley-Interscience出版)，或Bodansky“肽合成实践(The practice of PeptideSynthesis)”(Springer-Verlag出版)。
当在此使用时，酰胺偶合试剂表示可以用于形成肽键的试剂。典型的偶合方法是应用碳化二亚胺、活化的酐和酯及酰基卤。典型的试剂如EDC、DCC、DPPA、PPA、BOP试剂、HOBt、N-羟基琥珀酰亚胺和草酰氯。
典型地，任选在催化剂如l-羟基苯并三唑(HOBt)和二甲基氨基吡啶(DMAP)的存在下，用一种适宜的碳化二亚胺偶合试剂如N，N′-二环己基碳化二亚胺(DCC)使所述胺通过它的游离氨基基团偶合到一种适宜的羧酸作用物上。其它方法也是适宜的，如任选在一种碱的存在下，形成一种适宜保护的酸作用物的游离羧基的活化酯、酐或酰卤化物并随后与游离胺反应。例如，在一种无水溶剂如二氯甲烷或四氢呋喃(THF)中、在一种碱如N-甲基吗啉、DMAP或一种三烷基胺的存在下，用氯甲酸异丁酯处理一种苯甲酸形成所述的“活化的酐”，随后该活化酐与游离胺反应。
在适宜的溶剂中，用标准方法由母体化合物和一种过量的酸制备所述化合物的酸加成盐，所述酸有例如盐酸、氢溴酸、氢氟酸、硫酸、磷酸、乙酸、三氟乙酸、马来酸、琥珀酸或甲磺酸。某些化合物形成可以接受的内盐或两性盐。通过用一种过量的碱性试剂或一种适宜的有机胺处理母体化合物制备阳离子盐，所述碱性试剂有例如含有适宜阳离子的氢氧化物、碳酸盐或醇盐。阳离子有例如Li+、Na+、K+、Ca++、Mg++和NH4+为存在于药学上可接受的盐中的阳离子的具体例子。
本发明也提供一种药用组合物，该组合物包含一种按照式(I)的化合物和一种药学上可接受的载体。因此，所述式(I)化合物可以用于生产一种药物。按照此前描述制备的所述式(I)化合物的药用组合物可以配制为胃肠外给药的溶液或冻干粉末。通过在临用前加入一种适宜的稀释剂或其它药学上可接受的载体重新配制粉末。所述液体制剂可以为一种缓冲的、等渗的水溶液。适宜稀释剂的实例为常规的等渗盐水溶液、标准的5％葡萄糖水溶液或缓冲溶液或乙酸铵溶液。此类制剂特别适宜胃肠外给药，但是也可以用于口服给药或装入一种计量剂量的吸入器或喷雾器中吹入给药。理想的是加入赋形剂如聚乙烯吡咯烷酮、明胶、羟基纤维素、阿拉伯树胶、聚乙二醇、甘露醇、氯化钠或柠檬酸钠。
或者，这些化合物可以装入胶囊、制成片剂或制备成一种口服给药的乳剂或糖浆剂。可以加入药学上可接受的固体或液体载体以便增强或稳定所述组合物，或以便有助于制备所述组合物。固体载体包括淀粉、乳糖、硫酸钙二水合物、石膏粉、硬脂酸镁或硬脂酸、滑石、果胶、阿拉伯树胶、琼脂或明胶。液体载体包括糖浆、花生油、橄榄油、盐水或水。所述载体也可包括一种缓释材料如单硬脂酸甘油酯或二硬脂酸甘油酯，单独使用或与蜡一起使用。固体载体的量可以变化，但是每个剂量单位优选在约20mg到1g之间。按照常规的制药业技术制备药用制剂，当需要时，对于片剂制药技术包括制粉、混合、制粒和压制，或对于硬明胶胶囊剂包括制粉、混合和填充。当使用液体载体时，所述制剂为一种糖浆剂、酏剂、乳剂或一种水悬浮液或非水悬浮液的形式。此类液体制剂可以直接口服给药或装入软明胶胶囊中给药。
对于直肠给药，本发明的化合物也可以与赋形剂混合并浇铸成栓剂，所述赋形剂有例如可可脂、甘油、明胶或聚乙二醇。
对于局部给药，本发明的化合物可以与稀释剂混合制成软膏、凝胶、糊剂、霜剂、散剂或喷雾剂的形式。为软膏、凝胶、糊剂或霜剂的所述组合物含有稀释剂如动植物脂肪、蜡、石蜡、淀粉、黄芪胶、纤维素衍生物、聚乙二醇、硅树脂、膨润土、硅酸、滑石和氧化锌或这些物质的混合物。为散剂或喷雾剂的所述组合物含有稀释剂如乳糖、滑石、硅酸、氢氧化铝、硅酸钙和聚酰胺粉或这些物质的混合物。另外，对于局部眼科给药，有代表性的载体为水、水与水可溶混溶剂如低级链烷醇或植物油的混合物、和水溶性的非毒性的聚合物例如纤维素衍生物，如甲基纤维素。
在此描述的化合物是Fab I抑制剂并且用于治疗细菌性感染。例如，这些化合物用于治疗细菌性感染如上呼吸道感染(如中耳炎、细菌性气管炎、急性会厌炎、甲状腺炎)、下呼吸道感染(如积脓肿、肺脓肿)、心脏感染(如感染性心内膜炎)、胃肠道感染(如分泌性腹泻、脾脓肿、腹膜后的脓肿)、CNS感染(如脑脓肿)、眼感染(如睑炎、结膜炎、角膜炎、眼内炎、preseptal和眼眶蜂窝织炎、darcryocystitis)、肾脏和尿道感染(如附睾炎、肾内和肾周脓肿、中毒性休克综合征)、皮肤感染(如脓疱病、滤泡炎、皮肤脓肿、蜂窝织炎、创伤感染、细菌性肌炎)、及骨和关节感染(如脓毒性关节炎、骨髓炎)。本发明的化合物也可以用作抗真菌剂。另外，所述化合物可以与已知的抗生素联合使用。
可以以一种符合患者病情的方式给予患者本发明的化合物，如药物的浓度足以治疗细菌性感染。按照约10mg到1000mg之间的口服剂量给予患者含有所述化合物的药用组合物，每天一次或多次给药。虽然所述剂量可以因患者的年龄、体重和症状而改变，口服剂量优选在大约50mg到500mg之间。对于急性治疗，优选胃肠外给药。虽然肌内大剂量注射也是有用的，静脉内输注在5％葡萄糖水溶液或生理盐水溶液中的式(I)化合物，或含有适宜赋形剂的类似制剂是最有效的。给予所述化合物的准确水平和方法很容易由本领域的技术人员确定。
可用一种或几种生物学测定法试验所述化合物，以便确定具有给定的药理学作用所需的化合物浓度。金黄色葡萄球菌(S.Aureus)Fab I的克隆用聚合酶链反应由金黄色葡萄球菌菌株WCUH29的染色体DNA克隆fab I基因。用Taq DNA聚合酶(BRL)和以下引物进行扩增5′-CGCCTCGAGATGTTAAATCTTGAAAACAAAACATATGTC-3＇和5′-CGCGGATCCAATCAAGTCAGGTTGAAATATCCA-3′(XhoI和BamHI下划线位置)。然后用XhoI和BamHI消化所产生的片段并连接到XhoI-和BamHI-消化的表达载体pET-16b(Novagen)中，产生pET-His 10-fab I。通过使用一种Applied Biosystems Model 377机器对环自动测序确认fab I的基因序列。通过用NcoI和NdeI消化pET-His 10-fabI构建未标记形式的pET-fab I，以便除去一个编码His 10标记物，因子Xa切割位点和Fab I的最初8个氨基酸的97bp片段，并用一个编码Fab I的最初8个氨基酸加上在起始的蛋氨酸和2位的赖氨酸之间的一个甘氨酸基团的接头取代它。该质粒称为pET-fab I。