由8碳化合物生产6碳单体的方法与流程

相关申请的交叉引用

本发明要求于2014年11月26日提交的美国申请62/085,089的权益，其全部内容被引用于此作为参考。

本发明提供用于生产6碳单体的非天然存在的方法。本发明提供了使用单加氧酶生物合成7-羟基辛酸，并且使用一种或多种具有醇脱氢酶活性的多肽、具有单加氧酶活性的多肽和具有酯酶活性的多肽，或使用表达一种或多种这样的酶的重组宿主细胞，将7-羟基辛酸酶促转化为6-羟基己酸。本发明还涉及使用一种或多种分离的酶如具有脱氢酶、还原酶、氨基水解酶、脱酰基酶、n-乙酰转移酶、单加氧酶和转氨酶活性的多肽，或使用表达一种或多种这样的酶的重组宿主细胞，将6-羟基己酸转化为己二酸、6-氨基己酸、六亚甲基二胺、己内酰胺和1,6-己二醇中的一种或多种的方法。

背景技术：

尼龙是通常通过二胺与二羧酸的缩聚而合成的聚酰胺。类似地，尼龙也可以通过内酰胺的缩聚制备。普遍存在的尼龙是尼龙6,6，它是通过六亚甲基二胺(hmd)和己二酸的反应生成的。尼龙6可以通过己内酰胺的开环聚合制备。因此，己二酸、六亚甲基二胺和己内酰胺是尼龙生产中的重要中间体(anton&baird，polyamidesfibers，encyclopediaofpolymerscienceandtechnology，2001)。

工业上，己二酸和己内酰胺是通过环己烷的空气氧化制备的。在一系列步骤中，环己烷的空气氧化产生环己酮(k)和环己醇(a)的混合物，其被称为ka油。ka油的硝酸氧化产生己二酸(musser，hexanedioicacid，ullmann'sencyclopediaofindustrialchemistry，2000)。己内酰胺通过环己酮的肟和随后的酸重排由环己酮生产(fuchs，kieczka和moran，caprolactam，ullmann'sencyclopediaofindustrialchemistry，2000)。

工业上，六亚甲基二胺(hmd)是通过将c6结构单元氢氰化为己二腈、随后氢化成hmd而制备的(herzog和smiley，hexamethylenediamine，ullmann'sencyclopediaofindustrialchemistry，2012)。

考虑到对石化原料的依赖，生物技术通过生物催化提供了一种替代方法。生物催化是使用生物催化剂，如酶，进行有机化合物的生物化学转化。

生物衍生原料和石油化学原料都是生物催化过程的可行起始材料。

技术实现要素：

因此，在此背景下，显然需要一种生产己二酸、己内酰胺、6-氨基己酸、6-羟基己酸、六亚甲基二胺和1,6-己二醇中的一种或多种的可持续方法，其中该方法基于生物催化剂。

该文件至少部分地基于以下发现：可使用单加氧酶、仲醇脱氢酶和酯酶中的至少一种来构建生物化学途径，以将8碳化合物如辛酸转化为6-羟基己酸，其可以在一个或多个酶促步骤中被转化为己二酸、6-氨基己酸、六亚甲基二胺、己内酰胺或1,6-己二醇。辛酸例如可以使用硫酯酶由辛酰基-[acp]或辛酰基-coa制备、使用醛脱氢酶从辛醛制备、或使用脱羧酶和醛脱氢酶从2-氧代壬酸制备。己二酸和己二酸盐、6-羟基己酸和6-羟基己酸盐以及6-氨基己酸和6-氨基己酸盐在本文中可互换使用，是指任何其中性或离子形式的化合物，包括其任何盐形式。本领域技术人员应理解，具体形式将取决于ph。

面对最优原则，出人意料地发现，可以组合合适的非天然途径、原料、宿主微生物、对宿主的生化网络的弱化策略和培养策略，以有效地产生作为c6结构单元的6-羟基己酸盐，或将6-羟基己酸盐转化成其它c6结构单元，例如己二酸、6-氨基己酸、六亚甲基二胺、己内酰胺或1,6-己二醇。

在一方面，本发明特征在于一种制备7-羟基辛酸的方法。该方法包括使用分类为ec.1.14.14.1的单加氧酶(例如与seqidno:18中所示氨基酸序列具有至少70％序列同一性的单加氧酶)将辛酸酶促转化为7-羟基辛酸。该方法还可包括使用仲醇脱氢酶(例如与在seqidno:19中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性的仲醇脱氢酶)、归类为ec1.14.13.-的单加氧酶(例如，与在seqidno:20或seqidno:21中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性的单加氧酶)和酯酶(例如，归类为ec3.1.1.1或ec3.1.1.3的酯酶，如与在seqidno:22中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的酯酶)将7-羟基辛酸酶促转化为6-羟基己酸。辛酸可通过使用硫酯酶将辛酰基-[acp]或辛酰基-coa转化为辛酸而制备。硫酯酶可与在seqidno:1、15、16或17中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性。辛酸也可使用脱羧酶和醛脱氢酶由2-氧代壬酸制备。脱羧酶可与在seqidno:23中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性。

本发明特征还在于用于生物合成6-羟基己酸的方法。该方法包括：使用硫酯酶(例如，与在seqidno:1、15、16或17中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性的硫酯酶)和归类为ec1.14.14.1的单加氧酶(例如，与在seqidno:18中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的单加氧酶)从辛酰基-coa或辛酰基-[acp]酶促合成7-羟基辛酸，以及使用仲醇脱氢酶(例如，与在seqidno:19中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性的仲醇脱氢酶)、归类为ec1.14.13.-的单加氧酶(例如，与在seqidno:20或seqidno:21中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性的单加氧酶)和酯酶(例如，归类为ec3.1.1.1或ec3.1.1.3的酯酶，如与在seqidno:22中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的酯酶)将7-羟基辛酸酶促转化为6-羟基己酸。

在另一方面，本发明的特征在于用于生物合成6-羟基己酸的方法，其包括使用脱羧酶(例如，与在seqidno:23中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的脱羧酶)、醛脱氢酶和归类为ec1.14.14.1的单加氧酶(例如，与在seqidno:18中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的单加氧酶)由2-氧代壬酸酶促合成7-羟基辛酸，并使用仲醇脱氢酶(例如，与在seqidno:19中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性的仲醇脱氢酶)、归类为ec1.14.13.-的单加氧酶(例如，与在seqidno:20或seqidno:21中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性的单加氧酶)和酯酶(例如，归类为ec3.1.1.1或ec3.1.1.3的酯酶，如与在seqidno:22中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的酯酶)将7-羟基辛酸酶促转化为6-羟基己酸。

任何所述方法可进一步包括在一个或多个步骤中将6-羟基己酸酶促转化为己二酸、6-氨基己酸、己内酰胺、六亚甲基二胺或1,6-己二醇。

例如，可使用单加氧酶、伯醇脱氢酶、6-羟基己酸脱氢酶、7-氧代庚酸脱氢酶、6氧代己酸脱氢酶、5-氧代戊酸脱氢酶或醛脱氢酶中的一种或多种将6-羟基己酸转化为己二酸。

例如，可使用伯醇脱氢酶、6-羟基己酸脱氢酶、5-羟基戊酸脱氢酶、4-羟基丁酸脱氢酶和ω-转氨酶(如，与seqidno.7–12中示出的任何氨基酸序列具有至少70％序列同一性的ω-转氨酶)中的一种或多种将6-羟基己酸转化为6-氨基己酸。可使用羧酸还原酶(如，与seqidno2–6中示出的氨基酸序列之一具有至少70％序列同一性的羧酸还原酶)和ω-转氨酶(如，与seqidno.7–12中示出的任何氨基酸序列具有至少70％序列同一性的ω-转氨酶)中的一种或多种将6-氨基己酸转化为六亚甲基二胺。

例如，可使用伯醇脱氢酶、6-羟基己酸脱氢酶、5-羟基戊酸脱氢酶、4-羟基丁酸脱氢酶、ω-转氨酶(例如，与seqidno.7–12中示出的任何氨基酸序列具有至少70％序列同一性的ω-转氨酶)和酰胺水解酶中的一种或多种将6-羟基己酸转化为己内酰胺。

例如，可使用羧酸还原酶(如，与seqidno2–6中示出的氨基酸序列之一具有至少70％序列同一性的羧酸还原酶)、ω-转氨酶(如，与seqidno.7–12中示出的任何氨基酸序列具有至少70％序列同一性的ω-转氨酶)、伯醇脱氢酶、n-乙酰转移酶和乙酰基腐胺脱酰基酶中的一种或多种将6-羟基己酸转化为六亚甲基二胺。

例如，使用羧酸还原酶和醇脱氢酶将6-羟基己酸转化为1,6-己二醇。

在本发明公开的任何方法中，己二酸可通过以下方法产生：使用(i)被归类于ec1.2.1.3的醛脱氢酶；(ii)5-氧代戊酸脱氢酶；(iii)被归类于ec1.2.1.63的6-氧代己酸脱氢酶，如由chne编码的那些；或被归类于ec1.2.1.-的7-氧代庚酸脱氢酶(如，thng的基因产物)；或(iv)细胞色素p450家族中的单加氧酶，在己二酸半醛(也被称为6-氧代己酸)中形成第二末端官能团。

在本发明公开的任何方法中，可使用被归类于ec2.61.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82中的ω-转氨酶通过在己二酸半醛中形成第二末端官能团来产生6-氨基己酸。

在本发明公开的任何方法中，可使用归类为ec3.5.2.-的酰胺水解酶由6-氨基己酸产生己内酰胺。与己内酰胺相关的酰胺键由6-氨基己酸的末端羧基和末端氨基产生。

在本发明公开的任何方法中，可通过在以下化合物中形成第二末端官能团来制备六亚甲基二胺：(i)6-氨基己醛，使用被归类于ec.2.61.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82中的ω-转氨酶；或(ii)n6-乙酰基-1,6-二氨基己烷，使用被归类于例如ec3.5.1.17中的脱酰基酶。

在本发明公开的任何方法中，可通过在6-羟基己醛中形成第二末端官能团来制备1,6-己二醇，其中使用被归类于ec.1.1.1.-(如，1、2、21或184)中的醇脱氢酶，如由ymr318c、yqhd或caa81612.1编码的那些。

在一些实施方案中，生物给料可为以下物质或可衍生自以下物质：单糖、二糖、木质纤维素、半纤维素、纤维素、木质素、乙酰丙酸和甲酸、甘油三酯、甘油、脂肪酸、农业废物、浓缩的酒糟可溶物或城市废物。

在一些实施方案中，非生物给料可为以下物质或可衍生自以下物质：天然气、合成气、co2/h2、甲醇、乙醇、苯甲酸、来自环己烷氧化过程的非挥发性残留物(nvr)或者碱洗废物流，或对苯二甲酸/异酞酸混合物废物流。

在一些实施方案中，宿主微生物对高浓度的一种或多种c6结构单元的耐受可以通过在选择环境中连续培养来改善。

在一些实施方案中，弱化或增强所述宿主微生物的生物化学网络，来(1)保证乙酰-coa或丙二酰基-[acp]的细胞内可用度；(2)创造nadh或nadph不平衡，其仅可通过形成一个或多个c6结构单元来平衡；(3)阻止通向并包括c6结构单元的中心代谢物、中心前体的降解；和(4)保证从细胞的高效流出。

在一些实施方案中，使用非周期性培养策略以实现厌氧、微需氧或需氧的培养条件。

在一些实施方案中，使用周期性培养策略在厌氧和需氧的培养条件之间转换。

在一些实施方案中，所述培养策略包括限制营养，如限制氮、磷酸盐或氧。

在一些实施方案中，通过单一类型的微生物(如含有一种或多种外源性核酸的重组宿主)使用非周期性或周期性的发酵策略产生一个或多个c6结构单元。

在一些实施方案中，通过共培养超过一种类型的微生物(如两种或更多种不同的重组宿主)来产生一个或多个c6结构单元，其中每种宿主含有特定的一组外源性核酸。

在一些实施方案中，可通过连续发酵来产生一个或多个c6结构单元，其中可将来自在先发酵的肉汤或浓缩物作为给料来源、中心代谢物或中心前体给料至一连串发酵；最终产生c6结构单元。

本发明特征还在于包含至少一种外源性核酸的重组宿主，所述外源性核酸编码：(i)被归类于ec1.14.14.1的单加氧酶；(ii)硫酯酶，或脱羧酶和醛脱氢酶；(iii)仲醇脱氢酶；(iv)被归类于ec.1.14.13.-的单加氧酶；和(v)酯酶，所述宿主产生6-羟基己酸。被归类于ec1.14.14.1的单加氧酶可与seqidno:18中示出的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。硫酯酶可与seqidno:1、15、16或17中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性。脱羧酶可与seqidno:23中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性。被归类于ec1.14.13.-的单加氧酶可与seqidno:20或seqidno:21中示出的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。酯酶可与seqidno:22中示出的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。仲醇脱氢酶可与seqidno:19中示出的氨基酸序列具有至少70％同一性。

所述产生6-羟基己酸的重组宿主可进一步包含以下外源性酶中的一种或多种：单加氧酶、伯醇脱氢酶、5-氧代戊酸脱氢酶、6-羟基己酸脱氢酶、7-氧代庚酸脱氢酶、6-氧代己酸脱氢酶或醛脱氢酶，所述宿主还产生己二酸。

所述产生6-羟基己酸的重组宿主还可包含以下外源性酶中的一种或多种：转氨酶、6-羟基己酸脱氢酶、5-羟基戊酸脱氢酶、4-羟基丁酸脱氢酶和伯醇脱氢酶，所述宿主还产生6-氨基己酸。该宿主还可包含外源性酰胺水解酶，该宿主还产生己内酰胺。

所述产生6-羟基己酸的重组宿主还可包含以下外源性酶中的一种或多种：羧酸还原酶、ω-转氨酶、脱酰基酶、n-乙酰基转移酶或伯醇脱氢酶，所述宿主还产生六亚甲基二胺。

所述产生6-羟基己酸的重组宿主还可包含外源性羧酸还原酶和外源性伯醇脱氢酶，所述宿主还产生1,6-己二醇。

任何所述重组宿主可为原核生物，如选自以下菌属的原核生物：埃希氏菌属(escherichia)；梭菌属(clostridia)；棒状杆菌属(corynebacteria)；贪铜菌属(cupriavidus)；假单胞菌属(pseudomonas)；代尔夫特菌属(delftia)；芽胞杆菌属(bacilluss)；乳酸杆菌属(lactobacillus)；乳球菌属(lactococcus)；和红球菌属(rhodococcus)。例如，所述原核生物可选自大肠杆菌(escherichiacoli)、杨氏梭菌(clostridiumljungdahlii)、自产乙醇梭菌(clostridiumautoethanogenum)、克氏梭菌(clostridiumkluyveri)、谷氨酸棒状杆菌(corynebacteriumglutamicum)、钩虫贪铜菌(cupriavidusnecator)、耐金属贪铜菌(cupriavidusmetallidurans)、荧光假单胞菌(pseudomonasfluorescens)、恶臭假单胞菌(pseudomonasputida)、食油假单胞菌(pseudomonasoleavorans)、食酸代尔夫特菌(delftiaacidovorans)、枯草芽胞杆菌(bacillussubtillis)、德氏乳杆菌(lactobacillusdelbrueckii)、乳酸乳球菌(lactococcuslactis)和马红球菌(rhodococcusequi)。该原核生物还可为用于构建本发明所述的能够产生c6结构单元的重组宿主细胞的基因来源。

任何所述重组宿主可为真核生物，如选自以下菌属的真核生物：曲霉属(aspergillus)、酵母属(saccharomyces)、毕赤氏酵母属(pichia)、耶罗维亚酵母属(yarrowia)、伊萨酵母属(issatchenkia)、德巴利酵母属(debaryomyces)、arxula和克鲁维酵母属(kluyveromyces)。例如，所述真核生物可选自黑曲霉(aspergillusniger)、酿酒酵母(saccharomycescerevisiae)、巴斯德毕赤酵母(pichiapastoris)、解脂耶罗维亚酵母(yarrowialipolytica)、东方伊萨酵母(issathenkiaorientalis)、汉逊德巴利酵母(debaryomyceshansenii)、arxulaadenoinivorans和乳酸克鲁维酵母(kluyveromyceslactis)。该真核生物还可为用于构建本发明所述的能够产生c6结构单元的重组宿主细胞的基因来源。

本发明所述的任意重组宿主进一步可以包括弱化一种或多种以下酶：聚羟基链烷酸合酶、乙酰-coa硫酯酶、形成乙酸的磷酸转乙酰酶、乙酸激酶、乳酸脱氢酶、甲基萘醌(menaquinol)-延胡索酸氧化还原酶、产生异丁醇的2-酮酸脱羧酶、形成乙醇的醇脱氢酶、磷酸丙糖异构酶、丙酮酸脱羧酶、葡萄糖-6-磷酸异构酶、消耗nadh的转氢酶、nadh特异性的谷氨酸脱氢酶、nadh/nadph利用型谷氨酸脱氢酶、庚二酰-coa脱氢酶；接受c6结构单元和中心前体作为底物的酰基-coa脱氢酶；丁酰-coa脱氢酶；或己二酰-coa合成酶。

本发明所述的任意重组宿主进一步可以过表达编码以下酶的一种或多种基因：乙酰-coa合成酶、6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶；转酮醇酶；吡啶核苷酸转氢酶；甘油醛-3p-脱氢酶；苹果酸酶；葡萄糖-6-磷酸脱氢酶；葡萄糖脱氢酶；果糖1,6二磷酸酶；l-丙氨酸脱氢酶；l-谷氨酸脱氢酶；甲酸脱氢酶；l-谷氨酰胺合酶；特异性5-羟基戊酸脱氢酶、特异性5-氧代戊酸脱氢酶；丙酸coa-连接酶；二胺转运体、二羧酸转运体；和/或多药物转运体。

在一方面，本发明的特征在于产生生物衍生的6碳化合物的方法。所述用于产生生物衍生的6碳化合物的方法可包括在一定条件下和足够的时间内培养或生长本发明所述的重组宿主以产生生物衍生的6碳化合物，其中，任选地，所述生物衍生的6碳化合物选自己二酸、6-氨基己酸、六亚甲基二胺、己内酰胺或1,6-己二醇及其组合。

在一方面，本发明的特征在于组合物，其包含本发明所述的生物衍生的6碳化合物和除所述生物衍生的6碳化合物以外的化合物，其中所述生物衍生的6碳化合物选自己二酸、6-氨基己酸、六亚甲基二胺、己内酰胺或1,6-己二醇及其组合。例如，所述生物衍生的6碳化合物为宿主细胞或生物体的细胞部分。

本发明特征还在于生物基聚合物，其包含生物衍生的己二酸、6-氨基己酸、六亚甲基二胺、己内酰胺或1,6-己二醇及其组合。

本发明特征还在于生物基树脂，其包含生物衍生的己二酸、6-氨基己酸、六亚甲基二胺、己内酰胺或1,6-己二醇及其组合，以及通过使生物基树脂成型而获得的成型产品。

在另一方面，本发明的特征在于用于产生生物基聚合物的工艺，其包括使生物衍生的己二酸、6-氨基己酸、六亚甲基二胺、己内酰胺或1,6-己二醇与其自身或产生聚合物的反应中的其它化合物进行化学反应。

在另一方面，本发明的特征在于用于产生生物基树脂的工艺，其包括使生物衍生的己二酸、6-氨基己酸、六亚甲基二胺、己内酰胺或1,6-己二醇与其自身或产生树脂的反应中的其它化合物进行化学反应。

此外，本发明描述了生物化学网络，其包含具有单加氧酶、醇脱氢酶和酯酶活性的一种或多种多肽，以将8碳化合物如辛酸酶促转化为6-羟基己酸。

所述生物化学网络还可包含具有硫酯酶活性的多肽或具有醛脱氢酶活性的多肽或具有脱羧酶活性的多肽。

所述生物化学网络还可包含一种或多种具有单加氧酶、伯醇脱氢酶、6-羟基己酸脱氢酶、7-氧代庚酸脱氢酶、6-氧代己酸脱氢酶、5-氧代戊酸脱氢酶和/或醛脱氢酶的活性的多肽，以将6-羟基己酸酶促转化为己二酸。

所述生物化学网络还可包含一种或多种具有伯醇脱氢酶、6-羟基己酸脱氢酶、5-羟基戊酸脱氢酶、4-羟基丁酸脱氢酶和/或ω-转氨酶(如，与seqidno.7–12中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的ω-转氨酶)的活性的多肽，以将6-羟基己酸酶促转化为6-氨基己酸。

所述生物化学网络还可包含一种或多种具有以下酶活性的多肽：伯醇脱氢酶、6-羟基己酸脱氢酶、5-羟基戊酸脱氢酶、4-羟基丁酸脱氢酶、ω-转氨酶(例如，与seqidno.7–12中所示的任一氨基酸序列具有至少70％的序列同一性的ω-转氨酶)和/或酰胺水解酶，以将6-羟基己酸酶促转化为己内酰胺。

所述生物化学网络还可包含一种或多种具有羧酸还原酶(如，与seqidno2–6中示出的氨基酸序列之一具有至少70％序列同一性的羧酸还原酶)、ω-转氨酶(如，与seqidno.7–12中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的ω-转氨酶)、伯醇脱氢酶、n-乙酰转移酶和/或乙酰基腐胺脱酰基酶的活性的多肽，以将6-羟基己酸酶促转化为六亚甲基二胺。

