作为对表皮生长因子受体治疗剂治疗的响应的预测物的cxcr1的制作方法
【专利摘要】提供了分子标志物CXCR1来预测将获益于表皮生长因子受体（EGFR）靶向治疗剂治疗的罹患癌症的受试者中的响应和生存率。
【专利说明】作为对表皮生长因子受体治疗剂治疗的响应的预测物的
CXCR1
发明领域
[0001]本发明涉及一种分子标志物的确定，该分子标志物用于预测那些将获益于表皮生长因子受体(EGFR)靶向治疗剂治疗的罹患癌症的受试者，表皮生长因子受体(EGFR)靶向治疗剂特别是但不限于西妥昔单抗和帕尼单抗。这提供了表征肿瘤以表明该肿瘤是否会对EGFR抑制剂治疗做出响应和将患有肿瘤的受试者相应地分层为会或不会对EGFR抑制剂治疗做出响应的受试者的方法。
[0002]发明背景
[0003]表皮生长因子受体(EGFR)和其下游信号传导通路，主要是促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/Akt通路，已知在肿瘤生长和进展中起重要作用。已经在无数的实体瘤包括结肠癌、直肠癌、肺癌、卵巢癌、和头颈癌中鉴定了 EGFR的过表达。许多临床研究已表明EGFR在这些肿瘤中的过表达与罹患癌症的受试者的不良预后和较短的总生存时间相关。
[0004]因为EGFR信号传导似乎在成人中具有有限的相关生理功能，EGFR信号传导抑制剂的供给被认为允许在罹患癌症的受试者中选择性靶向恶性细胞，同时对正常细胞仅引起有限毒性。EGFR已变成广泛研究的分子靶，大制药公司已经开发了针对EGFR的小分子抑制齐U，如吉非替尼(AstraZeneca)和特罗凯(Tarceva) (0SI),或者展现高亲和力结合并抑制EGFR的配体-诱导的激活的抗体,如西妥昔单抗(Eli Lilly/BMS/Merck Serono)和帕尼单抗(Panitumimab)(Amgen)。
[0005]这些EGFR靶向治疗剂的临床试验已经表明仅部分患者实际上临床获益于EGFR-靶向治疗剂的供给。EGFR表达于30-85%的结肠直肠癌中，其表达水平与生存率降低相关。在转移性结肠直肠癌患者中进行的临床试验甚至当EGFR-治疗剂与化疗相结合时在仅23%的患者中报告了有利的响应率，当EGFR-治疗剂用作单一治疗(monotherapy)时，响应率显著更低，为仅 ll%(Saltz 等 J Clin 0ncol2004; 22:1201-1208; Cunningham等N EnglJ Med2004; 351:337-345)。确认哪些患者有利地对EGFR-治疗剂的供给起响应就成为认真研究的主题。重要的是，患者对EGFR-治疗剂响应的这种预测性生物标志物不仅有希望提高特定患者的治疗结局，而且还将能够实现这些分子-靶向治疗剂的全面希望。
[0006]已提出了几个早期的候选者作为对EGFR-治疗剂起响应的预测性生物标志物，包括EGFR本身的表达水平。然而，对于转移性结肠直肠癌的研究没能表明如免疫组化所测量的EGFR表达和对西妥昔单抗联用伊立替康化疗的临床响应之间的相关性(Chung等J ClinOncol.2005; 23:1803-1810)。或者，虽然EGFR的激酶结构域的活化突变的使用已经成功地预测了对靶向受体的激酶结构域的小分子剂的供给的响应，这些突变无法预测对例如西妥昔单抗的结合至受体的胞外域的抗体的响应。而且，包括结肠直肠癌在内的某些疾病中的EGFR的突变率低，在存在EGFR突变的疾病中，这些仅代表整个患者群体的小部分群体(通常〈10%) (Janne 等 J Clin 0ncol2005;23:3227-3234)。
[0007]较近的注意力集中在确认位于被EGFR激活的信号转导通路的组成性蛋白内的突变。在一系列晚期结肠直肠癌疾病中进行的III期临床试验后，西妥昔单抗被批准与化疗联用，用于治疗具有表皮生长因子受体(EGFR)-表达，KRAS野生型转移性结肠直肠癌(mCRC)的受试者，其基础是不包含突变的肿瘤更有可能对EGFR-靶向的治疗策略起响应。然而，招收显著更大数量患者的更大的试验随后报告，使用KRAS状态没有清楚地预测对EGFR治疗剂的响应。例如，在多于2500名患者参加的随机化的III期COIN研究中，未能观察到来自在晚期结肠直肠癌患者一线治疗中向基于奥沙利钼的化疗中添加西妥昔单抗的任何获益。虽然研究显示了西妥昔单抗增加了治疗后12周测量的响应率，在KRAS野生型患者或者甚至在通过对其肿瘤进行附加的突变分析所选择的患者中，没有无进展生存率或总生存率方面的获益证据(Maughan等Lancet 0ncol2011; 377:2103-2114)。因此要求另外的生物标志物来精确地选择患者并将响应受试者从不响应受试者中区分开来。
[0008]考虑到在给予治疗或使用治疗剂通过获益响应来改善临床结局的目的，提供辨别对被考虑的治疗/治疗剂有响应的受试者的诊断试验是有益的。对于辨别那些不可能获益因此不必要暴露于治疗剂的毒性副作用的受试者，这特别有益。而且，减少通过使用不可能提供获益的治疗/治疗剂治疗受试者而招致的不必要花费的可能性，和/或减少在使用可能证明更加有益的替代药物治疗的受试者中的延迟是有益的。
[0009]发明概述
[0010]发明人已经确定，在癌症受试者的肿瘤中的CXCRl表达水平可以指示有益的药物响应和用EGFR抑制剂治疗的癌症受试者的生存率。特别是，发明人已经确认CXCRl为预测性生物标志物来辨认或预测那些将从EGFR-靶向治疗剂西妥昔单抗(或其他的剂，包括帕尼单抗)的治疗中获益的受试者，特别是那些将从EGFR-靶向治疗剂添加至细胞毒性的(例如，基于奥沙利钼的)化疗中获益的结肠直肠癌受试者。
[0011]相应地，本发明的第一个方面提供了 CXCRl作为在预测受试者对使用表皮生长因子受体治疗剂特别是EGFR抑制剂治疗的响应的方法中的生物标志物的用途，其中癌症受试者的肿瘤样品的CXCRl表达水平比对照中的CXCRl表达水平升高指示受试者将对EGFR治疗剂治疗起响应。
[0012]虽然文献中以前的研究表明G-蛋白偶联受体的配体-诱导的激活可以诱导生长因子受体包括EGFR受体的细胞内反式激活，((Venkatakrishnan等J BiolChem2000;275:6868-6875)和(Kyriakis 等 J Leukocye Biol2011;90:929-939))并且已表明EGFR的反式激活组成支持包括增殖和存活在内的许多细胞响应的白介素-8信号传导的重要方面(Waugh 和 Wilson, Clin Cancer Res2008; 14; 6735-6741)和(Itoh 等Cytokine2005; 29:275-282)，迄今，EGFR靶向治疗剂的生物标志物主要是通过考虑在响应和不响应的受试者中使用EGFR靶向治疗剂治疗后响应指示基因(response indicatorgene)的水平确定的。
[0013]相比之下，虽然不希望被理论所束缚，本发明人已经确定肿瘤对EGFR治疗剂的敏感性可在具有稳健EGFR信号传导的肿瘤基础上进行预测，其中这样的肿瘤变得对EGFR信号传导通路“上瘾”，对EGFR信号传导的丢失高度敏感，其中可通过考虑肿瘤相对于来自非响应性受试者的肿瘤是否是CXCRl富集的，来检测肿瘤对于增殖和存活的EGFR信号传导通路的依赖性。
[0014]在实施方案中，IL8受体CXCRl被认为是在转移性结肠直肠癌受试者中对EGFR-靶向治疗剂的治疗响应的独立预测物。