通过使以下两个寡核苷酸退火制备接头5′-CATGGGCTTAAATCTTGAAAACAAAACA-3′和5′-TATGTTTTGTTTTCAAGATTTAAGCC-3′。通过双脱氧测序确定在pET-fab I中的接头序列。对于化合物的评价仅仅使用天然的Fab I。对于超量生产的天然Fab I，质粒pET-fab I被转运进入BL21(DE3)(Novagen)细胞，以便形成菌株BL21(DE3)pET-fab I。金黄色葡萄球菌Fab I的纯化金黄色葡萄球菌Fab I作为可溶性蛋白质被表达到10％的总细胞蛋白质中，从15L在胰蛋白胨磷酸盐培养基中的发酵物中收获400g细胞。使所述细胞溶解并离心该样品。过滤产生的悬浮液并用三个连续的色谱柱纯化离子交换(Sourse 15Q)、染色亲和力(蓝色琼脂糖)和大小排除色谱柱(Superose 12)。每个柱后收集含有Fab I的部分，浓缩并检查纯度和生物活性。大肠杆菌(E.coli)Fab I的克隆一个恰当大小的大肠杆菌Fab I的PCR片段为从大肠杆菌的染色体DNA扩增的PCR，它是被亚克隆到TOPOTA克隆载体中制备，并通过菌落PCR+限制性核酸内切酶分析验证的。将该假定的大肠杆菌Fab I_PCR片段亚克隆到表达载体pBluePet中。将该Fab I克隆物转化入大肠杆菌株BL21(DE3)中。小规模(Small Scale)的表达研究显示，经SDS PAGE凝胶体的Coomassie染色，明显可见恰当分子量(约28Kda)的对于大肠杆菌Fab I超量表达的蛋白带。大肠杆菌Fab I表达结构的DNA序列说明没有出现错误。N′端氨基酸顺序已经证实超量表达的蛋白质带为大肠杆菌Fab I。大肠杆菌Fab I的纯化大肠杆菌Fab I作为可溶性蛋白质表达到15％的总细胞蛋白质上，从在振摇烧瓶中的改良液体培养基中的3L发酵物中收获120g细胞。使所述细胞溶解并离心该样品。过滤产生的上清液并用三个连续的色谱柱纯化离子交换(Sourse 15Q)、染色亲和(蓝色琼脂糖)和大小排除(Superose 12)。每个柱后收集含有Fab I的部分，浓缩并检查纯度和生物活性。金黄色葡萄球菌Fab I酶抑制测定(NADH)在半区、96孔微量滴定板中进行测定。在50uL含有100mMNaADA，pH6.5(ADA＝N-[2-乙酰氨基]-2-亚氨基二乙酸)、4％甘油、0.25mM丁烯酰CoA、1mM NADH和适当稀释的金黄色葡萄球菌Fab I的测定混合物中评估化合物。抑制剂的典型变化范围在0.01-10uM。通过跟踪在340nm吸收值的变化，在30℃监控NADH的消耗20分钟。从由t＝0分钟的切线斜率代表的非线性递增(progress)曲线的指数拟合评估最初的速率。由最初速率对一个标准的4参数模型的拟合评估IC50并典型地以双份重复测定的平均值±S.D.报道IC50。三氯生，一种市售抗菌剂和Fab I抑制剂，目前包括在所有的测定中作为一种阳性对照。本发明的化合物的IC50值大约从30.0微摩尔到0.010微摩尔。金黄色葡萄球菌Fab I酶抑制测定(NADPH)在半区、96孔微量滴定板中进行测定。在150uL含有100mMNaADA，pH6.5(ADA＝N-[2-乙酰氨基]-2-亚氨基二乙酸)、4％甘油、0.25mM丁烯酰CoA、50uM NADPH和金黄色葡萄球菌Fab I的适当稀释液的测定混合物中评估化合物。抑制剂的典型变化范围在0.01-10uM。通过跟踪在340nm吸收值的变化，在30℃监控NADPH的消耗20分钟。从由t＝0分钟的切线斜率代表的非线性递增曲线的指数拟合评估最初的速率。由最初速率对一个标准的4参数模型的拟合评估IC50值并通常以双份重复测定的平均值±S.D.报告IC50值。三氯生，一种市售的抗菌剂和Fab I抑制剂，目前被包括在所有的测定中作为一种阳性对照。大肠杆菌Fab I酶抑制测定在半区、96孔微量滴定板中进行测定。在150uL含有100mMNaADA，pH6.5(ADA＝N-[2-乙酰氨基]-2-亚氨基二乙酸)、4％甘油、0.25mM丁烯酰CoA、50uM NADH和大肠杆菌Fab I的适当稀释液的测定混合物中评估化合物。抑制剂的通常变化范围在0.01-10uM。通过跟踪在340nm吸收值的变化，在30℃监控NADH的消耗20分钟。从由t＝0分钟的切线斜率代表的非线性递增曲线的指数拟合评估最初的速率。由最初速率对一个标准的4参数模型的拟合评估IC50值并通常以双份重复测定的平均值±S.D.报告IC50。三氯生，一种市售的抗菌剂和Fab I抑制剂，目前被包括在所有的测定中作为一种阳性对照。本发明的化合物IC50值大约从45.0微摩尔到2.0微摩尔。抗微生物活性测定使用National Committee for Clinical Laboratory Standards(NCCLS)推荐的方法，Document M7-A4，“Methods for Dilution Susceptibility TestsFor Bacteria That Grow Aerobically”通过肉汤微量稀释测定完整细胞的抗微生物活性。在0.06到64mcg/mL范围内，用连续的两倍稀释测试所述化合物。通过筛选对抗代表性细菌的化合物评价抗菌活性，代表性细菌选自金色葡萄球菌Oxford(Staphylococcus aureus Oxford)、金色葡萄球菌WCUH29(Staphylococcus aureus WCUH29)、肺炎链球菌R6(Streptococcus pneumoniae R6)、肺炎链球菌ERY2(StreptococcuspneumoniaeERY2)、肺炎链球菌1629(Streptococcus pneumoniae 1629)、肺炎链球菌N 1387(Streptococcus pneumoniae N 1387)、酿脓链球菌CN10(Streptococcus pyogenes CN10)、屎肠球菌(enterococcus faecalis7)、流感嗜血杆菌Q1(Haemophilus influenzae Q1)、流感嗜血杆菌NEMC1(Haemophilus influenzae NEMC1)、粘膜炎莫摩拉氏菌(Moraxella Catarrhalis 1502)、大肠杆菌DC0(Escherichia coli DC0)、大肠杆菌ESS(Escherichia coli ESS)、大肠杆菌7623 AcrAB+(Escherichia coli 7623 AcrAB+)、大肠杆菌120AcrAB-(Escherichia coli120 AcrAB-)、大肠杆菌MG1655(Escherichia coli MG1655)、大肠杆菌MG1658(Escherichia coli MG1658)、肺炎克雷伯氏菌E70(KlebsiellaPneumoniae E70)、绿脓假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa K799wt)。在化合物抑制可见的生长的最低浓度测定最小抑制浓度(MIC)。采用一个反射读数器(mirror reader)帮助确定MIC点。