所述生物化学网络还可包含一种或多种具有羧酸还原酶和/或醇脱氢酶的活性的多肽，以将6-羟基己酸酶促转化为1,6-己二醇。

在一方面，所述生物化学网络为非天然存在的生物化学网络，其包含图1至图5中的至少一种底物、至少一种编码具有图1至图5的至少一种酶的活性的多肽的外源性核酸和图1至图5中的至少一种产物。

在本发明的一个方面，描述了用于形成图1至图5的至少一种化合物的步骤。在本发明的一个方面，描述了用于形成图1至图5的至少一种化合物的手段。

在一方面，本发明的特征还在于生物衍生的产品、生物基产品或发酵衍生的产品，其中所述产品包含：i.组合物，其包含根据图1-5中任一个的至少一种生物衍生的、生物基的或发酵衍生的化合物或其任何组合；ii.生物衍生的、生物基的或发酵衍生的聚合物，其包含i中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的组合物或化合物或其任何组合；iii.生物衍生的、生物基的或发酵衍生的树脂，其包含i中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的化合物或生物衍生的、生物基的或发酵衍生的组合物或其任何组合或ii中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的聚合物或其任何组合；iv.通过使ii中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的聚合物或iii中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的树脂或其任何组合成型而获得的成型物质；v.生物衍生的、生物基的或发酵衍生的制剂，其包含i中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的组合物、i的生物衍生的、生物基的或发酵衍生的化合物、ii中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的聚合物、iii中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的树脂或iv中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的成型物质或其任何组合；或vi.生物衍生的、生物基的或发酵衍生的半固体或非半固体的流，其包含i中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的组合物、i中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的化合物、ii中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的聚合物、iii中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的树脂、v中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的制剂或iv中所述生物衍生的、生物基的或发酵衍生的成型物质或其任何组合。

在另一方面，本发明提供了核酸构建体或表达载体，其包含：(a)编码具有单加氧酶活性的多肽的多核苷酸，其中所述多核苷酸可操作地连接至一个或多个指导所述多肽的产生的异源性控制序列，并且其中所述具有单加氧酶活性的多肽选自与seqidno:18的多肽具有至少70％序列同一性的多肽；(b)编码具有酯酶活性的多肽的多核苷酸，其中所述多核苷酸可操作地连接至一个或多个指导所述多肽的产生的异源性控制序列，并且其中所述具有酯酶活性的多肽选自与seqidno:22的多肽具有至少70％序列同一性的多肽；(c)编码具有硫酯酶活性的多肽的多核苷酸，其中所述多核苷酸可操作地连接至一个或多个指导所述多肽的产生的异源性控制序列，并且其中所述具有硫酯酶活性的多肽选自与seqidno:1、15、16或17的多肽具有至少70％序列同一性的多肽；或(d)编码具有脱羧酶活性的多肽的多核苷酸，其中所述多核苷酸可操作地连接至一个或多个指导所述多肽的产生的异源性控制序列，并且其中所述具有脱羧酶活性的多肽选自与seqidno:23的多肽具有至少70％序列同一性的多肽；或(e)编码具有醇脱氢酶活性的多肽的多核苷酸，其中所述多核苷酸可操作地连接至一个或多个指导所述多肽的产生的异源性控制序列，并且其中所述具有醇脱氢酶活性的多肽选自与seqidno:21的多肽具有至少70％序列同一性的多肽；或(f)编码具有ω-转氨酶活性的多肽的多核苷酸，其中所述多核苷酸可操作地连接至一个或多个指导所述多肽的产生的异源性控制序列，并且其中所述具有ω-转氨酶活性的多肽选自与seqidno:7-12的多肽具有至少70％序列同一性的多肽；或(g)编码具有羧酸还原酶活性的多肽的多核苷酸，其中所述多核苷酸可操作地连接至一个或多个指导所述多肽的产生的异源性控制序列，并且其中所述具有羧酸还原酶活性的多肽选自与seqidno:2–6或24的多肽具有至少70％序列同一性的多肽；或(h)编码具有以下酶的活性的多肽的多核苷酸：单加氧酶、伯醇脱氢酶、6-羟基己酸脱氢酶、7-氧代庚酸脱氢酶、6-氧代己酸脱氢酶、5-氧代戊酸脱氢酶、醛脱氢酶、5-羟基戊酸脱氢酶、4-羟基丁酸脱氢酶、羧酸还原酶、n-乙酰转移酶、乙酰基腐胺脱酰基酶或ω-转氨酶。本发明还提供了包含上述核酸构建体或表达载体的组合物。

本领域技术人员理解，当母体化合物中存在的酸性质子被金属离子替换或与有机碱配位时，含有羧酸基团的化合物(包括但不限于有机单酸、羟基酸、氨基酸和二羧酸)形成或转化为其离子盐形式，所述金属离子如碱金属离子，碱土金属离子或铝离子。可接受的有机碱包括但不限于乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、氨基丁三醇、n-甲基葡糖胺等。可接受的无机碱包括但不限于氢氧化铝、氢氧化钙、氢氧化钾、碳酸钠、氢氧化钠等。本发明的盐作为盐分离，或通过加入酸或用酸性离子交换树脂处理将ph降低到低于pka而转化为游离酸。

本领域技术人员理解，例如通过向胺中加入酸性质子形成铵盐使含有胺基的化合物(包括但不限于有机胺、氨基酸和二胺)形成或转化成其离子盐形式，所述铵盐为与无机酸形成的，如盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、磷酸等；或为与有机酸形成的，所述有机酸包括但不限于乙酸、丙酸、己酸、环戊烷丙酸、乙醇酸、丙酮酸、乳酸、丙二酸、琥珀酸、苹果酸、马来酸、富马酸、酒石酸、柠檬酸、苯甲酸、3-(4-羟基苯甲酰基)苯甲酸、肉桂酸、扁桃酸、甲磺酸、乙磺酸、1,2-乙烷二磺酸、2-羟基乙磺酸、苯磺酸、2-萘磺酸、4-甲基双环-[2.2.2]辛-2-烯-1-羧酸、葡庚糖酸、4,4'-亚甲基双-(3-羟基-2-烯-1-羧酸)、3-苯基丙酸、三甲基乙酸、叔丁基乙酸、月桂基硫酸、葡萄糖酸、谷氨酸、羟基萘甲酸、水杨酸、硬脂酸、粘康酸等。可接受的无机碱包括但不限于氢氧化铝、氢氧化钙、氢氧化钾、碳酸钠、氢氧化钠等。将本发明的盐作为盐分离，或通过加入碱或用碱性离子交换树脂处理将ph升高至pkb以上而转化为游离胺。

本领域技术人员理解，通过以下方式，含有胺基和羧酸基团的化合物(包括但不限于氨基酸)形成或转化为其离子盐形式：1)与无机酸形成酸加成盐，所述无机酸包括但不限于盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、磷酸等；或与有机酸形成酸加成盐，所述有机酸包括但不限于乙酸、丙酸、己酸、环戊烷丙酸、乙醇酸、丙酮酸、乳酸、丙二酸、琥珀酸、苹果酸、马来酸、富马酸、酒石酸、柠檬酸、苯甲酸、3-(4-羟基苯甲酰基)苯甲酸、肉桂酸、扁桃酸、甲磺酸、乙磺酸、1,2-乙二磺酸、2-羟基乙磺酸、苯磺酸、2-萘磺酸、4-甲基双环-[2.2.2]辛-2-烯-1-羧酸、葡庚糖酸、4,4'-亚甲基双-(3-羟基-2-烯-1-羧酸)、3-苯基丙酸、三甲基乙酸、叔丁基乙酸、月桂基硫酸、葡萄糖酸、谷氨酸、羟基萘甲酸、水杨酸、硬脂酸、粘康酸等。可接受的无机碱包括但不限于氢氧化铝、氢氧化钙、氢氧化钾、碳酸钠、氢氧化钠等；或2)母体化合物中存在的酸性质子被金属离子如碱金属离子、碱土金属离子或铝离子置换或与有机碱配位。可接受的有机碱包括但不限于乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、氨基丁三醇、n-甲基葡糖胺等。可接受的无机碱包括但不限于氢氧化铝、氢氧化钙、氢氧化钾、碳酸钠、氢氧化钠等。本发明的盐可作为盐分离，或者通过加入酸或用酸性离子交换树脂处理将ph降低至低于pka而转化为游离酸。

除非另有定义，本发明使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同。尽管与本发明所述的相似或相当的方法和材料可用于实践本发明，但合适的方法和材料如下所述。本发明提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参考文献通过引用整体并入本发明。在冲突的情况下，以本说明书为准，包括定义。另外，材料、方法和实施例仅是说明性的而不是限制性的。

在附图和下面的描述中阐述本发明的一个或多个实施例的细节。本发明的其它特征、对象和优点将通过说明书和附图以及权利要求书变得清楚。根据专利法的标准做法，权利要求中的词语“包括”可以由“基本上由...组成”或“由...组成”代替。

附图简述

图1为通向6-羟基己酸的示例性生化途径的示意图，其中使用辛酰基-[acp]、辛酰基-coa或2-氧代壬酸作为中心代谢物。

图2为通向己二酸的示例性生化途径的示意图，其中使用6-羟基己酸作为中心前体。

图3为通向6-氨基己酸的示例性生化途径的示意图(其中使用6-羟基己酸作为中心前体)和由6-氨基己酸通向己内酰胺的生化途径的示意图。

图4为通向六亚甲基二胺的示例性生化途径的示意图，其中使用6-氨基己酸、6-羟基己酸、己二酸半醛或1,6-己二醇作为中心前体。

图5为通向1,6-己二醇的示例性生化途径的示意图，其中使用6-羟基己酸作为中心前体。

图6包含以下氨基酸序列：多形拟杆菌(bacteroidesthetaiotaomicron)硫酯酶(参见genbank登记号aao77182，seqidno:1)、海分枝杆菌(mycobacteriummarinum)羧酸还原酶(参见genbank登记号acc40567.1，seqidno:2)、耻垢分枝杆菌(mycobacteriumsmegmatis)羧酸还原酶(参见genbank登记号abk71854.1，seqidno:3)、segniliparusrugosus羧酸还原酶(参见genbank登记号efv11917.1，seqidno:4)、脓肿分枝杆菌博氏亚种(mycobacteriumabscessussubsp.bolletii)羧酸还原酶(参见genbank登记号eiv11143.1，seqidno:5)、segniliparusrotundus羧酸还原酶(参见genbank登记号adg98140.1，seqidno:6)、紫色色杆菌(chromobacteriumviolaceum)ω-转氨酶(参见genbank登记号aaq59697.1，seqidno:7)、铜绿假单胞菌(pseudomonasaeruginosa)的ω-转氨酶(参见genbank登记号aag08191.1，seqidno:8)、丁香假单胞菌(pseudomonassyringae)ω-转氨酶(参见genbank登记号aay39893.1，seqidno:9)、球形红杆菌(rhodobactersphaeroides)ω-转氨酶(参见genbank登记号aba81135.1，seqidno:10)、大肠杆菌ω-转氨酶(参见genbank登记号aaa57874.1，seqidno:11)、河流弧菌(vibriofluvialis)ω-转氨酶(参见genbank登记号aea39183.1，seqidno:12)；枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(phosphopantetheinyltransferase)(参见genbank登记号caa44858.1，seqidno:13)、诺卡氏菌属(nocardiasp.)nrrl5646磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(参见genbank登记号abi83656.1，seqidno:14)、植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)硫酯酶(参见genbank登记号ccc78182.1，seqidno:15)、四联消化厌氧球菌(anaerococcustetradius)硫酯酶(参见genbank登记号eei82564.1，seqidno:16)、产气荚膜梭菌(clostridiumperfringens)硫酯酶(参见genbank登记号abg82470.1，seqidno:17)、巨大芽孢杆菌(bacillusmegaterium)单加氧酶(参见genbank登记号aaa87602.1，seqidno:18)、藤黄微球菌(micrococcusluteus)醇脱氢酶(参见genbank登记号add83022.1，seqidno:19)、戈登氏菌属(gordoniasp.)ty-5丙酮单加氧酶(参见genbank登记号baf43791.1，seqidno:20)、迪茨氏菌属(dietziasp.)d单加氧酶(参见genbank登记号agy78320.1，seqidno:21)、荧光假单胞菌羧基酯酶(genbank登记号aab60168；seqidno:22)和鼠伤寒沙门氏杆菌(salmonellatyphimurium)脱羧酶(参见genbank登记号cac48239.1，seqidno:23)。

图7的条形图总结了20分钟后在340nm吸光度的变化，其是仅含酶的对照(无底物)中nadph的消耗量和羧酸还原酶的活性的量度。

图8为20分钟后在340nm吸光度的变化的条形图，其为相对于空载体对照，nadph消耗量和羧酸还原酶将6-羟基己酸转化为6-羟基己醛的活性的量度。

图9为20分钟后在340nm吸光度的变化的条形图，其为相对于空载体对照，nadph消耗量和羧酸还原酶将n6-乙酰基-6-氨基己酸转化为n6-乙酰基-6-氨基己醛的活性的量度。

图10为20分钟后在340nm吸光度的变化的条形图，其为相对于空载体对照，nadph消耗量和羧酸还原酶将己二酸半醛转化为己二醛的活性的量度。

图11为总结了在4小时后丙酮酸向l-丙氨酸的转化百分比(mol/mol)的条形图，其为仅含酶的对照(无底物)的ω-转氨酶活性的量度。

图12为24小时后丙酮酸向l-丙氨酸的转化百分比(mol/mol)的条形图，其为相对于空载体对照，将6-氨基己酸转化为己二酸半醛的ω-转氨酶活性的量度。

图13为4小时后l-丙氨酸向丙酮酸的转化百分比(mol/mol)的条形图，其为相对于空载体对照，将己二酸半醛转化为6-氨基己酸的ω-转氨酶活性的量度。

图14为4小时后丙酮酸向l-丙氨酸的转化百分比(mol/mol)的条形图，其为相对于空载体对照，将六亚甲基二胺转化为6-氨基己醛的ω-转氨酶活性的量度。

图15为4小时后丙酮酸向l-丙氨酸的转化百分比(mol/mol)的条形图，其为相对于空载体对照，将n6-乙酰基-1,6-二氨基己烷转化为n6-乙酰基-6-氨基己醛的ω-转氨酶活性的量度。

图16为4小时后丙酮酸向l-丙氨酸的转化百分比(mol/mol)的条形图，其为相对于空载体对照，将6-氨基己醇转化为6-氧代己醇的ω-转氨酶活性的量度。

发明详述

一般而言，本申请提供酶、非天然途径、培养策略、给料、宿主微生物和对宿主的生物化学网络的弱化，以产生6-羟基己酸或己二酸、己内酰胺、6-氨基己酸、六亚甲基二胺或1,6-己二醇中的一种或多种，上述全部在这里被称为“c6结构单元”。如本发明所使用的，术语“中心前体”用于表示本发明所示的通向c6结构单元的合成的任意代谢途径中的任意代谢物。术语“中心代谢物”在本发明中用于表示在所有微生物中生产以支持生长的代谢产物。

本发明中描述的宿主微生物可以包含可以操作为使得可生成6-羟基己酸或一种或多种其它c6结构单元的内源途径。在一种内源途径中，宿主微生物天然表达催化途径内的反应的所有酶。含有工程化途径的宿主微生物不天然表达催化途径内的反应的所有酶，但是已经工程化改造为使得在宿主中表达途径内的所有酶。

如本发明中提及核酸(或蛋白质)和宿主使用的，术语“外源”指不像其在自然界中被发现一样存在于特定类型细胞中(并且不能从特定类型细胞获得)的核酸或由所述核酸编码的蛋白质。如此，非天然存在的核酸一旦在宿主中即视为对于宿主而言外源的。重要的是注意，非天然存在的核酸可含有在自然界中发现的核酸序列的核酸亚序列或片段，只要该核酸作为整体不存在于自然界中。例如，表达载体内含有基因组dna序列的核酸分子是非天然存在的核酸，如此一旦导入宿主中对于宿主细胞而言是外源的，因为该核酸分子作为整体(基因组dna加载体dna)不存在于自然界中。如此，作为整体不存在于自然界中的任何载体、自主复制的质粒或病毒(例如逆转录病毒、腺病毒、或疱疹病毒)视为非天然存在的核酸。由此得出结论通过pcr或限制内切性核酸酶处理产生的基因组dna片段以及cdna也视为非天然存在的核酸，因为它们作为未见于自然界的分开的分子存在。由此还得出结论任何以未见于自然界中的排布含有启动子序列和多肽编码序列(例如cdna或基因组dna)的任何核酸也是非天然存在的核酸。天然存在的核酸可以是对于特定宿主微生物而言外源的。例如，从酵母x的细胞分离的完整染色体一旦将该染色体导入酵母y的细胞中就酵母y细胞而言是外源核酸。

比较而言，如本发明中提及核酸(例如基因)(或蛋白质)和宿主使用的，术语“内源的”指就像其在自然界中被发现一样的确存在于特定宿主中(并且可以从特定宿主获得)的核酸(或蛋白质)。此外，“内源表达”核酸(或蛋白质)的细胞就像其在自然界中被发现时相同特定类型的宿主那样表达所述核酸(或蛋白质)。此外，“内源生成”核酸、蛋白质、或其它化合物的宿主就像其在自然界中被发现时相同特定类型的宿主那样生成所述核酸、蛋白质、或化合物。

例如，取决于所述宿主和由所述宿主生产的化合物，除了单加氧酶以外，所述宿主中可以表达一种或多种以下酶：酯酶、脱羧酶、硫酯酶、醛脱氢酶、醇脱氢酶、5-氧代戊酸脱氢酶、6-氧代己酸脱氢酶、7-氧代庚酸脱氢酶、ω-转氨酶、6-羟基己酸脱氢酶、5-羟基戊酸脱氢酶、4-羟基丁酸脱氢酶、羧酸还原酶、脱酰基酶、n-乙酰基转移酶或酰胺水解酶。重组宿主可以包括两种或更多种不同的外源性单加氧酶(例如，两种、三种或四种不同的单加氧酶)。在表达单加氧酶的重组宿主中，还可以表达电子转移链蛋白如氧化还原酶或铁氧化还原蛋白多肽。在表达羧酸还原酶的重组宿主中，还可以表达磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶，因为其提高羧酸还原酶的活性。

例如，重组宿主可以包含硫酯酶并产生辛酸。

例如，重组宿主可包含与醛脱氢酶组合的脱羧酶并产生辛酸。

例如，重组宿主可包含一种或多种外源性单加氧酶并产生7-羟基辛酸，其可被转化为6-羟基己酸。该宿主还可包含外源性硫酯酶或外源性脱羧酶以及外源性醛脱氢酶。

例如，重组宿主可包含外源性单加氧酶和以下外源性酶中的一种或多种：酯酶、硫酯酶、脱羧酶、醛脱氢酶、仲醇脱氢酶和/或不同的单加氧酶，并产生6-羟基己酸。

例如，重组宿主可包含第一外源性单加氧酶、与第一外源性单加氧酶不同的第二外源性单加氧酶、外源性仲醇脱氢酶和外源性酯酶，并产生6-羟基己酸。例如，重组宿主可包含第一外源性单加氧酶、与第一外源性单加氧酶不同的第二外源性单加氧酶、硫酯酶、外源性仲醇脱氢酶和外源性酯酶，并产生6-羟基己酸。例如，重组宿主可包含第一外源性单加氧酶、与第一外源性单加氧酶不同的第二外源性单加氧酶、脱羧酶、醛脱氢酶、外源性仲醇脱氢酶和外源性酯酶，并产生6-羟基己酸。

例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含以下外源性酶中的一种或多种：单加氧酶、醇脱氢酶、5-氧代戊酸脱氢酶、6-羟基己酸脱氢酶、7-氧代庚酸脱氢酶、6-氧代己酸脱氢酶或醛脱氢酶，并进一步产生己二酸。例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含外源性单加氧酶并产生己二酸。例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含外源性6-羟基己酸脱氢酶和醛脱氢酶并产生己二酸。例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含外源性醇脱氢酶和以下外源性酶中的一种：5-氧代戊酸脱氢酶、6-氧代己酸脱氢酶或7-氧代庚酸脱氢酶，并产生己二酸。

例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含以下外源性酶中的一种或多种：伯醇脱氢酶、6-羟基己酸脱氢酶或转氨酶，并进一步产生6-氨基己酸。例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含外源性伯醇脱氢酶和外源性转氨酶并产生6-氨基己酸。例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含外源性6-羟基己酸脱氢酶和外源性转氨酶并产生6-氨基己酸。任何这些宿主都可进一步包含外源性酰胺水解酶并进一步产生己内酰胺。

例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含以下外源性酶中的一种或多种：羧酸还原酶、ω-转氨酶、脱酰基酶、n-乙酰基转移酶或伯醇脱氢酶，并产生六亚甲基二胺。例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含外源性羧酸还原酶、外源性伯醇脱氢酶以及一种或多种外源性转氨酶(如，一种转氨酶或两种不同的转氨酶)，并产生六亚甲基二胺。例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含外源性羧酸还原酶和一种或多种外源性转氨酶(如，一种转氨酶或两种不同的转氨酶)，并产生六亚甲基二胺。例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含外源性伯醇脱氢酶、外源性羧酸还原酶和一种或多种外源性转氨酶(如，一种转氨酶或者两种或三种不同的转氨酶)，并产生六亚甲基二胺。例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含外源性伯醇脱氢酶、外源性n-乙酰基转移酶、羧酸还原酶、脱酰基酶以及一种或多种外源性转氨酶(如，一种转氨酶或两种不同的转氨酶)，并产生六亚甲基二胺。