[0015]在实施方案中，所述方法可包括以下步骤:在来自癌症受试者的肿瘤样品中确定CXCRl的表达水平；比较确定的CXCRl的表达水平与对照中CXCRl的表达水平，例如来自对照群体的肿瘤，其中对照群体的肿瘤可以是与受试者的肿瘤同样组织的肿瘤，可以与受试者的肿瘤处于同样的阶段和等级，其中当受试者中确定的CXCRl的表达水平被确定为高于对照的表达水平例如对照群体中的中位表达水平时，这指示所述癌症受试者将从EGFR调节物(modulator) /表皮生长因子受体治疗剂治疗中获益。在实施方案中所述方法可包括以下步骤:在来自受试者的肿瘤的肿瘤样品中确定CXCRl的表达水平；比较该确定的水平与对照样品中CXCRl的表达水平，其中当来自受试者的肿瘤中的CXCRl的表达水平高于在相应的癌症或肿瘤组织的对照样品中表征的CXCRl的表达水平，适宜地为CXCRl的中位表达水平时，肿瘤被确定为对EGFR抑制剂敏感，受试者将可能对EGFR抑制剂治疗起响应。在实施方案中，对照样品可取决于对照群体中确定的表达水平而被产生。在实施方案中，对照样品可以来自代表着与该受试者的肿瘤具有同样组织类型，更适宜的是具有同样阶段和等级的肿瘤中的CXCRl的中位表达水平的肿瘤。适宜地,可基于来自代表着与受试者的肿瘤具有同样的组织类型的肿瘤中的CXCRl的中位表达水平的肿瘤的结果，合成或人工提供对照样品。
[0016]适宜地，当受试者的肿瘤的CXCRl表达水平相对于样品肿瘤的对照CXCRl表达水平升高时，优选相对于对照的CXCRl的中位表达水平升高时，肿瘤可被表征为对EGFR抑制剂敏感，受试者将可能有益地对EGFR抑制剂治疗做出治疗性响应，并因此被归类于响应者。
[0017]在实施方案中，所述方法是体外方法，其中确定CXCRl表达水平的步骤可以包含将生物样品从受试者中取出，然后测量样品中的CXCRl表达水平。在实施方案中，肿瘤样品可以是包含来自癌症受试者的癌细胞的组织样品。例如，可从癌细胞暴露于EGFR靶向治疗剂或其它化疗剂之前或之后的受试者中获得肿瘤样品。在实施方案中，肿瘤样品可以是离体肿瘤细胞。例如，肿瘤样品可以是包含癌细胞的组织样品，其中组织样品是冷冻的、固定的、石蜡包埋的或新鲜的。组织可以来自活组织检查。术该语也包括是受试者的肿瘤的后代的细胞，例如，来源于原代肿瘤的细胞培养样品或包含从肿瘤中脱落(shed)的细胞、蛋白或核酸的样品。
[0018]在本发明的实施方案中，所述方法可包括分析来自受试者肿瘤的循环肿瘤细胞或组织样品的生物标志物表达的步骤，包括但不限于，使用在呈递时从受试者中获得的诊断性组织样品。分析步骤可包括基于免疫组化的传统分析以确定在此讨论的所述定义的预测性生物标志物CXCRl的表达。在实施方案中，确定CXCRl表达水平相对于对照表达水平升高或增加，指示癌症受试者将获益于EGFR靶向治疗剂治疗，可包括以下步骤；
[0019]分析来自癌症受试者的肿瘤的组织样品，或来自受试者的肿瘤的细胞，包括分析来自取自受试者的血液或其它身体样品的循环肿瘤细胞，
[0020]确定生物标志物CXCRl的表达水平，
[0021 ] 确定生物标志物的水平是否高于对照水平，
[0022] 其中生物标志物的表达水平高于对照指示受试者将从EGFR治疗剂的供给中得到临床获益(有益的响应)。在实施方案中，对照可以是具有相同组织类型的肿瘤的癌症群体的CXCRl的中位表达水平，优选与受试者的肿瘤同样阶段和/或等级的肿瘤。
[0023]受试者
[0024]将被理解的是，所述方法提供了确认将从EGFR靶向治疗剂特别是EGFR抑制剂治疗中获益的癌症受试者(响应者)的亚组。相应地，EGFR抑制剂，特别是西妥昔单抗或帕尼单抗，可被提供给受试者在治疗受试者的肿瘤中使用，其中来自所述肿瘤的肿瘤样品已被确认为相对于对照肿瘤样品中的水平具有升高的或增加的CXCRl生物标志物的表达水平。还提供了 EGFR抑制剂特别是西妥昔单抗或帕尼单抗在用于治疗癌症受试者的药物的生产中的用途，其中来自所述癌症的肿瘤已被确认为具有高于对照肿瘤样品的表达水平的CXCRl表达水平。还提供了治疗肿瘤受试者的方法，其中肿瘤中的CXCRl表达水平高于对照中CXCRl的表达水平，其中所述方法包括将EGFR抑制剂施用于受试者。在实施方案中，受试者可以前已经或者将要接受化疗或放疗，包括标准适形放疗(standardconformal radiotherapy),调强放疗(intensity-modulated radiotherapy)或赛博刀放疗(cyber-knife radiotherapy)。在实施方案中来自癌症受试者的肿瘤的细胞可以在测定方法之前已经进行化疗。在实施方案中，结肠直肠癌患者可在测定方法之前已经事先接受过奥沙利钼、伊立替康或氟嘧啶治疗。
[0025]在实施方案中，癌症受试者可以是吉非替尼(Astrazeneca)、特罗凯(OSI)、西妥昔单抗(Merck Serono)、帕尼单抗(Panitumimab) (Amgen)或任何其他抗EGFR药物治疗的候选者，或者是筛选抗EGFR活性的药物的候选者。在实施方案中，癌症受试者可以是西妥昔单抗(Merck Serono)或帕尼单抗(Panitumimab) (Amgen)治疗的候选者。在一项实施方案中，癌症受试者可以是西妥昔单抗(Merck Serono)治疗的候选者。
[0026]EGFR治疗剂对于扩展的EGFR家族受体成员可以展示不同程度的选择性或特异性，EGFR家族受体成员包括ErbB2、ErbB3和ErbB4。在特定的实施方案中，使用EGFR抑制剂治疗是西妥昔单抗或帕尼单抗治疗，更特定的是西妥昔单抗治疗。
[0027]肿瘤
[0028]所述肿瘤或癌症可选自结肠直肠癌，优选转移性结肠直肠癌、结肠直肠肿瘤、NSCLC肿瘤、头颈肿瘤和卵巢肿瘤。在实施方案中，癌症受试者可有实体瘤，例如，位于结肠、肺、卵巢、结肠或胃肠道，或者头部和颈部。在实施方案中，癌症受试者可患有结肠癌、直肠癌、肺癌、卵巢癌、胃食管癌和头颈癌。在实施方案中，癌症受试者可患有位于结肠、直肠、胃食管道、卵巢或头颈部的原发性肿瘤，同时继发性转移病变散布至体内的其它组织。在实施方案中，如果癌症被病理性确认为结肠直肠癌，CXCRl作为预测性生物标志物的用途可以被用于在佐药或转移性疾病的条件下被考虑使用EGFR抑制剂治疗的任何受试者，如同现在对于进行Ras突变分析那样。或者，CXCRl作为生物标志物指示那些将对EGFR治疗剂治疗做出响应的受试者的用途，也可以被用于指导在患有分类为非-小细胞肺癌(NSCLC)，头颈癌和卵巢癌等实体瘤的患者中供给EGFR抑制剂。
[0029]在说明书的末尾的序列表中提供了 CXCRl的代表性核酸序列和氨基酸序列。将被理解的是，存在这些序列的核酸或氨基酸变体，并被本申请所包含。
