抗菌噬菌体、噬菌体肽及其使用方法

抗菌噬菌体、噬菌体肽及其使用方法
【专利摘要】本发明涉及用于治疗和控制细菌感染的噬菌体疗法领域。特别地，本发明涉及新型细菌噬菌体F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10和F125/10，其分离的多肽，包含一种或多种新型细菌噬菌体和/或分离的多肽的组合物，以及使用其单独或与其他抗菌疗法例如抗生素和/或其他噬菌体疗法组合用于治疗和预防细菌感染的方法。
【专利说明】抗菌噬菌体、噬菌体肽及其使用方法
[0001 ] 1.序列表
[0002]本申请含有经由EFS-Web以ASCII形式提交并且在此通过引用整体合并的序列表。所述ASCII拷贝于2011年9月14日创建，命名为16395US1.txt且大小为3，295，858字节。
[0003]2.相关申请
[0004]本申请要求于2010年9月17日提交的美国临时申请号61/384，015的优先权，所述美国临时申请的内容在此通过引用整体合并。
3.发明领域
[0005]本发明涉及用于治疗和控制细菌感染的噬菌体疗法领域。特别地，本发明涉及新型噬菌体 F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F125/10，其分离的多肽，包含一种或多种新型细菌噬菌体和/或分离的多肽的组合物；和单独或与其他疗法例如抗生素或其他噬菌体疗法组合用于治疗和预防通过下述引起的细菌感染的方法:例如金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii)、大肠杆菌(Escherichia coli)和/或铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。
[0006]4.背景
[0007]细菌噬菌体(噬菌体)是特异性感染且裂解细菌的病毒。噬菌体疗法，使用完整噬菌体病毒用于治疗细菌性传染病的方法，在20世纪20年代通过Felix d’ Herelle引入。最初，噬菌体疗法得到强烈调查，并且进行众多研究以评估噬菌体疗法用于治疗人和动物中的细菌感染的潜力。早期成功促使多种商业噬菌体制剂的开发。例如，在1940年，Eli Lilly Company生产了用于人使用的7种噬菌体产品，包括用于治疗由葡萄球菌属物种(Staphylococcus sp.)、大肠杆菌及其他致病菌引起的不同疾病的曬菌体制剂。这些制剂例如用于治疗引起脓肿的感染、化脓性伤口、阴道炎、急性慢性上呼吸道感染和乳突炎感染。
[0008]然而，随着抗生素在20世纪40年代的开发，对基于噬菌体的治疗的兴趣在西方世界下降。促成这种下降的最重要因素之一是缺乏标准化测试方案和生产方法。开发用于测试噬菌体疗法的工业广泛标准的失败干扰研究结果的文件证明，导致察觉到的功效缺乏以及关于噬菌体疗法价值的可靠性问题。进一步地，与噬菌体样品/样本生产相关的问题使最初研究和调查复杂化。多种稳定剂和防腐剂最初在增加噬菌体治疗的活性的尝试中使用。然而，因为噬菌体和多种稳定剂的生物学知之甚少，所以在延长噬菌体制剂活力的尝试中加入的许多成分证明对于人是毒性或负面影响长期贮存。在噬菌体生产中的另一个问题涉及噬菌体的商业制剂的纯度级别。当时，噬菌体疗法制剂一般由宿主细菌的原始裂解产物组成，所述宿主细菌已用目的噬菌体处理。因此，许多制剂含有目前公认为不需要的细菌组分例如内毒素的那种。相应地，不利事件通常与制剂相关，特别是在静脉内接受其的患者中。然而，在对于抗生素的接近受限的东部欧洲和前苏联，噬菌体疗法的开发和使用与抗生素共同继续或代替抗生素继续。
[0009]然而，随着许多细菌的抗生素抗性菌株的出现，在基于噬菌体的治疗中的兴趣在西方世界已回复。尽管已开发了新型种类的抗生素，但细菌最终将发展对于新药物的抗性的前景已加剧对用于控制、预防和治疗细菌感染的非化学治疗方法的寻找。存在关于在临床环境中使用噬菌体疗法的三个主要的基于噬菌体的策略:1)施用毒性噬菌体；2)使用由细菌噬菌体编码的内溶素或纯化的溶素，3)使用噬菌体的结构蛋白质作为关键细菌酶例如合成肽聚糖的酶的代谢抑制剂。
[0010]因此，需要开发新型细菌噬菌体和噬菌体产物作为用于在体内针对致病菌使用的潜在治疗和/或预防试剂。特别地，需要能够裂解医院细菌的细菌噬菌体，所述医院细菌包括金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌和/或铜绿假单胞菌。因为迄今为止研究的大多数噬菌体和噬菌体肽显示出特异性针对它们由其分离的细菌物种(或亚种)的活性，所以新型基于噬菌体的疗法可以在医院背景中特别有用，选择性靶向医院病原体而不影响正常周围菌丛。
[0011] 5.发明概述
[0012]本发明涉及分离的细菌噬菌体且涉及细菌噬菌体起源的分离的抗菌多肽用于治疗、预防或管理与通过革兰氏阳性或革兰氏阴性菌的感染相关的病状。特别地，本发明的分离的细菌噬菌体或多肽可以用于药物组合物中用于治疗、预防或管理通过医院病原体的感染，所述医院病原体例如革兰氏阴性菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌和铜绿假单胞菌；和革兰氏阳性菌包括但不限于金黄色葡萄球菌。在特定实施方案中，本发明的药物组合物用于治疗与通过细菌的抗生素抗性菌株的感染相关的病状，所述细菌的抗生素抗性菌株例如金黄色葡萄球菌的甲氧西林抗性菌株(MRSA)。在特定实施方案中，本发明的分离的细菌噬菌体或多肽用于局部治疗有此需要的受试者中通过医院病原体的感染。在其他实施方案中，本发明的分离的细菌噬菌体或多肽用于诊断衍生自患者的样品(例如组织、血液、尿、唾液样品)中的传染源。在其他实施方案中，本发明的分离的细菌噬菌体或多肽用作用于固体表面制备的预防消毒剂或抗感染药，所述固体表面包括皮肤或其他表皮表面。
[0013]在特定实施方案中，本发明提供了分离的细菌噬菌体，F391/08，其具有包含SEQID N0:1(图15A-15III)的核酸序列的基因组并且显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在其他实施方案中，本发明提供了分离的细菌噬菌体，F394/08，其具有包含SEQ ID NO:2(图16A-16Q)的核酸序列的基因组并且显示出针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在另外其他实施方案中，本发明提供了分离的细菌噬菌体，F488/08，其具有包含SEQ ID NO:3 (图17A-17KKKK)的核酸序列的基因组并且显示出针对大肠杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在另外其他实施方案中，本发明提供了分离的细菌噬菌体，F510/08，其具有包含SEQ ID N0:4(图18A-18X)的核酸序列的基因组并且显示出针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在另外再进一步实施方案中，本发明提供了分离的细菌噬菌体，F44/10，其具有包含SEQ ID NO:560(图19A-19UUU)的核酸序列的基因组并且显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在另外再进一步实施方案中，本发明提供了分离的细菌噬菌体，F387/08，其具有包含SEQ ID NO:781(图20A-20KKKK)的核酸序列的基因组并且显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在另外再进一步实施方案中，本发明提供了分离的细菌噬菌体，F125/10，其具有包含SEQ ID NO:1074(图21A-21ZZZ)的核酸序列的基因组并且显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株的抗菌活性。
[0014]本发明还包含由本发明的一种或多种细菌噬菌体感染的分离的细菌。在特定实施方案中，本发明提供了由细菌噬菌体感染的分离的肺炎克雷伯氏菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:1的核酸序列或由SEQ ID NO:1的核酸序列组成的基因组。在其他实施方案中，本发明提供了由细菌噬菌体感染的分离的鲍氏不动杆菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列或由SEQ ID NO:2的核酸序列组成的基因组。在另外其他实施方案中，本发明提供了由细菌噬菌体感染的分离的大肠杆菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQID NO:3的核酸序列或由SEQ ID NO:3的核酸序列组成的基因组。在另外其他实施方案中，本发明提供了由一种或多种细菌噬菌体感染的分离的铜绿假单胞菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列或由SEQ ID NO:4的核酸序列组成的基因组。在再另外其他实施方案中，本发明提供了由一种或多种细菌噬菌体感染的分离的金黄色葡萄球菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:560的核酸序列或由SEQ ID NO:560的核酸序列组成的基因组。在另外再进一步实施方案中，本发明提供了由一种或多种细菌噬菌体感染的分离的肺炎克雷伯氏菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:781的核酸序列或由SEQ ID NO:781的核酸序列组成的基因组。在另外再进一步实施方案中，本发明提供了由一种或多种细菌噬菌体感染的分离的金黄色葡萄球菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:1074的核酸序列或由SEQ ID NO:1074的核酸序列组成的基因组。
[0015]本发明包含从细菌噬菌体F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10和/或F125/10中分离的多肽，所述多肽显示出针对革兰氏阳性或革兰氏阴性菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性，例如肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌。在特定实施方案中，由F387/08和F3910/08分离或衍生的本发明的多肽显示出针对至少肺炎克雷伯氏菌的抗菌或抗微生物活性，例如裂解杀死活性；由F394/08分离或衍生的那些显示出针对至少鲍氏不动杆菌的抗菌或抗微生物活性；由F488/08分离或衍生的那些显示出针对至少大肠杆菌的抗菌或抗微生物活性；由F510/08分离或衍生的那些显示出针对至少铜绿假单胞菌的抗菌或抗微生物活性；由F44/10和F125/10分离或衍生的那些显示出针对至少金黄色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性。
[0016]在特定实施方案中，本发明的多肽包含分离的溶素或其片段(例如CHAP结构域)或由分离的溶素或其片段(例如CHAP结构域)组成，所述分离的溶素或其片段显示出针对细菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性，所述细菌例如革兰氏阳性菌例如金黄色葡萄球菌和/或革兰氏阴性菌例如肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌和/或铜绿假单胞菌。在特定实施方案中，本发明的多肽是包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列组成的分离的溶素蛋白质，例如内溶素或尾溶素:SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:192、SEQ ID NO: 282、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ IDN0:1216、或SEQ ID NO`: 1261.所述溶素蛋白质的预测功能包括例如Ig样病毒粒子蛋白质(SEQ ID NO:20)、细胞壁水解酶(SEQ ID NO:80)、N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶(SEQID NO:192)、可溶性溶菌酶(SEQ ID NO:282)、T4 样溶菌酶(SEQ ID NO:547)、内溶素(SEQID NO:556)、λ Rzl 样蛋白质(SEQ ID NO:557)、内溶素(SEQ ID NO:598)、内溶素(SEQ IDNO:1216)、和尾溶素(SEQ ID NO:1261)。
[0017]在其他实施方案中，本发明的多肽包含SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID N0:1216、或SEQ ID NO: 1261的片段、变体或衍生物，其中所述片段、变体或衍生物具有针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株的抗菌活性或抗微生物活性，例如裂解杀死活性。在依照这个实施方案的特定例子中，SEQ ID N0:20和/或SEQ ID NO:80的氨基酸序列的变体、片段或衍生物显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含SEQ ID NO:1的核酸序列或由SEQ ID NO:1的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性(例如裂解杀死活性)。在依照这个实施方案的其他例子中，SEQ ID NO:192的氨基酸序列的变体、片段或衍生物显示出针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列或由SEQ ID NO:2的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性(例如裂解杀死活性)。在依照这个实施方案的其他例子中，SEQ ID NO:282的氨基酸序列的变体、片段或衍生物显示出针对大肠杆菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列或由SEQ ID NO:3的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性 (例如裂解杀死活性)。在依照这个实施方案的其他例子中，SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556和/或SEQ ID NO:557的氨基酸序列的变体、片段或衍生物显示出针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列或由SEQID NO:4的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性(例如裂解杀死活性)。在依照这个实施方案的其他例子中，SEQ ID NO:598,SEQ ID NO: 1216和/或SEQ IDNO:1261的氨基酸序列的变体、片段或衍生物显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含SEQ ID NO:560或SEQ ID NO: 1074的核酸序列或由SEQ ID NO:560或SEQ ID NO:1074的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性(例如裂解杀死活性)。
[0018]在特定实施方案中，本发明的分离的多肽包含下述的CHAP结构域或由下述的CHAP 结构域组成:SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO:282, SEQ IDNO:547, SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、或 SEQ ID NO:598。在再另外其他实施方案中，本发明的多肽包含 SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:80、SEQ ID NO: 192,SEQ ID NO:282、SEQ IDNO:547,SEQ ID NO:556、SEQ ID N0:557、或 SEQ ID NO:598 的 CHAP 结构域的片段、变体或衍生物，其中所述片段、变体或衍生物具有针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的至少一种或多种菌株的抗菌活性或抗微生物活性，例如裂解杀死活性。
[0019]在其他实施方案中，本发明的多肽包含下述或由下述组成:分离的尾蛋白质(例如尾组分、尾丝蛋白质、尾长卷尺蛋白质、吸附相关尾蛋白质、主要尾蛋白质、主要尾鞘蛋白质、基片楔突亚单位)或其片段，具有与它由其衍生的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述功能针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的至少一个或多个物种或菌株。
[0020]在特定实施方案中，本发明的多肽是包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列组成的分离尾蛋白质:SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ IDNOs:32-35,SEQ ID NO:180、SEQ ID NO: 183,SEQ ID NO:185、SEQ ID NO: 190,SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249,SEQ ID N0:252、SEQ ID NO:254,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ IDNO:544, SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686,SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800,SEQ ID N0:806、SEQ ID NO:854,SEQ ID NOs:999-1004、SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077, SEQ ID NO:1217, SEQ ID NO:1250,或SEQ ID NO:1266 o在其他实施方案中，本发明的多肽包含SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs: 32-35、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185,SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ IDNOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ IDNOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496,SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQID NO:806, SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO:1217, SEQ ID N0:1250、或 SEQ ID NO: 1266 的片段、变体或衍生物，其中所述片段、变体或衍生物显示出与它由其衍生的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述功能针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株。
[0021] 所述尾蛋白质的预测功能包括例如受体结合尾蛋白质(SEQ ID NO:15)、主要尾蛋白质(SEQ ID N0:26和SEQ ID NO:1077)、次要尾蛋白质(SEQ ID NO:27)、成孔尾尖蛋白质(SEQ ID NO:30)、尾蛋白质(SEQ ID NOs:32-33)、次要尾蛋白质(SEQ ID NO:34)、噬菌体尾蛋白质(SEQ ID N0:35)、尾鞘蛋白质(SEQ ID NO:180)、尾卷尺蛋白质(SEQ ID NO:183)、尾蛋白质(SEQ ID NO:185)、尾丝蛋白质(SEQ ID NO:190)、尾管蛋白质(SEQ ID NO:231)、尾鞘单体(SEQ ID NO:232)、尾鞘稳定剂和完全蛋白质(SEQ ID NO:235)、短尾丝(SEQ IDNO:239)、基片楔突完全尾 钉(SEQ ID NOs:240-241)、基片楔突完全尾丝插座(tail fibersocket) (SEQ ID NO:242)、基片楔突亚单位(SEQ ID NO:243)、基片楔突起始子(SEQ IDNO:244)、基片楔突(SEQ ID NO:245)、基片插孔亚单位和尾溶菌酶、细胞穿透装置(SEQ IDNO:248)、基片楔突完全(SEQ ID NO:249)、尾完全和鞘稳定蛋白质(SEQ ID NO:252)、伴侣蛋白长和短尾丝装配(SEQ ID NO:254)、尾丝蛋白质(SEQ ID NO:433)、尾丝蛋白质(SEQID NO:434)、铰链连接物长尾丝(SEQ ID NO:435)、尾丝铰链(SEQ ID NO:436)、近端尾丝亚单位(SEQ ID NO:437)、基片尾管起始子(SEQ ID NO:489)、基片(SEQ ID NO:490)、基片插孔亚单位、尾长决定子(SEQ ID NO:491)、基片远端插孔亚单位(SEQ ID NO:492)、基片插孔亚单位(SEQ ID NO:493)、基片插孔装配催化剂(SEQ ID NO:494)、基片插孔亚单位(SEQID NO:495)、基片楔突亚单位(SEQ ID NO:496)、尾管蛋白质(SEQ ID NOs =544-545)、尾丝蛋白质(SEQ ID NO:549 和 SEQ ID NO:551)、主要尾鞘蛋白质(SEQ ID NO:629 和 SEQ IDNO:1250)、主要尾蛋白质(SEQ ID NO:686)、尾管蛋白质(SEQ ID NO:789)、fibritin(SEQID NO:796)、短尾丝(SEQ ID NO:797)、基片楔突完全尾钉(SEQ ID NO:798)、基片楔突亚单位和尾钉(SEQ ID NO:799)、基片楔突尾丝连接物(SEQ ID NO:800)、基片插孔亚单位和溶菌酶(SEQ ID NO:806)、溶菌酶(SEQ ID NO:854)、噬菌体穿孔素(hoi in) (SEQ ID NO:999和SEQ ID NO: 1217)、远端长尾丝装配催化剂(SEQ ID NO:1000)、L形尾丝蛋白质(SEQID NO:1001)、长尾丝远端连接物的铰链连接物(SEQ ID NO:1002)、长尾丝近端连接物的铰链连接物(SEQ ID NO:1003)、长尾丝近端亚单位(SEQ ID NO:1004)、基片尾管起始子(SEQID NO:1053)、基片尾管帽(tail tube cap) (SEQ ID NO:1054)、基片插孔亚单位、尾长决定子(SEQ ID NO:1055)、基片远端插孔亚单位(SEQ ID NO: 1056)、基片插孔亚单位(SEQ IDNOs:1057和1059)、基片插孔装配催化剂(SEQ ID NO:1058)、基片楔突亚单位(SEQ ID NO:1060)、和基片蛋白质(SEQ ID NO:1266)。
[0022]在特定实施方案中，本发明包含SEQID NO: 15,SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQID N0:30、或SEQ ID NOs:32-35的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，其显示出与具有包含核酸序列SEQ ID NO:1或由核酸序列SEQ ID NO:1组成的基因组的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗 菌活性(例如裂解杀死活性)，所述功能针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株。在其他实施方案中，本发明包含SEQ ID NO:180, SEQ ID NO:183、SEQ IDN0:185、或SEQ ID NO:190的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，其显示出与具有包含核酸序列SEQ ID NO:2或由核酸序列SEQ ID NO:2组成的基因组的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述功能针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株。
