用于控制基因表达的单链核酸分子的制作方法_2

文档序号:8496427阅读:来源:国知局
UACAGCUGCUU-3'(序列号 16)
[0073] 5' -AUUGUAACGAGACAAACAC-3'(序列号 5)
[0074] 5' -UUGCGCUUUUUGGUGACGC-3'(序列号6)
[0075] 本发明的ssNc分子所产生的上述靶基因的表达抑制被推测是由于以下原因:通 过为例如上述内部区域(Z)、上述5'侧区域(Xc)以及上述3'侧区域(Yc)中的至少一者配 置有上述表达抑制序列的结构,从而产生RNA干扰或与RNA干扰类似的现象(RNA干扰样的 现象)。需要说明的是,本发明并不限定于该机理。本发明的ssNc分子并不是如例如所谓 的siRNA那样以由两条单链RNA构成的dsRNA的形式导入细胞等中,并且,在细胞内未必需 要上述表达抑制序列的切出。因此,本发明的ssNc分子也可以说例如还具有RNA干扰样的 功能。
[0076] 本发明的ssNc分子中,如上所述,上述表达抑制序列包含在上述内部区域(Z)、上 述5'侧区域(Xc)以及上述3'侧区域(Yc)的至少一者中。本发明的ssNc分子例如可以 具有1个上述表达抑制序列,也可以具有2个以上的上述表达抑制序列。
[0077] 为后者的情况下,本发明的ssNc分子例如可以具有2个以上的对于相同靶基因的 相同表达抑制序列,也可以具有2个以上的对于相同靶基因的不同表达抑制序列,还可以 具有2个以上的对于不同靶基因的不同表达抑制序列。本发明的ssNc分子具有2个以上 的上述表达抑制序列的情况下,各表达抑制序列的配置部位没有特别限制,可以为上述内 部区域⑵、上述5'侧区域(Xc)以及上述3'侧区域(Yc)中的任意一个区域,也可以为不 同区域。本发明的ssNc分子具有2个以上的对于不同靶基因的上述表达抑制序列的情况 下,例如,通过本发明的ssNc分子,能够抑制2种以上的不同靶基因的表达。
[0078] 如上所述,上述内部区域⑵由上述内部5'区域(X)和上述内部3'区域(Y)连 结而成。上述区域⑴和上述区域⑴例如可以直接连结,期间不具有间插序列。为了表 示上述内部区域⑵与上述5'侧区域(Xc)和上述3'侧区域(Xc)的序列关系,上述内部 区域⑵定义为"上述内部5'侧区域⑴和上述内部3'侧区域⑴连结而构成",上述内 部区域(Z)中,上述5'侧区域(Xc)和上述3'侧区域(Xc)在例如上述ssNc分子的使用中 不限于各自独立的区域。即,例如,上述内部区域(Z)具有上述表达抑制序列的情况下,上 述内部区域(Z)中,可以跨越上述区域(X)和上述区域(Y)而配置上述表达抑制序列。
[0079] 本发明的ssNc分子中,上述5'侧区域(Xc)与上述内部5'侧区域⑴互补。此 处,上述区域(Xc)只要具有与上述区域(X)的全部区域或其部分区域互补的序列即可,具 体而言,例如,优选的是,包含与上述区域(X)的全部区域或其部分区域互补的序列,或者 由上述互补的序列构成。上述区域(Xc)与上述区域(X)的互补的上述全部区域或互补的 上述部分区域例如可以完全互补,也可以1碱基或数碱基非互补,但优选完全互补。本发明 的ssNc分子中,上述3'侧区域(Yc)与上述内部3'侧区域(Y)互补。此处,上述区域(Yc) 只要具有与上述区域(Y)的全部区域或其部分区域互补的序列即可,具体而言,例如,优选 的是,包含与上述区域(Y)的全部区域或其部分区域互补的序列,或者由上述互补的序列 构成。上述区域(Yc)与上述区域(Y)的互补的上述全部区域或互补的上述部分区域例如 可以完全互补,也可以1碱基或数碱基非互补,但优选完全互补。上述1碱基或数碱基例如 为1~3碱基、优选为1碱基或2碱基。
[0080] 本发明的ssNc分子中,上述5'侧区域(Xc)与上述内部5'侧区域⑴例如可以 直接连结,也可以间接连结。为前者的情况下,直接连结可以举出例如基于磷酸二酯键的连 结。为后者的情况下,例如可以举出以下形态:在上述区域(Xc)与上述区域(X)之间具有 连接子区域(Lx),介由上述连接子区域(Lx)连结了上述区域(Xc)和上述区域(X)。
