Abcb6基因突变体及其应用的制作方法
【专利摘要】本发明涉及分离的编码ABCB6的核酸、分离的多肽、筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的方法、筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的系统以及用于筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的试剂盒。其中，分离的编码ABCB6突变体的核酸，与SEQ?ID?NO：1相比，具有选自下列的至少一种突变：c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A。通过检测该突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易感遗传性泛发性色素异常症。
【专利说明】ABCB6基因突变体及其应用
【技术领域】
[0001]本发明涉及ABCB6基因突变体及其应用。具体地，本发明涉及一种分离的编码ABCB6突变体的核酸、一种分离的多肽、一种筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的方法、一种筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的系统以及一种用于筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的试剂盒。
【背景技术】
[0002]遗传性泛发性色素异常症(Dyschromatosisuniversalis hereditaria, DUH)是一种以全身泛发性色素沉着斑和色素减退斑相互夹杂存在为典型特征的遗传性皮肤病。多见于日本、中国、韩国等地区，也有报道在欧洲，非洲其他人种地区。1933年由日本学者Urabe K首次报道。患者多有家族史,遗传方式未定，多为常染色体显性遗传(Autosomaldominant inheritance, AD,也有报道为常染色体隐性遗传(Autosome recessiveinheritance，AR)，但出现于近亲婚配家系中。临床上DUH主要表现为全身泛发色素沉着和色素减退斑相互夹杂。色素沉着斑为淡褐色至深褐色不等，米粒至豌豆大小，圆形或不规则形状，散在、密集或成簇分布，境界清楚，并间以同等大小的色素减退甚至色素脱失斑，皮损可融合成网状。本病多幼年早发，也有报道成年才出现症状者。无明显自觉症状，局部无萎缩、炎症、苔藓化及毛细血管扩张，患者偶伴有其它先天性缺陷或异常，如耳聋，眼白化病，癫痫等。DUH除了伴发先天缺陷和异常外，皮损处一般无任何异常感觉，但皮损的美容问题成为很多患者求治的主要原因。但由于目前该疾病的病因不明，目前尚无有效治疗方法，有建议在皮损外 露部分使用遮瑕霜以覆盖，减少患者心理不适。
[0003]因此，目前对于遗传性泛发性色素异常症的研究仍有待深入。
【发明内容】
[0004]本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明的一个目的在于提出一种能够有效筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的方法。
[0005]本发明是基于发明人的下列工作而完成的:发明人通过高通量外显子组测序联合候选基因突变验证的方法确定了遗传性泛发性色素异常症的致病基因上的新突变。
[0006]根据本发明的第一方面，本发明提出了一种分离的编码ABCB6突变体的核酸。根据本发明的实施例，该核酸与SEQ ID NO:1相比，具有选自下列的至少一种突变:c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A。根据本发明的实施例，发明人确定了 ABCB6基因突变体，这些新突变体与遗传性泛发性色素异常症的发病密切相关，从而通过检测这些新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易感遗传性泛发性色素异常症。
[0007]根据本发明的第二方面，本发明提出了一种分离的多肽。根据本发明的实施例，该多肽与SEQ ID NO:2相比，具有选自下列的至少一种突变:p.Leu356Pro、p.Serl70Gly、p.Gly579Glu。通过检测生物样品中是否表达该多肽，可以有效地检测生物样品是否易感遗传性泛发性色素异常症。[0008]根据本发明的第三方面，本发明提出了一种筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的方法。根据本发明的实施例，该方法包括以下步骤:从生物样品提取核酸样本；确定所述核酸样本的核酸序列；所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比，具有选自c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A的至少一种突变是所述生物样品易感遗传性泛发性色素异常症的指示。通过根据本发明实施例的筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的方法，可以有效地筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品。
