确定细胞样品中靶核酸存在或不存在的方法_4

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子。它可以进一步包含杂原子,如氧、氮、硫、娃和卤素 (例如氟,氯,溴)原子,最好不超过4个,更优选不超过3个,不超过2个或不超过1个杂原 子。在优选的实施方式中,连接基团是稀径基(alkylene),特别是丙稀基(propylene)。
[0114] 根据一实施方式,为产生阴离子交换表面,将表面进行活化从而促进或使阴离子 交换部分能够偶联。优选进行化学活化。化学活化包括但不限于使用氧化试剂。根据一实 施方式(如果利用COOH基团作偶联,这是优选的),采用碳二亚胺,如EDC (1-乙基-3- (3-二 甲基氨基丙基)碳二亚胺)用于活化表面,特别是带有COOH基的表面。EDS是适用于偶联 胺的羧基活化剂,从而得到酰胺键。然而,EDC也可用于活化磷酸酯基。EDC可与N-羟基琥 珀酰亚胺(NHS),或磺基-NHS联用以提高偶联效率和/或产生稳定的胺反应活性产物。
[0115] 表面的额外官能化
[0116] 在某些实施方式中,除了阴离子交换基团,所述表面还包含额外的官能团。非限制 性的实例描述如下。所述官能团可由表面材料本身提供,例如酸性基团,如羧基(例如,如 果表面是由聚丙烯酸酯制成的),或各官能团可以由共价或非共价连接于该表面的配体来 提供。所述官能团可如本文中为阴离子交换部分所述施加于表面。
[0117] 根据一实施方式,所述官能团的PKa值为0至7的范围内,优选1至5。合适的例 子包括离子交换剂,特别是阳离子交换剂,优选酸性基团,如羧基。其它合适的基团包括甜 菜碱、磺酸根、膦酸根和磷酸根基。如本文所述,固相可包含羧基,以允许与阴离子交换部分 相连。当连接所述阴离子交换部分时,可选择阴离子交换部分的浓度,以便使得所述羧基的 至少一部分不与阴离子交换部分结合,因此,其中羧基是在表面处接触。
[0118] 根据一实施方式,所述表面包含惰性配体。尤其是,惰性配体在2-14、3-13、4-12 的PH值范围下是中性的或不带电荷的,优选为亲水性的。惰性配体可如本文中阴离子交换 部分所述连接于表面。优选地,惰性配体是有机部分,特别是烷基、烯基、炔基或芳族部分, 可以是直链、支链或环状的,并且其优选包含至少一个杂原子,如氧、氮、硫、硅和卤素(例 如氟、氯、溴)原子。惰性配体优选包含1-20个碳原子,更优选1-12、1-8、1-6、1-5、1-4、1-3 或1或2个碳原子,和至多4个,更优选至多3、至多2、或至多1个杂原子。特别优选的是 含有至少一个羟基,特别是至少2个羟基的惰性配体,如包含2, 3-二羟基丙基的配体。惰 性配体的具体实例为(2, 3-二羟基丙基)氧丙基。惰性配体可用于降低阴离子交换部分偶 联过程中连接于固相的阴离子交换部分的用量。因此,可以为固相的后续应用控制并调节 固相表面上的阴离子交换部分的密度。特别是,固相可包含的阴离子交换部分和惰性配体 的比率为约1:1至约1:10,优选约1:2至约1:5,更优选约1: 3。
[0119] 在另一个实施方式中,固相不包含此类惰性配体。根据一实施方式,固相仅包含阴 离子交换部分,并且不包括其它配体。根据一实施方式,固相含有含硅的表面,优选聚硅酸 表面,衍生自含有阴离子交换基团的硅烷化合物,且并不由其它硅烷化合物衍生。
[0120] 合适的固相、阴离子交换基团、官能团和惰性配体(含有中性基团N)的实例描述 于 WO 2010/072834、DElO 2008 063 001A1 和 DE 10 2008 063 003,各自的内容通过引用 并入本文。
[0121] 阴离子交换表面的优选实施方式
[0122] 根据一特别优选的实施方式,阴离子交换表面是这样一种表面,优选为羧化的表 面,其包含阴离子交换部分,优选含有胺基。优选地,聚乙烯亚胺(PEI)作为阴离子交换部 分,以便从液体样品中结合细胞。优选地,以颗粒的形式、更优选以磁性颗粒的形式提供所 述阴离子交换表面。阴离子交换表面的这种优选实施方式将进一步详细说明。
[0123] 聚乙稀亚胺(PEI)是一种聚合物,其分子构建自亚乙基亚胺(ethyleneimine)重 复单元(也称为吖丙啶,aziridine),其3元环在聚合过程中打开。
[0124]
【主权项】
1. 一种测定细胞样品中靶核酸存在或不存在的方法,所述方法包括: a) 将含有阴离子交换部分的表面与样品在适合于诱导所述细胞和所述表面之间结合 的条件下接触; b) 将含有结合细胞的表面与剩余样品分离以收集细胞; c) 从细胞释放核酸; d) 在靶核酸和靶核酸的特异性探针之间形成杂交体;和 e) 检测所述杂交体的存在或不存在。
2. 如权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤d)之前不分离含有阴离子交换部分 的表面。
3. 如权利要求1或2所述的方法,其特征在于,含有阴离子交换部分的表面具有至少2 种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或所有的以下特征: i. 所述阴离子交换部分包含胺基; ii. 所述表面包含聚乙烯亚胺作为阴离子交换部分; iii. 所述阴离子交换部分耐受步骤d)中所用条件下的降解; iv. 所述表面由颗粒提供; v. 所述表面由磁性颗粒提供; vi?所述表面由平均尺寸为5ym或更低、3ym或更低、2ym或更低和1. 5ym或更低的 颗粒提供;和/或 vii.所述表面由在颗粒表面包含羧基的磁性颗粒提供,其中至少一部分所述羧基用聚 乙烯亚胺官能化以提供阴离子交换部分。
