包含结核分枝杆菌多肽及其融合的免疫原性组合物的制作方法
【专利说明】
[0001] 有关序列表的声明
[0002] 与本申请相关的序列表以文本格式代替纸件提供，并通过引用并入本说明书。含 有序列表的文本文件名为480239_403PC_SEQUENCE_LISTING. txt。该文本文件为515KB，制 作于2007年4月4日，在提交本说明书同时经由EFS-Web电子提交。
[0003] 背景
技术领域
[0004] 本发明一般性地涉及包含结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis)抗原的 抗原性和/或免疫原性组合的组合物，及其在结核病的诊断、治疗和预防中的用途。
[0005] 相关现有抟术的描沐
[0006] 结核是一种由感染结核分枝杆菌和分枝杆菌的其他种引起的慢性传染病。它在发 展中国家是一种严重的疾病，在世界上的发达地区也成为越来越严重的问题，每年新增几 百万病例。虽然感染可能在相当长一段时间内没有症状，该病最常见的表现为急性肺部炎 症，导致发烧和干咳。如果不给予治疗，一般会导致严重的并发症和死亡。
[0007] 虽然采用长期的抗生素疗法通常可以控制结核病，这类治疗并不能有效地防止疾 病的扩散。被感染的个体可能在一段时间内没有症状，但是有传染性。此外，虽然依从治疗 方案是非常关键的，但很难监控患者的行为。某些患者不完成疗程，这就造成治疗无效和形 成抗药性。
[0008] 为了控制结核病的扩散，有效的接种和对疾病的准确的早期诊断非常重要。目前， 接种活细菌是最广泛用于诱发保护性免疫的方法。最常用于这一目的的分枝杆菌是卡介苗 (Bacillus Calmette-Guerin) (BCG)，它是牛分枝杆菌（Mycobacterium bovis)的一种无毒 力菌株。但是，对BCG的安全性和有效性很有争议，在诸如美国的一些国家不给普通公众接 种该药剂。
[0009] 结核病的诊断一般是采用皮试来进行，包括皮下接触结核菌素 PPD(纯化蛋白的 衍生物）。抗原特异的T细胞反应导致注射后48-72小时在注射部位产生可测量的硬块，这 表明接触过分枝杆菌抗原。但是，这种方法的敏感度和特异性一直是个问题，而且无法将接 种过BCG的个体和被感染的个体区分开来。
[0010] 因此，需要诊断、预防和治疗结核病的改进药剂和方法。本发明满足了这些需求， 并能提供其他相关优势。
[0011] 概述
[0012] 本发明一般性地涉及包含至少两种异源抗原的组合物、包含所述抗原的融合多肽 以及编码所述抗原的多核苷酸，其中所述抗原来自分枝杆菌的种，特别是结核分枝杆菌。本 发明还涉及利用本发明所述的多肽和多核苷酸来诊断、治疗和预防分枝杆菌感染的方法。 本发明的抗原在如文中所述联用时和/或作为融合多肽或多核苷酸时，提供提高的和意想 不到的免疫原性水平，使得肺部细菌负荷下降，因此在疫苗开发方面尤其有用。
[0013] 例如，本发明的一个方面提供了组合物，所述组合物包含免疫刺激剂和两种或多 种结核分枝杆菌抗原或其免疫原片段的组合，其中所述抗原选自Rv〇164(SEQ ID N0:1)、 Rv0496(SEQ ID NO: 6), Rv2608 (SEQ ID NO: 26), Rv3020 (SEQ ID NO: 36), Rv3478SEQ ID N0:41)、Rv3619(SEQ ID N0:46)、Rv3620(SEQ ID N0:51)、Rvl738(SEQ ID N0:11)、 Rvl813(SEQ ID NO: 16), Rv3810 (SEQ ID NO: 56), Rv2389 (SEQ ID NO: 21), Rv2866 (SEQ ID N0:31)、Rv3876(SEQ ID N0:61)、Rv0054(SEQ ID N0:100)、Rv0410(SEQ ID N0:106)、 Rv0655(SEQ ID NO: 112), Rv0831 (SEQ ID NO: 115), Rv100 9 (SEQ ID NO: 118), Rvl099 (SEQ ID N0:121)、Rvl240(SEQ ID NO:124)、Rvl288(SEQ ID N0:127)、Rvl410(SEQ ID N0:130)、 Rvl569(SEQ ID NO: 133), Rvl789 (SEQ ID NO: 136), Rvl818 (SEQ ID NO: 139), Rvl860 (SEQ ID NO:142)、Rvl886(SEQ ID N0:145)、Rvl908(SEQ ID N0:148)、Rv2220(SEQ ID NO:154)、 Rv2032(SEQ ID NO: 151), Rv2623 (SEQ ID NO: 160), Rv2875 (SEQ ID NO: 163), Rv3044 (SEQ ID N0:166)、Rv3310(SEQ ID NO:169)、Rv3881(SEQ ID N0:178)、Rv0577(SEQ ID N0:184)、 Rvl626(SEQ ID NO: 187), Rv0733 (SEQ ID NO: 190), Rv2520 (SEQ ID NO: 193), Rvl253 (SEQ ID N0:196),Rvl980(SEQ ID NO:199),Rv3628(SEQ ID NO:202),Rvl884(SEQ ID NO :205), Rv3872(SEQ ID N0:208)、Rv3873(SEQ ID NO:211)、Rvl511(SEQ ID NO:214)*Rv3875(SEQ ID NO: 292)以及与上述序列具有至少80%、90%或95%同一性的抗原。
[0014] 在某些实施方案中，两种或多种抗原的组合选自：
[0015] (a)包含 Rvl813(SEQ ID N0:16)、Rv3620(SEQ ID N0:51)和 Rv2608(SEQ ID NO:26)的组合；
[0016] (b)包含 Rv2608(SEQ ID N0:26)和 Rv3619(SEQ ID N0:46)的组合；以及
[0017] (c)包含 Rv3478(SEQ ID N0:41)和 Rv3619(SEQ ID N0:46)的组合。
[0018] 在一个具体实施方案中，上述包含Rv2608(SEQ ID N0:26)、Rvl813(SEQ ID N0:16) 和Rv3620(SEQ ID N0:51)的（a)组合物，还包含一种或多种选自下述的抗原：Rvl886(SEQ ID N0:145)、Rv2389(SEQ ID N0:21)、Rv3478(SEQ ID N0:41)、Rv2875(SEQ ID N0:163)、 Rv2220(SEQ ID NO: 154), Rv0733 (SEQ ID NO: 190), Rv0577 (SEQ ID NO: 184), Rv3044 (SEQ ID N0:166)、Rvl626(SEQ ID N0:187)、Rv3619(SEQ ID N0:46)和 Rv3020(SEQ ID N0:36)。
[0019] 在更具体的实施方案中，所述组合物包含Rvl813(SEQ ID N0:16)、Rv3620(SEQ ID N0:51)、Rv2608(SEQ ID N0:26)和 Rv2389(SEQ ID N0:21)。
[0020] 在相关具体实施方案中，所述组合物包含Rv2608(SEQ ID N0:26)、Rvl813(SEQ ID N0:16)、Rv3620(SEQ ID N0:51)和 Rv3619(SEQ ID N0:46)。
[0021] 在本发明的某些其他实施方案中，上述包含Rv2608(SEQ ID N0:26)和Rv3619(SEQ ID NO: 46)的（b)组合物，还包含一种或多种选自下述的抗原：Rvl886(SEQ ID NO: 145)、 Rv2389(SEQ ID NO: 21), Rvl813 (SEQ IDNO: 16), Rv2875 (SEQ ID NO: 163), Rv2220 (SEQ ID N0:154), Rv0733(SEQ ID NO: 190), Rv0577 (SEQ ID NO: 184), Rv3044 (SEQ ID NO: 166), Rvl626(SEQ ID N0:187)、Rv3620(SEQ ID N0:51)、Rv3478(SEQ ID N0:41)和 Rv3020(SEQ ID NO :36)。
[0022] 在一个具体实施方案中，所述组合物包含Rv2608(SEQ ID N0:26)、Rv3619(SEQ ID N0:46)和 Rvl886(SEQ ID N0:145)。
[0023] 在另一个具体实施方案中，所述组合物还包含一种或多种选自下述的抗 原：Rv2389(SEQ ID N0:21)、Rvl813(SEQ ID N0:16)、Rv2875(SEQ ID N0:163)、Rv2220(SEQ ID N0:154),Rv0733(SEQ ID NO:190),Rv0577(SEQ ID NO:184),Rv3044(SEQ ID NO:166), Rvl626(SEQ ID N0:187)、Rv3620(SEQ ID N0:51)和 Rv3020(SEQ ID N0:36)。
[0024] 在一个更具体的实施方案中，所述组合物包含Rv2608(SEQ ID N0:26)、 Rv3619(SEQ ID N0:46)、Rvl813(SEQ ID N0:16)和 Rv3620(SEQ ID N0:51)。