[0023]在特定实施方案中，本发明包含SEQID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489_495、或 SEQ ID NO:496 的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，其显示出与具有包含核酸序列SEQ ID NO:3或由核酸序列SEQ ID NO:3组成的基因组的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述功能针对大肠杆菌的一种或多种菌株。在特定实施方案中，本发明包含SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545, SEQ ID N0:549、或SEQ ID NO:551的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，其显示出与具有包含核酸序列SEQ ID NO:4或由核酸序列SEQ ID NO:4组成的基因组的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述功能针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株。在另外其他实施方案中，本发明包含SEQ ID NO:629或SEQ ID NO:686的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，其显示出与具有包含核酸序列SEQ IDNO:560或由核酸序列SEQ ID NO:560组成的基因组的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述功能针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株。在另外其他实施方案中，本发明包含SEQ ID NO:789, SEQ ID NOs:796-800、SEQ IDNO:806, SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs:1053-1060 的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，其显示出与具有包含核酸序列SEQ ID NO:781或由核酸序列SEQ IDNO:781组成的基因组的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述功能针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株。在另外其他实施方案中，本发明包含 SEQ ID NO:1077,SEQ ID N0:1217、SEQ ID N0:1250、或 SEQ ID NO:1266 的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，其显示出与具有包含核酸序列SEQ ID NO:1074或由核酸序列SEQ ID NO:1074组成的基因组的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述功能针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株。
[0024]在特定实施方案中，本发明提供了分离的多肽，其显示出针对细菌的一种或多种菌株的抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述细菌例如革兰氏阳性菌(例如金黄色葡萄球菌)、革兰氏阴性菌(例如肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌和铜绿假单胞菌)或未分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性的细菌，其中所述分离的多肽具有与相同长度(即由相同数目的残基组成)的第二种氨基酸序列具有至少60%、65 %、70%、75 %、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或更大序列同一性的氨基酸序列，所述第二种氨基酸序列是SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:30, SEQ ID NOs:32-35, SEQ ID NO:80, SEQ IDNO:180, SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232,SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249,SEQ ID N0:252、SEQ ID NO:254,SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496,SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:556,SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ IDNO:789, SEQ IDNOs:796-800, SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060, SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO:1216、SEQ ID NO: 1217、SEQ IDNO: 1250、SEQ ID NO: 1261、SEQ ID NO: 1266 和 / 或其片段。
[0025]本发明进一步提供了包含下述中的任何氨基酸序列或由下述中的任何氨基酸序列组成的分离的多肽:SEQ ID NOs:5-176,SEQ ID NOs:177-223,SEQ ID NOs:224-506、SEQID NOs:507-559,SEQ ID NOs:561-780,SEQ ID NOs:782_1073、和SEQ ID NOs: 1075-1300。在其他实施方案中，提供了与治疗剂(例如异源多肽或小分子)重组融合或化学缀合(例如共价或非共价缀合)的本发明的分离的多肽。
[0026] 本发明还包含编码本发明的多肽的多核苷酸。在特定实施方案中，本发明提供了包含编码 SEQ ID NOs:5-176, SEQ ID NOs:177-223, SEQ ID NOs:224-506, SEQ ID NOs:507-559、SEQ ID NOs:561-780, SEQ ID NOs:782_1073、和 SEQ ID NOs:1075-1300 中的任何多肽的核酸序列的分离核酸。在其他实施方案中，本发明提供了包含编码下述中的任何多肽，或其活性片段、变体或衍生物的核酸序列的分离核酸:SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:30, SEQ ID NOs:32-35, SEQ ID NO:80, SEQ IDNO:180, SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232,SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249,SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254,SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:55KSEQ ID NO:556,SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQID NO:789,SEQ ID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060,SEQ ID NO:1077,SEQ ID NO:1216,SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250、SEQ ID N0:1261、或SEQ ID NO:1266，所述多肽或活性片段、变体或衍生物显示出与它由其分离和/或衍生的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)。本发明还涉及包含所述核酸中的一种或多种的载体。在一个特定实施方案中，所述载体是表达载体。本发明进一步提供了含有载体的宿主细胞，所述载体包含一种或多种编码本发明的多肽的一种或多种多核苷酸。
[0027]本发明包含用于生产特别用于在药物组合物即抗微生物组合物中使用的本发明的多肽或其活性片段的方法。例如，本发明的多肽可以直接从细胞培养(例如细菌细胞培养)中分离，所述细胞培养由细菌噬菌体F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10和/或F125/10感染。备选地，本发明的多肽可以使用表达载体通过重组方法衍生，所述表达载体包含编码本发明的多肽的核酸序列，例如SEQ ID NO:15, SEQ ID NO: 20, SEQID NO:26,SEQ ID NO:27,SEQ ID NO:30,SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO:80,SEQ ID NO:180,SEQ ID NO: 183,SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO: 192、SEQ ID NO:231、SEQID NO:232, SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQID NO:252,SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496,SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ IDNO:556, SEQ ID NO:557、、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789,SEQ ID NOs:796-800、SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ IDNOs:1053-1060, SEQ ID NO:1077, SEQ ID NO:1216, SEQ ID NO:1217, SEQ ID NO:1250,SEQ ID N0:1261、或SEQ ID NO: 1266，或其活性片段、衍生物或变体。本发明的多肽或其片段可以通过本领域已知用于生产多肽的任何方法进行生产，特别是通过化学合成或通过重组表达技术。 [0028]在特定实施方案中，本发明涉及用于重组生产噬菌体蛋白质例如溶素蛋白质、尾蛋白质或其活性片段、变体或衍生物的方法，所述方法包括:(i)在适合于所述蛋白质在培养基中表达的条件下培养含有载体的宿主细胞，所述载体包含编码下述氨基酸序列的核酸序列:SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQID NOs:32-35, SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185、SEQ IDNO:190, SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496,SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545,SEQ IDNO:547,SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629, SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854, SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077, SEQID NO:1216, SEQ ID N0:1217、SEQ ID NO:1250, SEQ ID N0:1261、或 SEQ ID N0:1266，或其片段；和(ii)从所述培养基中回收所述蛋白质。在特定实施方案中，编码本发明的多肽的核酸序列与异源启动子可操作地连接。
[0029]本发明还包含用于诊断细菌感染的临床表现中的成因剂的方法。通过确定样品中的细菌对本发明的细菌噬菌体和/或多肽的敏感性，本发明的分离的细菌噬菌体或多肽可以用于帮助测定患者样品中的细菌物种。此类方法进一步包括估计本发明的分离的细菌噬菌体和/或多肽的抗菌活性的方法。本发明的细菌噬菌体或多肽的抗菌活性，或未知样品对于此类活性的敏感性，可以通过本领域已知和/或本文描述的任何方法进行评估。在特定实施方案中，抗菌活性和/或敏感性通过下述进行评估:根据标准技术(例如在液体培养中或在琼脂平板上)培养已知细菌和/或患者组织、血液、流体或拭子样品，使培养物与本发明的细菌噬菌体和/或多肽接触且监控在所述接触后的细胞生长。例如，在液体培养中，细菌(例如肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌)可以生长至代表在培养物的指数生长中点的光密度(“0D”)；使培养物暴露于本发明的一种或多种细菌噬菌体和/或多肽的一个或多个浓度，并且OD相对于对照培养物进行监控。相对于对照培养物减少的OD代表显示出针对测试样品或培养物中的细菌物种和/或菌株的抗菌活性(例如显示出裂解杀死活性)的细菌噬菌体和/或多肽。类似地，可以允许细菌菌落在琼脂平板上形成，所述平板暴露于本发明的细菌噬菌体或多肽，并且相对于对照平板估计菌落的后续生长。菌落的大小减少或菌落的总数目减少指示细菌噬菌体和/或多肽具有针对测试样品和/或培养的物种或菌株的抗菌活性。
[0030]本发明还涉及包含细菌噬菌体或由细菌噬菌体组成的药物组合物，所述细菌噬菌体具有包含核酸序列 SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 或由核酸序列 SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 组成的基因组。在特定实施方案中，除了一种或多种其他细菌噬菌体外，本发明的药物组合物包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含核酸序列SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 或由核酸序列 SEQ IDNO:U SEQ ID NO:2,SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID N0:781、或SEQID NO:1074组成。一种或多种其他细菌噬菌体可以是本发明的一种或多种细菌噬菌体(例如具有包含 SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560,SEQID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 的核酸序列或由 SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 的核酸序列组成的基因组)，其一种或多种菌株，或可以是除了具有根据SEQ ID NO:U SEQ ID NO:2、SEQ IDN0:3、SEQ ID N0:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID N0:781、或 SEQ ID NO:1074 的基因组的细菌噬菌体外的本领域已知的一种或多种细菌噬菌体。进一步地,本发明的药物组合物中的一种或多种细菌噬菌体可以靶向细菌的相同或不同物种或菌株。在特定实施方案中，包含本发明的一种或多种细 菌噬菌体的药物组合物进一步包含本发明的一种或多种多肽和/或如本文描述或本领域已知的其他噬菌体产物。
[0031]在特定实施方案中，本发明提供了包含从细菌噬菌体中分离的多肽或其活性片段，特别是具有抗微生物和/或抗菌活性的那些的药物组合物，所述细菌噬菌体具有包含核酸序列 SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ IDNO:781 和 / 或 SEQ ID NO: 1074 或由核酸序列 SEQ ID NO:USEQ ID N0:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4,SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781 和/或SEQ ID NO:1074组成的基因组。在特定实施方案中，本发明的药物组合物包含具有下述氨基酸序列的一种或多种多肽:SEQ IDNO: 15、SEQ ID NO: 20,SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:27,SEQ ID NO: 30,SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO:80, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ IDNO:192, SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ IDNO:248, SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:282、SEQ ID NOs:433-437、SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:547、SEQ IDNO:549,SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686, SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs: 1053-1060,SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO:1216,SEQ IDNO:1217,SEQ ID NO:1250,SEQ ID N0:1261、或 SEQ ID NO: 1266。在其他实施方案中，本发明的药物组合物包含这样的多肽，其为SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:26、SEQID NO:27,SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs:32-35、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO: 180,SEQ ID NO:183,SEQ ID NO: 185,SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQID NO:235, SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQID NO:254,SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545,SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:556、SEQ IDNO:557, SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060,SEQ ID NO:1077, SEQ ID NO:1216, SEQ ID NO:1217, SEQ ID NO:1250, SEQ ID NO:1261,或SEQ ID NO:1266的变体、衍生物或片段，其中所述变体、衍生物或片段保留它由其衍生的多肽的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，优选针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株。
[0032]本发明的药物组合物可以另外包含药学可接受的载体、赋形剂或稳定剂。在特定实施方案中，本发明的药物组合物是用于治疗、预防和/或改善有此需要的受试者中与通过细菌的感染相关的疾病或病症症状的抗菌组合物(因为它们显示出抗菌活性)或治疗组合物。在特定实施方案中，本发明的药物组合物是用于治疗、预防和/或改善与通过肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的感染相关的疾病或病症症状的抗菌组合物或治疗组合物。在特定实施方案中，接受本发明的药物组合物的受试者是哺乳动物(例如牛、绵羊、羊、马科、灵长类(例如人)、啮齿类、兔类动物或禽类(例如鸡、鸭、鹅))。
[0033]本发明提供了用于治疗或预防细菌感染的方法，其包括给有此需要的受试者施用药物组合物，所述药物组合物包含一种或多种细菌噬菌体或噬菌体产物(例如分离的细菌噬菌体多肽或其活性片段、变体或衍生物)，任选加上如本文描述的一种或多种其他细菌噬菌体或其他噬菌体产物。在本发明的背景中，“治疗”指治疗性处理和预防性或预防措施，其中目的是消除、减轻、减少病理状态或病症的严重性，减慢病理状态或病症的进展，或延迟或预防与病理状态或病症相关的症状或潜在原因(例如细菌感染)。本发明的药物组合物可以用于治疗或管理与任何细菌感染相关的感染，包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆`菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌，以及在特定实施方案中，表皮葡萄球菌(S.epidermidis)、耳葡萄球菌(S.auricularis)、头葡萄球菌(S.capitis)、溶血性葡萄球菌(S.haemolyticus)、人葡萄球菌(S.hominis)、腐生葡萄球菌(S.saprophyticus)、模仿葡萄球菌(S.simulans)、木糖葡萄球菌(S.xylosis)、藤黄微球菌(M.1uteus)、枯草芽孢杆菌(B.subtilis)、短小芽孢杆菌(B.pumilus)、粪肠球菌(E.faecalis)、希拉肠球菌(E.hirae)、屎肠球菌(E.faecium)、鸟肠球菌(E.avium)及其组合。在特定实施方案中，药物组合物可以用于治疗与细菌感染相关的病状或病症，包括但不限于术后眼内炎(end ophtalmitis)、心内膜炎、中枢神经系统的感染、肺炎、骨髓炎(osteomylelitis)、伤口感染(例如糖尿病足溃疡)、乳腺炎、败血病、食物中毒、脑膜炎、皮肤感染、脓肿、中毒性休克综合征、菌血症和/或与医院细菌感染相关的其他病状。
[0034]在特定实施方案中，本发明提供了细菌噬菌体或分离的噬菌体产物(例如分离的噬菌体多肽或其活性片段、变体或衍生物)作为单一试剂疗法的用途。在其他实施方案中，本发明提供了与用于细菌感染的标准或实验处理组合的细菌噬菌体或噬菌体产物(例如分离的噬菌体多肽或其活性片段、变体或衍生物)的用途。此类组合疗法可以增强标准或实验处理的功效。与本发明的细菌噬菌体和/或多肽组合特别有用的治疗剂的例子是抗炎剂、标准化学治疗抗生素试剂(例如青霉素、合成青霉素、杆菌肽素、甲氧西林、萘夫西林、苯唑西林(oxacilin)、氯唑西林、万古霉素、替考拉宁、克林霉素、复方新诺明、头孢菌素、多粘菌素、头孢克洛、头孢羟氨苄、头孢孟多酯钠、头孢唑林、头孢克肟、头孢美唑、头孢尼西(cefonioid)、头孢哌酮、头孢雷特、cefotanme、头孢噻厢、头孢替坦、头孢西丁、头孢泊月亏酯、头孢他唳、头孢唑厢、头孢曲松、头孢曲松(cefriaxone)拉氧头孢、头孢呋辛、头孢氨苄、头孢菌素C、头孢菌素C钠盐、头孢菌素、头孢噻吩钠盐、头孢匹林、头孢拉定、头孢呋辛酯、头孢菌素二水化物、拉氧头孢、氯碳头孢mafate和螯合剂)、局部麻醉剂和/或皮质类固醇。在另外其他实施方案中，本发明的组合物可以与本领域已知的一种或多种细菌噬菌体或噬菌体产物组合。由本发明包含的组合疗法可以配制成单一药物组合物，或可以在分开组合物中但作为总体治疗方案的部分施用。
[0035]本发明的药物组合物可以通过本领域已知适合于施用抗菌化合物的任何方法进行施用，例如经由经口或肠胃外(例如吸入、肌内、静脉内或表皮)递送。在优选实施方案中，本发明的药物组合物例如在局部制剂中局部施用。本发明的组合物可以局部用于治疗和/或预防常见医院内感染，例如在手术切口部位处或与导管或引流相关的感染。在其他实施方案中，本发明的组合物用于治疗皮肤或上真皮层的细菌感染(例如足的糖尿病性溃疡或痈的感染)。
[0036]本发明的药物组合物还可以用于传统上的非治疗用途，例如在化妆品中的抗菌剂，或在用于在固体表面上使用的喷雾剂或溶液中以预防细菌的定殖(即，作为消毒剂)。
[0037]本发明还涉及用于就抗菌活性筛选肽的方法。在一个实施方案中，该方法包括就抗菌活性筛选长度至少6、10、15、20或25个残基的邻接氨基酸序列，其由核酸序列SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQID NO:781、或 SEQID NO: 1074的开放读码框编码，所述抗菌活性通过肽抑制例如琼脂或液体培养中的细菌生长的能力测量。`
[0038]5.1 定义
[0039]如本文使用的，术语“片段”指包含蛋白质氨基酸序列的至少5个邻接氨基酸残基、至少10个邻接氨基酸残基、至少15个邻接氨基酸残基、至少20个邻接氨基酸残基、至少25个邻接氨基酸残基、至少40个邻接氨基酸残基、至少50个邻接氨基酸残基、至少60个邻接氨基酸残基、至少70个邻接氨基酸残基、至少80个邻接氨基酸残基、至少90个邻接氨基酸残基、至少100个邻接氨基酸残基、至少125个邻接氨基酸残基、至少150个邻接氨基酸残基、至少175个邻接氨基酸残基、至少200个邻接氨基酸残基、或至少250个邻接氨基酸残基的氨基酸序列的肽或多肽。在特定实施方案中，该片段是功能片段，因为它保留它所分离自的蛋白质的至少一种功能(例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解细胞杀死))。
[0040]如本文使用的，术语“活性细菌噬菌体产物”和“细菌噬菌体产物”指从本发明的细菌噬菌体中分离的多肽或其片段、变体或衍生物，所述多肽或其片段、变体或衍生物显示出与它所分离或衍生自的细菌噬菌体相关的生物功能或活性(例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解细胞杀死))。
[0041]如本文使用的，在肽、多肽或融合蛋白的背景中的术语“分离的”或指这样的肽、多肽或融合蛋白，其基本上不含来自它由其衍生的细胞或组织来源的细胞材料或污染蛋白质，或当化学合成时基本上不含化学前体或其他化学制品。语言“基本上不含细胞材料”包括肽、多肽或融合蛋白的制剂，其中肽、多肽或融合蛋白与它由其分离或重组产生的细胞的细胞组分分离。因此，基本上不含细胞材料的肽、多肽或融合蛋白包括具有小于约30%、20%、10%或5% (按干重计)异源蛋白质(在本文中也称为“污染蛋白质”)的肽、多肽或融合蛋白制剂。当肽、多肽或融合蛋白重组产生时，它还优选基本上不含培养基，即培养基代表小于约20%、10%或5%体积的蛋白质制剂。当肽、多肽或融合蛋白通过化学合成产生时，它优选基本上不含化学前体或其他化学制品，即它与涉及肽、多肽或融合蛋白合成的化学前体或其他化学制品分离。相应地，肽、多肽、融合蛋白或抗体的此类制剂具有除了目的肽、多肽或融合蛋白外的小于约(按干重计)化学前体或化合物。
[0042]如本文使用的，在核酸分子的背景中的术语“分离的”指与第一种核酸分子的天然来源中存在的其他核酸分子分尚的第一种核酸分子。此外，“分尚的”核酸分子例如cDNA分子当通过重组技术产生时基本上不含其他细胞材料或培养基，或当化学合成时基本上不含化学前体或其他化学制品，并且例如当它已与核酸文库中的其他克隆分离时，可以不含其他cDNA或其他 基因组DNA分子。
