专利名称：一种nat2基因多态性检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种NAT2基因多态性检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
N2乙酸基转移酶2基因(N2 acetyl transferase 2 gene, NAT2)位于人类第8对染色体短臂2区2带(8p22)，编码区长870bp，主要编码药物II相代谢酶-N2乙酰基转移酶。NAT2基因多态性主要存在7个位点的突变，某些位点突变将直接导致其编码代谢酶活性改变，从而影响其对一些药物代谢以及致癌物质的灭活或活化，因而导致一些药物相关性疾病及癌症的发生。目前，检测NAT2基因多态性最常用的是聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)-限制性片段长度多态法(RFLP)，但其特异性相对直接测序法和实时荧光PCR较低，操作相对也较繁琐；直接测序法特异性、敏感性最高，但检测时宜选用单克隆PCR产物测序，且过程复杂，影响因素多，耗时较长，价格较昂贵，对于筛查或大样本研究经济上难以承受；PCR_单链构象多态法、反向点杂交法也有不少研究运用，但其敏感性、特异性也易受操作条件影响；荧光定量PCR具有操作简便、结果快捷、量化等优点，但是，该技术存在样品易污染，易发生交叉反应，假阳性率高的缺点。此外，以上方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。本发明目标检测的NAT2基因突变位点，如表所示
权利要求
1.一种NAT2基因多态性检测液相芯片，其特征是，包括有 (A).针对不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为针对 G99A 位点的 SEQ ID NO. 15 和 SEQ ID NO. 16 ;针对 C190T 位点的 SEQ ID NO. 17和 SEQ ID NO. 18 ;针对 T249C 位点的 SEQ IDNO. 19 和 SEQ ID NO. 20 ;针对 C389T 位点的SEQ ID NO. 21 和 SEQ ID NO. 22 ;针对 G498A 位点的 SEQ ID NO. 23 和 SEQ ID NO. 24 ;针对A711G 位点的 SEQ IDNO. 25 和 SEQ ID NO. 26 ;和 / 或针对 G765A 位点的 SEQ ID NO. 27 和SEQ IDNO. 28 ;所述 tag 序列选自 SEQ ID NO. I SEQ ID NO. 14 ； (B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 29 SEQID NO. 42，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求I所述的NAT2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为SEQ ID NO. 43 和 SEQ ID NO. 44。
3.根据权利要求I所述的NAT2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物为针对G99A位点的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 15组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQID NO. 16组成的序列；针对C190T位点的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 17组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 18组成的序列；针对T249C位点的由SEQ ID NO. 5和SEQID NO. 19组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 20组成的序列；针对C389T位点的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 21组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 22组成的序列；针对G498A位点的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 23组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQID NO. 24组成的序列；针对A711G位点的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 25组成的序列及由SEQ ID NO. 12和SEQ ID NO. 26组成的序列；和/或针对G765A位点的由SEQ IDNO. 13和SEQ ID NO. 27组成的序列及由SEQ ID NO. 14和SEQ ID NO. 28组成的序列。
4.根据权利要求I所述的NAT2基因多态性检测液相芯片，其特征是， (A).所述ASPE引物为:针对G99A位点的由SEQID NO. I和SEQ ID NO. 15组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 16组成的序列；针对C190T位点的由SEQ ID NO. 3和SEQID NO. 17组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 18组成的序列；针对T249C位点的由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 19组成的序列及由SEQID NO. 6和SEQ ID NO. 20组成的序列；针对C389T位点的由SEQ ID NO. 7和SEQID NO. 21组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQID NO. 22组成的序列；针对G498A位点的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 23组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID NO. 24组成的序列；针对A711G位点的由SEQ ID NO. 11和SEQID NO. 25组成的序列及由SEQ ID NO. 12和SEQ ID NO. 26组成的序列；和针对G765A位点的由 SEQ ID NO. 13 和 SEQ ID NO. 27 组成的序列及由 SEQ ID NO. 14 和 SEQ IDN0. 28 组成的序列； (B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 29 SEQID NO. 42，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).所述扩增引物为SEQ ID NO. 43 和 SEQ ID NO. 44。
5.根据权利要求1-4任一项所述的NAT2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂为5-10个T。
6.一种用于NAT2基因多态性检测的特异性引物，其特征是，所述特异性引物序列为针对 G99A 位点的 SEQ ID NO. 15 和 SEQ ID NO. 16 ;针对 C190T 位点的 SEQ ID NO. 17 和 SEQID NO. 18 ;针对 T249C 位点的 SEQ ID NO. 19 和 SEQ IDNO. 20 ;针对 C389T 位点的 SEQ IDNO. 21 和 SEQ ID NO. 22 ;针对 G498A 位点的 SEQ ID NO. 23 和 SEQ ID NO. 24 ;针对 A711G位点的 SEQ ID NO. 25 和 SEQ IDNO. 26 ;和 / 或针对 G765A 位点的 SEQ ID NO. 27 和 SEQ IDNO. 28。
全文摘要
本发明公开了一种NAT2基因多态性检测液相芯片和特异性引物，该液相芯片主要包括有每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为针对G99A位点的SEQ IDNO.15和SEQ ID NO.16；针对C190T位点的SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18；针对T249C位点的SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20；针对C389T位点的SEQ IDNO.21和SEQ ID NO.22；针对G498A位点的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24；针对A711G位点的SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.26；和/或针对G765A位点的SEQID NO.27和SEQ ID NO.28；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，实现多个突变位点的野生型和突变型并行检测。
文档编号C12Q1/68GK102888445SQ201110200950
公开日2013年1月23日 申请日期2011年7月18日 优先权日2011年7月18日
发明者许嘉森, 吴诗扬 申请人:广州益善生物技术有限公司