Stac2基因及其编码蛋白在抑制盆腔脱垂中的应用_2

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] 排除标准:同POP组
[0045] 盆腔器官脱垂定量分期法(Pelvic Organ Prolapse Quantitation,P0P-Q):利用 阴道顶端、阴道前后壁上的2个解剖指示点与处女膜的关系来界定盆腔器官的脱垂程度, 分为0-IV度。检查时所有患者取截石位,并做最大Valsalva动作。
[0046] 0度表示没有脱垂;
[0047]I度表示脱垂最远端在处女膜内,距离处女膜>1cm处;
[0048] II度表示脱垂最远端在处女膜边缘的1cm内,不论内外;
[0049] III度表示脱垂最远端在处女膜外,距离处女膜边缘> 1cm,但小于(阴道总长 度-2cm);
[0050] IV度表示阴道完全或几乎完全脱垂,脱垂最远端多(阴道总长度-2cm)。
[0051] 实施例2高通量测序及分析
[0052] 对组织进行RNA提取,RNA提取后琼脂糖凝胶电泳,从电泳结果可以初步判定提取 的RNA样品质量合格与否,是否可以用于进一步的转录组分析。进而通过NanoDroplOOO分 光光度计检测RNA样品的提取情况,RNA-seq测序的样品要求:0D260/0D280为1. 8-2. 2。
[0053] 测序平台为Illumina公司的HiSeq 2500高通量测序平台,进行高通量转录 组深度测序,测序后我们运用 Fast-QC (http: //www. bio informatics, babraham. ac. uk/ projects/fastqc/)软件对测序数据的质量进行整体评估,包括碱基的质量值分布,质量值 的位置分布,GC含量,PCR duplication含量,kmer的frequency等。在差异基因表达分析 时,根据得到的FPKM值,采用国际公认算法EBSeq进行差异筛选。其中,筛选时,L0G2FO1 或〈-1,FDR〈0. 05。为了更好的理解差异表达基因的功能,我们对差异表达基因进行了 Gene Onlogy和信号通路分析,并对差异表达基因进行功能注释和蛋白质互相作用网络分析,鉴 于以上数据分析的结果,结合文献我们筛选了差异表达基因STAC2。
[0054] 实施例3盆腔脱垂患者及对照的宫骶韧带组织STAC2基因表达情况
[0055] 一、材料和方法
[0056]1、材料
[0057] 选取35例盆腔脱垂患者宫骶韧带组织及5例对照宫骶韧带组织,对其进行分组及 编号。对照组为开腹或阴式子宫全切除术的妇科良性疾病患者,经阴道检查排除盆腔器官 脱垂,无尿失禁症状。35例盆腔脱垂患者中17例为II度、8例III度、10例为IV度。
[0058]2、方法
[0059] 2. 1盆腔脱垂患者及对照的宫骶韧带组织总RNA的提取
[0060] 米用 TRteol# Reagent (invitrogen,货号 15596-018)进行样本 RNA 提取,实验操 作按产品说明书进行,具体操作如下:
[0061] 收集样本后冻存于液氮,取出后把组织放入已预冷的研钵中进行研磨,待组织样 本成粉末状后:
[0062] ①加入Trizol,室温保存5分钟;
[0063] ②加氯仿〇? 2ml,用力振荡尚心管,充分混勾,室温下放置5分钟-10分钟;
[0064] ③12000rpm高速离心15分钟后吸取上层水相(吸70% )到另一新离心管管中, 注意不要吸到两层水相之间的蛋白物质。移入新管,加入等体积的-20°C预冷异丙醇,充 分颠倒混匀,置于冰上10分钟;
[0065] ④12000rpm高速离15分钟后小心弃掉上清液,按I ml/ml Trizol的比例加入 75% DEPC乙醇洗漆沉淀(4°C保存),洗漆沉淀物,振荡混合,4°C下12000rpm高速离心5分 钟;
[0066] ⑤弃去乙醇液体,室温下放置5分钟以充分晾干沉淀,加入DEPC处理过的水溶解 沉淀;
[0067] ⑥用Nan〇dr〇p2000紫外分光光度计测量RNA纯度及浓度,冻存于-70°C。RNA质 量判定标准:RNA样本的0D260/0D280值为1. 7-2. 2之间;总RNA电泳图谱有清晰的28S、 18S条带;70°C水浴保温1小时后的电泳图谱与水浴保温前的图谱无明显差异。
[0068] 2. 2逆转录合成cDNA
[0069] 米用 Superscript? niReverse Transcriptase (invitrogen,货号18〇8〇-〇44)进 行cDNA反转录,实验操作按产品说明书进行,具体操作如下:
[0070] 使用逆转录试剂盒,用逆转录缓冲液对1 y g总RNA进行逆反录合成cDNA。采用 25 y 1反应体系,每个样品取1 y g总RNA作为模板RNA,在PCR管中分别加入以下组分:
[0071] 5X 逆转录缓冲液 5 y 1,10mmol/l dNTP 1. 25 y 1,0. lmmol/1 DIT 2. 5 y 1, 30ymmol/l OligodT 2yl,200U/yl MMLV 1.25yl,模板 RNA lyg,加入灭菌水至总体系 25 y 1。42°C孵育1小时,72°C 10分钟,短暂离心。cDNA保存放-20°C冰箱备用。
[0072] 2. 3Real-Time PCR
[0073] 2. 3. 1仪器及分析方法
[0074] 用ABI 7500型荧光定量PCR仪,采用2-A ACT法进行数据的相对定量分析。
[0075] 2. 3. 2引物设计
[0076]采用在线引物设计软件,基因序列参照NCBI:NM_198993. 3 (STAC2),内参选 GAPDH,引物设计后由invitrogen公司合成。具体引物序列如下:
[0077] 表1引物序列
[0078]
[0079] 操作过程如下:
[0080] ( 一)反应体系:用 Power Green PCR Master Mix(invitrogen,货号 4367659)进行扩增,实验操作按产品说明书进行。扩增程序为:95° 5min,(95°C15sec, 6(TC 45sec) X40 个循环。
[0081] 表2 RealTime反应体系
[0082]
[0083](二)引物筛选
[0084] 将各样本cDNA混合后,以此为模板进行5倍梯度稀释,稀释后样品各取2 y 1作模 板,分别用目的基因引物和内参基因引物进行扩增,同时在60_95°C进行融解曲线分析,根 据扩增效率高和溶解曲线单峰原则进行引物筛选。
[0085] (三)样品 RealTimePCR 检测
[0086] 将各样品cDNA 10倍稀释后取2 y 1作模板,分别用目的基因引物和内参基因引物 进行扩增。同时在60_95°C进行溶解曲线分析。
[0087] 二、实验结果
[0088] 实时定量PCR扩增曲线拐点清楚,扩增曲线整体平行性好,表明各反应管的扩增 效率相近,极限平而无上扬现在,曲线指数期斜率较大,说明扩增效率较高;样本扩增产物 溶解曲线都是单峰,说明扩增产物只有一条,为特异性扩增;根据qRT-PCR的相对定量公 式:2_ A Ct X 100%,比较STAC2基因在盆腔脱垂组织和对照组织中的表达水平。结果显示: qRT-PCR扩增结果稳定,其中STAC2基因在盆腔脱垂组织中的表达水平低于对照组织3倍 多,以上结果验证了高通量转录组表达数据的整合分析STAC2基因在盆腔脱垂患者中低表 达的结果。
[0089] 实施例4宫骶韧带成纤维细胞的原代培养、纯化、传代
[0090] 一、细胞的原代培养
[0091] (1)将组织标本放平皿中,PBS冲洗3遍,眼科剪剪碎;
[0092] (2)37°C 5%二氧化碳孵箱中,1% I型胶原酶1ml消化剪碎组织2h;
[0093] (3)将含有细胞的消化液转入无菌15ml离心管,离心,40C,1500rpm,5min;
[0094] (4)弃上清液后,将离心管底部含有细胞的悬液用吸管吹匀后转移到25cm 2培养 瓶,静止0. 5h后加入含15%胎牛血清(FBS)的M199培养基5ml,放入37°C 5%二氧化碳孵 箱中进行原代细胞培养,次日更换培养基;
[0095](5)每隔3d换液一次:弃旧培养基,PBS冲洗1遍,加入含15% FBS的M199新鲜 培养基5ml ;
[0096] (6)常规倒置显微镜下观察细胞的形态及生长情况;
[0097] (7)当生长的细胞铺满瓶底70% -80%时,采用差时贴壁法对培养出的宫骶韧带 细胞进行纯化。
[0098] 二、细胞的纯化
[0099] (1)在超净台上,将原培养基弃去,用PBS 2ml洗两次,弃去,加入0. 25 % Trypsin-0. 02% EDTA lml,37°C 5%二氧化碳孵箱中消化 1-2 分钟;
[0100] (2)在常规倒置显微镜下观察,出现大部分细胞变圆变悬浮后,加入1ml的含15% FBS的M199培养基,轻轻摇晃以中和0. 25% Trypsin-0. 02% EDTA ;
[0101] (3)将混合液吸至无菌的15ml离心管中,1500rpm,4°C离心5min,弃上清,加入含 15% FBS的M199培养基3ml,用吸管轻轻吹打,混匀细胞后,接种于新的25cm2培养瓶中, 放入37°C 5%二氧化碳孵箱中0. 5h,后弃培养基,贴壁快的细胞(成纤维细胞)留在瓶壁 上,贴壁慢的细胞(平滑肌细胞)随着培养基被弃掉,再加入新的培养基放入孵箱中继续培 养;
[0102] (4)每隔3d换液一次:弃旧培养基,PBS冲洗1遍,加入含15% FBS的M199新鲜 培养基5ml ;
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