4. 如权利要求1-3中一个或多个所述的方法,其特征在于,在细胞样品中,细胞包含在 液体介质,优选液基细胞学介质中。
5. 如权利要求3或4所述的方法,其特征在于,包含阴离子交换部分的表面由磁性 颗粒提供,其中在所述磁性颗粒与样品接触后,所述磁性颗粒在得到的混合物中的浓度 选自:50yg/ml-2000yg/ml、75yg/ml-1750yg/ml、100yg/ml-1500yg/ml、125yg/ ml-1250yg/ml和 150yg/ml-1100yg/ml。
6. 如权利要求1-5中一个或多个所述的方法,其特征在于,在步骤a)中,细胞结合发生 在选自 3-8. 5、3. 5-8. 0、3. 5-7. 75、3. 5-7. 5、3. 5-7. 25 或 3. 75 - 7 的pH范围的pH值下。
7. 如权利要求1-6中一个或多个所述的方法,其特征在于,在步骤c)中,所收集的阴离 子交换表面结合细胞与促进核酸从所述细胞释放的液体组合物接触,其中,任选地,在步骤 c)中进行加热步骤以促进核酸的释放和/或变性。
8. 如权利要求7所述的方法,其特征在于,所述液体组合物具有一种或多种,优选至少 两种、至少三种和更优选所有的以下特征i到v: i. 它包含一离液剂; ii. 它具有碱性pH值; iii. 它具有的pH值选自:pH12或更高、pH12. 5或更高、pH13或更高、或pH13. 25 或更高; iv. 它包含一种或多种添加剂,优选 aa)螯合剂; bb)缓冲剂;和/或 cc)防腐剂 v.所述液体组合物通过混合两种或多种组合物获得,其中所述组合物之一包含离液 剂,和所述组合物之一是包含碱性试剂的碱性溶液。
9. 如权利要求1-8中一个或多个所述的方法,其特征在于,所述阴离子交换表面由包 含聚乙烯亚胺作为阴离子交换部分的磁性颗粒提供,其中,所述磁性颗粒不在步骤c)和d) 之间除去。
10. 如权利要求1-9中一个或多个所述的方法,其特征在于,进行杂交体捕获测定,其 中步骤d)和e)包括以下步骤: 步骤d) -在允许探针与单链靶核酸分子进行杂交形成双链核酸杂交体的条件下,将含有释放 且变性的核酸的样品与一种或多种的靶核酸特异性探针接触,其中,优选形成RNA/DNA杂 交体; -利用结合双链核酸杂交体的结合剂捕获所述双链核酸杂交体; -任选地将所述双链核酸杂交体与未结合的核酸分离; 步骤e) -检测双链核酸杂交体的存在或不存在,藉此表明所述靶核酸的存在或不存在。
11. 如权利要求10所述的方法,其特征在于,所述表面由磁性颗粒提供,其中所述磁性 颗粒存在于所述杂交体的生产和捕获期间并且不在步骤d)中借助磁体除去,而是在进行 检测步骤e)之前、在分离剩余样品和/或进行一个或多个洗涤步骤时除去。
12. 如权利要求1-11中一个或多个所述的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤 d)和e) 步骤d) -在允许探针与单链靶核酸分子进行杂交形成双链核酸杂交体的条件下,将含有释放 且变性的核酸以及用于结合细胞的磁性颗粒的样品与一种或多种的靶核酸特异性探针接 触; -捕获所述双链核酸杂交体; -将所述双链核酸杂交体与未结合的核酸分离,从而也除去至少一部分所述磁性颗 粒; 步骤e) -检测双链核酸杂交体的存在或不存在。
13. 如权利要求1-12中一个或多个所述的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤 d)和e) 步骤d): -在允许探针与单链靶核酸分子进行杂交形成双链核酸杂交体的条件下,将含有释放 且变性的核酸以及用于结合细胞的磁性颗粒的样品与一种或多种的靶核酸特异性探针接 触; _利用结合该双链核酸杂交体的第一结合剂捕获所述双链核酸杂交体,藉此形成双链 核酸杂交体/第一结合剂复合物; -将该双链核酸杂交体/第一结合剂复合物与未结合的核酸分离,从而也除去至少一 部分所述磁性颗粒; -将所述复合物与标记有可检测标记物的另一结合剂结合,以形成双链核酸杂交体/ 第一结合剂/标记的结合剂复合物; -洗涤该双链核酸杂交体/第一结合剂/标记的结合剂复合物,其中 所述洗涤除去剩余的磁性颗粒,如果仍存在的话; 步骤e) _检测另一结合剂的标记物的存在或不存在,藉此表明靶核酸的存在或不存在。
14. 如权利要求1-13中一个或多个所述的方法,其特征在于,包括以下步骤: a) 在适合于诱导细胞和所述表面之间结合的条件下,将含有阴离子交换部分的表面 与细胞样品接触,其中细胞结合发生在所述阴离子交换部分的阴离子交换基团带正电的 pH值下,优选地,细胞结合发生在选自以下pH范围的pH值下:3-8. 5、3. 5-8、3. 75-7. 75、 4-7. 5、4. 25-7. 25 或 4. 5-7 ; b) 将结合有细胞的表面与剩余样品分离以收集细胞; c) 从细胞释放核酸并对释
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