[0009]根据本发明的第四方面，本发明提出了一种筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的系统。根据本发明的实施例，该系统包括:核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本；核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连，用于对所述核酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列；判断装置，所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，以便基于所述核酸样本的核酸序列与SEQID NO:1相比，是否具有c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A的至少一种突变，判断所述生物样品是否易感遗传性泛发性色素异常症。利用该系统，能够有效地实施前述筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的方法，从而可以有效地筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品。
[0010]根据本发明的第五方面，本发明提出了一种用于筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的试剂盒。根据本发明的实施例,该试剂盒含有:适于检测ABCB6基因突变体的试剂，其中与SEQ ID NO:1相比，所述ABCB6基因突变体具有选自下列的至少一种突变:c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A。利用根据本发明的实施例的试剂盒，能够有效地筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品。
[0011]本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。
【专利附图】
【附图说明】
[0012]本发明的上述和/·或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解，其中:
[0013]图1:显示了根据本发明一个实施例的筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的系统及其组成部分的示意图，其中，
[0014]A为根据本发明实施例的筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的系统的示意图，
[0015]B为根据本发明实施例的核酸提取装置的示意图，
[0016]C为根据本发明实施例的核酸序列确定装置的示意图；
[0017]图2:显示了根据本发明一个实施例的DUH患者家系的家系图谱以及该家系中先证者Vl的临床症状及病理检测图，其中，
[0018]a为根据本发明实施例的DUH患者家系的家系图谱，
[0019]b-g为根据本发明实施例的DUH患者家系的先证者Vl的临床症状及病理检测图；
[0020]图3:显示了根据本发明一个实施的DUH患者家系中的患者及正常人，以及具有ABCB6基因突变的散发患者及家系外正常人的ABCB6基因突变位点的Sanger测序验证峰图。【具体实施方式】
[0021]下面详细描述本发明的实施例，所述实施例的示例在附图中示出，其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的，仅用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。
[0022]ABCB6基因突变体
[0023]根据本发明的第一方面，本发明提出了一种分离的编码ABCB6突变体的核酸。根据本发明的实施例，与SEQ ID NO:1相比，该核酸具有选自下列的至少一种突变:c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A。在本文中所使用的表达方式“编码ABCB6突变体的核酸”，是指与编码ABCB6突变体的基因相对应的核酸物质，即核酸的类型不受特别限制，可以是任何包含与ABCB6的编码基因相对应的脱氧核糖核苷酸和/或核糖核苷酸的聚合物，包括但不限于DNA、RNA或cDNA。根据本发明的一个具体示例，前面所述的编码ABCB6突变体的核酸为DNA。根据本发明的实施例，发明人确定了 ABCB6基因的新突变体，该突变体与遗传性泛发性色素异常症的发病密切相关，从而通过检测该突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易感遗传性泛发性色素异常症，也可以通过检测该突变体在生物体中是否存在，可以有效地预测生物体是否易感遗传性泛发性色素异常症。