[0081] 本发明的ssNc分子中,上述3'侧区域(Yc)与上述内部3'侧区域⑴例如可以 直接连结,也可以间接连结。为前者的情况下,直接连结可以举出例如基于磷酸二酯键的连 结。为后者的情况下,例如可以举出以下形态:在上述区域(Yc)与上述区域(Y)之间具有 连接子区域(Ly),介由上述连接子区域(Ly)连结了上述区域(Yc)与上述区域(Y)。
[0082] 本发明的ssNc分子例如可以具有上述连接子区域(Lx)和上述连接子区域(Ly) 两者,也可以具有任意一者。为后者的情况下,例如,在上述5'侧区域(Xc)与上述内部5' 侧区域(X)之间具有上述连接子区域(Lx),在上述3'侧区域(Yc)与上述内部3'侧区域 (Y)之间不具有上述连接子区域(Ly),S卩,可以举出上述区域(Yc)与上述区域(Y)直接连 结的形态。另外,为后者的情况下,例如,在上述3'侧区域(Yc)与上述内部3'侧区域(Y) 之间具有上述连接子区域(Ly),在上述5'侧区域(Xc)与上述内部5'侧区域(X)之间不具 有上述连接子区域(Lx),S卩,可以举出上述区域(Xc)和上述区域(X)直接连结的形态。
[0083] 上述连接子区域(Lx)和上述连接子区域(Ly)优选为各自在其自身的区域内部中 不产生自退火的结构。
[0084] 关于本发明的ssNc分子,将不具有上述连接子区域的ssNc分子的一例示于图1 的示意图。图1的(A)是示出上述ssNc分子的从5'侧至3'侧的各区域的顺序的概要的 示意图,图1的(B)是示出上述ssNc分子在上述分子内形成了双链的状态的示意图。如图 1的⑶所示,对于上述ssNc分子,上述5'侧区域(Xc)折回,在上述5'侧区域(Xc)与上 述内部5'侧区域⑴之间形成了双链,上述3'侧区域(Yc)折回,在上述3'侧区域(Yc) 与上述内部3'侧区域(Y)之间形成了双链。图1仅为示出各区域的连结顺序和形成双链 的各区域的位置关系的图,例如,各区域的长度等不限于此。
[0085] 关于本发明的ssNc分子,将具有上述连接子区域的ssNc分子的一例示于图2的 示意图。图2的(A)是作为一例示出上述ssNc分子的从5'侧至3'侧的各区域的顺序的概 要的示意图,图2的(B)是示出上述ssNc分子在上述分子内形成了双链的状态的示意图。 如图2的⑶所示,关于上述ssNc分子,上述5'侧区域(Xc)和上述内部5'侧区域⑴之 间形成双链,上述内部3'侧区域(Y)和上述3'侧区域(Yc)之间形成双链,上述Lx区域和 上述Ly区域呈环结构。图2仅为示出各区域的连结顺序和形成双链的各区域的位置关系 的图,例如,各区域的长度等不限于此。
[0086] 本发明的ssNc分子中,上述5'侧区域(Xc)、上述内部5'侧区域(X)、上述内部3' 侦怄域(Y)以及上述3'侧区域(Yc)的碱基数没有特别限制,例如,如下所示。本发明中, "碱基数"例如指"长度",也可以称为"碱基长"。
[0087] 如上所述,上述5'侧区域(Xc)例如可以与上述内部5'侧区域(X)的全部区域互 补。该情况下,优选上述区域(Xc)例如与上述区域⑴为相同碱基长,由与上述区域⑴的 从5'末端至3'末端的全部区域互补的碱基序列构成。上述区域(Xc)更优选与上述区域 (X)为相同碱基长且上述区域(Xc)的全部碱基与上述区域(X)的全部碱基互补,S卩,优选例 如完全互补。需要说明的是,并不限于此,例如,如上所述,可以1碱基或数碱基非互补。
[0088] 另外,如上所述,上述5'侧区域(Xc)例如可以与上述内部5'侧区域(X)的部分 区域互补。该情况下,优选上述区域(Xc)例如与上述区域(X)的部分区域为相同碱基长, 即,由比上述区域(X)短1碱基以上的碱基长的碱基序列构成。上述区域(Xc)更优选与上 述区域(X)的上述部分区域为相同碱基长且上述区域(Xc)的全部碱基与上述区域(X)的 上述部分区域的全部碱基互补,即,优选例如完全互补。上述区域(X)的上述部分区域例如 优选为由上述区域(X)中的从5'末端的碱基(第1位的碱基)起连续的碱基序列构成的 区域(片段)。
