抗kit抗体及其用图
【专利说明】抗KIT抗体及其用途
[0001] 本申请要求于2012年7月25日申请的美国临时申请第61/675, 751号和于2012 年7月25日申请的美国临时申请第61/675,762号的在35U.S. C § 119(e)下的权益，所述 各临时申请以全文引用的方式并入本文中。
[0002] 本申请含有序列表，该序列表作为文件名为"Sequence_Listing_12638-059_228. txt"、于2013年7月18日创建并且大小为152, 576个字节的ASCII文本文档同时提交。该 序列表以全文引用的方式并入本文中。
[0003] 1.领域
[0004] 本文提供的是特异性结合于KIT多肽的抗体、其抗原结合片段、这样的抗体的缀 合物（conjugate)、编码这样的抗体的多核苷酸、用于产生这样的抗体的载体和宿主细胞、 包含免疫特异性结合于KIT抗原的抗体的试剂盒和药物组合物，及用于治疗或处理KIT相 关紊乱的用途和方法，以及诊断方法。
[0005] 2.背景
[0006] KIT(或c-Kit)是由c-kit基因编码的III型受体酪氨酸激酶。KIT包含五个细 胞外免疫球蛋白（Ig)样域、单个跨膜区、抑制性细胞质近膜域和由激酶插入区段隔开的断 裂细胞质激酶域（参见例如，Yarden 等人，Nature, 1986, 323:226-232 ;Ullrich 和 Schles singer, Cell, 1990, 61:203-212 ;Clifford 等人，J. Biol. Chem.，2003, 278:31461-31464) 〇 编码KIT受体的人c-kit基因已经克隆，如Yarden等人，EMBO J.，1987, 6:3341-3351所描 述。KIT也称为⑶117或干细胞因子受体（"SCFR"），因为它是干细胞因子（"SCF"）配体 (也称为Steel因子或Kit配体）的受体。结合于KIT的前三个细胞外Ig样域的SCF配 体诱导受体二聚化，并因此通过近膜域和激酶域中的特定酪氨酸残基的磷酸化来活化固有 酪氨酸激酶活性（参见例如，Weiss 和 Schlessinger, Cell, 1998,94:277-280 ;Clifford 等 人，J. Biol. Chem. ,2003, 278:31461-31464)。已证明 Stat、Src、ERK 和 AKT 信号传导途径 的成员是KIT信号传导的下游信号转导子（transducers)。
[0007] 相信KIT的第四（D4)和第五（D5)细胞外Ig样域介导受体二聚化（参见例如，国 际专利申请公布号 WO 2008/153926 ;Yuzawa 等人，Cell, 2007, 130:323-334)。
[0008] 已在诸如肥大细胞、干细胞、脑细胞、黑色素母细胞、卵巢细胞和癌细胞（例如白 血病细胞）等多种细胞类型中检测到KIT的表达。功能损失性（l 〇SS-〇f-functi〇n)KIT 突变的研宄表明KIT对造血祖细胞、肥大细胞、黑色素细胞、原始生殖细胞和Cajal间质细 胞的正常生长非常重要（参见例如，Besmer，P.，Curr. Opin. Cell Biol.，1991，3:939-946 ; Lyman 等人，Blood, 1998,91:1101_1134;Ashman，L.K.，Int.J.Biochem.Cell Biol.，1999, 31:1037-1051 ;Kitamura 等人，Mutat. Res.，2001，477:165-171 ;Mol 等人，J. Biol. Chem.，2003, 278:31461-31464)。此外，KIT在血细胞生成、黑色素生成和配子生成中 起重要作用（参见 Ueda 等人，Blood, 2002, 99: 3342-3349)。