例如，产生6-羟基己酸的重组宿主可包含以下外源性酶中的一种或多种：羧酸还原酶和外源性伯醇脱氢酶，并进一步产生1,6-己二醇。

在工程化途径中，所述酶可以来自单个来源，即，来自于一个物种或属，或可以来自于多个来源，即，不同的物种或属。编码本发明所述的酶的核酸已经从多种生物鉴定，并在公共数据库例如genbank或embl中容易获得。

如本发明所用，当提及特定酶(例如醇脱氢酶)时，是指具有特定酶活性的多肽(例如具有醇脱氢酶活性的多肽)。

本发明所述的可用于生产一种或多种c6结构单元的任意酶可以与对应野生型酶的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)。应当理解所述序列同一性可以基于成熟的酶(例如移除了任意信号序列)，或基于未成熟酶(例如，包括任何信号序列)确定。还应当理解，最初的甲硫氨酸残基可以存在也可以不存在于本发明所述的任何酶序列上。

例如，本发明所述的硫酯酶可以与来自以下的硫酯酶的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)：多形拟杆菌(参见genbank登记号aao77182,seqidno:1)、植物乳杆菌(参见genbank登记号ccc78182.1,seqidno:15)、四联消化厌氧球菌(参见genbank登记号eei82564.1,seqidno:16)或产气荚膜梭菌(参见genbank登记号abg82470.1,seqidno:17)。参见图6。

例如，本发明所述的羧酸还原酶可以与来自以下的羧酸还原酶的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)：海分枝杆菌(参见genbank登记号acc40567.1,seqidno:2)、耻垢分枝杆菌(参见genbank登记号abk71854.1,seqidno:3)、segniliparusrugosus(参见genbank登记号efv11917.1,seqidno:4)、脓肿分枝杆菌博氏亚种(参见genbank登记号eiv11143.1,seqidno:5)、或segniliparusrotundus(参见genbank登记号adg98140.1,seqidno:6)。参见图6。

例如，本发明所述的ω-转氨酶可以与来自以下的ω-转氨酶的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)：紫色色杆菌(参见genbank登记号aaq59697.1,seqidno:7)、铜绿假单胞菌(参见genbank登记号aag08191.1,seqidno:8)、丁香假单胞菌(参见genbank登记号aay39893.1,seqidno:9)、球形红杆菌(参见genbank登记号aba81135.1,seqidno:10)、大肠杆菌(参见genbank登记号aaa57874.1,seqidno:11)或河流弧菌(参见genbank登记号aea39183.1,seqidno:12)。这些ω-转氨酶中的一些为二胺ω-转氨酶。参见图6。

例如，本发明所述的磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶可以与来自以下的磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)：枯草芽孢杆菌磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(参见genbank登记号caa44858.1,seqidno:13)或诺卡氏菌属nrrl5646磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(参见genbank登记号abi83656.1,seqidno:14)。参见图6。

例如，本发明所述的醇脱氢酶可以与来自以下的仲醇脱氢酶的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)：藤黄微球菌(genbank登记号add83022.1；seqidno:19)。参见图6。

例如，本发明所述的单加氧酶可以与以下氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)：巨大芽孢杆菌单加氧酶(参见genbank登记号aaa87602.1,seqidno:18)、戈登氏菌属ty-5丙酮单加氧酶(参见genbank登记号baf43791.1,seqidno:20)和迪茨氏菌属单加氧酶(参见genbank登记号agy78320.1,seqidno:21)。参见图6。

例如，本发明所述的酯酶可以与以下氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)：荧光假单胞菌羧基酯酶(genbank登记号aab60168；seqidno:22)。参见图6。

例如，本发明所述的脱羧酶可以与以下氨基酸序列具有至少70％的序列同一性(同源性)(例如至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)：鼠伤寒沙门氏杆菌脱羧酶(genbank登记号cac48239.1；seqidno:23)。参见图6。

两个氨基酸序列之间的同一性(同源性)百分比可以如下确定。首先，使用来自单机版blastz的blast2sequence(bl2seq)程序比对氨基酸序列，所述单机版blastz含有blastp2.0.14版本。blastz的这一单机版可以从fish&richardson的网站(例如www.fr.com/blast/)或者美国政府的nationalcenterforbiotechnologyinformation网站(www.ncbi.nlm.nih.gov)上获得。解释如何使用bl2seq程序的说明可以在blastz随附的自述文件中找到。bl2seq使用blastp算法进行两个氨基酸序列之间的比较。为了比较两个氨基酸序列，bl2seq的选项如下设定：-i设置为含有待比较的第一个氨基酸序列的文件(例如c:\seq1.txt)；-j设置为含有待比较的第二个氨基酸序列的文件(例如c:\seq2.txt)；-p设置为blastp；-o设置为任意所需的文件名(例如c:\output.txt)；所有其它选项保留其默认设置。例如，以下命令可以用于生成含有两个氨基酸序列之间比较的输出文件：c:\bl2seq–ic:\seq1.txt–jc:\seq2.txt–pblastp–oc:\output.txt。如果两个比较的序列共有同源性(同一性)，则指定的输出文件将呈现那些同源区域作为比对序列。如果两个比较序列不具有同源性(同一性)，则指定的输出文件将不呈现比对序列。除了使用blastn外，可以遵循类似的程序用于核酸序列。

一旦比对后，匹配的数量通过计数两个序列中都出现的相同氨基酸残基位置的数量来确定。百分比同一性(同源性)通过将匹配的数量除以多肽氨基酸序列全长的长度，接着将所得值乘以一百来确定。应当注意百分比同一性(同源性)值四舍五入到最近的十分位。例如，78.11、78.12、78.13和78.14舍到78.1，而78.15、78.16、78.17、78.18和78.19入到78.2。还应当注意所述长度值总是整数。

应当理解若干核酸可以编码具有特定氨基酸序列的多肽。遗传密码子的简并是本领域公知的，即对于许多氨基酸，存在多于一种核苷酸三联体作为该氨基酸的密码子。例如，可以使用对于该物种适合的密码子偏好表修饰所给酶的编码序列中的密码子，来得到在特定物种(例如细菌或真菌)中的最优表达。

本发明所述的任意酶的功能片段也可以用于本申请的方法。术语“功能片段”在本发明中用于指代蛋白的肽片段，其具有相应成熟、全长、野生型蛋白的至少25％(例如至少30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、95％、98％、99％、100％；或甚至超过100％)的活性。所述功能片段通常可以是，但不总是由蛋白的连续区域组成，其中所述区域具有功能活性。

本申请还提供(i)用于本申请方法的酶的功能变体和(ii)上文所述功能片段的功能变体。酶和功能片段的功能变体可以含有相对于对应野生型序列的增加、缺失或取代。带有取代的酶通常具有不多于50个(例如不多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、12、15、20、25、30、35、40或50)氨基酸取代(例如保守取代)。这适用于本发明所述的任意酶和功能片段。保守取代是一个氨基酸对具有相似特性的另一个氨基酸的取代。保守取代包括下组中的取代：缬氨酸、丙氨酸和甘氨酸；亮氨酸、缬氨酸和异亮氨酸；天冬氨酸和谷氨酸；天冬酰胺和谷氨酰胺；丝氨酸、半胱氨酸和苏氨酸；赖氨酸和精氨酸；以及苯丙氨酸和酪氨酸。非极性疏水氨基酸包括丙氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和甲硫氨酸。极性中性氨基酸包括甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。带正电的(碱性)氨基酸包括精氨酸、赖氨酸和组氨酸。带负电的(酸性)氨基酸包括天冬氨酸和谷氨酸。上述极性、碱性或酸性组中一个成员被同组另一个成员的任意取代认为是保守取代。相比之下，非保守取代是一个氨基酸对具有不相似特性的另一个氨基酸的取代。

缺失变体可以缺少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个氨基酸片段(由两个或更多氨基酸组成)或非连续的单个氨基酸。增加(增加变体)包括含有下述项的融合蛋白：(a)本发明所述的任意酶或其片段；和(b)内部或末端(c或n)不相关或异源的氨基酸序列。在此类融合蛋白的语境中，术语“异源氨基酸序列”指代除了(a)以外的氨基酸序列。异源性序列可以是，例如，用于重组蛋白纯化的序列(例如flag、多聚组氨酸(例如六聚组氨酸)、血细胞凝集素(ha)、谷胱甘肽-s-转移酶(gst)、或麦芽糖结合蛋白(mbp))。异源性序列也可以是作为可检测标记物有用的蛋白，例如萤光素酶、绿色荧光蛋白(gfp)、氯霉素乙酰转移酶(cat)。在一些实施方案中，所述融合蛋白含有来自于另一个蛋白的信号序列。在某些宿主细胞中(例如酵母宿主细胞)，目标蛋白的表达和/或分泌可以通过使用异源性信号序列增加。在一些实施方案中，所述融合蛋白可以含有载体(例如klh)(例如在引起免疫应答抗体产生中有用)或er或高尔基体驻留信号。异源性序列可以具有不同的长度，并在一些情况下可以是比该异源性序列所附着的全长目标蛋白更长的序列。

工程化宿主可以天然不表达或表达一些(例如一种或更多、两种或更多、三种或更多、四种或更多、五种或更多、或六种或更多)本发明所述途径的酶。因此，工程化宿主中的途径可以包括所有外源性的酶，或可以包括内源性和外源性酶。也可以扰乱工程化宿主的内源性基因来阻止不需要的代谢产物的形成，或通过作用于中间物的其它酶阻止所述途径中该中间物的流失。工程化的宿主可称为重组宿主或重组宿主细胞。如本发明所述重组宿主可以包括编码以下一种或多种物质的核酸：单加氧酶、酯酶、脱氢酶、脱羧酶、还原酶、酰胺水解酶、硫酯酶、酰化酶、n-乙酰转移酶或转氨酶，如本发明所述。

另外，可以使用本发明所述的分离的酶，使用来自于作为所述酶的来源的宿主微生物的裂解物(例如细胞裂解物)，或使用来自于作为所述酶的来源的不同宿主微生物的多种裂解物，在体外进行c6结构单元的生产。

本发明所述的途径的反应可以在一种或多种宿主菌株中进行，所述宿主菌株：(a)天然表达一种或多种相关酶，(b)遗传工程化以表达一种或多种相关酶或(c)天然表达一种或多种相关酶并被遗传工程化以表达一种或多种相关酶。或者，相关酶可以从上述类型的宿主细胞中分离、纯化或提取，并以纯化或半纯化的形式使用。此外，这些提取物包括裂解物(例如细胞裂解物)，其可以用作相关酶的来源。在文献提供的方法中，所有步骤都可以在宿主细胞中进行、所有步骤都可以使用提取的酶进行、或一些步骤可以在细胞中进行且其他步骤可以使用提取的酶进行。

生成6-羟基己酸的酶

如图1中所示，6-羟基己酸可使用硫酯酶(如，酰基-acp硫酯酶或酰基-coa硫酯酶)、两种不同的单加氧酶、仲醇脱氢酶和酯酶由辛酰基-[acp]或辛酰基-coa生物合成。

如图1中所示，6-羟基己酸可使用脱羧酶和醛脱氢酶、两种不同的单加氧酶、仲醇脱氢酶和酯酶由2-氧代壬酸生物合成。

被归类于ec.3.1.2.-并对c8链长具有特异性且对于水解c8acp-活化的脂肪酸具有高特异性的硫酯酶可用于将辛酰基-[acp]转化为辛酸。例如，该硫酯酶可与seqidno:1、15、16或17中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性。参见图1和图6。

被归类于ec3.1.2.-(例如ec3.1.2.20)且对于水解中链至长链的酰基-coa具有特异性的硫酯酶可用于将辛酰基-coa转化为辛酸。例如，该硫酯酶可与seqidno:1、15、16或17中示出的氨基酸序列具有至少70％的序列同一性。参见图1和图6。

被归类于ec.4.1.1.-(如，ec4.1.1.43或ec4.1.1.74)的脱羧酶可用于将2-氧代壬酸转化为辛醛。例如，脱羧酶可与seqidno:23中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性。参见图1和图6。

被归类于ec.1.2.1.-(如，ec1.2.1.3、ec1.2.1.4、ec1.2.1.5或ec1.2.1.48)的醛脱氢酶可用于将辛醛转化为辛酸。

被归类于ec.1.1.1.-(如ec1.1.1.1、ec1.1.1.b3、ec1.1.1.b4或ec1.1.1.80)的醇脱氢酶(如，仲醇脱氢酶)可用于将7-羟基辛酸转化为7-氧代-辛酸。例如，与seqidno:19中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的仲醇脱氢酶。

被归类于ec.1.14.14.1的单加氧酶用于将辛酸转化为7-羟基辛酸。例如，可使用与seqidno:18中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的单加氧酶。在一些实施方案中，可使用在seqidno:18中具有一个或多个(如，2,3,4,5,6,7,8,9,10,11或12个)以下突变的多肽：v78a,h138y,t175i,v178i,a184v,h236q,e252g,r255s,a290v,a295t,l353v或a82l。该变体对于生成(ω-1)羟基c8脂族碳化合物具有高度选择性(peters等，j.am.chem.soc.,2003,125,13442–13450；fasan等，j.mol.biol.,2008,383,1069–1080)。

被归类于ec.1.14.13.-的单加氧酶可用于将7-氧代-辛酸转化为6-乙酰氧基己酸。例如，可使用与seqidno:20或seqidno:21中示出的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的单加氧酶(bisagni等，ambexpress,2014,4,23)。

被归类于ec.3.1.1.-的酯酶如被归类于ec.3.1.1.1的羧基酯酶或被归类于ec.3.1.1.6的乙酰基酯酶可用于将6-乙酰氧基己酸转化为6-羟基己酸。例如，酯酶可为来自唐菖蒲伯克霍尔德菌(burkholderiagladioli)或荧光假单胞菌的estc(seqidno:22)的基因产物。参见图1和图6。

在己二酸的生物合成中生成末端羧基的酶

如图2中所示，导致产生己二酸的末端羧基使用醛脱氢酶、琥珀酸-半醛脱氢酶、5-氧代戊酸脱氢酶、6-氧代己酸脱氢酶、7-氧代庚酸脱氢酶或单加氧酶通过酶形成。

在一些实施方案中，导致合成己二酸的第二末端羧基可在己二酸半醛中通过被归类于ec.1.2.1.3的醛脱氢酶通过酶合成(guerrillot&vandecasteele,eur.j.biochem.,1977,81,185–192)。参见图2。

在一些实施方案中，导致合成己二酸的第二末端羧基在己二酸半醛中通过ec.1.2.1.-通过酶合成，所述脱氢酶如：例如被归类为ec1.2.1.20的戊二酸半醛脱氢酶(如cpne的基因产物)、例如被归类为ec1.2.1.63的6-氧代己酸脱氢酶(如来自不动杆菌属(acinetobactersp.)的chne的基因产物)或7-氧代庚酸脱氢酶(如来自sphingomonasmacrogolitabida的thng的基因产物)(iwaki等，appl.environ.microbiol.,1999,65(11),5158–5162；等，appl.environ.microbiol.,2010,76(1),110-118))。参见图2。

在一些实施方案中，导致合成己二酸的第二末端羧基在己二酸半醛中通过细胞色素p450家族中的单加氧酶如cyp4f3b通过酶合成(参见，如，sanders等，j.lipidresearch,2005,46(5):1001-1008；sanders等，thefasebjournal,2008,22(6):2064–2071)。参见图2。

在六亚甲基二胺或6-氨基己酸的生物合成中生成末端氨基的酶

如图3和图4中所示，末端氨基可使用ω-转氨酶或脱酰基酶通过酶合成。

在一些实施方案中，导致合成6-氨基己酸的末端氨基在己二酸半醛中通过酶合成，其中通过使用：例如被归类为ec2.6.1.-(如ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82)的ω-转氨酶，如获自紫色色杆菌(genbank登记号aaq59697.1，seqidno:7)、铜绿假单胞菌(genbank登记号aag08191.1，seqidno:8)、丁香假单胞菌(genbank登记号aay39893.1，seqidno:9)、球形红杆菌(genbank登记号aba81135.1，seqidno:10)、河流弧菌(genbank登记号aea39183.1，seqidno:12)、灰色链霉菌或clostridiumviride的那些。例如被归类为ec2.6.1.29或ec2.6.1.82的ω-转氨酶中的一些为二胺ω-转氨酶(如，seqidno:11)。参见图3。

来自紫色色杆菌的可逆ω-转氨酶(genbank登记号aaq59697.1,seqidno:7)已经显示了接受6-氨基己酸作为氨基供体的类似活性，因此在己二酸半醛中形成第一末端氨基(kaulmann等，enzymeandmicrobialtechnology,2007,41,628–637)。

来自灰色链霉菌的可逆4-氨基丁酸:2-氧代戊二酸转氨酶已经显示了将6-氨基己酸转化为己二酸半醛的活性(yonaha等，eur.j.biochem.,1985,146,101-106)。

来自clostridiumviride可逆的5-氨基戊酸转氨酶已经显示了将6-氨基己酸转化为己二酸半醛的活性(barker等，j.biol.chem.,1987,262(19),8994–9003)。

在一些实施方案中，导致合成六亚甲基二胺的第二末端氨基在6-氨基己醛中通过酶合成，其通过：例如被归类为ec2.6.1.29或例如被归类为ec2.6.1.82的二胺转氨酶，如来自大肠杆菌的ygjg的基因产物(genbank登记号aaa57874.1,seqidno:11)。seqidno:7-10和12中示出的转氨酶也可用来产生六亚甲基二胺。参见图4。

ygjg的基因产物接受宽范围的二胺碳链长度的底物，如腐胺、尸胺和精脒(samsonova等，bmcmicrobiology,2003,3:2)。

来自大肠杆菌菌株b的二胺转氨酶已显示了对1,7-二氨基庚烷的活性(kim,thejournalofchemistry,1964,239(3),783–786)。

在一些实施方案中，导致合成六亚甲基二胺的第二末端氨基在n6-乙酰基-1,6-二氨基己烷中通过酶合成，其通过例如被归类为ec3.5.1.17的脱酰基酶，如酰基赖氨酸脱酰基酶。

在1,6-己二醇的生物合成中生成末端羟基的酶

如图5所示，末端羟基可使用醇脱氢酶通过酶合成。例如，导致合成1,6-己二醇的第二末端羟基可在6-羟基己醛中通过酶合成，其中使用被归类于ec.1.1.1.-(如，ec1.1.1.1、1.1.1.2、1.1.1.21或1.1.1.184)的醇脱氢酶，如ymr318c或yqhd的基因产物(liu等，microbiology,2009,155,2078–2085；larroy等，2002,biochemj.,361(pt1),163–172；jarboe,2011,appl.microbiol.biotechnol.,89(2),249-257)；或genbank登记号为caa81612.1的蛋白质。

生物化学途径

通向6-羟基己酸的途径

在一些实施方案中，由中心代谢物辛酰基-[acp]通过以下步骤合成6-羟基己酸：使用被归类于ec.3.1.2.-的硫酯酶(如，seqidno:1、22、23或24)将辛酰基-[acp]转化为辛酸；随后使用被归类于ec.1.14.14.1的单加氧酶(如，seqidno:18)将辛酸转化为7-羟基辛酸；随后使用被归类于ec.1.1.1.-(如ec1.1.1.1、ec1.1.1.b3、ec1.1.1.b4或ec1.1.1.80)的仲醇脱氢酶(如，seqidno:19)将7-羟基辛酸转化为7-氧代-辛酸；随后使用被归类于ec.1.14.13.-(如ec1.14.13.-)的单加氧酶(如，seqidno:20或21)将7-氧代-辛酸转化为6-乙酰氧基己酸；随后使用被归类于ec.3.1.1.-(如ec3.1.1.1或ec3.1.1.3)的酯酶(如，seqidno:22)将6-乙酰氧基己酸转化为6-羟基己酸。参见图1。

在一些实施方案中，由中心代谢物辛酰基-coa通过以下步骤合成6-羟基己酸：通过被归类于ec.3.1.2.-(如，ec3.1.2.20)的硫酯酶将辛酰基-coa转化为辛酸；随后如上所述将辛酸转化为6-羟基己酸。参见图1。

在一些实施方案中，由中心代谢物2-氧代壬酸通过以下步骤合成6-羟基己酸：通过例如被归类为ec4.1.1.43或ec4.1.1.74的脱羧酶将2-氧代壬酸转化为辛醛；随后通过例如被归类为ec1.2.1.-(如，ec1.2.1.3、ec1.2.1.4、ec1.2.1.5或ec1.2.1.48)的醛脱氢酶将辛醛转化为辛酸；随后如上所述将辛酸转化为6-羟基己酸。参见图1。

