一种早发糖尿病基因突变体及应用_3

文档序号:9501859阅读:来源:国知局
相比,PCR扩增产物的编码蛋白在第3336位的丝氨酸S突变为甘氨酸 G,PCR扩增产物的编码蛋白的核巧酸序列如SEQIDNO. 2所示,即存在P.S3336G突变,贝U 该生物样品属于早发糖尿病。
[0060] 实施例3筛选易患早发糖尿病的生物样品的系统
[0061] 如图4至图6可知,筛选易患早发糖尿病的生物样品的系统,包括核酸提取装置 100、核酸序列确定装置200W及判断装置300。
[0062] 根据本发明的实施例,核酸提取装置100用于从生物样品提取核酸样本。如前所 述,根据本发明的实施例,核酸样本的类型并不受特别限制,对于采用RNA作为核酸样本, 则核酸提取装置进一步包括RNA提取单元101和反转录单元102,其中,提取单元101用于 从生物样品提取RNA样本,反转录单元102与RNA提取单元101相连,用于对RNA样本进行 反转录反应,W便获得cDNA样本,所得到的cDNA样本构成核酸样本。
[0063] 根据本发明的实施例,核酸序列确定装置200与核酸提取装置100相连,用于对核 酸样本进行分析,W便确定核酸样本的核酸序列。如前所示,可W采用测序的方法确定核酸 样本的核酸序列。由此,根据本发明的一个实施例,所述核酸序列确定装置200可W进一步 包括:文库构建单元201W及测序单元202。文库构建单元201用于针对核酸样本,构建核 酸测序文库;测序单元202与文库构建单元201相连,用于对核酸测序文库进行测序,W便 获得由多个测序数据构成的测序结果。如前所述,可W通过PCR扩增,富集早发糖尿病外显 子,进一步提高筛选易患早发糖尿病的生物样品的效率。由此,文库构建单元201可W进一 步包括PCR扩增模块(图中未示出),在该PCR扩增模块中设置有早发糖尿病外显子特异 性引物,W便利用早发糖尿病外显子特异性引物,对所述核酸样本进行PCR扩增,根据本发 明的具体实施例,AQP5外显子特异性引物具有如SEQIDNO:3和4所示的核巧酸序列。由 此,结合最新的测序技术,针对单个位点可W达到较高的测序深度,检测灵敏度和准确性大 大提高,因而能够利用运些测序装置的高通量、深度测序的特点,进一步提高对核酸样本进 行检测分析的效率。从而提高后续对测序数据进行分析时的精确性和准确度。
[0064] 根据本发明的实施例,判断装置300与核酸序列确定装置200相连,适于将核酸样 本的核酸序列进行比对,W便基于核酸样本的核酸序列与现有的野生型早发糖尿病基因的 区别判断生物样品是否易患早发糖尿病。具体地,基于核酸样本的核酸序列与现有野生型 早发糖尿病基因的序列相比,是否具有C. 10006A〉G突变,判断生物样品是否易患早发糖尿 病。根据本发明的具体实例,可W采用SOAP软件进行比对。由此,利用该系统,能够有效地 实施前述筛选易患早发糖尿病的生物样品的方法,从而可W有效地筛选易患早发糖尿病的 生物样品。 阳〇化]实施例4用于筛选易患早发糖尿病的生物样品的试剂盒
[0066] 本发明提出了一种用于筛选易患早发糖尿病的生物样品的试剂盒。根据本发明的 实施例,该用于筛选易患早发糖尿病的生物样品的试剂盒包括:适于检测早发糖尿病基因 突变体的试剂,其中与与现有野生型早发糖尿病基因的序列相比,是否具有C. 10006A〉G突 变。利用根据本发明的实施例的试剂盒,能够有效地筛选易患早发糖尿病的生物样品。在 本文中,所使用的术语"适于检测早发糖尿病基因突变体的试剂"应做广义理解,即可W是 检测早发糖尿病编码基因的试剂,也可W是检测早发糖尿病突变体多肤的试剂,例如可W 采用识别特异性位点的抗体。根据本发明的一个实施例,所述试剂为核酸探针或引物,优选 地,所述核酸探针或引物具有如SEQIDN0:3-4所示的核巧酸序列。由此,可W高效地筛选 易患早发糖尿病的生物样品。