[0030]对照中的CXCRl生物标志物的表达水平可被置于平均数、众数(mode)或优选中位数表达水平(the median level of expression)(中位数表达水平(median expressionlevel))或者进一步定义的值，如在一系列的分别的癌症组织中所观察的，例如结肠直肠癌组织。在实施方案中，对照中的CXCRl生物标志物的表达水平可以是如在具有与被检测的受试者的肿瘤同样的组织类型的肿瘤中所确定的表达水平，适合地为平均数、众数或优选中位数表达水平。在实施方案中，对照中的CXCRl生物标志物的表达水平可以是如在具有与被检测的受试者的肿瘤同样的组织类型和等同的阶段和等级的肿瘤中所确定的表达水平，适合地为平均数、众数或优选中位数表达水平。这提供了一个归一化的表达水平，并且所述归一化的表达水平能被用于确定指示当EGFR抑制剂被施用于受试者时将观察到有益响应的增加的表达水平。另外，在肿瘤中定义生物标志物的表达的正常范围的参考表达水平可以通过考虑以下而被提供:癌症受试者的亚群体(sub population)，例如，患有侵袭性肿瘤的受试者，受试者的年龄范围，受试者的性别或者基于另一生物标志物的表达对受试者的选择。将被理解的是，可提供样品的受试者的确定可以通常考虑到将要研究的受试者、或者将评估/分类为响应者/非响应者的肿瘤来进行。在实施方案中，肿瘤中的CXCRl的表达水平可相对于对照中表达的细胞位置和在该细胞位置相应的表达来考虑，例如，CXCRl的表达水平可定位于细胞膜，细胞的细胞质区室，细胞的核和核周区，或位于肿瘤块内或肿瘤块外的外来体内。
[0031 ] “高于、增加或大于”意指样品中确定的生物标志物的表达水平高于对照中生物标志物的归一化表达水平，或者已经与受试者将对EGFR抑制剂癌症治疗展现有益响应的升高的可能性相关联的生物标志物的水平。指示对EGFR抑制剂治疗的有益响应的可能性的可能性分数可以用基于CXCRl的表达水平的权重值和基于CXCRl水平的对EGFR抑制剂癌症治疗的响应的贡献来确定。据预期，例如，高于对照的CXCRl水平的递增可以提供对给予EGFR靶向治疗剂的临床结局的递增。“有益响应”意指与不利响应相反的受试者对药物的有利响应。受试者的有利响应可通过确定以下一个或多个来评估:可检测肿瘤的消失、肿瘤大小降低、肿瘤数目减少、肿瘤生长抑制、抗肿瘤免疫反应增强、肿瘤退化或排斥、与肿瘤相关的一个或多个症状的一定程度缓解和/或治疗后生存期长度的增加。
[0032]将被理解的是，本发明的方法还可包括为受试者设计治疗方案的步骤。例如，抗EGFR抗体可被施用于那些包括具有升高的(或高于中位数的)CXCRl表达的肿瘤的受试者。与此相反的是，其它药物方案，例如化疗治疗剂，可被施用于具有降低的CXCRl表达水平的肿瘤的受试者。
[0033]在实施方案中,对照表达水平可以是如此处讨论的实施例中所提供。将被理解的是，对照表达水平可针对特异性的癌症类型或基于年龄或类似指标的受试者的特定亚型来生成，以允许来自受试者肿瘤的检测或测量的表达水平的比较。
[0034]确定表达水平
[0035]在实施方案中，确定表达水平可包括以下至少一个
[0036]确定在取自受试者的肿瘤或肿瘤来源的样品中的CXCRl蛋白表达
[0037]确定在取自受试者的肿瘤或肿瘤来源的样品中的编码CXCRl的mRNA的量，
[0038]确定在取自受试者的肿瘤或肿瘤来源的样品中的CXCRl的拷贝数，
[0039]确定并表征在取自受试者的肿瘤、肿瘤来源或非肿瘤组织样品中的编码CXCRl的核苷酸序列内的任何非编码或编码多态性的表达。
[0040]适合地，增加的拷贝数指示施用EGFR抑制剂将向受试者提供有益响应。拷贝数意指当与参考样品相比较时如肿瘤样品中存在所示的编码生物标志物的基因的分散实例(discrete instance)的数目。正常的拷贝数将被定义为在健康受试者和健康组织样本中确定的基因的正常拷贝。参考样品可以从癌症受试者的亚群体或正常患者的适当匹配的同龄组(cohort)中提供。拷贝数可通过本领域熟知的方法来确定。示例方法包括，但不限于，基于杂交的试验，基于扩增的试验和基因转录或蛋白表达试验。
[0041]适当地，生物标志物CXCRl的表达水平的确定方法的任何一个均可与本发明的方
法结合使用。
[0042]确定样品中生物标志物多肽CXCRl的量或编码生物标志物CXCRl的mRNA的量的方法在此公开，并一般被本领域技术人员所熟知。在实施方案中，确定生物标志物多肽CXCRl的表达水平可包含确定受体的活性水平，和/或确定生物标志物(CXCRl)和结合配偶体(例如，IL-8或GCP-2)的相互作用的水平。
[0043]在本发明的方法的实施方案中，表达水平可以通过确定CXCRl生物标志物的mRNA水平来测量(例如，使用反转录酶聚合酶链式反应(RT-PCR),量化RT-PCR方法或其它PCR方法、Northern印迹、原位杂交、圆点印迹、Taqman> RNA酶保护试验或使用阵列杂交,例如微阵列来测量)。在这样的实施方案中，在严格的条件下能与生物标志物CXCRl的mRNA杂交的核酸分子探针可被用于确定生物标志物CXCRl的表达水平。允许核酸扩增以确定表达水平的PCR方法是为人熟知的。现在设计PCR引物的规则在本【技术领域】中已建立。
[0044]这些方法可以包括用来检测和/或量化核酸的基于芯片的技术。在这样的方法中，可以使用其中目标多核苷酸序列被排列在基质上的微阵列。这些可包括包含一个或多个与对EGFR抑制剂的敏感性相关联的生物标志物的寡核苷酸微阵列或cDNA微阵列。在适合特异性杂交的条件下，排列的序列然后与产生自检测样品的mRNA的可检测标记的cDNA相接触。所述mRNA通常是分离自肿瘤样品的总RNA。基于来自癌症受试者的肿瘤样品的基因表达谱，例如来自肿瘤活组织检查，可以确定细胞是否与对照细胞不同，并且如果不同，这些细胞是否对EGFR抑制剂癌症治疗显示抗性或敏感特征。每个排列组分的杂交的量化允许评估对应的mRNA丰度。例如，微阵列分析可以使用市场上可买到的设备进行，例如，使用 Affymetrix GenChip?技术。
[0045]在另一个实施方案中，可通过确定CXCRl生物标志物的蛋白水平来测量表达水平(例如，通过免疫组化蛋白质组学技术，例如使用市场上可买到的CXCRl单克隆抗体、酶联免疫吸附测定(ELISA)、双向SDS PAGE、Western印迹、免疫沉淀、荧光激活细胞分选(FACS)或流式细胞术来测量)。这些方法可包括为检测和/或量化CXCRl蛋白的基于膜、溶液或芯片的技术。
[0046]可使用基于抗体的方法检测和测量CXCRl生物标志物的表达，其中生物标志物CXCRl特异性的多克隆或单克隆抗体均可被用于检测肿瘤上皮表达。通常地，特异性结合至如这里所公开的生物标志物，例如CXCR1，的抗体，提供了来自与其靶蛋白特异性结合的检测信号，并且它不检测免疫化学测定中的其它蛋白并且能将CXCRl从溶液中免疫沉淀下来。在此参考的生物标志物例如CXCRl的水平的免疫组化测定，将是基本上定性的。然而，这仍能允许将检测的受试者的预后分组为EGFR调节物,例如抑制者、反应者或非反应者。
[0047]确定CXCRl中的至少一种的表达水平可以是定性的(例如通过考虑例如免疫组化染色的样品，来确定高于或低于对照)或定量的。在实施方案中，任选地，生物标志物的表达水平可以是对照的至少两倍，至少三倍，至少四倍或更高。在其它实施方案中，任选地，生物标志物的表达水平在Anova (t检验)或其它相关的统计分析中可被确定为P值〈0.05。
[0048]在实施方案中，本发明的方法可在体外实施，例如在取自受试者的样品中。在替代的实施方案中，本发明的一些方法可在以前产生自受试者的数据上被实施(例如来自产生自肿瘤样品的微阵列数据的数据)，这样不要求直接使用患者身体样品。对于本发明的每个方面，方法可包括为受试者产生报告的另外的步骤，该报告包含在肿瘤样品中生物标志物CXCRl的表达水平的总结。在一个方面该报告为电子形式。
[0049]在实施方案中，在本发明中描述的生物标志物CXCRl的使用可以同其它定义的生物标志物串联(in tandem)使用。在实施方案中，在这些方案中使用的至少一种生物标志物包括提供确定细胞中CXCRl表达或活性的CXCRl或其片段。在实施方案中，至少一种生物标志物选自CXCRl。
