专利名称：La1－乳杆菌属菌株的基因组的制作方法
技术领域：
本发明涉及约翰逊氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)菌株DNA序列、特别是其基因组序列用于阐明微生物与其定居的宿主的相互作用并且还用于阐明由该菌株表现出的益生特性的基础的用途。本发明也涉及分别检测乳杆菌属(Lactobacilli)及相关种的核酸或多肽的方法。提供包含La1的核苷酸序列和/或多肽序列的数据载体。
乳酸细菌，也就是在其(发酵)活力中产生乳酸的微生物，长期为人们所知，包括例如乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、双歧杆菌属(Bifdobacterium)和小球菌属(Pediococcus)等。这些细菌通常分别显著存在于牛奶和牛奶加工厂中，可使工厂生存或衰落，并且是人类和动物肠内微生物菌群的代表乳酸细菌已用作食品保鲜剂，有益于降低pH，并且在其发酵活力中产生的产物可以抑制例如酸败菌的生长。另外，乳酸细菌也已用于制造多种不同的食品如奶酪、酸奶和其它的来源于牛奶的发酵奶制品。
近来，乳酸细菌备受关注，其中已发现某些菌株表现出对人和动物吸收方面颇有价值的特性。具体地讲，已发现乳杆菌属和双歧杆菌属的特别菌株以可行的和活的形式穿过胃肠道，而没有在胃肠上部，特别在胃中的低pH优势的冲击下被摧毁。此外，发现它们能定居于肠黏膜，并假设其可暂时或持久的存在于肠中，给生物体的健康带来众多的积极效应。这些菌株通常称为益生菌。
欧洲专利(EP)第0768375号公开了这样一株特殊的双歧杆菌属菌株，它能植入肠内微生物菌群中。据报道，该双歧杆菌菌株协助免疫调节，同时能竞争性地排除病原细菌附着到肠细胞，因而支持维护个体健康。
除双歧杆菌外，已发现乳杆菌的某些菌株具有对人类有益的特性，如预防病原性细菌的肠定居或阻止轮状病毒的感染。具体地讲，PCT/EP02/00958公开了这样一株具有两方面所述特性的菌株。
在最近的几年中，食品工业界已在产品中应用这类菌株，如牛奶饮料或发酵的酸乳制品。这些产品和/或细菌菌株的临床研究证实了这样的概念，即这类细菌是体内健康品质提升的原因，并且甚至可用于抵抗疾病如溃疡。具体地讲，已证实乳杆菌属的一株约翰逊氏乳杆菌能够抵抗公认的人类溃疡的病因螺杆菌。
由于乳酸细菌的具体菌株可提供这些颇有价值的特性，因此，本领域中强烈希望能阐明这些健康提升特性的分子基础。具体地讲，确定产生这些效应的一种或多种物质将有重大意义。为此目的，需要有更详细地研究这些微生物的工具，以阐明益生菌特性的分子原理，如与宿主的相互作用、穿过(生存于)肠内不同的环境条件的现象、及具有依附肠黏膜的能力和最终地参与增强免疫系统和抵御病原体的能力，这些信息将能更好的理解这些机制。
因此，本发明的问题是提供细菌菌株的大致数据，该数据表现出的特性有益于人类和/或动物。
通过提供组成益生菌菌株约翰逊氏乳杆菌La1的DNA序列，已解决上述问题。
一方面，本发明涉及乳酸细菌约翰逊氏乳杆菌La1基因组核苷酸序列的应用，该基因组具有SEQ.ID.No.1序列、其部分或与其同源的序列，以阐明细菌和宿主、优选乳酸细菌和宿主、更优选乳杆菌和宿主之间的相互作用，特别是确定这类菌株的益生特性的决定因素。
在本申请上下文中，术语基因组或基因组序列应理解为是指约翰逊氏乳杆菌的染色体序列。术语核苷酸序列、多核苷酸或核酸应指定为双链DNA、单链DNA或所述不同长度的DNA的转录产物，包括长约5-200个、优选10-100个核苷酸的寡核苷酸。