使用6-羟基己酸作为中心前体通向己二酸的途径

在一些实施方案中，通过以下步骤由6-羟基己酸合成己二酸：将6-羟基己酸转化为己二酸半醛，其中使用：被归类于ec.1.1.1.-的醇脱氢酶，如ymr318c的基因产物(例如被归类为ec1.1.1.2,参见genbank登记号caa90836.1)(larroy等，2002,biochemj.,361(pt1),163–172)、cpnd的基因产物(iwaki等，2002,appl.environ.microbiol.,68(11):5671–5684)或gabd的基因产物(lütke-eversloh&steinbüchel,1999,femsmicrobiologyletters,181(1):63–71)；或例如被归类为ec1.1.1.258的6-羟基己酸脱氢酶如chnd的基因产物(iwaki等，appl.environ.microbiol.,1999,65(11):5158-5162)；随后将己二酸半醛转化为己二酸，其中使用：例如被归类为ec1.2.1.-的脱氢酶，如7-氧代庚酸脱氢酶(如，thng的基因产物)、6-氧代己酸脱氢酶(如，chne的基因产物)、例如被归类为ec1.2.1.20的戊二酸半醛脱氢酶、5-氧代戊酸脱氢酶如cpne的基因产物或被归类于ec.1.2.1.3的醛脱氢酶。参见图2。由ymr318c编码的醇脱氢酶具有宽的底物特异性，包括氧化c6醇。

在一些实施方案中，由中心前体6-羟基己酸通过以下步骤合成己二酸：通过细胞色素p450将6-羟基己酸转化为己二酸半醛(sanders等，j.lipidresearch,2005,46(5),1001-1008；sanders等，thefasebjournal,2008,22(6),2064–2071)；随后通过细胞色素p450家族中的单加氧酶如cyp4f3b将己二酸半醛转化为己二酸。参见图2。

使用6-羟基己酸作为中心前体通向6-氨基己酸和ε-己内酰胺的途径

在一些实施方案中，由中心前体6-羟基己酸通过以下步骤合成6-氨基己酸：将6-羟基己酸转化为己二酸半醛，其中使用：例如被归类为ec1.1.1.2的醇脱氢酶如ymr318c的基因产物、例如被归类为ec1.1.1.258的6-羟基己酸脱氢酶、例如被归类为ec1.1.1.-的5-羟基戊酸脱氢酶如cpnd的基因产物或例如被归类为ec1.1.1.-的4-羟基丁酸脱氢酶如gabd的基因产物；随后通过ω-转氨酶(ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82，如seqidno:7-10或12中之一，见上)将己二酸半醛转化为6-氨基己酸。参见图3。

在一些实施方案中，由中心前体6-羟基己酸通过以下步骤合成ε-己内酰胺：将6-羟基己酸转化为己二酸半醛，其中使用：例如被归类为ec1.1.1.2的醇脱氢酶如ymr318c的基因产物、例如被归类为ec1.1.1.258的6-羟基己酸脱氢酶、例如被归类为ec1.1.1.-的5-羟基戊酸脱氢酶如cpnd的基因产物或例如被归类为ec1.1.1.-的4-羟基丁酸脱氢酶如gabd的基因产物；随后通过ω-转氨酶(ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82)将己二酸半醛转化为6-氨基己酸；随后通过酰胺水解酶(ec3.5.2.-)将6-氨基己酸转化为ε-己内酰胺。参见图3。

在一些实施方案中，通过以上最后一个步骤(即通过使用酰胺水解酶如ec.3.5.2.-中的一种来转化)由中心前体6-氨基己酸合成ε-己内酰胺。参见图3。

使用6-氨基己酸、6-羟基己酸、己二酸半醛或1,6-己二醇作为中心前体通向六亚甲基二胺的途径

在一些实施方案中，通过以下步骤由中心前体6-氨基己酸合成六亚甲基二胺：将6-氨基己酸转化为6-氨基己醛，其中使用例如被归类为ec1.2.99.6的羧酸还原酶如car的基因产物结合磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强子(如，由来自枯草芽孢杆菌的基因sfp或来自诺卡氏菌属的基因npt编码)或来自灰色链霉菌(streptomycesgriseus)的gric和grid的基因产物(suzuki等，j.antibiot.,2007,60(6),380–387)；随后通过ω-转氨酶(如，ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.48、ec2.6.1.82如seqidno:7-12)将6-氨基己醛转化为六亚甲基二胺。可获得来自以下的羧酸还原酶，例如，海分枝杆菌(genbank登记号acc40567.1，seqidno:2)、耻垢分枝杆菌(genbank登记号abk71854.1，seqidno:3)、segniliparusrugosus(genbank登记号efv11917.1，seqidno:4)、马赛分枝杆菌(mycobacteriummassiliense)(genbank登记号eiv11143.1，seqidno:5)、或segniliparusrotundus(genbank登记号adg98140.1，seqidno:6)。参见图4。

由car的基因产物和增强子npt或sfp编码的羧酸还原酶具有宽的底物特异性，包括末端双官能团的c4和c5羧酸(venkitasubramanian等，enzymeandmicrobialtechnology,2008,42,130–137)。

在一些实施方案中，通过以下步骤由中心前体6-羟基己酸(其可如图1中所述产生)合成六亚甲基二胺：将6-羟基己酸转化为6-羟基己醛，其中使用例如被归类为ec1.2.99.6的羧酸还原酶如car的基因产物(见上)组合磷酸泛酰巯基乙胺转移增强子(如，由来自枯草芽孢杆菌的基因sfp或来自诺卡氏菌属的基因npt编码)或gric&grid的基因产物(suzuki等，2007,见上)；随后通过例如被归类为ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82的ω-转氨酶如seqidnos:7-12(见上)将6-氨基己醛转化为6-氨基己醇；随后转化为7-氨基庚醛，通过例如被归类为ec1.1.1.-(如，ec1.1.1.1、ec1.1.1.2、ec1.1.1.21或ec1.1.1.184)的醇脱氢酶如ymr318c或yqhd的基因产物(liu等，microbiology,2009,155,2078–2085；larroy等，2002,biochemj.,361(pt1),163–172；jarboe,2011,appl.microbiol.biotechnol.,89(2),249-257)或genbank登记号为caa81612.1的蛋白；随后转化为七亚甲基二胺，通过例如被归类为ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82的ω-转氨酶如seqidno:7-12，见上。参见图4。

在一些实施方案中，通过以下步骤由中心前体6-氨基己酸合成六亚甲基二胺：将6-氨基己酸转化为n6-乙酰基-6-氨基己酸，通过例如被归类为ec2.3.1.32的n-乙酰转移酶如赖氨酸n-乙酰转移酶；随后转化为n6-乙酰基-6-氨基己醛，通过例如被归类为ec1.2.99.6的羧酸还原酶如car的基因产物(见上,如，seqidno:4、5或6)组合磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强子(如，由来自枯草芽孢杆菌的基因sfp或来自诺卡氏菌属的基因npt编码)或gric&grid的基因产物；随后转化为n6-乙酰基-1,6-二氨基己烷，通过例如被归类为ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82的ω-转氨酶，如seqidno:7-12，见上；随后转化为七亚甲基二胺，通过例如被归类为ec3.5.1.17的酰基赖氨酸脱酰基酶。参见图4。

在一些实施方案中，通过以下步骤由中心前体己二酸半醛合成六亚甲基二胺：将己二酸半醛转化为己二醛，通过例如被归类为ec1.2.99.6的羧酸还原酶如car的基因产物(见上，如，seqidno:6)组合磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强子(如，由来自枯草芽孢杆菌的基因sfp或来自诺卡氏菌属的基因npt编码)或gric&grid的基因产物；随后转化为6-氨基己醛，通过例如被归类为ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82的ω-转氨酶；随后转化为六亚甲基二胺，通过例如被归类为ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82的ω-转氨酶如seqidno:7-12。参见图4。

在一些实施方案中，通过以下步骤由1,6-己二醇合成六亚甲基二胺：将1,6-己二醇转化为6-羟基己醛，使用例如被归类为ec1.1.1.-(如，ec1.1.1.1、ec1.1.1.2、ec1.1.1.21或ec1.1.1.184)的醇脱氢酶如ymr318c或yqhd的基因产物、或genbank登记号为caa81612.1的蛋白；随后转化为6-氨基己醇，通过例如被归类为ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82的ω-转氨酶如seqidno:7-12；随后转化为6-氨基己醛，通过例如被归类为ec1.1.1.-(如，ec1.1.1.1、ec1.1.1.2、ec1.1.1.21或ec1.1.1.184)的醇脱氢酶如ymr318c或yqhd的基因产物或genbank登记号为caa81612.1的蛋白；随后转化为六亚甲基二胺，通过例如被归类为ec2.6.1.18、ec2.6.1.19、ec2.6.1.29、ec2.6.1.48或ec2.6.1.82的ω-转氨酶如seqidno:7-12。参见图4。

使用6-羟基己酸作为中心前体通向1,6-己二醇的途径

在一些实施方案中，通过以下步骤由中心前体6-羟基己酸合成1,6-己二醇：将6-羟基己酸转化为6-羟基己醛，通过例如被归类为ec1.2.99.6的羧酸还原酶如car的基因产物(见上，如，seqidno:2,3,4,5或6)组合磷酸泛酰巯基乙胺转移酶增强子(如，由来自枯草芽孢杆菌的基因sfp或来自诺卡氏菌属的基因npt编码)或来自灰色链霉菌的gric和grid的基因产物(suzuki等，j.antibiot.,2007,60(6),380–387)；随后将6-羟基己醛转化为1,6-己二醇，通过醇脱氢酶(例如被归类为ec1.1.1.-，如ec1.1.1.1、ec1.1.1.2、ec1.1.1.21或ec1.1.1.184)，如ymr318c或yqhd(来自大肠杆菌，genbank登记号aaa69178.1)的基因产物(参见，如，liu等，microbiology,2009,155,2078–2085；larroy等，2002,biochemj.,361(pt1),163–172；或jarboe,2011,appl.microbiol.biotechnol.,89(2),249-257)或genbank登记号为caa81612.1的蛋白(来自嗜热脂肪土芽孢杆菌(geobacillusstearothermophilus))。参见图5。

培养策略

在一些实施方案中，使用厌氧、需氧或微需氧的培养条件在重组宿主中生物合成一个或多个c6结构单元。可使用非周期性或周期性培养策略以实现所需的培养条件。例如，可使用非周期性策略以实现厌氧、需氧或微需氧的培养条件。

在一些实施方案中，可使用周期性培养策略以在厌氧培养条件和需氧培养条件之间改变。

在一些实施方案中，所述培养策略需要营养限制，例如氮、磷酸盐或氧限制。

在一些实施方案中，可以采用使用例如陶瓷中空纤维膜的细胞保留策略来实现并维持在进料分批或连续发酵期间的高细胞密度。

在一些实施方案中，在一种或多种c6结构单元合成中对发酵进料的主要碳源可以源自生物或非生物给料。

在一些实施方案中，生物给料可以是或者可以源自单糖、二糖、木质纤维素、半纤维素、纤维素、木质素、乙酰丙酸和甲酸、甘油三酯、甘油、脂肪酸、农业废物、浓缩的酒糟可溶物或城市废物。

已经在几种微生物(诸如大肠杆菌、钩虫贪铜菌、食油假单胞菌、恶臭假单胞菌和解脂耶罗维亚酵母)中证明了源自生物柴油生产的粗制甘油的有效分解代谢(lee等,appl.biochem.biotechnol.,2012,166:1801–1813；yang等,biotechnologyforbiofuels,2012,5:13；meijnen等,appl.microbiol.biotechnol.,2011,90:885-893)。

已经在几种生物体(诸如钩虫贪铜菌和恶臭假单胞菌)中在经由前体丙酰基-coa合成3-羟基戊酸中证明了木质纤维素衍生的乙酰丙酸的有效分解代谢(jaremko和yu,2011,见上；martin和prather,j.biotechnol.,2009,139,61–67)。

已经在几种微生物(诸如恶臭假单胞菌、钩虫贪铜菌)中证明了木质素衍生的芳香族化合物诸如苯甲酸类似物的有效分解代谢(bugg等,currentopinioninbiotechnology,2011,22,394–400；pérez-pantoja等,femsmicrobiol.rev.,2008,32,736–794)。

已经在几种微生物(包括解脂耶罗维亚酵母)中证明了农业废物(诸如橄榄磨坊废水)的有效利用(papanikolaou等,bioresour.technol.,2008,99(7),2419-2428)。

已经对几种微生物(诸如大肠杆菌、谷氨酸棒状杆菌和德氏乳杆菌和乳酸乳球菌)证明了可发酵糖类(诸如源自纤维素、半纤维素、甘蔗和甜菜糖蜜、木薯、玉米和其它农业来源的单糖和二糖)的有效利用(参见例如hermann等,j.biotechnol.,2003,104:155–172；wee等,foodtechnol.biotechnol.,2006,44(2):163–172；ohashi等,j.bioscienceandbioengineering,1999,87(5):647-654)。

已经对钩虫贪铜菌证明了源自多种农业木质纤维素来源的糠醛的有效利用(li等,biodegradation,2011,22:1215–1225)。

在一些实施方案中，非生物给料可以是或者可以源自天然气、合成气、co2/h2、甲醇、乙醇、苯甲酸、来自环己烷氧化过程的非挥发性残留物(nvr)或碱洗废物流、或对苯二甲酸/异酞酸混合物废物流。

已经对甲基营养型酵母巴斯德毕赤酵母证明了甲醇的有效分解代谢。

已经对克鲁佛梭菌证明了乙醇的有效分解代谢(seedorf等,proc.natl.acad.sci.usa,2008,105(6)2128-2133)。

已经对钩虫贪铜菌证明了co2和h2(其可以源自天然气和其它化学和石油化学来源)的有效分解代谢(prybylski等,energy,sustainabilityandsociety,2012,2:11)。

已经对多种微生物(诸如杨氏梭菌和自产乙醇梭菌)证明了合成气的有效分解代谢(等,appliedandenvironmentalmicrobiology,2011,77(15):5467–5475)。

已经对多种微生物(诸如食酸代尔夫特菌和钩虫贪铜菌)证明了来自环己烷过程的非挥发性残留物废物流的有效分解代谢(ramsay等,appliedandenvironmentalmicrobiology,1986,52(1):152–156)。

在一些实施方案中，宿主微生物是原核生物。例如，原核生物可以是来自以下的细菌：埃希氏菌属如大肠杆菌；梭菌属如杨氏梭菌、自产乙醇梭菌或者克鲁佛梭菌；棒状杆菌属如谷氨酸棒状杆菌；贪铜菌属如钩虫贪铜菌或者耐金属贪铜菌；假单胞菌属如荧光假单胞菌、恶臭假单胞菌或者食油假单胞菌；代尔夫特菌属如食酸代尔夫特菌；芽孢杆菌属如枯草芽胞杆菌；乳杆菌属如德氏乳杆菌；或者乳球菌属如乳酸乳球菌。此类原核生物也可以是构建能够生成一种或多种c7结构单元的本发明中描述的重组宿主细胞的基因来源。

在一些实施方案中，宿主微生物是真核生物。例如，真核生物可以是丝状真菌，例如来自曲霉属如黑曲霉的。或者，真核生物可以是酵母，例如来自酵母属如酿酒酵母；来自毕赤氏酵母属如巴斯德毕赤酵母；来自耶罗维亚酵母属如解脂耶罗维亚酵母；来自伊萨酵母属如东方伊萨酵母；来自德巴利酵母属如汉逊德巴利酵母；来自arxula属如arxulaadenoinivorans；或者来自克鲁维酵母菌属如乳酸克鲁维酵母。此类真核生物也可以是构建能够生成一种或多种c6结构单元的本发明中描述的重组宿主细胞的基因来源。

代谢工程

本发明文件提供方法，所述方法牵涉对所有上述途径描述的少于所有的步骤。这种方法可牵涉例如此类步骤中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或者更多个。在这种方法包含少于所有步骤的情况下，第一个且在一些实施方案中唯一的步骤可为所列步骤中的任何步骤。

此外，本发明中描述的重组宿主可以包括上述酶中的任何组合，使得所述步骤中的一个或者多个，例如此类步骤中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或者更多个可以在重组宿主内实施。本发明文件提供所列出的和基因工程化以表达本发明文件中列举的任何酶的一种或者多种(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或者更多种)重组形式的任何属和种的宿主细胞。如此，例如，宿主细胞可含有外源核酸，其编码催化本发明中描述的任何途径的一个或者多个步骤的酶。

另外，本发明文件认识到，在酶已经被描述为接受coa活化的底物的情况下，存在与[acp]结合底物相关的相似的酶活性，其不一定为相同的酶种类。

此外，本发明文件认识到，在酶已经被描述为接受底物的(r)-对映异构体的情况下，存在与底物的(s)-对映异构体相关的相似的酶活性，其不一定为相同的酶种类。

本发明文件还认识到，在已经显示酶接受特定辅因子如nadph或者共底物如乙酰基-coa的情况下，许多酶在催化特定酶活性中在接受大量不同辅因子或者共底物方面是泛宿主性的(promiscuous)。此外，本发明文件认识到，在酶对例如特定辅因子如nadh具有高特异性的情况下，对辅因子nadph具有高特异性的具有相似或者相同活性的酶可为不同的酶种类。

在一些实施方案中，本发明中概述的途径中的酶是经由非直接或者合理酶设计方法的酶工程的结果，目的在于改善活性、改善特异性、降低反馈抑制、降低阻抑、改善酶溶解度、改变立体特异性，或者改变辅因子特异性。

在一些实施方案中，可以将本发明概述的途径中的酶经由附加型或者染色体整合方法基因给予(即，过表达)至所得的遗传修饰的生物体中。

在一些实施方案中，可以利用基因组级别(genome-scale)系统生物学技术如通量平衡分析来设计用于将碳流量引导至c6结构单元的基因组级别的弱化或者敲除策略。

弱化策略包括但不限于使用转座子、同源重组(双交叉方法)、诱变、酶抑制剂和rnai干扰。

在一些实施方案中，可以利用通量组(fluxomic)、代谢物组(metabolomic)和转录物组(transcriptomal)数据来告知或者支持基因组级别的系统生物学技术，由此在将碳流量导向c6结构单元中设计基因组级别的弱化或者敲除策略。

在一些实施方案中，宿主微生物的对高浓度的c6结构单元的耐受性可以通过在选择性环境中的连续培养来改善。

在一些实施方案中，可以弱化或增强所述宿主微生物的内源性生物化学网络，来(1)保证乙酰-coa或丙二酰-[acp]的细胞内可用度，(2)创造nadh或nadph的不平衡，其仅可以通过一种或多种c6结构单元的形成来平衡，(3)阻止通向和包括一种或多种c6结构单元的中心代谢物、中心前体的降解，和/或(4)保证从细胞的高效流出。

在一些要求乙酰-coa或丙二酰-[acp]的细胞内可用度用于c6结构单元的合成的实施方案中，可以在宿主生物体中弱化催化乙酰-coa水解的内源性酶，例如短链长度硫酯酶。

在一些要求乙酰-coa的细胞内可用度用于c6结构单元的合成的实施方案中，可以弱化产生乙酸的内源性磷酸转乙酰酶，例如pta(shen等，appl.environ.microbiol.,2011,77(9):2905–2915)。

在一些要求乙酰-coa的细胞内可用度用于c6结构单元的合成的实施方案中，可以弱化乙酸合成途径中编码乙酸激酶的内源性基因，例如ack。

在一些要求乙酰-coa和nadh的细胞内可用度用于c6结构单元的合成的实施方案中，可以弱化编码催化丙酮酸降解为乳酸的酶的内源性基因，例如由ldha编码的乳酸脱氢酶(shen等，2011,见上文)。

在一些要求乙酰-coa和nadh的细胞内可用度用于c6结构单元的合成的实施方案中，可以弱化编码催化磷酸烯醇丙酮酸降解为琥珀酸的酶，例如甲基萘醌-延胡索酸氧化还原酶例如frdbc的基因(见shen等，2011,见上文)。

在一些要求乙酰-coa和nadh的细胞内可用度用于c6结构单元的合成的实施方案中，可以弱化编码催化乙酰-coa降解为乙醇的酶的内源性基因，例如由adhe编码的醇脱氢酶(shen等，2011,见上文)。

在一些实施方案中，在途径需要过量的nadh辅因子用于c6结构单元合成的情况下，可以在宿主生物体中过表达重组甲酸脱氢酶基因(shen等，2011,见上文)。

在一些实施方案中，在途径需要过量的nadh辅因子用于c7结构单元合成的情况下，可以弱化重组的消耗nadh的转氢酶。

在一些实施方案中，可以弱化编码催化丙酮酸降解为乙醇的酶的内源性基因，例如丙酮酸脱羧酶。

在一些实施方案中，可以弱化编码催化异丁醇的生成的酶的内源性基因，例如2-酮酸脱羧酶。

在一些要求乙酰-coa的细胞内可用度用于c6结构单元的合成的实施方案中，可以在微生物中过表达重组乙酰-coa合成酶，例如acs的基因产物(satoh等，j.bioscienceandbioengineering,2003,95(4):335–341)。

在一些实施方案中，通过弱化内源性葡萄糖-6-磷酸异构酶(ec5.3.1.9)，可以将碳通量导入戊糖磷酸循环中，来增加nadph的供给。

在一些实施方案中，通过过表达6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶和/或转酮醇酶，可以将碳通量重新导入戊糖磷酸循环中，来增加nadph的供给(lee等，2003,biotechnologyprogress,19(5),1444–1449)。

在一些实施方案中，在c6结构单元合成中途径需要过量的nadph辅因子的情况下，可以在宿主生物体中过表达编码吡啶核苷酸转氢酶的基因例如udha(brigham等，advancedbiofuelsandbioproducts,2012,chapter39,1065-1090)。

在一些实施方案中，在c6结构单元合成中途径需要过量的nadph辅因子的情况下，可以在宿主生物体中过表达重组甘油醛-3-磷酸-脱氢酶基因，例如gapn(brigham等，2012,见上文)。