[0043]术语“纯化的”意指已通过任何纯化过程在浓度中可测量地增加的肽、多肽、融合蛋白或核酸分子，所述纯化过程包括但不限于柱色谱法、HPLC、沉淀、电泳等，从而部分、基本上、几乎完全或完全去除杂质，例如涉及制备肽、多肽或融合蛋白或核酸分子的前体或其他化学制品。本领域技术人员应当理解对于给定用途必需的纯化量。例如，意欲用于在预期施用于人的治疗组合物中使用的分离的蛋白质通常必须具有依照管理标准和良好制造过程的高纯度。
[0044]如本文使用的，在多肽背景中的术语“衍生物”指包含已通过氨基酸残基置换、缺失或添加的引入而改变的氨基酸序列的多肽。如本文使用的术语“衍生物”还指即通过任何类型的分子与多肽的共价附着已进行修饰的多肽。例如，但不限于，多肽可以例如通过糖基化、乙酰化、聚乙二醇化、磷酸化、酰胺化、通过已知保护/阻断基团的衍生化，蛋白酶解切害I]、与细胞配体或其他蛋白质的连接等进行修饰。衍生多肽可以使用本领域技术人员已知的技术通过化学修饰进行产生，包括但不限于特定化学切割、乙酰化、甲酰化、衣霉素的代谢合成等。进一步地，衍生多肽可以含有一个或多个非典型氨基酸。多肽衍生物具有与它由其衍生的多肽相似或等同的功能。如提及“衍生”自生物体的多肽使用的术语“衍生的”还可以指多肽直接从所述生物体(例如细菌细胞或噬菌体)中的分离。
[0045]如本文使用的，术语“宿主细胞”指由核酸分子转染的具体主题细胞和含有核酸分子或其染色体整合形式的此类细胞的后代或潜在后代。由于在后续代中或在核酸分子整合到宿主细胞基因组内可能发生的突变或环境影响，此类细胞的后代可以不等同于由核酸分子转染的亲本细胞。对于细菌噬菌体蛋白质和多肽的表达，宿主细胞优选不是细菌噬菌体由其分离或培养的相同物种或菌株。
[0046]如本文使用的，术语“与……组合”指超过一种预防和/或治疗剂的使用。术语“与……组合”的使用不限制其中预防和/或治疗剂施用于具有疾病或病症的受试者的次序。第一种预防或治疗剂可以在第二种预防或治疗剂(不同于第一种预防或治疗剂)施用于有此需要的受试者例如具有疾病或病症的受试者之前(例如前5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、I小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、I周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周)、同时或之后(例如后5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、I小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、I周、2周、3
周、4周、5周、6周、8周或12周)施用。
[0047]如本文使用的，术语“核酸”和“核苷酸序列”包括单链和双链DNA和/或RNA分子，或其组合。如本文使用的，术语“由核酸编码”指使用如本领域众所周知的标准遗传密码(即标准密码子三联体)，起因于参考核酸序列的正向、反向、互补或反向互补序列翻译的氨基酸序列。
[0048]如本文使用的，术语“预防剂”指本发明的细菌噬菌体和/或多肽，其可以用于预防、治疗、管理或改善疾病或病症特别是与细菌感染相关的疾病或病症的一种或多种症状。
[0049]如本文使用的，术语“治疗剂”指本发明的细菌噬菌体和/或多肽，其可以用于预防、治疗、管理或改善疾病或病症特别是与细菌感染相关的疾病或病症的一种或多种症状。 [0050]如本文使用的，术语“治疗有效量”指足以导致疾病或病症特别是与细菌感染相关的疾病或病症的一种或多种症状改善的治疗剂的量。
[0051]如本文使用的，术语“治疗”和“处理”指疾病或病症特别是与细菌感染相关的疾病或病症的一种或多种症状的改善，其起因于本发明的一种或多种细菌噬菌体和/或多肽的施用。如上所述，“治疗”和相关术语指治疗性处理和预防性或预防措施，其中目的是消除、减轻、减少病理状态或病症的严重性，减慢病理状态或病症的进展，或延迟或预防与病理状态或病症相关的症状或潜在原因(例如细菌感染)。
[0052]如本文使用的，关于细菌噬菌体、分离的细菌噬菌体蛋白质(或其变体、衍生物或片段)或细菌噬菌体产物的术语“抗菌活性”和“抗微生物活性”可互换使用，以指杀死和/或抑制微生物特别是细菌噬菌体感染的细菌物种或菌株的生长或繁殖的能力。在特定实施方案中，抗菌或抗微生物活性通过下述进行评估:根据标准技术(例如在液体培养中或在琼脂平板上)培养细菌例如革兰氏阳性菌(例如金黄色葡萄球菌)、革兰氏阴性菌(例如肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌和铜绿假单胞菌)或未分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性的细菌，使培养物与本发明的细菌噬菌体或多肽接触且监控在所述接触后的细胞生长。例如，在液体培养中，细菌可以生长至代表在培养物的指数生长中点的光密度(“0D”)；使培养物暴露于本发明的一种或多种细菌噬菌体或多肽的一个或多个浓度，并且OD相对于对照培养物进行监控。相对于对照培养物减少的OD代表显示出抗菌活性(例如显示出裂解杀死活性)的细菌噬菌体或多肽。类似地，可以允许细菌菌落在琼脂平板上形成，所述平板暴露于本发明的细菌噬菌体或多肽，并且关于对照平板估计菌落的后续生长。菌落的大小减少或菌落的总数目减少指示细菌噬菌体或多肽具有抗菌活性。
[0053]如本文使用的，“CHAP结构域”指在几个噬菌体编码的肽聚糖水解酶中发现的保守酰胺酶结构域，并且代表“半胱氨酸、组氨酸依赖性酰胺基水解酶/肽酶”。参见例如，RigdenD，等人，Trends Biochem Sc1.2003 May 28(5):230_4。它在包括GSP酰胺酶和肽聚糖水解酶的酰胺酶超家族中发现。该家族包括至少两个不同类型的肽聚糖切割活性:L-胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶和D-丙氨酰-甘氨酰内肽酶活性。CHAP结构域一般含有保守的半胱氨酸和组氨酸残基，并且水解含Y-谷氨酰底物。这些半胱氨酸残基被认为是这些酰胺酶中的几种的活性所必需的，并且它们的巯基看起来充当含有这个结构域的所有酶的催化机制中的亲核试剂。CHAP结构域通常与其他结构域结合发现，所述其他结构域切割肽聚糖，例如以协同方式起作用以切割专门底物。还参见，Bateman A,等人,Trends Biochem Sc1.2003May 28(5): 234-7。
[0054]6.附图简述
[0055]图1A-1B:包含SEQ ID NO:1的核酸序列的F391/08基因组的组构的图示。在约113kb基因组中预测的开放读码框(“0RF”)由箭头代表且以黑色编号。箭头的方向指示转录方向。颜色编码:黑色-基于同源蛋白质的已知功能可以对于其产物作出功能指定的ORF ;灰色-编码类似于功能未知的蛋白质的产物的ORF ;空白-编码与可获得的数据库中的蛋白质不共享显著同源性的蛋白质的0RF。功能指定的ORF也在该图中列出。该图中的信息也以表格形式包括在图2中。
[0056]图2A-2I1:细菌噬菌体F391/08基因组的特征，包括基因产物和假定功能的指定。该图包括基因组的ORF列表且为每个ORF提供了⑴其在基因组内的位置，(ii)编码的氨基酸序列，(iii)同源蛋白质和在其编码多肽内的保守结构域的列表和(iv)假定功能的指定。在图2中列出的ORF 1-172分别编码SEQ ID NO:5-176的氨基酸序列。
[0057]图3:包含SEQ ID NO:2的核酸序列的F394/08基因组的组构的图示。在约31kb基因组中预测的开放读码框(“0RF”)由箭头代表且以黑色编号。箭头的方向指示转录方向。颜色编码:黑色-基于同源蛋白质的已知功能可以对于其产物作出功能指定的ORF ;灰色-编码类似于功能未知的蛋白质的产物的ORF ;空白-编码与可获得的数据库中的蛋白质不共享显著同 源性的蛋白质的0RF。功能指定的ORF也在该图中列出。该图中的信息也以表格形式包括在图4中。
[0058]图4A-4K:细菌噬菌体F394/08基因组的特征，包括基因产物和假定功能的指定。该图包括基因组的ORF列表且为每个ORF提供了⑴其在基因组内的位置，(ii)编码的氨基酸序列，(iii)同源蛋白质和在其编码多肽内的保守结构域的列表和(iv)假定功能的指定。在图4中列出的ORF 1-47分别编码SEQ ID NO: 177-223的氨基酸序列。
[0059]图5A-5B:包含SEQ ID NO:3的核酸序列的F488/08基因组的组构的图示。在约167kb基因组中预测的开放读码框(“0RF”)由箭头代表且以黑色编号。箭头的方向指示转录方向。颜色编码:黑色-基于同源蛋白质的已知功能可以对于其产物作出功能指定的ORF ;灰色-编码类似于功能未知的蛋白质的产物的ORF ;空白-编码与可获得的数据库中的蛋白质不共享显著同源性的蛋白质的0RF。功能指定的ORF也在该图中列出。该图中的信息也以表格形式包括在图6中。
[0060]图6A-6DDD:细菌噬菌体F488/08基因组的特征，包括基因产物和假定功能的指定。该图包括基因组的ORF列表且为每个ORF提供了(i)其在基因组内的位置，(ii)编码的氨基酸序列，(iii)同源蛋白质和在其编码多肽内的保守结构域的列表和(iv)假定功能的指定。在图6中列出的ORF 1-283分别编码SEQ ID NO:224-506的氨基酸序列。
[0061]图7:包含SEQ ID NO:4的核酸序列的F510/08基因组的组构的图示。在约43kb基因组中预测的开放读码框(“0RF”)由箭头代表且以黑色编号。箭头的方向指示转录方向。颜色编码:黑色-基于同源蛋白质的已知功能可以对于其产物作出功能指定的ORF ;灰色-编码类似于功能未知的蛋白质的产物的ORF ;空白-编码与可获得的数据库中的蛋白质不共享显著同源性的蛋白质的0RF。功能指定的ORF也在该图中列出。该图中的信息也以表格形式包括在图8中。
[0062]图8A-8S:细菌噬菌体F510/08基因组的特征，包括基因产物和假定功能的指定。该图包括基因组的ORF列表且为每个ORF提供了⑴其在基因组内的位置，(ii)编码的氨基酸序列，(iii)同源蛋白质和在其编码多肽内的保守结构域的列表和(iv)假定功能的指定。在图8中列出的ORF 1-53分别编码SEQ ID NO:507-559的氨基酸序列。
[0063]图9:包含SEQ ID NO:560的核酸序列的F44/10基因组的组构的图示。在约137kb基因组中预测的开放读码框(“0RF”)由箭头代表且以黑色编号。箭头的方向指示转录方向。颜色编码:黑色-基于同源蛋白质的已知功能可以对于其产物作出功能指定的ORF ;灰色-编码类似于功能未知的蛋白质的产物的ORF ;空白-编码与可获得的数据库中的蛋白质不共享显著同源性的蛋白质的0RF。功能指定的ORF也在该图中列出。该图中的信息也以表格形式包括在图10中。
[0064]图10A-10QQ:细菌噬菌体F44/10基因组的特征，包括基因产物和假定功能的指定。该图包括基因组的ORF列表且为每个ORF提供了(i)其在基因组内的位置，(ii)编码的氨基酸序列，(iii)同源蛋白质和在其编码多肽内的保守结构域的列表和(iv)假定功能的指定。在图10中列出的ORF 1-216包括ORF la、lb、82a、82b、82c、114a和114b分别编码SEQ ID NO =561-780的氨基酸序列。
[0065]图11:包含SEQ ID NO:781的核酸序列的F387/08基因组的组构的图示。在约167kb基因组中预测的开放读码框(“0RF”)由箭头代表且以黑色编号。箭头的方向指示转录方向。颜色编码:黑色-基于同源蛋白质的已知功能可以对于其产物作出功能指定的ORF ;灰色-编码类似于功能未知的蛋白质的产物的ORF ;空白-编码与可获得的数据库中的蛋白质不共享显著同源性 的蛋白质的0RF。功能指定的ORF也在该图中列出。该图中的信息也以表格形式包括在图12中。
[0066]图12A-12AZ:细菌噬菌体F387/08基因组的特征，包括基因产物和假定功能的指定。该图包括基因组的ORF列表且为每个ORF提供了(i)其在基因组内的位置，(ii)编码的氨基酸序列，(iii)同源蛋白质和在其编码多肽内的保守结构域的列表和(iv)假定功能的指定。在图12中列出的ORF 1-292分别编码SEQ ID NOs =782-1073的氨基酸序列。
[0067]图13A-13B:包含SEQ ID NO:1074的核酸序列的F125/10基因组的组构的图示。在约145kb基因组中预测的开放读码框(“0RF”)由箭头代表且以黑色编号。箭头的方向指示转录方向。颜色编码:黑色-基于同源蛋白质的已知功能可以对于其产物作出功能指定的ORF ;灰色-编码类似于功能未知的蛋白质的产物的ORF ;空白-编码与可获得的数据库中的蛋白质不共享显著同源性的蛋白质的0RF。功能指定的ORF也在该图中列出。该图中的信息也以表格形式包括在图14A-14ZZZ中。
[0068]图14A-14ZZZ:细菌噬菌体F125/10基因组的特征，包括基因产物和假定功能的指定。该图包括基因组的ORF列表且为每个ORF提供了(i)其在基因组内的位置，(ii)编码的氨基酸序列，(iii)同源蛋白质和在其编码多肽内的保守结构域的列表和(iv)假定功能的指定。在该图中列出的ORF lb-221, la，包括36a和36b、68a和68b、以及153a和153b,分别编码SEQ ID NO =1075-1300的氨基酸序列。
[0069]图15A-15II1:细菌噬菌体F391/08的基因组的核苷酸序列(SEQ ID NO:1)。
[0070]图16A-16Q:细菌噬菌体F394/08的基因组的核苷酸序列(SEQ ID NO:2)。[0071]图17A-17KKKK:细菌噬菌体F488/08的基因组的核苷酸序列(SEQ ID NO:3)。
[0072]图18A-18X:细菌噬菌体F510/08的基因组的核苷酸序列(SEQ ID NO:4)。
[0073]图19A-19UUU:细菌噬菌体F44/10的基因组的核苷酸序列(SEQ ID NO:560)。
[0074]图20A-20KKKK:细菌噬菌体F387/08的基因组的核苷酸序列(SEQ ID NO:781)。
[0075]图21A-21ZZZ:细菌噬菌体F125/10的基因组的核苷酸序列(SEQ ID NO:1074)。
[0076]6.1 详述
[0077]本发明涉及分离的细菌噬菌体及其分离的多肽产物，其具有针对医院病原体肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性。在一个实施方案中，提供了分离的细菌噬菌体或多肽，其显示出针对金黄色葡萄球菌的甲氧西林抗性菌株(MRSA)的抗微生物和/或抗菌活性。此外，本发明的细菌噬菌体和多肽可以显示出针对致病菌的一个或多个物种或菌株的抗菌或抗微生物活性，所述致病菌包括但不限于表皮葡萄球菌、耳葡萄球菌、头葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、模仿葡萄球菌、木糖葡萄球菌、藤黄微球菌、枯草芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、希拉肠球菌和鸟肠球菌。
[0078] 在某些实施方案中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO:1的核酸序列或由SEQ IDN0:1的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体。依照这个实施方案的特定例子是分离的细菌噬菌体F391/08，其靶向克雷伯氏菌属物种的许多菌株，包括肺炎克雷伯氏菌和产酸克雷伯氏菌(K.0xytoca)。包含SEQ ID NO:1的核酸序列的F391/08基因组的图示组构在图1中提供。F391/08基因组中的开放读码框(ORF)在图2中提供。还提供的是ORF在基因组内的位置，由ORF编码的氨基酸序列，同源或相似蛋白质和在编码多肽内的保守结构域，和假定功能的指定。在图2中列出的ORF 1-172分别编码SEQ ID NO:5-176的氨基酸序列。
[0079]在某些实施方案中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO:781的核酸序列或由SEQID NO:781的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体。依照这个实施方案的特定例子是分离的细菌噬菌体F387/08，其靶向克雷伯氏菌属物种的许多菌株，包括肺炎克雷伯氏菌和产酸克雷伯氏菌。包含SEQ ID NO:781的核酸序列的F387/08基因组的图示组构在图11中提供。F387/08基因组中的开放读码框(ORF)在图12中提供。还提供的是ORF在基因组内的位置，由ORF编码的氨基酸序列，同源或相似蛋白质和在编码多肽内的保守结构域，和假定功能的指定。在图12中列出的ORF 1-292分别编码SEQ ID NOs:782-1073的氨基酸序列。
[0080]肺炎克雷伯氏菌是在口、皮肤和小肠的正常菌丛中发现的革兰氏阴性、无运动、杆状细菌。作为有荚膜的、兼性厌氧菌，该细菌还天然存在于土壤中，并且约30%的菌株可以在厌氧条件下固定氮。临床上,它是肠杆菌科(Enterobacteriaceae)的克雷伯氏菌属的最重要成员，并且还与产酸克雷伯氏菌紧密相关。克雷伯氏菌属感染趋于在由于不适当饮食具有减弱的免疫系统的人中例如在酗酒者和糖尿病患者中发生。克雷伯氏菌属还是关于具有慢性肺病、肠致病性、鼻腔粘膜萎缩和鼻硬结病的患者中的机会病原体。肺炎克雷伯氏菌的新抗生素抗性菌株出现，并且它越来越多地发现作为医院内感染，例如由于与污染器械接触。
[0081]在某些实施方案中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列或由SEQ IDN0:2的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体。依照这个实施方案的特定例子是分离的细菌噬菌体F394/08，其靶向不动杆菌属物种的许多菌株，包括鲍氏不动杆菌、乙酸钙不动杆菌(A.calcoaceticus)和鲁氏不动杆菌(A.1woffi)。包含SEQ ID NO:2的核酸序列的F394/08基因组的图示组构在图3中提供。F394/08基因组中的开放读码框(ORF)在图4中提供。还提供的是ORF在基因组内的位置，由ORF编码的氨基酸序列，同源或相似蛋白质和在编码多肽内的保守结构域，和假定功能的指定。在图4中列出的ORF 1-47分别编码SEQID NOs =177-223的氨基酸序列。
[0082]鲍氏不动杆菌是特别在具有妥协的免疫系统的个体中引起许多严重临床感染的细菌物种。鲍氏不动杆菌是通常从医院环境和住院患者中分离的多形好氧革兰氏阴性杆状细菌。该细菌通常进入身体开放性伤口、导管或呼吸管。鲍氏不动杆菌通常定殖水生环境，并且通常由住院患者的唾液或呼吸分泌物、伤口和尿培养。在医院背景中，鲍氏不动杆菌通常定殖灌洗液和静脉内溶液。还已知它对多种抗生素有抗性，并且由鲍氏不动杆菌引起的医院内感染数目近年来已增加。
[0083]在某些实施方案中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列或由SEQ IDN0:3的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体。依照这个实施方案的特定例子是分离的细菌噬菌体F488/08，其靶向埃希杆菌属物种的许多菌株，包括大肠杆菌。包含SEQ ID NO:3的核酸序列的F488/08基因组的图示组构在图5中提供。F488/08基因组中的开放读码框(ORF)在图6中提供。还提供的是ORF在基因组内的位置，由ORF编码的氨基酸序列，同源或相似蛋白质和在编码多肽内的保守结构域，和假定功能的指定。在图6中列出的ORF1-283分别编码SEQ ID NOs =224-506的氨基酸序列。
[0084]大肠杆菌是通常在哺乳动物的下部肠中发现的革兰氏阴性杆状细菌，其包含人胃肠道的primaru兼性厌氧菌。大多数大肠杆菌菌株是无害的并且可以形成肠的正常菌丛的部分，在其中它们可以例如通过产生维生素K2和/或通过防止致病菌在肠内定居对其宿主有利。然而，大肠杆菌的特定有毒菌株可以引起食物中毒，一般表现为腹泻发作。更有毒的菌株例如0157:H7可以在老人、非常年幼或免疫妥协的人中引起严重疾病和甚至死亡。菌株例如0157:H7以及0121和0104:H21潜在产生致死毒素。大肠杆菌的有毒菌株还可以引起胃肠炎、泌尿道感染和新生儿脑膜炎，以及在稀有病例中，溶血性-尿毒症综合征(HUS)、腹膜炎、乳腺炎、败血病和革兰氏阴性肺炎。进一步地，如果大肠杆菌细菌通过穿孔(例如由于破裂的盲肠和溃疡或手术错误)逃出肠道且进入腹部，那么它们通常引起如果没有即时处理可以是致命的腹膜炎。肠粘膜相关的大肠杆菌还在增加数目的炎性肠病、克罗恩氏病和溃疡性结肠炎中观察到。
[0085]可以用于治疗大肠杆菌感染的抗生素包括阿莫西林以及其他半合成青霉素、许多头孢菌素、碳青霉烯、氨曲南、甲氧苄氨嘧啶-磺胺甲基异噁唑、环丙沙星、呋喃妥因和氨基糖苷。然而，作为革兰氏阴性生物体，大肠杆菌对于针对革兰氏阳性生物体有效的许多抗生素是抗性的，并且抗生素抗性是增长中的问题。例如对内酰胺抗生素的抗性已成为最近数十年的特定问题，因为产生扩展谱内酰胺酶的细菌菌株变得更常见。这些内酰胺酶可以致使许多(如果不是所有)青霉素和/或头孢菌素治疗上无效。对抗生素阵列有抗性的产生扩展谱内酰胺酶的大肠杆菌菌株导致特别难以治疗的感染。
[0086]在某些实施方案中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列或由SEQ IDNO:4的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体。依照这个实施方案的特定例子是分离的细菌噬菌体F510/08，其靶向假单胞菌属物种的许多菌株，包括铜绿假单胞菌。包含SEQ IDNO:4的核酸序列的F510/08基因组的图示组构在图7中提供。F510/08基因组中的开放读码框(ORF)在图8中提供。还提供的是ORF在基因组内的位置，由ORF编码的氨基酸序列，同源或相似蛋白质和在编码多肽内的保守结构域，和假定功能的指定。在图8中列出的ORF1-53分别编码SEQ ID NOs =507-559的氨基酸序列。
[0087]铜绿假单胞菌是在土壤、水、皮肤菌丛和大多数人工环境中发现的常见革兰氏阴性杆状细菌。它不仅在标准大气压下，还作为兼性厌氧菌伴随很少氧茁壮成长，并且可以感染受损组织或免疫妥协的个体。当此类定殖在关键身体器官例如肺、泌尿道和肾中发生时，结果可以是致命的。因为它在表面上茁壮成长，所以这种细菌还在医学设备包括导管上和中发现，引起医院和诊所中的交叉感染。铜绿假单胞菌是最有关的机会性医院病原体之一，并且已估计十个医院获得性感染中的一个来自假单胞菌属。铜绿假单胞菌还是烧伤损伤感染的最常见原因，和医学设备例如导管的最频繁定殖者。
[0088]在某些实施方案中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO:560的核酸序列或由SEQID NO:560的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体。依照这个实施方案的特定例子是分离的细菌噬菌体F44/10，其靶向葡萄球菌属物种的许多菌株，包括金黄色葡萄球菌。包含SEQID NO:560的核酸序列的F44/10基因组的图示组构在图9中提供。F44/10基因组中的开放读码框(ORF)在图10中提供。还提供的是ORF在基因组内的位置，由ORF编码的氨基酸序列，同源或相似蛋白质和在编码多肽内的保守结构域，和假定功能的指定。如该图中所示，在图 10 中列出的 ORF 1-216 包括 la、lb、82a、82b、82c、114a 和 114b 分别编码 SEQ ID NOs:561-780的氨基酸序列。
[0089]在某些实施方案中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO: 1074的核酸序列或由SEQID NO:1074的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体。依照这个实施方案的特定例子是分离的细菌噬菌体F125/10，其靶向葡萄球菌属物种的许多菌株，包括金黄色葡萄球菌。包含SEQ ID NO:1074的核酸序列的F125/10基因组的图示组构在图13中提供。F125/10基因组中的开放读码框(ORF)在图14中提供。还提供的是ORF在基因组内的位置，由ORF编码的氨基酸序列，同源或相似蛋白质和在编码多肽内的保守结构域，和假定功能的指定。如该图中所示，在图14中列出的ORF 1-2`21包括la、lb、36a、36b、68a、68b、153a和153b分别编码SEQ ID NOs =1075-1300的氨基酸序列。
[0090]金黄色葡萄球菌是革兰氏阳性球形兼性厌氧菌，其作为具有特征性金色的葡萄样簇生长，并且是葡萄球菌感染(staph infections)的最常见原因。它通常是人皮肤菌丛的部分，并且负责一系列感染，包括丘疹、痈、皮肤烫伤综合征、肺炎、胃肠炎、脑膜炎、脊髓炎、心内膜炎、中毒性休克综合征、菌血症和败血病。它还是医院内感染的五个最常见原因之一，通常引起术后伤口感染。已估计美国医院中约50，000个患者感染葡萄球菌感染。特别关注的是抗甲氧西林金黄色葡萄球菌菌株(MRSA)。MRSA仍是医院背景中的罕见出现直到20世纪90年代，当时在医院中存在MRSA流行爆发，在医院中它目前视为地方性的，尤其是在英国。Johnson A.P.,等人，J.Antimicrobial Chemotherapy,48 (I):143-144(2001)。金黄色葡萄球菌已证明是非常能吃苦的细菌，并且在一个研究中显示它可以在聚酯上存活几乎三个月，聚酯是医院隐私窗帘中使用的主要材料。Neely，A.N.，等人，J.Clin.Microbiol.,38(2):724-726 (2000)。
[0091]下述生物体根据国际承认用于专利程序的微生物保藏的布达佩斯条约(“布达佩斯条约”)于 20011 年 9 月 16 日保藏于位于 Ferguson Building, Craibstone Estate,Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland UK 的 NCIMB Limited,并且 NCIMB 已如下指定相应NCMB登记号:宿主菌株铜绿假单胞菌433/07B2，NCIMB 41861 ;宿主菌株金黄色葡萄球菌743/06 BLNCIMB 41862 ;宿主菌株鲍氏不动杆菌1305/05B3，NCMB 41863 ;铜绿假单胞菌噬菌体F770/05，NCIMB 41864 ;鲍氏不动杆菌噬菌体F1245/05，NCIMB 41865 ;金黄色葡萄球菌噬菌体F125/10，NCIMB 41866 ;金黄色葡萄球菌噬菌体F44/10，NCIMB 41867 ;和铜绿假单胞菌噬菌体F510/08，NCMB41868，所有这些都通过引用合并入本文。
