专利名称：Ugt1a1基因扩增用引物对、含有其的ugt1a1基因扩增用试剂及其用途的制作方法
技术领域：
本发明涉及用于扩增UGTlAl基因的引物对，含有该引物对的UGTlAl基因扩增用试剂及其用途。
背景技术：
已知葡糖醛酸转移酶(UDP-葡糖醛酸基转移酶UGT)是一种已知的药物代谢酶， 是一种催化将葡糖醛酸结合到药物、异物、作为内源性物质的胆红素、留类激素、胆汁酸等上的反应的酶。已报道了 UGT有被分类为UGTl家族和UGT2家族的多种同工酶。这些同工酶中，编码属于UGTl家族的UGTlAl的基因(UGT1A1基因)存在基因多态性，一般而言认为这与抗癌剂盐酸伊立替康(Irinotecan)的副作用的表现相关。具体而言，据报道，患者UGTlAl基因具有多态性时，通过UGT将具有高抗肿瘤活性的伊立替康水解物(SN-38) 解毒的能力下降，因而发生白血球减少和腹泻等严重的副作用。与这种副作用相关的代表性的基因多态性已知有启动子区域的多态性UGT1AN28，外显子1的多态性UGT1A1*6 和UGT1AN27。尤其是据报道包括日本人在内的亚洲人中，由于除了最重要的多态性 UGT1AN28，还同时具有多态性UGT1A1*6和UGT1AN27的至少一种，因而容易出现更强的副作用。另外，UGTlAl由于与生物体内的由葡糖醛酸产生的结合胆红素相关，因此其多态性也是吉伯综合症等体质性黄疸的成因。因此，研究UGTlAl基因的多个多态性对于预测抗癌剂所产生的副作用的程度，预测副作用的发生十分重要。另一方面，作为在基因水平分析所有疾病的成因、个体间疾病易感性(容易患病性)、个体间药效差异等的方法，现在广泛使用点突变，即所谓单核苷酸多态性(SNP)的检测。作为点突变的一般的检测方法，可以列举(1)对于试样的目标DNA，通过PCR(聚合酶链式反应)扩增相当于检测对象序列的区域，分析其全基因序列的直接测序(Direct Sequencing)法，(2)对于试样的目标DNA，通过PCR(聚合酶链式反应)扩增相当于检测对象序列的区域，用根据前述检测对象序列有无目标突变而切断作用不同的限制酶将其扩增产物切断，通过电泳进行分型的RFLP分析，(3)使用目标突变位于3’末端区域的引物进行 PCR,通过扩增的有无来判断突变的ASP-PCR法等。但是，这些方法例如由于必须纯化从试样中提取的DNA、电泳、限制酶处理等，因此麻烦又费钱。而且，进行PCR后，反应容器需要开封一次，因此就存在前述扩增产物混入下一个的反应体系中，分析精确度降低的担忧。而且，由于难以自动化，因此无法分析大量试样。而且，就前述(3)的ASP-PCR法而言，也存在特异性低的问题。从这些问题出发，近年来，作为点突变的检测方法，分析由目标核酸与探针形成的双链核酸的融解温度(Tm :melting temperature)的方法正得到实际的应用。这种方法由于通过例如Tm分析或者前述双链的融解曲线的分析来进行，因此被称为融解曲线分析。其就是以下这种方法。即，首先，使用与含有检测目标的点突变的检测对象序列互补的探针， 使检测试样的目标单链DNA与前述探针形成杂交体(双链DNA)。然后，对该杂交产物实施加热处理，通过吸光度等信号的变动来检测伴随温度上升的杂交体的解离(融解)。然后， 基于该检测结果确定Tm值，由此判断是否存在点突变。杂交产物的同源性高，则Tm值高， 同源性低，则Tm值低。因此，预先求出含有点突变的检测对象序列和与之互补的探针的杂交产物的Tm值(评价基准值)，再测定检测试样的目标单链DNA和前述探针的Tm值(测定值)。如果前述测定值与评价基准值程度相同，则可以判断为匹配，即在目标DNA中存在点突变，如果测定值比评价基准值低，则可以评断为不匹配，即在目标DNA中不存在点突变。 而且，通过该方法可以实现基因分析的自动化。但是，对于这种利用Tm分析的检测方法而言，存在着在PCR中必须要特异性且高效地扩增含有检测目标部位的区域的问题。尤其是，由于UGT存在许多同工酶，编码这些酶的序列又极为类似，因此就有这样的担忧，即在PCR中连UGTlAl之外的同工酶的编码基因也被扩增。而且，这种连UGTlAl之外的同工酶的编码基因也被扩增的情况，也成为例如 UGTlAl基因的特定多态性(UGT1AN28，UGT1A1*6或UGT1AN27)分析(非专利文献1)中， 分析结果的可信度降低的原因。而且，这样一来，由于分析1个样本时伴随过多劳动力，因此存在着实际上不能实现大量分析试样的问题。非专利文献PMID:11156391 Cancer Res. 2000 Dec 15 ；60 (24) :6921_6。
发明内容
