Erg基因检测探针及其制备方法和试剂盒的制作方法_2

文档序号:9645807阅读:来源:国知局
基因重排检测试剂盒,通过延长优选克隆数量/长度,即 提高信号亮度,又消除对检测准确性的影响,从基因水平了解ERG基因重排状态改变,多种 信号类型表现出实体组织的肿瘤细胞遗传多样性,可以实现在肿瘤生物学、细胞遗传学等 领域的应用,有助综合评价各分子标志物,辅助临床靶向治疗用药及治疗方案选择。
【附图说明】
[0025] 图1为是实施例1中检测探针序列的示意图。
[0026] 图2是实施例1中人外周血培养细胞片FISH检测结果图。
[0027] 图3为实施例4中前列腺组织样本FISH检测结果图,其中,检测信号类型为2F, ERG重排检测阴性。
[0028] 图4为实施例4中前列腺组织样本FISH检测结果图,其中,检测信号类型为1G1F, ERG重排检测阳性。。
【具体实施方式】
[0029] 为了便于理解本发明,下面将对本发明进行更全面的描述。本发明可以以许多不 同的形式来实现,并不限于本文所描述的实施例。相反地,提供这些实施例的目的是使对本 发明的公开内容的理解更加透彻全面。
[0030] 下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,例如Sambrook等 人,分子克隆:实验室手册(NewYork:ColdSpringHarborLaboratoryPress, 1989)中所 述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。实施例中所用到的各种常用化学试剂,均为市售 产品。
[0031] 除非另有定义,本发明所使用的所有的技术和科学术语与属于本发明的技术领域 的技术人员通常理解的含义相同。本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实 施例的目的,不用于限制本发明。本发明所使用的术语"和/或"包括一个或多个相关的所 列项目的任意的和所有的组合。
[0032] 实施例1ERG基因检测探针的制备
[0033] 本实施所述ERG检测探针的制备方法,包括以下步骤:
[0034] 挑选包含目的基因ERG及两端序列的克隆,如图1所示。GSPERG包括两组探针:
[0035] 第一组探针包括第一探针和第二探针,具体如下表,其购买于Invitrogen RP11BAC及CTDBAC克隆库。
[0036] 第二组探针包括第三探针和第四探针,具体如下表,其购买于Invitrogen RP11BAC及CTDBAC克隆库。
[0037] 以下分两组检测探针分别制备。
[0042] (2)GSPERG基因检测探针制备:使用Qiagen公司的PlasmidMaxiKit,按照说 明书要求的操作方法对不同BAC克隆分别进行超低拷贝质粒DNA提取,通过测定260nm和 280nm处的吸光度对质粒DNA定量;采用高压灭菌的超纯水稀释为200ng/ul,采用1. 5ml的 离心管分装,最后将分别得到的2种质粒DNA混合,-20°C密封保存。
[0043] (3)通过切口平移方法对质粒DNA混合物进行荧光标记,一组探针标记的荧光 素为Spectrum-Orange,另一组探针标记为Spectrum-GreendUTP。采用abbott的Nick TranslationKit,按如下方案,严格避光条件下在冰上配制PCR反应体系。
[0044]
[0045] 配完后震荡混匀,在16°C标记12小时,再80°C孵育10分钟灭活酶。取5ul使用 2%琼脂糖凝胶做电泳,要求在50bp~500bp之间存在弥散的带。
[0046] 对标记产物进行乙醇沉淀和浓缩,按如下方案在1. 5ml离心管中依次加入醋酸钠 和无水乙醇,避光、冰上配制:
[0047] 标记产物 45ul
[0048]醋酸钠(3mol/L) 5ul
[0049] 无水乙醇 125ul
