专利名称：诊断慢性心脏同种异体移植物排斥的方法
技术领域：
本发明涉及使用基因组表达图谱、蛋白质组表达图谱或基因组和蛋白质组表达图 谱的组合诊断心脏同种异体移植物的慢性排斥的方法。
背景技术：
移植被视作具有末期生命器官衰竭的患者的主要疗法。尽管诸如环孢菌素和他罗 利姆等免疫抑制剂的可用性已经提高了同种异体移植物受体存活和健康，但尽可能早地和 尽可能精确地鉴别同种异体移植物的排斥和有效地监视和调节免疫抑制药物的剂量，对于 同种异体移植物受体的持续存活仍然非常重要。
通常将同种异体移植物的排斥描述为受体对供体组织表达的非自身抗原的免疫 应答的结果。急性排斥可能发生在移植后数天或数周内，而慢性排斥可能是更慢的过程，发 生在移植后数月或数年后。
目前，侵入性活组织检查，例如心内膜心肌、肝核心和肾细针抽吸活组织检查，被 广泛视作监督和诊断同种异体移植物排斥的黄金标准，但是侵入性操作具有它们自身的风 险(例如 Mehra MR，等人 Curr. Opin. Cardiol. 2002 Mar ； 17 (2) :131-136.) 由于取样误 差和观察人员之间的差异性，活组织检查结果也可能产生再现性和判读问题，尽管可利用 国际指南例如Banff纲要(用于分级肝同种异体移植物排斥)(Ormonde等人1999. Liver Transplantation 5:261-268)或修订的 ISHLT 移植级别(Stewart 等人 2005。J Heart Lung Transplant, 2005 ；24 :1710-20).尽管已经开发了侵入性更低的(成像)技术，例如 用于监视慢性心脏排斥的血管造影术和IVUS，这些替代方案也容易具有与活组织检查有关 的那些类似的局限性。
心脏同种异体移植物血管病(CAV)的发展被广泛地视作心脏移植受体的长期生 存的一个关键限制因素和同种异体移植物的慢性排斥(CR)的一个指示。现在，最常用的 检测CAV的标准是冠状血管造影术，这是侵入性的且相对不灵敏的操作。CAV的典型特征 是沿着心脏同种异体移植物中受侵袭的冠状血管的长度的血管损伤和同心纤维性内膜增 生/血管损害。由于CAV被视作活过移植后第一年的患者的主要死因，早期检测已经变得 日益重要。但是，CAV的早期诊断经常是一项困难的任务，这部分地由于缺少缺血的临床症 状(由心脏去神经支配导致)。目前，将冠状血管造影术用作CAV的标准诊断。血管内超 声(IVUQ是一种相对更灵敏的技术，虽然没有广泛用于移植中心，但是是诊断CAV的另一 个工具(综述Ikhmauss等人，2008. Circulationl 17 :2131-2141)。生命期望也受到慢性 排斥作用的影响——心脏受体的长期(即10年)存活率大致是50%，很大程度上受到心脏 同种异体移植物血管病(CAV)的发展(随着慢性排斥(CR)的表达)的限制。
可以将通过活组织检查测得的急性同种异体移植物排斥的严重性分级，以提供标准化的参照标准。国际心肺移植分级学会(International Society for Heart and Lung Transplantation scale, ISHLT)为心脏移植受试者提供了分级活组织检查样品的方法 (表 1)。
表1 用于组织病理学活组织检查分析的急性心脏移植排斥的国际心肺移植学会分级
权利要求
1.测定受试者的慢性同种异体移植物排斥状态的方法，该方法包含下述步骤a.测定来自受试者的生物样品中的一种或超过一种基因组标志物的基因组表达图谱， 所述基因组标志物选自CHPT1、RPS26、GBP3、KLRC1/KLRC2、ZCCHC2,242907_at, CLEC2B、 PDK4、0SBP2 和 IFIT5 ；b.将一种或超过一种基因组标志物的表达图谱与对照图谱进行对比；和c.测定一种或超过一种基因组标志物的表达水平是否相对于对照图谱升高或降低； 其中一种或超过一种基因组标志物的升高或降低是受试者的慢性排斥状态的指示。