本领域的技术人员会认为任意一个MIC低于256ug/mL的化合物是潜在的先导化合物。用于本发明抗微生物测试的化合物优选具有低于128ug/mL的MIC值。最优选所述化合物具有低于64ug/mL的MIC值。
以下实施例并不打算限制本发明的范围，而是为了阐述怎样制备和使用本发明的化合物。许多其它的实施方案对于本领域的技术人员来说应该是显而易见的。
实施例概要在300MHz记录质子核磁共振(1H MR)光谱，并用离内标四甲基硅烷(TMS)百万分之几的(delta)低场报告化学位移。NMR数据缩写如下s＝单峰、d＝双重峰、t＝三重峰、q＝四重峰、m＝多重峰、dd＝两个双重峰、dt＝两个三重峰、app＝表观、br＝宽峰。J指用赫兹测量的NMR偶合常数。CDCl3为氘氯仿。DMSO-d6为六氘二甲基亚砜，而CD3OD为四氘甲醇。用电子喷射(ES)离子化技术获得质谱。用QuantitativeTechnologies Inc.，Whitehouse，NJ进行元素分析。在Thomas-Hoover熔点仪上获得熔点并且没有校正。所有的温度皆用摄氏度报告。薄层快速层析使用Analtech Silica Gel GF和E.Merck Silica Gel 60 F-254薄层板。在E.Merck Kieselgel 60(230-400目)硅胶上进行快速层析。在Beckman色谱系统上进行分析性HPLC。用Gilson色谱系统进行制备性HPLC。ODS指十八烷基甲硅烷基衍生的硅胶色谱载体。YMCODS-AQ为一种ODS色谱载体并且是YMC Co.Ltd.，Kyoto，Japan的一个注册商标。PRP-1为一种聚合(苯乙烯-二乙烯基苯)色谱载体，并且是Hamilton Co.，Reno，Nevada的一个注册商标。Celite为一种酸洗硅藻土组成的助滤剂，并且是Manville Crop.，Denver，Colorado的一种注册商标。
制备19-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐的制备a)2-苄氧基羰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚在室温下，向搅拌着的1，2，3，4-四氢-9H-吡啶并[3，4-b]吲哚(20.0g，116.2mmole)的干燥DMF(150mL)溶液中加入N-(苄氧基羰基氧基)琥珀酰亚胺(31.84g，127.76mmole)和三乙胺(13.0g，127.76mmole)。在12小时后，将该反应内容物倾入H2O(150mL)中并用EtOAc(2×200mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩得到一种黄色的油状物。在硅胶上纯化(己烷/EtOAc，4∶1)得到标题化合物(34.48g，97％)，为一种白色固体MS(ES)m/e 307(M+H)+。b)2-苄氧基羰基-9-[(4-苄氧基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚向搅拌着的2-苄氧基羰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(17.75g，58.0mmole)的干燥DMF(150mL)溶液中加入4-苄氧基苄基氯(14.85g，63.8mmole)。在10分钟后，加入60％NaH(2.78g，69.6mmole)并使该反应浆温热至室温并搅拌12小时。将该反应内容物倾入H2O(200mL)中并用EtOAc(2×200mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩得到一种蜡状的固体。在硅胶上纯化(己烷/EtOAc，4∶1)得到标题化合物(27.13g，93％)，一种白色固体MS(ES)m/e 503(M+H)+。c)9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐在室温下，向在一个Parr氢化烧瓶中的2-苄氧基羰基-9-[(4-苄氧基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(5.0g，9.96mmole)的甲醇(25mL)和含有HCl(10mL，1M在二噁烷中)的二噁烷(50mL)溶液中加入10％Pd/C(0.5g)。在45psi H2下振摇该反应混合物5小时。通过celite过滤该悬浮液并用甲醇洗涤该滤器垫板。在rotavap上浓缩该滤液并在高真空下干燥该残余物，得到标题化合物(2.79g，89％)，一种白色固体MS(ES)m/e 279(M+H-HCl)+。
制备29-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐的制备a)2-苄氧基-9-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚在5℃下，向搅拌着的2-苄氧基羰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(5.0g，16.3mmole)的干燥DMF(75mL)溶液中加入60％NaH(0.7g，17.5mmole)。在10分钟后，加入甲基碘(11.57g，81.5mmole)并使该反应物温热至室温并搅拌12小时。将该反应内容物倾入H2O(100mL)中并用EtOAc(2×100mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩并在硅胶上纯化(己烷/EtOAc，1∶1)得到标题化合物(5.17g，99％)，一种白色固体MS(ES)m/e 321(M+H)+。b)9-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐在室温下，向在一个Parr氢化烧瓶中的2-苄氧基羰基-9-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(5.17g，16.2mmole)在甲醇(100mL)、EtOAc(25mL)和HCl(17mL，1M在二噁烷中)中的溶液中加入10％Pd/C(0.5g)。在45psi H2下振摇该反应混合物6小时。通过celite过滤该悬浮液并用甲醇洗涤该滤器垫。在rotavap上浓缩该滤液并在高真空下干燥该残余物，得到标题化合物(3.19g，92％)，为一种白色固体MS(ES)m/e 187(M+H-HCl)+。