[0024]这些编码A BCB6突变体的核酸，是本申请的发明人通过高通量外显子组测序联合候选基因突变验证的方法，确定的遗传性泛发性色素异常症的致病基因上的新突变，并且在现有技术中并未见到ABCB6基因上的c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A突变与遗传性泛发性色素异常症相关的报道。
[0025]野生型ABCB6基因的cDNA的核苷酸序列如下所示:ATGGTGACTGTGGGCAACTACTGCGAGGCCGAAGGGCCCGTGGGTCCGGCCTGGATGCAGGATGGCCTGAGTCCCTGCTTCTTCTTCACGCTCGTGCCCTCGACGCGGATGGCTCTGGGGACTCTGGCCTTGGTGCTGGCTCTTCCCTGCAGACGCCGGGAGCGGCCCGCTGGTGCTGATTCGCTGTCTTGGGGGGCCGGCCCTCGCATCTCTCCCTACGTGCTGCAGCTGCTTCTGGCCACACTTCAGGCGGCGCTGCCCCTGGCCGGCCTGGCTGGCCGGGTGGGCACTGCCCGGGGGGCCCCACTGCCAAGCTATCTACTTCTGGCCTCCGTGCTGGAGAGTCTGGCCGGCGCCTGTGGCCTGTGGCTGCTTGTCGTGGAGCGGAGCCAGGCACGGCAGCGTCTGGCAATGGGCATCTGGATCAAGTTCAGGCACAGCCCTGGTCTCCTGCTCCTCTGGACTGTGGCGTTTGCAGCTGAGAACTTGGCCCTGGTGTCTTGGAACAGCCCACAGTGGTGGTGGGCAAGGGCAGACTTGGGCCAGCAGGTTCAGTTTAGCCTGTGGGTGCTGCGGTATGTGGTCTCTGGAGGGCTGTTTGTCCTGGGTCTCTGGGCCCCTGGACTTCGTCCCCAGTCCTATACATTGCAGGTTCATGAAGAGGACCAAGATGTGGAAAGGAGCCAGGTTCGGTCAGCAGCCCAACAGTCTACCTGGCGAGATTTTGGCAGGAAGCTCCGCCTCCTGAGTGGCTACCTGTGGCCTCGAGGGAGTCCAGCTCTGCAGCTGGTGGTGCTCATCTGCCTGGGGCTCATGGGTTTGGAACGGGCACTCAATGTGTTGGTGCCTATATTCTATAGGAACATTGTGAACTTGCTGACTGAGAAGGCACCTTGGAACTCTCTGGCCTGGACTGTTACCAGTTACGTCTTCCTCAAGTTCCTCCAGGGGGGTGGCACTGGCAGTACAGGCTTCGTGAGCAACCTGCGCACCTTCCTGTGGATCCGGGTGCAGCAGTTCACGTCTCGGCGGGTGGAGCTGCTCATCTTCTCCCACCTGCACGAGCTCTCACTGCGCTGGCACCTGGGGCGCCGCACAGGGGAGGTGCTGCGGATCGCGGATCGGGGCACATCCAGTGTCACAGGGCTGCTCAGCTACCTGGTGTTCAATGTCATCCCCACGCTGGCCGACATCATCATTGGCATCATCTACTTCAGCATGTTCTTCAACGCCTGGTTTGGCCTCATTGTGTTCCTGTGCATGAGTCTTTACCTCACCCTGACCATTGTGGTCACTGAGTGGAGAACCAAGTTTCGTCGTGCTATGAACACACAGGAGAACGCTACCCGGGCACGAGCAGTGGACTCTCTGCTAAACTTCGAGACGGTGAAGTATTACAACGCCGAGAGTTACGAAGTGGAACGCTATCGAGAGGCCATCATCAAATATCAGGGTTTGGAGTGGAAGTCGAGCGCTTCACTGGTTTTACTAAATCAGACCCAGAACCTGGTGATTGGGCTCGGGCTCCTCGCCGGCTCCCTGCTTTGCGCATACTTTGTCACTGAGCAGAAGCTACAGGTTGGGGACTATGTGCTCTTTGGCACCTACATTATCCAGCTGTACATGCCCCTCAATTGGTTTGGCACCTACTACAGGATGATCCAGACCAACTTCATTGACATGGAGAACATGTTTGACTTGCTGAAAGAGGAGACAGAAGTGAAGGACCTTCCTGGAGCAGGGCCCCTTCGCTTTCAGAAGGGCCGTATTGAGTTTGAGAACGTGCACTTCAGCTATGCCGATGGGCGGGAGACTCTGCAGGACGTGTCTTTCACTGTGATGCCTGGACAGACACTTGCCCTGGTGGGCCCATCTGGGGCAGGGAAGAGCACAATTTTGCGCCTGCTGTTTCGCTTCTACGACATCAGCTCTGGCTGCATCCGAATAGATGGGCAGGACATTTCACAGGTGACCCAGGCCTCTCTCCGGTCTCACATTGGAGTTGTGCCCCAAGACACTGTCCTCTTTAATGACACCATCGCCGACAATATCCGTTACGGCCGTGTCACAGCTGGGAATGATGAGGTGGAGGCTGCTGCTCAGGCTGCAGGCATCCATGATGCCATTATGGCTTTCCCTGAAGGGTACAGGACACAGGTGGGCGAGCGGGGACTGAAGCTGAGCGGCGGGGAGAAGCAGCGCGTCGCCATTGCCCGCACCATCCTCAAGGCTCCGGGCATCATTCTGCTGGATGAGGCAACGTCAGCGCTGGATACATCTAATGAGAGGGCCATCCAGGCTTCTCTGGCCAAAGTCTGTGCCAACCGCACCACCATCGTAGTGGCACACAGGCTCTCAACTGTGGTCAATGCTGACCAGATCCTCGTCATCAAGGATGGCTGCATCGTGGAGAGGGGACGACACGAGGCTCTGTTGTCCCGAGGTGGGGTGTATGCTGACATGTGGCAGCTGCAGCAGGGACAGGAAGAAACCTCTGAAGACACTAAGCCTCAGACCATGGAACGGTGA (SEQ ID NO:1),
[0026]其编码的的氨基酸序列如下所示:
[0027]MVTVGNYCEAEGPVGPAWMQDGLSPCFFFTLVPSTRMALGTLALVLALPCRRRERPAGADSLSWGAGPRISPYVLQLLLATLQAALPLAGLAGRVGTARGAPLPSYLLLASVLESLAGACGLWLLVVERSQARQRLAMGIWIKFRHSPGLLLLffTVAFAAENLALVSffNSPQffffffARADLGQQVQFSLWVLRYVVSGGLFVLGLWAPGLRPQSYTLQVHEEDQDVERSQVRSAAQQSTWRDFGRKLRLLSGYLWPRGSPALQLVVLICLGLMGLERALNVLVPIFYRNIVNLLTEKAPWNSLAWTVTSYVFLKFLQGGGTGSTGFVSNLRTFLWIRVQQFTSRRVELLIFSHLHELSLRWHLGRRTGEVLRIADRGTSSVTGLLSYLVFNVIPTLADIIIGIIYFSMFFNAWFGLIVFLCMSLYLTLTIVVTEWRTKFRRAMNTQENATRARAVDSLLNFETVKYYNAESYEVERYREAIIKYQGLEWKSSASLVLLNQTQNLVIGLGLLAGSLLCAYFVTEQKLQVGDYVLFGTYIIQLYMPLNWFGTYYRMIQTNFIDMENMFDLLKEETEVKDLPGAGPLRFQKGRIEFENVHFSYADGRETLQDVSFTVMPGQTLALVGPSGAGKSTILRLLFRFYDISSGCIRIDGQDISQVTQASLRSHIGVVPQDTVLFNDTIADNIRYGRVTAGNDEVEAAAQAAGIHDAIMAFPEGYRTQVGERGLKLSGGEKQRVAIARTILKAPGIILLDEATSALDTSNERAIQASLAKVCANRTTIVVAHRLSTVVNADQ`ILVIKDGCIVERGRHEALLSRGGVYADMWQLQQGQEETSEDTKPQTMER (SEQ IDNO:2),
[0028]发明人发现的ABCB6基因突变体与SEQ ID NO:1相比，具有c.1067T>C (exon 5)c.508A>G (exon l)c.1736G>A (exon 12)的至少一种突变，即相对于野生型ABCB6基因，本发明的ABCB6基因突变体的cDNA中第1067位的T突变为C(位于exon 5)，第508位的A突变为G (位于exon I)，第1736位的G突变为A (位于exon 12)，由此，其所编码的产物与野生型三磷酸腺苷结合盒转运子B亚族成员ABCB6 (SEQ ID NO:2)相比，具有p.Leu356Pro，p.Serl70Gly,p.Gly579Glu突变，即其356位氨基酸从Leu突变为Pro，其170位氨基酸从Ser突变为Gly，其579位氨基酸从Gly突变为Glu。
[0029]ABCB6基因(MM: *605452)，位于2号染色体，包含19个外显子，编码含842个氨基酸的三磷酸腺苷结合盒转运子(ABC)B亚族成员ABCB6，是一种对亚铁血红素生物合成很重要的线粒体输送器。而ABCB6蛋白是MDR/TAP亚族中的一个成员(ABC基因分成7个显著的基因家族:ABC1、MDR/TAP、MRP、ALD, OABP, GCN20、White)，广泛表达于多个组织中，尤其是心脏以及骨骼肌肉系统。目前，已有研究报道斑马鱼中与ABCB6同源的基因abcb6，在眼睛和中枢神经系统中表达；ABCB6基因上的leu811val突变曾在一个中国家系中被报道导致眼球缺损；而该基因上的Ala57Thr突变也曾在3个印度小眼畸形患者中被报道，该基因可能与小眼畸形有关。但是，尚未见该基因与遗传性泛发性色素异常症相关的报道。
[0030]本发明的发明人首次提出ABCB6基因在表皮基层表达，并可能在皮肤色素沉着过程中起着重要作用。并且，本发明首次提出ABCB6基因是遗传性泛发性色素异常症的致病相关基因，ABCB6 基因的 c.1067T>C (exon 5)，c.508A>G (exon 1)，c.1736G>A (exon 12)突变导致DUH。根据本发明的第二方面，本发明提出了一种分离的多肽。根据本发明的实施例，与SEQ ID NO:2相比，该多肽具有选自下列的至少一种突变:p.Leu356Pro、p.Serl70Gly、p.Gly579Glu突变。根据本发明的一些具体示例，该多肽是由前述分离的编码ABCB6突变体的核酸编码的。通过检测生物样品中是否表达该多肽，可以有效地检测生物样品是否易感遗传性泛发性色素异常症，也可以通过检测这些多肽在生物体中是否存在，可以有效地预测生物体是否易感遗传性泛发性色素异常症。
