一种SNP位点检测溶液体系及试剂盒的制作方法

本发明涉及基因工程技术领域，特别地，涉及一种适用于snp位点检测的溶液体系。

背景技术：

单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，snp)是指由于单个核苷酸的变异而引起基因组水平上的dna序列多态性，形式包括单碱基的缺失、插入、转换及颠换等。一般而言，上述形式中最少一种等位基因在群体中的频率不小于1％，但在某种特殊情况下(如cdna中)也可以小于1％。1个snp在基因组某个位点上有单个核苷酸的变化，主要由两种形式出现：一种是单个基因的转换引起的，即以一种嘧啶置换另一种嘧啶或一种嘌呤置换另一种嘌呤；另外一种形式就是颠换、即嘌呤与嘧啶互换。从原理上分析，突变处的碱基可以是c、g、a、t，而实际上snp多发生在t和c之间。人类遗传基因的多态性在遗传信息上的本质表现，90％以上是由snp所引起的。因为其多肽信息量大，目前已成为继限制性片段长度多态性(rflp)标志和微卫星即短串联重复(str)标志后的第三代遗传标志。

从基础医学到临床医学的各个领域，snp都存在巨大的应用价值。snp的研究为基因诊断，尤其是疾病的早期诊断提供更多依据有重要意义。snp由于其分布广、密度高而被期望在诸如癌症、糖尿病、高血压、忧郁症和哮喘等复杂疾病的研究中起重要作用，这些复杂疾病是多个遗传变异位点与环境因子共同作用的结果，由于发病原因复杂，涉及的基因数量多，已成为国际上疾病基因组学研究的重点。目前已有实验将snp应用于肿瘤预后及易感性的判断，例如肺癌致癌物的易感性存在个体差异，即肺癌的基因易感性，研究较多的是代谢酶基因多态性。

snp检测方法的研究是研究疾病发生相关snp的前提和基础。snp的检测方法与核酸序列测定不同，它需要检测出基因组dna中某一特定核苷酸位置上转换、颠换、插入或缺失碱基的变化，对检测的灵敏度、通量以及准确性等都有极高的要求，检测方法比一般的dna测序更为复杂和烦琐。截至目前已报导的snp检测方法约有70种之多，而如何做到花费更少的成本而达到检测目的成为了各基因检测公司研发的方向。目前，几乎全部的snp检测试剂盒体中，仅pcr反应液就达到10μl体系，虽然单个试剂盒的溶液量较小，但基于基因检测领域庞大的基数而言，依然存在因为检测溶液的体系总量略大，而造成原料浪费的问题。

技术实现要素：

本发明提供了一种snp位点检测溶液体系，以解决现有技术中snp位点检测溶液量消耗较大的问题。

为实现上述目的，本发明提出了一种snp位点检测溶液体系，包括：与待检测snp位点相适配的引物、dna模板、探针，以及pcr扩增液；且所述snp位点检测溶液体系的总体积为8μl。

所述引物包括适用于不同待检测snp位点的正引物和反引物。

所述pcr扩增液包括taq酶、dntp混合液、mgcl2溶液、pcr反应缓冲液和去离子水。

具体的，所述的snp位点检测溶液体系，包括如下含量组分：

具体的，所述的snp位点检测溶液体系，包括如下含量组分：

所述正引物和所述反引物的浓度比为1：5-5：1。

本发明还公开了所述的snp位点检测溶液体系用于制备snp位点检测试剂盒的用途。

本发明还公开了一种snp位点检测试剂盒，包括所述的snp位点检测溶液体系，以及盒体。

本发明还公开了一种检测snp位点的方法，即使用所述的试剂盒进行检测。

有益效果：

本发明所述snp位点检测溶液体系，在现有检测体系的基础上，通过调整各成分的比例含量，将溶液体系由原来的10μl体系缩减到了8μl体系，减小溶液体系总量20％，即减少了20％的原料消耗，达到节省生产成本的目的，同时，优化后的检测溶液体系能够准确、快速的完成snp位点的检测之用。