[0092]在特定实施方案中，本发明的细菌噬菌体包含基因组或由基因组组成，所述基因组与 SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ IDN0:781、或 SEQ ID NO:1074 的核酸序列具有至少 85%、90%、95%、96%、97%、98%或至少99%序列同一性，其中细菌噬菌体显示出细菌噬菌体F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F387/08、FF44/10和F125/10中的一种或多种的至少一种生物活性，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)。备选地或另外，本发明的细菌噬菌体可以具有包含SEQ ID NO:K SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID N0:781、或 SEQ IDNO:1074的核酸序列的功能片段的基因组，包括图2、4、6、8、10、12和/或14中所述的任何开放读码框的序列。
[0093]本发明还提供了由本发明的一种或多种细菌噬菌体感染的分离细菌。在特定实施方案中，本发明提供了由细菌噬菌体感染的分离的肺炎克雷伯氏菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:1和/或SEQ ID NO:781的核酸序列或由SEQ ID NO:1和/或SEQ IDNO:781的核酸序列组成的基因组。在特定实施方案中，本发明提供了由细菌噬菌体感染的分离的鲍氏不动杆菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列或由SEQ ID NO:2的核酸序列组成的基因组。在特定实施方案中，本发明提供了由细菌噬菌体感染的分离的大肠杆菌，所述 细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列或由SEQ ID NO:3的核酸序列组成的基因组。在特定实施方案中，本发明提供了由细菌噬菌体感染的分离的铜绿假单胞菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列或由SEQ ID NO:4的核酸序列组成的基因组。在特定实施方案中，本发明提供了由细菌噬菌体感染的分离的金黄色葡萄球菌，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列或由SEQID NO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列组成的基因组。
[0094]本发明提供了生产和分离细菌噬菌体的方法，所述细菌噬菌体具有包含SEQ IDNO:U SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID N0:781、或 SEQID NO:1074 的核酸序列或由 SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQID NO:560,SEQ ID NO:781、或SEQ ID NO:1074的核酸序列组成的基因组。在特定实施方案中，本发明提供了生产和/或分离细菌噬菌体的方法，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:I和/或SEQ ID NO:781的核酸序列或由SEQ ID NO:1和/或SEQ ID NO:781的核酸序列组成的基因组，所述方法包括(i)获得肺炎克雷伯氏菌的培养物，(ii)用具有包含SEQ IDN0:1和/或SEQ ID NO:781的核酸序列或由SEQ ID N0:1和/或SEQ ID NO:781的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体感染其；(iii)培养直至观察到培养物的显著裂解；和(iv)从培养物中分离细菌噬菌体。在其他实施方案中，本发明提供了生产和/或分离细菌噬菌体的方法，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列或由SEQ ID NO:2的核酸序列组成的基因组，所述方法包括(i)获得鲍氏不动杆菌的培养物，(ii)用具有包含SEQ IDNO:2的核酸序列或由SEQ ID NO:2的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体感染其；(iii)培养直至观察到培养物的显著裂解；和(iv)从培养物中分离细菌噬菌体。在另外其他实施方案中，本发明提供了生产和/或分离细菌噬菌体的方法，所述细菌噬菌体具有包含SEQ IDNO:3的核酸序列或由SEQ ID NO:3的核酸序列组成的基因组，所述方法包括⑴获得大肠杆菌的培养物，(?)用具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列或由SEQ ID NO:3的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体感染其；(iii)培养直至观察到培养物的显著裂解；和(iv)从培养物中分离细菌噬菌体。在另外其他实施方案中，本发明提供了生产和/或分离细菌噬菌体的方法，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列或由SEQ ID NO:4的核酸序列组成的基因组，所述方法包括(i)获得铜绿假单胞菌的培养物，(ii)用具有包含SEQ IDNO:4的核酸序列或由SEQ ID NO:4的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体感染其；(iii)培养直至观察到培养物的显著裂解；和(iv)从培养物中分离细菌噬菌体。 [0095]在另外再进一步实施方案中，本发明提供了生产和/或分离细菌噬菌体的方法，所述细菌噬菌体具有包含SEQ ID NO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列或由SEQ IDNO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列组成的基因组，所述方法包括(i)获得金黄色葡萄球菌的培养物，(ii)用具有包含SEQ ID NO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列或由SEQ ID NO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列组成的基因组的细菌噬菌体感染其；(iii)培养直至观察到培养物的显著裂解；和(iv)从培养物中分离细菌噬菌体。
[0096]细菌噬菌体可以使用本文描述或本领域已知的任何方法从细菌样品中分离(参见例如，Carlson,“Working with bacteriophage:common techniques andmethodological approaches,，，In, Kutter 和 Sulakvelidze(编辑)Bacteriophage:Biology and Applications,第 5 版 CRC Press (2005);通过引用整体合并入本文)。
[0097]本发明还提供了从本发明的细菌噬菌体中分离的多肽。分离的多肽可以是全长细菌噬菌体蛋白质或可以是细菌噬菌体蛋白质的片段、变体或衍生物，条件是所述片段、变体或衍生物显示出与它由其衍生的细菌噬菌体或多肽相关的至少一种生物活性。在特定实施方案中，本发明的多肽从细菌噬菌体F387/08或F391/08 (其一般感染肺炎克雷伯氏菌)、F394/08 (其一般感染鲍氏不动杆菌)、细菌噬菌体F488/08 (其一般感染大肠杆菌)、细菌噬菌体F510/08 (其一般感染铜绿假单胞菌)或细菌噬菌体F44/10或F125/40 (其一般感染金黄色葡萄球菌)中分离。
[0098]在特定实施方案中，本发明的多肽是从细菌噬菌体中分离的溶素，所述溶素具有包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列组成的基因组:SEQ ID NO:U SEQ ID NO:2、SEQID N0:3、SEQ ID N0:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID N0:781、或 SEQ ID NO:1074 (例如分别为细菌噬菌体 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08 或 F125/10)。在特定实施方案中，本发明的多肽是具有包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列组成的溶素，例如内溶素或尾溶素:SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:80、SEQ ID NO: 192,SEQ ID NO:282、SEQID NO:547, SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:1216 或 SEQ IDNO: 1261.所述溶素的预测功能包括例如Ig样病毒粒子蛋白质(SEQ ID N0:20)、细胞壁水解酶(hydrdolase) (SEQ ID NO:80)、内溶素；N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶(SEQ IDNO:192)、可溶性溶菌酶(SEQ ID NO:282)、T4 样溶菌酶(SEQ ID NO:547)、内溶素(SEQ IDNO:556)、λ Rzl 样蛋白质(SEQ ID NO:557)、内溶素(SEQ ID NO:598)、内溶素(SEQ ID NO:1216)、和尾溶素(SEQ ID NO:1261)。
[0099]在其他实施方案中，本发明的分离的多肽是从本发明的细菌噬菌体中分离的内溶素或溶素的片段、变体或衍生物，所述片段、变体或衍生物显示出它所分离或衍生自的内溶素、溶素或细菌噬菌体的至少一种生物活性，优选抗菌活性(例如裂解杀死活性)。相应地，在特定实施方案中，本发明提供了其为从本发明的细菌噬菌体中分离的内溶素或溶素的片段、变体或衍生物的分离的多肽，所述片段、变体或衍生物显示出针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌或金黄色葡萄球菌中的一种或多种的抗菌或抗微生物活性(例如裂解杀死活性)。在其他实施方案中，分离的多肽是从本发明的细菌噬菌体中分离的内溶素或溶素的片段、变体或衍生物，其显示出针对除了肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌或金黄色葡萄球菌外的一个或多个细菌物种的抗菌或抗微生物活性(例如裂解杀死活性)。在特定实施方案中，本发明的多肽包含氨基酸序列SEQ IDNO:20和/或SEQ ID NO:80或其片段、变体或衍生物，或由氨基酸序列SEQ ID NO:20和/或SEQ ID NO:80或其片段、变体或衍生物组成，所述多肽显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸序列SEQ ID NO:1或由核酸序列SEQ ID NO:1组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性。在其他实施方案中，本发明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO:192或其片段、变体或衍生物，或由氨基酸序列SEQ ID NO:192或其片段、变体或衍生物组成，所述多肽显示出针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸序列SEQ ID NO:2或由核酸序列SEQ ID NO:2组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性。在另外其他实施方案中，本发明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO:282或其片段、变体或衍生物，或由氨基酸序列SEQ ID NO:282或其片段、变体或衍生物组成，所述多肽显示出针对大肠杆菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸序列SEQ IDNO:3或由核酸序列SEQ ID NO:3组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性。在另外其他实施方案中，本发明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO:547, SEQ ID NO: 556, SEQID NO:557或其片段、变体或衍生物，或由氨基酸序列SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQID NO:557或其片段、变体或衍生物组成，所述多肽显示出针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸`序列SEQ ID NO:4或由核酸序列SEQ ID NO:4组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性。在另外再进一步实施方案中，本发明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO:598或其片段、变体或衍生物，或由氨基酸序列SEQ ID NO:598或其片段、变体或衍生物组成，所述多肽显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸序列SEQ ID NO:560或由核酸序列SEQ ID NO:560组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性。在另外再进一步实施方案中，本发明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO:1216和/或SEQ ID NO: 1261或其片段、变体或衍生物，或由氨基酸序列SEQID NO:1216和/或SEQ ID NO: 1261或其片段、变体或衍生物组成，所述多肽显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸序列SEQ ID NO:1074或由核酸序列SEQ ID NO:1074组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性。
[0100]在特定实施方案中，本发明的多肽包含CHAP结构域或由CHAP结构域组成，所述 CHAP 结构域从细菌噬菌体 F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10 或F125/10的内溶素或溶素中分离。已证实分离的CHAP结构域保留它们由其衍生的内溶素或溶素的抗菌活性，例如裂解杀死活性；CHAP结构域可以通过本领域常规方法进行鉴定且分离(参见例如，Rigden 等人，2003, Trends Biochem.Sc1.28:230-234 ;Bateman 等人，2003,Trends Biochem.Sc1.28:234_237，其各自通过引用整体合并入本文)。在特定实施方案中，本发明的多肽包含从多肽中分离的CHAP结构域或由从多肽中分离的CHAP结构域组成，所述多肽具有 SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:1216、或 SEQ ID NO:1261的氨基酸序列。在其他实施方案中，本发明提供了从细菌噬菌体细菌噬菌体F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F125/10 的内溶素或溶素中分离的 CHAP 结构域的片段、变体或衍生物，所述片段、变体或衍生物显示出它由其衍生的CHAP结构域的至少一种生物活性，例如裂解细胞杀死。
[0101] 在特定实施方案中，本发明的多肽包含下述或由下述组成:从细菌噬菌体中分离的尾蛋白质(例如尾组分、尾丝蛋白质、吸附相关尾蛋白质、尾长卷尺蛋白质、基片楔突亚单位)或其片段、变体或衍生物，所述细菌噬菌体具有包含下述或由下述组成的基因组:SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074(例如分别为细菌噬菌体？391/08、？394/08、？488/08、？510/08、？44/10、F387/08或F125/10)，其中所述尾蛋白质或其片段、变体或衍生物具有与它由其衍生的细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)。在特定实施方案中，尾蛋白质的抗微生物或抗菌活性针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌的至少一个或多个物种或菌株。在特定实施方案中，本发明的多肽是具有包含下述或由下述组成的氨基酸序列的尾蛋白质:SEQ ID NO:15, SEQ IDNO:26,SEQ ID NO:27,SEQ ID NO:30,SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO: 180,SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185, SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629 ；SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800,SEQ ID NO:806, SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ IDNO:1077, SEQ ID NO:1217、SEQ ID N0:1250、或 SEQ ID NO:12660 在其他实施方案中，本发明的分离的多肽是下述氨基酸序列的片段、变体或衍生物:SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs:32-35, SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185,SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ IDNOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ IDNOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQID NO:551、SEQ ID NO:629 ；SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQID NO:806, SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO:1217、SEQ ID N0:1250、或 SEQ ID NO: 1266，所述片段、变体或衍生物显示出与它所分离或衍生自的细菌噬菌体的至少一种生物活性或功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)。在优选实施方案中，片段、变体或衍生物的至少一种生物活性或功能针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株。[0102]所述尾蛋白质的预测功能包括例如受体结合尾蛋白质(SEQ ID NO:15)、主要尾蛋白质(SEQ ID NO:26)、次要尾蛋白质(SEQ ID NO:27)、成孔尾尖蛋白质(SEQ ID NO:30)、尾蛋白质(SEQ ID NOs:32-33)、次要尾蛋白质(SEQ ID NO:34)、噬菌体尾蛋白质(SEQ IDNO:35)、尾鞘蛋白质(SEQ ID NO:180)、尾卷尺蛋白质(SEQ ID NO:183)、尾蛋白质(SEQ IDNO:185)、尾丝蛋白质(SEQ ID NO:190)、尾管蛋白质(SEQ ID NO:231)、尾鞘单体(SEQ IDNO:232)、尾鞘稳定剂和完全蛋白质(SEQ ID NO:235)、短尾丝(SEQ ID NO:239)、基片楔突完全尾钉(SEQ ID NOs:240-241)、基片楔突完全尾丝插座(SEQ ID NO:242)、基片楔突亚单位(SEQ ID NO:243)、基片楔突起始子(SEQ ID NO:244)、基片楔突(SEQ ID NO:245)、基片插孔亚单位和尾溶菌酶、细胞穿透装置(SEQ ID NO:248)、基片楔突完全(SEQ ID NO:249)、尾完全和鞘稳定蛋白质(SEQ ID NO:252)、伴侣蛋白长和短尾丝装配(SEQ ID NO:254)、尾丝蛋白质(SEQ ID NO:433)、尾丝蛋白质(SEQ ID NO:434)、铰链连接物长尾丝(SEQID NO:435)、尾丝铰链(SEQ ID NO:436)、近端尾丝亚单位(SEQ ID NO:437)、基片尾管起始子(SEQ ID N O:489)、基片(SEQ ID NO:490)、基片插孔亚单位、尾长决定子(SEQ ID NO:491)、基片远端插孔亚单位(SEQ ID NO:492)、基片插孔亚单位(SEQ ID NO:493)、基片插孔装配催化剂(SEQ ID NO:494)、基片插孔亚单位(SEQ ID NO:495)、基片楔突亚单位(SEQID NO:496)、尾管蛋白质(SEQ ID NOs:544-545)、尾丝蛋白质(SEQ ID NO:549 和 SEQ IDNO:551)、主要尾鞘蛋白质(SEQ ID NO:629);主要尾蛋白质(SEQ ID NO:686);尾管蛋白质(SEQ ID NO:789) ；fibritin(SEQ ID NO:796);短尾丝(SEQ ID NO:797);基片楔突完全尾钉(SEQ ID NO:798);基片楔突亚单位和尾钉(SEQ ID NO:799);基片楔突尾丝连接物(SEQ ID NO:800);基片插孔亚单位和溶菌酶(SEQ ID NO:806);溶菌酶(SEQ ID NO:854)；噬菌体穿孔素(SEQ ID NO:999);远端长尾丝装配催化剂(SEQ ID NO:1000) ;L形尾丝蛋白质(SEQ ID NO:1001);长尾丝远端连接物的铰链连接物(SEQ ID NO:1002);长尾丝近端连接物的铰链连接物(SEQ ID NO:1003);长尾丝近端亚单位(SEQ ID NO:1004);基片尾管起始子(SEQ ID NO:1053);基片尾管帽(SEQ ID NO:1054);基片插孔亚单位；尾长决定子(SEQ ID NO:1055);基片远端插孔亚单位(SEQ ID NO:1056);基片插孔亚单位(SEQ IDNOs:1057和1059);基片插孔装配催化剂(SEQ ID NO:1058);基片楔突亚单位(SEQ ID NO:1060);主要尾蛋白质(SEQ ID NO:1077);噬菌体穿孔素(SEQ ID NO:1217);主要尾鞘蛋白质(SEQ ID NO:1250);和基片蛋白质(SEQ ID NO:1266)。
[0103]在特定实施方案中，本发明包含SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID N0:30、或SEQ ID NOs:32-35的氨基酸序列的片段、变体或衍生物，其显示出与细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述细菌噬菌体具有包含核酸序列SEQ ID NO:1或由核酸序列SEQ ID NO:1组成的基因组，所述功能针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株。在特定实施方案中，本发明包含SEQ ID NO:789, SEQID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs:1053-1060的氨基酸序列的片段、变体或衍生物，其显示出与细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述细菌噬菌体具有包含核酸序列SEQID NO:781或由核酸序列SEQ ID NO:781组成的基因组，所述功能针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株。在其他实施方案中，本发明包含SEQ ID NO:180,SEQ ID NO: 183,SEQ IDNO:185、或SEQ ID NO:190的氨基酸序列的片段、变体或衍生物，其显示出与细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述细菌噬菌体具有包含核酸序列SEQ ID NO:2或由核酸序列SEQ ID NO:2组成的基因组，所述功能针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株。
[0104]在特定实施方案中，本发明包含SEQID NO:23USEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437, SEQ ID NOs:489_495、或 SEQ ID NO:496 的氨基酸序列的片段、变体或衍生物，其显示出与细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述细菌噬菌体具有包含核酸序列SEQ ID NO:3或由核酸序列SEQ ID NO:3组成的基因组，所述功能针对大肠杆菌的一种或多种菌株。在特定实施方案中，本发明包含 SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、或 SEQ ID NO:551 的氨基酸序列的片段、变体或衍生物，其显示出与细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述细菌噬菌体具有包含核酸序列SEQ ID NO:4或由核酸序列SEQ IDNO:4组成的基因组，所述功能针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株。在特定实施方案中，本发明包含SEQ ID NO:629或SEQ ID NO:686的氨基酸序列的片段、变体或衍生物，其显示出与细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述细菌噬菌体具有包含核酸序列SEQ ID NO:560或由核酸序列SEQ ID NO:560组成的基因组，所述功能针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株。在特定实施方案中，本发明包含SEQ IDNO:1077,SEQ ID NO:1216、SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250,SEQ ID N0:1261、或SEQ IDNO:1266的氨基酸序列的片段、变体或衍生物，其显示出与细菌噬菌体相关的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性)，所述细菌噬菌体具有包含核酸序列SEQ IDNO:1074或由核酸序列SEQ ID NO: 1074组成的基因组，所述功能针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株。
