包含B-Raf抑制剂和第二抑制剂的组合疗法
【专利说明】包含B-Raf抑制剂和第二抑制剂的组合疗法 发明概要
[0001] 本发明涉及B-Raf抑制剂与第二抑制剂组合用于治疗罹患特征为B-Raf中的突 变的增生性疾病的患者的用途，其中第二抑制剂基于在肿瘤样品中所鉴定的遗传变化而选 择。
[0002] 发明背景
[0003] 在了解与黑素瘤的产生相关联的分子变化方面已取得重要进步。B-RAF的致癌突 变（RAF/MEK/ERK途径中的丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶）在黑素瘤中尤其常见，其中40至60% 的黑素瘤携带B-Raf基因中的活化突变。氨基酸600处谷氨酸对缬氨酸的取代（V600E突 变）代表超过95 %的所报导的B-Raf突变。该突变组成型活化RAF/MEK/ERK途径中的B-Raf 和下游信号转导，所述途径发出癌细胞增殖和存活的信号。除黑素瘤以外，已知在其它增生 性疾病中也发生此类B-Raf突变，例如结直肠癌、甲状腺癌、尤其是乳头状甲状腺癌、星形 细胞瘤、胰腺癌和神经纤维瘤。尽管已知在用B-Raf抑制剂治疗此类疾病时可产生显著的 结果，但通常用B-Raf抑制剂治疗会产生抗性，其通常在极短时段内发生。
[0004] 对用B-Raf抑制剂治疗产生抗性有多种途径。主要机理使得RAF/MEK/ERK信号传 导途径在B-Raf抑制剂存在下再活化。该再活化可经由如下方式发生：经由基因扩增和过 表达和/或配体产生而提高受体酪氨酸激酶（RTK)的活性、获得NRAS和MEKl基因中的突 变、经由诸如COT和RAF-I (CRAF)激酶的过表达绕过BRAF、表达突变BRAF等位基因的拼接 变体和由于例如基因扩增而提高突变BRAF等位基因的表达。另外，经由RTK (诸如TOGFR- β 和IGF-1R)的活化或PTEN基因的缺失而不同于MPK途径的存活途径（诸如PIK3Ca信号 传导系统）的活化也可在抗性中起作用。其它机理（通过c-MET和RTK的FGFR家族）是 在多发性黑素瘤中可促进对B-Raf抑制剂的抗性的潜在机理。
[0005] 上述发现突显了实时鉴定抗性机理的重要性，以便在B-Raf抑制剂治疗时在复发 后不久即开始合理的组合疗法。使用基于机理的方法且比较复发时与治疗前患者肿瘤中 存在的遗传变化，应有可能鉴定可能的抗性机理。这将有助于为个体患者选择适当的药物 组合疗法以更好地避开抗性。本发明涉及基于机理的组合治疗方法以在对B-Raf抑制剂产 生抗性后扩展和改善具有极差预后的患有BRAF突变晚期或转移性黑素瘤的患者的治疗选 择。
[0006] 简述
[0007] 本发明涉及用B-Raf抑制剂治疗罹患特征为B-Raf中的突变的增生性疾病的患 者，其中通过如下方法降低对B-Raf抑制剂的抗性：
[0008] (a)确定取自患者的肿瘤样品中的遗传变化，
[0009] (b)对患者施用由B-Raf抑制剂和第二抑制剂组成的药物组合疗法，其中第二抑 制剂基于肿瘤样品中所存在的遗传变化而选择。
[0010] 附图简述
[0011] 图1 -示出如实施例4中所述的单一药剂和组合形式的式（I)化合物和化合物F 对体内HT-29细胞系模型的生长的作用。
[0012] 图2 -示出如实施例4中所述的单一药剂和组合形式的式（I)化合物和化合物F 对体内RKO细胞系模型的生长的作用。
[0013] 图3 -示出组合RAF抑制剂（式I化合物）和FGFR抑制剂化合物H对具有编码 BRAFV600E的BRAF等位基因的两种黑素瘤衍生细胞系增殖的作用。示出了如实施例5中所 讨论的如使用基于阻抗的xCELLigence细胞分析仪所测得的（上图A)C0L0 741和（下图 B) SK-MEL-5细胞系的实时生长。其中指示的FGF2和化合物H分别以100ng/ml和IuM的浓 度补充到培养基。在（A)中以500nM且在（B)中以IOOnM使用式（I)化合物。