[0009] 已暗示异常KIT活性与多种癌症有关。例如，导致KIT的不依赖SCF的组成性活 化的功能获得性（gain-〇f-functi 〇n)KIT突变在某些癌细胞中被发现并且与例如白血病 (例如慢性髓细胞白血病）和胃肠道间质瘤等某些癌症相关（参见例如，Mol等人，J. Biol. Chem.，2003, 278:31461-31464)。
[0010] 3.概述
[0011] 本文在一个方面提供的是免疫特异性结合于ΚΙΤ(例如人KIT)的细胞外域的域 4(D4)(或D4区）并且抑制KIT活性的抗体、其抗原结合片段及其缀合物，以及相关组合物、 试剂和方法。
[0012] 在一个方面，本文提供的是免疫特异性结合于人KIT的D4的抗体或其抗原结合片 段，包含：
[0013] ⑴轻链可变区（"VL"），包含分别具有SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO:20和SEQ ID N0:21的氨基酸序列的VL CDRUVL CDR2和VL CDR3 ;和
[0014] (ii)重链可变区（"VH")，包含分别具有SEQIDN0:16、SEQIDN0:17和SEQID NO: 18 的氨基酸序列的 VH CDR1、VH CDR2 和 VHCDR3。
[0015] 在一个实施方式中，本文提供的抗体或其抗原结合片段的VL和VH在人类中是非 免疫原性的。在一个特定的实施方式中，所述抗体能在中国仓鼠卵巢（CHO)细胞中以至少 0.45 μ g/mL的效价表达。在一个特定的实施方式中，所述抗体能在中国仓鼠卵巢（CHO)细 胞中以至少0. 3 μ g/mL、至少0. 6 μ g/mL、至少0. 75 μ g/mL或至少1 μ g/mL的效价表达。
[0016] 在某一个方面，本文提供的是免疫特异性结合于人KIT的D4的抗体或其抗原结合 片段或其缀合物，包含：
[0017] 轻链可变区（"VL"），包含氨基酸序列：DIVMTQSPSXK1LSASVGDRVTITCKASQNVRTNVA wyqqkpgkapkxK2liysasyrysgvpdrfxK3gsgsgtdftltisslqx k4edfaxK5yxK6cqqynsyprtfgggtkve IK (SEQ ID NO: 11)，其中Xki为具有芳族或脂族羟基侧链的氨基酸，Xk2为具有芳族或脂族羟 基侧链的氨基酸，Xk3为具有脂族羟基侧链的氨基酸，X K4为具有脂族羟基侧链的氨基酸或为 P，Xk5为具有带电荷或酸性侧链的氨基酸，和Xk6为具有芳族侧链的氨基酸；和
[0018] 重链可变区（"VH")，包含分别具有 SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17 和 SEQ ID NO: 18 的氨基酸序列的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3。
[0019] 在一个特定的方面，本文提供的是免疫特异性结合于人KIT的D4的抗体（或其片 段或其缀合物），包含：
[0020] (i)VL，包含分别具有 SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO:20 和 SEQ ID NO:21 的氨基酸序 列的 VL CDR1、VL CDR2 和 VL CDR3 ;和
[0021] (i i) VH，包含氨基酸序列：QVQLVQSGAEXH1KKPGASVKXH2SCKASGYTFTDYYINWVX H3QAP GKGLEWIARIYPGSGNTYYNEKFKGRXH4TXH5TAX H6KSTSTAYMXH7LSSLRSEDXH8A VYFCARGVYYFDYffGQG TTVTVSS (SEQ ID NO: 12)，其中Xhi为具有脂族侧链的氨基酸，XH2为具有脂族侧链的氨基酸， Xh3为具有极性或碱性侧链的氨基酸，Xh4为具有脂族侧链的氨基酸，Xh5为具有脂族侧链的氨 基酸，X h6为具有酸性侧链的氨基酸，X H7为具有酸性或酰胺衍生物侧链的氨基酸，和X H8为具 有脂族羟基侧链的氨基酸。
