专利名称：一种nat1基因多态性检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种NATl基因多态性检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
N-乙酰化代谢是很多芳基胺类和肼类物质的重要生物转化途径，由依赖于乙酰辅酶A的N-乙酰基转移酶(NAT)催化，N-乙酰化转移酶(N-acetyltrans f erase I, NAT)是机体内催化含氮化合物使之乙酰化的酶系，它可以活化或降解含氮外 源性物质，尤其是含有胺基的外源性致癌物。编码NAT的基因有NATl和NAT2，位于第8对染色体(8p21. 3-23. I)上，有研究表明，人类NATl有更广泛的组织分布，存在于结肠粘膜、肝、膀胱、红细胞和淋巴细胞中，是结肠直肠组织中占优势的乙酰转移酶，并参与炎症性肠病患者5-氨基水杨酸在结肠粘膜中的代谢。本发明目标检测的NATI基因突变位点，如表所示
权利要求
1.一种NATl基因多态性检测液相芯片，其特征是，包括有 (A).针对NATl基因不同多态性位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因多态性位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为:针对C135T位点的SEQ ID NO. 15及SEQ ID NO. 16 ;针对G136A位点的 SEQ IDNO. 17 及 SEQ ID NO. 18 ;针对 T216G 位点的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20 ;针对A328T 位点的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22 ;针对 A460T 位点的 SEQ ID NO. 23 及 SEQ IDNO. 24 ;针对 C106T 位点的 SEQ ID NO. 25 及 SEQ ID NO. 26 ;和 / 或针对 C199T 位点的 SEQID NO. 27 及 SEQID NO. 28 ;所述 tag 序列选自 SEQ ID NO. I SEQ ID NO. 14 ； (B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).用于扩增出需要检测的、具有相应多态性位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求I所述的NATl基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为针对 C135T、G136A、T216G、A328T、A460T 位点的 SEQ ID NO. 43 及 SEQ ID NO. 44 ;和 / 或针对 C106T、C199T 位点的 SEQ ID NO. 45 及 SEQ ID NO. 46。
3.根据权利要求I所述的NATl基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物为针对C135T位点的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 15组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ IDNO. 16组成的序列；针对G136A位点的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 17组成的序列及由SEQ IDNO. 4和SEQ ID NO. 18组成的序列；针对T216G位点的由SEQ ID NO. 5和SEQID NO. 19组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 20组成的序列；针对A328T位点的由SEQ ID NO. 7和SEQID NO. 21组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 22组成的序列；针对A460T位点的由SEQID NO. 9和SEQ ID NO. 23组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQID NO. 24组成的序列；针对C106T位点的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 25组成的序列及由SEQ ID NO. 12和SEQ IDNO. 26组成的序列；和/或针对C199T位点的由SEQ ID NO. 13和SEQ ID NO. 27组成的序列及由SEQ ID NO. 14和SEQ ID NO. 28组成的序列。
4.根据权利要求I所述的NATl基因多态性检测液相芯片，其特征是， (A).所述ASPE引物为针对C135T位点的由SEQID NO. I和SEQ ID NO. 15组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 16组成的序列；针对G136A位点的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 17组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 18组成的序列；针对T216G位点的由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 19组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 20组成的序列；针对A328T位点的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 21组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 22组成的序列；针对A460T位点的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 23组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ IDNO. 24组成的序列；针对C106T位点的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 25组成的序列及由SEQID NO. 12和SEQ ID NO. 26组成的序列；和针对C199T位点的由 SEQ ID NO. 13 和 SEQ ID NO. 27 组成的序列及由 SEQ ID NO. 14 和 SEQ ID NO. 28组成的序列； (B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).所述扩增引物为:针对 C135T、G136A、T216G、A328T、A460T 位点的 SEQ ID NO. 43及 SEQ ID NO. 44 ;和针对 C106T、C199T 位点的 SEQ ID NO. 45 及 SEQ ID NO. 46
5.根据权利要求1-4任一项所述的NATl基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂为5-10个T。
6.用于NATl基因多态性检测的特异性引物，其特征是，该特异性引物为针对C135T位点的 SEQ ID NO. 15 及 SEQ ID NO. 16 ;针对G136A位点的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18 ；针对 T216G 位点的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20 ;针对 A328T 位点的 SEQ ID NO. 21 及SEQ ID NO. 22 ;针对 A460T 位点的 SEQ ID NO. 23 及 SEQ ID NO. 24 ;针对 C106T 位点的 SEQID NO. 25 及 SEQ IDNO. 26 ;和 / 或针对 C199T 位点的 SEQ ID NO. 27 及 SEQ ID NO. 28。
全文摘要
本发明公开了一种NAT1基因检测液相芯片和特异性引物，该液相芯片主要包括有每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为针对C135T位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16；针对G136A位点的SEQID NO.17及SEQ ID NO.18；针对T216G位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20；针对A328T位点的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22；针对A460T位点的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24；针对C106T位点的SEQ ID NO.25及SEQ ID NO.26；和/或针对C199T位点的SEQ ID NO.27及SEQID NO.28；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，实现多个突变位点的野生型和突变型并行检测。
文档编号C12N15/11GK102952873SQ20111025173
公开日2013年3月6日 申请日期2011年8月29日 优先权日2011年8月29日
发明者许嘉森, 吴诗扬 申请人:广州益善生物技术有限公司