根据本发明，同源核苷酸序列理解为是指与SEQ ID.No.1序列(或其选择的部分)的百分同一性至少为90％、优选至少为95％、更优选至少为96％、甚至更优选至少为98％的核苷酸序列。所述同源序列可包含例如对应于属于乳杆菌、更优选属于约翰逊氏乳杆菌的基因组序列或其片段的序列，以及对应于属于相关种的细菌基因组序列或其代表性片段的序列。在本发明中，术语种和属可互换使用。
因此，这些同源序列可对应于相同种内或种间的与突变相关的变异，并可具体对应于至少一个核苷酸的截短、置换、缺失和/或添加。所述同源序列也可编码对该科、种或变异体特异性的遗传密码的简并性或遗传密码的偏爱相关的变异，所述变异可能存在于乳杆菌属中。
可利用多种本领域已知的序列比较算法和程序中任一种来评价蛋白质和/或核酸序列同源性。这些算法和程序包括但决不限于TBLASTN、BLASTP、FASTA、TFASTA和CLUSTALW(参见例如Pearson和Lipman，1988，Proc.Natl.Acad.Sci.USA85(8)2444-2448；Altschul等，1990，J.Mol.Biol.215(3)403-410；Thompson等，1994，Nucleic Acids Res.22(2)4673-4680；Higgins等，1996，MethodsEnzymol.266383-402；Altschul等，1990，J.Mol.Biol.215(3)403-410；Altschul等，1993，Nature Genetics 3266-272).
在一个具体的优选的实施方案中，运用本领域熟知的the BasicLocal Alignment Search Tool(“BLAST”)来评价蛋白质和/或核酸序列同源性(参见上文)。具体地讲，运用四种特殊的BLAST程序执行下列任务(1)BLASTP将氨基酸查询序列与蛋白质序列数据库进行比较。
(2)BLASTN将核苷酸查询序列与核苷酸序列数据库进行比较。
(3)BLASTX将所有读框中翻译的核苷酸查询序列与蛋白质序列数据库进行比较。
(4)TBLASTN将蛋白质查询序列与所有读框中动态翻译的核苷酸序列数据库进行比较。
在这些代表性片段中，优选那些能在严谨条件下同本发明公开的核苷酸序列杂交的片段。在严谨条件下杂交表示所选择的温度和离子强度条件可允许维持两个互补的DNA片段间的杂交。通过优选65℃杂交温度并在SSC缓冲液条件下，如1xSSC相当于0.15MNaCl和0.05M柠檬酸钠，可以达到这样的高严谨条件。洗涤步骤可以例如如下2xSSC，0.1％SDS室温下洗涤，接着用1xSSC，0.1％SDS；0.5xSSC，0.1％SDS；0.1xSSC，0.1％SDS在68℃洗涤三次，每次15分钟。
通过定向测序法，对克隆的插入序列进行自动荧光测序后，依靠软件拼接这些核苷酸片段(插入)序列，已经对约翰逊氏乳杆菌La1菌株的基因组进行了测序，获得了核苷酸序列SEQ.ID.NO.1。针对这个目标，可产生基因组的片段，连接到合适的载体中进行扩增和繁殖，并且对相应的片段进行测序。借助于适当的软件，可推测其重叠区核苷酸序列和片段的最终排列，用于测序的克隆也包括10000bp以上的BAC克隆片段，可用于提供较大规模的拼接构架。由于一些重复区的存在，提供正确的拼接极其困难。特别包括如IS元件的重复区、核糖体操纵子和特别是编码两种大细胞表面蛋白的基因，其包含100和200间几乎完美的10个氨基酸的重复。在这种情况下，由于现有的DNA测序技术不能在单次测定中覆盖该区域，因而不能确定这些区域的准确序列。内测序引物排斥在外，因为它们在基因内的多个位点引发反应。同样，这两个基因的相对方位、它们长的和非常高的序列相似性，使得它们成为宿主重组的潜在靶点。当用PCR以恰当的引物证实本文的拓扑结构时，基因组非常可能是由相关的复制起始和终止位置所示的重组产物。核糖体操纵子重复所遇到的第二个问题是存在6个操纵子，但仅确定了4个位点，并且它们额外位点的位置的准确位点是难于确定的。