[0014] 图4-组合式（I)化合物与FGFR抑制剂化合物H和FGFR配体FGF2在体外对两种 BRAFV600E突变黑素瘤衍生细胞系的信号传导的作用。示出了用式（I)化合物（IOOnM)、 ?6?2(100即/1111)和化合物!1(11^)处理后从仏)〇)11)74和出)31(-1^1^-5细胞分离的磷酸化 与总AKT、ERK1/2和MEK1/2蛋白的Western分析。如实施例5中所讨论，用单独和组合形 式的药剂处理细胞2和24小时。
[0015] 详细描述
[0016] 本发明涉及一种治疗罹患特征为B-Raf中的突变，尤其是B-Raf中的V600突变的 增生性疾病的患者的方法，其包括：
[0017] (a)从患者获得肿瘤样品并测试包括BRAF、CRAF、CCND1、CDK4、HER2、IGF-1R、 cMET、FGFR1、FGFR2、FGFR3EGFR、MAP2K1、MAP2K2、NRAS、KRAS HRAS、PTEN、PIK3CA 和 P16 的 一组基因中的遗传变化。
[0018] (b)施用包含B-Raf抑制剂和第二抑制剂的药物组合疗法，该第二抑制剂基于肿 瘤样品中所发现的遗传变化而选择。
[0019] 在一个实施方案中，增生性疾病为癌症。术语"癌症"在本文中用于意指多种肿 瘤，包括所有实体瘤和恶性血液病。此类肿瘤的实例包括但不限于以下的良性或恶性肿瘤： 脑、肺（尤其是小细胞肺癌和非小细胞肺癌）、鳞状细胞、膀胱、胃、胰腺、乳腺、头颈、肾脏、 肾、输尿管、卵巢、前列腺、结直肠、食道、睾丸、妇科（例如子宫肉瘤，输卵管、子宫内膜、子 宫颈、阴道或外阴的恶性肿瘤）、甲状腺、胰腺、骨、皮肤、黑素瘤、子宫、卵巢、直肠、肛门、结 肠、睾丸、霍奇金氏病（Hodgkin's disease)、食道、小肠、内分泌系统（例如甲状腺、副甲状 腺或肾上腺）、软组织、尿道、阴茎的肉瘤、白血病、淋巴瘤、中枢神经系统赘生物、肉瘤、骨髓 瘤、胆、肝、神经纤维瘤、急性骨髓性白血病（AML)、骨髓增生异常综合征（MDS)和卡波氏肉 瘤（Kaposi's sarcoma)〇
[0020] 在本发明的另一实施方案中，增生性疾病为黑素瘤、肺癌（包括非小细胞肺癌 (NSCLC))、结直肠癌（CRC)、乳腺癌、肾癌（诸如肾细胞癌（RCC))、肝癌、子宫内膜癌、急性 骨髓性白血病（AML)、骨髓增生异常综合征（MDS)、甲状腺癌、尤其是乳头状甲状腺癌、胰腺 癌、神经纤维瘤或肝细胞癌。
[0021] 在本发明的另一实施方案中，增生性疾病为实体瘤。术语"实体瘤"尤其意指黑素 瘤、乳腺癌、卵巢癌、结直肠癌，且一般为胃肠道、子宫颈癌、肺癌（包括小细胞肺癌和非小 细胞肺癌）、头颈癌、膀胱癌、前列腺癌或卡波氏肉瘤。
[0022] 更具体地讲，本发明涉及一种治疗罹患特征为B-Raf中的V600突变（例如V600E 突变）的增生性疾病的患者的方法。通常特征为这样的突变的增生性疾病包括黑素瘤、结 直肠癌、甲状腺癌、尤其是乳头状甲状腺癌、星形细胞瘤、胰腺癌和神经纤维瘤。本发明尤其 涉及这样的方法，其中增生性疾病是特征为B-Raf中的V600突变（例如V600E、V600K或 V600G突变）的黑素瘤。
