用于cyp2c9和vkorc1基因芯片检测的特异性引物对和探针的制作方法
【专利摘要】本发明涉及分子生物学领域，公开了用于检测CYP2C9和VKORC1的SNP位点的特异性寡核苷酸探针，这种探针可以与CYP2C9第430位、1075位和VKORC1第-1639位不同基因型杂交。本发明还公开了检测上述SNP位点时，用于扩增CYP2C9和VKORC1基因的特异性引物对，引物对可特异性扩增CYP2C9和VKORC1基因中的含有检测目标位点的目标区域。本发明的产品可以一步完成检测CYP2C9和VKORC1的3个SNP位点基因型，为人们正确使用华法林提供信息。
【专利说明】用于CYP2C9和VK0RC1基因芯片检测的特异性引物对和探针
【技术领域】
[0001]本发明涉及分子生物学领域和核酸检测领域，具体设计用于扩增CYP2C9和VKORCl基因的特异性引物对和用于CYP2C9和VKORCl基因芯片检测的特异性探针。
【背景技术】
[0002]华法林，一种双香豆素衍生物，是常用口服抗凝药物。其稳定剂量在不同种族间及个体间存在着较大差异，不同个体间稳定剂量的差异可达20倍以上。研究表明，维生素K环氧化物还原酶复合体亚单位I基因(VKORCl)的基因多态性和细胞色素P4502C9基因(CYP2C9)是影响华法林用量个体差异最主要的两个遗传因素。其中，VKORCl最常见的SNP位点-1639G/A被发现与华法林用量个体差异显著相关。CYP2C9是华法林最主要的代谢酶。到目前为止，已发现的CYP2C9的等位基因有30种，其中以*1 (野生型)、*2(Argl44Cys),*3(Ile359Leu)最为常见。使用华法林前，检测使用者基因型是非常必要的。目前测定CYP2C9和VKORCl基因型的方法主要采用聚合酶链式反应_限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)、手工或自动测序、序列特异性引物PCR等方法，操作繁琐，检测周期长，检测结果不易准确，难以满足临床检验的要求。
[0003]近几年在高科技领域内出现的最具时代特征的重大科技进展之一便是基因芯片。用基因芯片检测CYP2C9和VKORCl基因亚型，发挥基因芯片检测操作简单、快捷、结果准确的特点，只需一次实验，就可高通量获得所有待检基因的信息。
【发明内容】
[0004]本发明的目的在于`提供一种用于检测CYP2C9和VKORCl基因SNP位点的特异性扩增引物对和特异性寡核苷酸杂交探针。
[0005]这组特异性寡核氨酸探针中包括(430C/T，rsl799853和1075A/C，rsl057910)位点和 VKORCl (-1639G/A, rs9923231)位点，可以与 CYP2C9 第 430 位、1075 位和 VKORCl第-1639位不同基因型杂交，用于检测CYP2C9430C/T和1075A/C以及VK0RC1-1639G/Ars992323ISNP 位点。
[0006]所述的检测位点为CYP2C9基因rsl799853的430C时，特异性寡核苷酸探针序列含有以下核苷酸序列之一(下划线部分为SNP位点):
[0007](I)SEQ ID N0.1:5’-CATTGAGGAC￡GTGTTCAAG_3’ ；
[0008](2) SEQ ID N0.2:5’-TTGAGGAC￡GTGTTCAAGAG_3’ ；
[0009](3) SEQ ID N0.3:5' -CATTGAGGACCGTGTTCAAGAG-3'；
[0010]所述的检测位点为CYP2C9基因rsl799853的430T时，特异性寡核苷酸探针序列含有以下核苷酸序列之一(下划线部分为SNP位点):
[0011](4) SEQ ID N0.4:5’ -CATTGAGGACTGTGTTCAAGAG-3'
[0012](5) SEQ ID N0.5:5’ -ATTGAGGACTGTGTTCAAGAGG-3'[0013]
【权利要求】
1.一组用于检测CYP2C9和VKORCl基因SNP位点的特异性寡核苷酸探针，其特征在于，所述特异性寡核苷酸探针用于检测CYP2C9基因rsl799853的430C/T SNP位点和rsl057910 的 1075A/C SNP 位点以及 VKORCl 基因 rs9923231 的-1639G/ASNP 位点； 所述的检测位点为CYP2C9基因rsl799853的430C时，特异性寡核苷酸探针序列含有以下核苷酸序列之一:
2.权利要求1所述用于检测CYP2C9和VKORCl基因SNP位点的特异性寡核苷酸探针，其特征在于， 所述的检测位点为CYP2C9基因rsl799853的430C时，特异性寡核苷酸探针序列为以下核苷酸序列之一:
3.权利要求1所述用于检测CYP2C9和VKORCl基因SNP位点的特异性寡核苷酸探针，其特征在于，其5’端还包含5’氨基修饰的聚脱氧胸苷酸，聚脱氧胸苷酸长度为5~25。
4.权利要求1所述用于检测CYP2C9和VKORCl基因SNP位点的特异性寡核苷酸探针，其特征在于， 所述的检测位点为CYP2C9基因rsl799853的430C时，特异性寡核苷酸探针序列为以下核苷酸序列之一，并且其5’端还包含5’氨基修饰的聚脱氧胸苷酸，聚脱氧胸苷酸长度为`5 ~25:
5.一组用于检测CYP2C9和VKORCl基因SNP位点的引物对，其特征在于，所述引物对是用于扩增 CYP2C9 基因 rsl799853 的 430C/T、CYP2C9 基因 rsl057910 的 1075A/C 和 VKORCl基因rs9923231的-1639G/A的特异性引物对； 所述的检测位点为CYP2C9基因rsl799853的430C/T时，特异性引物对含有以下核苷酸序列之一:
6.权利要求5所述用于检测CYP2C9和VKORCl基因SNP位点的引物对，其特征在于，所述引物对序列选自以下核苷酸序列之一: 所述的检测位点为CYP2C9基因rsl799853的430C/T时，特异性引物对为以下核苷酸序列之一:
7.权利要求5或6所述用于检测CYP2C9和VKORCl基因SNP位点的引物对，其特征在于，所述的引物对的5’端用生物素、地高辛、荧光素、荧光素衍生物、荧光分子、碱性磷酸酶或辣根过氧化物酶进行了修饰。
8.权利要求1~4任一项所述的特异性寡核苷酸探针用于制备CYP2C9和VKORCl基因SNP检测芯片或试剂盒。
9.权利要求5~7任一项所述的引物 对用于制备CYP2C9和VKORCl基因SNP检测芯片或试剂 盒。
【文档编号】C12Q1/68GK103710432SQ201310533548
【公开日】2014年4月9日 申请日期:2013年10月31日 优先权日:2013年10月31日
【发明者】朱滨, 邢军芬, 孙悦, 张宇, 张佳琦, 张艳, 张莹 申请人:上海百傲科技股份有限公司