用于调节基因表达的组合物和方法_4

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定位至第一染色体中该靶 基因的5'端上游的50千碱基与该靶基因的3'端下游的50千碱基之间的位置; 选择一组寡核苷酸,其中该组中的每个寡核苷酸包含与该PRC2相关区的至少8个连续 核苷酸互补的第二核苷酸序列,并且具有以下特征中的至少一种: a) 序列:5' -X-Y-Z,其中X为任何核苷酸,Y为非为微小RNA的人种子序列的、长度为 6个核苷酸的核苷酸序列,并且Z为长度为1至23个核苷酸的核苷酸序列,其中X锚定在该 寡核苷酸的5'端上; b) 不包含三个或更多个连续鸟苷核苷酸的序列; c) 与长度等于该第二核苷酸序列的每个核苷酸序列具有阈值水平以下的序列一致性 的序列,这些核苷酸序列处在脱靶基因的5'端上游的50千碱基与该脱靶基因的3'端下游 的50千碱基之间; d) 与编码RNA的PRC2相关区互补的序列,该RNA形成包含至少两个单链环的二级结 构;和/或 e) 具有60%以上G-C含量的序列;并且 其中该组寡核苷酸富集了激活靶基因的表达的寡核苷酸。
9. 如权利要求8所述的方法,其中这些寡核苷酸中每一个的长度高达50个核苷酸。
10. 如权利要求8所述的方法,其中这些寡核苷酸中每一个的长度为8至30个核苷酸。
11. 如权利要求8所述的方法,其中该组中的这些寡核苷酸各自共享特征a)、b)、c)、 d)以及e)中的至少一种。
12. 如权利要求8所述的方法,其中该组中的这些寡核苷酸各自共享特征a)、b)、c)、 d)以及e)中的至少两种。
13. 如权利要求8所述的方法,其中该组中的这些寡核苷酸各自共享特征a)、b)、c)、 d)以及e)中的至少三种。
14. 如权利要求8所述的方法,其中该组中的这些寡核苷酸各自共享特征a)、b)、c)、 d)以及e)中的至少四种。
15. 如权利要求8所述的方法,其中该组中的这些寡核苷酸各自共享特征a)、b)、c)、 d)以及e)中的每一种。
16. 如权利要求1至15中任一项所述的方法,其中该阈值水平的序列一致性为50%、 60%、70%、80%、85%、90%、95%或 99%序列一致性。
17. 如权利要求1至16中任一项所述的方法,其中该第一染色体为第一物种的染色体, 并且其中该方法进一步包括 确定该第二核苷酸序列与第二物种的第二染色体的第二区互补,该第二区位于该靶基 因的同源物的5'端上游的50千碱基与该靶基因的该同源物的3'端下游的50千碱基之间。
18. 如权利要求17所述的方法,其中该第二核苷酸序列与该第二染色体的该第二区至 少80 %互补。
19. 如权利要求1至18中任一项所述的方法,其中该第一核苷酸序列定位至包含该靶 基因的有义链的该第一染色体的链。
20. 如权利要求1至18中任一项所述的方法,其中该第一核苷酸序列定位至包含该靶 基因的反义链的该第一染色体的链。
21. 如权利要求1至20中任一项所述的方法,其中该PRC2相关区处在该靶基因的5' 端的上游。
22. 如权利要求1至20中任一项所述的方法,其中该PRC2相关区处在该靶基因的3' 端的下游。
23. 如权利要求1至20中任一项所述的方法,其中该PRC2相关区处在该靶基因的内含 子内。
24. 如权利要求1至20中任一项所述的方法,其中该PRC2相关区处在该靶基因的外显 子内。
25. 如权利要求1至20中任一项所述的方法,其中该PRC2相关区横跨该靶基因的内含 子-外显子接点、5' -UTR-外显子接点或3' -UTR-外显子接点。
26. 如权利要求1至25中任一项所述的方法,其中该PRC2相关区编码RNA,该RNA形 成包含至少两个单链环的二级结构。
27. 如权利要求26所述的方法,其中该二级结构包含该至少两个单链环之间的双链 茎。
28. 如权利要求26或27所述的方法,其中该方法进一步包括确定该PRC2相关区的该 至少8个连续核苷酸编码这些环中至少一个的至少一部分。
29. 如权利要求26至28中任一项所述的方法,其中该方法进一步包括确定该PRC2相 关区的该至少8个连续核苷酸编码这些环中至少两个的至少一部分。
30. 如权利要求26至29中任一项所述的方法,其中该方法进一步包括确定该PRC2相 关区的该至少8个连续核苷酸编码该双链茎的至少一部分。
31. -种单链寡核苷酸,包含与PRC2相关区的至少8个连续核苷酸互补的互补区,该 PRC2相关区定位在第一染色体中靶基因的5'端上游的50千碱基与该靶基因的3'端下游 的50千碱基之间,其中该寡核苷酸具有以下各项中的至少一种: a) 包含5' -X-Y-Z的序列,其中X为任何核苷酸,Y为非为微小RNA的人种子序列的、 长度为6个核苷酸的核苷酸序列,并且Z为长度为1至23个核苷酸的核苷酸序列; b) 不包含三个或更多个连续鸟苷核苷酸的序列; c) 与长度等于第二核苷酸序列的每个核苷酸序列具有阈值水平以下的序列一致性的 序列,这些核苷酸序列处在脱靶基因的5'端上游的50千碱基与该脱靶基因的3'端下游的 50千碱基之间; d) 与编码RNA的PRC2相关区互补的序列,该RNA形成包含至少两个单链环的二级结 构;和/或 e) 具有60 %以上G-C含量的序列。