[0105]在特定实施方案中，本发明的分离的多肽是细菌噬菌体多肽的变体，所述变体包含下述或由下述组成:具有与相同长度(即由相同数目的残基组成)的第二种氨基酸序列具有至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%,94%,95%,96%,97 %、98%、99 %或更大序列同一性的氨基酸序列，所述第二种氨基酸序列是SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQID NOs:32-35, SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185、SEQ IDNO:190, SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545,SEQ IDNO:547,SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629, SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854, SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO: 1077、SEQ IDNO: 1216、SEQ ID NO: 1217、SEQ ID NO: 1250、SEQ ID NO: 1261、SEQ ID NO:1266 和 / 或其片段，并且其中所述变体显示出针对细菌的一种或多种菌株的它由其衍生的细菌噬菌体的至少一种生物功能或活性(例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解杀死活性))，所述细菌例如革兰氏阳性菌(例如金黄色葡萄球菌)、革兰氏阴性菌(例如肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌)或未分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性的细菌。[0106]在特定实施方案中，本发明提供了具有SEQ ID NOs:5-176,SEQ ID NOs:177-223,SEQ ID NOs:224-506,SEQ ID NOs:507-559,SEQ ID NOs:561-780,SEQ ID NOs:782-1073,和SEQ ID NOs:1075-1300中的任何氨基酸序列的分离的多肽及其活性生物片段。在优选实施方案中，本发明的变体多肽显示出与它所分离或衍生自的多肽或细菌噬菌体相关的至少一种生物活性，例如针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的至少一种或多种菌株的裂解活性。
[0107]在其他实施方案中，本发明提供了编码SEQ ID NOs:5-176,SEQ ID NOs:177-223,SEQ ID NOs:224-506,SEQ ID NOs:507-559,SEQ ID NOs:561-780,SEQ ID NOs:782-1073,和SEQ ID NOs:1075-1300之一的氨基酸序列及其活性片段的分离核酸序列。在其他实施方案中，本发明提供了编码图2、4、6、8、10、12和/或14中鉴定的任何开放读码框的核酸序列。
[0108]在特定实施方案中，本发明的多肽与治疗剂例如异源多肽或小分子重组融合或化学缀合(包括共价和非共价缀合)，以生成融合蛋白或嵌合多肽。融合物无需是直接的，但可以通过接头序列或通过化学缀合发生。本发明的多肽可以与之缀合的治疗剂的非限制性例子是肽或非肽细胞毒素(包括抗微生物剂和/或抗生素)、示踪剂/标记分子(例如放射性核素和荧光团)和本领域已知的其他抗生素或抗菌化合物。[0109]6.2抗生素组合物
[0110]本发明的分离的细菌噬菌体或多肽可以单独施用或掺入药物组合物内用于在细菌感染例如通过细菌引起的感染的治疗或预防中使用，所述细菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌。多肽可以与药学可接受的载体、赋形剂或稳定剂组合。药学可接受的载体、赋形剂和稳定剂的例子包括但不限于缓冲剂例如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂包括抗坏血酸；低分子量多肽；蛋白质例如血清白蛋白和明胶；亲水聚合物例如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸例如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖及其他碳水化合物包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂例如EDTA ;糖醇例如甘露糖醇或山梨糖醇；成盐抗衡离子例如钠；和/或非离子型表面活性剂例如TWEEN?、聚乙二醇(PEG)和PLUR0NICS?。例如除了上述成分外，本发明的药物组合物(例如抗菌组合物)还可以包括润滑剂、湿润剂、甜味剂、调味剂、乳化剂、悬浮剂和防腐剂。
[0111]本发明的细菌噬菌体和/或多肽还可以与一种或多种治疗和/或预防剂组合，所述治疗和/或预防剂(例如一种或多种溶素)用于治疗本文描述的和/或本领域已知的对于治疗细菌感染。本发明的药物组合物因此可以包含本发明的两种或多种分离的细菌噬菌体(具有针对相同或不同细菌物种或菌株的抗菌活性)，本发明的细菌噬菌体和多肽的组合，或本发明的细菌噬菌体和/或多肽和本领域已知的细菌噬菌体和/或多肽的组合。在特定实施方案中，组合的治疗组分靶向细菌的两个或多个物种或菌株，或显示出不同酶促活性。例如，溶素一般而言显示出酰胺酶、内肽酶、胞壁质酶或氨基葡糖苷酶活性之一。相应地，显示出不同活性的溶素的组合可以对本发明的药物组合物的治疗活性提供协同增强。
[0112]在某些实施方案中，组合许多不同细菌噬菌体，以提供“噬菌体混合物”。在某些实施方案中，噬菌体混合物包含至少2种噬菌体、至少3种噬菌体、至少4种噬菌体、至少5种噬菌体、至少6种噬菌体、至少7种噬菌体、至少8种噬菌体、至少9种噬菌体、至少10种噬菌体或更多。在某些实施方案中，噬菌体混合物包含2-20种噬菌体、2-15种噬菌体、2-10种噬菌体、3-8种噬菌体、或4-6种噬菌体。
[0113]在某些实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是具有针对至少一种革兰氏阴性菌，包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌和铜绿假单胞菌；和/或针对至少一种革兰氏阳性菌包括但不限于金黄色葡萄球菌的抗菌活性的噬菌体。在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F391/08，其具有包含SEQ ID NO:1的核酸序列的基因组且显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F394/08，其具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列的基因组且显示出针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F488/08，其具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列的基因组且显示出针对大肠杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F510/08，其具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列的基因组且显示出针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F44/10，其具有包含SEQID NO:560的核酸序列的基因组且显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F387/08，其具有包含SEQ ID NO:781的核酸序列的基因组且显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F125/10，其具有包含SEQ ID NO:1074的核酸序列的基因组且显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株的抗菌活性。
[0114]在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F170/08，其具有如公开于WO2010/090542中的基因组，且显示出针对粪或屎肠球菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F168/08，其具有如公开于WO 2010/090542中的基因组，且显示出针对粪或屎肠球菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F770/05，其具有如公开于WO 2010/090542中的基因组，且显示出针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在特定实施方案中，混合物的至少一种噬菌体是F1245/05，其具有如公开于WO 2010/090542中的基因组，且显示出针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性。
[0115]在某些优选实施方案中，混`合物包含具有针对不动杆菌属的生物活性的噬菌体。例如，混合物可以包含显示出针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性的F394/08和/或F1245/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含显示出针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性的至少一种噬菌体，和显示出针对不同细菌的抗菌活性的至少一种噬菌体。例如，在某些实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F391/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08、F170/08、F168/08、F770/05 和 F125/10 的至少一种其他噬菌体组合的F394/08和/或F1245/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株的抗菌活性的至少一种噬菌体，和显示出针对不同细菌的抗菌活性的至少一种噬菌体。例如，在某些实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F1245/05、F170/08、F168/08、F770/05 和 F125/10 的至少一种其他噬菌体组合的F391/08和/或F387/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含显示出针对大肠杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性的至少一种噬菌体，和显示出针对不同细菌的抗菌活性的至少一种噬菌体。例如，在某些实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F391/08、F510/08、F44/10、F394/08、F387/08、F170/08、F168/08、F1245/05、F770/05 和 F125/10 的至少一种其他噬菌体组合的F488/08。
[0116]在特定实施方案中，噬菌体混合物包含显示出针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株的抗菌活性的至少一种噬菌体，和显示出针对不同细菌的抗菌活性的至少一种噬菌体。例如，在某些实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F391/08、F394/08、F488/08、F44/10、F387/08、F170/08、F168/08、F1245/05 和 F125/10 的至少一种其他噬菌体组合的 F510/08和/或F770/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株的抗菌活性的至少一种噬菌体，和显示出针对不同细菌的抗菌活性的至少一种噬菌体。例如，在某些实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F387/08、F170/08、F168/08、F770/05 和 F1245/05 的至少一种其他噬菌体组合的F44/10和/或F125/10。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含显示出针对粪或屎肠球菌的一种或多种菌株的抗菌活性的至少一种噬菌体，和显示出针对不同细菌的抗菌活性的至少一种噬菌体。例如，在某些实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08、F770/05、F1245/05 和 F125/10 的至少一种其他噬菌体组合的F170/08和/或F168/08。
[0117]在特定实施方案中，噬菌体混合物包含选自F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08、F170/08、F168/08、F770/05、F1245/05 和 F125/10 的至少四种(4)噬菌体。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F391/08、F394/08、F488/08和F510/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F44/10、F387/08、F170/08和F168/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F391/08、F394/08、F770/05和F1245/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F391/08、F394/08、F510/08和/或F44/10。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F391/08、F394/08、F44/10和/或F387/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F391/08、F394/08 、F387/08和/或F170/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F391/08、F394/08、F170/08和F168/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F391/08、F394/08、F168/08和/或F770/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F391/08、F394/08、F770/05 和 F1245/05。
[0118]在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F125/10、F391/08、F394/08和F488/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F125/10、F394/08、F488/08和F510/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F125/10、F488/08、F510/08和F44/10。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F125/10、F44/10、F387/08和F170/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F125/10、F170/08、F168/08和F770/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F125/10、F770/05、F1245/05和F391/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F125/10、F510/08、F44/10、F387/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F125/10、F387/08、F170/08、F168/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F125/10、F168/08、F770/05和F1245/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F125/10、F1245/05、F391/08和F394/08。
[0119]在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F394/08、F488/088、F510/08和/或F44/10。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F394/08、F488/088、F44/10和/或F387/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F394/08、F488/088、F387/08和/或F170/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F394/08、F488/088、F170/08和/或F168/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F394/08、F488/088、F168/08和/或F770/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F394/08、F488/088、FF770/05和/或F1245/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F394/08、F488/088、F1245/05和/或F391/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F488/08、F510/08、F44/10和/或F387/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F488/08、F510/08、F387/08和/或F170/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F488/08、F510/08、F170/08和/或F168/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F488/08、F510/08、F168/08和/或F770/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F488/08、F510/08、F770/05和/或F1245/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F488/08、F510/08、F1245/05和/或F391/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F488/08、F510/08、F391/08 和 / 或 F394/08。
[0120] 在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F168/08和/或F770/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F770/05和/或F1245/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F1245/05和/或F391/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F391/08和/或F394/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F394/08和/或F488/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F488/08和/或F510/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F510/08和/或F44/10。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F44/10和/或F387/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F387/08和/或F170/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F170/08和/或F168/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F168/08和/或F770/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F770/05和/或F1245/05。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F1245/05和/或F391/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F391/08和/或F394/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F394/08和/或F488/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F488/08和/或F510/08。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含F387/08、F170/08、F510/08 和 / 或 F44/10。
[0121]在某些实施方案中，噬菌体混合物包含F510/08、F44/10、F387/08和/或F170/08。在某些实施方案中，噬菌体混合物包含F510/08、F44/10、F170/08和/或F168/08。在某些实施方案中，噬菌体混合物包含F510/08、F44/10、F168/08和/或F770/05。在某些实施方案中，噬菌体混合物包含F510/08、F44/10、F770/05和/或Fl245/05。在某些实施方案中，噬菌体混合物包含F510/08、F44/10、F1245/05和/或F391/08。在某些实施方案中，噬菌体混合物包含F510/08、F44/10、F391/08和/或F394/08。在某些实施方案中，噬菌体混合物包含 F510/08、F44/10、F394/08 和 / 或 F488/08。
[0122]在某些实施方案中，噬菌体包含F44/10、F387/08、F170/08和/或F168/08。在某些实施方案中，噬菌体包含F44/10、F387/08、F168/08和/或F770/05。在某些实施方案中，噬菌体包含F44/10、F387/08、F770/05和/或F1245/05。在某些实施方案中，噬菌体包含F44/10、F387/08、F1245/05和/或F391/08。在某些实施方案中，噬菌体包含F44/10、F387/08、F391/08和/或F394/08。在某些实施方案中，噬菌体包含F44/10、F387/08、F394/08和/或F488/08。在某些实施方案中，噬菌体包含F44/10、F387/08、F488/08和/或 F510/08。
[0123]在某些实施方案中，噬菌体混合物组合物可以涉及或不涉及为了增加的体内半衰期而选择的噬菌体，例如如其内容通过引用合并入本文的US 5,688, 501中公开的。
[0124]在某些实施方案中，混合物包含从一种或多种噬菌体中分离的一种或多种多肽和/或其片段、变体或衍生物，特别是具有抗菌或抗微生物活性的多肽、其片段、变体或衍生物。在某些实施方案中，多肽、或其片段、变体或衍生物包含溶素(或其片段，例如CHAP结构域)和/或尾蛋白质，或由溶素(或其片段，例如CHAP结构域)和/或尾蛋白质组成。在更特定实施方案中，多肽对应于如本文和/或WO 2010/090542中描述的分离的多肽、其片段、变体或衍生物，所述专利的内容通过引用合并入本文。在某些实施方案中，混合物在不存在分离的多肽的情况下，例如在不存在裂解酶的情况下施用。 [0125]可以与本发明的多肽组合使用的其他治疗剂的其他例子包括但不限于标准抗生素试剂、抗炎剂、抗病毒剂、局部麻醉剂和皮质类固醇。在某些实施方案中，混合物在不存在抗生素的情况下施用。