[0050]在实施方案中，作为生物标志物使用CXCRl可以单独使用，或者与其它生物标志物联合使用，作为预测性检查或方法来选择将可能对以下做出有益响应的受试者
[0051]EGFR靶向治疗剂例如EGFR抑制剂与基于奥沙利钼的化疗联合施用，作为第IV期或转移性结肠直肠癌的治疗手段，
[0052]EGFR靶向治疗剂例如EGFR抑制剂与基于伊立替康的化疗联合施用，作为第IV期或转移性结肠直肠癌的治疗手段，
[0053]EGFR靶向治疗剂例如EGFR抑制剂与基于氟嘧啶的化疗联合施用，作为第IV期或转移性结肠直肠癌的治疗手段，或
[0054]EGFR靶向治疗剂例如EGFR抑制剂与另一种批准的癌化疗剂联合施用，作为用于诊断为早期(II/ΠΙ期)结肠直肠癌的受试者的基于佐药的手术后治疗手段，这些癌化疗剂包括但不限于奥沙利钼、伊立替康和/或基于氟嘧啶的化疗的组合。
[0055]在实施方案中，本发明的方法的结果可被交流给包括医生、研究者或受试者的各方以用于确定进一步治疗选择。在实施方案中，所述结果可以以可传达给这些各方的形式被提供。所述结果可以以可触知(tangible)形式被提供，例如纸、计算机可读媒介或类似媒介，或者在不可触知的媒介上，例如电子信号、电子邮件、或通过网页。或者，结果可被记录于声音中并通过适当的媒介传输，例如数字电缆线、光纤电缆、无线或类似媒介。因此，所述方法可包含产生生物标志物的表达水平结果的可传输形式的方法，生物标志物优选肿瘤样品中的CXCRl。
[0056]在又一个方面，提供了一种方法以确定癌症受试者将对癌症治疗做出治疗响应的可能性，其中所述方法包含a)在来自癌症受试者的生物样品中测量CXCRl生物标志物的表达水平，b)将生物样品暴露于癌症治疗，治疗包括EGFR靶向治疗剂，c)在b)步骤将生物样品暴露于癌症治疗后，测量作为肿瘤或肿瘤来源样品的响应的指示者的CXCRl的表达水平，并将该表达水平与步骤a)中来自癌症受试者的生物样品中的CXCRl生物标志物的表达水平相比较。
[0057]在实施方案中，测量CXCRl的表达水平可包括评估细胞或分子读数，使得分析预测出癌症受试者将对EGFR调节物做出有益响应的增加的可能性。
[0058]在实施方案中，所述方法使得鉴定和/或选择患者以接受EGFR靶向治疗剂，例如西妥昔单抗，以治疗癌症特别是任何阶段的结肠直肠癌成为可能。在实施方案中所述方法可使得选择癌症受试者以接受EGFR靶向治疗剂，例如西妥昔单抗，以治疗手术切除后II期结肠直肠癌成为可能。在实施方案中，患者可接受西妥昔单抗作为单一治疗或者辅助治疗的成分。
[0059]本发明的方法可以用于提供筛选测定以确定是否受试者对一种或多种EGFR调节物/EGFR靶向治疗剂的治疗敏感或有抗性。本发明的方法可以用于监测癌症受试者的治疗，其中通过施用一种或多种EGFR调节物/EGFR靶向治疗剂来治疗癌症。CXCRl生物标志物可用于在经历治疗的那些受试者中监测疾病治疗的进展，以确定肿瘤对EGFR调节物/EGFR靶向治疗剂治疗的敏感性是否有变化。本发明的方法可用于提供癌症受试者的基因谱，这使得治疗策略可提供给特定受试者。
[0060]试剂盒
[0061]本发明也提供试剂盒以确定或预测受试者是否对癌症治疗敏感。
[0062]在一个方面提供了用于本发明的方法的试剂盒，所述试剂盒包括容器，该容器包括监测CXCRl表达水平的一种或多种试剂，以及用于检测来自癌症受试者的细胞的一种或多种EGFR调节物。在一个实施方案中，所述试剂盒的试剂可以是对CXCRl生物标志物具有结合特异性的抗体。在另一个实施方案中，所述试剂盒的试剂可以是微阵列以能够确定生物标志物CXCRl的mRNA水平。在另一个实施方案中，所述试剂盒的试剂可包含PCR探针，该探针对待测生物标志物CXCRl的mRNA具有结合特异性。在实施方案中，所述试剂盒还可以包含用以确定癌症受试者是否将在治疗上对治疗癌症的方法做出响应的说明，更具体地说，是包含EGFR抑制剂的治疗癌症的方法。在试剂盒的特定实施方案中，试剂盒可以还包含对至少一种另外的生物标志物具有结合特异性的抗体，和/或对至少一种另外的生物标志物具有结合特异性的PCR探针。
[0063]在实施方案中，CXCRl包括CXCRl的活性形式和其活性片段。在实施方案中，至少一种生物标志物可选自如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO: 2所示的CXCRl。其它另外的生物标志物可包括 CXCR2，CXCR4, CXCR7, CXCLl2, CXCLl, CXCL5 或 CXCL6。
[0064]在一个实施方案中，试剂盒可确定或预测患者是否将对包含EGFR抑制剂的癌症治疗做出响应敏感。
[0065]在本公开的所有方面，可提供确定至少一种另外的生物标志物的表达水平的进一步步骤。在实施方案中，所述方法可包括确定至少三种生物标志物、至少四种生物标志物、至少五种生物标志物或更多。在实施方案中，进一步的生物标志物可选自其它以前报告的生物标志物，包括突变EGFR、K-Ras中的功能获得性突变，通过突变或减弱表达丢失PTEN和/或P53的功能性。突变K-Ras的检测通常被认为指示癌症受试者对包含施用EGFR抑制剂的癌症治疗方法治疗上起响应的可能性降低。生物标志物可用于体外测定中以预测体内结局。在本发明的进一步实施方案中，另外的生物标志物可以是从基因组范围筛选(例如，微阵列)或通过假设-驱动的研究中确认的新的/新描述的生物标志物。
[0066]本发明的每个方面的优选特征和实施方案，如做适当变动(mutatis mutandis),也适用于其它方面，除非上下文做其它要求。
[0067]术语的定义
[0068]“探针”可来自天然产生的或重组的单链或双链核酸或者可被化学合成。这样的探针可用报告分子标记。核酸探针可以用于Southern、Northern或原位杂交，以确定编码生物标志物的DNA或RNA是否存在于细胞类型、组织或器官内。探针也可以是对生物标志物具有结合特异性的抗体。
[0069]“报告分子”可以是与探针相关联并允许检测探针的荧光剂、化学发光剂或发色齐U，放射性核素和酶。
[0070]“严格条件”指的是允许实质上相关的核酸序列杂交的条件。在本发明的意义上，严格条件是指65°C，在含有ImM EDTA、0.5M NaHP04 (pH7.2)、7%(w/v) SDS的缓冲液中。例如，这样的条件将总体允许具有至少85%同一性的序列的杂交，优选至少约90%序列同一性，更优选具有至少95%序列同一性。杂交条件和探针可以以充分表征的方式来调整，以达到选择性杂交。
[0071 ] “活性”，关于CXCRl多肽或其它CXCR或CXCL多肽，指的是保持CXCR或CXCL多肽的生物学和/或抗原活性的CXCRl多肽的那些形式、片段或结构域。
