的安全性和耐受性并评价就成年患者而言甲基-4' -三氟甲 氧基-联苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰胺的最大耐 受剂量。试验开始前收集的归档FFPE肿瘤样本可用于通过本发明方法从3个此试验中招 募的成神经管细胞瘤患者分析。一个用日剂量200mg甲基-4' -三氟甲氧基-联苯-3-羧 酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰胺处理的患者在治疗2个月后 达到RECIST标准的部分响应（PR)，所述响应在疾病发展前维持4个月。另一个没有可测量 病灶的转移性成神经管细胞瘤患者用1500mg日剂量处理并显示通过正电子放射断层造影 术（PET)测量的代谢性部分响应，所述响应在疾病复发前持续7个月。第三个患者在日剂 量200mg的甲基-4' -三氟甲氧基-联苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗啉-4-基）-吡 啶_3_基]-酰胺处理仅52天后发展迅速。
[0108] 根据8-基因和5-基因预测模型，本发明方法用于确定这3个患者的肿瘤 Hedgehog活化状态。2个应答者确定有Hedgehog活化肿瘤，而无应答者的肿瘤判定为非 Hedgehog活化。另外，单一基因 SPHK1、0TX2、SFRP1、PDUM3或SHR00M2各用于根据各基因 的预确立截留值确定Hedgehog活化状态。通过各单一基因，分别对2个应答者和1个无应 答者作出相同Hedgehog活化和非Hedgehog活化判定。3个患者中，仅1个患者有合适的 肿瘤组织样品可用于额外突变分析PTCHl和SMO基因。发现达到代谢性部分响应且由本发 明方法判定为Hedgehog+的患者具有PTCHl基因体细胞突变。PTCHl突变失活被鉴定为成 神经管细胞瘤中组成型活化Hedgehog通路的主要机制。因此，鉴定此PTCHl突变提供了所 述患者中Hedgehog通路活化的机制基础和观察到针对Hedgehog信号转导抑制剂的临床活 性，进一步证实本发明方法的所述发现。
[0109] 实施例3
[0110] 本发明方法用于就另一组有病理学上确认诊断的40个成神经管细胞瘤证实 Hedgehog活化状态。40个病例中，26个有经典成神经管细胞瘤组织学，12个有结节性/促 结缔组织增生性组织学，1个有大细胞/未分化组织学。其他与这些病例相关的人口数据不 可用。这些肿瘤的Hedgehog活化状态先前通过affymetric基因表达概况分析方法如Y-J Cho和其同事所述（YJ Cho等.JC0, 2010)进行表征。15个病例中的Hedgehog活化判定和 剩余25个病例中的非Hedgehog活化判定通过本发明方法根据8-基因模型、5-基因模型和 各单一基因 SPHK1、0TX2、SFRP1、PDUM3或SHR00M2在FFPE肿瘤样本中确认。
[0111] 实施例4
[0112] 除了 Hedgehog活化成神经管细胞瘤以外，基底细胞癌（BCC)是主要由Hedgehog 通路基因突变或遗传损伤（其导致Hedgehog通路组成型活化）驱动的另一癌症类型。发 现超过90%的BCC (最普遍的皮肤癌）患者在PTCHl基因中有失活突变或其他Hedgehog通 路基因的遗传损伤如激活SMO突变的频率较低。在正在进行的甲基-4' -三氟甲氧基-联 苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰胺（拮抗SMO的 Hedgehog信号转导抑制剂）的剂量递增试验I期中，在其他实体瘤患者中招募成年BCC患 者。通过直接测序对从所招募BCC患者诊断时收集的归档肿瘤样本进行PTCHl和SMO的突 变分析。发现6个BCC患者有PTCH或SMO突变，包括2个鉴定有种系PTCHl突变的Gorlin 综合征患者。本发明方法用于确定这些患者的BCC肿瘤的Hedgehog活化状态。用5-基因 和8-基因模型，所有6个病例的概率评分高于预指定截留值，因此，都判定为Hedgehog活 化。这6名患者中，2个获得针对甲基-4' -三氟甲氧基-联苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二 甲基-吗啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰胺治疗的部分响应，2个疾病稳定超过6个月，另 2个患者在治疗小于2个月后由于不良事件而中断甲基-4' -三氟甲氧基-联苯-3-羧酸 [6-(顺-2, 6-二甲基-吗啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰胺，这可能太简短而无法观察任何 临床活性。所述正突变中显示的一致性引起PTCH1/SM0和由本发明方法作出的Hedgehog+ 判定，尽管在另一癌症类型中，进一步验证了本发明方法。本发明方法能用于鉴定具有相同 潜在Hedgehog-突变驱动病因学的其他肿瘤类型，其可能优先受益于Hedgehog信号转导抑 制剂治疗。
[0113] 实施例5
[0114] GLI-I和SFRP-I表达在蛋白水平的免疫组化（IHC)分析描述于PA Northcott 等，JC0, 2010。表明来自这2个蛋白标志物的阳性IHC染色的存在能用作鉴定Hh+成神经 管细胞瘤的方法。GLI-I和SFRP-I都是本发明方法所述的个体基因。使用针对GLI-I (马 萨诸塞州贝弗利的细胞信号转导公司（Cell Signaling))和SFRP-U马萨诸塞州剑桥的阿 柏堪穆公司（Abeam))的蛋白产物的抗体，由本发明方法确定Hh活化状态的40个成神经管 细胞瘤FFPE组织样本接受IHC分析。玻片上肿瘤内容物中有任何水平的Gli-I核染色或 SFRP-I胞质染色的样本被判定为Hh阳性。合适细胞位置中2个标志物染色都没有的样本 被判定为Hh阴性。由IHC方法和本发明方法确定的Hh活化状态在所有测试病例中一致， 导致所述2种方法间100%-致性。另外，观察到Gli-I和SFRP-1IHC染色之间高度一致。 此数据不仅进一步验证本发明方法，还确认本发明方法所述的个体标志物在转录物水平以 及蛋白水平都能表达。