[0031]筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的方法
[0032]根据本发明的第三方面，本发明提出了一种筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的方法。根据本发明的实施例，该筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的方法可以包括以下步骤:
[0033]首先，从生物样品提取核酸样本。根据本发明的实施例，生物样品的类型并不受特别限制，只要从该生物样品中能够提取到反映生物样品ABCB6是否存在突变的核酸样本即可。根据本发明的实施例，生物样品可以为选自人体血液、皮肤、皮下组织的至少一种。由此，可以方便地进行取样和检测，从而能够进一步提高筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的效率。根据本发明的实施例，这里所使用的术语“核酸样本”应做广义理解，其可以是任何能够反映生物样品中ABCB6是否存在突变的样本，例如可以是从生物样品中直接提取的全基因组DNA，也可以是该全基因组中包含ABCB6编码序列的一部分，可以是从生物样品中提取的总RNA，也可以是从生物样品中提取的mRNA。根据本发明的一个实施例，所述核酸样本为全基因组DNA。由此，可以扩大生物样品的来源范围，并且可以同时对生物样品的多种信息进行确定，从而能够提高筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的效率。另外，根据本发明的实施例，针对采用RNA作为核酸样本，从生物样品提取核酸样本可以进一步包括:从生物样品提取RNA样本，优选RNA样本为mRNA ;以及基于所得到的RNA样本，通过反转录反应，获得cDNA样本，所得到的cDNA样本构成核酸样本。由此，可以进一步提高利用RNA作为核酸样本筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的效率。
[0034]接下来，在得到核酸样本之后，可以对核酸样本进行分析，从而能够确定所得到核酸样本的核酸序列。根据本发明的实施例，确定所得到核酸样本的核酸序列的方法和设备并不受特别限制。根据本发明的具体实施例，可以通过测序方法，确定核酸样本的核酸序列。根据本发明 的实施例，可以用于进行测序的方法和设备并不受特别限制。根据本发明的实施例，可以采用第二代测序技术，也可以采用第三代以及第四代或者更先进的测序技术。根据本发明的具体示例，可以利用选自Hiseq2000、S0LiD、454和单分子测序装置的至少一种对核酸序列进行测序。由此，结合最新的测序技术,针对单个位点可以达到较高的测序深度，检测灵敏度和准确性大大提高，因而能够利用这些测序装置的高通量、深度测序的特点，进一步提高对核酸样本进行检测分析的效率。从而，能够提高后续对测序数据进行分析时的精确性和准确度。由此，根据本发明的实施例，确定核酸样本的核酸序列可以进一步包括:首先，针对所得到的核酸样本，构建核酸测序文库；以及对所得到的核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果。根据本发明的一些实施例，可以采用选自HiSeq2000、S0LiD、454和单分子测序装置的至少一种对所得到的核酸测序文库进行测序。另外，根据本发明的实施例，可以对核酸样本进行筛选，富集ABCB6外显子，该筛选富集可以在构建测序文库之前，构建测序文库过程中，或者构建测序文库之后进行。根据本发明的一个实施例，针对核酸样本，构建核酸测序文库进一步包括:利用ABCB6基因外显子特异性引物，对核酸样本进行PCR扩增；以及针对所得到的扩增产物，构建核酸测序文库。由此，可以通过PCR扩增，富集ABCB6外显子，从而能够进一步提高筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的效率。根据本发明的实施例，ABCB6基因外显子特异性引物的序列不受特别限制，根据本发明的优选实施例，这些ABCB6基因外显子特异性引物具有如下表所示的核苷酸序列，即SEQ ID NO:3-26所示的核苷酸序列。发明人惊奇地发现，通过采用这些引物，可以在PCR反应体系中显著有效地完成对ABCB6外显子尤其是c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A突变所在的5、1、12号外显子序列的扩增。需要说明的是，这些SEQID NO:3-26
所示的核苷酸序列是本发明的发明人在付出了艰苦的劳动后，意外获得的。
【权利要求】