最终，IS元件中的两个呈现出多拷贝，并依赖其相关的方位，它们可能是宿主重组的靶点。这一推论已获确定，通过研究IS元件的侧翼序列，特别是染色体靶序列的转座重复，因此，每一个IS元件应是由同样的直接重复侧面相接。我们已鉴定了两个IS元件，其中由于宿主在IS元件内的重组，该直接重复已经转换。这产生大约600000bp的倒置，这点已由PCR及特异性引物获得确认。该IS元件特异性重组可能是一动态事件，其发生于生长培养中，导致一主要种加上一小的重组的基因组(可见为模糊的PCR带)。最终，我们通过位点特异性重组酶的恒定切割，获得了原噬菌体L771(大约40000bp)。我们已开发出定量PCR技术检测每一种变异体的存在和测定其相关的丰度。至今尚未制备出纯培养物。SEQ.ID.No.1所示的核酸序列的特别优选的片段是1-54596、56070-77430、81302-308537、309588-342757、378458-389217、389779-404510、405561-501116、503873-558194、563262-696518、697569-721736、722787-756845、761682-860446、860723-865550、867260-867490、868541-1448288、1463851-1526077、1527278-1552024、1563147-1809115、1810166-1858190、1863258-1872871、1877939-1930430、1932063-1983043，每个片段都基于SEQ ID.No.1的编号。
也可利用本发明制备多肽，通过利用源自SEQ.ID.NO.1的可读框的知识，以及依照熟知的技术，表达所需的多肽。在此考虑下，可选择对应于一个可读框的核酸，并且插入到表达载体中。然后，将该载体导入宿主细胞，该宿主细胞能在适当的条件下，将可读框转录并翻译成多肽。
源自如SEQ.ID.NO.1所示的基因组序列的核酸分子，可以容易地通过利用聚合酶链式反应，特异性扩增对应的序列获得。由于本文提供了序列信息，技术人员可以设计和合成任何合适的核苷酸引物，并利用聚合酶链式反应扩增目标片段。因此，本发明也包含选自序列SEQ.ID.NO.1的核苷酸序列，该序列能用作扩增核酸序列的引物。当然也可以使用其它的扩增靶核酸的技术，如TAS(基于转录的扩增系统)技术、3SR(自动维持序列复制)技术、NASBA(基于核酸序列的扩增)技术、SDA(链置换扩增)技术或TMA(转录介导的扩增)技术等。
(聚)核苷酸可作为探针，以及在扩增或修饰核酸技术中作为探针，例如LCR(连接酶链式反应)技术、RCR(修复链式反应)技术、CPR(循环探针反应)技术，或者也可使用Q-β-复制酶扩增技术。
因此，本发明既设想了杂交(检测)探针又设想了检测本发明的核苷酸序列(靶核苷酸)的引物。在靶核苷酸为RNA分子时，例如mRNA，所述mRNA可以直接检测或者在检测前转换成cDNA。
或者，为了获得SEQ.ID.NO.1所示的核酸片段，约翰逊氏乳杆菌基因组DNA可用所选的限制性酶消化，通过如电泳或另外的合适分离技术分离片段。这类技术是本领域众所周知的，并且尤其公开于Sambrook等，实验室手册，冷泉港，1992中。通过分离约翰逊氏乳杆菌La1的基因组DNA，并执行必要的步骤，可容易获得这样的片段。
一个可选择的方式是，当核酸的长度不是太大时，根据本领域技术人员熟知的方法，也可以化学合成获得该核酸。
修饰核苷酸序列应理解为是指根据技术人员熟知的诱变等技术获得的并表现出相对于正常序列的修饰如多肽表达的调节序列和/或启动子序列的突变、尤其导致所述多肽的表达水平的改变或复制循环的调节的任何核苷酸序列。修饰核苷酸序列也可理解为是指编码如下定义的修饰多肽的任何核苷酸序列。
