具有较大张力的小环形核苷酸探针及其制备方法和应用_2

文档序号:9745123阅读:来源:国知局
] 图1为具有较大张力的小环形核巧酸探针结构及检测原理图。
[0016] 图2为修饰巧光报告基团密封环DNA单链合成路线图(i : Ξ乙胺,溶剂DMS0/出0,室 溫(18~25°C),化;ii:溶剂出0,室溫(18~化。C),比)。
[0017] 图3为RP检测完全互补和单碱基变异结果(a: RP加入完全互补或单碱基变异DNA前 后巧光光谱(PBS 50mM,pH 7.4);b:目标DNA链浓度梯度检测(灵敏度检测)结果。
[0018] 图4为Μ和RP在室溫下分别检测完全互补和单碱基变异序列结果(a:巧光检测结 果;b:电泳分析检测杂交信号。
[0019] 图5为RP检测miR-21含量结果图(a:特异性证明,用RP检测miR-21的家族成员 (miR21,miR21a和miR2化)其中miR21a和miR2化分别与miR21单碱基错配,具有高同源性;b: 对RP分别与miR21,miR21a和miR2化的杂交的电泳分析;c:RP与miR-21检测的灵敏度实验, 误差线代表Ξ次实验结果的标准偏差)。
[0020] 图6为HeLa、MCF-7和MDA-MB-231S种细胞miR-21含量检测结果(a:用实时定量PCR 检测HeLa、MCF-7和MDA-MB-23种细胞中miR-21的相对含量;b: RP探针检测HeLa、MCF-7和 MDA-MB-231细胞中miR-21中的含量,进而成评价RP的特异性,标尺是2μπι)。
【具体实施方式】
[0021] 下面将结合附图,对本发明的优选实施例进行详细的描述。实施例中未注明具体 条件的实验方法,通常按照常规条件,例如分子克隆实验指南(第Ξ版,J.萨姆布鲁克等著) 中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。
[0022] 本发明所用的DNA是购自生工生物技术上海有限公司;所有的RNA是从上海吉玛制 药技术有限公司购买;所有DNAW及RNA的浓度是在260nm波长下,用1毫升的石英比色皿在 化ry 60紫外-可见分光光度计中进行检测(安捷伦科技公司,美国)。巧光测量是在一个3毫 升的石英比色皿,在室溫下使用日立F-7000巧光配备氣气灯光源进行检测。所有的光谱测 定在憐酸盐缓冲溶液(50mM,pH = 7.4),在激发波长为480nm。水是用微孔滤膜过滤系统 (Millipore公司的纯化,Be壯orcUMA)。一个DYY-6C电泳电源和DYCZ-24D聚丙締酷胺凝胶电 泳(北京六一仪器厂)进行聚丙締酷胺凝胶电泳(PAGE)分析。该图像是由Doc凝胶EZ系统记 录(bio-rad)。细胞的巧光图像进行了成像拍照(Olympus IX 51)。脂质体2000购自 Invihogen公司(CarlsbadiCA),根据制造商的指示使用。所有其他化学物均为分析级,并 被用作从制造商获得的。
[0023] 实施例1、具有较大张力的小环形核巧酸探针合成
[0024] R是制备RP的至关重要的环节,由于DNA是不稳定的,所W寻找一些有效的且溫和 的反应对DNA做一些修饰,其中不需要化催化的"click reaction"是非常有希望的一种反 应。通过在修饰巧光报告基团的DNA单链两端分别修饰氨基,得带修饰巧光报告基团且两端 修饰有氨基的DNA单链(简称为M),修饰的氨基可W与特殊的活性醋反应,反应获得改性的Μ (简称为ΜΑ),由于ΜΑ分子量大于Μ,所W在聚丙締酷胺凝胶中ΜΑ会比Μ跑得慢一些,然后将ΜΑ 与1,3-二叠氮丙烷反应,得到修饰巧光报告基团密封环DNA单链,简称为R,将获得的修饰巧 光报告基团密封环DNA单链与修饰泽灭基团的长度短于密封环DNA单链的DNA单短链(DNAQ) 进行杂交,即获得环形DNA的探针,简称为RP(图2),合成的具体步骤如下:
[0025] (1)1,3-二叠氮丙烷合成:取1,3-二漠丙烷(8.8111111〇1)和催化量的1(1(2〇111旨)加入 50mL DMF中,然后慢慢加入(30分钟)叠氮化钢(2g,31mm);盖上侣锥纸避光然后混合物被加 热到80°C,反应20h,反应完全后将黄色液体倒在冰/水(25〇1111)中,然后用0〔1萃取^次,合 并萃取剂有机相,减压除去溶剂,在室溫下获得到产物为无色液体。