[0126]可以与包含本发明的细菌噬菌体和/或多肽的药物组合物一起使用的标准抗生素包括但不限于阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、巴龙霉素、rhodostreptomycin、链霉素、妥布霉素、安普霉素、利福霉素、萘霉素、莫匹罗星、格尔德霉素、安丝菌素、碳头孢烯、亚胺培南、美罗培南、厄他培南、法罗培南、多利培南、帕尼培南/倍他米隆、比阿培南、PZ-601、头孢菌素、头孢赛曲、头孢羟氨苄、头孢氨苄、头孢来星、头孢洛宁、头孢噻啶、头孢噻吩、头孢匹林、头孢曲嗪、头孢氮氟、头孢西酮、头孢唑林、头孢拉定、头孢沙定、头孢替唑、头孢克洛、头孢尼西、头孢丙烯、头孢呋辛、头孢唑喃、头孢美唑、头孢替坦、头孢西丁、头孢卡品、头孢达肟、头孢地尼、头孢托仑、头孢他美、头孢克肟、头孢甲肟、头孢特仑、头孢布烯、头孢噻呋、头孢噻林、头孢唑肟、头孢曲松、头孢哌酮、头孢拉定拉氧头孢、头孢克定、头孢吡肟、头孢瑞南、头孢噻利、头孢唑兰、头孢匹罗、头孢喹肟、氟氧头孢、头孢吡普、阿奇霉素、克林霉素、地红霉素、红霉素、罗红霉素、氨曲南、青霉素和青霉素衍生物、放线菌素、杆菌肽素、粘菌素、多粘菌素B、西诺沙星、氟甲喹、萘啶酸、奥索利酸、吡咯米酸、吡哌酸、罗索沙星、环丙沙星、依诺沙星、氟罗沙星、洛美沙星、那氟沙星、诺氟沙星、氧氟沙星、培氟沙星、芦氟沙星、巴洛沙星、加替沙星、格帕沙星、左氧氟沙星、莫西沙星、帕珠沙星、司帕沙星、替马沙星、托氟沙星、克林沙星、加雷沙星、吉米沙星、西他沙星、曲伐沙星、普卢利沙星、乙酰唑胺、苯唑拉胺、布美他尼、塞来考昔、氯噻酮、氯帕胺、双氯非那胺、多佐胺、乙氧苯唑胺、呋塞米、氢氯噻嗪、吲达帕胺、mafendide、美夫西特、美托拉宗、丙磺舒、磺胺乙酰、磺胺地托辛、磺胺多辛、氨苯磺胺、磺胺甲基异噁唑、柳氮磺胺吡啶、舒噻美、舒马普坦、希帕胺、四环素、金霉素、土霉素、多西环素、赖甲环素、甲氯环素、甲烯土霉素、米诺环素、罗利环素、甲氧西林、萘夫西林、苯唑西林、氯唑西林、万古霉素、替考拉宁、克林霉素、复方新诺明及其任何组合，其量有效或累加或协同增强本发明的细菌噬菌体和/或多肽对于给定感染的疗效。
[0127]可以在本发明的药物组合物中使用的局部麻醉药包括丁卡因、盐酸丁卡因、利多卡因、盐酸利多卡因、盐酸二甲异喹、二丁卡因、盐酸二丁卡因、苦味酸氯苯丁酯和盐酸丙吗卡因。局部麻醉药的示例性浓度是按总组合物的重量计约0.025% -约5%。[0128]可以与本发明的多肽、细菌噬菌体和/或药物组合物组合使用的皮质类固醇包括倍他米松、二丙酸酯、肤轻松、锕系元素、戊酸倍他米松、曲安西龙锕系元素、丙酸氯倍他索、去羟米松、二乙酸二氟拉松、安西奈德、丙酮缩氟氢羟龙、戊酸氢化可的松、丁酸氢化可的松和地奈德。皮质类固醇的示例性浓度是按总组合物的重量计约0.01% -约I %。
[0129]在特定实施方案中，包含本发明的细菌噬菌体和/或多肽的制剂进一步包含SM缓冲液(0.05M Tris-HCKpH 7.4-7.5) ；0.1M NaCl ;IOmM MgSO4)。在其他实施方案中，制剂进一步包含SM缓冲液和IOmM MgCl20在另外其他实施方案中，制剂进一步包含SM缓冲液和约20%或约30%乙醇。
[0130]包含本发明的细菌噬菌体和/或多肽的药物组合物可以以单位剂量或多剂量制剂配制。合适制剂可以选自软膏、溶液、悬浮液或乳状液、浸膏、粉末、粒剂、喷雾剂、锭剂、片剂或胶囊；且另外可以包括分散剂或稳定剂。
[0131]本发明的药物组合物可以通过吸入、以栓剂或子宫托的形式，局部(例如以洗剂、溶液、乳膏、软膏或撒粉的形式)，经表皮或经皮(例如通过使用皮肤贴剂)，经口(例如作为片剂，其可以含有赋形剂例如淀粉或乳糖)，作为胶囊、胚珠、酏剂、溶液或悬浮液(各自任选含有调味、着色剂和/或赋形剂)施用，或它们可以肠胃外注射(例如静脉内、肌内或皮下)。对于肠胃外施用，组合物可以以无菌水溶液的形式使用，所述无菌水溶液可以含有其他物质，例如足够的盐或单糖，以使溶液与血液等渗。对于经颊或舌下施用，组合物可以以常规方式配制的片剂或锭剂的形式施用。在优选实施方案中，本发明的细菌噬菌体和/或多肽作为单一试剂或与其他抗生素治疗组合局部施用，如本文描述的或本领域已知的。
[0132]本发明的细菌噬菌体和/或多肽还可以皮肤或经皮施用。对于皮肤的局部应用，本发明的细菌噬菌体和/或多肽可以与载体之一或组合相组合，所述载体可以包括但不限于水成液、醇基液体、水溶性凝胶、洗剂、软膏、非水性液体基、矿物油基、矿物油和矿脂的掺和物、羊毛脂、脂质体、蛋白质载体例如血清白蛋白或明胶、粉状纤维素carmel、及其组合。局部递送方式可以包括涂片、喷雾剂、绷带、限时释放贴剂、液体吸收拭纸、及其组合。本发明的细菌噬菌体和/或多肽可`以直接或在载体中应用于贴剂、拭纸、绷带等。贴剂、拭纸、绷带等可以是潮湿或干燥的，其中噬菌体和/或多肽(例如溶素)以冻干形式在贴剂上。局部组合物的载体可以包含半固体和凝胶样媒介物，其包括聚合物增稠剂、水、防腐剂、活性表面活性剂或乳化剂、抗氧化剂、防晒液、和溶剂或混合溶剂系统。美国专利号5，863，560公开了可以帮助皮肤暴露于药剂的许多不同载体组合，并且其内容合并入本文。载体可以涉及或不涉及控制释放制剂，例如如其内容通过引用合并入本文的US 2008/0260697中公开的。载体可以涉及或不涉及在基质上吸附的噬菌体，例如如其内容通过引用合并入本文的 US 2008/0038322、US 2008/0138311、US 2009/0130196、EP I 812 025、EP I 817 043和EP I 833 497中的任何一个中描述的。在某些实施方案中，载体可以涉及或不涉及粘稠制剂，例如凝胶，例如如其内容通过引用合并入本文的US 2009/0191254中公开的。
[0133]对于鼻内或通过吸入施用，本发明的细菌噬菌体和/或多肽以干粉吸入器或来自增压容器、泵、喷雾器或雾化器的气溶胶喷雾呈现的形式方便地递送，使用合适的推进剂，例如二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、氢氟烷烃例如1，1，1，2_四氟乙烷(HFA134A.TM.)或1，1，1，2，3，3，3-七氟丙烷(HFA 227EA.TM.)、二氧化碳、或其他合适气体。在增压气溶胶的情况下，剂量单位可以通过提供活门递送测定量进行测定。增压容器、泵、喷雾器或雾化器可以含有活性化合物的溶液或悬浮液，例如使用乙醇和推进剂的混合物作为溶剂，其可以另外含有润滑剂例如三油酸脱水山梨糖醇。用于在吸入器或吹入器中使用的胶囊和药筒(例如由明胶制备)可以配制为含有本发明的细菌噬菌体和/或多肽和合适粉基例如乳糖或淀粉的粉末混合物。
[0134]对于以栓剂或子宫托形式的施用，治疗组合物可以以凝胶、水凝胶、洗剂、溶液、乳膏、软膏或撒粉的形式局部应用。本发明的组合物还可以通过眼途径施用。对于眼使用，本发明的组合物可以配制为在等渗、pH调整的无菌盐水中的微粒化悬浮液，或优选配制为在等渗、PH调整的无菌盐水中的溶液，任选与防腐剂例如苯扎氯铵组合。备选地，它们可以在软膏例如矿脂中配制。
[0135]本发明的药物组合物的剂量和所需药物浓度可以取决于具体用途而改变。合适剂量或施用途径的决定在普通医生的技术内。动物实验可以提供用于决定在人疗法中的有效剂量的可靠指导。根据由 Mordenti, J.和 Chappell, W.“The use of interspeciesscaling in toxic okinetics，，in Toxicokinetics and New Drug Development,Yacobi 等人,编辑,Pergamon Press,New York 1989,第42-96页描述的原理,可以通过本领域普通技术人员执行有效剂量的种间放缩。
[0136]6.3治疗用途
[0137]本发明的细菌噬菌体和多肽具有针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的多种菌株的活性，例如如下文实施例中的表1-7中所述的。因此，本发明的组合物可以在预防和/或治疗人和动物中与肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌相关的感染的方法中有用。在其他实施方案中，本发明的组合物可以用于治疗与这些细菌的相关物种或菌株相关的感染，包括但不限于表皮葡萄球菌、耳葡萄球菌、头葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、模仿葡萄球菌、木糖葡萄球菌、藤黄微球菌、枯草芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、希拉肠球菌。
[0138]在特定实施方案中，接受本发明的药物组合物的受试者是哺乳动物(例如牛、绵羊、羊、马科、灵长类(例如人)、啮齿类、兔类动物或禽类(例如鸡、鸭、鹅))。在本发明的背景中，“治疗”指治疗性处理，其中目的是消除、减轻、减少病理状态或病症的严重性，改善、减慢病理状态或病症的进展，或预防与病理状态或病症相关的症状或潜在原因(例如细菌感染)。“治疗”指治疗性处理和预防性或预防措施，其中目的是消除、减轻、减少病理状态或病症的严重性，减慢病理状态或病症的进展，或延迟或预防与病理状态或病症相关的症状或潜在原因(例如细菌感染)。还考虑本发明的细菌噬菌体和/或多肽充当预防性或预防措施，预防由一种或多种细菌引起的感染发作。
[0139]肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌负责许多严重的机会性感染，特别是在具有妥协的免疫系统的个体中。本发明的药物组合物考虑用于治疗与肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌相关的任何感染，或与细菌的其他物种或菌株相关的任何感染，包括但不限于皮肤的感染(包括但不限于皮肤溃疡、痈、褥疮和糖尿病足溃疡)、伤口中和周围的感染、术后感染、与导管和手术引流相关的感染、和血液感染。
[0140]糖尿病足溃疡是糖尿病的主要并发症之一，在所有糖尿病患者的约15%中发生且导致所有小腿截肢的约85%。(Brem，等人，J.Clinical Invest.，2007，117 (5):1219-1222)。糖尿病阻碍伤口愈合过程的正常步骤。未愈合的慢性糖尿病性溃疡通常用细胞外基质替代疗法、高级湿润伤口疗法、生物改造的组织或皮肤替代物、生长因子、清创术、动脉血运重建、和/或负压伤口疗法治疗。(Blume等人，Diabetes Care, 2008, 31:631-636)。溃疡可以变得由机会性细菌感染，这进一步恶化病状。相应地，糖尿病中的足溃疡还通常需要抗生素，例如针对葡萄球菌属，以及其他厌氧菌，例如肺炎克雷伯氏菌、大肠杆菌和/或铜绿假单胞菌。
[0141]本发明的一种或多种组合物在糖尿病足溃疡治疗中有用。例如，本发明的分离噬菌体或多肽可以用于治疗有此需要的受试者中与糖尿病足溃疡相关的感染。在特定实施方案中，用于治疗糖尿病足溃疡的组合物是配制用于局部施用的局部组合物，例如用于直接应用于与糖尿病足溃疡相关的溃疡、伤口、损害和/或疮的组合物。
[0142]在特定实施方案中，用于关于糖尿病足溃疡使用的组合物包含分离的F44/10，其具有包含SEQ ID NO:560的核酸序列的基因组并且显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在某些实施方案中，使用包含从细菌噬菌体F44/10中分离的多肽、或其片段、变体或衍生物的组合物，所述多肽、片段、变体或衍生物显示出针对金黄色葡萄球菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性。在特定此类实施方案中，所述多肽、或其片段、变体或衍生物是显示出针对金黄色葡萄球菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性的溶素、CHAP结构域或尾蛋白质。在特定实施方案中，用于关于糖尿病足溃疡使用的组合物包含分离的F125/10，其具有包含SEQ ID NO:1074的核酸序列的基因组并且显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在某些实施方案中，使用包含从细菌噬菌体F125/10中分离的多肽、或其片段、变体或衍生物的组合物，所述多肽、片段、变体或衍生物显示出针对金黄色葡萄球菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活`性。在特定此类实施方案中，所述多肽、或其片段、变体或衍生物是显示出针对金黄色葡萄球菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性的溶素、CHAP结构域或尾蛋白质。
[0143]在特定实施方案中，使用包含噬菌体混合物的组合物，例如其中噬菌体混合物包含显不出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株的抗菌活性的至少一种曬菌体，和显不出针对不同细菌的抗菌活性的至少一种噬菌体。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含与选自 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F387/08、F170/08、F168/08、F770/05 和 F1245/05的至少一种其他噬菌体组合的F44/10和/或F125/10。在特定优选实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F391/08、F387/08、F488/08、F510/08和/或F770/05的一种、两种、三种或更多种其他噬菌体组合的F44/10和/或F125/10。
[0144]在特定实施方案中，用于关于糖尿病足溃疡使用的组合物包含分离的F391/08和/或F387/08，其分别具有包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:781的核酸序列的基因组，并且显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在某些实施方案中，使用包含从细菌噬菌体F391/08和/或F387/08中分离的多肽、或其片段、变体或衍生物的组合物，所述多肽、片段、变体或衍生物显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性。在特定此类实施方案中，所述多肽、或其片段、变体或衍生物是显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性的溶素、CHAP结构域或尾蛋白质。在特定实施方案中，使用包含噬菌体混合物的组合物，例如其中噬菌体混合物包含显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株的抗菌活性的至少一种曬菌体，和显不出针对不同细菌的抗菌活性的至少一种噬菌体。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F170/08、F168/08、F770/05、F1245/05 和 F125/10 的至少一种其他噬菌体组合的F391/08和/或F387/08。在特定优选实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F44/10、F488/08、F510/08和/或F770/05的一种、两种、三种或更多种其他噬菌体组合的F391/08 和 / 或 F387/08。
[0145]在特定实施方案中，用于关于糖尿病足溃疡使用的组合物包含分离的F488/08，其具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列的基因组，并且显示出针对大肠杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在某些实施方案中，使用包含从细菌噬菌体F488/08中分离的多肽、或其片段、变体或衍生物的组合物，所述多肽、片段、变体或衍生物显示出针对大肠杆菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性。在特定此类实施方案中，所述多肽、或其片段、变体或衍生物是显示出针对大肠杆菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性的溶素、CHAP结构域或尾蛋白质。在特定实施方案中，使用包含噬菌体混合物的组合物，例如其中噬菌体混合物包含显示出针对大肠杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性的至少一种噬菌体，和显示出针对不同细菌的抗菌活性的至少一种噬菌体。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F394/08、F510/08、F44/10、F170/08、F168/08、F770/05、F1245/05、F391/08F387/08 和 F125/10 的至少一种其他噬菌体组合的F488/08。在特定优选实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F391/08、F387/08、F44/10、F125/10、F510/08 和 / 或 F770/05 的一种、两种、三种或更多种其他噬菌体组合的F488/08。
[0146]在特定实施方案中，用于关于糖尿病足溃疡使用的组合物包含分离的F510/08和/或F770/05，其分别具有包含SEQ ID NO:4或如WO 2010/090542中公开的核酸序列的基因组，并且显示出针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株的抗菌活性。在某些实施方案中，使用包含从细菌噬菌体F510/08和/或F770/05中分离的多肽、或其片段、变体或衍生物的组合物，所述多肽、片段、变体或衍生物显示出针对铜绿假单胞菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性。在特定此类实施方案中，所述多肽、或其片段、变体或衍生物是显示出针对铜绿假单胞菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性的溶素、CHAP结构域或尾蛋白质。在特定实施方案中，使用包含噬菌体混合物的组合物，例如其中噬菌体混合物包含显示出针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株的抗菌活性的至少一种噬菌体，和显示出针对不同细菌的抗菌活性的至少一种噬菌体。在特定实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F394/08、F488/08、F44/10、F170/08、F168/08、F1245/05、F391/08、F387/08 和 F125/10 的至少一种其他噬菌体组合的F510/08和/或F770/05。在特定优选实施方案中，噬菌体混合物包含与选自F44/10、F488/08、F391/08和/或F387/08的一种、两种、三种或更多种其他噬菌体组合的F510/08 和 / 或 F770/05。
[0147]肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌还与涉及具有高流体含量的器官系统的感染相关，并且考虑本发明的细菌噬菌体和/或多肽具有在这些感染的预防和治疗中的治疗用途。例如，本发明的药物组合物可以用于预防或治疗呼吸道、脑脊髓液、腹膜液和泌尿道的感染。本发明的组合物还可以用于预防和/或治疗医院性肺炎、与持续不卧床腹膜透析(CAPD)相关的感染、导管相关菌血症和医院性脑膜炎。[0148]在优选实施方案中，本发明的细菌噬菌体和/或多肽在医院背景中预防使用，特别预防与伤口、溃疡和皮肤中的开口相关的感染，例如由于导管插入术和任何其他医学操作或设备。
[0149]在特定实施方案中，本发明的细菌噬菌体和/或多肽用作单一试剂用于治疗或预防与肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌和/或其他细菌物种相关的感染。在本发明的其他实施方案中，本发明的细菌噬菌体和/或多肽与其他试剂组合使用，所述其他试剂包括其他细菌噬菌体(例如靶向细菌的不同物种或菌株)、或靶向相同或不同种类细菌的抗生素，所述细菌包括选自任何革兰氏阳性菌、任何革兰氏阴性菌和未分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性的任何其他细菌组的细菌。本发明的组合物还可以与本领域技术人员已知的治疗细菌感染的任何其他方法组合使用。
[0150]本发明还考虑的是预防由细菌引起的感染的方法和治疗由细菌引起的感染的方法，所述细菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌，所述方法包括给有此需要的哺乳动物施用包含溶素的组合物，所述溶素包含下述氨基酸序列或其片段、变体或衍生物，或由下述氨基酸序列或其片段、变体或衍生物组成:SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556,SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:1216,SEQ ID N0:1261，其中所述片段、变体或衍生物显示出针对亲本细菌噬菌体由其分离的细菌物种的抗菌或抗微生物活性。在依照这个实施方案的特定例子中，本发明提供了预防或治疗由细菌引起的感染的方法，所述细菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌，所述方法包括给有此需要的哺乳动物施用包含溶素的分离CHAP结构域或其片段、变体或衍生物的组合物，其中所述片段、变体或衍生物显示出它所分离自的CHAP结构域的至少一种生物活性(例如裂解细胞杀死)。
[0151]在特定实施方案中，本发明提供了预防和/或治疗由细菌引起的感染的方法，所述细菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌，所述方法包括给有此需要的哺乳动物施用包含尾蛋白质的组合物，所述尾蛋白质包含下述氨基酸序列或其`片段、变体或衍生物，或由下述氨基酸序列或其片段、变体或衍生物组成:SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO:180、SEQ ID NO: 183,SEQ ID NO:185、SEQ ID NO: 190,SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232,SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQID NO:252,SEQ ID NO:254,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545, SEQ ID NO:549, SEQ ID NO:55USEQ ID NO:629、或 SEQ ID NO:686, SEQID NO:789,SEQ ID NOs:796-800、SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060,SEQ ID NO:1077,SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250,SEQ ID NO:1266，其中所述片段、变体或衍生物显示出与它由其衍生的细菌噬菌体相关的生物活性。
[0152]在另外其他实施方案中，本发明提供了预防和/或治疗由细菌引起的感染的方法，所述细菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌，所述方法包括给有此需要的哺乳动物施用包含细菌噬菌体的组合物，所述细菌噬菌体具有包含下述核酸序列或由下述核酸序列组成的基因组:SEQ ID N0:USEQ ID NO:2,SEQ ID NO:3、SEQ ID N0:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781和 / 或 SEQ IDNO:1074。还考虑了任选具有本发明的一种或多种细菌噬菌体或其他治疗例如抗生素的溶素(或如上所述的其片段、变体或衍生物)的组合，以及使用本文描述的组合中的一种或多种治疗细菌感染的方法和/或预防细菌感染的方法。
[0153]如本文使用的，术语“与……组合”指超过一种预防和/或治疗剂的使用。术语“与……组合”的使用不限制其中预防和/或治疗剂施用于具有疾病或病症的受试者的次序。第一种预防或治疗剂可以在第二种预防或治疗剂(不同于第一种预防或治疗剂)施用于具有疾病或病症的受试者之前(例如之前5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、I小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、I周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周)、同时或之后(例如之后5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、I小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、I周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周)施用。 [0154]6.4消毒剂和抗感染用途
[0155]细菌病原体最通常在粘膜部位(例如上和下呼吸、肠、泌尿生殖、眼等)感染。粘膜自身通常是关于在环境中发现的许多致病菌(例如肺炎球菌、葡萄球菌和链球菌)的储库，有时是唯一储库。存在设计为控制致病菌的携带状态的极少抗感染药。然而，研究已显示通过减少或消除在环境例如医院和疗养院中的这个储库，通过这些细菌的感染发生率将得到显著减少。医院内感染的预防涉及受累表面的常规和反复清洁。
[0156]本发明的细菌噬菌体和/或多肽可以用于抗感染组合物中用于控制细菌(例如革兰氏阳性菌(例如金黄色葡萄球菌)、革兰氏阴性菌(例如肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌和铜绿假单胞菌)或未分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性的细菌)生长，以便预防或减少医院内感染的发生。除了在用于应用于粘膜的组合物中的用途，本发明的细菌噬菌体和/或多肽还可以掺入制剂例如凝胶、乳膏、软膏或喷雾剂内用于控制或预防细菌在身体表面(例如皮肤和粘膜)(例如用于手术区域或手和医疗保健工作者和/或患者的暴露皮肤的灭菌)和其他固体表面(例如用具、工作台面和特别是医院设备)上的定殖。
[0157]6.5在纳米技术中的用途
[0158]本发明的细菌噬菌体和/或多肽还可以用于纳米技术中，例如纳米级装置的开发中。纳米技术和分子生物学的组合已导致新一代的基于纳米级的装置，例如纳米级导体。生物系统基于大分子主要是蛋白质和核酸的结构起作用，所述大分子在纳米级结构上组构。相应地，生物大分子可以在纳米级应用中有用。特别地，具有高度组构结构的蛋白质可以用于纳米级装置的开发中。