[0072]此处使用的“EGFR调节物或EGFR靶向治疗剂”意思是直接或间接调整EGFR信号转导途径的化合物或药物，例如生物分子或小分子。EGFR调节物或EGFR靶向治疗剂可包括EGFR特异性配体、小分子EGFR抑制剂、EGFR单克隆抗体和这种抗体的嵌合版本。EGFR调节物或EGFR靶向治疗剂可包括生物分子或小分子。生物分子可包括分子量大于450kDa的所有的脂类和单糖聚合物、氨基酸聚合物和核苷酸聚合物。这样，生物分子包括，例如，寡糖和多糖、寡肽、多肽、肽和蛋白质以及寡核苷酸和多核苷酸。寡核苷酸和多核苷酸包括例如DNA和RNA。生物分子还包括以上描述的任何分子的衍生物。例如，生物分子的衍生物包括寡肽、多肽、肽和蛋白的脂类和糖基化衍生物。生物分子的衍生物还包括寡糖和多糖的脂类衍生物，例如，脂多糖。最通常地，生物分子是抗体或抗体的功能性等同物，其中功能性等同物具有与抗体的结合特性相当的结合特性，并抑制表达EGFR的细胞的生长。这样的功能性等同物可以包括嵌合的、人源化的和单链抗体以及其片段。抗体的功能性等同物也包括具有与抗体的可变区或高变区的氨基酸序列实质上相同的氨基酸序列的多肽，例如其中氨基酸序列通过一个或多个取代、缺失和/或添加而与其它序列不同。序列中优选地少于50%，更优选地少于25%，而更优选地少于10%的氨基酸的数目从蛋白中被取代、添加和/或缺失。
[0073]在实施方案中，EGFR抗体可选自描述于美国专利第6，235，883号，美国专利第5，558，864号和美国专利第5，891，996号中的抗体。EGFR抗体可以是，例如，AGX_EGF(AmgenInc.)(也称为帕尼单抗)是完全人的IgG2单克隆抗体。以前称作克隆E7.6.3的ABX-EGF的序列和特征公开于美国专利第6，235，883号，位于从28列62行到29列36行之间和图29-34，其通过引用并入本文。EGFR抗体也可以是，例如，EMD72000 (Merck KGaA),后者是鼠EGFR抗体EMD55900的人源化版本。EGFR抗体也可以是，例如:h_R3 (TheraCIM)，其是人源化的EGFR单克隆抗体；Y10，其是针对人EGFRvIII突变的鼠同源物产生的鼠单克隆抗体；或 MDX-447 (Medarex Inc.)。
[0074]本发明中有用的EGFR调节物或EGFR靶向治疗也可以是小分子。这些小分子可以包括不是生物分子的分子。小分子的一些实例包括有机化合物、有机金属化合物、有机化合物和有机金属化合物的盐、糖、氨基酸和核苷酸。小分子还包括除了它们的分子量不大于450kDa，否则将被视为生物分子的分子。这样，小分子可以是具有450kDa或更低的分子量的脂类、寡糖、寡肽和寡核苷酸以及它们的衍生物。
[0075]小分子包括自然中发现的化合物以及合成化合物。在一个实施方案中，EGFR调节物是抑制表达EGFR的肿瘤细胞生长的小分子。在另一个实施方案中，EGFR调节物是抑制表达EGFR的难治性肿瘤细胞的生长的小分子。ERESSA (ZD1939)，是起抑制EGFR的ATP-模拟物作用的喹唑啉衍生物。见美国专利第5，616，582号；W096/33980第4页是小分子EGFR拮抗剂的实例。小分子EGFR拮抗剂的另一个实例是TARCEVA (0S1-774)，其是4-(取代苯氨基)喹唑啉衍生物[6，7-双(2-甲氧基-乙氧基)_喹唑啉-4-基]-(3-乙炔基-1-苯基)胺盐酸盐JEGFR抑制剂见W096/30347 (Pfizer Inc.)例如第2页第12行直到第4页第34行，以及第19页，第14-17行。TARCEVA可通过抑制EGFR的磷酸化和其下游PI3/Akt和MAP (促分裂原活化蛋白)激酶信号转导途径来起作用，导致p27介导的细胞周期停滞。见Hidalgo等，第37届ASCO年会报告的摘要281，加州，旧金山，2001年5月12-15日。
[0076]其它的小分子也被报告抑制EGFR，其中许多被认为对EGFR的酪氨酸激酶结构域特异的。W091/116051、W096/30347、W096/33980，、W097/27199、W097/30034、W097/42187、W097/49688、W098/33798,、W000/18761 和 W000/31048 中描述了这种小分子 EGFR 拮抗剂的一些实例。特异性小分子EGFR拮抗剂的实例包括Cl-1033 (Pfizer Inc.)，其是一个酪氨酸激酶，特别是EGFR的喹唑啉(N-[4-(3-氯_4_氟-苯氨基)-7-(3-吗啉-4-基-丙氧基)-喹唑啉-6-基]-丙烯酰胺)抑制剂，并描述于W000/31048第8页，第22-26行；PKI166 (Novartis)，其是EGFR的吡咯并嘧啶抑制剂，并描述于W097/27199第10-12页；GW2016 (GlaxoSmithKline)，其是 EGFR 和 HER2 的抑制剂；EKB569 (Wyeth)，其被报告在体外和体内抑制过表达EGFR或HER2的肿瘤细胞的生长；AG_1478 (Tryphostin)，其是抑制来自EGFR和erbB-2 二者的信号传导的喹唑啉小分子；AG_1478 (Sugen)，其是也抑制蛋白激酶CK2的双底物抑制剂；PD153035 (Parke-Davis)，其被报告抑制EGFR激酶活性和肿瘤生长，诱导培养中细胞的凋亡，并增强细胞毒性化疗剂的细胞毒性；SPM-924 (Schwarz Pharma),其是靶向治疗前列腺癌的酪氨酸激酶抑制剂；CP_546，989 (OSI Pharmaceuticals)，其被报告是用于治疗实体瘤的血管生成抑制剂；ADL-681，其是靶向治疗癌症的EGFR激酶抑制剂；PD158780，其是据报告在小鼠中抑制A4431异种移植物的肿瘤生长率的吡啶并嘧啶；CP-358, 774，其是据报告在小鼠中的HN5异种移植物中抑制自磷酸化的喹唑啉；ZD1839，其是在小鼠异种移植模型中具有抗肿瘤活性的喹啉，这些模型包括外阴、NSCLC、前列腺、卵巢和结肠直肠癌；CGP59326A，其是据报告在小鼠中抑制EGFR-阳性异种移植物的生长的吡咯并嘧啶；PD165557 (Pfizer) ；CGP54211 和 CGP53353 (Novartis)，其是双苯胺邻苯二 甲酰亚胺(dianilnophthalimide)。天然来源的EGFR酪氨酸激酶抑制剂包括三轻异黄酮、除莠霉素A、栎精和erbstatin。
[0077]据报告抑制EGFR的其它小分子是三环化合物，例如描述于美国专利第5，679，683号中的化合物；喹唑啉衍生物，例如描述于美国专利第5，616，582号中的衍生物；和吲哚化合物，例如描述于美国专利第5，196，446号中的化合物。
[0078]据报告抑制EGFR的其它小分子是苯乙烯基取代的杂芳基化合物，例如描述于美国专利第5，656，655号中的化合物。杂芳基基团是具有一个或两个杂原子的单环，或者具有I到大约4个杂原子的双环，所述化合物是任选地取代的或多取代的。
[0079]据报告抑制EGFR的其它小分子是二单环和/或双环芳基杂芳基、碳环(carbocyclic)和杂碳环(heterocarbocyclic)的化合物，这些化合物描述于美国专利第 5,646，153 号，Fry 等 Science265, 1093-1095(1994)的图1 中提供的抑制 EGFR 的化合物，抑制EGFR/HER1和HER2的酪氨酸磷酸化抑制剂(tyrphostin)，特别是那些描述于Osherov 等 J.Biol.Chem.，25; 268 (15):11134-42(1993)的表 1、I1、II1、和 IV 中的酪氨酸磷酸化抑制剂，抑制EGFR，PDGFR和FGFR受体家族的认定为HH66285的化合物，PD166285被认定为6- (2，6- 二氯苯基)-2- (4- (2- 二乙胺乙氧基)苯氨基)-8-甲基-8H-卩比P定并(2，3_d)卩密唳-7-酮，具有 Panek 等 Journal of Pharmacology and ExperimentalTherapeutics283, 1433-1444(1997)的第 1436 页的图1 所显示的结构。