制备39-{[4-(三氟甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐的制备a)2-苄氧基羰基-9-{[4-(三氟甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚在5℃下，向搅拌着的2-苄氧基羰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(5.82g，19.0mmole)的干燥DMF(75mL)溶液中加入60％NaH(1.10g，28.5mmole)。在10分钟后，加入4-三氟甲基苄基溴(5.0g，20.9mmole)并使该反应物温热至室温并搅拌12小时。将该反应内容物倾入H2O(100mL)中并用EtOAc(2×100mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩并在硅胶上纯化(己烷/EtOAc，4∶1)得到标题化合物(8.73g，99％)，为一种白色固体MS(ES)m/e 465(M+H)+。b)9-{[4-(三氟甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐在室温下，向在一个Parr氢化烧瓶中的2-苄氧基羰基-9-{[4-(三氟甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(8.73g，18.81mmole)在甲醇(50mL)、二噁烷(50mL)和HCl(19mL，1M在二噁烷中)中的溶液中加入10％Pd/C(0.5g)。在45psi H2下振摇该反应混合物6小时。通过celite过滤该悬浮液并用甲醇洗涤该滤器垫。在rotavap上浓缩该滤液并在高真空下干燥残余物，得到标题化合物(6.33g，92％)，为一种白色固体MS(ES)m/e 331(M+H-HCl)+。
制备42-苯甲酰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-苯甲酰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚在室温下，向搅拌着的1，2，3，4-四氢-9H-吡啶并[3，4-b]吲哚(2.0g，11.6mmole)的干燥DMF(20mL)溶液中加入苯甲酸(1.56g，12.77mmole)、1-羟基苯并三唑水合物(1.72g，12.77mmole)和二异丙基乙胺(1.65g，12.77mmole)。在10分钟后，加入EDC(2.44g，12.77mmole)并搅拌该反应物12小时。将该反应内容物倾入H2O(100mL)中并用EtOAc(2×100mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩并在硅胶上纯化(己烷/EtOAc，1∶1)得到标题化合物(3.0g，94％)，为白色固体MS(ES)m/e 277(M+H)+。
制备59-{[4-(氟)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐的制备a)2-苄氧基羰基-9-{[4-(氟)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚在5℃下，向搅拌着的2-苄氧基羰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(5.0g，16.33mmole)的干燥DMF(75mL)溶液中加入60％NaH(0.98g，24.5mmole)。在10分钟后，加入4-氟苄基溴(3.40g，18.0mmole)并使该反应物温热至室温并搅拌12小时。将该反应内容物倾入H2O(100mL)中并用EtOAc(2×100mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩并在硅胶上纯化(己烷/EtOAc，4∶1)得到标题化合物(6.42g，95％)，为白色固体MS(ES)m/e415(M+H)+。b)9-{[4-(氟)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐在室温下，向在一个Parr氢化烧瓶中的2-苄氧基羰基-9-{[4-(氟)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(5.28g，12.7mmole)在甲醇(50mL)、二噁烷(50mL)和HCl(19mL，1M在二噁烷中)中的溶液中加入10％Pd/C(0.5g)。在45psi H2下振摇该反应混合物6小时。通过celite过滤该悬浮液并用甲醇洗涤该滤器垫。在rotavap上浓缩滤液并在高真空下干燥该残余物，得到标题化合物(3.61g，90％)，为白色固体MS(ES)m/e 281(M+H-HCl)+。