[0023] B-Raf抑制剂及其用于治疗增生性疾病的用途在本领域中是已知的。威罗菲尼 (PLX4032)是一种BRAF抑制剂，其经FDA批准用于治疗患有黑素瘤的患者，其肿瘤表达BRAF V600E。索拉非尼和达拉非尼及CEP-32496为另外的已知B-Raf抑制剂。美国专利7,482,367 中所公开的苯并咪唑基吡啶基醚是可用于本发明的组合的B-Raf抑制剂，尤其是RAF265， 该专利的全部内容以引用的方式并入本文。WO 2011/025927中所公开的吡唑嘧啶是可用于 本发明的组合的另一类B-Raf抑制剂，该专利的全部内容以引用的方式并入本文。
[0024] 用于治疗患者的待与B-Raf抑制剂组合的适当的第二抑制剂根据表1基于肿瘤样 品中所存在的遗传变化而选择。遗传变化可由基因扩增、基因突变或基因活性缺失而产生。
[0026] 关于表1中所鉴定的基因的信息、其序列和相关蛋白是本领域技术人员已知的且 见于公众可得的数据库，例如以下所提供的数据库：National Center for Biotechnology Information, U.S.National Library of Medicine8600 Rockville Pike, Bethesda MD, 20894USA,诸如 GENE(URL:http://www. ncbi. nlm. nih. gov/gene)或 Office of Biological and Environmental Research of the U. S. Department of Energy Office of Science，Human Genome Project Information(URL:http://genomics, energy, gov/)〇 [0027] 药物组合疗法涉及以一定的量施用组合疗法中的每种药物，该量足以相较于用该 组合治疗的障碍的临床可观察的基线体征和症状提供可观察的改善。这些药物可以其优选 的时间间隔单独给予（以时间交错的方式，尤其是特定次序的方式）以使得在患者中显示 出（优选协同）相互作用（联合治疗作用），尤其是其中对用B-Raf抑制剂治疗的抗性在患 者中克服或降低。
[0028] 术语治疗剂的组合的"药学有效量"或"临床有效量"或"治疗有效量"为相较于用 该组合治疗的障碍的临床可观察的基线体征和症状足以提供可观察的改善的量。
[0029] 除非另外明确说明，否则本文所用的一般术语通过如下含义而定义：
[0030] 除非另外说明，否则术语"包含"和"包括"在本文中以其开放且非限制性意义使 用。
[0031] 除非本文中另外指明或上下文明显矛盾，否则在描述发明的上下文中（尤其是在 如下权利要求书的上下文中），术语"一"和"一个/ 一种"与"该/所述"及类似的提及内 容应被视为涵盖单数与复数两者。若将复数形式用于化合物、盐等，则其也用于意指单一化 合物、盐等。
[0032] 如本文所用，术语"组合"、"治疗性组合"、"组合疗法"或"药物组合"定义一个单 位剂型中的固定组合或用于组合施用的多个部分或说明的药盒，其中B-Raf抑制剂和第二 抑制剂可同时独立地施用或在使组合搭配物显示协作（例如协同）作用的时间间隔内单独 施用。
[0033] 本文将术语"药物组合物"定义为指含有至少一种待施用于受试者（例如哺乳动 物或人）以便预防或治疗影响该哺乳动物的特定疾病或病症的治疗剂的混合物或溶液。 [0034] 本文将术语"药学上可接受"定义为指如下那些化合物、材料、组合物和/或剂型， 其在正确医学判断的范围内适于与受试者（例如哺乳动物或人）的组织接触而无过度毒 性、刺激过敏反应和其它问题并发症，与合理的效/险比相称。