32. 如权利要求31所述的单链寡核苷酸,其中该第一染色体为第一物种的染色体,并 且其中包含该至少8个连续核苷酸的序列位于第二染色体中该靶基因的同源物的5'端上 游的50千碱基与该靶基因的该同源物的3'端下游的50千碱基之间,其中该第二染色体为 第二物种的染色体。
33. 如权利要求32所述的单链寡核苷酸,其中该第一物种为人,并且该第二物种为小 鼠。
34. 如权利要求31至33中任一项所述的方法,其中该寡核苷酸具有特征a)、b)、c)、 d)以及e)中的至少两种。
35. 如权利要求31至33中任一项所述的方法,其中该寡核苷酸具有特征a)、b)、c)、 d)以及e)中的至少三种。
36. 如权利要求31至33中任一项所述的方法,其中该寡核苷酸具有特征a)、b)、c)、 d)以及e)中的至少四种。
37. 如权利要求31至33中任一项所述的方法,其中该寡核苷酸具有特征a)、b)、c)、 d)以及e)中的每一种。
38. 如任何以上权利要求所述的单链寡核苷酸,其中该寡核苷酸的长度高达50个核苷 酸。
39. 如任何前述权利要求所述的单链寡核苷酸,其中该寡核苷酸的长度为8至30个核 苷酸。
40. 如权利要求31至34中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该寡核苷酸的长度为8至 10个核苷酸,并且该PRC2相关区的该互补序列中除1、2或3个核苷酸之外的所有都为胞嘧 啶或鸟苷核苷酸。
41.如权利要求31至37中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区的该至少 8个连续核苷酸在包含该靶基因的有义链的该染色体的链中。
42.如权利要求31至37中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区的该至少 8个连续核苷酸在包含该靶基因的反义链的该染色体的链中。
43. 如权利要求31至42中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区处在该靶 基因的该5'端的上游。
44. 如权利要求31至42中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区处在该靶 基因的该3'端的下游。
45. 如权利要求31至42中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区处在该靶 基因的内含子内。
46. 如权利要求31至42中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区处在该靶 基因的外显子内。
47. 如权利要求31至42中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区横跨该靶 基因的内含子-外显子接点、5' -UTR-外显子接点或3' -UTR-外显子接点。
48. 如权利要求31至47中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区编码RNA, 该RNA形成包含至少两个单链环的二级结构。
49. 如权利要求48所述的单链寡核苷酸,其中该二级结构包含该至少两个单链环之间 的双链茎。
50. 如权利要求48或49所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区的该至少8个连续 核苷酸编码这些环中至少一个的至少一部分。
51.如权利要求48至50中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区的该至少 8个连续核苷酸编码这些环中至少两个的至少一部分。
52.如权利要求48至51中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该PRC2相关区的该至少 8个连续核苷酸编码该双链茎的至少一部分。
53. 如权利要求31至52中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该寡核苷酸的至少一个核 苷酸为核苷酸类似物。
54. 如权利要求53所述的单链寡核苷酸,其中与不具有该至少一个核苷酸类似物的寡 核苷酸相比较,该至少一个核苷酸类似物导致该寡核苷酸的^在1°C至5°C范围内的升高。
55.如权利要求31至54中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该寡核苷酸的至少一个核 苷酸包含2' 0-甲基。
56.如权利要求31至54中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该寡核苷酸的每个核苷酸 包含2' 0-甲基。
57.如权利要求31至54中任一项所述的单链寡核苷酸,其中该寡核苷酸包含至少一个 核糖核苷酸、至少一个脱氧核糖核苷酸或至少一个桥连核苷酸。
58. 如权利要求57所述的单链寡核苷酸,其中该桥连核苷酸为LNA核苷酸、cEt核苷酸 或ENA核苷
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