一种用于辅助大肠癌靶向治疗的生物芯片的制作方法
【专利摘要】本发明公开了一种用于辅助大肠癌靶向治疗的生物芯片。同时，本发明还公开了上述生物芯片的使用方法以及生物芯片检测样品的制备方法。本发明可同时检测多个基因位点，比传统单一检测K-RAS突变芯片性能优异，更能准确地预测疗效。爱必妥对大肠癌治疗的缓解率可从36%提高至41%，疾病控制率从76%提高至82%；同时本发明使用免疫微阵列检测具有耗时短、灵敏度高、准确率高、高通量及单个成本低的优势。
【专利说明】—种用于辅助大肠癌靶向治疗的生物芯片
【技术领域】
[0001]本发明属于生物医药领域，具体涉及一种用于辅助大肠癌靶向治疗的生物芯片以及该生物芯片的使用方法和检测样品的制备方法。
【背景技术】
[0002]目前主要通过KRAS基因分型来辅助大肠癌靶向治疗。KRAS基因分型可以显著提高在标准一线化疗基础上加用爱必妥对大肠癌治疗的缓解率，而且患者的总生存期也明显得到延长。但是，研究表明即使通过KRAS基因分型获得的KRAS野生型的患者中，仍然有64%以上的患者得不到有效缓解。其缺点主要有:1、单一 KRAS分型对指导大肠癌靶向治疗准确性低；2、通过聚合酶链反应普通基因型分析存在比较耗时、灵敏度低、准确率有限、同时在有限样品的情况下，检测DNA突变位点数目有限、成本高的问题。
【发明内容】
[0003]发明目的:本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供一种用于辅助大肠癌靶向治疗的生物芯片。
[0004]本发明的另一目的在于提供上述生物芯片的使用方法。[0005]本发明的第三个目的在于提供上述生物芯片检测样品的制备方法。
[0006]技术方案:为了达到上述目的，本发明具体是这样来实施的:一种用于辅助大肠癌靶向治疗的生物芯片，检测的突变位点包括:KRASc.(34G>T ；34G>A ；34G>C ；35G>T ；35G>C ；35G>A ；38G>A ；38G>C ；38G>T ；175G>A ；181C>A ；181C>G ；181C>T ；182A>T ；182A>G ；182A>C ；183A>C ；183A>T ；436G>A) ；BRAFc.(1799T>A ；1801A>G ；1742A>G ；1397G>T ；1406G>T ；1397G>A ；1405G>A) ；NRASc.(34G>T ；34G>A；34G>C ；35G>A ；37G>C ；37G>A ；37G>T；181C>A；181C>G；182A>G ；182A>C ；182A>T ；183A>C ；183A>T) ；PIK3CAc.(3012G> ；3019G>C;3139C>T ；3140A>G ；3140A>T ；3145G>A ;3145G>C)。
[0007]其中，所述芯片同时检测48种基因位点。
[0008]上述生物芯片的使用方法，包括以下步骤:
[0009](I)样品DNA的活化；
[0010](2)探针与活化DNA的杂交；
[0011](3)位点特异性地延伸及连接反应；
[0012](4) PCR 扩增反应；
[0013](5) PCR产物与偶联检测探针的微珠反应；
[0014](6)发光检测。
[0015]上述生物芯片检测样品的制备方法，包括以下步骤:
[0016](I)取结肠癌病人的肿瘤组织；
[0017](2)提取结肠癌病人的肿瘤组织的DNA ；
[0018](3)利用权利要求1所述的生物芯片检测DNA突变；[0019](4)利用生物统计软件编制的程序进行数据分析。
[0020]其中，所述生物统计软件编制的程序为SAS生物统计软件编制的程序生存分析和COX回归方法分析，kaplan-meier方法分析大肠癌患者的无进展生存期及中位存活期。
[0021]有益效果:与传统技术相比，本发明可同时检测多个基因位点，比传统单一检测K-RAS突变芯片性能优异，更能准确地预测疗效。爱必妥对大肠癌治疗的缓解率可从36%提高至41%，疾病控制率从76%提高至82% ;同时本发明使用免疫微阵列检测具有耗时短、灵敏度高、准确率高、高通量及单个成本低的优势。
【具体实施方式】
[0022]实施例1:比较不同分型方法对在标准一线化疗基础上加用爱必妥对大肠癌治疗的缓解率。与单一 KRAS分型相比较，本发明多位点分型可提高爱必妥对大肠癌个体化治疗的缓解率。
[0023]
【权利要求】
1.一种用于辅助大肠癌靶向治疗的生物芯片，其特征在于，检测的突变位点包括:KRASc.(34G>T ；34G>A ；34G>C ；35G>T ；35G>C ；35G>A ；38G>A ；38G>C ；38G>T ；175G>A ；181C>A ；181C>G ；181C>T ；182A>T ；182A>G ；182A>C ；183A>C ；183A>T ；436G>A) ；BRAFc.(1799T>A ；1801A>G ；1742A>G ；1397G>T ； 1406G>T ；1397G>A ； 1405G>A) ；NRASc.(34G>T ；34G>A ；34G>C ；35G>A ；37G>C ；37G>A ；37G>T ；181C>A ；181C>G ；182A>G ；182A>C ；182A>T ；183A>C；183A>T) ；PIK3CAc.(3012G> ；3019G>C;3139C>T；3140A>G ；3140A>T ；3145G>A ；3145G>C)。
2.根据权利要求1所述的用于辅助大肠癌靶向治疗的生物芯片，其特征在于，芯片同时检测48种基因位点。
3.权利要求1或2所述用于辅助大肠癌靶向治疗的生物芯片的使用方法，其特征在于，包括以下步骤: (1)样品DNA的活化； (2)探针与活化DNA的杂交； (3)位点特异性地延伸及连接反应； (4)PCR扩增反应； (5)PCR产物与偶联检测探针的微珠反应； (6)发光检测。
4.根据权利要求1或2所述用于辅助大肠癌靶向治疗的生物芯片检测样品的制备方法，其特征在于，包括以下步骤: (1)取结肠癌病人的肿瘤组织； (2)提取结肠癌病人的肿瘤组织的DNA； (3)利用权利要求1所述的生物芯片检测DNA突变； (4)利用生物统计软件编制的程序进行数据分析。
5.根据权利要求4所述的检测样品的制备方法，其特征在于，所述生物统计软件编制的程序为SAS生物统计软件编制的程序生存分析和COX回归方法分析，kaplan-meier方法分析大肠癌患者的无进展生存期及中位存活期。
【文档编号】C12Q1/68GK103695535SQ201310558245
【公开日】2014年4月2日 申请日期:2013年11月12日 优先权日:2013年11月12日
【发明者】吴兴新 申请人:吴兴新