[0089] 如上所述,上述3'侧区域(Yc)例如可以与上述内部3'侧区域(Y)的全部区域互 补。该情况下,优选上述区域(Yc)例如与上述区域⑴为相同碱基长,由与上述区域⑴的 从5'末端至3'末端的全部区域互补的碱基序列构成。上述区域(Yc)更优选与上述区域 (Y)为相同碱基长且上述区域(Yc)的全部碱基与上述区域(Y)的全部碱基互补,S卩,优选例 如完全互补。需要说明的是,并不限于此,例如,如上所述,可以1碱基或数碱基非互补。
[0090] 另外,如上所述,上述3'侧区域(Yc)例如可以与上述内部3'侧区域(Y)的部分 区域互补。该情况下,优选上述区域(Yc)例如与上述区域(Y)的部分区域为相同碱基长, 即,由比上述区域(Y)短1碱基以上的碱基长的碱基序列构成。上述区域(Yc)更优选与上 述区域(Y)的上述部分区域为相同碱基长且上述区域(Yc)的全部碱基与上述区域(Y)的 上述部分区域的全部碱基互补,即,优选例如完全互补。上述区域(Y)的上述部分区域例如 优选为由上述区域(Y)中的从3'末端的碱基(第1位的碱基)起连续的碱基序列构成区 域(片段)。
[0091] 本发明的ssNc分子中,上述内部区域(Z)的碱基数(Z)与上述内部5'侧区域(X) 的碱基数⑴以及上述内部3'侧区域⑴的碱基数⑴的关系、上述内部区域⑵的碱基 数⑵与上述内部5'侧区域⑴的碱基数⑴以及上述5'侧区域(Xc)的碱基数(Xc)的 关系例如满足下述式(1)和(2)的条件。
[0092]Z=X+Y? ? ? (1)
[0093]Z彡Xc+Yc? ? ? (2)
[0094] 本发明的ssNc分子中,上述内部5'侧区域(X)的碱基数(X)与上述内部3'侧区 域(Y)的碱基数(Y)的长度的关系没有特别限制,例如,满足下述式中的任一条件。
[0095]X = Y ? ? ? (19)
[0096]X < Y ? ? ? (20)
[0097]X > Y ? ? ? (21)
[0098] 本发明的ssNc分子中,上述内部5'侧区域(X)的碱基数(X)、上述5'侧区域(Xc) 的碱基数(Xc)、上述内部3'侧区域(Y)的碱基数(Y)以及上述3'侧区域(Yc)的碱基数 (Yc)的关系例如满足下述(a)~(d)中的任一条件。
[0099] (a)满足下述式(3)和⑷的条件。
[0100]X > Xc ? ? ? (3)
[0101]Y = Yc ? ? ? (4)
[0102] (b)满足下述式(5)和(6)的条件。
[0103]X = Xc ? ? ? (5)
[0104]Y > Yc ? ? ? (6)
[0105] (c)满足下述式(7)和⑶的条件。
[0106]X>Xc???(?)
[0107]Y > Yc ? ? ? (8)
[0108] (d)满足下述式(9)和(10)的条件。
[0109] X=Xc? ? ? (9)
[0110] Y=Yc? ? ? (10)
[0111] 上述(a)~(d)中,上述内部5'侧区域⑴的碱基数⑴与上述5'侧区域(Xc) 的碱基数(Xc)之差,上述内部3'侧区域(Y)的碱基数(Y)与上述3'侧区域(Yc)的碱基 数(Yc)之差例如优选满足下述条件。
[0112] (a)满足下述式(11)和(12)的条件。
[0113] X-Xc= 1 ~10,优选为 1、2、3 或 4,
[0114] 更优选为 1、2 或 3 ? ? ? (11)
[0115] Y-Yc= 0 ? ? ? (12)
[0116] (b)满足下述式(13)和(14)的条件。
[0117] X-Xc= 0 ? ? ? (13)
[0118] Y-Yc= 1 ~10,优选为 1、2、3 或 4,
[0119] 更优选为 1、2 或 3 ? ? ? (14)
[0120] (c)满足下述式(15)和(16)的条件。
[0121] X-Xc= 1 ~10,优选为 1、2 或 3,
[0122] 更优选为1或2 ??? (15)
[0123] Y-Yc= 1 ~10,优选为 1、2 或 3,
[0124] 更优选为1或2 ? ? ? (16)
[0125] (d)满足下述式(17)和(18)的条件。
[0126] X-Xc= 0 ? ? ? (
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