2.权利要求1的方法，其中0SBP2相对于无排斥者图谱升高，且CHPT1、RPS26、GBP3、 KLRC1/KLRC2、ZCCHC2,242907_at, CLEC2B、PDK4 和 IFIT5 相对于对照图谱降低。
3.权利要求1的方法，其中所述对照图谱获自无排斥的同种异体移植物受体受试者或 非同种异体移植物受体受试者。
4.权利要求1的方法，另外包括得到一个或多个临床变量的值。
5.权利要求1的方法，另外包括在步骤a)中，测定选自表6的一种或多种标志物的 表达。
6.权利要求1的方法，其中通过检测与所述一种或超过一种标志物相对应的RNA序列 来测定所述一种或超过一种基因组标志物的表达图谱。
7.权利要求1的方法，其中通过PCR测定所述一种或超过一种基因组标志物的基因组 表达图谱。
8.权利要求1的方法，其中通过杂交测定所述一种或超过一种基因组标志物的基因组 表达图谱。
9.权利要求9的方法，其中所述杂交是与寡核苷酸杂交。
10.测定受试者的慢性同种异体移植物排斥状态的方法，该方法包含下述步骤a.测定来自受试者的生物样品中的一种或超过一种蛋白质组标志物的蛋白质组表达 图谱，所述蛋白质组标志物选自由IGFBP3、MST1、CDH5、C1QB、CFHR2、CPNU APOB, HBB、GC和 C9编码的多肽；b.将所述一种或超过一种蛋白质组标志物的表达图谱与对照图谱进行对比；和c.测定所述一种或超过一种蛋白组标志物的表达水平是否相对于对照图谱升高或降低；其中所述一种或超过一种蛋白质组标志物水平的升高或降低是受试者的慢性排斥状 态的指示。
11.权利要求10的方法，其中由CFHR2、CPm、AP0B、HBB、GC和C9编码的多肽的水平相 对于对照图谱升高，且由IGFBP3、MST1、CDH5和ClQB编码的多肽的水平相对于对照图谱升尚ο
12.权利要求10的方法，其中所述对照图谱获自无排斥的同种异体移植物受体受试者 或非同种异体移植物受体受试者。
13.权利要求10的方法，另外包括得到一个或多个临床变量的值。
14.权利要求10的方法，其中通过免疫测定法测定蛋白质组表达图谱。
15.权利要求10的方法，其中通过ELISA测定蛋白质组表达图谱。
16.权利要求10的方法，其中通过质谱法测定蛋白质组表达图谱。
17.权利要求10的方法，其中通过同位素或同重元素标记方法测定蛋白质组表达图谱。
18.权利要求1的方法，其中所述对照是自体对照。
19.权利要求10的方法，其中所述对照是自体对照。
20.使用基因组和蛋白质组标志物的组合集合测定受试者的慢性同种异体移植物排斥 状态的方法，该方法包含a)测定来自受试者的生物样品中的CHPT1、GBP3、242907_at和CLEC2B基因组标志物 的基因组表达图谱；b)测定生物样品中蛋白质组标志物的蛋白质组表达图谱，所述蛋白质组标志物选自由 CFHR2、CPNUGC和ClQB编码的多肽；c)将基因组和蛋白质组表达图谱与对照图谱进行对比；和d)测定基因组和蛋白质组标志物的基因组或蛋白质组表达水平是否相对于对照图谱 升高或降低，其中基因组标志物CLDC2B、CHPTl、242907_at、GB3的升高和由CFHR2、CPm和 GC编码的多肽的升高以及由ClQB编码的多肽的降低是受试者的慢性排斥状态的指示。
全文摘要
本发明涉及使用基因组表达图谱、蛋白质组表达图谱或基因组和蛋白质组表达图谱的组合来诊断心脏同种异体移植物的慢性排斥的方法。
文档编号C40B30/04GK102037142SQ200980118627
公开日2011年4月27日 申请日期2009年4月9日 优先权日2008年4月10日
发明者B·麦克马努斯, D·林, G·科赫恩弗罗伊, J·威尔森-麦克马努斯, P·科欧文, R·巴尔肖, R·恩格, R·麦克马斯特, Z·霍兰德 申请人:不列颠哥伦比亚大学