因此，本发明以提供用于通过基因扩增法特异性扩增UGTlAl基因的目标区域的引物对作为目的。为了实现上述目的，本发明的引物对，其特征在于，其为用于通过基因扩增法扩增 UGTlAl基因的引物对，且含有选自以下引物对(1) (3)所组成的组中的至少一种。引物对(1)包含含有下述(Fl)的寡核苷酸的正向引物和含有下述(Rl)的寡核苷酸的反向引物的一个引物对(Fl)与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第2120位的腺嘌呤碱基 (A)作为第1个碱基朝着5’方向直至第18 22个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以所述腺嘌呤碱基(A)作为3’末端和与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中、以第2140位的胞嘧啶碱基(C)作为第1个碱基朝着5’方向直至第18 34个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以所述胞嘧啶碱基(C)作为3’末端中的至少一个(Rl)与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第22 位的鸟嘌呤碱基 (G)作为第1个碱基朝着3’方向直至第17 27个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸， 该寡核苷酸以与所述第22 位的鸟嘌呤碱基(G)互补的胞嘧啶碱基(C)作为3’末端
和与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第2198位的胞嘧啶碱基(C) 作为第1个碱基朝着3’方向直至第22 39个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以与所述第2198位的胞嘧啶碱基(C)互补的鸟嘌呤碱基(G)作为3’末端中的至少一个引物对(2)包含含有下述(F2)的寡核苷酸的正向引物和含有下述(R2)的寡核苷酸的反向引物的一个引物对(F2)与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第沈22位的鸟嘌呤碱基 (G)作为第1个碱基朝着5’方向直至第15 27个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以所述鸟嘌呤碱基(G)作为3’末端(R2)与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第沈87位的胞嘧啶碱基 (C)作为第1个碱基朝着3’方向直至第17 沈个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸， 该寡核苷酸以与所述第2687位的胞嘧啶碱基(C)互补的鸟嘌呤碱基(G)作为3’末端引物对(3)包含含有下述(F3)的寡核苷酸的正向引物和含有下述(R3)的寡核苷酸的反向引物的一个引物对(F3)与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第1863位的胞嘧啶碱基 (C)作为第1个碱基朝着5’方向直至第17 31个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以所述胞嘧啶碱基(C)作为3’末端(R3)与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第19 位的胞嘧啶碱基 (C)作为第1个碱基朝着3’方向直至第16 20个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸， 该寡核苷酸以与所述第1拟8位的胞嘧啶碱基(C)互补的鸟嘌呤碱基(G)作为3’末端而且，本发明的基因扩增用试剂，其特征在于，其为一种用于通过基因扩增法扩增 UGTlAl基因的试剂，含有前述本发明的UGTlAl基因扩增用引物对。本发明的扩增产物的制备方法，其特征在于，其为一种通过基因扩增法制备 UGTlAl基因扩增产物的方法，含有下述(I)步骤。(I)以试样中的核酸作为模板，使用本发明的UGTlAl基因扩增用引物对，在反应液中扩增前述UGTlAl基因的步骤本发明的多态性分析方法，其特征在于，其为分析UGTlAl基因中的检测对象部位的多态性的方法，包括以下步骤(i) (iv)。(i)通过本发明的扩增产物的制备方法，在反应液中扩增UGTlAl基因中包含检测对象部位的区域的步骤(ii)准备含有所述步骤(i)中的扩增产物和能与所述检测对象部位杂交的探针的反应液的步骤(iii)改变所述反应液的温度，测定所述扩增产物和所述探针的杂交产物显示融解状态的信号值的步骤(iv)根据伴随温度变化的所述信号值的变动，决定所述检测对象部位的多态性的步骤
