酸类似物。
59. 如权利要求31至54中任一项所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的每个核苷酸 为LNA核苷酸。
60. 如权利要求31至54中任一项所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的这些核苷酸 包含交替的脱氧核糖核苷酸与2' -氟-脱氧核糖核苷酸。
61. 如权利要求31至54中任一项所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的这些核苷酸 包含交替的脱氧核糖核苷酸与2' -0-甲基核苷酸。
62. 如权利要求31至54中任一项所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的这些核苷酸 包含交替的脱氧核糖核苷酸与ENA核苷酸类似物。
63. 如权利要求31至54中任一项所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的这些核苷酸 包含交替的脱氧核糖核苷酸与LNA核苷酸。
64. 如权利要求60至63中任一项所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的5'核苷酸 为脱氧核糖核苷酸。
65. 如权利要求31至54中任一项所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的这些核苷酸 包含交替的LNA核苷酸与2' -0-甲基核苷酸。
66. 如权利要求65所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的该5'核苷酸为LNA核苷 酸。
67. 如权利要求31至54中任一项所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的这些核苷酸 包含通过脱氧核糖核苷酸的5'端和3'端中的每一个上的至少一个LNA核苷酸侧接的这些 脱氧核糖核苷酸。
68. 如权利要求31至68中任一项所述的单链寡核苷酸，进一步包含至少两个核苷酸之 间的硫代磷酸酯核苷酸间键。
69. 如权利要求68所述的单链寡核苷酸，进一步包含所有核苷酸之间的硫代磷酸酯核 苷酸间键。
70. 如权利要求31至69中任一项所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的3'位置处 的核苷酸具有3'羟基。
71. 如权利要求31至69中任一项所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸的3'位置处 的核苷酸具有3'硫代磷酸酯。
72. 如权利要求31至71中任一项所述的单链寡核苷酸，进一步包含缀合至该5'核苷 酸的生物素部分。
73. 如权利要求31至71中任一项所述的单链寡核苷酸，进一步包含该5'核苷酸或该 3'核苷酸或两者上的以下缀合物中的一种或多种：胆固醇、维生素A、叶酸、〇受体配体、适 体、肽、如CPP、疏水性分子如脂质、ASGPR或动态多聚缀合物以及其变体。
74. -种长度为8至30个核苷酸的单链寡核苷酸，该单链寡核苷酸具有与调控靶基因 的表达的长的非编码RNA(IncRNA)的至少8个连续核苷酸互补的互补区，其中该寡核苷酸 的2至19个核苷酸为核苷酸类似物。
75. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中与不具有该核苷酸类似物的寡核苷酸相 比较，这些核苷酸类似物中的每一种导致该寡核苷酸的1"在1°C至5°C范围内的升高。
76. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中这些核苷酸类似物是选自由桥连核苷 酸、2'氟以及2' 0-甲基核苷酸组成的组。
77. 如权利要求76所述的单链寡核苷酸，其中该桥连核苷酸为LNA、ENA或cEt核苷酸。
78. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中这些核苷酸包含交替的脱氧核糖核苷酸 与2' -氟-脱氧核糖核苷酸。
79. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中这些核苷酸包含交替的脱氧核糖核苷酸 与2' -0-甲基核苷酸。
80. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中这些核苷酸包含交替的脱氧核糖核苷酸 与ENA核苷酸类似物。
81. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中这些核苷酸包含交替的脱氧核糖核苷酸 与LNA核苷酸。
82. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中该单链寡核苷酸的该5'核苷酸为脱氧核 糖核苷酸。
83. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中这些核苷酸包含交替的LNA核苷酸与 2' -0-甲基核苷酸。
84. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中该单链寡核苷酸的该5'核苷酸为LNA核 苷酸。
85. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中这些核苷酸包含通过脱氧核糖核苷酸的 5'端和3'端中的每一个上的至少一个LNA核苷酸侧接的这些脱氧核糖核苷酸。
86. 如权利要求74至85中任一项所述的单链寡核苷酸，进一步包含至少两个核苷酸之 间的硫代磷酸酯核苷酸间键。
87. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中该单链寡核苷酸的3'位置处的核苷酸具 有3'轻基。
88. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中该单链寡核苷酸的该3'位置处的该核苷 酸具有3'硫代磷酸酯。
89. -种长度为5至30个核苷酸的单链寡核苷酸，该单链寡核苷酸具有与调控靶基因 的表达的长的非编码RNA(IncRNA)的至少5个连续核苷酸互补的互补区，其中该寡核苷酸 通过可裂解接头连接至第二寡核苷酸。
90. 如权利要求74所述的单链寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有如权利要求31至73中 任一项所述的单链寡核苷酸的结构。
91. 一种长度为8至40个核苷酸的单链寡核苷酸，该单链寡核苷酸具有与调控蛋白编 码参考基因的表达的PRC2结合的长的非编码RNA(IncRNA)的至少5个连续核苷酸互补的 互补区，其中该IncRNA转录自含有该蛋白编码参考基因的基因组区中与该蛋白编码参考 基因相反的链，其中该单链寡核苷酸结合至该IncRNA中起源于外显子、内含子、外显子、内 含子-外显子接点、5' UTR、3' UTR、翻译起始区或翻译终止区或与它们重叠的区域。
92. -种长度为8至40个核苷酸的单链寡核苷酸，该单链寡核苷酸具有与调节靶基因 的表达的长的非编码RNA(IncRNA)的至少5个连续核苷酸互补的互补区，其中该寡核苷酸 与该IncRNA在该IncRNA的处于该靶基因的转录区之外的区域中具有互补性。
93. -种长度为8至30个核苷酸的单链寡核苷酸，该单链寡核苷酸具有与抑制靶基因 的表达的长的非编码RNA(IncRNA)的至少5个连续核苷酸互补的互补区，其中该寡核苷酸 与该IncRNA在该IncRNA的转录自该靶基因的非编码部分的区域中具有互补性。
94. 一种包含如权利要求31至73中任一项所述的单链寡核苷酸以及载体的组合物。
95. -种在缓冲溶液中的包含如权利要求31至73中任一项所述的单链寡核苷酸的组 合物。
96. -种包含如权利要求31至73中任一项所述的单链寡核苷酸以及药学上可接受的 载体的药物组合物。
97. -种包括容纳如权利要求94至96中任一项所述的组合物的容器的试剂盒。
98. -种配制在药学上可接受的载体中的、长度为8至20个核苷酸的单链RNA寡核苷 酸的组合物，该单链RNA寡核苷酸具有与调控靶基因的表达的长的非编码RNA(IncRNA)的 至少5个连续核苷酸互补的互补区，其中该寡核苷酸的2至19个核苷酸为核苷酸类似物， 其中互补的RNA寡核苷酸不存在于该组合物中。
99. 如权利要求98所述的组合物，其中这些核苷酸类似物是选自由桥连核苷酸、2'氟 以及2' 0-甲基核苷酸组成的组。
100. 如权利要求99所述的组合物，其中该桥连核苷酸为LNA、ENA或cEt核苷酸。
101. 如权利要求98所述的组合物，其中该IncRNA转录自含有该靶基因的基因组区中 与该靶基因相反的链。
102.如权利要求98所述的组合物，其中该寡核苷酸与该IncRNA在该IncRNA的转录自 该靶基因的非编码部分的区域中具有互补性。
103. 如权利要求98所述的组合物，其中该寡核苷酸与该IncRNA在该IncRNA的处于该 靶基因的转录区之外的区域中具有互补性。
104. -种提高细胞内靶基因的表达的方法，该方法包括将如权利要求31至73中任一 项所述的单链寡核苷酸递送到该细胞中。
105. -种提高受试者体内靶基因的水平的方法，该方法包括向该受试者给予如权利要 求31至73中任一项所述的单链寡核苷酸。
106. -种治疗与受试者体内靶基因的降低的水平相关联的病症的方法，该方法包括向 该受试者给予如权利要求31至73中任一项所述的单链寡核苷酸。
107. -种上调基因表达的方法，该方法包括：使细胞与长度为8至30个核苷酸的 单链RNA寡核苷酸相接触，该单链RNA寡核苷酸具有与抑制靶基因的表达的长的非编码 RNA(IncRNA)的至少5个连续核苷酸互补的互补区。
【专利摘要】本发明的方面提供了选择用于激活靶基因的表达的候选寡核苷酸的方法。本发明的另外的方面提供选择一组寡核苷酸的方法，该组寡核苷酸中富集了激活靶基因的表达的寡核苷酸。另外的方面提供调节基因表达的单链寡核苷酸以及包含这些单链寡核苷酸的组合物和试剂盒。还提供了用于使用这些单链寡核苷酸调节基因表达的方法。
【IPC分类】C12N15-11, A61K48-00
【公开号】CN104583398
【申请号】CN201380037158
【发明人】阿瑟·M·克里格, 罗梅什·苏布拉马尼安, 詹姆斯·麦克斯维根, 珍妮·T·李
【申请人】Rana医疗有限公司, 麻省总医院
【公开日】2015年4月29日
【申请日】2013年5月16日
【公告号】CA2873809A1, EP2850189A1, US20150133362, US20150218560, WO2013173652A1