含量的序列； 并且其中该组寡核苷酸富集了激活靶基因的表达的寡核苷酸。
[0010] 在一些实施例中，寡核苷酸各自具有特征a)、b)、c)、d)以及e)中的仅一种。在一 些实施例中，寡核苷酸各自具有各自独立地选择的特征a)、b)、c)、d)以及e)中的至少两 种。在一些实施例中，寡核苷酸各自具有各自独立地选择的特征a)、b)、c)、d)以及e)中 的至少三种。在一些实施例中，寡核苷酸各自具有各自独立地选择的特征a)、b)、c)、d)以 及e)中的至少四种。在一些实施例中，寡核苷酸各自具有特征a)、b)、c)、d)以及e)中的 每一种。在某些实施例中，寡核苷酸各自具有该序列5' X-Y-Z，其中该寡核苷酸的长度为8 至50个核苷酸。在一些实施例中，Y为选自表3的序列。
[0011] 在一些实施例中，该单链寡核苷酸或寡核苷酸中的每一个的长度高达100、50、40、 30或20个核苷酸。在其他实施例中，该单链寡核苷酸或寡核苷酸中的每一个的长度为8至 30个核苷酸。
[0012] 在一些实施例中，阈值水平的序列一致性为50%、60%、70%、80%、85%、90%、 95%或99%的序列一致性。
[0013] 在一个实施例中，Y为表3中给出的长度为6个核苷酸的核苷酸序列。
[0014] 在其他实施例中，该第一染色体为第一物种的染色体，并且其中该方法进一步包 括确定该第二核苷酸序列与第二物种的第二染色体的第二区互补，该第二区位于该靶基因 的同源物的5'端上游的50千碱基与该靶基因的该同源物的3'端下游的50千碱基之间。
[0015] 该第二核苷酸序列可以与该第二染色体的该第二区至少80%互补
[0016] 在一些实施例中，该第一核苷酸序列定位至包含该靶基因的有义链的该第一染色 体的链。在其他实施例中，该第一核苷酸序列定位至包含该靶基因的反义链的该第一染色 体的链。
[0017] 在一些实施例中，该PRC2相关区处在该靶基因的5'端的上游，并且在其他实施 例中，该PRC2相关区处在该靶基因的3'端的下游。任选地，该PRC2相关区可以在该靶 基因的内含子或外显子内，或者该PRC2相关区可以横跨该靶基因的内含子-外显子接点、 5' -UTR-外显子接点或3' -UTR-外显子接点。
[0018] 该PRC2相关区可以编码形成包含至少两个单链环的二级结构的RNA。任选地，该 二级结构包含该至少两个单链环之间的双链茎。在一些实施例中，该PRC2相关区的该至少 8个连续核苷酸编码至少一个环或至少两个环的至少一部分或该双链茎的至少一部分。
[0019] 在其他方面，本发明为一种包含与PRC2相关区的至少8个连续核苷酸互补的互补 区的单链寡核苷酸，该PRC2相关区位于第一染色体中靶基因的5'端上游的50千碱基与该 靶基因的3'端下游的50千碱基之间，其中该寡核苷酸具有以下各项中的至少一种：a)包含 5' -X-Y-Z的序列，其中X为任何核苷酸，Y为非为微小RNA的人种子序列的、长度为6个核 苷酸的核苷酸序列，并且Z为长度为1至23个核苷酸的核苷酸序列；b)不包含三个或更多 个连续鸟苷核苷酸的序列；c)与长度等于该第二核苷酸序列的每个核苷酸序列具有阈值 水平以下的序列一致性的序列，这些核苷酸处在脱靶基因的5'端上游的50千碱基与该脱 靶基因的3'端下游的50千碱基之间；d)与编码RNA的PRC2相关区互补的序列，该RNA形 成包含至少两个单链环的二级结构；和/或e)具有60%以上G-C含量的序列。在一些实 施例中，该单链寡核苷酸具有特征a)、b)、c)、d)以及e)中的仅一种。在一些实施例中，该 单链寡核苷酸具有各自独立地选择的特征a)、b)、c)、d)以及e)中的至少两种。在一些实 施例中，该单链寡核苷酸具有各自独立地选择的特征a)、b)、c)、d)以及e)中的至少三种。 在一些实施例中，该单链寡核苷酸具有各自独立地选择的特征a)、b)、c)、d)以及e)中的 至少四种。在一些实施例中，该单链寡核苷酸具有特征a)、b)、c)、d)以及e)中的每一种。 在某些实施例中，该寡核苷酸具有该序列5' X-Y-Z，其中该寡核苷酸的长度为8至50个核 苷酸。在一些实施例中，Y为选自表3的序列。
[0020] 在一些实施例中，该第一染色体为第一物种的染色体。包含至少8个连续核苷酸 的序列位于第二染色体中该靶基因的同源物的5'端上游的50千碱基与该靶基因的该同源 物的3'端下游的50千碱基之间，其中该第二染色体为第二物种的染色体。该第一物种可 以为人并且该第二物种可以为小鼠。