如果使用本发明的引物对，可以在反应液中特异性且高效率地扩增UGTlAl基因中的、含有检测目标多态性(UGT1AN28，UGT1A1*6或UGT1AN27)发生的部位的目标区域。 因此，与前述以往的方法不同，可以降低麻烦和成本。而且，这样一来，由于可以特异性扩增 UGTlAl基因中的、含有特定的多态性发生的检测对象部位的区域，因此通过使用与含有检测对象部位的检测对象序列互补的探针，可以使用前述反应液直接进行Tm分析，对前述多态性进行分型。而且，由于可以在一个反应液中扩增前述目标区域以及实现多态性分型，因此可以实现操作自动化。进而，如果使用本发明的引物对，即使是例如含有杂质的试样(例如，全血或口腔粘膜等)，由于可以省略前处理，因此可以更迅速且更简便地进行扩增反应。 而且，使用本发明的引物对，由于可以以比以往更好的扩增效率进行扩增反应，因此可以缩短扩增反应。因此，通过本发明的引物对、含有它们的试剂以及使用这些物质的扩增产物的制备方法和多态性分析方法，可以迅速且简便地分析UGTlAl基因的多态性，因此可以认为其在医疗领域中非常有效。
图1是表示本发明的实施例1中Tm分析的结果的图。图2是表示本发明的前述实施例1中Tm分析的结果的图。图3是表示本发明的前述实施例1中Tm分析的结果的图。图4是表示本发明的实施例2中Tm分析的结果的图。
具体实施例方式〈UGT1A1基因扩增用引物对〉本发明的UGTlAl基因扩增用引物对，如前所述，其特征在于其含有选自前述引物对(1) (3)所组成的组中的至少一种引物对。由于含有至少任意一种引物对，因此例如可以特异性扩增UGTlAl基因中特定的目标区域。本发明的UGTlAl基因扩增用引物对，例如可以只含有前述引物对⑴ (3)中的任意一种，也可以含有任意两种或引物对(1) C3)全部。可以用引物对(1)特异性扩增的目标区域是UGTlAl基因中含有多态性UGT1A1*6发生的部位的区域，可以用引物对⑵ 特异性扩增的目标区域是UGTlAl基因中含有多态性UGT1A1*27发生的部位的区域，可以用引物对(3)特异性扩增的目标区域是UGTlAl基因中含有多态性UGT1A1M8发生的部位的区域，这将在后面叙述。如前所述，已知UGTlAl基因的这3种多态性均为对药物代谢产生影响的多态性， 因此不仅要重视研究任意1种，还要重视研究任意2种或所有3种多态性。但是，在以往的方法中，存在着1个反应体系中无法分析多个序列的问题。这被认为是因为如前所述， 由于UGT存在很多同工酶，因此PCR中连UGTlAl之外的同工酶的编码基因也被扩增。因此，为了研究UGTlAl基因的3种多态性(UGT1A1*28, UGT1A1*6或UGT1A1*27)中的2种或所有3种时，需要分别在各个反应体系中分别扩增含有多态性发生部位的区域，单独分析获得的产物。这样一来，以往的方法难以做到仅将UGT基因的UGTlAl基因作为模板且同时在UGTlAl基因中只特异性扩增分别含有前述多态性发生部位的2种或3种目标区域。而且，这样一来，由于即使分析1个样品也伴随过多劳动力，因此存在无法实现分析大量试样的问题。与之相对，如果使用本发明的UGTlAl基因扩增用引物对，则即使在含有前述引物对(1) (3)中的任意2种或所有3种时，也可以在同一反应液中同时且特异性地扩增各个目标区域。因此，与前述的现有方法不同，可以减少麻烦和成本。而且，这样一来，由于在同一反应液中特异性扩增2个或3个目标区域，因此通过使用例如与各个目标区域中的检测对象序列互补的探针，使用前述反应液直接进行Tm分析，则可以分别对前述2种或3种多态性进行分型。这样一来，由于可以在同一反应液中分析UGTlAl基因中的2种或3种多态性，因此本发明的UGTlAl基因扩增用引物对，例如在含有引物对(1) (3)任一种时当然优选，含有任意两种或所有三种也优选。使用这种UGTlAl基因扩增用引物对，1个目标区域自不必说，如果同时扩增2个或3个目标区域，则可以比以往更有效地进行UGTlAl基因的多态性分析。而且，以下有时将正向引物称为F引物，将反向引物称为R引物。前述引物对(1)，如前所述，是包含含有下述(Fl)的寡核苷酸的正向引物和含有下述(Rl)的寡核苷酸的反向引物的一个引物对。(Fl)与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第2120位的腺嘌呤碱基 (A)作为第1个碱基朝着5’方向直至第18 22个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以所述腺嘌呤碱基(A)作为3’末端和与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第2140位的胞嘧啶碱基(C) 作为第1个碱基朝着5’方向直至第18 34个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸， 