专利名称：一种cyp1a2基因多态性检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种CYP1A2基因多态性检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
P450酶系属于单加氧酶(monooxygenase),又称为多功能氧化酶(mixed functionoxidase)、轻化酶(hydroxylase),因其还原态的吸收峰在450nm处而得名。主要分布在内质网上，但也存在于质膜、线粒体、高尔基体、过氧化物酶体、核膜等细胞器的膜中，具有解毒作用，通常可将脂溶性有毒物质代谢为水溶性物质，使有毒物质排出体外。细胞色素P450酶系是一个超家族，由同源性基因编码的酶蛋白组成，在人基因组中含有57种CYP基因，编码相应的CYP酶，其中CYP1、CYP2和CYP3家族最为重要。CYP1A2属于CYPl家族中的CYPlA亚族，由CYP1A2基因编码，位于15号染色体，长约718kb，包含 7个外显子和6个内含子，CYP1A2主要存在于肝脏中，约占肝脏CYP酶总量的13%，仅次于CYP3A和CYP2C亚家族，居肝脏各CYP酶含量的第3位。CYP1A2在一些前致癌物和前毒性物质的体内活化过程中也起重要作用。本发明目标检测的CYP1A2基因突变位点，如表所示
权利要求
1.一种CYP1A2基因多态性检测液相芯片，其特征是，包括有 (A).针对CYP1A2基因不同多态性位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因多态性位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为针对G216A位点的SEQ ID NO. 15及SEQ ID NO. 16 ;针对C96A位点的 SEQID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18 ;针对 C139T 位点的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20 ；针对 G100A T 位点的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22 ;针对 A141T 位点的 SEQ ID NO. 23 及SEQ ID NO. 24 ;针对 Cl 13T 位点的 SEQ ID NO. 25 及 SEQ ID NO. 26 ;和 / 或针对 GllOA 位点的 SEQ ID NO. 27 及 SEQ ID NO. 28 ;所述 tag 序列选自 SEQ ID NO. I SEQ ID NO. 14 ； (B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).用于扩增出需要检测的、具有相应多态性位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求I所述的CYP1A2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为针对 G216A 位点的 SEQ ID NO. 43 和 SEQ ID NO. 44 ;针对 C96A 位点的 SEQ ID NO. 45 和SEQ IDNO. 46 ;针对 C139T 位点的 SEQ ID NO. 47 和 SEQ ID NO. 48 ;针对 G100AT 位点的 SEQID NO. 49 和 SEQ ID NO. 50 ;针对 A141T 位点的 SEQ ID NO. 51 和 SEQ ID NO. 52 ;针对 C113T位点的 SEQID NO. 53 和 SEQ ID NO. 54 ;和 / 或针对 GllOA 位点的 SEQ ID NO. 55 和 SEQ IDNO. 56。
3.根据权利要求I所述的CYP1A2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物是针对G216A位点的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 15组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ IDNO. 16组成的序列；针对C96A位点的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 17组成的序列及由SEQ IDNO. 4和SEQ ID NO. 18组成的序列；针对C139T位点的由SEQ ID NO. 5和SEQ IDNO. 19组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 20组成的序列；针对G100A T位点的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 21组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 22组成的序列；针对A141T位点的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 23组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQID NO. 24组成的序列；针对C113T位点的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 25组成的序列及由SEQ ID NO. 12和SEQ IDNO. 26组成的序列；和/或针对GllOA位点的由SEQ ID NO. 13和SEQ ID NO. 27组成的序列和由SEQ ID NO. 14和SEQ ID NO. 28组成的序列。
4.根据权利要求I所述的CYP1A2基因多态性检测液相芯片，其特征是， (A).所述ASPE引物为针对G216A位点的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 15组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 16组成的序列；针对C96A位点的由SEQ ID NO. 3和SEQIDNO. 17组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 18组成的序列；针对C139T位点的由SEQ IDNO. 5和SEQ ID NO. 19组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 20组成的序列；针对G100AT位点的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 21组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQID NO. 22组成的序列；针对A141T位点的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 23组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID NO. 24组成的序列；针对C113T位点的由SEQ ID NO. 11和SEQID NO. 25组成的序列及由SEQ ID NO. 12和SEQ ID NO. 26组成的序列；和针对GllOA位点的由 SEQ ID NO. 13 和 SEQ IDNO. 27 组成的序列和由 SEQ ID NO. 14 和 SEQ ID NO. 28 组成的序列；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C)·所述扩增引物为针对G216A位点的SEQ ID NO. 43和SEQ ID NO. 44 ;针对C96A位点的 SEQ ID NO. 45 和 SEQ ID NO. 46 ;针对 C139T 位点的 SEQ ID NO. 47 和 SEQ ID NO. 48 ；针对 GlOOAT 位点的 SEQ ID NO. 49 和 SEQ ID NO. 50 ;针对 A141T 位点的 SEQ ID NO. 51 和SEQID NO. 52 ;针对 Cl 13T 位点的 SEQ ID NO. 53 和 SEQ ID NO. 54 ;和针对 Gl IOA 位点的 SEQIDNO. 55 和 SEQ ID NO. 56。
5.根据权利要求1-4任一项所述的CYP1A2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂为5-10个T。
6.一种用于CYP1A2基因多态性检测的特异性引物，其特征是，所述特异性引物序列为所述特异性引物序列为:针对G216A位点的SEQ ID NO. 15及SEQ ID NO. 16 ;针对C96A位点的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18 ;针对 C139T 位点的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20 ；针对 G100A T 位点的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22 ;针对 A141T 位点的 SEQ ID NO. 23 及SEQ IDNO. 24 ;针对 C113T 位点的 SEQ ID NO. 25 及 SEQ ID NO. 26 ;和 / 或针对 GllOA 位点的 SEQ IDNO. 27 及 SEQ ID NO. 28。
全文摘要
本发明公开了一种CYP1A2基因检测液相芯片和特异性引物，该液相芯片主要包括有每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为针对G216A位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16；针对C96A位点的SEQ IDNO.17及SEQ ID NO.18；针对C139T位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20；针对G100A T位点的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22；针对A141T位点的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24；针对C113T位点的SEQ ID NO.25及SEQ ID NO.26；和/或针对G110A位点的SEQ ID NO.27及SEQ ID NO.28；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，实现多个突变位点的野生型和突变型并行检测。
文档编号C12N15/11GK102912004SQ20111021924
公开日2013年2月6日 申请日期2011年8月2日 优先权日2011年8月2日
发明者许嘉森, 吴诗扬 申请人:广州益善生物技术有限公司