[0022] 在一个特定的实施方式中，XkiS氨基酸F或S，X K2S氨基酸A或S，X K3S氨基酸T 或S，Xk4S氨基酸S或P，X 氨基酸D或T，和X 氨基酸F或Y。
[0023] 在某一个实施方式中，XkiS氨基酸S，X K2S氨基酸A，X ^为氨基酸T，X K4S氨基酸 P，\5为氨基酸D，和X K6S氨基酸F。
[0024] 在一个特定的实施方式中，XkiS氨基酸F，Xk2S氨基酸A，X k3S氨基酸T，Xk4为氨 基酸s，Xk5S氨基酸D，和X ^为氨基酸F。
[0025] 在一个特定的实施方式中，XkiS氨基酸F或S，X ￡2为氨基酸A，X ￡3为氨基酸T，X K4 为氨基酸S或P，Xk5S氨基酸D，和X ^为氨基酸F。
[0026] 在一个特定的实施方式中，XkiS氨基酸S，Xk2S氨基酸A，X k3S氨基酸T，Xk4为氨 基酸Ρ，\5为氨基酸D，和X ^为氨基酸F。
[0027] 在一个特定的实施方式中，XkiS氨基酸S，Xk2S氨基酸S，X k3S氨基酸S，Xk4为氨 基酸Ρ，\5为氨基酸Τ，和X ^为氨基酸Υ。
[0028] 在一个实施方式中，XhiS氨基酸L或V，X !^为氨基酸L或V，X H3S氨基酸K或R， Xh4为氨基酸V或A，X H5S氨基酸L或I，X H6S氨基酸E或D，X H7S氨基酸Q或E，和X !^为 氨基酸S或T。
[0029] 在一个具体的实施方式中，XhiS氨基酸V，X !^为氨基酸L或V，X H3S氨基酸R或 Q，Xh4为氨基酸A，X H5S氨基酸L或I，X H6S氨基酸D，X H7S氨基酸Q或E，和X !^为氨基酸 T。
[0030] 在一个具体的实施方式中，XhiS氨基酸V，X @为氨基酸L，X H3S氨基酸R，X H4为氨 基酸Α，ΧΗ$氨基酸L，X 氨基酸D，X 氨基酸Q，和X 氨基酸T。
[0031] 在某一个实施方式中，XmS氨基酸V，Xh2S氨基酸V，X h3S氨基酸R，Xh4S氨基酸 A，XH#氨基酸I，X册为氨基酸D，氨基酸Ε，和Xffi^氨基酸Τ。
[0032] 在某一个实施方式中，XmS氨基酸L，X %为氨基酸L，X ^为氨基酸K，X H4S氨基酸 A，XH#氨基酸L，X册为氨基酸E，X 氨基酸Q，和X Η?^氨基酸S。
[0033] 在某一个实施方式中，XmS氨基酸V，X %为氨基酸L，X ^为氨基酸K，X H4S氨基酸 A，XH#氨基酸L，X册为氨基酸E，X 氨基酸Q，和X Η?^氨基酸T。
[0034] 在某一个实施方式中，XmS氨基酸V，X %为氨基酸V，X ^为氨基酸R，X H4S氨基酸 V，\5为氨基酸I，Xh6为氨基酸D，氨基酸E，和Xffi^氨基酸T。
[0035] 在一个特定的实施方式中，为表6A中所阐述的氨基酸，和/或父111至父 118 为表6B中所阐述的氨基酸。
[0036] 在一个特定的方面，本文提供的是免疫特异性结合于人KIT的D4的抗体或其抗原 结合片段或其缀合物，包含：
[0037] i)VL，包含与SEQ ID NO: 7有至少90%同一性、与SEQ ID NO: 8有至少88%同一 性、与SEQ ID N0:9有至少87%同一性或与SEQ ID NO: 10有至少84%同一性的氨基酸序 列；和
[0038] ii)VH，包含与SEQ ID NO: 2有至少93 %同一性、与SEQ ID NO: 3有至少92%同 一性、与SEQ ID NO: 4有至少90%同一性、与SEQ ID NO: 5有至少87%同一性或与SEQ ID NO: 6有至少86%同一性的氨基酸序列。
[0039] 在某一个方面，本文提供的是免疫特异性结合于人KIT的D4区的抗体或其抗原结 合片段或其缀合物，包含：
[0040] iii)轻链可变区（"VL"），包含氨基酸序列：divmtqspsxk1lsasv⑶rvtitckasqnvr tnvawyqqkpgkapkx K2liysasyrysgvpdrfxK3gsgsgtdftltisslqxk4e