[0021] 本发明还包括一种长度为8至30个核苷酸的单链寡核苷酸，其中该单链寡核苷酸 与PRC2相关区的至少8个连续核苷酸互补，该PRC2相关区位于染色体中靶基因的5'端上 游的50千碱基与该靶基因的3'端下游的50千碱基之间，其中该单链寡核苷酸的核苷酸序 列包括选自以下的一个或多个核苷酸序列：(X)Xxxxxx、（X)xXxxxx、（X)xxXxxx、（X)xxxXxx、 (X) xxxxXx、以及（X) xxxxxX、（X) XXxxxx、（X) XxXxxx、（X) XxxXxx、（X) XxxxXx、（X) XxxxxX、（X) xXXxxx、（X)xXxXxx、（X)xXxxXx、（X)xXxxxX、（X)xxXXxx、（X)xxXxXx、（X)xxXxxX、（X)xxxXXx、 (X) xxxXxX、以及（X) xxxxXX、（X) XXXxxx、（X) xXXXxx、（X) xxXXXx、（X) xxxXXX、（X) XXxXxx、（X) XXxxXx、（X)XXxxxX、（X)xXXxXx、（X)xXXxxX、（X)xxXXxX、（X)XxXXxx、（X)XxxXXx、（X)XxxxXX、 (X)xXxXXx、（X)xXxxXX、（X)xxXxXX、（X)xXxXxX、以及（X)XxXxXx、（X)xxXXX、（X)xXxXXX、（X) xXXxXX、（X)xXXXxX、（X)xXXXXx、（X)XxxXXXX、（X)XxXxXX、（X)XxXXxX、（X)XxXXx、（X)XXxxXX、 (X) XXxXxX、（X) XXxXXx、（X) XXXxxX、（X) XXXxXx、以及（X) XXXXxx、（X) xXXXXX、（X) XxXXXX、（X) XXxXXX、（X) XXXxXX、（X) XXXXxX、以及（X) XXXXXx、以及 XXXXXX、XxXXXXX、XXxXXXX、XXXxXXX、 XXXXxXX、XXXXXxX以及XXXXXXx，其中"X"表示核苷酸类似物，（X)表示任选的核苷酸类似 物，并且"X"表示DNA或RNA核苷酸单位。
[0022] 在本发明的其他方面，提供了长度为8至30个核苷酸的单链寡核苷酸，该单链寡 核苷酸具有与调控靶基因的表达的长的非编码RNA (IncRNA)的至少8个连续核苷酸互补的 互补区，其中该寡核苷酸的2至19个核苷酸为核苷酸类似物。
[0023] 在其他方面，提供了长度为5至30个核苷酸的单链寡核苷酸，该单链寡核苷酸具 有与调控靶基因的表达的长的非编码RNA(IncRNA)的至少5个连续核苷酸互补的互补区， 其中该寡核苷酸通过可裂解接头连接至第二寡核苷酸。在一些实施例中，该寡核苷酸具有 在此描述的任何单链寡核苷酸的结构。
[0024] 在本发明的其他方面，提供了长度为8至40个核苷酸的单链寡核苷酸，该单链寡 核苷酸具有与调控蛋白编码参考基因的表达的PRC2结合的长的非编码RNA(IncRNA)的至 少5个连续核苷酸互补的互补区，其中该IncRNA转录自含有蛋白编码参考基因的基因组区 中与该蛋白编码参考基因相反的链，其中该单链寡核苷酸结合至该IncRNA中起源于外显 子、内含子、外显子、内含子-外显子接点、5' UTR、3' UTR、翻译起始区或翻译终止区或与 它们重叠的区域。
[0025] 在本发明的其他方面，提供了长度为8至40个核苷酸的单链寡核苷酸，该单链寡 核苷酸具有与调控靶基因的表达的长的非编码RNA (IncRNA)的至少5个连续核苷酸互补的 互补区。该寡核苷酸与IncRNA在IncRNA的处于该靶基因的转录区之外的区域具有互补性。
[0026] 在本发明的仍然其他的方面，提供了长度为8至30个核苷酸的单链寡核苷酸，该 单链寡核苷酸具有与抑制靶基因的表达的长的非编码RNA (IncRNA)的至少5个连续核苷酸 互补的互补区，其中该寡核苷酸与IncRNA在IncRNA的转录自该靶基因的非编码部分的区 域内具有互补性。
[0027] 在一些实施例中，该IncRNA为PRC2相关区。
[0028] 本申请通过引用结合2011年11月12日提交、2012年5月18日公开为 W0/2012/065143 且名称为"多梳相关非编码 RNA(POLYCOMB-ASSOCIATED NON-CODING RNAS) "的国际专利申请PCT/US 2011/060493中的SEQ ID NO :1至193,049列出的核苷酸 序列。这些序列在此通过前面加上"A"的序列标识符来提及。因此，通过引用从国际专利 申请PCT/US 2011/060493结合的核苷酸序列组被称为"序列Al至A193, 049"。
[0029] 本申请通过引用还结合2011年12月19日提交、2012年6月28日公开为 W0/2012/087983 且名称为"多梳相关非编码 RNA(POLYCOMB-ASSOCIATED NON-CODING RNAS) " 的国际专利申请 PCT/US 2011/65939 中的 SEQ ID