制备64-(1，2，3，4-四氢β-咔啉-9-基}甲基)苯甲酸甲酯一盐酸盐的制备a)2-苄氧基羰基-9-{[4-(羧甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚在5℃下，向搅拌着的2-苄氧基羰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(5.0g，16.33mmole)的干燥DMF(75mL)溶液中加入60％NaH(0.98g，24.5mmole)。在10分钟后，加入4-(溴甲基)苯甲酸甲酯(4.12g，18.0mmole)并使该反应物温热至室温并搅拌12小时。将该反应内容物倾入H2O(100mL)中并用EtOAc(2×100mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩并在硅胶上纯化(己烷/EtOAc，4∶1)得到标题化合物(6.91g，93％)，为白色固体MS(ES)m/e 455(M+H)+。b)9-{[4-(羧甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐在室温下，向在一个Parr氢化烧瓶中的2-苄氧基羰基-9-{[4-(羧甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(6.91g，15.22mmole)在甲醇(50mL)、二噁烷(50mL)和HCl(19mL，1M在二噁烷中)中的溶液中加入10％Pd/C(0.5g)。在45psi H2下振摇该反应混合物6小时。通过celite过滤该悬浮液并用甲醇洗涤滤器垫。在rotavap上浓缩滤液并在高真空下干燥残余物，得到标题化合物(5.22g，90％)，为白色固体MS(ES)m/e 345(M+H-HCl)+。
以下实施例阐述从中间化合物如在上文制备中描述的那些化合物制备本发明的生物学活性化合物的方法。
实施例12-苯甲酰基-9-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-苯甲酰基-9-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚在5℃下，向搅拌着的2-苯甲酰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(3.0g，10.9mmole)的干燥DMF(75mL)溶液中加入60％NaH(0.52g，13.1mmole)。在10分钟后，加入甲基碘(7.80g，55mmole)并使该反应物温热至室温并搅拌12小时。将该反应内容物倾入H2O(50mL)中并用EtOAc(2×100mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩并在硅胶上纯化(己烷/EtOAc，1∶1)得到标题化合物(3.14g，99％)，为白色固体MS(ES)m/e 291(M+H)+。
实施例22-苯甲酰基-9-[(4-苄氧基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-苯甲酰基-9-[(4-苄氧基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚在5℃下，向搅拌着的2-苯甲酰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(17.75g，58.0mmole)的干燥DMF(75mL)溶液中加入60％NaH(2.78g，69.6mmole)。在10分钟后，加入4-苄氧基苄基氯(14.85g，63.8mmole)并使该反应物温热至室温并搅拌12小时。将该反应内容物倾入H2O(150mL)中并用EtOAc(2×150mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩并在硅胶上纯化(己烷/EtOAc，1∶1)得到标题化合物(26.61g，97％)，为白色固体MS(ES)m/e 473(M+H)+。
实施例32-(3-氨基)苯甲酰基-9-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-[3-(氨基)苯甲酰基]-9-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚(385820)在室温下，向搅拌着的9-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐(0.35g，1.59mmole)的干燥DMF(20mL)溶液中加入3-氨基苯甲酸(0.24g，1.75mmole)、1-羟基苯并三唑水合物(0.24g，1.75mmole)和二异丙基乙基胺(0.45g，3.50mmole)。在10分钟后，加入EDC(0.33g，1.75mmole)并搅拌该反应物12小时。将该反应内容物倾入H2O(100mL)中并用EtOAc(2×100mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩得到一种黄色的油状物。在硅胶上纯化(CHCl3/CH3OH，95∶5)得到标题化合物(0.45g，92％)，为白色固体MS(ES)m/e 306(M+H)+。
实施例42-(4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚在室温下，向搅拌着的9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐(0.50g，1.59mmole)的干燥DMF(25mL)溶液中加入4-羟基苯甲酸(0.24g，1.75mmole)、1-羟基苯并三唑水合物(0.24g，1.75mmole)和二异丙基乙基胺(0.45g，3.50mmole)。在10分钟后，加入EDC(0.33g，1.75mmole)并搅拌该反应物12小时。将该反应内容物倾入H2O(100mL)中并用EtOAc(2×150mL)提取。顺序用H2O和盐水洗涤合并的有机相，然后用Na2SO4干燥。在减压下浓缩并在硅胶上纯化(己烷/EtOAc，1∶2)得到标题化合物(0.55g，91％)，为白色固体MS(ES)m/e 383(M+H)+。
实施例52-苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用苯甲酸(0.21g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后得到为白色固体的标题化合物(0.60g，90％)MS(ES)m/e 383(M+H)+。
实施例62-(3，4-亚甲二氧基)苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(3，4-亚甲二氧基)苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用3，4-亚甲二氧基苯甲酸(0.29g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后得到为白色固体的标题化合物(0.69g，93％)MS(ES)m/e 427(M+H)+。
