确定细胞样品中靶核酸存在或不存在的方法_2

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C)作为参比。
[0040] 图15 :样品酸化和稀释的影响。显示的HPV测定结果(RLU/CO)是将未稀释的、水 或醋酸稀释的样品进行手动AXpH-direct方案时洗脱液部分的结果。利用PEI改性珠。手 动转换(MC)作为参比。
[0041] 图16 :优化珠的量I。显示的HPV测定结果(RLU/CO)是应用不同体积的PEI改性 珠悬浮液的洗脱液部分的结果。手动转换(无珠)作为参比。
[0042] 图17 :优化珠的量II。显示的HPV测定结果(RLU/C0)是应用不同体积的PEI改 性珠悬浮液的洗脱液和上清液部分的结果。手动转换(MC)作为参比。
[0043] 图18 :细胞培养物对照的结合。显示的HPV测定结果(RLU/C0)是应用不同体积 的PEI改性珠悬浮液时,洗脱液和上清液部分的结果。SiHa和HeLa细胞用作样品。手动转 换(MC)作为参比。
[0044] 图19a)和b):干扰物质。显示的所得HPV测定结果(RLU/C0)是向样品添加各种 干扰物质(CJ =避孕胶冻,LJ =润滑剂胶冻,AC =抗真菌药膏,CS =避孕杀精剂,D =冲洗 剂)并应用AXpH-direct方法的。无干扰的相应样品作为参比(w/olnh)。
[0045] 图20 :检出限。显示的所得HPV测定结果(RLU/CO)是使用HPV阳性临床库(库, 稀释液1-5)的样品的不同稀释液并采用手动转换(MC)或AXpH-direct方法的结果。对于 每一稀释液,可以从右侧的表格看出检测为阳性的阳性临床库样品。HPV阴性临床库(阴性 库)作为对照。
[0046] 图21 :细胞构成(cellularity)对细胞结合的影响。显示的所得HPV测定结果 (RLU/CO)是使用HPV阳性临床库的样品的不同稀释液(8x-l/128x)并应用手动转换(MC) 或自动化AXpH-direct方法的结果。HPV阴性临床库(阴性库)作为对照。
[0047] 图22 :洗脱体积的影响。显示的所得HPV测定结果(RLU/CO)是为洗脱应用不同 体积STM/DNR时的结果。手动转换(MC)作为参比。
[0048] 图23 :样品输入体积的影响。显示的所得HPV测定结果(RLU/CO)是使用不同体 积的样品输入时的结果。利用两个不同临床库的样品(库1和库2)。使用AXpH珠,手动转 换(MC)作为参比。
[0049] 图24 :利用PEI改性珠以制备PRESERVCYT?:样品。显示的所得HPV HC测定结 果(RLU/CO)是两个不同的HPV阳性临床库(库1和库2)的结果。手动转换(MC)与2. Oml 样品输入用作参比。
[0050] 图25 :pei改性珠(Preservcytr样本)的结合效率分析。显示的所得HPVHC 测定结果(RLU/CO)是应用不同体积珠悬浮液(珠体积)时,临床库样品的上清液部分和洗 脱液部分的结果。手动转换(MC)与2.0毫升样品输入用作参比。
[0051] 图26 :自动样品制备I ( PR ES ERVC YT?祥本)的珠用量微调。显示的所得HPV HC测定结果(RLU/CO)是应用不同体积的PEI改性珠悬浮液(珠体积)时,HPV低阳性SiHa 细胞(顶部)以及HeLa细胞培养物(底部)的样品的结果。手动转换(MC)与2. 0毫升的 样品输入用作参比。
[0052] 图27 :自动样品制备II ( PRESERVCYTli.样本)的珠用量微调。显示的所得HPV HC测定结果(RLU/CO)是应用不同体积的PEI改性珠悬浮液(珠体积)时,HPV中等/高阳 性SiHa细胞(顶部)以及HeLa细胞培养物(底部)的样品的结果。手动转换(MC)与2.0 毫升的样品输入用作参比。
[0053] 图28 :自动样品制备III ( PRESERVCYT?样本)的珠用量微调。显示的所得 HPV HC测定结果(RLU/CO)是应用不同体积的PEI改性珠悬浮液(珠体积)时,HPV高(顶 部)、中等(中间)以及低(底部)阳性临床库的样品的结果。手动转换(MC)与2.0毫升 的样品输入用作参比。
[0054] 图 29 :自动 AXpH-direct 方法(AXpH)和 RCS (快速捕获系统)(PRESER VCYT& 样本)之间的关系。显示的所得HPV HC测定结果(RLU/C0)是阴性和阳性临床库的样品以 及SiHa细胞培养物样品的结果。HC 2.0测定的执行有所不同。手动转换(MC)与2.0毫升 的样品输入用作参比。
[0055] 图30 :参考HPV HC测定结果(PRESERVCYT?:样本),与手动转换(MC)的 一致性。显示的HPV测定结果是394个独立品的重复结果。为在手动转换(MC)和自动 AXpH-direct方案之间作比较,将各RLU/C0值绘制成一 x-y图。r2是相关系数。
[0056] 图31 :通过提高样品输入量(PRESERVCYTli样本)来增强HPV HC测定灵敏 度。显示的所得HPV测定结果(RLU/C0)是应用不同体积的样品输入时,Caski细胞培养物 的样品和低阳性临床库的样品的结果。手动转换(MC)作为参比。