[0067] 实施例5构建体及重组细胞
[0068] 本发明还提出了一种构建体。根据本发明的实施例,该构建体包含前面所述的分 离的编码早发糖尿病基因突变体的核酸,即本发明的早发糖尿病基因突变体。由此,利用 本发明的构建体转化受体细胞获得的重组细胞,能够有效地用于筛选治疗早发糖尿病的药 物。其中,所述受体细胞的种类不受特别限制,例如可W为大肠杆菌细胞、哺乳动物细胞,优 选该受体细胞来源于哺乳动物。
[0069]在本发明中所使用的术语"构建体"是指运样的一种遗传载体,其包含特定核酸序 列,并且能够将目的核酸序列转入宿主细胞中,W获得重组细胞。根据本发明的实施例,构 建体的形式不受特别限制。根据本发明的实施例,其可W为质粒、隧菌体、人工染色体、粘粒 (Cosmid)、病毒的至少一种,优选质粒。质粒作为遗传载体,具有操作简单,可W携带较大片 段的性质,便于操作和处理。质粒的形式也不受特别限制,既可W是环形质粒,也可W是线 性质粒,即可W是单链的,也可W是双链的。本领域技术人员可W根据需要进行选择。在本 发明中所使用的术语"核酸"可W是任何包含脱氧核糖核巧酸或者核糖核巧酸的聚合物,包 括但不限于经过修饰的或者未经修饰的DNA、RNA,其长度不受任何特别限制。对于用于构 建重组细胞的构建体,优选所述核酸为DNA,因为DNA相对于RNA而言,其更稳定,并且易于 操作。
[0070] 实施例6重组细胞
[0071] 根据本发明的实施例,该重组细胞是通过前面所述的构建体转化受体细胞而获得 的。从而,本发明的重组细胞能够表达构建体所携带的早发糖尿病基因突变体。根据本发 明的一些实施例,利用本发明的重组细胞,能够有效地筛选治疗早发糖尿病的药物。根据本 发明的实施例,受体细胞的种类不受特别限制,例如可W为大肠杆菌细胞、哺乳动物细胞, 优选所述受体细胞来源于非人哺乳动物。 阳〇巧实施例7应用例
[0073] 2. 1样本采集
[0074]早发糖尿病(mody)家系包含40个成员,其中患者6名,家系如图3所示。在家系 中选取4位mody患者和1位正常对照作为高通量测序研究样本。收集家族内所有成员(除 了已故的家属)的外周血样,加入邸TA抗凝,-80摄氏度保存。所有血样均签属知情同意 书,并获得伦理委员会批准。 阳0巧]2. 2DNA提取
[0076] 采用全血DNA提取试剂盒从外周血样品中提取DNA;
[0077] 1. 1)取200ul全血(不要取血块)转至一新的1. 5血离屯、管中。
[0078] 1. 2)加入 300ul的ATLbuffer。
[0079] 1. 3)加入 20ul蛋白酶Κ。
[0080] 1. 4)加入 300ul的ALbuffer,在Vo;rtex上震匀 15s(确保Mix充分混匀)。
[0081] 1. 5) 56°C恒溫解育30min.(若用thermomixer,需要mix;若用水浴锅解育则需要 每隔5分钟左右手动摇匀一次)。
[0082]1. 6)解育后取出样品,待降到室溫后加入200ul的无水乙醇(4°C或-20°C冰冻), Vertex15s,室溫静置 3min。
[0083] 2. 2. 2.外显子捕获与测序
[0084] 我们收集到一个4代维吾尔族早发糖尿病(mody)家系,先证者主要表现为膜岛素 分泌相对不足,高血糖。所有家庭成员患者都存在相同的临床表现家族中疾病呈常染色体 显性遗传。我们挑选了家系内4名患者(2-9 ;2-15 ;2-6 ;2-3)和一名正常人(2-7)进行外 显子组测序及数据分析,具体做法如下。
[00化]首先,发明人用NimbleGenSeqCapEZExome(44M)结合Solexa高通量测序技术 对该家系中的两名患者的外显子组序列进行了测序,具体如下:
[0086] 1)将基因
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