实施例72-(2-羟基)苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(2-羟基)苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用2-羟基苯甲酸(0.24g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后得到为白色固体的标题化合物(0.62g，89％)MS(ES)m/e 399(M+H)+。
实施例82-(3-咪唑基)苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(3-咪唑基)苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用5-苯并咪唑羧酸(0.28g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后得到为灰白色固体的标题化合物(0.63g，85％)MS(ES)m/e 423(M+H)+。
实施例92-(6-羟基)烟酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(6-羟基)烟酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用6-羟基烟酸(0.24g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到为灰白色固体的标题化合物(0.58g，83％)MS(ES)m/e 400(M+H)+。
实施例102-(6-氢基)烟酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(6-氨基)烟酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用6-氨基烟酸(0.24g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到为灰白色固体的标题化合物(0.60g，87％)MS(ES)m/e 399(M+H)+。
实施例112-(4-甲基氨基)苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(4-甲基氨基)苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用4-甲基氨基苯甲酸(0.26g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到为灰白色固体的标题化合物(0.61g，85％)MS(ES)m/e 412(M+H)+。
实施例122-(4-氨基)苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(4-氨基)苯甲酰基-9-[4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用4-氨基苯甲酸(0.24g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到灰白色固体的标题化合物(0.56g，80％)MS(ES)m/e 398(M+H)+。
实施例132-(4-氯)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(4-氯)苯甲酰基-9-[(4-(羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用4-氯苯甲酸(0.27g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.63g，96％)MS(ES)m/e 417(M+H)+。
实施例142-(3，5-二氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(3，5-二氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用3，5-二氯-4-羟基苯甲酸(0.36g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析之后，得到为白色固体的标题化合物(0.70g，94％)MS(ES)m/e 468(M+H)+。
实施例152-(3-氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(3-氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用3-氯-4-羟基苯甲酸半水合物(0.32g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.62g，91％)MS(ES)m/e 434(M+H)+。
实施例162-(4-羟基)苯甲酰基-9-{[4-(三氟甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备a)2-(4-羟基)苯甲酰基-9-{[4-(三氟甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚按照实施例4的方法制备，但用9-{[4-(三氟甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐(0.50g，1.37mmole)取代9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.55g，90％)MS(ES)m/e 451(M+H)+。
实施例174-({2-[(4-羟基苯基)羰基]-1，2，3，4-四氢β-咔啉-9-基}甲基)苯甲酸甲酯的制备按照实施例4的方法制备，但用9-{[4-(羧基甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐(0.76g，2.0mmole)取代9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.87g，94％)MS(ES)m/e 466(M+H)+。