在一些实施方案中，在c6结构单元合成中途径需要过量的nadph辅因子的情况下，可以在宿主生物体中过表达重组苹果酸酶基因，例如maea或maeb(brigham等，2012,见上文)。

在一些实施方案中，在c6结构单元合成中途径需要过量的nadph辅因子的情况下，可以在宿主生物体中过表达重组葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因，例如zwf(lim等，j.bioscienceandbioengineering,2002,93(6),543-549)。

在一些实施方案中，在c6结构单元合成中途径需要过量的nadph辅因子的情况下，可以在宿主生物体中过表达重组果糖1,6-二磷酸酶基因，例如fbp(becker等，j.biotechnol.,2007,132:99-109)。

在一些实施方案中，在c6结构单元合成中途径需要过量的nadph辅因子的情况下，可以弱化内源性磷酸丙糖异构酶(ec5.3.1.1)。

在一些实施方案中，在c6结构单元合成中途径需要过量的nadph辅因子的情况下，可以在宿主生物体中过表达重组葡萄糖脱氢酶，例如gdh的基因产物(satoh等，j.bioscienceandbioengineering,2003,95(4):335–341)。

在一些实施方案中，可以弱化促进nadph转化为nadh的内源性酶，例如可通过归类于ec1.4.1.2(nadh特异性)和ec1.4.1.4(nadph特异性)下的谷氨酸脱氢酶的相互转化产生的nadh生成循环。

在一些实施方案中，可以弱化使用nadh和nadph两者作为辅因子的内源性谷氨酸脱氢酶(ec1.4.1.3)。

在一些实施方案中，可通过仅表达细胞溶质结构域而不表达将p450锚向内质网的n-末端区，来使膜结合的细胞色素p450如cyp4f3b溶解(scheller等人，j.biol.chem.,1994,269(17):12779-12783)。

在一些实施方案中，可以通过与小的可溶蛋白例如麦芽糖结合蛋白一同表达为融合蛋白，来使烯酰-coa还原酶溶解(gloerich等，febsletters,2006,580,2092–2096)。

在一些使用天然积累聚羟基链烷酸酯的宿主的实施方案中，在所述宿主菌株中可以弱化内源性聚合物合酶。

在一些实施方案中，可以在宿主中过表达l-丙氨酸脱氢酶，来从丙酮酸再生l-丙氨酸，作为ω-转氨酶反应的氨基供体。

在一些实施方案中，可以在宿主中过表达l-谷氨酸脱氢酶、l-谷氨酰胺合酶或l-谷氨酸合酶，来从2-氧代戊二酸再生l-谷氨酸，作为ω-转氨酶反应的氨基供体。

在一些实施方案中，可以弱化降解通向和包括c6结构单元的中心代谢物和中心前体的酶，例如归类于ec1.3.8.62下的庚二酰-coa脱氢酶；归类于例如ec1.3.8.7、ec1.3.8.1或ec1.3.99.-下的酰基-coa脱氢酶；和/或归类于例如ec1.3.8.6下的丁酰-coa脱氢酶。

在一些实施方案中，可以弱化通过辅酶a酯化激活c6结构单元的内源性酶，例如归类于，例如ec6.2.1.-下的coa-连接酶(例如庚二酰-coa合成酶)。

在一些实施方案中，c6结构单元穿过细胞膜流出到细胞外基质可以通过对细胞膜遗传工程化结构修饰，或增加与c6结构单元相关的任意转运体的活性来提高或放大。

在一些实施方案中，分类为例如ec6.2.1.6中的特定戊二酸coa连接酶可以在宿主生物体中过表达，以支持通过戊二酸的c5脂族化合物的副产物形成的降解。

在一些实施方案中，特定的5-羟基戊酸和5-氧代戊酸的脱氢酶可以在宿主生物体中过表达，以支持通过戊二酸的c5脂族化合物的副产物形成的降解。

在一些实施方案中，可以在宿主生物体中过表达丙酸coa连接酶，以支持通过丙酰-coa的c3脂族化合物的副产物形成的降解。

六亚甲基二胺的流出可以通过过表达广泛底物范围多药物转运体来提高或放大，例如来自枯草芽孢杆菌的blt(woolridge等，1997,j.biol.chem.,272(14):8864–8866)；来自大肠杆菌的acrb和acrd(elkins&nikaido,2002,j.bacteriol.,184(23),6490–6499)或来自金黄色酿脓葡萄球菌的nora(ng等，1994,antimicrobagentschemother,38(6),1345–1355)或来自枯草芽孢杆菌的bmr(neyfakh,1992,antimicrobagentschemother,36(2),484–485)。

6-氨基己酸和庚二胺的流出可以通过过表达可溶性转运体来提高或放大，例如来自于谷氨酸棒状杆菌的lyse转运体(bellmann等，2001,microbiology,147,1765–1774)。

己二酸的流出可以通过过表达二羧酸转运体来提高或放大，例如来自于谷氨酸棒状杆菌的suce转运体(huhn等，appl.microbiol.&biotech.,89(2),327–335)。

使用重组宿主生产c6结构单元

通常，可以通过提供宿主微生物并且用含有如上文描述的合适碳源的培养基培养提供的微生物生成一种或多种c6结构单元。一般地，培养基和/或培养条件可以使得微生物生长至足够的密度，并且有效生成c6结构单元。对于大规模生产工艺，可以使用任何方法，诸如那些在别处描述的(manualofindustrialmicrobiologyandbiotechnology,2ndedition,editors:a.l.demainandj.e.davies,asmpress；andprinciplesoffermentationtechnology,p.f.stanburyanda.whitaker,pergamon)。简言之，用特定的微生物接种含有合适培养基的大罐(例如，100加仑，200加仑，500加仑，或更大的罐)。在接种后，温育微生物以容许生成生物量。一旦达到期望的生物量，可以将含有微生物的培养液转移到第二个罐。此第二个罐可以是任何大小。例如，第二个罐可以比/与第一个罐大、小或相同大小。通常，第二个罐大于第一个，从而可以对来自第一个罐的培养液添加额外的培养基。另外，此第二个罐内的培养基可以与第一个罐中使用的培养基相同或不同。

一旦转移，可以温育微生物以容许生成c6结构单元。一旦生成，可以使用任何方法来分离c6结构单元。例如，可以经由吸附方法从发酵液选择性回收c6结构单元。在己二酸和6-氨基庚酸的情况中，所得的洗脱液可以经由蒸发进一步浓缩，经由蒸发和/或冷却结晶来结晶，并且经由离心回收晶体。在六亚甲基二胺和1,6-己二醇的情况中，可以采用蒸馏来实现期望的产物纯度。

本发明在以下实施例中进一步描述，所述实施例不限制权利要求书中描述的本发明范围。

实施例

实施例1

使用己二酸半醛作为底物并且形成6-氨基己酸的ω-转氨酶的酶活性

将编码his标签的核苷酸序列添加至分别编码seqidno:7、8、9、10和12的ω-转氨酶的来自紫色色杆菌、铜绿假单胞菌、丁香假单胞菌、球形红杆菌和河流弧菌的核酸序列(参见图6)，使得可以产生n-末端有his标签的ω-转氨酶。将每种所得的经修饰基因在t7启动子的控制下克隆入pet21a表达载体中，并且将每种表达载体转化入bl21[de3]大肠杆菌宿主中。于37℃在含有50mllb培养基和抗生素选择压力的250ml摇瓶培养物中在以230rpm摇动的情况中培养所得的重组大肠杆菌菌株。使用1mmiptg于16℃诱导每种培养物过夜。

经由离心收获来自每种经诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒，并经由超声处理裂解。经由离心分开细胞碎片与上清液，并且立即在酶活性测定法中使用无细胞提取物。

在缓冲液中实施逆向(即6-氨基己酸至己二酸半醛)的酶活性测定法，所述缓冲液由终浓度50mmhepes缓冲液(ph＝7.5)、10mm6-氨基己酸、10mm丙酮酸和100μm吡哆(pyridoxyl)5’磷酸盐组成。通过添加ω-转氨酶基因产物或空载体对照的无细胞提取物到含有6-氨基己酸的测定缓冲液启动每个酶活性测定反应，并在以250rpm摇动的情况下于25℃温育24小时。经由rp-hplc量化从丙酮酸形成l-丙氨酸。

每种没有6-氨基庚酸的仅酶对照表明丙酮酸至l-丙氨酸的低基线转化。参见图11。seqidno7、seqidno9、seqidno10和seqidno12的基因产物接受6-氨基己酸作为底物，如相对于空载体对照确认的。参见图12。

对seqidno7、seqidno8、seqidno9、seqidno10和seqidno12的转氨酶确认正向(即己二酸半醛至6-氨基己酸)的酶反应。在缓冲液中实施酶活性测定法，所述缓冲液由终浓度50mmhepes缓冲液(ph＝7.5)、10mm己二酸半醛、10mml-丙氨酸和100μm吡哆5’磷酸盐组成。通过添加ω-转氨酶基因产物或空载体对照的无细胞提取物到含有己二酸半醛的测定缓冲液启动每个酶活性测定反应，并在以250rpm摇动的情况下于25℃温育4小时。经由rp-hplc量化丙酮酸的形成。

seqidno7、seqidno8、seqidno9、seqidno10和seqidno12的基因产物接受己二酸半醛作为底物，如相对于空载体对照确认的。参见图13。确认ω-转氨酶活性的可逆性，证明了seqidno7、seqidno8、seqidno9、seqidno10、和seqidno12的ω-转氨酶接受己二酸半醛作为底物，并且合成6-氨基己酸作为反应产物。

实施例2

羧酸还原酶使用6-羟基己酸作为底物并形成6-羟基己醛的酶活性

将编码his标签的核苷酸序列添加至分别编码seqidno:2-6的羧酸还原酶的来自海分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、segniliparusrugosus、马赛分枝杆菌、和segniliparusrotundus的核酸序列(参见图6)，使得可以生成n-末端有his标签的羧酸还原酶。将每种经修饰的基因与编码有his标签的来自枯草芽孢杆菌的磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶的sfp基因一起(两者都在t7启动子的控制下)克隆入petduet表达载体中。将每种表达载体与实施例3中的表达载体一起转化入bl21[de3]大肠杆菌宿主中。于37℃在含有50mllb培养基和抗生素选择压力的250ml摇瓶培养物中在以230rpm摇动的情况中培养所得的每种重组大肠杆菌菌株。使用自身诱导培养基于37℃诱导每种培养物过夜。

经由离心收获来自每种经诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒，并经由超声处理裂解。经由离心分开细胞碎片与上清液。使用ni-亲和层析从上清液中纯化羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶，以10倍稀释入50mmhepes缓冲液(ph＝7.5)中，并经由超滤浓缩。

在缓冲液中一式三份实施酶活性测定法(即从6-羟基己酸至6-羟基己醛)，所述缓冲液由终浓度50mmhepes缓冲液(ph＝7.5)、2mm6-羟基己醛、10mmmgcl2、1mmatp和1mmnadph组成。通过添加纯化的羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶或空载体对照至含有6-羟基己酸的测定缓冲液启动每个酶活性测定反应，然后于室温温育20分钟。通过于340nm的吸光度监测nadph的消耗。每种没有6-羟基己酸的仅酶对照表明nadph的低基线消耗。参见图7。

seqidno2-6的基因产物(得到sfp的基因产物增强)接受6-羟基己酸作为底物，如相对于空载体对照确认的(参见图8)，并且合成6-羟基己醛。

实施例3

ω-转氨酶对于6-氨基己醇形成6-氧代己醇的酶活性

将编码n-末端his标签的核苷酸序列添加至分别编码seqidno:7-12的ω-转氨酶的紫色色杆菌、铜绿假单胞菌、丁香假单胞菌、球形红杆菌、大肠杆菌和河流弧菌核酸序列(参见图6)，使得可以产生n-末端有his标签的ω-转氨酶。将经修饰基因在t7启动子的控制下克隆入pet21a表达载体中。将每种表达载体转化入bl21[de3]大肠杆菌宿主中。于37℃在含有50mllb培养基和抗生素选择压力的250ml摇瓶培养物中在以230rpm摇动的情况中培养每种所得的重组大肠杆菌菌株。使用1mmiptg于16℃诱导每种培养物过夜。

经由离心收获来自每种经诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒，并经由超声处理裂解。经由离心分开细胞碎片与上清液，并且立即在酶活性测定法中使用无细胞提取物。

在缓冲液中实施逆向(即6-氨基己醇至6-氧代己醇)的酶活性测定法，所述缓冲液由终浓度50mmhepes缓冲液(ph＝7.5)、10mm6-氨基己醇、10mm丙酮酸和100μm吡哆5’磷酸盐组成。通过添加ω-转氨酶基因产物或空载体对照的无细胞提取物到含有6-氨基己醇的测定缓冲液启动每个酶活性测定反应，并在以250rpm摇动的情况下于25℃温育4小时。经由rp-hplc量化l-丙氨酸形成。

每种没有6-氨基己醇的仅酶对照具有丙酮酸至l-丙氨酸的低基线转化。参见图11。

seqidno7-12的基因产物接受6-氨基己醇作为底物，如相对于空载体对照确认的(参见图16)，并且合成6-氧代己醇作为反应产物。鉴于ω-转氨酶活性的可逆性(参见实施例1)，可以推断seqid7-12的基因产物接受6-氧代己醇作为底物，并且形成6-氨基己醇。

实施例4

ω-转氨酶使用六亚甲基二胺作为底物并形成6-氨基己醛的酶活性

将编码n-末端his标签的核苷酸序列添加至分别编码seqidno:7–12的ω-转氨酶的紫色色杆菌、铜绿假单胞菌、丁香假单胞菌、球形红杆菌、大肠杆菌、和河流弧菌核酸序列(参见图6)，使得可以产生n-末端有his标签的ω-转氨酶。将经修饰基因在t7启动子的控制下克隆入pet21a表达载体中。将每种表达载体转化入bl21[de3]大肠杆菌宿主中。于37℃在含有50mllb培养基和抗生素选择压力的250ml摇瓶培养物中在以230rpm摇动的情况中培养每种所得的重组大肠杆菌菌株。使用1mmiptg于16℃诱导每种培养物过夜。

经由离心收获来自每种经诱导的摇瓶培养物的团粒。重悬每个团粒，并经由超声处理裂解。经由离心分开细胞碎片与上清液，并且立即在酶活性测定法中使用无细胞提取物。

在缓冲液中实施逆向(即六亚甲基二胺至6-氨基己醛)的酶活性测定法，所述缓冲液由终浓度50mmhepes缓冲液(ph＝7.5)、10mm七亚甲基二胺、10mm丙酮酸和100μm吡哆5’磷酸盐组成。通过添加ω-转氨酶基因产物或空载体对照的无细胞提取物到含有六亚甲基二胺的测定缓冲液启动每个酶活性测定反应，并在以250rpm摇动的情况下于25℃温育4小时。经由rp-hplc量化l-丙氨酸形成。

每种没有六亚甲基二胺的仅酶对照具有丙酮酸至l-丙氨酸的低基线转化。参见图11。

seqidno7–12的基因产物接受六亚甲基二胺作为底物，如相对于空载体对照确认的，并且合成6-氨基己醛作为反应产物。鉴于ω-转氨酶活性的可逆性(参见实施例1)，可以推断seqid7–12的基因产物接受6-氨基己醛作为底物，并且形成六亚甲基二胺。

实施例5

羧酸还原酶对于n6-乙酰基-6-氨基己酸形成n6-乙酰基-6-氨基己醛的酶活性

一式三份在缓冲液中测定用于将n6-乙酰基-6-氨基己酸转化成n6-乙酰基-6-氨基己醛的n末端有his标签的seqidno:4-6的每一羧酸还原酶的活性(参见实施例2，及图6)，所述缓冲液由终浓度50mmhepes缓冲液(ph＝7.5)、2mmn6-乙酰基-6-氨基己酸、10mmmgcl2、1mmatp、和1mmnadph组成。通过添加纯化的羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶或空载体对照至含有n6-乙酰基-6-氨基己酸的测定缓冲液启动测定法，然后于室温温育20分钟。通过于340nm的吸光度监测nadph的消耗。每种没有n6-乙酰基-6-氨基己酸的仅酶对照表明nadph的低基线消耗。参见图7。

seqidno4-6的基因产物(其得到sfp的基因产物增强)接受n6-乙酰基-6-氨基己酸作为底物，如相对于空载体对照确认的(参见图9)，并且合成n6-乙酰基-6-氨基己醛。

实施例6

ω-转氨酶使用n6-乙酰基-1,6-二氨基己烷并形成n6-乙酰基-6-氨基己醛的酶活性

在缓冲液中测定用于将n6-乙酰基-1,6-二氨基己烷转化成n6-乙酰基-6-氨基己醛的n末端有his标签的seqidno:7-12的ω-转氨酶的活性(参见实施例4，及图6)，所述缓冲液由终浓度50mmhepes缓冲液(ph＝7.5)、10mmn6-乙酰基-1,6-二氨基己烷、10mm丙酮酸和100μm吡哆5’磷酸盐组成。通过添加ω-转氨酶或空载体对照的无细胞提取物至含有n6-乙酰基-1,6-二氨基己烷的测定缓冲液启动每种酶活性测定反应，然后在以250rpm摇动的情况中于25℃温育4小时。经由rp-hplc量化l-丙氨酸的形成。

每种没有n6-乙酰基-1,6-二氨基己烷的仅酶对照表明丙酮酸至l-丙氨酸的低基线转化。参见图11。

seqidno:7–12的基因产物接受n6-乙酰基-1,6-二氨基己烷作为底物，如相对于空载体对照确认的(参见图15)，并且合成n6-乙酰基-6-氨基己醛作为反应产物。

鉴于ω-转氨酶活性的可逆性(参见实施例1)，seqidno:7-12的基因产物接受n6-乙酰基-6-氨基己醛作为底物，形成n6-乙酰基-1,6-二氨基己烷。

实施例7

羧酸还原酶使用己二酸半醛作为底物并形成己二醛的酶活性

使用己二酸半醛作为底物测定n-末端有his标签的seqidno6的羧酸还原酶(参见实施例2和图6)。一式三份在缓冲液中实施酶活性测定法，所述缓冲液由终浓度50mmhepes缓冲液(ph＝7.5)、2mm己二酸半醛、10mmmgcl2、1mmatp、和1mmnadph组成。通过添加纯化的羧酸还原酶和磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶或空载体对照至含有己二酸半醛的测定缓冲液启动酶活性测定反应，然后于室温温育20分钟。通过于340nm的吸光度监测nadph的消耗。没有己二酸半醛的仅酶对照表明nadph的低基线消耗。参见图7。

seqidno6的基因产物(其得到sfp的基因产物增强)接受己二酸半醛作为底物，如相对于空载体对照确认的(参见图10)，并且合成己二醛。

其它实施例

应理解的是，尽管协同发明的具体描述描述了本发明，但是前面的描述意图说明并且不限制发明的范围，发明的范围由所附权利要求的范围限定。其它方面、优点和修改也在权利要求的范围内。

