组DNA随机打断成200-300bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上 接头制备杂交文库（参见ht1:p://www.illumina.com/提供的Illumina/Solexa标准建库 说明书）。
[0087] 2)文库经纯化后经过ligation-mediatedPCR(LM-PCR)的线性扩增与 BiotinylatedDNALibra巧进行杂交富集，再经过LM-PCR的线性扩增后进行上机测序（图 1和图2)。测序平台为Illumina化seq2000,读取长度为90bp，每个样本的平均测序深度 最少为50。
[0088] 3)测序后获得的原始数据由IlluminabasecallingSoftware1. 7进行处理， 经过过滤去污染、使用SOAPali即er2. 20化1R,LiY,KristiansenK,etal,S0AP:sho;rt oligonucleotidealignmentprogram.Bioinformatics2008,24巧）：713-714;LiR,Yu C,LiY,etal,S0AP2:animprovedultrafasttoolforshortreadalignment. Bioinformatics2009, 25 (15) : 1966-1967.)比对参考基因组，获得比对到基因组上 的Uniquemappedreads。勒1 区域的基因型由SOAPs吨（LiR,LiY,FangX,YangH,et al,SNPdetectionformassivelyparallelwhole-genomeresequencing.GenomeRes 2009, 19 化）：1124-1132.)确定。
[0089] 结果，在运些样本中分别发现：样品2-6有118982个单核巧酸多态性（SNPs) 和7533处的插入/缺失；样品2-15中有113938个单核巧酸多态性（SNPs)和7421处 的插入/缺失；样品2-3中有112059个单核巧酸多态性（SNPs)和7433处的插入/缺 失；样品2-4中有112489个单核巧酸多态性（SNPs)和7548处的插入/缺失；样品2-9 中有107686个单核巧酸多态性（SNPs)和7182处的插入/缺失；样品2-7中有116872 个单核巧酸多态性（SNPs)和7463处的插入/缺失；随后对结果通过四个公共数据库 (dbSNP(vl35) :http://hgclownload·cse.ucsc.edu/R〇ldenPath/hRl9/database/snpl35. txt.Rz. ;!000人：ftp://ftp.lOOORenomes.ebi.ac.uk/voll/ftp或ftp://ftp-trace. nebi.nih.gov/lOOOgenomes/ftp;hapmap:ftp://ftp.nebi.nlm.nih.gov/hapmap、YH数据 库：http://yh.genomics,org.cn)的过滤，去掉所有已知的且在数据库中等位基因频率大 于0.005的变异。
[0090] 然后根据遗传模式是常染色体显性且假设为全外显率的情况下，选择在4个患 者中存在，在正常对照中不存在的罕见杂合突变作为候选基因，在mody 13个家族成员中 进行验证；只有在MDN1基因中的杂合错义突变（C. A10006G，p. S3336G)存在共分离，且在 各种预测软件中预测为有害突变（P〇lyphen2;LRT ;MutationTaste;r ;MutationAssesso;r ; FATHMM；GERP++ ；PhyloP；SiPhy)〇
[0091] 因此，MDNl是早发性糖尿病的致病基因。
【主权项】
1. 一种早发糖尿病基因突变体，其特征在于，其核苷酸序列如SEQIDNO. 1所示。2. -种早发糖尿病基因突变体编码蛋白，其特征在于，其氨基酸序列如SEQIDNO. 2所 不。3. -种筛选易患早发糖尿病的生物样品的系统，其特征在于，包括： 核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本； 核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连，用于对所述核 酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列； 判断装置，所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，以便基于所述核酸样本的核 酸序列与现有野生型早发糖尿病基因的序列相比，是否具有c. 10006A>G突变，判断所述生 物样品是否易患早发糖尿病。4. 根据权利要求3所述的筛选易患早发糖尿病的生物样品的系统，其特征在于，所述 核酸提取装置进一步包括：RNA提取单元，所述RNA提取单元用于从所述生物样品提取RNA 样本；以及反转录单元，所述反转录单元与所述RNA提取单元相连，用于对所述RNA样本进 行反转录反应，以便获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样本。5. 根据权利要求4所述的筛选易患早发糖尿病的生物样品的系统，其特征在于，所述 核酸序列确定装置进一步包括：文库构建单元，所述文库构建单元用于针对所述核酸样本， 构建核酸测序文库；以及测序单元，所述测序单元与所述文库构建单元相连，用于对所述核 酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果。6. 根据权利要求5所述的筛选易患早发糖尿病的生物样品的系统，其特征在于，所述 文库构建单元进一步包括：PCR扩增模块，所述PCR扩增模块中设置有早发糖尿病基因特异 性引物，以便利用所述特异性引物，对所述核酸样本进行PCR扩增，所述早发糖尿病基因特 异性引物包括正向引物和反向引物，正向引物的序列如SeqID. 3所示；反向引物的序列如 SeqID. 4 所示。7. -种用于筛选易患早发糖尿病的生物样品的试剂盒，其特征在于，包括适于检测早 发糖尿病基因突变体的试剂；所述试剂为核酸探针或者引物；所述核酸探针或者引物具有 SEQIDNO. 3和SEQIDNO. 4所示的核苷酸序列。8. -种构建体，其特征在于，包含权利要求1所述的早发糖尿病基因突变体。9. 一种重组细胞，其特征在于，所述重组细胞是通过表达权利要求9所述的构建体转 化受体细胞而获得的。10. -种构建药物筛选模型的方法，其特征在于，包括：使动物的至少一部分细胞表达 权利要求1所述的早发糖尿病基因突变体。
【专利摘要】本发明公开了一种早发糖尿病基因突变体，其核苷酸序列如SEQ？ID？NO.1所示。本发明还公开了一种早发糖尿病基因突变体编码蛋白，其氨基酸序列如SEQ？ID？NO.2所示。本发明还公开了一种筛选易患早发糖尿病的生物样品的系统，本发明发现早发性糖尿病(mody)的一个新的致病基因。以此为基础，可用于早期筛查早发性糖尿病(mody)致病突变基因携带者，进而在携带者发病之前进行早期干预治疗；也可用于早发性糖尿病(mody)患者的分子诊断及与相关疾病的鉴别诊断。该技术具有快速、准确、高效、简便、早期诊断率高等优点，检测结果可以为早发性糖尿病(mody)的早期诊断、鉴别诊断及开发早发性糖尿病(mody)治疗药物提供科学依据。
【IPC分类】C07K14/47, C12Q1/68, C12N5/10, C12M1/34, A01K67/027, C12N15/12, C12N15/63
【公开号】CN105255902
【申请号】CN201510742283
【发明人】帕它木·莫合买提, 哈木拉提·吾甫尔, 戴兰兰, 伊力哈木江·依马木, 热沙来提·阿不都瓦衣特, 张建国, 方明艳, 木哈达斯·吐尔逊依明, 托兰古丽·买买提库尔班, 祖力卡提阿依·阿布都拉
【申请人】新疆医科大学
【公开日】2016年1月20日
【申请日】2015年11月4日