附图说明

图1为本发明mix1体系的snp位点检测结果示意图；

图2为是本发明mix2体系的snp位点检测结果示意图；

图3-5为本发明mix1体系的另一种snp位点检测结果示意图；

图6为现有mix3体系的snp位点检测结果示意图。

具体实施方式

为使本发明的上述目的、特征和优点能够更加明显易懂，下面结合附图和具体实施方式对本发明作进一步详细的说明。

为了证实该体系的优点，本实验选取3个基因上的位点，利用lc480仪器进行检测。

实施例1

本实施例所述的snp位点检测溶液体系适用于华法林药物检测cyp2c9基因上的snp位点rs1799853的检测，具体包括如下含量组分(记为mix1)：

其中：

所述正引物的序列结构为agcaatggaaagaaatggaagg；

反引物的序列结构为agtaaggtcagtgatatggagtag；

探针的序列结构为5’-fam-tgaacacggtcctcaatgctc-3’bhq1；

dna模板为5ng/μl的人体dna稀释液。

上述溶液体系加适当盒体，即可制得试剂盒，方便使用。

利用上述检测溶液体系对所述基因的snp位点进行检测，其实验检测结果如图1所示(temperature/℃，同下)，可见，基因型cc，峰型很标准，没有杂峰干扰，完全不影响基因型的判别。

实施例2

本实施例所述的snp位点检测溶液体系适用于aloe基因上的snp位点rs7412的检测，具体包括如下含量组分(记为mix2)：

其中：

所述正引物的序列结构为ctgcgtaagcggctcctc；

所述反引物的序列结构为gctgcccatctcctccatc；

所述探针的序列结构为5’-hex-tgacctgcagaagcgcctggc-3’bhq1；

所述dna模板为5ng/μl的人体dna稀释液。

利用上述检测溶液体系对所述基因的snp位点进行检测，其实验检测结果如图2所示，可见，其基因型为ct，峰型也很标准，没有杂峰干扰，完全不影响基因型的判别。

对比例

为了证实该体系改变后的优劣，本试验设置对比例，与其中的mix1体系为例，进行技术效果的优势验证。

所述对比例的snp位点检测溶液体系适用于mthfr基因上的snp位点rs1801131的检测，为采用现有技术已知检测体系进行，具体包括如下含量组分(记为mix3)：

其中：

所述正引物的序列结构为gactactacctcttctacctgaa；

所述反引物的序列结构为cactccagcatcactcact；

所述探针的序列结构为5’-hex-ccagtgaagcaagtgtctttg-3’bhq1；

所述dna模板为5ng/μl的人体dna稀释液。

同时以上述实施例1中的mix1体系利用相同结构的引物进行snp位点的检测，并利用体系mix1与体系mix3进行如下对比。

采用mix1体系，分别对任意3个人的snp位点rs1801131进行检测，实验结果分别见图3-5。由结果可见，图3结果为纯合基因型aa，图4结果为纯合基因型cc，图5为杂合基因型ac，上述各结果中，显示峰型均很标准，完全不影响实验结果判别，说明本发明所述检测溶液体系的优越性。

采用现有溶液体系mix3，以其中图3所示结果的人的snp位点检测的结果为例，检测结果如图6所示，可见，虽然也能判该位点基因型为aa，但其峰图效果与采用优化的mix1体系检测的图3相比，相差较大，说明本发明优化的检测溶液体系能够准确、快速的完成snp位点的检测之用，且检测结果稳定，溶液体积较小，优势明显。

以上对本发明实施例进行了详细介绍，本文中应用了具体个例对本发明的原理及实施方式进行了阐述，以上实施例的说明只是用于帮助理解本发明的方法及其核心思想；同时，对于本领域的一般技术人员，依据本发明的思想，在具体实施方式及应用范围上均会有改变之处，综上所述，本说明书内容不应理解为对本发明的限制。