序列表

<110>英威达技术有限责任公司

<120>由8碳化合物生产6碳单体的方法

<130>35643-0077wo1

<150>us62/085,089

<151>2014-11-26

<160>23

<170>fastseqforwindowsversion4.0

<210>1

<211>247

<212>prt

<213>多形拟杆菌

<400>1

metserglugluasnlysileglythrtyrglnphevalalaglupro

151015

phehisvalasppheasnglyargleuthrmetglyvalleuglyasn

202530

hisleuleuasncysalaglyphehisalaseraspargglyphegly

354045

ilealathrleuasngluaspasntyrthrtrpvalleuserargleu

505560

alailegluleuaspglumetprotyrglntyrglulyspheserval

65707580

glnthrtrpvalgluasnvaltyrargleuphethraspargasnphe

859095

alavalileasplysaspglylyslysileglytyralaargserval

100105110

trpalametileasnleuasnthrarglysproalaaspleuleuala

115120125

leuhisglyglyserilevalasptyrilecysaspgluprocyspro

130135140

ileglulysproserargilelysvalthrserasnglnprovalala

145150155160

thrleuthralalystyrseraspileaspileasnglyhisvalasn

165170175

serileargtyrilegluhisileleuaspleupheproilegluleu

180185190

tyrglnthrlysargileargargpheglumetalatyrvalalaglu

195200205

sertyrpheglyaspgluleuserphephecysaspgluvalserglu

210215220

asngluphehisvalgluvallyslysasnglysergluvalvalcys

225230235240

argserlysvalilepheglu

245

<210>2

<211>1174

<212>prt

<213>海分枝杆菌

<400>2

metserproilethrargglugluargleugluargargileglnasp

151015

leutyralaasnaspproglnphealaalaalalysproalathrala

202530

ilethralaalailegluargproglyleuproleuproglnileile

354045

gluthrvalmetthrglytyralaaspargproalaleualaglnarg

505560

servalgluphevalthraspalaglythrglyhisthrthrleuarg

65707580

leuleuprohisphegluthrilesertyrglygluleutrpasparg

859095

ileseralaleualaaspvalleuserthrgluglnthrvallyspro

100105110

glyaspargvalcysleuleuglypheasnservalasptyralathr

115120125

ileaspmetthrleualaargleuglyalavalalavalproleugln

130135140

thrseralaalailethrglnleuglnproilevalalagluthrgln

145150155160

prothrmetilealaalaservalaspalaleualaaspalathrglu

165170175

leualaleuserglyglnthralathrargvalleuvalpheasphis

180185190

hisargglnvalaspalahisargalaalavalgluseralaargglu

195200205

argleualaglyseralavalvalgluthrleualaglualaileala

210215220

argglyaspvalproargglyalaseralaglyseralaproglythr

225230235240

aspvalseraspaspserleualaleuleuiletyrthrserglyser

245250255

thrglyalaprolysglyalamettyrproargargasnvalalathr

260265270

phetrparglysargthrtrpphegluglyglytyrgluproserile

275280285

thrleuasnphemetprometserhisvalmetglyargglnileleu

290295300

tyrglythrleucysasnglyglythralatyrphevalalalysser

305310315320

aspleuserthrleuphegluaspleualaleuvalargprothrglu

325330335

leuthrphevalproargvaltrpaspmetvalpheaspgluphegln

340345350

sergluvalaspargargleuvalaspglyalaaspargvalalaleu

355360365

glualaglnvallysalagluileargasnaspvalleuglyglyarg

370375380

tyrthrseralaleuthrglyseralaproileseraspglumetlys

385390395400

alatrpvalglugluleuleuaspmethisleuvalgluglytyrgly

405410415

serthrglualaglymetileleuileaspglyalaileargargpro

420425430

alavalleuasptyrlysleuvalaspvalproaspleuglytyrphe

435440445

leuthraspargprohisproargglygluleuleuvallysthrasp

450455460

serleupheproglytyrtyrglnargalagluvalthralaaspval

465470475480

pheaspalaaspglyphetyrargthrglyaspilemetalagluval

485490495

glyprogluglnphevaltyrleuaspargargasnasnvalleulys

500505510

leuserglnglygluphevalthrvalserlysleuglualavalphe

515520525

glyaspserproleuvalargglniletyriletyrglyasnserala

530535540

argalatyrleuleualavalilevalprothrglnglualaleuasp

545550555560

alavalprovalglugluleulysalaargleuglyaspserleugln

565570575

gluvalalalysalaalaglyleuglnsertyrgluileproargasp

580585590

pheileilegluthrthrprotrpthrleugluasnglyleuleuthr

595600605

glyilearglysleualaargproglnleulyslyshistyrglyglu

610615620

leuleugluglniletyrthraspleualahisglyglnalaaspglu

625630635640

leuargserleuargglnserglyalaaspalaprovalleuvalthr

645650655

valcysargalaalaalaalaleuleuglyglyseralaseraspval

660665670

glnproaspalahisphethraspleuglyglyaspserleuserala

675680685

leuserphethrasnleuleuhisgluilepheaspilegluvalpro

690695700

valglyvalilevalserproalaasnaspleuglnalaleualaasp

705710715720

tyrvalglualaalaarglysproglyserserargprothrpheala

725730735

servalhisglyalaserasnglyglnvalthrgluvalhisalagly

740745750

aspleuserleuasplyspheileaspalaalathrleualagluala

755760765

proargleuproalaalaasnthrglnvalargthrvalleuleuthr

770775780

glyalathrglypheleuglyargtyrleualaleuglutrpleuglu

785790795800

argmetaspleuvalaspglylysleuilecysleuvalargalalys

805810815

seraspthrglualaargalaargleuasplysthrpheaspsergly

820825830

aspprogluleuleualahistyrargalaleualaglyasphisleu

835840845

gluvalleualaglyasplysglyglualaaspleuglyleuasparg

850855860

glnthrtrpglnargleualaaspthrvalaspleuilevalasppro

865870875880

alaalaleuvalasnhisvalleuprotyrserglnleupheglypro

885890895

asnalaleuglythralagluleuleuargleualaleuthrserlys

900905910

ilelysprotyrsertyrthrserthrileglyvalalaaspglnile

915920925

proproseralaphethrgluaspalaaspileargvalileserala

930935940

thrargalavalaspaspsertyralaasnglytyrserasnserlys

945950955960

trpalaglygluvalleuleuargglualahisaspleucysglyleu

965970975

provalalavalpheargcysaspmetileleualaaspthrthrtrp

980985990

alaglyglnleuasnvalproaspmetphethrargmetileleuser

99510001005

leualaalathrglyilealaproglyserphetyrgluleualaala

101010151020

aspglyalaargglnargalahistyraspglyleuprovalgluphe

1025103010351040

ilealaglualaileserthrleuglyalaglnserglnaspglyphe

104510501055

histhrtyrhisvalmetasnprotyraspaspglyileglyleuasp

106010651070

gluphevalasptrpleuasngluserglycysproileglnargile

107510801085

alaasptyrglyasptrpleuglnargphegluthralaleuargala

109010951100

leuproaspargglnarghisserserleuleuproleuleuhisasn

1105111011151120

tyrargglnprogluargprovalargglyserilealaprothrasp

112511301135

argpheargalaalavalglnglualalysileglyproasplysasp

114011451150

ileprohisvalglyalaproileilevallystyrvalseraspleu

115511601165

argleuleuglyleuleu

1170

<210>3

<211>1173

<212>prt

<213>耻垢分枝杆菌

<400>3

metthrseraspvalhisaspalathraspglyvalthrgluthrala

151015

leuaspaspgluglnserthrargargilealagluleutyralathr

202530

aspprogluphealaalaalaalaproleuproalavalvalaspala

354045

alahislysproglyleuargleualagluileleuglnthrleuphe

505560

thrglytyrglyaspargproalaleuglytyrargalaarggluleu

65707580

alathraspgluglyglyargthrvalthrargleuleuproargphe

859095

aspthrleuthrtyralaglnvaltrpserargvalglnalavalala

100105110

alaalaleuarghisasnphealaglnproiletyrproglyaspala

115120125

valalathrileglyphealaserproasptyrleuthrleuaspleu

130135140

valcysalatyrleuglyleuvalservalproleuglnhisasnala

145150155160

provalserargleualaproileleualagluvalgluproargile

165170175

leuthrvalseralaglutyrleuaspleualavalgluservalarg

180185190

aspvalasnservalserglnleuvalvalpheasphishisproglu

195200205

valaspasphisargaspalaleualaargalaarggluglnleuala

210215220

glylysglyilealavalthrthrleuaspalailealaaspglugly

225230235240

alaglyleuproalagluproiletyrthralaasphisaspglnarg

245250255

leualametileleutyrthrserglyserthrglyalaprolysgly

260265270

alamettyrthrglualametvalalaargleutrpthrmetserphe

275280285

ilethrglyaspprothrprovalileasnvalasnphemetproleu

290295300

asnhisleuglyglyargileproileserthralavalglnasngly

305310315320

glythrsertyrphevalprogluseraspmetserthrleupheglu

325330335

aspleualaleuvalargprothrgluleuglyleuvalproargval

340345350

alaaspmetleutyrglnhishisleualathrvalaspargleuval

355360365

thrglnglyalaaspgluleuthralaglulysglnalaglyalaglu

370375380

leuarggluglnvalleuglyglyargvalilethrglyphevalser

385390395400

thralaproleualaalaglumetargalapheleuaspilethrleu

405410415

glyalahisilevalaspglytyrglyleuthrgluthrglyalaval

420425430

thrargaspglyvalilevalargproprovalileasptyrlysleu

435440445

ileaspvalprogluleuglytyrpheserthrasplysprotyrpro

450455460

argglygluleuleuvalargserglnthrleuthrproglytyrtyr

465470475480

lysargprogluvalthralaservalpheaspargaspglytyrtyr

485490495

histhrglyaspvalmetalagluthralaproasphisleuvaltyr

500505510

valaspargargasnasnvalleulysleualaglnglyglupheval

515520525

alavalalaasnleuglualavalpheserglyalaalaleuvalarg

530535540

glnilephevaltyrglyasnsergluargserpheleuleualaval

545550555560

valvalprothrproglualaleugluglntyraspproalaalaleu

565570575

lysalaalaleualaaspserleuglnargthralaargaspalaglu

580585590

leuglnsertyrgluvalproalaasppheilevalgluthrglupro

595600605

pheseralaalaasnglyleuleuserglyvalglylysleuleuarg

610615620

proasnleulysaspargtyrglyglnargleugluglnmettyrala

625630635640

aspilealaalathrglnalaasnglnleuarggluleuargargala

645650655

alaalathrglnprovalileaspthrleuthrglnalaalaalathr

660665670

ileleuglythrglysergluvalalaseraspalahisphethrasp

675680685

leuglyglyaspserleuseralaleuthrleuserasnleuleuser

690695700

aspphepheglyphegluvalprovalglythrilevalasnproala

705710715720

thrasnleualaglnleualaglnhisileglualaglnargthrala

725730735

glyaspargargproserphethrthrvalhisglyalaaspalathr

740745750

gluileargalasergluleuthrleuasplyspheileaspalaglu

755760765

thrleuargalaalaproglyleuprolysvalthrthrgluproarg

770775780

thrvalleuleuserglyalaasnglytrpleuglyargpheleuthr

785790795800

leuglntrpleugluargleualaprovalglyglythrleuilethr

805810815

ilevalargglyargaspaspalaalaalaargalaargleuthrgln

820825830

alatyraspthraspprogluleuserargargphealagluleuala

835840845

asparghisleuargvalvalalaglyaspileglyaspproasnleu

850855860

glyleuthrprogluiletrphisargleualaalagluvalaspleu

865870875880

valvalhisproalaalaleuvalasnhisvalleuprotyrarggln

885890895

leupheglyproasnvalvalglythralagluvalilelysleuala

900905910

leuthrgluargilelysprovalthrtyrleuserthrvalserval

915920925

alametglyileproasppheglugluaspglyaspileargthrval

930935940

serprovalargproleuaspglyglytyralaasnglytyrglyasn

945950955960

serlystrpalaglygluvalleuleuargglualahisaspleucys

965970975

glyleuprovalalathrpheargseraspmetileleualahispro

980985990

argtyrargglyglnvalasnvalproaspmetphethrargleuleu

99510001005

leuserleuleuilethrglyvalalaproargserphetyrilegly

101010151020

aspglygluargproargalahistyrproglyleuthrvalaspphe

1025103010351040

valalaglualavalthrthrleuglyalaglnglnarggluglytyr

104510501055

valsertyraspvalmetasnprohisaspaspglyileserleuasp

106010651070

valphevalasptrpleuileargalaglyhisproileaspargval

107510801085

aspasptyraspasptrpvalargargphegluthralaleuthrala

109010951100

leuproglulysargargalaglnthrvalleuproleuleuhisala

1105111011151120

pheargalaproglnalaproleuargglyalaprogluprothrglu

112511301135

valphehisalaalavalargthralalysvalglyproglyaspile

114011451150

prohisleuaspglualaleuileasplystyrileargaspleuarg

115511601165

glupheglyleuile

1170

<210>4

<211>1148

<212>prt

<213>segniliparusrugosus

<400>4

metglyaspglyglugluargalalysargphepheglnargilegly

151015

gluleuseralathraspproglnphealaalaalaalaproasppro

202530

alavalvalglualavalseraspproserleuserphethrargtyr

354045

leuaspthrleumetargglytyralagluargproalaleualahis

505560

argvalglyalaglytyrgluthrilesertyrglygluleutrpala

65707580

argvalglyalailealaalaalatrpglnalaaspglyleualapro

859095

glyaspphevalalathrvalglyphethrserproasptyrvalala

100105110

valaspleualaalaalaargserglyleuvalservalproleugln

115120125

alaglyalaserleualaglnleuvalglyileleuglugluthrglu

130135140

prolysvalleualaalaseralaserserleugluglyalavalala

145150155160

cysalaleualaalaproservalglnargleuvalvalpheaspleu

165170175

argglyproaspalasergluseralaalaaspgluargargglyala

180185190

leualaaspalaglugluglnleualaargalaglyargalavalval

195200205

valgluthrleualaaspleualaalaargglyglualaleuproglu

210215220

alaproleuphegluproalagluglygluaspproleualaleuleu

225230235240

iletyrthrserglyserthrglyalaprolysglyalamettyrser

245250255

glnargleuvalserglnleutrpglyargthrprovalvalprogly

260265270

metproasnileserleuhistyrmetproleuserhissertyrgly

275280285

argalavalleualaglyalaleuseralaglyglythralahisphe

290295300

thralaasnseraspleuserthrleuphegluaspilealaleuala

305310315320

argprothrpheleualaleuvalproargvalcysglumetleuphe

325330335

glngluserglnargglyglnaspvalalagluleuarggluargval

340345350

leuglyglyargleuleuvalalavalcysglyseralaproleuser

355360365

proglumetargalaphemetglugluvalleuglypheproleuleu

370375380

aspglytyrglyserthrglualaleuglyvalmetargasnglyile

385390395400

ileglnargproprovalileasptyrlysleuvalaspvalproglu

405410415

leuglytyrargthrthrasplysprotyrproargglygluleucys

420425430

ileargserthrserleuileserglytyrtyrlysargprogluile

435440445

thralagluvalpheaspalaglnglytyrtyrlysthrglyaspval

450455460

metalagluilealaproasphisleuvaltyrvalaspargserlys

465470475480

asnvalleulysleuserglnglygluphevalalavalalalysleu

485490495

glualaalatyrglythrserprotyrvallysglnilephevaltyr

500505510

glyasnsergluargserpheleuleualavalvalvalproasnala

515520525

gluvalleuglyalaargaspglngluglualalysproleuileala

530535540

alaserleuglnlysilealalysglualaglyleuglnsertyrglu

545550555560

valproargasppheleuilegluthrgluprophethrthrglnasn

565570575

glyleuleusergluvalglylysleuleuargprolysleulysala

580585590

argtyrglyglualaleuglualaargtyraspgluilealahisgly

595600605

glnalaaspgluleuargalaleuargaspglyalaglyglnargpro

610615620

valvalgluthrvalvalargalaalavalalaileserglyserglu

625630635640

glyalagluvalglyproglualaasnphealaaspleuglyglyasp

645650655

serleuseralaleuserleualaasnleuleuhisaspvalpheglu

660665670

valgluvalprovalargileileileglyprothralaserleuala

675680685

glyilealalyshisileglualagluargalaglyalaseralapro

690695700

thralaalaservalhisglyalaglyalathrargileargalaser

705710715720

gluleuthrleuglulyspheleuprogluaspleuleualaalaala

725730735

lysglyleuproalaalaaspglnvalargthrvalleuleuthrgly

740745750

alaasnglytrpleuglyargpheleualaleugluglnleugluarg

755760765

leualaargserglyglnaspglyglylysleuilecysleuvalarg

770775780

glylysaspalaalaalaalaargargargileglugluthrleugly

785790795800

thraspproalaleualaalaargphealagluleualagluglyarg

805810815

leugluvalvalproglyaspvalglygluprolyspheglyleuasp

820825830

aspalaalatrpaspargleualaglugluvalaspvalilevalhis

835840845

proalaalaleuvalasnhisvalleuprotyrhisglnleuphegly

850855860

proasnvalvalglythralagluileileargleualailethrala

865870875880

lysarglysprovalthrtyrleuserthrvalalavalalaalagly

885890895

valgluproserserpheglugluaspglyaspileargalavalval

900905910

progluargproleuglyaspglytyralaasnglytyrglyasnser

915920925

lystrpalaglygluvalleuleuargglualahisgluleuvalgly

930935940

leuprovalalavalpheargseraspmetileleualahisthrarg

945950955960

tyrthrglyglnleuasnvalproaspglnphethrargleuvalleu

965970975

serleuleualathrglyilealaprolysserphetyrglnglngly

980985990

alaalaglygluargglnargalahistyraspglyileprovalasp

99510001005

phethralaglualailethrthrleuglyalagluprosertrpphe

101010151020

aspglyglyalaglypheargserpheaspvalpheasnprohishis

1025103010351040

aspglyvalglyleuaspgluphevalasptrpleuileglualagly

104510501055

hisproileserargileaspasphislysglutrpphealaargphe

106010651070

gluthralavalargglyleuproglualaglnargglnhisserleu

107510801085

leuproleuleuargalatyrserpheprohisproprovalaspgly

109010951100

servaltyrprothrglylyspheglnglyalavallysalaalagln

1105111011151120

valglyserasphisaspvalprohisleuglylysalaleuileval

112511301135

lystyralaaspaspleulysalaleuglyleuleu

11401145

<210>5

<211>1185

<212>prt

<213>脓肿分枝杆菌博氏亚种

<400>5

metthrasngluthrasnproglnglngluglnleuserargargile

151015

gluserleuarggluseraspproglnpheargalaalaglnproasp

202530

proalavalalagluglnvalleuargproglyleuhisleuserglu

354045

alailealaalaleumetthrglytyralagluargproalaleugly

505560

gluargalaarggluleuvalileaspglnaspglyargthrthrleu

65707580

argleuleuproargpheaspthrthrthrtyrglygluleutrpser

859095

argthrthrservalalaalaalatrphishisaspalathrhispro

100105110

vallysalaglyaspleuvalalathrleuglyphethrserileasp

115120125

tyrthrvalleuaspleualailemetileleuglyglyvalalaval

130135140

proleuglnthrseralaproalaserglntrpthrthrileleuala

145150155160

glualagluproasnthrleualavalserilegluleuileglyala

165170175

alametgluservalargalathrproserilelysglnvalvalval

180185190

pheasptyrthrprogluvalaspaspglnargglualaphegluala

195200205

alaserthrglnleualaglythrglyilealaleugluthrleuasp

210215220

alavalilealaargglyalaalaleuproalaalaproleutyrala

225230235240

proseralaglyaspaspproleualaleuleuiletyrthrsergly

245250255

serthrglyalaprolysglyalamethissergluasnilevalarg

260265270

argtrptrpilearggluaspvalmetalaglythrgluasnleupro

275280285

metileglyleuasnphemetprometserhisilemetglyarggly

290295300

thrleuthrserthrleuserthrglyglythrglytyrphealaala

305310315320

serseraspmetserthrleuphegluaspmetgluleuileargpro

325330335

thralaleualaleuvalproargvalcysaspmetvalpheglnarg

340345350

pheglnthrgluvalaspargargleualaserglyaspthralaser

355360365

alaglualavalalaalagluvallysalaaspileargaspasnleu

370375380

pheglyglyargvalseralavalmetvalglyseralaproleuser

385390395400

glugluleuglyglupheileglusercysphegluleuasnleuthr

405410415

aspglytyrglyserthrglualaglymetvalpheargaspglyile

420425430

valglnargproprovalileasptyrlysleuvalaspvalproglu

435440445

leuglytyrpheserthrasplysprohisproargglygluleuleu

450455460

leulysthraspglymetpheleuglytyrtyrlysargprogluval

465470475480

thralaservalpheaspalaaspglyphetyrmetthrglyaspile

485490495

valalagluleualahisaspasnilegluileileaspargargasn

500505510

asnvalleulysleuserglnglygluphevalalavalalathrleu

515520525

glualaglutyralaasnserprovalvalhisglniletyrvaltyr

530535540

glysersergluargsertyrleuleualavalvalvalprothrpro

545550555560

glualavalalaalaalalysglyaspalaalaalaleulysthrthr

565570575

ilealaaspserleuglnaspilealalysgluileglnleuglnser

580585590

tyrgluvalproargasppheileilegluproglnprophethrgln

595600605

glyasnglyleuleuthrglyilealalysleualaargproasnleu

610615620

lysalahistyrglyproargleugluglnmettyralagluileala

625630635640

gluglnglnalaalagluleuargalaleuhisglyvalaspproasp

645650655

lysproalaleugluthrvalleulysalaalaglnalaleuleugly

660665670

valserseralagluleualaalaaspalahisphethraspleugly

675680685

glyaspserleuseralaleuserpheseraspleuleuargaspile

690695700