[0035] 除非另外指明，否则如本文所用的"药学上可接受的盐"包括可存在于本发明化合 物中的酸性和碱性基团的盐。性质上为碱性的本发明的化合物能够与各种无机和有机酸形 成多种盐。可用于制备本发明的此类碱性化合物的药学上可接受的酸加成盐的酸为形成如 下无毒酸加成盐的那些酸，即含有药学上可接受的阴离子的盐，诸如乙酸盐、苯甲酸盐、溴 化物、氯化物、柠檬酸盐、延胡索酸盐、氢溴酸盐、盐酸盐、碘化物、乳酸盐、马来酸盐、扁桃酸 盐、硝酸盐、草酸盐、水杨酸盐、琥珀酸盐和酒石酸盐。除非另外规定，否则本发明方法中所 用的治疗剂以游离形式或以药学盐形式施用。
[0036] 术语"组合制剂"在本文中按如下意义定义为尤其指"多个部分的药盒":如上所定 义的组合搭配物（a)和（b)可独立地或通过使用不同的固定组合（具有区别量的组合搭配 物（a)和（b))给药，即同时地或在不同的时间点给药。多个部分的药盒的各部分可随后例 如同时地或按时间交错施用，即对于多个部分的药盒的任何部分在不同的时间点且以相等 或不同的时间间隔施用。待在组合制剂中施用的组合搭配物（a)与组合搭配物（b)的总量 的比率可以变化，例如以便满足待进行治疗的患者亚群的需要或单个患者的需要。
[0037] 如本文所用的术语"共施用"、"组合疗法"或"组合施用"定义为涵盖对单个患者 施用所选的治疗剂且意欲包括如下治疗方案，其中这些药剂未必通过相同的施用途径或同 时施用。
[0038] 如本文所用的术语"治疗"包括缓解、减轻或缓和受试者中的至少一种症状或实现 疾病进展的延迟的治疗。例如，治疗可去除障碍的一种或多种症状或完全根除障碍，诸如癌 症。在本发明的含义中，术语"治疗"还表示阻止、延迟疾病的发作（即疾病的临床表现前 的时间段）和/或降低发生疾病或疾病恶化的风险。术语"保护"在本文中用于意指预防、 延迟或治疗或视需要预防、延迟且治疗受试者中疾病的发生或持续或加剧。
[0039] 如本文所用的术语"受试者"或"患者"尤其是指人，例如罹患增生性疾病、处于罹 患增生性疾病的风险中或可能罹患增生性疾病的人。然而，不旨在排除治疗哺乳动物，例如 狗、牛、马、猪、羊、山羊、猫、小鼠、兔、大鼠和转基因非人动物。
[0040] 术语"约"或"大约"应具有在给定值或范围的10%以内、更优选地5%以内的含 义。
[0041] 因此，本发明涉及一种治疗罹患特征为B-Raf中的突变、尤其是B-Raf中的V600 突变的增生性疾病、极其是特征为B-Raf中的V600突变的黑素瘤的患者的方法，其包括：
[0042] (a)从患者获得肿瘤样品并测试选自BRAF、CRAF、CCND1、CDK4、HER2、IGF-1R、 cMET、FGFR1、FGFR2、FGFR3EGFR、MAP2K1、MAP2K2、NRAS、KRAS HRAS、PTEN、PIK3CA 和 P16 的 基因中的遗传变化。
[0043] (b)施用包含B-Raf抑制剂和第二抑制剂的药物组合疗法，该第二抑制剂根据表1 基于肿瘤样品中所发现的遗传变化而选择，尤其是其中，
[0044] ⑴当肿瘤样品具有BRAF、CRAF、MAP2K1、MAPK2、NRAS、KRASHRAS或EGFR中的遗 传变化时，第二抑制剂为Mek 1/2抑制剂，或
[0045] (ii)当肿瘤样品具有CCND1、⑶K4或P16中的遗传变化时，第二抑制剂为⑶K 4抑 制剂，或
[0046] (iii)当肿瘤样品具有HER2、IGF-1R、PTEN或PIK3CA中的遗传变化时，第二抑制 剂为PI3激酶抑制剂，或
[0047] (iv)当肿瘤样品具有cMET中的遗传变化时，第二抑制剂为c-Met受体酪氨酸激酶 抑制剂，
[0048] (V)当肿瘤样品具有FGFRl、FGFR2或FGFR3中的遗传变化时，第二抑制剂为FGFR 激酶抑制剂。
[0049] 因此，本发明进一步涉及一种治疗罹患特征为B-Raf中的突变、尤其是B-Raf中的 V6