[0159]在某些实施方案中，包含下述或由下述组成的本发明的多肽可以在纳米技术应用中使用:从细菌噬菌体中分离的尾蛋白质(例如尾组分、尾丝蛋白质、吸附相关尾蛋白质、尾长卷尺蛋白质、基片楔突亚单位)或其片段、变体或衍生物，所述细菌噬菌体具有包含下述或由下述组成的基因组:SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ IDNO:560, SEQ ID N0:781、或 SEQ ID NO:1074 (例如分别为细菌噬菌体 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08或F125/10)。例如，来自噬菌体尾丝的尾蛋白质具有高度组构结构，并且可以在纳米级导体中有用。此类导体可以例如用于放置金和/或其他离子。
[0160]在特定实施方案中，在纳米技术中使用的本发明的多肽是包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列组成的分离尾蛋白质:SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30, SEQ ID NOs:32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO: 185, SEQID NO:190, SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQID NO:248, SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437, SEQID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545, SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:55USEQID NO:629, SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQ ID NO:806、SEQID NO:854,SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO: 1077、SEQ ID NO:1217、SEQ ID N0:1250、或SEQ ID NO:12660在其他实施方案中，本发明的多肽包含下述的片段、变体或衍生物:SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQID NOs:32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ IDNO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs: 239-245、SEQ ID NO:248、SEQ IDNO:249,SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQID NO:544,SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686,SEQ ID NO:789,SEQ ID NOs:796-800、SEQ ID NO:806,SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004、SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077, SEQ ID NO:1217, SEQ ID N0:1250、或SEQ ID NO:1266，其中所述片段、变体或衍生物具有高度组构结构。此类多肽例如在纳米级导体中有用，如上所述。[0161]6.6诊断方法
[0162]本发明还包含用于测定细菌感染中的成因剂的诊断方法。在特定实施方案中，在细菌感染的呈现中的成因剂的诊断通过下述执行:(i)根据标准技术培养患者的组织、血液或流体样品；(ii)使培养物与本发明的一种或多种细菌噬菌体和/或多肽接触；和(iii)监控在所述接触后的细胞生长和/或裂解证据。因为细菌噬菌体和/或其分离产物(例如多肽、或其生物学活性片段、变体或衍生物)的活性趋于是物种或菌株特异性的，所以对本发明的一种或多种细菌噬菌体和/或多肽的易感性或易感性缺乏可以指示感染性细菌的物种或菌株。例如，在与具有包含核酸序列SEQ ID NO:1或781或由核酸序列SEQID NO:1或781组成的基因组的细菌噬菌体、或其分离的多肽或由其衍生的多肽接触后，测试培养物的减少生长可以指示测试样品包含肺炎克雷伯氏菌。类似地，具有包含核酸序列SEQ ID NO:2或由核酸序列SEQ ID NO:2组成的基因组的细菌噬菌体、或其分离的多肽产物或由其衍生的多肽产物可以用于鉴定通过鲍氏不动杆菌的感染；具有包含核酸序列SEQID NO:3或由核酸序列SEQ ID NO:3组成的基因组的细菌噬菌体、或其分离的多肽产物或由其衍生的多肽产物可以用于鉴定通过大肠杆菌的感染；而具有包含核酸序列SEQ ID NO:4或由核酸序列SEQ ID NO:4组成的基因组的那种、或其分离的多肽产物或由其衍生的多肽产物可以用于鉴定通过铜绿假单胞菌的感染；并且具有包含核酸序列SEQ ID NO:560或1074或由核酸序列SEQ ID NO:560或1074组成的基因组的那种、或其分离的多肽产物或由其衍生的多肽产物可以用于鉴定通过金黄色葡萄球菌的感染。
[0163]另外，在某些实施方案中，本发明的细菌噬菌体和/或多肽可以用于诊断学范围中的生物传感器中。如本文使用的，“生物传感器”指用于检测分析物的分析装置，其组合生物组分与物理化学检测器组分。特别地，涉及细菌受体识别的蛋白质可以用于诊断生物传感器的开发中。[0164]在某些实施方案中，包含下述或由下述组成的本发明的多肽可以在生物传感器应用中使用:从细菌噬菌体中分离的尾蛋白质(例如尾组分、尾丝蛋白质、吸附相关尾蛋白质、尾长卷尺蛋白质、基片楔突亚单位)或其片段、变体或衍生物，所述细菌噬菌体具有包含下述或由下述组成的基因组:SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQID NO:560, SEQ ID NO:78USEQ ID NO:1074 (例如分别为细菌噬菌体 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08或F125/10)。例如，噬菌体尾蛋白质可以特异性识别一个或多个细菌物种和/或菌株，并且因此可以在生物传感器诊断学中有用。通过本发明的一种或多种细菌噬菌体和/或多肽的特定细菌物种和/或菌株的检测可以指示感染性细菌的物种或菌株。
[0165]在特定实施方案中，在生物传感器应用中使用的本发明的多肽是包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列组成的分离的尾蛋白质:SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26、SEQID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs: 32-35、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:183、SEQ IDNO:185, SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437、SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ IDNO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQ IDNO:806,SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060,SEQ ID NO:1077,SEQ ID NO:1217, SEQ ID N0:1250、或SEQ ID NO:1266。在其他实施方案中，本发明的多肽包含下述的片段、变体或衍生物:SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ IDNO:30,SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO:180,SEQ ID NO: 183,SEQ ID NO:185,SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:23U SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248,SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252,SEQ ID NO:254,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:54 4、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686,SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800、SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO: 1217、SEQ ID N0:1250、或SEQ ID NO: 1266，其中所述片段、变体或衍生物能够特异性识别细菌，例如细菌的特异性物种和/或一个或多个特定菌株。此类多肽例如在用于检测特异性细菌和/或诊断特定感染的生物传感器中有用，如上所述。
[0166]一般地，用于在生物传感器中使用的噬菌体尾蛋白质将检测其宿主细菌，或宿主细菌的一个或多个特定物种和/或特定菌株。相应地，在特定实施方案中，本发明包含对应于 SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID N0:30、或 SEQ ID NOs:32-35 的氨基酸序列的尾蛋白质，或其片段、变体或衍生物，其识别且可以检测肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株。此类检测可以指示肺炎克雷伯氏菌感染。在特定实施方案中，本发明包含对应于 SEQ ID NO:180, SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185、或 SEQ ID NO:190 的氨基酸序列的尾蛋白质，或其片段、变体或衍生物，其识别且可以检测鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株。此类检测可以指示鲍氏不动杆菌感染。在特定实施方案中，本发明包含对应于SEQ IDNO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs: 239-245、SEQ ID NO:248、SEQ IDNO:249, SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437, SEQ ID NOs:489_495、或SEQ ID NO:496的氨基酸序列的尾蛋白质，或其片段、变体或衍生物，其识别且可以检测大肠杆菌的一种或多种菌株。此类检测可以指示大肠杆菌感染。
[0167]在特定实施方案中，本发明包含对应于SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ IDN0:549、或SEQ ID NO:551的氨基酸序列的尾蛋白质，或其片段、变体或衍生物，其识别且可以检测铜绿假单胞菌的一种或多种菌株。此类检测可以指示铜绿假单胞菌感染。在特定实施方案中，本发明包含对应于SEQ ID NO:629, SEQ ID NO:686、SEQ ID NO: 1077、SEQID NO:1217, SEQ ID N0:1250、或SEQ ID NO:1266的氨基酸序列的尾蛋白质，或其片段、变体或衍生物，其识别且可以检测金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株。此类检测可以指示金黄色葡萄球菌感染。在特定实施方案中，本发明包含对应于SEQ ID NO:789, SEQ IDNOs:796-800、SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs:1053-1060的氨基酸序列的尾蛋白质，或其片段、变体或衍生物，其识别且可以检测肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株。此类检测可以指示肺炎克雷伯氏菌感染。
[0168]在某些实施方案中，本发明包含超过一种尾蛋白质例如上文提供的两种或多种尾蛋白质的组合在用于检测超过一个细菌物种和/或菌株的生物传感器中的用途。生物传感器还可以包含用于检测相同或不同细菌的另外蛋白质和/或其他试剂。
[0169]6.7氨基酸变体
[0170]可以制备本发明的多肽的氨基酸序列变体。在某些实施方案中，它们可以是置换、插入和/或缺失变体。缺失变体缺乏天然蛋白质的一个或多个残基，其一般不是功能(例如抗微生物或抗菌活性)所需的。插入突变体一般涉及材料在多肽中的非末端点上的添加。置换变体一般涉及在多肽内的一个或多个位点上的一个氨基酸由另一个的交换，并且可以设计为调节多肽的一种或多种性质，例如针对蛋白酶解切割的稳定性，优选不含其他功能或性质的丧失(或 基本丧失)。这个种类的置换优选是保守的，即一个氨基酸替换为相似形状和电荷的一个。保守置换是本领域众所周知的，并且包括例如下述变化:丙氨酸至丝氨酸；精氨酸至赖氨酸；天冬酰胺至谷氨酰胺或组氨酸；天冬氨酸盐至谷氨酸盐；半胱氨酸至丝氨酸；谷氨酰胺至天冬酰胺；谷氨酸盐至天冬氨酸盐；甘氨酸至脯氨酸；组氨酸至天冬酰胺或谷氨酰胺；异亮氨酸至亮氨酸或缬氨酸；亮氨酸至缬氨酸或异亮氨酸；赖氨酸至精氨酸；甲硫氨酸至亮氨酸或异亮氨酸；苯丙氨酸至酪氨酸、亮氨酸或甲硫氨酸；丝氨酸至苏氨酸；苏氨酸至丝氨酸；色氨酸至酪氨酸；酪氨酸至色氨酸或苯丙氨酸；和缬氨酸至异亮氨酸或亮氨酸。
[0171]一旦基因的一般区域鉴定为编码特定抗菌活性，例如鉴定为如本文描述的溶素，点诱变就可以用于以更大特异性鉴定哪些氨基酸残基在抗菌活性中是重要的。因此，本领域技术人员能够生成例如DNA链中的单碱基变化，以导致保存所需功能的改变密码子和/或错义突变。
[0172]优选地，蛋白质的氨基酸的突变产生等价或甚至改善的第二代分子。例如，特定氨基酸可以置换蛋白质结构中的其他氨基酸，而无功能(例如抗菌或抗微生物活性)的可检测或基本丧失。在制备此类变化中，可以考虑氨基酸的亲疏水性指数(hydropathicindex)。亲疏水性氨基酸指数在对蛋白质赋予相互作用生物功能中的重要性是本领域一般理解的。公认氨基酸的相对亲疏水性特征促成所产生的蛋白质的二级结构，这继而又限定蛋白质与其他分子的相互作用，例如与革兰氏阳性菌的外壳内的肽聚糖的相互作用。每个氨基酸已基于其疏水性和电荷特征指定亲疏水性指数；例如:异亮氨酸(+4.5);缬氨酸(+4.2);亮氨酸(+3.8);苯丙氨酸(+2.8);半胱氨酸/胱氨酸(+2.5);甲硫氨酸(+1.9);丙氨酸(+1.8);甘氨酸(-0.4);苏氨酸(-0.7);丝氨酸(-0.8);色氨酸0.9);酪氨酸(-1.3)；脯氨酸(-1.6);组氨酸(-3.2);谷氨酸盐(-3.5);谷氨酰胺(-3.5);天冬氨酸盐(-3.5)；天冬酰胺(-3.5);赖氨酸(-3.9);和精氨酸(-4.5)。本领域还应理解可以基于亲水性有效作出相似氨基酸的置换。如同疏水性，已对每个氨基酸指定亲水性值:精氨酸(+3.0);赖氨酸(+3.0);天冬氨酸盐(+3.0±1);谷氨酸盐(+3.0±1);丝氨酸(+0.3);天冬酰胺(+0.2)；谷氨酰胺(+0.2);甘氨酸(0);苏氨酸(-0.4);脯氨酸(-0.5±1);丙氨酸(-0.5);组氨酸(-0.5);半胱氨酸(-1.0);甲硫氨酸(-1.3);缬氨酸(-1.5);亮氨酸(-1.8);异亮氨酸(-1.8);酪氨酸(-2.3);苯丙氨酸(-2.5)和色氨酸(-3.4)。等价分子可以通过一个氨基酸置换另一个获得，其中它们的亲疏水性和/或其亲水性指数在彼此±2、优选±1或最优选±5内。
[0173]在特定实施方案中，本发明包含分离的多肽，其相对于本文公开的氨基酸序列，包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个或更多个氨基酸修饰(例如插入、置换、缺失等)。在优选实施方案中，这样制备突变，从而使得保留或基本上保留特定多肽的生物活性。例如，本发明包含从细菌噬菌体 F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/068、F44/10 和 / 或 F125/10中分离的多肽，其突变为相对于本文列出的氨基酸序列，包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个或更多个氨基酸修饰，并且显示出针对革兰氏阳性或革兰氏阴性菌，例如针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的一个或多个物种或菌株的抗菌活性。在特定实施方案中，衍生自F387/08或F391/08的本发明的多肽显示出针对至少肺炎克雷伯氏菌的抗菌或抗微生物活性，例如裂解杀死活性；衍生自F394/08的那些显示出针对至少鲍氏不动杆菌的抗菌或抗微生物活性；衍生自F488/08的那些显示出针对至少大肠杆菌的抗菌或抗微生物活性；衍生自F510/08的那些显示出针对至少铜绿假单胞菌的抗菌或抗微生物活性，和衍生自F44/10或F125/10的那些显示出针对至少金黄色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性。
[0174]6.8编码本发明的多肽的多核苷酸
[0175]本发明提供了包含编`码本发明的多肽的核苷酸序列的多核苷酸。本发明还包含在高严格性、中或较低严格性的杂交条件下与编码本发明的多肽且编码具有抗生素和/或其他生物活性的修饰多肽的多核苷酸杂交的多核苷酸，例如如上定义的。
[0176]可以获得多核苷酸，并且通过本领域已知的任何方法测定多核苷酸的核苷酸序列。例如，编码本发明的多肽的多核苷酸可以由来自合适来源(例如细菌噬菌体F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10 和 / 或 F125/10)的核酸生成。核苷酸序列可以通过本领域已知的常规方法从噬菌体基因组中分离(参见例如，Carlson、“Workingwith bacteriophage:common techniques and methodological approaches,” In、Kutter 和 Sulakvelidze (编辑)Bacteriophage:Biology and Applications、第 5 版 CRCPress (2005);通过引用整体合并入本文)。如果含有编码特定多肽的核酸的来源无法获得，但本发明的多肽的氨基酸序列是已知的，那么编码多肽的核酸可以使用本领域已知的任何方法化学合成且克隆到可复制的克隆载体内。
[0177]一旦测定本发明的多肽的核苷酸序列，就可以使用本领域众所周知用于操纵核苷酸序列的方法操纵多肽的核苷酸序列，所述方法例如重组DNA技术、定点诱变、PCR等(参见例如通过引用整体合并入本文的Sambrook等人，1990, Molecular Cloning, A LaboratoryManual,第 2 版，Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY 和 Ausubel 等人，编辑，1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY 中所述的技术)，以生成具有不同氨基酸序列的多肽，例如制备氨基酸置换、缺失和/或插入。
[0178]在某些实施方案中，提供了编码图2、4、6、8、10、12和14的一个或多个ORF的核苷酸序列。在某些实施方案中，提供了编码图2、4、6、8、10、12和14的一个或多个ORF的变体、片段或衍生物的核苷酸序列，其中所述变体、片段或衍生物显示出针对肺炎克雷伯氏菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:781或由核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:781组成的基因组的细菌噬菌体的抗菌或抗微生物活性(例如裂解杀死活性)；和/或针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸序列SEQ ID NO:2或由核酸序列SEQ ID NO:2组成的基因组的细菌噬菌体；和/或针对大肠杆菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸序列SEQ ID NO:3或由核酸序列SEQID NO:3组成的基因组的细菌噬菌体；针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸序列SEQ ID NO:4或由核酸序列SEQ ID NO:4组成的基因组的细菌噬菌体；和/或针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株，例如针对具有包含核酸序列SEQ ID NO:560或SEQ ID NO:1074或由核酸序列SEQ ID NO:560或SEQ ID NO:1074组成的基因组的细菌噬菌体。
[0179] 6.9本发明的分子的重组表达
[0180]一旦已获得编码本发明的分子(例如多肽)的核酸序列，就可以使用本领域众所周知的技术通过重组DNA技术产生用于产生分子的载体。本领域技术人员众所周知的方法可以用于构建含有本发明的分子的编码序列以及合适的转录和翻译控制信号的表达载体。这些方法包括例如体外重组DNA技术、合成技术和体内遗传重组。(参见例如Sambrook等人，1990,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,第2版，Cold Spring HarborLaboratory, Cold Spring Harbor, NY 和 Ausubel 等人编辑，1998, Current Protocols inMolecular Biology, John Wiley & Sons, NY 中所述的技术)。
[0181]本发明提供了编码本发明的多肽的表达载体。包含通过本发明的方法鉴定的分子的核苷酸序列的表达载体可以通过常规技术(例如电穿孔、脂质体转染和磷酸钙沉淀)转移至宿主细胞，并且随后通过常规技术培养转染细胞以产生本发明的分子。在优选实施方案中，宿主细胞与包含序列的细菌噬菌体由其衍生的亲本细菌的物种不同。在特定实施方案中，本发明的分子的表达通过组成性、诱导型或组织特异性启动子调节。在特定实施方案中，表达载体是 pQE-30 (Qiagen)或 pET-29 (a) (Novagen)。
[0182]用于表达通过本发明的方法鉴定的分子的宿主细胞可以是任一细菌细胞(优选对本发明的细菌噬菌体蛋白质或其变体、衍生物或片段不敏感)。多种宿主表达载体系统可以用于表达通过本发明的方法鉴定的分子。此类宿主表达系统代表本发明的分子的编码序列可以通过其产生并随后纯化的媒介物，还代表当用合适的核苷酸编码序列转化或转染时，原位表达本发明的分子的细胞。这些包括但不限于微生物，例如用含有通过本发明方法鉴定的分子的编码序列的重组细菌噬菌体DNA、质粒DNA或粘粒DNA表达载体转化的对本发明的细菌噬菌体蛋白质或其变体、衍生物或片段不敏感的细菌(例如枯草芽孢杆菌)；用含有编码通过本发明方法鉴定的分子的序列的重组酵母表达载体转化的酵母(例如毕赤酵母(Saccharomyces Pichia));用含有编码通过本发明方法鉴定的分子的序列的重组病毒表达载体(例如杆状病毒)感染的昆虫细胞系统；用重组病毒表达载体(例如花椰菜花叶病毒(CaMV)和烟草花叶病毒(TMV)感染或用含有编码通过本发明方法鉴定的分子的序列的重组质粒表达载体(例如Ti质粒)转化的植物细胞系统；或具有含有衍生自哺乳动物细胞的基因组的启动子(例如金属硫蛋白启动子)的重组表达构建体或衍生自含有编码通过本发明方法鉴定的分子的序列的哺乳动物病毒(例如腺病毒晚期启动子；痘苗病毒7.5K启动子)的哺乳动物细胞系统(例如C0S、CH0、BHK、293、293T、3T3细胞，淋巴细胞(Iymphoticcell)(参见U.S.5，807，715)，Per C.6细胞(由Crucell开发的人视网膜细胞)。
[0183]在对本发明的细菌噬菌体蛋白质或其变体、衍生物或片段不敏感的细菌系统中，取决于对于待表达分子预期的用途可以有利地选择许多表达载体。例如，当待产生大数量的此类蛋白质用于多肽的药物组合物的生成时，指导容易纯化的融合蛋白产物的高水平表达的载体可能是希望的。此类载体包括但不限于大肠杆菌表达载体pUR278 (Ruther等人，1983，EMBO J.2:1791)，其中蛋白质序列可以与IacZ编码区在框内个别连接到载体内，从而使得产生融合蛋白；pIN 载体(Inouye&Inouye, 1985, Nucleic Acids Res.13:3101-3109 ；Van Heeke&Schuster, 1989，J.Biol.Chem.24:5503-5509);等。pGEX 载体还可以用于表达作为具有谷胱甘肽S-转移酶(GST)的融合蛋白的外源多肽。一般而言，此类融合蛋白是可溶的，并且可以通过与基质谷胱甘肽琼脂糖珠的吸附和结合，随后在游离谷胱甘肽的存在下洗脱，容易地从裂解细胞中纯化。PGEX载体设计为包括凝血酶或因子Xa蛋白酶切割位点，从而使得克隆的靶基因产物可以从GST部分中释放。
[0184]在昆虫系统中，苜猜银纹夜蛾(Autographa californica)核型多角体病毒(AcNPV)用作载体以表达外源基因。该病毒优选在草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)细胞中生长。多肽编码序列可以个别克隆到病毒的非必需区(例如多角体蛋白基因)内，并且置于AcNPV启动子(例如多角体蛋白启动子)的控制下。
[0185]一旦本发明的分子(即多肽)已重组表达，它就可以通过本领域已知用于纯化多肽的任何方法进行纯化，所述方法例如通过色谱法(例如离子交换、亲和和尺寸排阻柱色谱法)、离心、差异可溶性或通过用于纯化多肽或抗体的任何其他标准技术。
`[0186]特定修饰和改善在阅读前述说明书后将被本领域技术人员想到。应当理解所有此类修饰和改善已为了简洁性和可读性在本文中删除，但适当地在下述权利要求的范围内。
[0187]7.实施例
[0188]应当理解本文描述的下述实施例和实施方案仅用于举例说明目的，并且根据其的多种修饰或变化将是本领域技术人员能想起的，并且包括在本申请的精神和范围内和附加权利要求的范围内。本文引用的所有出版物、专利和专利申请为了所有目的在此通过引用整体合并。