[0080] 应被理解的是，本发明中将被使用的有用的小分子是EGFR的抑制剂，但不必对EGFR完全特异。如在此使用的，“EGFR抑制剂”可以指能够直接或间接抑制EGFR激活的任何剂。这可以包括直接抑制EGFR的激酶活性的化合物，或者抑制EGFR信号转导途径的化合物。在实施方案中，EGFR抑制剂能直接抑制EGFR的激酶活性。在实施方案中，EGFR抑制剂是对EGFR特异的抗体，该抗体能在受体的任何已知结构域结合，包括配体结合结构域或受体已知结构内的替代结合位点。在其它实施方案中，EGFR抑制剂是小分子，例如EGFR-选择性酪氨酸激酶抑制剂。在实施方案中，EGFR抑制剂可以是吉非替尼(丨ressa? )
(Astrazeneca)、埃罗替尼(Tarceva?)丨(OSI)、西妥昔单抗(Erbitux?)丨(Merck Serono)、
帕尼单抗(Vectibix?> (Amgen)或其它的抗EGFR抑制剂和其混合物。在实施方案中，EGFR
抑制剂可包括本领域所熟知的EGFR酪氨酸激酶抑制剂。在实施方案中，EGRF抑制剂可以是西妥昔单抗(Merck Serono)或帕尼单抗(Panitumimab) (Amgen)。在实施方案中，EGFR抑制剂可以是西妥昔单抗(Merck Serono)。西妥昔单抗(IMC-C225)是嵌合的(人/小鼠)IgG单克隆抗体，也以商标名ERBITUX为人所知。另外，剂可以靶向EGFR受体家族的其它成员，包括使用赫赛汀靶向乳腺癌中的ErbB2。
[0081 ] 本文所使用的“化疗”可包括DNA烷基化剂、抗代谢物、微管破坏剂、DNA嵌入剂和激素治疗。在实施方案中，化疗可包括但不限于顺钼、奥沙利钼、卡钼、伊立替康或紫杉烷治疗，取决于受试者罹患的肿瘤类型。
[0082]本文所使用的“抗体”包括完整的免疫球蛋白分子以及其片段，例如Fab、F(ab’ )2和Fv，这些片段能够结合至CXCRl的表位。
[0083]本文所使用的“肿瘤”，指的是任何赘生的细胞生长和增殖，无论是恶性或良性，以及所有癌前的和癌性的细胞和组织。
[0084]本文所使用的“癌”是对广范围的细胞性恶性的一般名称，其特征是不受调节的生长，缺乏分化，以及侵袭局部组织和转移的能力。这些恶性赘生能影响身体的不同组织和器官，例如，结肠直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、肺癌、前列腺癌、肝细胞癌、胃癌、胰腺癌、子宫颈癌、肝癌、膀胱癌、尿道癌、甲状腺癌、肾癌、癌瘤(carcinoma)、黑素瘤、脑癌、非小细胞肺癌、头颈鳞状细胞癌、子宫内膜癌、多发性骨髓瘤、直肠癌和食管癌。在特定实施方案中，所述癌症是结肠直肠癌。
[0085]术语“受试者”和“患者”在本文互换使用，指的是被评估治疗和被治疗的哺乳动物。在一项实施方案中，所述哺乳动物是人。
[0086]术语“治疗(treatment)”、"治疗(treating)”和类似术语指的是为获得效果的目的施用剂。所述效果可以是预防性的和/或可以是治疗性的。此处所用的“治疗性”意思是癌症的消除或减轻。这意指癌症患者的生存率或预期寿命将增加，或者癌症的一个或多个症状被减轻。例如，这可以包括癌症生长率或肿瘤体积的降低。肿瘤体积的评估可以通过本领域所熟知的显像癌症患者来进行。
[0087]本文中引用的每个文件、参考文献、专利申请或专利都通过引用完整地明示地并入本文，这意味着它们应该作为本文的一部分被读者阅读和考虑。本文中引用的文件、参考文献、专利申请或专利未在文中重复仅仅是为简洁原因。
[0088]本文中包含的对引用材料或信息的参考不应被理解为承认所述材料或信息为常见一般知识的一部分或在任何国家被熟知。
[0089]在整个说明书中，除非上下文做其他要求，术语“包含(comprise)”或“包括(include)”，或者变体例如“包含(comprises)”或“包含(comprising)”, “包括(includes)”或“包括(including)”将被理解为暗示包括说明的整体或整体的组,但不排除任何其它整体或整体的组。
[0090]现在将参照附图仅通过举例描述本发明的实施方案。
[0091]图1阐明表I患者同龄组的表征，
[0092]图2阐明表2.12周响应的多变量逻辑回归，
[0093]图3阐明表3.任何时候的响应的多变量逻辑回归，
[0094]图4阐明表4.单变量生存分析，
[0095]图5阐明表5.多变量生存分析，
[0096]图6阐明了经西妥昔单抗治疗的患者的生存分析，这些患者针对CXCRl表达水平被随机化(18名CXCRl-低，29名CXCRl-高)，
[0097]图7阐明表6.西妥昔单抗治疗的患者中的CXCRl预后影响，
[0098]图8阐明了未接受西妥昔单抗治疗的患者的生存分析，这些患者针对CXCRl表达水平被随机化(35名CXCRl-低，27名CXCRl-高)，
[0099]图9阐明表7.非西妥昔单抗治疗的患者中的预后影响，
[0100]图10阐明高CXCRl表达预示着将西妥昔单抗添加至奥沙利钼/5-FU化疗的临床获益(n=55名高CXCRl表达的患者:)，
[0101]图11阐明表8.高CXCRl表达作为对西妥昔单抗治疗响应的预测性标志物的作用，
[0102]图12阐明低CXCRl表达不能预测将西妥昔单抗添加至奥沙利钼/5_FU化疗的临床获益(38名患者具有低CXCRl表达)，以及
[0103]图13阐明表9.在具有低CXCRl表达的患者中对治疗的患者响应数据。
[0104]发明详述
[0105]基于一个研究了 >2500名转移性结肠直肠癌患者的响应的英国国家III期试验，这些患者被随机化为
[0106]-单独化疗
[0107]-给予间歇化疗，或
[0108]-化疗联用西妥昔单抗，西妥昔单抗是一种靶向EGFR受体的单克隆抗体
[0109]考虑了 CXC-趋化因子和CXC-趋化因子受体表达与结肠直肠癌对EGFR治疗剂的临床响应的关系。
[0110]分析的组织获取自COIN试验，该试验基于给予化疗(基于奥沙利钼/5-FU)和EGFR革巴向抗体西妥昔单抗(Merck Serono)。[0111]实施例1-CXCRl和K-Ras突变状态之间的关系
[0112]总计，116例组织样品在伦理学同意的情况下被取自COIN中心处理资源(CentralProcessing Resource of the COIN)的III期临床试验。在分析时获取关于患者年龄、性另lJ、K_Ras状态、响应和患者状态的数据。与关于结肠直肠癌中K-Ras突变的发生率的独立报告一致，在该蛋白的状态已经被评估的肿瘤中的38%被发现在该蛋白具有突变。仅有10例不具有KRas蛋白的伴随表征。患者数据见表I。
[0113]逻辑回归分析确定在结肠直肠癌组织中CXCRl的表达独立于K-Ras突变状态(P=0.215)。
[0114]实施例2-CXCR1表达和肿瘤响应之间的关系
[0115]下一个分析是确定临床参数与患者中肿瘤响应的数据多变量分析的观察之间的关系，治疗开始后12周进行评估，确定肿瘤上皮细胞中更闻的CXCRl表达与12周时升闻的肿瘤响应相关(p=0.005)。另外，如果西妥昔单抗治疗的患者具有闻水平的CXCRl表达，那么该患者在12周时具有提高的响应(p=0.019)。有趣的是，在该同龄组患者中，西妥昔单抗治疗的患者的响应与CXCRl的相关性比与KRas状态的相关性更为显著(p=0.053)(表2)。