在对约翰逊氏乳杆菌基因组的研究中，用所得可能基于同已知蛋白质的同源性的多肽的功能注释，可确定以下的可读框。
表1
*互补＝在反向链上*aa＝氨基酸对应于各种多肽的ORF在前面的表1中列出，并以它们在SEQ.ID.NO.1所示的基因组序列中的位置表示。
所述可读框通过同源性分析以及通过潜在的ORF起始位点分析鉴定出来。人们知道，每一鉴定的ORF包含这样的核苷酸序列其跨越从紧接3′码子到前述的ORF终止子的连续核苷酸序列，以及经由5′密码子到ORF核苷酸序列中SEQ.ID.NO.1符合读框的下一个终止密码子。
表1也描述了比较每一个ORF编码的多肽的序列同数据库中存在的序列的同源性搜索结果。
可利用本申请公开的序列信息来选择目标多核苷酸，即包含编码已知或未知的、推定的多肽的可读框的核酸以及可用所选多核苷酸转化微生物的核酸。可用如熟知的质粒、噬菌体载体(转染)或F-载体(接合)作为转化载体。可表达导入所选微生物中的核酸，并且其生物学功能可照原样利用(如果其功能已知的话)，或者在表达迄今未知的多肽时加以阐明。所选微生物可以是乳杆菌本身或是其它熟知的微生物例如细菌、如大肠杆菌、链球菌或酵母、昆虫细胞或者甚至动物细胞和植物细胞。
人们知道，多肽可以如所述表达或以融合多肽形式表达。技术人员照本宣科按技术进行连接，并且在适当的细胞中表达相应的融合多肽。
根据本发明，也可设计新的克隆和/或表达本发明核酸序列的重组载体。该载体包含使核苷酸序列在给定的宿主细胞中表达和/或分泌的必要元件，像启动子、起始信号和翻译终止信号，以及适当的转录调节区。例如，蛋白或多肽的表达可由本领域已知的任何启动子/增强子元件控制。示例性的启动子为CMV启动子、SV40早期启动子区、劳氏肉瘤病毒3′长末端重复中所包含的启动子、疱疹胸苷激酶启动子、金属硫蛋白基因的调节序列，或者，对原核表达系统，为β内酰胺酶启动子、tac启动子或T7启动子。
载体应能在宿主细胞中保持稳定，并且任选拥有特别信号，以指导已翻译蛋白的分泌。这些不同的元件根据所用的宿主细胞进行选择。为获得这种效果，可将本发明的核苷酸序列插入到所选宿主中的自主复制载体中，或插入到所选宿主的整合载体中，例如酵母人工染色体、质粒或病毒载体。
本领域技术人员已知的，任何将DNA片段插入载体的标准方法，均可用于构建表达载体，该载体包含一个适当的转录/翻译控制信号和蛋白质编码序列组成的嵌合基因。这些方法包括体外DNA重组和合成技术，以及体内重组体(遗传重组)。
载体可用于转录和/或翻译SEQ.ID.NO.1中的核酸，并分别产生RNA或反义RNA。只要能转录产生所需的转录物，这种载体可保持附加性或变成染色体整合性的。
本发明的反义核酸包含与SEQ.ID.NO.1中的多核苷酸序列的RNA转录物至少部分互补的序列，即具有足够互补性的序列，能与RNA杂交，形成稳定的双链体。就双链反义核酸序列而论，可测试双链DNA的单链，或者测试三链体的形成。
根据本发明，宿主细胞也可依照本文描述，用核酸或载体转化获得。可将上述的核酸序列或载体导入适当的细胞中，并随后在转化/转染的核苷酸序列能够复制和/或表达的条件下，培养所述细胞，从而获得这些细胞。
所述宿主细胞可从真核或原核系统例如细菌细胞、酵母细胞、动物细胞及植物细胞中选出。在本发明中，细胞应理解为包含高等生物系统。例如动物、整株植物或其部分。此外，可选择一宿主细胞株，能调节插入序列的表达，或者以所需的特别方式，修饰和加工基因产物。
优选表达本发明蛋白的宿主细胞由原核细胞如革兰氏阴性细菌或革兰氏阳性细菌组成。依照本发明，更优选的宿主细胞是属于乳杆菌科的细菌，更优选属于约翰逊氏乳杆菌或选自与乳杆菌相关的微生物。