1.一种分离的编码ABCB6突变体的核酸，其特征在于，与SEQ ID NO:1相比，所述核酸具有选自下列的至少一种突变:c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A， 任选地，所述核酸为DNA。
2.一种分离的多肽，其特征在于，与SEQ ID NO:2相比，所述分离的多肽具有选自下列的至少一种突变:p.Leu356Pro> p.Serl70Gly> p.Gly579Glu, 任选地，所述多肽是由权利要求1所述的核酸编码的。
3.一种筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的方法，其特征在于，包括以下步骤: 从所述生物样品提取核酸样本； 确定所述核酸样本的核酸序列； 所述核酸样本的核酸序列或其互补序列与SEQ ID NO:1相比，具有选自c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A的至少一种突变是所述生物样品易感遗传性泛发性色素异常症的指示， 任选地，所述生物样品为选自人体血液、皮肤、毛发和肌肉的至少一种， 任选地，所述核酸样本为全基因组DNA。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，从所述生物样品提取核酸样本进一步包括:· 从所述生物样品提取RNA样本，优选所述RNA样本为mRNA ；以及 基于所述RNA样本，通过反转录反应，获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样本。
5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，确定所述核酸样本的核酸序列进一步包括: 针对所述核酸样本，构建核酸测序文库；以及 对所述核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果， 任选地，采用选自Hiseq2000、SOLiD,454和单分子测序装置的至少一种对所述核酸测序文库进行测序， 任选地,针对所述核酸样本,构建核酸测序文库进一步包括: 利用ABCB6基因外显子特异性引物，对所述核酸样本进行PCR扩增；以及 针对所得到的扩增产物，构建所述核酸测序文库， 任选地，所述ABCB6基因外显子特异性引物具有如SEQ ID NO:3_26所示的核苷酸序列。
6.一种筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的系统，其特征在于，包括: 核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本； 核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连，用于对所述核酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列； 判断装置，所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，以便基于所述核酸样本的核酸序列或其互补序列与SEQ ID NO:1相比，是否具有c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A的至少一种突变，判断所述生物样品是否易感遗传性泛发性色素异常症。
7.根据权利要求6所述的系统，其特征在于，所述核酸提取装置进一步包括:RNA提取单元，所述RNA提取单元用于从所述生物样品提取RNA样本；以及反转录单元，所述反转录单元与所述RNA提取单元相连,用于对所述RNA样本进行反转录反应，以便获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样本。
8.根据权利要求6所述的系统，其特征在于，所述核酸序列确定装置进一步包括: 文库构建单元，所述文库构建单元用于针对所述核酸样本，构建核酸测序文库；以及 测序单元，所述测序单元与所述文库构建单元相连，用于对所述核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果， 任选地,所述文库构建单元进一步包括: PCR扩增模块，所述PCR扩增模块中设置有ABCB6基因外显子特异性引物，以便利用ABCB6基因外显子特异性引物，对所述核酸样本进行PCR扩增， 任选地，所述ABCB6基因外显子特异性引物具有如SEQ ID NO:3_26所示的核苷酸序列， 任选地，所述测序单元包括选自HISEQ2000、SOLiD,454和单分子测序装置的至少一种。
9.一种用于筛选易感遗传性泛发性色素异常症的生物样品的试剂盒，其特征在于，含有: 适于检测ABCB6基因突变体的试剂，其中与SEQ IDNO:1相比，所述ABCB6基因突变体具有选自下列的至少一种突变:c.1067T>C、c.508A>G、c.1736G>A， 任选地，所述试剂为核酸探针。
【文档编号】C12Q1/68GK103849623SQ201210494529
【公开日】2014年6月11日 申请日期:2012年11月28日 优先权日:2012年11月28日
【发明者】方明艳, 邓云华, 张清岩, 苏政, 杨玲, 王俊, 汪建, 杨焕明 申请人:天津华大基因科技有限公司, 深圳华大基因科技有限公司