该寡核苷酸以所述胞嘧啶碱基(C)作为3’末端中的至少一个(Rl)与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第22 位的鸟嘌呤碱基 (G)作为第1个碱基朝着3’方向直至第17 27个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸， 该寡核苷酸以与所述第22 位的鸟嘌呤碱基(G)互补的胞嘧啶碱基(C)作为3’末端和与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第2198位的胞嘧啶碱基(C) 作为第1个碱基朝着3’方向直至第22 39个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以与所述第2198位的胞嘧啶碱基(C)互补的鸟嘌呤碱基(G)作为3’末端中的至少一个序列号1所示的碱基序列是来源于人(Homo Sapiens)的UGTl家族的UGTlAl基因的全长序列，例如，登录于NCBI登录号No. AY603772。前述引物对(1)是用于扩增序列号1的包含第2121位 2225位区域、第2141 位 2197位区域、第2121位 2197位区域或者第2141位 2225位区域中的任意一个区域的DNA链及其互补链的引物对。已知该区域内的第2160位的碱基(序列号1中第2160 位的碱基)存在对UGTlAl的功能产生影响的点突变Ol60G，2160A)，这种多态性就是前述的UGT1A1*6。本发明中，该部位的多态性，在纯合子时，可以用2160G/G、2160A/A表示，在为杂合子时，可以用2160G/A来表示。以下，也将该引物对(1)称为“UGT1A1*6用引物对”。 而且，在只分析UGT1A1*6的多态性时，可以只使用UGT1A1*6用引物对。在本发明中，引物对(1)的Fl引物和Rl引物，只要决定DNA聚合酶的扩增起始点的3’末端碱基满足前述条件即可。这样一来，通过固定各引物的3’末端的碱基，可以充分防止引物对(1)与例如类似的其它同工酶的基因(例如，UGT1A3基因，UGT1A4基因等)结合。这样一来，由于Fl引物和Rl引物其3’末端的碱基被固定，各引物的长度自身没有特别的限制，可以适当调整到一般长度。作为引物长度的其中一例，例如在13 50mer 的范围内，优选14 45mer，更优选15 40mer。作为具体的一例，前述Fl引物优选如下 与含有序列号1的碱基序列中的、以第2120位的腺嘌呤碱基(A)作为第1个碱基，朝着5’ 方向直至第18 22个碱基(优选第19 22个，更优选第19 21个碱基)的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，或者与序列号1的碱基序列中的、以第2140位的胞嘧啶碱基(C) 作为第1个碱基，朝着5’方向直至第18 34个碱基(优选第21 33个碱基，更优选第 M 31个碱基)的区域序列相同的至少一种寡核苷酸。而且，前述Rl引物优选如下与序列号1的碱基序列中的、以第22 位的鸟嘌呤碱基(G)作为第1个碱基，朝着3’方向直至第17 27个碱基(优选第19 沈个碱基，更优选第19 23个碱基)的区域互补的至少一种寡核苷酸；或者与序列号1的碱基序列中的、以第2198位的胞嘧啶碱基(C)作为第1个碱基朝着3’方向直至第22 39个碱基(优选第23 36个碱基，更优选第25 34个碱基)的区域互补的至少一种寡核苷酸。而且，由于Fl引物和Rl引物的3’末端分别被固定，由引物延伸的区域是例如，如前所述序列号1中第2121位 第2225位的区域，第 2141位 第2197位的区域，第2121位 第2197位区域，或第2141位 第2225位的区域中的任意一个区域，获得的扩增产物的总长根据所使用的引物的长度而变化。而且，Rl引物也可以是不与序列号1所示的碱基序列完全互补的寡核苷酸，Fl引物也可以是不与前述碱基序列的互补链完全互补的寡核苷酸。即，各引物中除3’末端碱基以外的部分中，可以与完全互补的寡核苷酸有1 5个碱基不同。以下，列举Fl引物和Rl引物的具体例子，本发明不限于此。而且，这些Fl引物和 Rl引物的组合没有任何限制，这其中，特别优选包括含有序列号4或序列号81的寡核苷酸的F1’引物、和含有序列号13或序列号91的寡核苷酸的R1’引物的引物对(1’)。而且，下表中的“Tm(°C ) ”是下表的序列和与其完全互补的序列杂交时的Tm(°C )，是用MELTCALC软件(http://www.meltcalc. com/)，将参数设为寡核苷酸浓度0. 2μΜ，钠当量(Na eq. ) 50mM 计算的值(以下相同)。前述Tm值，可以用例如以往公知的MELTCALC软件(http://WWW. meltcalc. com/)等计算，而且，还可以用临近法(Nearest Neighbor Method)测定(以下相同)。表 权利要求