实施例182-(4-氯-2-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4 ，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备按照实施例4的方法制备，但用4-氯-2-羟基苯甲酸(0.19g，1.10mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.44g，95％)MS(ES)m/e 469(M+H)+。
实施例192-(5-氯-2-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备按照实施例4的方法制备，但用5-氯-2-羟基苯甲酸(0.19g，1.10mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.44g，94％)MS(ES)m/e 469(M+H)+。
实施例202-(4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-氟苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备按照实施例4的方法制备，但用9-[(4-氟苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐(0.50g，1.58mmole)取代9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶1)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.58g，92％)MS(ES)m/e 401(M+H)+。
实施例212-(3-氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-氟苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备按照实施例4的方法制备，但用9-[(4-氟苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐(0.50g，1.58mmole)取代9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐和用3-氯-4-羟基苯甲酸半水合物(0.32g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶1)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.60g，95％)MS(ES)m/e 436(M+H)+。
实施例222-(3，5-二氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-氟苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备按照实施例4的方法制备，但用9-[(4-氟苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐(0.50g，1.58mmole)取代9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐和用3，5-二氯-4-羟基苯甲酸(0.36g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶1)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.68g，92％)MS(ES)m/e 470(M+H)+。
实施例232-(3-氯-4-羟基)苯甲酰基-9-{[4-(三氟甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备按照实施例4的方法制备，但用9-{[4-(三氟甲基)苯基]甲基}-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐(0.50g，1.37mmole)取代9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚一盐酸盐和用3-氯-4-羟基苯甲酸半水合物(0.27g，1.51mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶1)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.56g，90％)MS(ES)m/e 453(M+H)+。
实施例242-(2-羟基-4-甲基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚的制备按照实施例4的方法制备，但用2-羟基-4-甲基苯甲酸(0.27g，1.75mmole)取代4-羟基苯甲酸，在硅胶上(己烷/EtOAc，1∶2)快速层析后，得到为白色固体的标题化合物(0.62g，95％)MS(ES)m/e 413(M+H)+。
实施例25胃肠外剂量单位组合物如下制备一种含有20mg无菌干燥粉末的实施例1化合物的制剂将20mg所述化合物溶解于15mL蒸馏水中。在无菌条件下将该溶液过滤到一个25mL多剂量安瓿中并冻干。对于静脉注射或肌肉注射，可通过加入20mL5％葡萄糖水溶液(D5W)该粉末。因此通过注射体积确定剂量。对于注射可以通过加入计量体积的所述剂量单位到另外体积的D5W中制备随后的稀释液，或可以将计量剂量加入到另外的分散药物的机制中，如在一个瓶中或袋中，以用于静脉滴注输液或其它注射输液系统。
实施例26口服剂量单位组合物通过将50mg实施例1的化合物与75mg乳糖以及5mg硬脂酸镁混合并粉碎来制备口服给药的胶囊。使产生的粉末过筛并填充到硬明胶胶囊中实施例27口服剂量单位组合物通过用10％白明胶溶液将20mg蔗糖、150mg硫酸钙二水合物和50mg实施例1化合物混合并制粒。将湿的颗粒过筛、干燥，并与10mg淀粉、5mg滑石粉和3mg硬脂酸混合；再压制成片。
