Top2a基因检测探针及其制备方法和试剂盒的制作方法_2

文档序号:9722791阅读:来源:国知局
组织样本FISH检测结果图,其中,检测信号类型为2R2G, T0P2A基因未发生扩增。
[0033]图4为实施例4中乳腺癌组织样本FISH检测结果图,其中,检测信号类型为6-12R2G,T0P2A基因扩增。
【具体实施方式】
[0034]为了便于理解本发明,下面将对本发明进行更全面的描述。本发明可以以许多不 同的形式来实现,并不限于本文所描述的实施例。相反地,提供这些实施例的目的是使对本 发明的公开内容的理解更加透彻全面。
[0035]下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,例如Sambrook等 人,分子克隆:实验室手册(New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press ,1989)中所 述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。实施例中所用到的各种常用化学试剂,均为市售 产品。
[0036]除非另有定义,本发明所使用的所有的技术和科学术语与属于本发明的技术领域 的技术人员通常理解的含义相同。本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实 施例的目的,不用于限制本发明。本发明所使用的术语"和/或"包括一个或多个相关的所列 项目的任意的和所有的组合。
[0037] 实施例1T0P2A基因检测探针的制备
[0038]本实施所述T0P2A检测探针的制备方法,包括以下步骤。
[0039] 挑选包含目的基因 T0P2A及两端序列的克隆,如图1所示。
[0040] GSP T0P2A包括两组,分别包括第一探针、第二探针、第三探针和第四探针.具体如 下表,其购买于Invitrogen RP11 BAC及CTD BAC克隆库。以下分两组检测探针分别制备。 [0041 ] T0P2A chrl7:38,544,773-38,574,202,29,430bp
[0042]
[0043]
L〇〇44J (2)GSP T0P2A基因检测探针制备:使用Qiagen公司的Plasmid Maxi Ki t,按照说 明书要求的操作方法对不同BAC克隆分别进行超低拷贝质粒DNA提取,通过测定260nm和 280nm处的吸光度对质粒DNA定量;采用高压灭菌的超纯水稀释为200ng/ul,采用1.5ml的离 心管分装,最后将得到的2种或4种质粒DNA混合,-20°C密封保存。
[0045] (3)通过切口平移方法对质粒DNA混合物进行荧光标记,每种探针标记的荧光素为 Spectrum-Orange。采用abbott的Nick Translation Kit,按如下方案,严格避光条件下在 冰上配制PCR反应体系。
[0046] 10XNT buffer 5ul
[0047] dTTP(lmM) 0.4ul
[0048] d3TPs(lmM) lul
[0049] Spectrum-Orange dUTP 0.6ul
[0050] OT 酶 lOul
[0051] 质粒 DNA(100ng/ul) 各2.5ul
[0052] 添加 H20 至总体积为50ul。。
[0053] 配完后震荡混匀,在25°C标记5小时,再80°C孵育10分钟灭活酶。取5ul使用2%琼 脂糖凝胶做电泳,在500bp左右存在弥散的条带。
[0054]对标记产物进行乙醇沉淀和浓缩,按如下方案在1.5ml离心管中依次加入醋酸钠 和无水乙醇,避光、冰上配制:
[0055] 标记产物 45ul
[0056] 醋酸钠(3mol/L) 5ul
[0057] 无水乙醇 125ul
[0058] 混匀后置于-70°C冰箱中至少2小时,4°C13000rpm离心30分钟,小心去上清,勿搅 动沉淀,加入lml的70%乙醇,4°C13000转/分钟离心15分钟,小心去上清,勿搅动沉淀,避光 干燥。使用1 u 1纯化水溶解沉淀,获得GSP T0P2A基因探针,避光、-20°C储存。