[0026] (2)MA制备:将修饰巧光报告基团且两端修饰有氨基的DNA单链(M)80°C进行退火 20min,然后降溫得到发夹结构的MA;由于Μ链两端修饰的氨基与活性醋(Carbonic acid, 11,12-didehydro-5,6-dihydrodibenzo[曰,e]cycloocten-5-yl 4-nitrophenyl ester)按 摩尔比为1:60进行反应,其中M溶解在dd出0中,活性醋溶解在二甲基亚讽(DMSO)中,反应时 d地2〇与DMS0的体积比为1:2,加入少许Ξ乙胺使Ξ乙胺与Μ的摩尔比为30:1,室溫反应化。 通过PAGE胶验证是否反应完全,反应完全后将反应液用透析盒将DMS0除去,后取出溶液得 到改性的M(MA)产物,保存于-20°C,用ESI质谱进行分子量确定,其均重分子量MW为 12999.9。
[0027] (3)R制备:将1,3-二叠氮丙烷加入MA溶液中使MA与1,3-二叠氮丙烷的摩尔比为1: 30的,室溫1小时,保存于-20°C得到R备用,采用ESI质谱进行分子量确定,其均重分子量MW 为13126.0。
[002引(4)RP制备:修饰巧光报告基团密封环DNA单链与修饰泽灭基团的DNA短单链 (DNAQ)进行杂交,即获得环形DNA探针。
[0029] 合成RP过程中也可W在密封环DNA单链上修饰泽灭基团,DNA短单链上修饰巧光报 告基团。
[0030] 本实施例的RP即可通过电泳分析,也可通过巧光检测,电泳分析是在RP与DNA或者 RNA杂交过程中采用质量分数为16%的非变性聚丙締酷胺凝胶,190V电压下电泳化,后采用 EB进行染色,最后用凝胶成像系统成像进行观测;巧光检测的缓冲溶液是PBS(50mM,pH 7.4),激发波长是480nm,该检测条件适用于单碱基错配的检测。
[0031 ]实施例2、具有较大张力的小环形核巧酸探针进行DNA检测
[0032] 为证明实施例1合成的RP可W作为探针进行目标链检测,按照实施例1合成RP进行 0魁检测,其中1的序列为5'-畑2-旨。旨日旨/16。41(11'/旨。1:。日日。日1:。日旨1:。1旨日1日日旨。1日。。日。1:。邑。-畑2-3',0酷〇的序列为5'-1:。日邑日。1邑日1邑1:1邑日邑。日/13册1-3'。
[0033] 同时合成目标检测链,具体序列如下:
[0034] Com完全互补:5'-1:agcttatcagactgatgttga-3'(沈Q ID NO. 1);
[00:35] lTNC:5,-1:agcttatcagactgaggttga-3,(沈Q ID N0.2);
[0036] lHNC:5,-1:agcttatgagactgatgttga-3,(沈Q ID N0.3)
[0037] 将合成的目标链分别加入含RP的PBS(50mM,pH7.4)缓冲液中,在激发波长为 480nm处进行巧光检测,结果如图3中a所示。结果显示,当目标检测链为互补DNA(COM)时,RP 巧光得到极大地恢复,然而,当目标检测链为单碱基错配DNA(1TNC和1HNC)时,RP巧光仅很 少的恢复。
[0038] 在核酸检测中探针的灵敏度也是很重要的,从而进一步探讨RP的灵敏度,分别向 RP中加入完全互补链使其终浓度为6.25nM、12.5nM、18.75nM、25nM、37.5nM的,结果如图2中 b所示。结果显示,目标检测链浓度低至6nM的仍然可W使用标准的日立F-7000巧光检测,证 明本发明的检测探针的灵敏度好。
[0039] 为了研究环形DNA探针的优越性,将Μ和RP在室溫下分别检测完全互补和单碱基变 异序列,通过巧光检测和电泳分析检测杂交信号,结果如图4所示。由图4可知,Μ组在室溫下 识别单碱基错配的DNA序列差别不大(图4中a和C),而WRP为探针的运一组完全互补的DNA 链与单碱基错配的DNA链得到的信号有很大的区别(图4中b和d)。表明本发明所设计的RP探 针在与碱基错配的杂交时信号存在差异,并且单
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