1.一种探针，其特征在于，其为用于检测UGTlAl基因的多态性的探针，其由下述(1)的寡核苷酸构成，与序列号1中的、以第2173位的胞嘧啶碱基(C)作为第1个碱基，朝着5’方向直至第 17 25个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以前述胞嘧啶碱基作为 3’末端。
2.根据权利要求1所述的探针，所述寡核苷酸(1)为序列号51 58中的任意一种寡核苷酸。
3.根据权利要求2所述的探针，所述寡核苷酸(1)为序列号55的寡核苷酸和序列号 56的寡核苷酸中的至少一种。
4.根据权利要求1所述的探针，所述探针为荧光标记探针。
5.一种试剂，其特征在于，其为用于检测UGTlAl基因的多态性的试剂，含有权利要求1 所述的探针。
6.根据权利要求5所述的试剂，其还含有由下述(2-1)的寡核苷酸构成的探针、由下述 (2-2)的寡核苷酸构成的探针和由下述(3)的寡核苷酸构成的探针组成的组中的至少一种探针，(2-1)与序列号1中的、以第沈45位的胞嘧啶碱基(C)作为第1个碱基，朝着5’方向直至第15 22个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以前述胞嘧啶碱基作为3’末端，禾口(2-2)与序列号1中的、以第沈25位的鸟嘌呤碱基(G)作为第1个碱基，朝着3’方向直至第17 22个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以与前述鸟嘌呤碱基互补的胞嘧啶碱基(C)作为3’末端中的至少一种，(3)与序列号1中的、以第1892位的胞嘧啶碱基(C)作为第1个碱基，朝着3’方向直至第25 31个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以前述胞嘧啶碱基作为3’末端。
7.根据权利要求6所述的试剂，所述的寡核苷酸为序列号59 66中的任意一种寡核苷酸，所述0-2)的寡核苷酸为序列号100 105中的任意一种寡核苷酸，所述(3) 的寡核苷酸为序列号6773中的任意一种寡核苷酸。
8.根据权利要求7所述的试剂，所述的寡核苷酸为由序列号62的碱基序列构成的寡核苷酸，所述0-2)的寡核苷酸为序列号102的寡核苷酸，所述C3)的寡核苷酸为序列号69的寡核苷酸。
9.根据权利要求5所述的试剂，所述探针为荧光标记探针。
10.一种多态性分析方法，其特征在于，其为分析UGTlAl基因中的检测对象部位的多态性的方法，包括以下步骤(i) (iv)(i)以试样中的核酸为模板，在反应液中扩增UGTlAl基因中包含检测对象部位的区域的步骤；( )准备含有所述步骤⑴中的扩增产物和权利要求5所述的试剂的反应液的步骤;(iii)改变所述反应液的温度，测定所述扩增产物和所述试剂中的探针的杂交产物显示融解状态的信号值的步骤；(iv)根据伴随温度变化的所述信号值的变动，决定所述检测对象部位的多态性的步马聚ο
11.根据权利要求10所述的多态性解析方法，在所述(i)步骤中，在扩增反应之前，向所述反应液中添加权利要求5所述的试剂。
12.根据权利要求10所述的多态性解析方法，所述试样为生物体试样。
13.根据权利要求12所述的多态性解析方法，所述生物体试样为全血。
14.根据权利要求10所述的多态性解析方法，所述试剂还含有由下述的寡核苷酸构成的探针、由下述0-2)的寡核苷酸构成的探针和由下述(3)的寡核苷酸构成的探针组成的组中的至少一种探针，(2-1)与序列号1中的、以第沈45位的胞嘧啶碱基(C)作为第1个碱基，朝着5’方向直至第15 22个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以前述胞嘧啶碱基作为3’末端， 禾口(2-2)与序列号1中的、以第沈25位的鸟嘌呤碱基(G)作为第1个碱基，朝着3’方向直至第17 22个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以与前述鸟嘌呤碱基互补的胞嘧啶碱基(C)作为3’末端中的至少一种，(3)与序列号1中的、以第1892位的胞嘧啶碱基(C)作为第1个碱基，朝着3’方向直至第25 31个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以前述胞嘧啶碱基作为3’末端。