phealavalgluvalprovalglyvalilevalseralaalaasnasp

705710715720

leuglyglyvalalalysphevalaspgluglnarghisserglygly

725730735

thrargprothralagluthrvalhisglyalaglyhisthrgluile

740745750

argalaalaaspleuthrleuasplyspheileaspglualathrleu

755760765

hisalaalaproserleuprolysalaalaglyileprohisthrval

770775780

leuleuthrglyserasnglytyrleuglyhistyrleualaleuglu

785790795800

trpleugluargleuasplysthraspglylysleuilevalileval

805810815

argglylysasnalaglualaalatyrglyargleugluglualaphe

820825830

aspthrglyaspthrgluleuleualahispheargserleualaasp

835840845

lyshisleugluvalleualaglyaspileglyaspproasnleugly

850855860

leuaspalaaspthrtrpglnargleualaaspthrvalaspvalile

865870875880

valhisproalaalaleuvalasnhisvalleuprotyrasnglnleu

885890895

pheglyproasnvalvalglythralagluileilelysleualaile

900905910

thrthrlysilelysprovalthrtyrleuserthrvalalavalala

915920925

alatyrvalaspprothrthrpheaspglugluseraspileargleu

930935940

ileseralavalargproileaspaspglytyralaasnglytyrgly

945950955960

asnalalystrpalaglygluvalleuleuargglualahisaspleu

965970975

cysglyleuprovalalavalpheargseraspmetileleualahis

980985990

serargtyrthrglyglnleuasnvalproaspglnphethrargleu

99510001005

ileleuserleuilealathrglyilealaproglyserphetyrgln

101010151020

alaglnthrthrglygluargproleualahistyraspglyleupro

1025103010351040

glyaspphethralaglualailethrthrleuglythrglnvalpro

104510501055

gluglysergluglyphevalthrtyraspcysvalasnprohisala

106010651070

aspglyileserleuaspasnphevalasptrpleuileglualagly

107510801085

tyrproilealaargileaspasntyrthrglutrpphethrargphe

109010951100

aspthralaileargglyleuserglulysglnlysglnhisserleu

1105111011151120

leuproleuleuhisalaphegluglnproseralaalagluasnhis

112511301135

glyvalvalproalalysargpheglnhisalavalglnalaalagly

114011451150

ileglyprovalglyglnaspglythrthraspileprohisleuser

115511601165

argargleuilevallystyralalysaspleugluglnleuglyleu

117011751180

leu

1185

<210>6

<211>1186

<212>prt

<213>segniliparusrotundus

<400>6

metthrglnserhisthrglnglyproglnalaseralaalahisser

151015

argleualaargargalaalagluleuleualathraspproglnala

202530

alaalathrleuproaspprogluvalvalargglnalathrargpro

354045

glyleuargleualagluargvalaspalaileleuserglytyrala

505560

aspargproalaleuglyglnargserpheglnthrvallysasppro

65707580

ilethrglyargserservalgluleuleuprothrpheaspthrile

859095

thrtyrarggluleuarggluargalathralailealaseraspleu

100105110

alahishisproglnalaproalalysproglyasppheleualaser

115120125

ileglypheileservalasptyrvalalaileaspilealaglyval

130135140

phealaglyleuthralavalproleuglnthrglyalathrleuala

145150155160

thrleuthralailethralagluthralaprothrleuphealaala

165170175

serilegluhisleuprothralavalaspalavalleualathrpro

180185190

servalargargleuleuvalpheasptyrargalaglyseraspglu

195200205

aspargglualavalglualaalalysarglysilealaaspalagly

210215220

serservalleuvalaspvalleuaspgluvalilealaargglylys

225230235240

seralaprolysalaproleuproproalathraspalaglyaspasp

245250255

serleuserleuleuiletyrthrserglyserthrglythrprolys

260265270

glyalamettyrprogluargasnvalalahisphetrpglyglyval

275280285

trpalaalaalapheaspgluaspalaalaproprovalproalaile

290295300

asnilethrpheleuproleuserhisvalalaserargleuserleu

305310315320

metprothrleualaargglyglyleumethisphevalalalysser

325330335

aspleuserthrleuphegluaspleulysleualaargprothrasn

340345350

leupheleuvalproargvalvalglumetleutyrglnhistyrgln

355360365

sergluleuaspargargglyvalglnaspglythrargglualaglu

370375380

alavallysaspaspleuargthrglyleuleuglyglyargileleu

385390395400

thralaglypheglyseralaproleuseralagluleualaglyphe

405410415

ilegluserleuleuglnilehisleuvalaspglytyrglyserthr

420425430

glualaglyprovaltrpargaspglytyrleuvallysproproval

435440445

thrasptyrlysleuileaspvalprogluleuglytyrpheserthr

450455460

aspserprohisproargglygluleualailelysthrglnthrile

465470475480

leuproglytyrtyrlysargprogluthrthralagluvalpheasp

485490495

gluaspglyphetyrleuthrglyaspvalvalalaglnileglypro

500505510

gluglnphealatyrvalaspargarglysasnvalleulysleuser

515520525

glnglygluphevalthrleualalysleuglualaalatyrserser

530535540

serproleuvalargglnleuphevaltyrglysersergluargser

545550555560

tyrleuleualavalilevalprothrproaspalaleulyslysphe

565570575

glyvalglyglualaalalysalaalaleuglygluserleuglnlys

580585590

ilealaargaspgluglyleuglnsertyrgluvalproargaspphe

595600605

ileilegluthraspprophethrvalgluasnglyleuleuserasp

610615620

alaarglysserleuargprolysleulysgluhistyrglygluarg

625630635640

leuglualamettyrlysgluleualaaspglyglnalaasngluleu

645650655

argaspileargargglyvalglnglnargprothrleugluthrval

660665670

argargalaalaalaalametleuglyalaseralaalagluilelys

675680685

proaspalahisphethraspleuglyglyaspserleuseralaleu

690695700

thrpheserasnpheleuhisaspleuphegluvalaspvalproval

705710715720

glyvalilevalseralaalaasnthrleuglyservalalagluhis

725730735

ileaspalaglnleualaglyglyargalaargprothrphealathr

740745750

valhisglylysglyserthrthrilelysalaseraspleuthrleu

755760765

asplyspheileaspgluglnthrleuglualaalalyshisleupro

770775780

lysproalaaspproproargthrvalleuleuthrglyalaasngly

785790795800

trpleuglyargpheleualaleuglutrpleugluargleualapro

805810815

alaglyglylysleuilethrilevalargglylysaspalaalagln

820825830

alalysalaargleuaspalaalatyrgluserglyaspprolysleu

835840845

alaglyhistyrglnaspleualaalathrthrleugluvalleuala

850855860

glyaspphesergluproargleuglyleuaspglualathrtrpasn

865870875880

argleualaaspgluvalasppheileserhisproglyalaleuval

885890895

asnhisvalleuprotyrasnglnleupheglyproasnvalalagly

900905910

valalagluileilelysleualailethrthrargilelysproval

915920925

thrtyrleuserthrvalalavalalaalaglyvalgluproserala

930935940

leuaspgluaspglyaspileargthrvalseralagluargserval

945950955960

aspgluglytyralaasnglytyrglyasnserlystrpglyglyglu

965970975

valleuleuargglualahisaspargthrglyleuprovalargval

980985990

pheargseraspmetileleualahisglnlystyrthrglyglnval

99510001005

asnalathraspglnphethrargleuvalglnserleuleualathr

101010151020

glyleualaprolysserphetyrgluleuaspalaglnglyasnarg

1025103010351040

glnargalahistyraspglyileprovalaspphethralagluser

104510501055

ilethrthrleuglyglyaspglyleugluglytyrargsertyrasn

106010651070

valpheasnprohisargaspglyvalglyleuaspgluphevalasp

107510801085

trpleuileglualaglyhisproilethrargileaspasptyrasp

109010951100

glntrpleuserargphegluthrserleuargglyleuprogluser

1105111011151120

lysargglnalaservalleuproleuleuhisalaphealaargpro

112511301135

glyproalavalaspglyserpropheargasnthrvalpheargthr

114011451150

aspvalglnlysalalysileglyalagluhisaspileprohisleu

115511601165

glylysalaleuvalleulystyralaaspaspilelysglnleugly

117011751180

leuleu

1185

<210>7

<211>459

<212>prt

<213>紫色色杆菌

<400>7

metglnlysglnargthrthrserglntrparggluleuaspalaala

151015

hishisleuhisprophethraspthralaserleuasnglnalagly

202530

alaargvalmetthrargglygluglyvaltyrleutrpaspserglu

354045

glyasnlysileileaspglymetalaglyleutrpcysvalasnval

505560

glytyrglyarglysaspphealaglualaalaargargglnmetglu

65707580

gluleuprophetyrasnthrphephelysthrthrhisproalaval

859095

valgluleuserserleuleualagluvalthrproalaglypheasp

100105110

argvalphetyrthrasnserglysergluservalaspthrmetile

115120125

argmetvalargargtyrtrpaspvalglnglylysproglulyslys

130135140

thrleuileglyargtrpasnglytyrhisglyserthrileglygly

145150155160

alaserleuglyglymetlystyrmethisgluglnglyaspleupro

165170175

ileproglymetalahisilegluglnprotrptrptyrlyshisgly

180185190

lysaspmetthrproaspglupheglyvalvalalaalaargtrpleu

195200205

gluglulysileleugluileglyalaasplysvalalaalapheval

210215220

glygluproileglnglyalaglyglyvalilevalproproalathr

225230235240

tyrtrpprogluilegluargilecysarglystyraspvalleuleu

245250255

valalaaspgluvalilecysglypheglyargthrglyglutrpphe

260265270

glyhisglnhispheglypheglnproaspleuphethralaalalys

275280285

glyleuserserglytyrleuproileglyalavalphevalglylys

290295300

argvalalagluglyleuilealaglyglyasppheasnhisglyphe

305310315320

thrtyrserglyhisprovalcysalaalavalalahisalaasnval

325330335

alaalaleuargaspgluglyilevalglnargvallysaspaspile

340345350

glyprotyrmetglnlysargtrparggluthrpheserargpheglu

355360365

hisvalaspaspvalargglyvalglymetvalglnalaphethrleu

370375380

vallysasnlysalalysarggluleupheproasppheglygluile

385390395400

glythrleucysargaspilephepheargasnasnleuilemetarg

405410415

alacysglyasphisilevalseralaproproleuvalmetthrarg

420425430

alagluvalaspglumetleualavalalagluargcysleugluglu

435440445

phegluglnthrleulysalaargglyleuala

450455

<210>8

<211>468

<212>prt

<213>铜绿假单胞菌

<400>8

metasnalaargleuhisalathrserproleuglyaspalaaspleu

151015

valargalaaspglnalahistyrmethisglytyrhisvalpheasp

202530

asphisargvalasnglyserleuasnilealaalaglyaspglyala

354045

tyriletyraspthralaglyasnargtyrleuaspalavalglygly

505560

mettrpcysthrasnileglyleuglyarggluglumetalaargthr

65707580

valalagluglnthrargleuleualatyrserasnprophecysasp

859095

metalaasnproargalailegluleucysarglysleualagluleu

100105110

alaproglyaspleuasphisvalpheleuthrthrglyglyserthr

115120125

alavalaspthralaileargleumethistyrtyrglnasncysarg

130135140

glylysargalalyslyshisvalilethrargileasnalatyrhis

145150155160

glyserthrpheleuglymetserleuglyglylysseralaasparg

165170175

proalaglupheasppheleuaspgluargilehishisleualacys

180185190

protyrtyrtyrargalaprogluglyleuglyglualaglupheleu

195200205

aspglyleuvalaspgluphegluarglysileleugluleuglyala

210215220

aspargvalglyalapheilesergluprovalpheglyserglygly

225230235240

valilevalproproalaglytyrhisargargmettrpgluleucys

245250255

glnargtyraspvalleutyrileseraspgluvalvalthrserphe

260265270

glyargleuglyhisphephealaserglnalavalpheglyvalgln

275280285

proaspileileleuthralalysglyleuthrserglytyrglnpro

290295300

leuglyalacysilepheserargargiletrpgluvalilealaglu

305310315320

proasplysglyargcyspheserhisglyphethrtyrserglyhis

325330335

provalalacysalaalaalaleulysasnilegluileilegluarg

340345350

gluglyleuleualahisalaaspgluvalglyargtyrphegluglu

355360365

argleuglnserleuargaspleuproilevalglyaspvalarggly

370375380

metargphemetalacysvalgluphevalalaasplysalaserlys

385390395400

alaleupheprogluserleuasnileglyglutrpvalhisleuarg

405410415

alaglnlysargglyleuleuvalargproilevalhisleuasnval

420425430

metserproproleuileleuthrarggluglnvalaspthrvalval

435440445

argvalleuarggluserileglugluthrvalgluaspleuvalarg

450455460

alaglyhisarg

465

<210>9

<211>454

<212>prt

<213>丁香假单胞菌

<400>9

metseralaasnasnproglnthrleuglutrpglnalaleuserser

151015

gluhishisleualapropheserasptyrlysglnleulysglulys

202530

glyproargileilethrargalagluglyvaltyrleutrpaspser

354045

gluglyasnlysileleuaspglymetserglyleutrpcysvalala

505560

ileglytyrglyargglugluleualaaspalaalaserlysglnmet

65707580

arggluleuprotyrtyrasnleuphepheglnthralahispropro

859095

valleugluleualalysalaileseraspilealaprogluglymet

100105110

asnhisvalphephethrglyserglysergluglyasnaspthrmet

115120125

leuargmetvalarghistyrtrpalaleulysglyglnproasnlys

130135140

lysthrileileserargvalasnglytyrhisglyserthrvalala

145150155160

glyalaserleuglyglymetthrtyrmethisgluglnglyaspleu

165170175

proileproglyvalvalhisileproglnprotyrtrppheglyglu

180185190

glyglyaspmetthrproaspglupheglyiletrpalaalaglugln

195200205

leuglulyslysileleugluleuglyvalgluasnvalglyalaphe

210215220

ilealagluproileglnglyalaglyglyvalilevalproproasp

225230235240

sertyrtrpprolysilelysgluileleuserargtyraspileleu

245250255

phealaalaaspgluvalilecysglypheglyargthrserglutrp

260265270

pheglyseraspphetyrglyleuargproaspmetmetthrileala

275280285

lysglyleuthrserglytyrvalprometglyglyleuilevalarg

290295300

aspgluilevalalavalleuasngluglyglyasppheasnhisgly

305310315320

phethrtyrserglyhisprovalalaalaalavalalaleugluasn

325330335

ileargileleuarggluglulysilevalgluargvalargserglu

340345350

thralaprotyrleuglnlysargleuarggluleuserasphispro

355360365

leuvalglygluvalargglyvalglyleuleuglyalailegluleu

370375380

vallysasplysthrthrarggluargtyrthrasplysglyalagly

385390395400

metilecysargthrphecyspheaspasnglyleuilemetargala

405410415

valglyaspthrmetileilealaproproleuvalileserpheala

420425430

glnileaspgluleuvalglulysalaargthrcysleuaspleuthr

435440445

leualavalleuglngly

450

<210>10

<211>467

<212>prt

<213>球形红杆菌

<400>10

metthrargasnaspalathrasnalaalaglyalavalglyalaala

151015

metargasphisileleuleuproalaglnglumetalalysleugly

202530

lysseralaglnprovalleuthrhisalagluglyiletyrvalhis

354045

thrgluaspglyargargleuileaspglyproalaglymettrpcys

505560

alaglnvalglytyrglyargarggluilevalaspalametalahis

65707580

glnalametvalleuprotyralaserprotrptyrmetalathrser

859095

proalaalaargleualaglulysilealathrleuthrproglyasp

100105110

leuasnargilephephethrthrglyglyserthralavalaspser

115120125

alaleuargphesergluphetyrasnasnvalleuglyargprogln

130135140

lyslysargileilevalargtyraspglytyrhisglyserthrala

145150155160

leuthralaalacysthrglyargthrglyasntrpproasnpheasp

165170175

ilealaglnaspargileserpheleuserserproasnproarghis

180185190

alaglyasnargserglnglualapheleuaspaspleuvalglnglu

195200205

phegluaspargilegluserleuglyproaspthrilealaalaphe

210215220

leualagluproileleualaserglyglyvalileileproproala

225230235240

glytyrhisalaargphelysalailecysglulyshisaspileleu

245250255

tyrileseraspgluvalvalthrglypheglyargcysglyglutrp

260265270

phealaserglulysvalpheglyvalvalproaspileilethrphe

275280285

alalysglyvalthrserglytyrvalproleuglyglyleualaile

290295300

serglualavalleualaargileserglygluasnalalysglyser

305310315320

trpphethrasnglytyrthrtyrserasnglnprovalalacysala

325330335

alaalaleualaasnilegluleumetgluarggluglyilevalasp

340345350

glnalaargglumetalaasptyrphealaalaalaleualaserleu

355360365

argaspleuproglyvalalagluthrargservalglyleuvalgly

370375380

cysvalglncysleuleuaspprothrargalaaspglythralaglu

385390395400

asplysalaphethrleulysileaspgluargcysphegluleugly

405410415

leuilevalargproleuglyaspleucysvalileserproproleu

420425430

ileileserargalaglnileaspglumetvalalailemetarggln

435440445

alailethrgluvalseralaalahisglyleuthralalysglupro

450455460

alaalaval

465

<210>11

<211>459

<212>prt

<213>大肠杆菌

<400>11

metasnargleuproserseralaseralaleualacysseralahis

151015

alaleuasnleuileglulysargthrleuasphisgluglumetlys

202530

alaleuasnarggluvalileglutyrphelysgluhisvalasnpro

354045

glypheleuglutyrarglysservalthralaglyglyasptyrgly

505560

alavalglutrpglnalaglyserleuasnthrleuvalaspthrgln

65707580

glyglnglupheileaspcysleuglyglypheglyilepheasnval

859095

glyhisargasnprovalvalvalseralavalglnasnglnleuala

100105110

lysglnproleuhisserglngluleuleuaspproleuargalamet

115120125

leualalysthrleualaalaleuthrproglylysleulystyrser

130135140

phephecysasnserglythrgluservalglualaalaleulysleu

145150155160

alalysalatyrglnserproargglylysphethrpheilealathr

165170175

serglyalaphehisglylysserleuglyalaleuseralathrala

180185190

lysserthrphearglysprophemetproleuleuproglyphearg

195200205

hisvalpropheglyasnileglualametargthralaleuasnglu

210215220

cyslyslysthrglyaspaspvalalaalavalileleugluproile

225230235240

glnglygluglyglyvalileleuproproproglytyrleuthrala

245250255

valarglysleucysaspglupheglyalaleumetileleuaspglu

260265270

valglnthrglymetglyargthrglylysmetphealacysgluhis

275280285

gluasnvalglnproaspileleucysleualalysalaleuglygly

290295300

glyvalmetproileglyalathrilealathrglugluvalpheser

305310315320

valleupheaspasnpropheleuhisthrthrthrpheglyglyasn

325330335

proleualacysalaalaalaleualathrileasnvalleuleuglu

340345350

glnasnleuproalaglnalagluglnlysglyaspmetleuleuasp

355360365

glypheargglnleualaargglutyrproaspleuvalglngluala

370375380

argglylysglymetleumetalailegluphevalaspasngluile

385390395400

glytyrasnphealaserglumetpheargglnargvalleuvalala

405410415

glythrleuasnasnalalysthrileargilegluproproleuthr

420425430

leuthrilegluglncysgluleuvalilelysalaalaarglysala

435440445

leualaalametargvalservalglugluala

450455

<210>12

<211>453

<212>prt

<213>河流弧菌

<400>12

metasnlysproglnsertrpglualaargalagluthrtyrserleu

151015

tyrglyphethraspmetproserleuhisglnargglythrvalval

202530

valthrhisglygluglyprotyrilevalaspvalasnglyargarg

354045

tyrleuaspalaasnserglyleutrpasnmetvalalaglypheasp

505560

hislysglyleuileaspalaalalysalaglntyrgluargphepro

65707580

glytyrhisalaphepheglyargmetseraspglnthrvalmetleu

859095

serglulysleuvalgluvalserpropheaspserglyargvalphe

100105110

tyrthrasnserglyserglualaasnaspthrmetvallysmetleu

115120125

trppheleuhisalaalagluglylysproglnlysarglysileleu

130135140

thrargtrpasnalatyrhisglyvalthralavalseralasermet

145150155160

thrglylysprotyrasnservalpheglyleuproleuproglyphe

165170175

valhisleuthrcysprohistyrtrpargtyrglyglugluglyglu

180185190

thrglugluglnphevalalaargleualaarggluleuglugluthr

195200205

ileglnarggluglyalaaspthrilealaglyphephealaglupro

210215220

valmetglyalaglyglyvalileproproalalysglytyrphegln

225230235240

alaileleuproileleuarglystyraspileprovalileserasp

245250255

gluvalilecysglypheglyargthrglyasnthrtrpglycysval

260265270

thrtyraspphethrproaspalaileileserserlysasnleuthr

275280285

alaglyphepheprometglyalavalileleuglyprogluleuser

290295300

lysargleugluthralaileglualailegluglupheprohisgly

305310315320

phethralaserglyhisprovalglycysalailealaleulysala

325330335

ileaspvalvalmetasngluglyleualagluasnvalargargleu

340345350

alaproargpheglugluargleulyshisilealagluargproasn

355360365

ileglyglutyrargglyileglyphemettrpalaleuglualaval

370375380

lysasplysalaserlysthrpropheaspglyasnleuservalser

385390395400

gluargilealaasnthrcysthraspleuglyleuilecysargpro

405410415

leuglyglnservalvalleucyspropropheileleuthrgluala

420425430

glnmetaspglumetpheasplysleuglulysalaleuasplysval

435440445

phealagluvalala

450

<210>13

<211>224

<212>prt

<213>枯草芽孢杆菌

<400>13

metlysiletyrglyiletyrmetaspargproleuserglngluglu

151015

asngluargphemetserpheileserproglulysargglulyscys

202530

argargphetyrhislysgluaspalahisargthrleuleuglyasp