[0050] 混匀后置于_70°C冰箱中至少2小时,4°C13000rpm离心30分钟,小心去上清,勿 搅动沉淀,加入lml的70 %乙醇,4°C13000转/分钟离心15分钟,小心去上清,勿搅动沉 淀,避光干燥。使用lul纯化水溶解沉淀,获得GSPERG基因探针,避光、-20°C储存。
[0051] (4)GSPERG基因探针验证:分别使用两组探针,使用人类正常分裂中期淋巴细胞 滴片进行待测样本进行两组探针验证(检测方法参考现有技术和实施例3)。包含中期或间 期染色体DNA,荧光原位杂交时,染色体DNA表现为形态上可识别的染色体或是细胞核。如 图2所示:中期染色体的FISH杂交结果图。图中可以看见染色体相应位置显示红色荧光和 绿色荧光信号。
[0052] 实施例2 :ERG基因检测试剂盒制备方法
[0053] ERG基因重排检测试剂盒包括有杂交液和DAPI复染剂两个组分,其中杂交液包含 实施例1所述的两组GSP ERG基因探针(双色)、用于杂交环境(促进杂交)的缓冲液组分、 封闭重复序列的COT Human DNA等。DAPI复染剂主要用于杂交后的细胞复染,其中的DAPI 会与DNA结合,使得细胞核显示出蓝色荧光,含有对苯二胺的复染剂可以保持荧光的稳定。
[0054] 具体配方如下:
[0055] (1)杂交液配制
[0056]
[0058] (2)DAPI复染剂配制
[0059] l〇mg的对苯二胺溶于1ml的PBS中,调节pH为9·0,加入9ml甘油,反复震荡混 匀,-20°C储存。取2. 5μ1的DAPI溶液(0.lmg/ml)溶于lml抗褪色液中,避光条件下反复 震荡混匀,-20 °C避光密闭保存。
[0060] (3)成品组装
[0061]
[0062] 实施例3 :ERG基因检测试剂盒的检测方法
[0063] 1、玻片预处理
[0064] 1. 1玻片放入65±5°C恒温箱中烤片过夜;
[0065] 1. 2取出玻片,将其放入室温二甲苯(或环保脱蜡剂)中10分钟;
[0066] 1. 3取出玻片,再将其放入另一缸室温二甲苯(或环保脱蜡剂)中10分钟;
[0067] 1. 4取出玻片,再将其放入无水乙醇中室温10分钟,去除残留二甲苯(或环保脱蜡 剂);
[0068] 1.5取出玻片,再将其放入100%、90%、70%梯度乙醇室温复水各3分钟;
[0069] 1. 6取出玻片,再将其放入灭菌纯化水中室温洗涤3分钟,用无绒纸巾吸取多余水 分;
[0070] 1. 7取出玻片,再将玻片放入1XEDTA修复液中,高压锅高压修复2分钟(高压锅 有气放出,开始发出响声时计时);
[0071] 1. 8冷却至室温后,取出玻片,自来水冲洗干净;
[0072] 1. 9取出玻片,将其放入室温2XSSC中3分钟;
[0073] 1. 10取出玻片,室温晾干;
[0074] 1. 11将玻片正面朝上平放在架子上,在样本区域滴加适量的胃蛋白酶反应液,室 温消化5~15分钟;
[0075] 1. 12将多余液体甩去,将其放入室温2 X SSC中5分钟;
[0076] 1. 13取出玻片,再将其放入另一缸室温2XSSC中5分钟;
[0077] 1. 14取出玻片,再将其依次放入室温70%,90%,100%梯度乙醇脱水各2分钟;
[0078] 1. 15取出玻片,室温晾干。
[0079] 2、样品和探针同时变性(避光操作)
[0080] 2. 12. 1从-20±5°C冰箱中取出实施例2所述检测试剂盒中的杂交液,震荡混匀, 瞬时离心;
[0081] 2. 22. 2加10μ1的杂交液到杂交区域,迅速盖上18X18mm盖玻片,轻压使杂交液 均匀分布,避免产生气泡;
[0082] 2. 32. 3用橡皮胶沿盖玻片边缘封片,完全覆盖盖玻片和载玻片接触的部位;
[0083] 2. 42. 4将玻片放入杂
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