15.根据权利要求10所述的多态性解析方法，在所述(i)步骤中，使用下述引物对(1) 在反应液中进行所述UGTlAl的扩增，引物对⑴包含含有下述(Fl)的寡核苷酸的正向引物和含有下述(Rl)的寡核苷酸的反向引物的一个引物对，(Fl):与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第2120位的腺嘌呤碱基㈧ 作为第1个碱基朝着5’方向直至第18 22个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸， 该寡核苷酸以所述腺嘌呤碱基(A)作为3’末端， 禾口与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中、以第2140位的胞嘧啶碱基(C)作为第 1个碱基朝着5’方向直至第18 34个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以所述胞嘧啶碱基(C)作为3’末端中的至少一种寡核苷酸；(Rl):与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第22 位的鸟嘌呤碱基(G) 作为第1个碱基朝着3’方向直至第17 27个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以与所述第22 位的鸟嘌呤碱基(G)互补的胞嘧啶碱基(C)作为3’末端， 禾口与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第2198位的胞嘧啶碱基(C)作为第1个碱基朝着3’方向直至第22 39个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以与所述第2198位的胞嘧啶碱基(C)互补的鸟嘌呤碱基(G)作为3’末端中的至少一种寡核苷酸。
16.一种UGTlAl基因扩增用引物对，其特征在于，该引物对为用于通过基因扩增法扩增UGTlAl基因的引物对，含有下述引物对(1)引物对⑴包含含有下述(Fl)的寡核苷酸的正向引物和含有下述(Rl)的寡核苷酸的反向引物的一个引物对，(Fl):与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第2120位的腺嘌呤碱基㈧ 作为第1个碱基朝着5’方向直至第18 22个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸， 该寡核苷酸以所述腺嘌呤碱基(A)作为3’末端， 禾口与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中、以第2140位的胞嘧啶碱基(C)作为第 1个碱基朝着5’方向直至第18 34个碱基的区域序列相同的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以所述胞嘧啶碱基(C)作为3’末端中的至少一种寡核苷酸；(Rl):与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第22 位的鸟嘌呤碱基(G) 作为第1个碱基朝着3’方向直至第17 27个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以与所述第22 位的鸟嘌呤碱基(G)互补的胞嘧啶碱基(C)作为3’末端， 禾口与含有序列号1的碱基序列的UGTlAl基因中的、以第2198位的胞嘧啶碱基(C)作为第1个碱基朝着3’方向直至第22 39个碱基的区域互补的至少一种寡核苷酸，该寡核苷酸以与所述第2198位的胞嘧啶碱基(C)互补的鸟嘌呤碱基(G)作为3’末端中的至少一种寡核苷酸。
17.根据权利要求16所述的UGTlAl基因扩增用引物对，其特征在于，所述引物对(1) 为下述引物对(1，)，弓丨物对(1’ )包含由下述(Fl’ )的寡核苷酸构成的正向引物和由下述(Rl’ )的寡核苷酸构成的反向引物的一个引物对，(Fl’ )由序列号4的碱基序列构成的寡核苷酸和由序列号81的碱基序列构成的寡核苷酸中的至少一种寡核苷酸，(R1’)由序列号13的碱基序列构成的寡核苷酸和由序列号91的碱基序列构成的寡核苷酸中的至少一种寡核苷酸。
全文摘要
提供用于通过基因扩增法扩增UGT1A1基因中含有检测目标部位的目标区域的引物对，该引物对可以特异性扩增前述区域。使用3对引物对，各个引物对分别包含含有序列号4或序列号81、序列号21和序列号42的碱基序列的正向引物、和含有序列号13或序列号91、序列号29和序列号48的碱基序列的反向引物。通过使用这种引物对，可以在同一反应液中，同时扩增UGT1A1基因的分别含有3种多态性(UGT1A1*6，UGT1A1*27，UGT1A1*28)发生部分的3个目标区域。
文档编号C12N15/11GK102168140SQ20111004688
公开日2011年8月31日 申请日期2007年11月29日 优先权日2006年11月30日
发明者平井光春, 间岛智史 申请人:爱科来株式会社