354045

valleuvalargservalileserargglntyrglnleuasplysser

505560

aspileargpheserthrglnglutyrglylysprocysileproasp

65707580

leuproaspalahispheasnileserhisserglyargtrpvalile

859095

cysalapheaspserglnproileglyileaspileglulysthrlys

100105110

proileserleugluilealalysargphepheserlysthrglutyr

115120125

seraspleuleualalysasplysaspgluglnthrasptyrphetyr

130135140

hisleutrpsermetlysgluserpheilelysglngluglylysgly

145150155160

leuserleuproleuaspserpheservalargleuhisglnaspgly

165170175

glnvalserilegluleuproaspserhisserprocystyrilelys

180185190

thrtyrgluvalaspproglytyrlysmetalavalcysalaalahis

195200205

proasppheprogluaspilethrmetvalsertyrglugluleuleu

210215220

<210>14

<211>222

<212>prt

<213>诺卡氏菌属nrrl5646

<400>14

metilegluthrileleuproalaglyvalgluseralagluleuleu

151015

glutyrprogluaspleulysalahisproalaglugluhisleuile

202530

alalysservalglulysargargargasppheileglyalaarghis

354045

cysalaargleualaleualagluleuglygluproprovalalaile

505560

glylysglygluargglyalaproiletrpproargglyvalvalgly

65707580

serleuthrhiscysaspglytyrargalaalaalavalalahislys

859095

metargpheargserileglyileaspalagluprohisalathrleu

100105110

progluglyvalleuaspservalserleuproprogluargglutrp

115120125

leulysthrthraspseralaleuhisleuaspargleuleuphecys

130135140

alalysglualathrtyrlysalatrptrpproleuthralaargtrp

145150155160

leuglyphegluglualahisilethrphegluilegluaspglyser

165170175

alaaspserglyasnglythrphehissergluleuleuvalprogly

180185190

glnthrasnaspglyglythrproleuleuserpheaspglyargtrp

195200205

leuilealaaspglypheileleuthralailealatyrala

210215220

<210>15

<211>261

<212>prt

<213>植物乳杆菌

<400>15

metalathrleuglyalaasnalaserleutyrsergluglnhisarg

151015

ilethrtyrtyrglucysaspargthrglyargalathrleuthrthr

202530

leuileaspilealavalleualasergluaspglnseraspalaleu

354045

glyleuthrthrglumetvalglnserhisglyvalglytrpvalval

505560

thrglntyralaileaspilethrargmetproargglnaspgluval

65707580

valthrilealavalargglyseralatyrasnprotyrphealatyr

859095

arggluphetrpileargaspalaaspglyglnglnleualatyrile

100105110

thrseriletrpvalmetmetserglnthrthrargargilevallys

115120125

ileleuprogluleuvalalaprotyrglnsergluvalvallysarg

130135140

ileproargleuproargproileserpheglualathraspthrthr

145150155160

ilethrlysprotyrhisvalargphepheaspileaspproasnarg

165170175

hisvalasnasnalahistyrpheasptrpleuvalaspthrleupro

180185190

alathrpheleuleuglnhisaspleuvalhisvalaspvalargtyr

195200205

gluasngluvallystyrglyglnthrvalthralahisalaasnile

210215220

leuprosergluvalalaaspglnvalthrthrserhisleuileglu

225230235240

valaspaspglulyscyscysgluvalthrileglntrpargthrleu

245250255

progluproilegln

260

<210>16

<211>231

<212>prt

<213>四联消化厌氧球菌

<400>16

metlysphelyslyslysphelysileglyargmethisvalasppro

151015

pheasntyrilesermetargtyrleuvalalaleumetasngluval

202530

alapheaspglnalagluileleuglulysaspileaspmetlysasn

354045

leuargtrpileiletyrsertrpaspileglnilegluasnasnile

505560

argleuglyglugluilegluilethrthrileprothrhismetasp

65707580

lysphetyralatyrargasppheilevalgluserargglyasnile

859095

leualaargalalysalathrpheleuleumetaspilethrargleu

100105110

argproilelysileproglnasnleuserleualatyrglylysglu

115120125

asnproilepheaspiletyraspmetgluileargasnaspleuala

130135140

pheileargaspileglnleuargargalaaspleuaspasnasnphe

145150155160

hisileasnasnalavaltyrpheaspleuilelysgluthrvalasp

165170175

iletyrasplysaspilesertyrilelysleuiletyrargasnglu

180185190

ileargasplyslysglnileglnalaphealaargarggluasplys

195200205

serileaspphealaleuargglygluaspglyargasptyrcysleu

210215220

glylysilelysthrasnval

225230

<210>17

<211>246

<212>prt

<213>产气荚膜梭菌

<400>17

metglylysalatyrglulysvaltyrgluvalthrtyrglygluthr

151015

aspglyarglysaspcysargilethrsermetmetasnphepheser

202530

aspcyscysleuserglngluglulysasnsermetasntyralaasp

354045

asnsersergluthrthrtrpvalphepheasptyrgluileileval

505560

asnargtyrproargtyrargglulysilelysvallysthrtyrval

65707580

gluserilearglysphetyrserasnargvalpheglualatyrasp

859095

metaspglyalaleuvalalaargalaaspvalleualapheleuile

100105110

asnlyslysthrargargproalaargileseraspgluglutyrglu

115120125

ilehisglyleuserlysgluserserlysleuleuarglyslysleu

130135140

asnpheglulyspheasplysgluaspleuglumetasnphehisile

145150155160

argtyrleuaspileaspleuasnmethisvalserasnilelystyr

165170175

valglutrpileleugluthrvalprovalaspilevalleuasntyr

180185190

lysmetlyslysilelysilelyspheglulysgluilethrtyrgly

195200205

hisasnvalileilelysserlysileilelysglygluaspgluval

210215220

lysvalleuhislysvalgluasnglugluglygluserilethrleu

225230235240

alagluthrtyrtrptyr

245

<210>18

<211>1049

<212>prt

<213>巨大芽孢杆菌

<400>18

metthrilelysglumetproglnprolysthrpheglygluleulys

151015

asnleuproleuleuasnthrasplysprovalglnalaleumetlys

202530

ilealaaspgluleuglygluilephelyspheglualaproglyarg

354045

valthrargtyrleuserserglnargleuilelysglualacysasp

505560

gluserargpheasplysasnleuserglnalaleulysphevalarg

65707580

aspphealaglyaspglyleuphethrsertrpthrhisglulysasn

859095

trplyslysalahisasnileleuleuproserpheserglnglnala

100105110

metlysglytyrhisalametmetvalaspilealavalglnleuval

115120125

glnlystrpgluargleuasnalaaspgluhisilegluvalproglu

130135140

aspmetthrargleuthrleuaspthrileglyleucysglypheasn

145150155160

tyrargpheasnserphetyrargaspglnprohispropheilethr

165170175

sermetvalargalaleuaspglualametasnlysleuglnargala

180185190

asnproaspaspproalatyraspgluasnlysargglnpheglnglu

195200205

aspilelysvalmetasnaspleuvalasplysileilealaasparg

210215220

lysalaserglygluglnseraspaspleuleuthrhismetleuasn

225230235240

glylysaspprogluthrglygluproleuaspaspgluasnilearg

245250255

tyrglnileilethrpheleuilealaglyhisgluthrthrsergly

260265270

leuleuserphealaleutyrpheleuvallysasnprohisvalleu

275280285

glnlysalaalagluglualaalaargvalleuvalaspprovalpro

290295300

sertyrlysglnvallysglnleulystyrvalglymetvalleuasn

305310315320

glualaleuargleutrpprothralaproalapheserleutyrala

325330335

lysgluaspthrvalleuglyglyglutyrproleuglulysglyasp

340345350

gluleumetvalleuileproglnleuhisargasplysthriletrp

355360365

glyaspaspvalgluglupheargprogluargphegluasnproser

370375380

alaileproglnhisalaphelyspropheglyasnglyglnargala

385390395400

cysileglyglnglnphealaleuhisglualathrleuvalleugly

405410415

metmetleulyshispheaspphegluasphisthrasntyrgluleu

420425430

aspilelysgluthrleuthrleulysprogluglyphevalvallys

435440445

alalysserlyslysileproleuglyglyileproserproserthr

450455460

gluglnseralalyslysvalarglyslysalagluasnalahisasn

465470475480

thrproleuleuvalleutyrglyserasnmetglythralaglugly

485490495

thralaargaspleualaaspilealametserlysglyphealapro

500505510

glnvalalathrleuaspserhisalaglyasnleuproargglugly

515520525

alavalleuilevalthralasertyrasnglyhisproproaspasn

530535540

alalysglnphevalasptrpleuaspglnalaseralaaspgluval

545550555560

lysglyvalargtyrservalpheglycysglyasplysasntrpala

565570575

thrthrtyrglnlysvalproalapheileaspgluthrleualaala

580585590

lysglyalagluasnilealaaspargglyglualaaspalaserasp

595600605

aspphegluglythrtyrgluglutrparggluhismettrpserasp

610615620

valalaalatyrpheasnleuaspilegluasnsergluaspasnlys

625630635640

serthrleuserleuglnphevalaspseralaalaaspmetproleu

645650655

alalysmethisglyalapheserthrasnvalvalalaserlysglu

660665670

leuglnglnproglyseralaargserthrarghisleugluileglu

675680685

leuprolysglualasertyrglngluglyasphisleuglyvalile

690695700

proargasntyrgluglyilevalasnargvalthralaargphegly

705710715720

leuaspalaserglnglnileargleuglualaglugluglulysleu

725730735

alahisleuproleualalysthrvalservalglugluleuleugln

740745750

tyrvalgluleuglnaspprovalthrargthrglnleuargalamet

755760765

alaalalysthrvalcysproprohislysvalgluleuglualaleu

770775780

leuglulysglnalatyrlysgluglnvalleualalysargleuthr

785790795800

metleugluleuleuglulystyrproalacysglumetlyspheser

805810815

glupheilealaleuleuproserileargproargtyrtyrserile

820825830

serserserproargvalaspglulysglnalaserilethrvalser

835840845

valvalserglyglualatrpserglytyrglyglutyrlysglyile

850855860

alaserasntyrleualagluleuglngluglyaspthrilethrcys

865870875880

pheileserthrproglnsergluphethrleuprolysaspproglu

885890895

thrproleuilemetvalglyproglythrglyvalalaprophearg

900905910

glyphevalglnalaarglysglnleulysgluglnglyglnserleu

915920925

glyglualahisleutyrpheglycysargserprohisgluasptyr

930935940

leutyrglnglugluleugluasnalaglnsergluglyileilethr

945950955960

leuhisthralapheserargmetproasnglnprolysthrtyrval

965970975

glnhisvalmetgluglnaspglylyslysleuilegluleuleuasp

980985990

glnglyalahisphetyrilecysglyaspglyserglnmetalapro

99510001005

alavalglualathrleumetlyssertyralaaspvalhisglnval

101010151020

serglualaaspalaargleutrpleuglnglnleugluglulysgly

1025103010351040

argtyralalysaspvaltrpalagly

1045

<210>19

<211>310

<212>prt

<213>藤黄微球菌

<400>19

metsergluphethrargphegluglnvalthrvalleuglythrgly

151015

valleuglyserglnileilemetglnalaalatyrhisglylyslys

202530

valmetalatyraspalavalproalaalaleugluasnleuasplys

354045

argtrpalatrpileargglnglytyrglualaaspleuglyglugly

505560

tyraspalaalaargpheaspglualailealaargilethrprothr

65707580

seraspleualaglualavalalaaspalaaspilevalilegluala

859095

valprogluasnleugluleulysarglysvaltrpalaglnvalgly

100105110

gluleualaproalathrthrleuphealathrasnthrserserleu

115120125

leuproseraspphealaaspalaserglyhisprogluargpheleu

130135140

alaleuhistyralaasnargiletrpalaglnasnthralagluval

145150155160

metglythralaalathrserproglualavalalaglyalaleugln

165170175

phealaglugluthrglymetvalprovalhisvalarglysgluile

180185190

proglytyrpheleuasnserleuleuileprotrpleuglnalagly

195200205

serlysleutyrmethisglyvalglyasnproalaaspileasparg

210215220

thrtrpargvalalathrglyasngluargglypropheglnthrtyr

225230235240

aspilevalglyphehisvalalaalaasnvalserargasnthrgly

245250255

valasptrpglnleuglyphealaglumetleuglulysserileala

260265270

gluglyhisserglyvalalaaspglyglnglyphetyrargtyrgly

275280285

proaspglygluasnleuglyprovalgluasptrpasnleuglyasp

290295300

lysaspthrproleugly

305310

<210>20

<211>533

<212>prt

<213>戈登氏菌属ty-5

<400>20

metserthrthrthrleuaspalaalavalileglythrglyvalala

151015

glyleutyrgluleuhismetleuarggluglnglyleugluvalarg

202530

alatyrasplysalaserglyvalglyglythrtrptyrtrpasnarg

354045

tyrproglyalaargpheaspserglualatyriletyrglntyrleu

505560

pheaspgluaspleutyrlysglytrpsertrpserglnargphepro

65707580

glyglnglugluilegluargtrpleuasntyrvalalaaspserleu

859095

aspleuargargaspileserleugluthrgluilethrseralaval

100105110

pheaspgluaspargasnargtrpthrleuthrthralaaspglyasp

115120125

thrileaspalaglnpheleuilethrcyscysglymetleuserala

130135140

prometlysaspleupheproglyglnserasppheglyglyglnleu

145150155160

valhisthralaargtrpprolysgluglyileaspphealaglylys

165170175

argvalglyvalileglyasnglyalathrglyileglnvalilegln

180185190

serilealaalaaspvalaspgluleulysvalpheileargthrpro

195200205

glntyralaleuprometlysasnprosertyrglyproaspgluval

210215220

alatrptyrlysserargpheglygluleulysaspthrleuprohis

225230235240

thrphethrglypheglutyraspphethraspalatrpgluaspleu

245250255

thrprogluglnargargalaargleugluaspasptyrgluasngly

260265270

serleulysleutrpleualaserphealagluilepheseraspglu

275280285

glnvalserglugluvalsergluphevalargglulysmetargala

290295300

argleuvalaspprogluleucysaspleuleuileproserasptyr

305310315320

glypheglythrhisargvalproleugluthrasntyrleugluval

325330335

tyrhisargaspasnvalthralavalleuvalargaspasnproile

340345350

thrargilearggluasnglyilegluleualaaspglythrvalhis

355360365

gluleuaspvalileilemetalathrglypheaspalaglythrgly

370375380

alaleuthrargileaspileargglyargaspglyargthrleuala

385390395400

aspasptrpserargaspileargthrthrmetglyleumetvalhis

405410415

glytyrproasnmetleuthrthralavalproleualaproserala

420425430

alaleucysasnmetthrthrcysleuglnglnglnthrglutrpile

435440445

serglualailearghisleuargalathrglylysthrvalileglu

450455460

prothralagluglygluglualatrpvalalahishisaspgluleu

465470475480

alaaspalaasnleuileserlysthrasnsertrptyrvalglyser

485490495

asnvalproglylysproargargvalleusertyrvalglyglyval

500505510

glyalatyrargaspalathrleuglualaalaalaalaglytyrlys

515520525

glyphealaleuser

530

<210>21

<211>612

<212>prt

<213>迪茨氏菌属d5

<400>21

metprophethrleuprogluserlysilealaileaspileaspphe

151015

aspproasphisleuargglnargpheglualaasplysglnalaarg

202530

gluarglysaspglnleualaglnpheglnglyleuaspaspvalleu

354045

gluvalaspaspseraspprophesergluproilethrargglupro

505560

valthrglugluleuaspalaleuvalleuglyglyglypheglygly

65707580

leuthralaglyalatyrleuthrglnasnglyvalgluasnphearg

859095

leuvalglutyrglyglyasppheglyglythrtrptyrtrpasnarg

100105110

tyrproglyvalglncysaspilegluserhisiletyrmetproleu

115120125

leuglugluthrglytyrvalproserglnargtyralaaspglyser

130135140

gluilephegluhisalaglnargileglyarghistyrglyleutyr

145150155160

aspargthrtyrpheglnthrargalathrhisalaargtrpaspglu

165170175

glnileglnargtrpgluvalthrthraspargglyaspargpheval

180185190

thrargvalleuleuargserasnglyalaleuthrlysproglnleu

195200205

prolysvalproglyileglyaspphegluglylysilephehisthr

210215220

serargtrpasptyrglytyrthrglyglyseralaalaglyaspleu

225230235240

alahisleuargasplysargvalalavalvalglythrglyalathr

245250255

glyvalglnvalvalprotyrleualaglnaspalalysgluleuval

260265270

valvalglnargthrproservalvalglnproargasnasnarglys

275280285

thraspproglutrpvalalaserleuthrproglytrpglntyrglu

290295300

arghisaspasnpheasnglyileileserglyhisgluvalglugly

305310315320

asnleuvalaspaspglytrpthrhisleupheprogluleuthrgly

325330335

glnhisleuvalaspvalprovalglygluleuprogluglyaspgln

340345350

alaleuvalalagluleualaaspmetasnleuleumetseralahis

355360365

alaargvalaspserilevalthraspproalathralaaspglyleu

370375380

lysprotrppheglytyrmetcyslysargprocyspheasnaspglu

385390395400

tyrleuglualapheasnargproasnvalthrleualaalaserpro

405410415

alaglyileaspglyilethrserserglyilevalvalalaglythr

420425430

histyrgluvalaspcysileilephealathrglyphegluthrgly

435440445

serglyproalaglyiletyrglytyraspvalileglyargglugly

450455460

hissermetglnglutyrphesergluglyalaargthrphehisgly

465470475480

phephethrhisglypheproasnphevalgluleuglymetsergln

485490495

thralatyrtyrvalasnphevaltyrmetleuasparglysalaarg

500505510

hisalaalaargleuvalarghisleuleuaspserglyileglythr

515520525

phegluprothralaglualaglualaasptrpvalalagluvalarg

530535540

argserasngluproargglualatyrtrpglyalacysthrprogly

545550555560

tyrtyrasnglyglnglygluvalserlysalavalpheargaspval

565570575

tyrasnsersergluileaspphetrpasnmetileglualatrptrp

580585590

asnserglyargphegluglyleuvalphegluproalaargaspala

595600605

valprovalala

610

<210>22

<211>272

<212>prt

<213>荧光假单胞菌

<400>22

metserthrphevalalalysaspglythrglniletyrphelysasp

151015

trpglyserglylysprovalleupheserhisglytrpleuleuasp

202530

alaaspmettrpglutyrglnmetglutyrleuserserargglytyr

354045

argthrilealapheaspargargglypheglyargseraspglnpro

505560

trpthrglyasnasptyraspthrphealaaspaspilealaglnleu

65707580

ilegluhisleuaspleulysgluvalthrleuvalglyphesermet

859095

glyglyglyaspvalalaargtyrilealaarghisglyseralaarg

100105110

valalaglyleuvalleuleuglyalavalthrproleupheglygln

115120125

lysproasptyrproglnglyvalproleuaspvalphealaargphe

130135140

lysthrgluleuleulysaspargalaglnpheileserasppheasn

145150155160

alaprophetyrglyileasnlysglyglnvalvalserglnglyval

165170175

glnthrglnthrleuglnilealaleuleualaserleulysalathr

180185190

valaspcysvalthralaphealagluthrasppheargproaspmet

195200205

alalysileaspvalprothrleuvalilehisglyaspglyaspgln

210215220

ilevalprophegluthrthrglylysvalalaalagluleuilelys

225230235240

glyalagluleulysvaltyrlysaspalaprohisglyphealaval

245250255

thrhisalaglnglnleuasngluaspleuleualapheleulysarg

260265270

<210>23

<211>550

<212>prt

<213>鼠伤寒沙门氏杆菌

<400>23

metglnasnprotyrthrvalalaasptyrleuleuaspargleuala

151015

glycysglyileglyhisleupheglyvalproglyasptyrasnleu

202530

glnpheleuasphisvalileasphisprothrleuargtrpvalgly

354045

cysalaasngluleuasnalaalatyralaalaaspglytyralaarg

505560

metserglyalaglyalaleuleuthrthrpheglyvalglygluleu

65707580

seralaileasnglyilealaglysertyralaglutyrvalproval

859095

leuhisilevalglyalaprocysseralaalaglnglnargglyglu

100105110

leumethishisthrleuglyaspglyaspphearghisphetyrarg

115120125

metserglnalaileseralaalaseralaileleuaspgluglnasn

130135140

alacysphegluileaspargvalleuglyglumetleualaalaarg

145150155160

argproglytyrilemetleuproalaaspvalalalyslysthrala

165170175

ileproprothrglnalaleualaleuprovalhisglualaglnser

180185190

glyvalgluthralapheargtyrhisalaargglncysleumetasn

195200205

serargargilealaleuleualaasppheleualaglyargphegly

210215220

leuargproleuleuglnargtrpmetalagluthrproilealahis

225230235240

alathrleuleumetglylysglyleupheaspgluglnhisproasn

245250255

phevalglythrtyrseralaglyalaserserlysgluvalarggln

260265270

alailegluaspalaaspargvalilecysvalglythrargpheval

275280285

aspthrleuthralaglyphethrglnglnleuproalagluargthr

290295300

leugluileglnprotyralaserargileglygluthrtrppheasn

305310315320

leuprometalaglnalavalserthrleuarggluleucysleuglu

325330335

cysalaphealaproproprothrargseralaglyglnprovalarg

340345350

ileasplysglygluleuthrglngluserphetrpglnthrleugln

355360365

glntyrleulysproglyaspileileleuvalaspglnglythrala

370375380

alapheglyalaalaalaleuserleuproaspglyalagluvalval

385390395400

leuglnproleutrpglyserileglytyrserleuproalaalaphe

405410415

glyalaglnthralacysproaspargargvalileleuileilegly

420425430

aspglyalaalaglnleuthrileglnglumetglysermetleuarg

435440445

aspglyglnalaprovalileleuleuleuasnasnaspglytyrthr

450455460

valgluargalailehisglyalaalaglnargtyrasnaspileala

465470475480

sertrpasntrpthrglnileproproalaleuasnalaalaglngln

485490495

alaglucystrpargvalthrglnalaileglnleualagluvalleu

500505510

gluargleualaargproglnargleuserpheilegluvalmetleu

515520525

prolysalaaspleuprogluleuleuargthrvalthrargalaleu

530535540

glualaargasnglygly

545550