[0189]除非另有说明，根据下述方法分离、处理且分析本发明的细菌噬菌体。
[0190]7.1.1噬菌体的纯化
[0191]根据 Carlson, “Working with bacteriophage:common techniques andmethodological approaches,，，In, Kutter 和 Sulakvelidze(编辑)Bacteriophage:Biology and Applications,第5版CRC Press (2005)(通过引用整体合并入本文的“Carlson”)中所述的方案，制备从临床样品中分离的细菌噬菌体的贮备制剂。[0192]根据Carlson 和 Yamamoto 等人，2004，PNAS 101:6415-6420 中所述的方案，通过用PEG沉淀来浓缩细菌噬菌体贮备制剂。简言之，使贮备制剂在IM NaCl中在4°C伴随搅动温育一小时。接下来，将PEG 8000 (AppliChem,Cheshire,MA)逐步加入至10% (w/v)的终浓度。组合物随后在4°C温育过夜。在温育期后，组合物以1000Oxg在4°C离心30分钟。随后将沉淀物以1% w/v重悬浮于具有明胶的SM缓冲液(以pH 7.4的0.05M Tris-HCL,0.1M NaCl UOmMMgSO4)中，且再次以1000rpm在4°C离心10分钟。保存含有悬浮的噬菌体的上清液用于进一步纯化。根据Carlson中的方法使用CsCl梯度纯化上清液。
[0193]通过透析从纯化且浓缩的噬菌体原液中去除CsCl。根据制造商的说明书制备透析膜，Cellu.Sep Hl High Grade Regenerated Cellulose Tubular Membrane (Cellu.Sep,River Street, USA)。透析包括在 IOOmM Tris-HCl 和 3M NaCl (pH 7.4)中在 4°C 30 分钟的第一次温育。这随后为在IOOmM Tris-HCl和0.3M NaCl (pH 7.4)中在4°C 30分钟的第二次温育。在透析后，从透析袋内部取出悬浮的噬菌体且贮存于4 °C。
[0194]7.1.2噬菌体DNA的提取
[0195]向5ml纯化且浓缩的细菌噬菌体样品中加入以pH 8.0的20mM EDTA,以0.5 %(p/v)的SDS和以40 ii g/ml终浓度的蛋白酶K。将混合物在56°C温育一小时。执行在以25: 24: I比例的苯酚:氯仿:醇中的连续提取，直至在水和有机相之间的界面澄清。随后用等体积的氯仿处理水相，并且以13，OOOOx g在4°C离心10分钟。再一次去除水相，并且通过加入两体积的无水乙醇且在20°C温育三十分钟沉淀DNA。随后将样品以11，OOOxg在4°C离心30分钟。将团块用70%乙醇在室温洗涤且重悬浮于50iil超纯水(Gibco，California)中。通过在ND-1000分光光度计中在260nm测量吸光度测定DNA浓度。通过在1%琼脂糖凝胶上的电泳分析分离的噬菌体DNA的完整性。[0196]7.1.3噬菌体基因组的分析
[0197]细菌噬菌体基因组的测序允许鉴定在基因组内的潜在开放读码框(ORF)。细菌噬菌体的假定ORF用于使用BLASTN程序(参见例如，Zhang等人，2000，J.Comput.Biol.7:203-214)在NCBI核苷酸集合数据库中搜索同源DNA序列。
[0198]7.2实施例1:细菌噬菌体F391/08
[0199]细菌噬菌体F391/08基因组的假定ORF与NCBI核苷酸数据库中的序列的比较揭示仅小部分的基因组11%基因组覆盖)显示出与已知序列的同源性。F391/08基因组的图示组构在图1中提供。F391/080RF、其编码的氨基酸序列和已知同源蛋白质在图2中提供。通过整合用 GeneMark.hmm 和 MetaGeneAnnotator 程序(Besemer,J.和 Borodovsky,M.1999.Nucleic Acids Res.，27:3911-3920 ;Noguchi，H.等人，2008.DNA Res., 15:387-396)获得的结果执行orf的预测。使用NCBI非冗余蛋白质序列数据库，用BLASTP程序(Alschul, S.F.等人，1997.Nucleic Acids Res.,25:3389-33402)执行蛋白质同源性搜索。使用 NCBI 专门 BLAST (Marchler-Bauer, A.等人，2007.Nucleic Acids Res.35:237-240)预测蛋白质保守结构域。在图2中用相同数目指出了其产物呈现与相同蛋白质的同源性的orf，伴随小写字母的添加。使用tRNAscan-SE程序(Lowe，T.M.等人，1997.Nucleic Acids Res.,25:955-964)执行假定的转移 RNA 基因(tRNA)的鉴定。
[0200]下表1提供了斑点测试的结果，其评估细菌噬菌体F391/08针对从临床样品中分离的100个克雷伯氏菌属物种菌株(86个肺炎克雷伯氏菌菌株；12个产酸克雷伯氏菌菌株；和2个克雷伯氏菌属物种菌株)的宿主范围和活性。每个斑点含有由CsCl纯化的裂解产物制备的具有所示滴度的5μ I细菌噬菌体悬浮液。基于范围为混浊(+)到澄清(++++)裂解晕圈的相对尺度估计每个菌株对噬菌体的敏感性。源于分离的噬菌斑的斑点指示为(Pfu)，并且对噬菌体感染的抗性指示为(_)。还指示了显示特定敏感性表型的菌株百分比。
[0201]表1
[0202]
【权利要求】
1.一种具有基因组的分离的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQ ID NO:U SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 的核酸序列。
2.一种药物组合物，其包含权利要求1的细菌噬菌体和药学可接受的载体。
3.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:1的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对肺炎克雷伯氏菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
4.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID ΝΟ:1的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对除了肺炎克雷伯氏菌外的细菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
5.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:781的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对肺炎克雷伯氏菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
6.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:781的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对除了肺炎克雷伯氏菌外的细菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
7.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:2的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对鲍氏不动杆菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
8.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:2的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对除了鲍氏不动杆菌外的细菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。`
9.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:3的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对大肠杆菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
10.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:3的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对除了大肠杆菌外的细菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
11.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:4的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对铜绿假单胞菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
12.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:4的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对除了铜绿假单胞菌外的细菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
13.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:560的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对金黄色葡萄球菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
14.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:560的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对除了金黄色葡萄球菌外的细菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
15.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:1074的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对金黄色葡萄球菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
16.权利要求2的药物组合物，其包含具有基因组的细菌噬菌体，所述基因组包含SEQID NO:1074的核酸序列，所述药物组合物进一步包含针对除了金黄色葡萄球菌外的细菌有效的细菌噬菌体的一个或多个另外株。
17.一种来自细菌噬菌体 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10 或 125/10 的分离的溶素蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌中的一种或多种的抗菌或抗微生物活性。
18.权利要求17的分离的溶素蛋白质，所述蛋白质具有SEQID NO:20、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:192,SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ IDNO:598, SEQ ID NO:1216、SEQ ID NO: 1261的氨基酸序列或其片段、变体或衍生物，所述片段、变体或衍生物具有针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性。
19.一种与相同大小的第二种蛋白质具有至少85%序列同一性的分离的第一种蛋白质，其中所述第一种蛋白质具有针对肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性，并且所述第二种蛋白质具有SEQ IDNO:20,SEQ ID NO: 80,SEQ ID NO: 192、SEQ ID NO: 282,SEQ ID NO: 547,SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557, SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:1216, SEQ ID NO:1261 的氨基酸序列或其片段。
20.权利要求19的分离的第一种蛋白质，其与所述第二种蛋白质具有至少95%序列同一性。
21.权利要求17的片段，其中所述片段是从具有SEQID NO:20、SEQ ID NO:80、SEQ IDNO: 192、SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO:557、或 SEQ ID NO:598的氨基酸序列的多肽中分离的CHAP结构域。
22.一种从细菌噬菌体 F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10 或F125/10中分离的尾蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有与它所分离自的细菌噬菌体相关的生物活性。
23.权利要求22的分离的尾蛋白质或其片段、变体或衍生物，所述蛋白质具有下述氨基酸序列:SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO:180、SEQ ID NO: 183,SEQ ID NO:185、SEQ ID NO: 190,SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252,SEQ ID NO:254,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496,SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQID NO:789,SEQ ID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250、或SEQ ID NO:1266，所述片段、变体或衍生物具有与它所分离或衍生自的细菌噬菌体相关的生物活性。
24. —种与相同大小的第二种蛋白质具有至少85%序列同一性的分离的第一种蛋白质，其中所述第一种蛋白质具有与细菌噬菌体F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/085、F44/10或F125/10相关的生物活性，并且所述第二种蛋白质具有SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs:32-35、SEQ ID NO:180、SEQ IDNO:183, SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:.235、SEQ ID NOs:239-245,SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:.254,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545,SEQ IDNO:549, SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:.796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060,SEQ ID NO:1077, SEQ ID N0:1217、SEQ ID N0:1250、或 SEQ ID NO: 1266 的氨基酸序列或其片段。
25.权利要求24的分离的第一种蛋白质，其与所述第二种蛋白质具有至少95%序列同一性。
26.—种药物组合物，其包含权利要求17或22的分离的蛋白质和药学可接受的载体。
27.权利要求26的药物组合物，其包含具有SEQID NO: 20、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO:.15、SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32-35, SEQ ID NO:789, SEQID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs:.1053-1060的氨基酸序列的分离的蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对肺炎克雷伯氏菌的抗菌或抗微生物活性，所述药物组合物进一步包含针对肺炎克雷伯氏菌有效的一种或多种细菌噬菌体或另外蛋白质。
28.权利 要求26的药物组合物，其包含具有SEQID NO: 20、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO:.15、SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32-35, SEQ ID NO:789, SEQID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs:.1053-1060的氨基酸序列的分离的蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对肺炎克雷伯氏菌的抗菌或抗微生物活性，所述药物组合物进一步包含针对除了肺炎克雷伯氏菌外的细菌有效的一种或多种细菌噬菌体或另外蛋白质。
29.权利要求26的药物组合物，其包含具有SEQID NO:192、SEQ ID NO:180、SEQ IDNO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NO:190的氨基酸序列的分离的蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对鲍氏不动杆菌的抗菌或抗微生物活性，所述药物组合物进一步包含针对鲍氏不动杆菌有效的一种或多种细菌噬菌体或另外蛋白质。
30.权利要求26的药物组合物，其包含具有SEQID NO:192、SEQ ID NO:180、SEQ IDNO:183, SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:190的氨基酸序列的分离的蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对鲍氏不动杆菌的抗菌或抗微生物活性，所述药物组合物进一步包含针对除了鲍氏不动杆菌外的细菌有效的一种或多种细菌噬菌体或另外蛋白质。
31.权利要求26的药物组合物，其包含具有SEQID NO:282、SEQ ID NO:231、SEQ IDNO:232, SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ IDNO:252,SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496 的氨基酸序列的分离的蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对大肠杆菌的抗菌或抗微生物活性，所述药物组合物进一步包含针对大肠杆菌有效的一种或多种细菌噬菌体或另外蛋白质。
32.权利要求26的药物组合物，其包含具有SEQID NO:282、SEQ ID NO:231、SEQ IDNO:232, SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ IDNO:252,SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496 的氨基酸序列的分离的蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对大肠杆菌的抗菌或抗微生物活性，所述药物组合物进一步包含针对除了大肠杆菌外的细菌有效的一种或多种细菌噬菌体或另外蛋白质。
33.权利要求26的药物组合物，其包含具有SEQID NO ;547、SEQ ID NO:556、SEQ IDNO:557, SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551 的氨基酸序列的分离的蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对铜绿假单胞菌的抗菌或抗微生物活性，所述药物组合物进一步包含针对铜绿假单胞菌有效的一种或多种细菌噬菌体或另外蛋白质。
34.权利要求26的药物组合物，其包含具有SEQID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQ IDNO:557, SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551 的氨基酸序列的分离的蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对铜绿假单胞菌的抗菌或抗微生物活性，所述药物组合物进一步包含针对除了铜绿假单胞菌外的细菌有效的一种或多种细菌噬菌体或另外蛋白质。
35.权利要求26的药物组合物，其包含具有SEQID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ IDNO:686, SEQ ID NO:1216、SEQ ID NO:126USEQ ID NO:1077,SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250、或SEQ ID NO:1266的氨基酸序列的分离的蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对金黄色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性，所述药物组合物进一步包含针对金黄色葡萄球菌有效的一种或多种细菌噬菌体或另外蛋白质。
36.权利要求26的药物组合物，其包含具有SEQID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ IDNO:686,SEQ ID NO:1216,SEQ ID NO: 126KSEQ ID NO:1077,SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250、或SEQ ID NO:1266的氨基酸序列的分离的蛋白质或其片段、变体或衍生物，其具有针对金黄色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性，所述药物组合物进一步包含针对除了金黄色葡萄球菌外的细菌有效的一种或多种细菌噬菌体或另外蛋白质。
37.一种药物组合物，其包含选自 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08, F170/08, F168/08, F770/05 和 F1245/05 的至少四种噬菌体。
38.权利要求37的药物组合物，其中所述组合物包含选自F44/10、F391/08、F387/08、F488/08、F510/08和/或F770/05的至少四种噬菌体。
39.权利要求38的药物组合物，其中所述组合物包含F44/10。
40.权利要求37、38或39的药物组合物，其中所述组合物包含F394/08和/或F1245/05。
41.权利要求37、38或39的药物组合物，其中所述组合物配制用于局部应用。
42.一种分离的核酸，其包含编码权利要求17或22的蛋白质的核苷酸序列。
43.—种治疗或预防有此需要的受试者中的细菌感染的方法,其包括给所述受试者施用治疗量的权利要求2、26或37的药物组合物。
44.权利要求43的方法，其中所述细菌感染是通过肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌中的一种或多种的感染。
45.权利要求43的方法，其中所述细菌感染是通过除了肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌外的细菌的感染。
46.权利要求43的方法，其中所述感染是医院内感染。
47.权利要求43的方法，其中所述治疗的感染是皮肤的感染。
48.权利要求47的方法，其中所述治疗的皮肤感染是糖尿病足溃疡。
49.权利要求43或48的方法，其中所述组合物局部施用。
50.权利要求43的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
51.权利要求50的方法，其中所述哺乳动物是人。
52.一种用于诊断细菌感染的成因剂的方法，其包括 (i)培养来自患者的组织样品； (?)使步骤(i)的培养物与权利要求1、17或22的细菌噬菌体或蛋白质接触； (iii)监控所述培养物生长和/或裂解的证据 其中所述培养物裂解的证据指示所述培养物包含已知对步骤(ii)中使用的细菌噬菌体或多肽敏感的细菌物种或菌株。
53.权利要求52的方法，其中所述组织样品是从所述患者中收集的血液、尿、组织活组织检查或拭子的样品。
54.—种用于减少或抑制细菌在表面上的定殖或生长的方法,其包括使所述表面与权利要求1、17或22的细菌噬菌体或多肽接触。
55.权利要求54的方法，其中所述表面是哺乳动物的皮肤或粘膜。
56.权利要求55的方法，其中所述哺乳动物是人。
57.权利要求54的方法，其中所述表面是医院仪器或医院设备部分的表面。
58.权利要求57的方法，其中所述仪器或设备是手术仪器或外科设备的部分。
【文档编号】C12N7/00GK103732235SQ201180054190
【公开日】2014年4月16日 申请日期:2011年9月19日 优先权日:2010年9月17日
【发明者】M·A·达科斯塔加西亚, C·J·索萨德圣若泽, C·I·罗德里格斯莱安德罗, F·M·罗德里格斯帕达尔迪亚斯安徒内斯玛卡尔达希尔瓦, A·R·玛汀斯巴波萨 申请人:药物技术业制药技术股份有限公司, 抗菌技术,生物技术研究与发展股份有限公司