依照本发明，可方便地将转化/转染的细胞作为模型，并可用于研究、鉴定和/或选择能产生由本发明乳杆菌属菌株带来的任何有益效果的化合物的方法中。
此外，本发明能合成由具体列于表1中的约翰逊氏乳杆菌的ORF编码的多肽。在本发明说明书中，术语多肽、肽和蛋白质可互换使用。此外，本发明也能实现制备该多肽的方法，通过重组体即包含步骤(a)依照本发明，在适当的条件下，培养宿主细胞制备多核苷酸编码的多肽；和(b)从培养物中回收多肽。
人们将会认识到，也可利用组合化学获得上述多肽，其中所述多肽，在它们于模式系统中测试前，在一些位点进行了修饰，使得能选择最具活性的或表现出所需的特性的化合物。
在本文中，化学合成具有的优势是能够利用非天然氨基酸或非肽键。因此，为了例如延长本发明多肽的生命期，最好使用非天然氨基酸，例如D型氨基酸，或者使用氨基酸类似物，优选使用含硫型氨基酸。
最终，本发明的多肽结构，其同源型或修饰型，以及相应片段可整合到该多肽型和其类似物的化学结构中。因此，为了在体内环境中保护该多肽，最好提供在N末端和C末端赋予抵抗蛋白酶降解的化合物。
人们将会认识到，依照本发明和由以上方法制备的不同多肽，可视为宿主动物免疫系统的抗原，所以可制备抗所述多肽的抗体。这些抗体可用于检测混合物中的目标多肽，或在种属上检测样品中的乳杆菌属菌株。另外，它们可用作研究工具，例如制备抗细胞表面表位的抗体，及测定细菌细胞壁上阻断某些多肽的效果。
另一方面，本发明也提供了一种用于检测和/或鉴定生物样品中的乳杆菌属、优选约翰逊氏乳杆菌的方法。该方法可以包括本领域已知的一些技术，如PCR或简单地与适当探针杂交的技术。或者，针对乳杆菌属、优选约翰逊氏乳杆菌的细胞壁表位产生的抗体可用于所述目的。人们将会认识到，也可反过来使用上述方法，使待测样品与乳杆菌属的多肽在能够形成免疫复合物的条件下接触，可以测定抗乳杆菌属抗体的存在。
本发明所能获得的多肽和抗体以及本文描述的核苷酸序列可用于体外和/或体内方法，以检测和/或鉴定可能含有它们的生物样品(生物组织或体液)中的属于乳杆菌的细菌。这些取决于本文描述的多肽、抗体和核苷酸序列特异性的而且将会使用的方法，可检测和/或鉴定属于乳杆菌细菌变异株以及能通过本发明所选的多肽、抗体和核苷酸序列检测的相关微生物。也可以例如通过选择对乳杆菌科有特异性的多肽、抗体和/或核苷酸序列，而选择出能够检测该科的任何细菌的本发明的多肽、抗体和核苷酸序列将会是有利的。
涉及本文SEQ ID.NO.1的序列列于所附序列表中，所附序列表被认为是本发明说明书的一部分。
本发明也包括以共价或非共价固定在固相载体上的本发明核苷酸序列或多肽。在第一种情况下，所述载体通过特异性杂交捕获从待测生物样品中获得的靶核酸。必要时，将所述固相载体与样品分开，然后通过用易检测的元素标记的第二探针(称为检测探针)，检测捕获探针与靶核酸间形成的杂交复合物。
这样的载体可采用所谓DNA阵列或DNA芯片的形式，众多的分子探针精确组合或排列在固相载体上，可进行基因测序，对其中包含的突变和基因表达进行研究，并且其显示的普遍重要性在于其非常小的尺寸及在分析数量方面的高容量。
这些阵列/芯片的功能是基于分子探针，主要是基于附着于通常为几平方厘米或者所需的稍大尺寸的载体上的寡核苷酸。为进行分析，用排列于载体预定位置的探针包被该载体(DNA阵列/芯片)。而使包含待分析靶核酸片段的样品，例如已预先标记的DNA或RNA或cDNA随后与所述DNA阵列/芯片接触，通过杂交形成双链体。在洗涤步骤后，通过分析芯片表面由连接到靶上的标记发出的信号，可定位有效杂交。通过适当的计算机处理，通过分析所得的杂交指纹结果，可获得如基因表达、样品中的特异性片段、序列测定和突变存在等信息。
在DNA芯片上聚积或原位合成的本发明探针与待分析样品间的杂交，可以通过如荧光、放射性或通过电子检测等测定。