[0057] 图32a和b :手动转换与AXpH-direct方法的2X2和散点图分析(Scatter plots analysis)。分析了 Prequot SUR.EPATH?样品。
[0058] 图33a和b:手动转换与AXpH-direct方法的2X2和散点图分析。分析了残留 Prequot SUREPATH?样品。
[0059] 发明详述
[0060] 本发明提供一种方法,该方法能够利用阴离子交换表面收集细胞来制备细胞以供 后续靶核酸检测。该方法可用于,例如,实验室研宄和临床诊断目的,包括但不限于病原性 生物或病毒的检测和鉴定,对特定疾病的遗传易感性检测以及用于肿瘤或其他疾病的诊断 领域。尤其是,它可以用于病毒检测领域,特别是HPV的检测。
[0061] 根据第一方面,本发明提供测定细胞样品中靶核酸存在或不存在的方法,所述方 法包括:
[0062] a)在适合于诱导细胞与表面结合的条件下,将含有阴离子交换部分的表面与液体 细胞样品接触;
[0063] b)将含有结合细胞的表面与剩余样品分离以便收集细胞;
[0064] c)从所述细胞释放核酸;
[0065] d)在靶核酸与该靶核酸的特异性探针之间产生杂交体;
[0066] e)检测所述杂交体的存在或不存在。
[0067] 下文详细描述了每个单独的步骤、所使用的材料以及合适的和优选的实施方式。
[0068] 步骤 A)
[0069] 在步骤a)中,在适合于诱导细胞与所述表面结合的条件下,将细胞样品与包含阴 离子交换部分的表面接触。
[0070] 表面
[0071] 用于步骤a)的所述表面是固体或半固体,并且包含阴离子交换部分。本文所用的 术语"表面"尤其指在固相与液相接触时,固相中与液体接触的部分。固相提供的表面提供 (例如携带)阴离子交换部分。阴离子交换部分将在下文详细描述。合适的固相可以由选 自下组的材料制成,或者特别是可在它们的表面包含选自下组的材料:
[0072] -包含或由硅,例如二氧化硅和聚硅酸材料、石英、硼硅酸盐、硅酸盐、硅藻土或玻 璃构成的材料,
[0073] -包含以下聚合物或由以下聚合物构成的材料,例如聚(甲基)丙烯酸酯、聚氨酯、 聚苯乙稀(polystyrene)、聚苯乙稀(polystyrol)、聚丙稀酰胺、二乙稀基苯聚合物、苯乙 稀二乙稀基苯聚合物、聚乙稀、聚丙稀、聚偏二氟乙稀、聚丙稀腈、聚氯乙稀、聚丙稀酸醋、聚 丙烯酰胺、聚甲基丙烯酸酯或甲基丙烯酸甲酯聚合物;
[0074] -包含或由多糖,例如琼脂糖(agarose)、纤维素、葡聚糖或琼脂糖(凝胶) (sepharose)构成的材料;
[0075] -包含或由矿物质构成的材料;
[0076] -包含或由金属氧化物,例如氧化铝、氧化镁、氧化钛或氧化锆构成的材料;
[0077] -包含或由金属,例如金或铂构成的材料;和
[0078] -包含或由上述物质的衍生物构成的材料。
[0079] 此外,固相也可以包含多于一种的上述材料。优选地,含有阴离子交换部分的表面 至少由上述材料之一或它们的混合物构成。适合于阴离子交换层析的任何固相也可用作固 相以提供包含阴离子交换部分,例如用阴离子交换部分官能化的表面。
[0080] 固相的优选形式包括但不限于颗粒,例如珠、膜、过滤器、板、柱、容器和试纸条。根 据一实施方式,包含阴离子交换部分的表面由一容器提供,例如,容器的内表面旨在接收细 胞样品。表面的内表面或其各部分可以用阴离子交换部分作官能化,例如进行涂覆。可以 用阴离子交换部分作官能化的各容器的实例包括但不限于:微管和微板的孔。在该实施方 式中,细胞因所提供的阴离子交换部分而结合于容器(例如孔)的内表面,藉此易于从样品 收集细胞。
[0081] 根据优选的实施方式,表面可由固相提供,所述固相可作为悬浮液提供,并且可以 与液相分离。当与液相(例如基于含细胞液体的细胞学介质,其作为细胞样品实例)接触 时,含有阴离子交换部分的表面与液相接触以便进行细胞结合。含有阴离子交换部分的 表面优选由颗粒提供,所述颗粒在其表面包含阴离子交换部分。所述颗粒的平均尺寸可 以选自如下范围:l〇〇nm-50 μ m、200nm_40 μ m、300nm_35 μ m、400nm_30 μ m、450nm_25 μ m、 500nm_20 μ m、550nm_15 μ m、600nm_12· 5 μ m、650nm_10 μ m、700nm_7· 5 μ m、750nm_5 μ m、 800nm_3. 5 μ m、800nm_3 μ m、800_2, 5 μ m、800nm_2 μ m 和 800nm_l. 5 μ mD 相应尺寸,特别是 较小尺寸的颗粒易于操作并可以很好地重悬于细胞样品中,例如IOym或更小、7. 5 μπι或 更小,优选为5 μπι或更小、2. 5 μπι或更小、或1. 5 μπι或更小。此外,相应的小颗粒能提供较 大表面积,从而可以结合并因此可以从剩
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