【主权项】
1. 一种分析癌症受试者的生物样品的方法，所述方法包括测定取自所述受试者的 生物样品中生物标志物GLI-I、0TX-2、SHR00M2、H)UM3、和SPHKl的表达水平，其中所 述生物标志物相较对照的表达水平提供所述受试者是否具有增加的响应甲基-4'-三氟 甲氧基-联苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰胺或 2_ [ (R) -4- (6-苄基-4, 5-二甲基-哒嗪-3-基）-2-甲基-3, 4, 5, 6-四氢-2H- [ 1，2' ]二吡 嘆-5' -基]-丙_2_醇的可能性的诊断指不物。2. -种为进行Hedgehog信号转导抑制剂治疗来选择患癌受试者的方法，所述方法 包括测定获自所述受试者的生物样品中至少3个选自由以下组成的组的生物标志物的表 达水平：GLI-1、OTX-2、SHR00M2、PDUM3、SPHK1、SFRP1、APBA2 和 SPATA20,从而预测响应 Hedgehog信号转导抑制剂治疗的增加的可能性。3. 如权利要求2所述的方法，所述方法包括测定至少4个生物标志物的水平。4. 如权利要求2所述的方法，所述方法包括测定至少5个生物标志物的水平。5. -种为进行甲基_4'_三氟甲氧基-联苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗 啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰胺或2- [ (R) -4- (6-苄基-4, 5-二甲基-哒嗪-3-基）-2-甲 基-3, 4, 5, 6-四氢2' ]二吡嘆-5' -基]-丙-2-醇治疗来选择患癌受试者的方 法，所述方法包括测定获自所述受试者的生物样品中SHR00M2的水平，从而预测响应甲 基-4' -三氟甲氧基-联苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰 胺或 2- [ (R) -4- (6-苄基-4, 5-二甲基-哒嗪-3-基）-2-甲基-3, 4, 5, 6-四氢-2H- [ 1，2' ] 二吡嗪-5' -基]-丙-2-醇的增加的可能性。6. -种为进行甲基_4'_三氟甲氧基-联苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗 啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰胺或2- [ (R) -4- (6-苄基-4, 5-二甲基-哒嗪-3-基）-2-甲 基-3, 4, 5, 6-四氢2' ]二吡嘆-5' -基]-丙-2-醇治疗来选择患癌受试者的方法， 所述方法包括测定获自所述受试者的生物样品中SPHKl的水平，从而预测响应甲基-4' -三 氟甲氧基-联苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰胺或 2_ [ (R) -4- (6-苄基-4, 5-二甲基-哒嗪-3-基）-2-甲基-3, 4, 5, 6-四氢-2H- [ 1，2' ]二吡 嗪-5' -基]-丙-2-醇的增加的可能性。7. 如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述hedgehog信号转导抑制剂是甲 基-4' -三氟甲氧基-联苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰 胺或 2- [ (R) -4- (6-苄基-4, 5-二甲基-哒嗪-3-基）-2-甲基-3, 4, 5, 6-四氢-2H- [ 1，2' ] 二吡嗪_5'_基]-丙-2-醇。8. 如权利要求1-7中任一项所述的方法，其特征在于，所述测定是mRNA的表达水平。9. 一种药盒，所述药盒包括测定样品中权利要求1或2所列生物标志物表达水平的多 种试剂和使用说明书。10. -种在有需要的患者中治疗癌症的方法，所述方法包括根据患者具有上升水平的 生物标志物GLI-l、SHR00M2、roUM3和SPHKl表达以及减少水平的生物标志物0TX-2表达， 向所述患者选择性给予Hedgehog信号转导抑制剂。11. 如权利要求10所述的方法，其特征在于，测定所述患者样品的所述生物标志物表 达且所述样品是福尔马林固定、石蜡包埋的组织（FFPE)。12. 如权利要求1-8和10-11所述的方法，其特征在于，所述癌症是BCC、成神经管细胞 瘤、横纹肌肉瘤、CML、骨肉瘤、软组织肉瘤、胰腺癌、小细胞肺癌、前列腺癌、Gor I in综合征或 乳腺癌。13. 如权利要求12所述的方法，其特征在于，所述癌症是成神经管细胞瘤。14. 如权利要求1 - 8或10 -13中任一项所述的方法，其特征在于，所述抑制剂是甲 基-4' -三氟甲氧基-联苯-3-羧酸[6-(顺-2, 6-二甲基-吗啉-4-基）-吡啶-3-基]-酰 胺。15. 如权利要求1-8或10-13中任一项所述的方法，其特征在于，所述抑制剂是 2_ [ (R) -4- (6-苄基-4, 5-二甲基-哒嗪-3-基）-2-甲基-3, 4, 5, 6-四氢-2H- [ 1，2' ]二吡 嗪_5'_基]-丙-2-醇。
【专利摘要】一种通过测定获自受试者的生物样品中至少一种生物标志物的表达水平，为进行Hedgehog信号转导抑制剂治疗来选择患癌受试者的方法。
【IPC分类】G01N33/68, C12Q1/68
【公开号】CN104975099
【申请号】CN201510422698
【发明人】R·班达鲁, A·海德, D·M·罗宾逊, K·L·罗斯, T·T·夏普, 寿亚平
【申请人】诺华股份有限公司
【公开日】2015年10月14日
【申请日】2012年4月3日
【公告号】CA2837852A1, CN103608683A, EP2715366A1, US20140094461, WO2012166241A1