以上描述完全公开了怎样制备和使用本发明。可是本发明并不受以上描述的具体实施方案的限制，而是包括所用在以下权利要求范围内的修改。在此引用的各种参考期刊、专利和其它出版物包括现有技术水平并通过全文引用结合到本文中。
权利要求
1.一种式(I)的化合物或其药学上可接受的盐 其中R1为芳基或Het；R2为H、C1-6烷基或芳基-C0-6烷基；X为H、C1-4烷基、OR′、SR′、C1-4烷基磺酰基、C1-4烷基次磺酰基、CN、N(R′)2、CH2N(R′)2、NO2、CF3、CO2R′、CON(R′)2、COR′、NR′C(O)R′、F、Cl、Br、I或CF3S(O)r-；R′为H、C1-6烷基或芳基-C0-6烷基；而r为0、1或2。
2.权利要求1的化合物，其中R1为苯基，未被取代或被亚甲基二氧基取代，或被一个到三个选自以下的取代基所取代C1-4烷基、OR′、N(R′)2、F、Cl、Br、I和CF3，其中R′为H或C1-6烷基。
3.权利要求1的化合物，其中R1为苯并咪唑基或吡啶基，未被取代或被C1-4烷基、OR′、N(R′)2、F、Cl、Br、I和CF3所取代，其中R′为H或C1-6烷基。
4.权利要求1的化合物，其中R2为H、C1-6烷基或苯基-C0-6烷基，其中苯基未被取代或被亚甲基二氧基取代，或被一个到三个选自以下的取代基所取代C1-4烷基、OR″、CO2R′、N(R′)2、F、Cl、Br、I和CF3，其中R′为H或C1-6烷基而R″为H、C1-6烷基或苄基。
5.权利要求1的化合物，其中X为H、C1-4烷基、OR′、CN、N(R′)2、NO2、CF3、CO2R′、CON(R′)2、COR′、F、Cl、Br或I，其中R′为H或C1-6烷基。
6.权利要求1的化合物，其为2-苯甲酰基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-苯甲酰基-9-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-苯甲酰基-9-[(4-苄氧基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(3，4-亚甲二氧基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(2-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(3-咪唑基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(6-羟基)烟酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(6-氨基)烟酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(3-氨基)苯甲酰基-9-甲基-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(4-甲基氨基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(4-氨基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(4-氯)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-三氟甲基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(3，5-二氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(3-氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；4-({2-[(4-羟基苯基)羰基]-1，2，3，4-四氢β-咔啉-9-基}甲基)苯甲酸甲酯；2-(4-氯-2-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(5-氯-2-羟基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-氟苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(3-氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-氟苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(3，5-二氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-氟苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；2-(3-氯-4-羟基)苯甲酰基-9-[(4-三氟甲基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚或；2-(2-羟基-4-甲基)苯甲酰基-9-[(4-羟基苯基)甲基]-1，3，4，9-四氢-2H-吡啶并[3，4-b]吲哚；或其药学上可接受的盐。
7.一种药用组合物，该组合物包括权利要求1的化合物和药学上可接受的载体。
8.一种抑制Fab I的方法，该方法包括给予需要的患者 1的化合物。
9.一种治疗细菌性感染的方法，该方法包括给予需要此治疗的患者权利要求1的化合物。
10.一种制备如权利要求1定义的式(I)化合物的方法，该方法包括在EDC和HOBT的存在下，使式(II)化合物与式(III)化合物反应 其中R1、R2和X如在式(I)中定义，所述化合物带有任何被保护的反应官能团；并且此后除去任何保护基团并任选形成药学上可接受的盐。
11.用作药物的权利要求1到6中任一项的化合物。
12.如权利要求1定义的式(I)化合物在生产治疗细菌性感染的药物中的用途。
13.如权利要求1定义的式(I)化合物在生产治疗其中需要抑制FabI的疾病的药物中的用途。
全文摘要
公开式(I)化合物或其药学上可接受的盐,所述(I)化合物是Fab I抑制剂并用于治疗细菌性感染,其中R
文档编号A61P31/04GK1365280SQ00810964
公开日2002年8月21日 申请日期2000年6月1日 优先权日1999年6月1日
发明者W·H·米勒, K·A·纽兰德, M·赛菲尔德 申请人:史密丝克莱恩比彻姆公司