Xrcc2基因突变检测特异性引物和液相芯片的制作方法
【专利摘要】本发明公开了一种XRCC2基因突变检测液相芯片和特异性引物，该液相芯片主要包括有：每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为：针对G87A位点的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10，针对G158C位点的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12，针对A82G位点的SEQ?ID?NO.13及SEQ?ID?NO.14，和/或针对A155C位点的SEQ?ID?NO.15及SEQ?ID?NO.16；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，实现多个突变位点的野生型和突变型并行检测。
【专利说明】XRCC2基因突变检测特异性引物和液相芯片
【技术领域】
[0001]本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种XRCC2基因突变检测特异性引物和液相芯片。
【背景技术】
[0002]中国仓鼠细胞X射线修复补缺陷修复2 (X-ray repair complementingdefective repair inChinese hamster cells 2, XRCC2),位于 7 号染色体 7q36.1 上。XRCC2基因是RecA/Rad51相关蛋白家族的成员，参与同源重组以维持染色体的稳定性和修复DNA损伤。XRCC2基因是参与DNA双链断裂修复的重要基因，在同源重组修复(homologyrecombination, HR)和非同源末端连接(non-homology end joining, NHEJ)中发挥重要作用，其单核苷酸多态性所导致修复能力的个体差异可能是决定肿瘤发病风险差异的重要因素。XRCC2基因多态性与结直肠癌、膀胱癌、乳腺癌、基底细胞癌等肿瘤易感性有关。[0003]目前，XRCC2基因突变检测方法主要有:荧光定量PCR技术、SNPlexTM System技术和基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术(MALD1-T0F-MS)，荧光定量PCR技术灵敏度高、特异性强、自动化程度高的特点，但存在样品易污染、假阳性率高的缺点，且每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。SNPlexTM System技术对SNP序列特异性要求较高，不能随意地分析所选择的单核苷酸多态性位点，难以应用于临床检测诊断，而且该方法操作比较复杂，同样不能满足实际应用的需要。基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术是一种软电离技术，在蛋白质等生物大分子的检测中有着强大而成熟的功能，但是在核酸检测领域，由于核酸分子本身的特殊性，检测受到一定的限制。
[0004]本发明目标检测的XRCC2基因突变位点，如表所示:
[0005]
【权利要求】
1.一种XRCC2基因突变检测液相芯片，其特征是，包括有: (A).针对XRCC2基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对:每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为:针对G87A位点的SEQ ID N0.9及SEQ ID N0.10，针对G158C位点的SEQID N0.11 及 SEQ ID N0.12，针对 A82G 位点的 SEQ ID N0.13 及 SEQ ID N0.14，和 / 或针对A155C 位点的 SEQ ID N0.15 及 SEQ ID N0.16 ;所述 tag 序列选自 SEQ ID N0.1 ~SEQ IDN0.8 ； (B).有不同ant1-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述ant1-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述ant1-tag序列选自SEQ ID N0.17~SEQ ID N0.24，且所述ant1-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的XRCC2基因突变检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为:针对 G87A 位点的 SEQ ID N0.25 及 SEQ ID N0.26，针对 G158C 位点的 SEQ ID N0.27 及 SEQIDN0.28，针对 A82G 位点的 SEQ ID N0.29 及 SEQ ID N0.30，和 / 或针对 A155C 位点的 SEQID N0.31 及 SEQ ID N0.32。
3.根据权利要求1或2所述的XRCC2基因突变检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物对为:针对G87A位点的由SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.9组成的序列及由SEQ ID N0.2和SEQ ID N0.10组成的序列，针对G158C位点的由SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.11组成的序列及由SEQ ID N0.4和SEQ ID N0.12组成的序列，针对A82G位点的由SEQ ID N0.5和SEQID N0.13组成的序列及由SEQ ID N0.6和SEQ ID N0.14组成的序列，和/或针对A155C位点的由SEQ ID N0.7和SEQ IDN0.15组成的序列及由SEQ ID N0.8和SEQ ID N0.16组成的序列。
4.根据权 利要求1或2所述的XRCC2基因突变检测液相芯片，其特征在于，所述间隔臂为5 — 10个T。
5.用于XRCC2基因突变检测的特异性引物，其特征在于，所述特异性引物为:针对G87A位点的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，针对G158C位点的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12,针对 A82G 位点的 SEQ ID N0.13 及 SEQ ID N0.14，和 / 或针对 A155C 位点的 SEQ ID N0.15及 SEQID N0.16。
【文档编号】C12Q1/68GK103865991SQ201210546393
【公开日】2014年6月18日 申请日期:2012年12月14日 优先权日:2012年12月14日
【发明者】陈昌华, 胡文晖 申请人:益善生物技术股份有限公司