本发明的核苷酸序列可用于DNA阵列/芯片，对乳杆菌基因的表达进行分析。该分析基于DNA阵列/芯片上选择的特异性探针来鉴定指定的基因。与芯片杂交前，标记被分析的靶序列。在洗涤后，用进行至少一式二份的杂交，检测和定量标记的化合物。对比分析获得的相同的探针与不同的样品和/或不同的探针与相同的样品的信号强度，决定源自所述样品的RNA的差别转录。
本发明的DNA阵列/芯片也可包含其它微生物特异性核苷酸探针，其可进行系列测试，可快速鉴定样品中微生物的存在。
如上详述的DNA芯片的原理，也可用于制备蛋白质芯片，其载体上在DNA的位置包被有本发明的多肽或抗体等，或其阵列。这些蛋白质芯片可分析在包被有如蛋白质的载体上，通过表面等离子体共振(SPR)，由亲和性捕获靶分析物所诱导的生物分子相互作用(BIA)。本发明的多肽或抗体，能特异性结合源自待分析样品中的抗体或多肽，因此，可以用于检测和/或鉴定样品中蛋白质的蛋白质芯片中。
本发明也涉及一种其上已记录一个或多个本发明核苷酸序列和/或多肽序列的计算机可读介质。该介质也可包含取自本发明的额外信息，例如已知序列的类似物等和/或其它微生物核苷酸序列和/或多肽序列的相关信息，以促进所获得结果的比较分析和开发。优选的介质为例如磁性介质、光学介质、电介质和混合介质，例如软盘、CD-ROM或盒式记录磁带等。
本发明也涉及一种试剂盒或其系列，用于检测和/或鉴定属于约翰逊氏乳杆菌的细菌或相关微生物，该试剂盒包含本发明的多肽、用于组成免疫学或特殊反应介质的试剂、用于检测本发明的多肽和可能存在于生物样品中的抗体间免疫学反应产生的抗原-抗体复合物的试剂，这些试剂可能带有标记，或进而能由标记的试剂识别，更具体地讲，在本发明的多肽未被标记时，一个不含本发明多肽识别的抗体的参比生物样品(阴性对照)，一个含有预定量的由本发明多肽识别的抗体的参比生物样品(阳性对照)。
本发明也涉及一种试剂盒或其系列，所述试剂盒或其系列用于检测和/或鉴定属于约翰逊氏乳杆菌的细菌或相关微生物，或者用于检测和/或鉴定微生物，其中所述试剂盒包含本发明的蛋白质芯片。
权利要求
1.SEQ ID.No.1所示的DNA序列或其部分或与其同源的序列在阐明宿主和细菌之间的相互作用中的用途。
2.权利要求1的用途，其中所述相互作用基于细菌菌株的益生特性，优选基于刺激免疫系统、基于抗病原特性和/或抗病毒特性。
3.权利要求1或2中任一项的用途，其中所述序列是SEQ.ID.No.1的片段，所述片段选自以下根据SEQ ID.No.1编号的核苷酸1-54596、56070-77430、81302-308537、309588-342757、378458-389217、389779-404510、405561-501116、503873-558194、563262-696518、697569-721736、722787-756845、761682-860446、860723-865550、867260-867490、868541-1448288、1463851-1526077、1527278-1552024、1563147-1809115、1810166-1858190、1863258-1872871、1877939-1930430、1932063-1983043。
4.一种用于检测、鉴定和/或选择生物样品中的乳杆菌属(Lactobacillus)菌株、优选约翰逊氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)的方法，所述方法包括(a)在聚合酶和核苷酸存在下，在允许核苷酸延伸的条件下，使所述样品与源自SEQ.ID.No.1所示的多核苷酸序列的核苷酸序列接触；和(b)检测所述样品中存在延伸产物，其中检测到引物延伸产物说明所述样品中存在乳杆菌属菌株。