[0116]进行了后续的多变量分析以针对任何时候患者对治疗的临床响应的观察来分析参数。更高的肿瘤上皮CXCRl表达再次与有利的临床响应(p=0.027)和用西妥昔单抗治疗的患者中的增加响应(P=0.05)的观察相关联。如12周后响应分析中所观察的，在该同龄组的患者中，KRas状态并不预测对西妥昔单抗的响应(p=0.099)(表3)。
[0117]实施例3-针对患者生存率评估临床参数
[0118]在试验中，生存率不依赖治疗臂(Treatment Arm),同时患者年龄几乎具有显著性。在单变量分析中，在炎症浸润物中的肿瘤上皮CXCRl表达或CXCL8表达水平与同龄组中提闻的患者生存率并不相关。然而，闻CXCRl表达确实与那些用西妥昔单抗治疗的患者中的提高的生存率相关(P=0.007)。相反，K-Ras状态与总体生存率并不相关(p=0.305)，或者确实对西妥昔单抗起响应(P=0.746)(表4)。进行多变量分析确认了高CXCRl表达与用西妥昔单抗治疗的患者中的提闻的总体生存率相关(P=0.019)(表5)。
[0119]实施例4-在用西妥昔单抗治疗的患者中的CXCRl表达的预后影响
[0120]在高或低CXCRl表达的基础上，将患者分层为两个同龄组，使用中位表达水平作为区分临界值进行CXCRl表达的评估。在这种分层后，18名接受西妥昔单抗的患者被认为具有低CXCRl表达，而29名患者具有高CXCRl表达。具有低CXCRl表达的患者的中位总体生存(survival)为7.97个月，而具有高CXCRl表达的患者的中位总体生存为19.033个月(p=0.001)(图6 ;表6)。在未接受西妥昔单抗的患者中进行的平行评估中，在低CXCRl表达(10.33个月)或高CXCRl表达(10.73个月)的患者的中位总体生存上没有差别。(图8 ;表7)。总之这些分析显示在西妥昔单抗治疗的患者中CXCRl表达对于患者生存率的特异性。
[0121]实施例5-CXCR1表达对西妥昔单抗治疗的患者临床结局的预测能力
[0122]对于接受单独化疗或化疗联用西妥昔单抗的患者的分析确定了在38名患者中有低CXCRl表达，其中18名患者接受了西妥昔单抗加上化疗。在低CXCRl表达的患者中，添加西妥昔单抗实际上对这些患者的总体生存率有不良作用，将中位总体生存从10.5个月降到7.97个月(图12 ;表9)。
[0123]对于具有高肿瘤CXCRl表达水平的患者的分析有非常不同的特征。在55名高CXCRl表达的患者中，33名患者接受了西妥昔单抗联用化疗。在这些患者中，添加西妥昔单抗将总体生存从10.73个月提高到18.03个月(p=0.013)(图10 ;表8)。因此，该数据清楚地显示了高肿瘤CXCRl表达预测那些将从添加西妥昔单抗至基于奥沙利钼/5-氟尿嘧啶的化疗方案中取得临床获益的患者。
[0124]总之，该分析表明CXCRl趋化因子受体是结肠直肠癌中的一个强预后因子和患者对西妥昔单抗响应的预测性标志物。
[0125]在以上实施例中，使用优化的免疫组化方案确定CXCRl表达，该方案利用市场上可买到的CXCRl单克隆抗体)。
[0126]虽然已按照特定的实施例特别地显示和描述了本发明，本领域技术人员将会理解其中将会有形式和细节上的不同变化，而不偏离本发明的范围。
[0127]序列表
[0128]本文描述的CXCRl基因和蛋白的核酸和氨基酸序列在下面提供。被给予这些基因名称的分配的另外的转录本的进一步改进和/或表征被认为包括在权利要求的范围以下，另外，这些基因的存在的或定义的多态性和/或突变被包括在这些基因的定义中，并在该专利申请提交的权利要求的范围之下。
[0129]CXCRl的分子定义
[0130]CXCRl的核苷酸序列是通过获取编号NM_000634在公共数据库中可获取的，并在本文作为SEQ ID NO:1提供。在实施方案中，术语CXCRl包括CXCRl的活性形式和其活性片段。
[0131]SEQ ID NO:1
[0132]tattcatcaa gtgccctcta gctgttaagt cactctgatc tctgactgca gctcctactg
[0133]ttggacacac ctggccggtg cttcagttag atcaaaccat tgctgaaact gaagaggaca
[0134]tgtcaaatat tacagatcca cagatgtggg attttgatga tctaaatttc actggcatgc
[0135]cacctgcaga tgaagattac agcccctgta tgctagaaac tgagacactc aacaagtatg
[0136]ttgtgatcat cgcctatgcc ctagtgttcc tgctgagcct gctgggaaac tccctggtga
[0137]tgctggtcat cttatacagc agggtcggcc gctccgtcac tgatgtctac ctgvtgaacc
[0138]tggccttggc cgacctactc tttgccctga ccttgcccat ctgggccgcc tccaaggtga
[0139]atggctggat ttttggcaca ttcctgtgca aggtggtctc actcctgaag gaagtcaact
[0140]tctacagtgg catcctgcrg ttggcctgca tcagtgtgga ccgttacctg gccattgtcc
[0141]atgccacacg cacactgacc cagaagcgtc acttggtcaa gtttgtttgt cttggctgct
[0142]ggggactgtc tatgaatctg tccctgccct tcttcctttt ccgccaggct taccatccaa
[0143]acaattccag tccagtttgc tatgaggtcc tgggaaatga cacagcaaaa tggcggatgg
[0144]tgttgcggatcctgcctcac acctttggct tcatcgtgcc gctgtttgtc atgctgttct
[0145]gctatggatt caccctgcgtacactgttta aggcccacat ggggcagaag caccgagcca
[0146]tgagggtcat ctttgctgtc gtcctcatct tcctgctttg ctggctgccc tacaacctgg
[0147]tcctgctggc agacaccctc atgaggaccc aggtgatcca ggagagctgt gagcgccgca
[0148]acaacatcgg ccgggccctg gatgccactg agattctggg atttctccat agctgcctca
[0149]accccatcat ctacgccttc atcggccaaa attttcgcca tggattcctc aagatcctgg
[0150]ctatgcatgg cctggtcagc aaggagttct tggcacgtca tcgtgttacc tcctacactt[0151]cttcgtctgt caatgtctct tccaacctct gaaaaccatc gatgaaggaa tatctcttct
[0152]cagaaggaaa gaataaccaa caccctgagg ttgtgtgtgg aaggtgatctggctctggac