[0025] 在本发明的某些其他实施方案中，上述包含Rv3478(SEQ ID N0:41)和Rv3619(SEQ ID NO: 46)的（c)组合物，还包含一种或多种选自下述的抗原：Rvl886(SEQ ID NO: 145)、 Rv2389(SEQ ID NO:21),Rvl813(SEQ ID NO:16),Rv2875(SEQ ID NO:163),Rv2220(SEQ ID N0:154), Rv0733(SEQ ID NO: 190), Rv0577 (SEQ ID NO: 184), Rv3044 (SEQ ID NO: 166), Rvl626(SEQ ID N0:187)、Rv3620(SEQ ID N0:51)、Rv2608(SEQ ID N0:26)和 Rv3020(SEQ ID NO :36)。
[0026] 在一个具体实施方案中，所述组合物包含Rv3478(SEQ ID N0:41)、Rv3619(SEQ ID N0:46)和 Rvl886(SEQ ID N0:145)。
[0027] 在另一个实施方案中，所述组合物还包含一种或多种选自下述的抗 原：Rv2389(SEQ ID N0:21)、Rvl813(SEQ ID N0:16)、Rv2875(SEQ ID N0:163)、Rv2220(SEQ ID N0:154),Rv0733(SEQ ID NO:190),Rv0577(SEQ ID NO:184),Rv3044(SEQ ID NO:166), Rvl626(SEQ ID N0:187)和 Rv3020(SEQ ID N0:36)。
[0028] 本文描述的两种或多种抗原的组合可以包含两种或多种分开的重组抗原，或者其 抗原性/免疫原性片段的组合。可选择地，所述两种或多种抗原，或其抗原性/免疫原性片 段可以以融合多肽的形式共价连接在一起。
[0029] 根据本发明的另一方面，提供了分离的融合多肽，该多肽包含两种或多种共价 连接的结核分枝杆菌抗原，或其免疫原片段的组合，其中所述抗原选自Rv〇164(SEQ ID N0:l)、Rv0496(SEQ ID N0:6)、Rv2608(SEQ ID N0:26)、Rv3020(SEQ ID N0:36)、Rv3478(SEQ ID N0:41)、Rv3619(SEQ ID N0:46)、Rv3620(SEQ ID N0:51)、Rvl738(SEQ ID N0:11)、 Rvl813(SEQ ID NO: 16), Rv3810 (SEQ ID NO: 56), Rv2389 (SEQ ID NO: 21), Rv2866 (SEQ ID N0:31)、Rv3876(SEQ ID N0:61)、Rv0054(SEQ ID N0:100)、Rv0410(SEQ ID N0:106)、 Rv0655(SEQ ID NO: 112), Rv0831 (SEQ ID NO: 115), Rv100 9 (SEQ ID NO: 118), Rvl099 (SEQ ID N0:121)、Rvl240(SEQ ID N0:124)、Rvl288(SEQ ID N0:127)、Rvl410(SEQ ID N0:130)、 Rvl569(SEQ ID NO: 133), Rvl789 (SEQ ID NO: 136), Rvl818 (SEQ ID NO: 139), Rvl860 (SEQ ID N0:142)、Rvl886(SEQ ID N0:145)、Rvl908(SEQ ID N0:148)、Rv2220(SEQ ID N0:154)、 Rv2032(SEQ ID NO: 151), Rv2623 (SEQ ID NO: 160), Rv2875 (SEQ ID NO: 163), Rv3044 (SEQ ID N0:166)、Rv3310(SEQ ID N0:169)、Rv3881(SEQ ID N0:178)、Rv0577(SEQ ID N0:184)、 Rvl626(SEQ ID NO: 187), Rv0733 (SEQ ID NO: 190), Rv2520 (SEQ ID NO: 193), Rvl253 (SEQ ID N0:196),Rvl980(SEQ ID NO:199),Rv3628(SEQ ID NO:202),Rvl884(SEQ ID NO :205), Rv3872(SEQ ID N0:208)、Rv3873(SEQ ID N0:211)、Rvl511(SEQ ID N0:214)*Rv3875(SEQ ID N0:292)以及与上述序列中的任一种有至少80%、90%或95%同一性的抗原。
[0030] 在某些实施方案中，所述融合多肽包含共价连接的抗原的组合，其中所述组合选 自：
[0031] (a)包含 Rvl813(SEQ ID N0:16)、Rv3620(SEQ ID N0:51)和 Rv2608(SEQ ID NO:26)的组合；
[0032] (b)包含 Rv2608(SEQ ID NO:26)和 Rv3619(SEQ ID N0:46)的组合；以及