5.一种用于检测、鉴定和/或选择生物样品中的乳杆菌属菌株、优选约翰逊氏乳杆菌的方法，所述方法包括(a)在允许互补碱基对杂交的条件下，使所述样品与源自SEQ ID.No.1所示的多核苷酸序列的核苷酸序列接触；和(b)检测所述样品中存在杂交复合物，其中检测到杂交复合物说明所述样品中存在乳杆菌属菌株。
6.一种用于检测、鉴定和/或选择生物样品中的乳杆菌属菌株、优选约翰逊氏乳杆菌的方法，所述方法包括(a)在适合免疫复合物形成的条件下，使所述样品与针对源自SEQ ID.No.1的多肽产生的抗体接触；和(b)检测所述样品中存在免疫复合物，其中检测到免疫复合物说明所述样品中存在乳杆菌属菌株。
7.一种用于检测、鉴定和/或选择生物样品中的抗乳杆菌多肽抗体的方法，所述方法包括(a)在适合免疫复合物形成的条件下，使所述样品与依照权利要求4或5产生的多肽接触；和(b)检测所述样品中存在免疫复合物，其中检测到免疫复合物说明所述样品中存在乳杆菌多肽。
8.一种含有一个多核苷酸阵列的DNA阵列/芯片，所述DNA阵列/芯片包含至少一种源自SEQ ID.No.1的多核苷酸。
9.一种含有一个多肽阵列的蛋白质阵列/芯片，所述蛋白质阵列/芯片包含至少一种可通过表达由源自SEQ ID.No.1的可读框所示的多肽获得的多肽。
10.一种含有一个抗体阵列的抗体芯片，所述抗体芯片包含至少一种针对可通过表达SEQ ID.No.1中的可读框获得的多肽的抗体。
11.一种筛选试验，所述筛选试验包括(a)使试验化合物与SEQ ID.No.1所示的多核苷酸或其部分接触；和(b)检测是否发生结合。
12.一种筛选试验，所述筛选试验包括(a)使试验化合物与可通过表达源自SEQ ID.No.1的可读框获得的多肽接触；和(b)检测是否发生结合。
13.一种筛选试验，所述筛选试验包括(a)使试验化合物与针对可通过表达源自SEQ ID.No.1的可读框获得的多肽产生的抗体接触；和(b)检测是否发生结合。
14.一种试剂盒，所述试剂盒包含SEQ.ID.No.1所示的多核苷酸、其部分。
15.权利要求13的试剂盒，其中所述多核苷酸是引物或探针，并且其中所述试剂盒任选包含聚合酶和脱氧核苷酸三磷酸。
16.一种试剂盒，所述试剂盒包含针对可通过表达SEQ ID.No.1中的可读框获得的多肽产生的抗体。
17.一种计算机可读介质，其上已记录SEQ ID.No.1所示的核酸序列或其部分或源自SEQ ID.No.1所示的核苷酸序列的多肽序列。
18.权利要求17的计算机可读介质，其中所述介质选自(a)软盘；(b)硬盘；(c)随机存储器(RAM)；(d)只读存储器(ROM)；和(e)CD-ROM。
19.一种用于鉴定约翰逊氏乳杆菌基因组片段的基于计算机的系统，所述基于计算机的系统包括下列单元(a)数据存储装置，所述装置包含SEQ ID.No.1所示的核酸序列；(b)搜索装置，所述装置用于比较靶序列同步骤(a)的数据存储装置的核苷酸序列，以鉴定同源序列；和(c)检索装置，所述装置用于获得所述步骤(b)的同源序列。
全文摘要
本发明涉及约翰逊氏乳杆菌(Lactobacillusjohnsonii)菌株DNA序列、特别是其基因组序列用于阐明微生物与其定居的宿主的相互作用并且还用于阐明由该菌株表现出的益生特性的基础的用途。另外，本发明也涉及分别检测乳杆菌属(Lactobacilli)及相关种的核酸或多肽的方法。提供包含Lal的核苷酸序列和/或多肽序列的数据载体。
文档编号C12N15/31GK1659280SQ03812820
公开日2005年8月24日 申请日期2003年3月19日 优先权日2002年4月9日
发明者R·D·普里德穆尔, B·莫莱特, F·阿里戈尼, J·赫尔曼斯 申请人:雀巢制品公司