[0153]aggcactatc tgggttttgg ggggacgcta taggatgtgg ggaagttagg aactggtgtc
[0154]ttcaggggcc acaccaacct tctgaggagc tgttgaggta cctccaagga ccggcctttg
[0155]cacctccatg gaaacgaagc accatcattc ccgttgaacg tcacatcttt aacccactaa
[0156]ctggctaatt agcatggcca catctgagcc ccgaatctga cattagatga gagaacaggg
[0157]ctgaagctgy gtcctcatga gggctggatg ctctcgttga ccctcacagg agcatctcct
[0158]caactctgag tgttaagcgt tgagccacca agctggtggc tcrgtgtgct ctgatccgag
[0159]ctcagggggg tggttttccc atctcaggtg tgttgcagtg tctgctggag acattgaggc
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[0162]agaaccccct ttacccccat gaccaacatc gcagacacat gtgctggcca cctgctgagc
[0163]cccaagtgga acgagacaag cagcccttag cccttcccct ctgcagcttc caggctggcg
[0164]tgcagcatca gcatccctag aaagccatgt gcagccacca gtccattggg caggcagatg
[0165]ttcctaataa agcttctgtt ccgtgcttgt ccctgtggaa gtatcttggt tgtgacagag
[0166]tcaagggtgt gtgcagcatt gttggctgtt cctgcagtag aatgggggca gcacctccta
[0167]agaaggcacc tctctgggtt gaagggcagt gttccctggg gctttaactc ctgctagaac
[0168]agtctcttga ggcacagaaa ctcctgttca tgcccatacc cctggccaag gaagatccct
[0169]ttgtccacaa gtaaaaggaa atgctcctcc agggagtctc agcttcaccc tgaggtgagc
[0170]atcatcttct gggttaggcc ttgcctaggc atagccctgc ctcaagctat gtgagctcac
[0171]cagtccctcc ccaaatgctt tccatgagtt gcagtttttt cctagtctgt tttccctcct
[0172]tggagacagg gccctgtcgg tttattcact gtatgtcctt ggtgcctgga gcctactaaa
[0173]tgctcaataa ataatgatca caggaaaaaa aaaaaaaaaa aa
[0174]CXCRl 的氨基酸序列在本文作为 SEQ ID N0:2 提供。MSNITDPQMWDFDDLNFTGMPPADEDYSPCMLETETLNKYVVIIAYALVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRHLVKFVCLGCWGLSMNLSLPFFLFRQAYHPNNSSPVCYEVLGNDTAKWRMVLRILPHTFGFIVPLFVMLFCYGFTLRTLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQESCERRNNIGRALDATEILGFLHSCLNPIIYAFIGQNFRHGFLKILAMHGLVSKEFLARHRVTSYTSSSVNVSSNL
【权利要求】
1.CXCRl作为在预测癌症受试者对表皮生长因子受体(EGFR)靶向治疗剂治疗的响应的方法中的生物标志物的用途。
2.根据权利要求1所述的用途，其中所述方法包括以下步骤 -在来自癌症受试者的肿瘤样品中确定CXCRl的表达水平； -比较来自受试者的肿瘤中的确定的CXCRl的表达水平与对照中CXCRl的表达水平 其中，当来自受试者的肿瘤中确定的CXCRl的表达水平比所述对照的表达水平升高时，表明癌症受试者将从表皮生长因子受体靶向治疗剂治疗中获益。
3.根据权利要求2所述的用途，其中所述对照是癌症受试者的对照群体且所述对照中的CXCRl的表达水平是所述对照群体中的CXCRl的中位表达水平。
4.根据权利要求1到3的任一项所述的用途，其中肿瘤选自结肠直肠肿瘤、NSCLC肿瘤、头颈肿瘤或卵巢肿瘤。
5.根据前述权利要求的任一项所述的用途，其中所述EGFR治疗剂是直接或间接调节EGFR信号转导途径的选自西妥昔单抗、帕尼单抗、吉非替尼和特罗凯中的至少一个的生物分子或小分子。
6.根据前述权利要求的任一项所述的用途，其中所述EGFR治疗剂是西妥昔单抗或帕尼单抗，
7.根据权利要求6中所述的用途，其中所述EGFR治疗剂是西妥昔单抗。
8.根据权利要求6或7中所述的用途，其中所述EGFR治疗剂是西妥昔单抗或帕尼单抗，并作为单一治疗提供
9.根据前述权利要求6或7的任一项所述的用途，其中所述肿瘤用西妥昔单抗或帕尼单抗与临床批准的传统细胞毒性化疗剂相结合来治疗。
10.根据前述权利要求的任一项所述的用途，其中确定所述表达水平的步骤包括如下步骤中的至少一个 -确定CXCRl的蛋白表达水平， -确定编码CXCRl的mRNA水平， -确定CXCRl的拷贝数，或 -确定核苷酸序列CXCRl内的任何非编码或编码多态性的表达水平。
11.根据权利要求1所述的用途，包括以下步骤 a)确定来自癌症受试者的肿瘤样品中的CXCRl的表达水平； b)将来自癌症受试者的所述肿瘤样品暴露于EGFR靶向治疗剂； c)在步骤b)后，确定来自癌症受试者的肿瘤样品中的CXCRl的表达水平； d)比较步骤a)中确定的所述肿瘤中的CXCRl的表达水平与步骤c)中确定的来自受试者的CXCRl的表达水平。
12.根据权利要求1到11的任一项所述的用途，其中所述肿瘤样品是包含癌细胞的组织样品，其中所述组织样品是冷冻的、固定的、石蜡包埋的或新鲜的，或者是受试者的肿瘤的后代的细胞，或者从肿瘤脱落的细胞、蛋白质或核酸。
13.一种用于权利要求1到12的任一项所述的方法的试剂盒，所述试剂盒包含容器，所述容器包含用于监测CXCRl的表达水平的一种或多种试剂以及用于检测来自癌症受试者的肿瘤细胞的至少一种表皮生长因子受体(EGFR)治疗剂。
14.根据权利要求13所述的试剂盒，其中所述试剂盒包含确定BRAF状态、PTEN状态、或KRAS状态的至少又一种试剂。
15.一种用于受试 者中肿瘤治疗的EGFR抑制剂，其中来自所述肿瘤的肿瘤样品已被确认为具有高于对照中CXCRl的表达水平的CXCRl生物标志物表达水平。
【文档编号】C12Q1/68GK103620412SQ201280028564
【公开日】2014年3月5日 申请日期:2012年4月25日 优先权日:2011年4月26日
【发明者】大卫·约翰·詹姆士·沃, 理查德·威尔逊, 奥拉伯德·奥拉迪波 申请人:英国贝尔法斯特女王大学