[0059] (4)GSP T0P2A基因探针验证:分别使用两组探针,以人类正常分裂中期淋巴细胞 滴片为待测样本进行两组探针的验证(检测方法参考现有技术和实施例3)。培养细胞中包 含中期或间期染色体DNA,荧光原位杂交时,染色体DNA表现为形态上可识别的染色体或是 细胞核。两组探针的结果相同,如图2所示:中期染色体的FISH杂交结果图。图中可以看见染 色体17q21位置显示红色荧光信号,内控探针CSP17(17号染色体鉴别探针,可以标记出17号 染色体,购自SE17,D17Z1(KBI-20017,KREATECH)显示绿色荧光。图中可见T0P2A基因探针信 号明亮,人外周血培养细胞片中在中期染色体上可观察到灵敏度、特异性100%;使用石蜡 样本片进行杂交检测,可以清楚的记录T0P2A基因拷贝数。
[0060]实施例2: T0P2A基因检测试剂盒制备方法
[0061] T0P2A基因检测试剂盒包括有T0P2A杂交液和DAPI复染剂两个组分,其中T0P2A杂 交液包含实施例1所述的GSP T0P2A基因探针(分别为两组检测探针,对应两种试剂盒)、 CSP17探针(17号染色体鉴定探针)、用于杂交环境(促进杂交)的缓冲液组分、封闭重复序列 的COT Human DNA等。DAPI复染剂主要用于杂交后的细胞复染,其中的DAPI会与DNA结合,使 得细胞核显示出蓝色荧光,含有对苯二胺的复染剂可以保持荧光的稳定。
[0062] 具体配方如下:
[0063] (1)杂交液配制
[0064]
[0065] (2)DAPI复染剂配制
[0066] 10mg的对苯二胺溶于lml的PBS中,调节pH为9 · 0,加入9ml甘油,反复震荡混匀,-20 °C储存。取2.5μ1的DAPI溶液(0. lmg/ml)溶于lml抗褪色液中,避光条件下反复震荡混匀,-20°C避光密闭保存。
[0067] (3)成品组装
[0068]
LQ〇69」买施例3: T0P2A基因检测试刑盆的检测万法
[0070] 1、玻片预处理
[0071] 1 · 1玻片放入65±5°C恒温箱中烤片过夜;
[0072] 1.2取出玻片,将其放入二甲苯中室温脱蜡15分钟;
[0073] 1.3取出玻片,再将其放入另一缸二甲苯中室温继续脱蜡15分钟;
[0074] 1.4取出玻片,再将其放入无水乙醇中室温10分钟,去除残留二甲苯;
[0075] 1.5取出玻片,再将其放入100%、90%、70%梯度乙醇室温复水各3分钟;
[0076] 1.6取出玻片,再将其放入纯化水中室温洗涤3分钟,用无绒纸巾吸取多余水分;
[0077] 1.7取出玻片,再将其放入纯化水中100±5°C煮片25分钟(切片水平放置于容器 中,样本面朝上);
[0078] 1.8取出玻片,室温晾干;
[0079] 1.9将玻片正面朝上放在架子上,在样本区域滴加适量的胃蛋白酶反应液,消化5 ~15分钟;
[0080] 1.10将多余液体甩去,将其放入室温2 X SSC中5分钟;
[0081 ] 1.11取出玻片,再将其放入另一缸室温2 X SSC中5分钟;
[0082] 1.12取出玻片,再将其依次放入室温70%,90%,100%梯度乙醇脱水各3分钟;
[0083] 1.13取出玻片,室温晾干。
[0084]胃蛋白酶的反应时间需要通过预试验进行确定。可以使用同批制备的样本片按所 述方法进行预试验,通常以5分钟为间隔时间。例如,分别测试消化时间为5分钟、10分钟和 15分钟,完成"玻片预处理"后,可以在明场下,使用10X或20X物镜观察组织消化状态;或 者直接进行DAP I复染,进行消化状态判断。
[0085] 2、样品和探针同时变性(避光操作)
[0086] 2.12.1从_20±5°C冰箱中取出实施例2所述检测试剂盒中的杂交液,震荡混匀,瞬 时离心;
[0087] 2.22.2加10μ1的杂交液到杂交区域,迅速盖上18 X 18mm盖玻片,轻压使杂交液均 勾分布,避免产生气泡;
[0088] 2.32.3用橡皮胶沿盖玻片边缘封片,完全覆盖盖玻片和载玻片接触的部位;
[0089] 2.42.4将玻片放入杂交仪中,湿润原位杂交仪湿度条,插入湿条,盖上杂交仪上 盖,设置"Denat&Hyb"程序,变性85°C 5分钟,杂交37°C 10~18小时。(若无杂交仪,可使用 替代仪器,如恒温热台进行变性,电热烘箱/或水浴锅进
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