专利名称：抗菌噬菌体、噬菌体肽及其使用方法
技术领域：
本申请涉及用于治疗和控制细菌感染的噬菌体治疗的领域。具体地，本发明涉及新的噬菌体 F1245/05, F168/08, F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06 和 F91a/06, 它们的分离的多肽，包含一种或多种所述新的噬菌体和/或分离的多肽的组合物，以及用于治疗和预防由下列引起的细菌感染的方法鲍氏不动杆菌(AcinetcAacter baumannii), 粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、屎肠球菌(E. faecium)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和/或金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus)，所述方法是单独的或与其它抗菌治疗(例如抗生素或其它噬菌体治疗)相组合。
3.
背景技术：
噬菌体(噬菌体(Phage))是特异性感染并裂解细菌的病毒。噬菌体治疗是由 Felix d'Herelle在二十世纪二十年代提出的使用完整的噬菌体病毒来治疗细菌感染性疾病的方法。最初，对噬菌体治疗进行了广泛的探究，并进行了大量的研究来评估噬菌体治疗对于治疗人类和动物中的细菌感染的潜在可能。早期的成功推动了多种商业上的噬菌体制备物的开发。例如，在1940年，Eli Lilly Company生产了 7种用于人类的噬菌体产品，包括用于治疗由葡萄球菌属Staphylococcus sp.)、大肠杆菌(E. coli)和其它致病细菌引起的不同疾病的噬菌体制备物。这些制备物被用于治疗引起脓肿、脓性创伤、阴道炎、急性慢性上呼吸道感染和乳突状感染的感染。然而，随着二十世纪四十年代抗生素的发展，西方世界中对于基于噬菌体的治疗的兴趣下降了。导致这种下降的最重要的因素之一是缺乏标准化的测试程序和生产方法。 由于未能建立用来测试噬菌体治疗的工业广泛标准，所以干扰了研究结果的文件记录，导致感觉缺乏功效以及关于噬菌体治疗的价值的可靠性的问题。此外，关于生产噬菌体样品 /样本的问题使最初的研究和探究复杂化。最初，在尝试增加噬菌体治疗剂的存活性中，使用了各种稳定剂和防腐剂。但是，由于对噬菌体和各种稳定剂的生物学知之甚少，故在尝试延长噬菌体制备物的存活性时添加的很多成分被证明是对人类有毒的，或者是对长期保存具有不利影响。与噬菌体生产相关的另一个问题是这些病毒的商业制备物的纯度等级。那时候，噬菌体治疗制备物一般由经目标噬菌体处理的宿主细菌的粗裂解物组成。因此，很多制备物含有现在被认为是不希望的细菌成分的物质，例如内毒素。因此，所述制备物经常伴有副作用，尤其是在通过静脉内方式接受这些制备物的患者中。然而，在东欧和前苏联，对抗生素的获得是有限的，在那里，噬菌体治疗的开发和使用与抗生素持续并行，或取代抗生
ο然而，随着细菌的抗生素抗性株的出现，西方世界恢复了对于基于噬菌体的治疗的兴趣。虽然可能开发新类别的抗生素，但是，“细菌终将对新药物产生抗性”的展望已加强了对用于控制、预防和治疗细菌感染的非化疗方法的探寻。对于在临床环境中使用噬菌体治疗有3种主要的基于噬菌体的策略1)施用有毒力的噬菌体；2)使用由噬菌体编码的内溶素或纯化的溶素；3)使用所鉴定的噬菌体的结构蛋白作为用于合成细菌肽多糖的关键性酶类的代谢抑制剂。因此，需要开发新的噬菌体和噬菌体产品作为潜在治疗剂和预防剂，用于在体内清除致病细菌。具体地，需要能够裂解医院的细菌(包括鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌)的噬菌体。由于目前所研究的大部分噬菌体和噬菌体肽显示出通常局限于它们所分离自的细菌的相关种或亚种的活性，所以新的基于噬菌体的治疗在医院环境中可具有特别的应用，选择性靶向医院病原体而不影响正常的周围菌群。4.发明概述本发明涉及用于治疗、预防或管理与由革兰氏阳性或革兰氏阴性细菌引起的感染相关的病况的分离的噬菌体和噬菌体来源的分离的抗菌多肽。具体地，本发明的分离的噬菌体或多肽可被用在用于治疗、预防或管理由医院病原体引起的感染的药物组合物中，所述病原体为例如革兰氏阳性细菌，包括但不限于粪肠球菌、屎肠球菌、希氏肠球菌 (E.hirae)、鸟肠球菌(E. avium)、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌(S.印idermidis)、耳葡萄球菌(S. auricularis)、头葡萄球菌(S. capitis)、溶血性葡萄球菌(S. haemolyticus) > 人葡萄球菌(S. hominis)、腐生性葡萄球菌(S. saprophyticus)、模仿葡萄球菌 (S. simulans)和木糖葡萄球菌(S. xylosis)；和/或革兰氏阴性细菌，包括但不限于鲍氏不动杆菌和铜绿假单胞菌。在一些实施方式中，本发明的药物组合物用于治疗与由细菌的抗生素抗性株(例如金黄色葡萄球菌的甲氧西林抗性株(MRSA))引起的感染相关的病况。在具体的实施方式中，本发明的分离的噬菌体或多肽用于表面治疗有此需要的受试者中由医院病原体引起的感染。在其它实施方式中，本发明的分离的噬菌体或多肽用于诊断源自患者的样品(例如组织、血液、尿、痰样品)中的感染性试剂。在其它实施方式中，本发明的分离的噬菌体或多肽被用作用于制备固体表面(包括皮肤或其它表皮表面)的预防性消毒剂或抗感染剂。在一些实施方式中，本发明提供了具有分别包含SEQ ID NO :1或SEQ ID NO 2的核酸序列的基因组并显示出针对粪肠球菌和/或屎肠球菌的一种或多种菌株的抗菌活性的分离的噬菌体F168/08或F170/08。在其它实施方式中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO 3的核酸序列的基因组并显示出针对铜绿假单胞菌的一种或多种菌株的抗菌活性的分离的噬菌体F770/05。在其它实施方式中，本发明提供了具有分别包含SEQ ID NO :4，SEQ ID NO 5, SEQ ID NO :6或SEQ ID NO :7的核酸序列的基因组并显示出针对金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株的抗菌活性的分离的噬菌体F197/08，F86/06，F87s/06或F91a/06。在其它实施方式中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列的基因组并显示出针对鲍氏不动杆菌的一种或多种菌株的抗菌活性的分离的噬菌体F1M5/05。
本发明还包括经本发明的一种或多种噬菌体感染的分离的细菌。在具体的实施方式中，本发明提供了经噬菌体感染的分离的粪肠球菌，所述噬菌体具有包含SEQ ID N0:1和 /或SEQ ID NO :2的核酸序列的基因组或由SEQ ID N0:1和/或SEQ ID NO :2的核酸序列组成的基因组。在其它实施方式中，本发明提供了经噬菌体感染的分离的屎肠球菌，所述噬菌体具有包含SEQ ID N0:1和/或SEQ ID NO :2的核酸序列的基因组或由SEQ ID NO: 1和/或SEQ ID NO :2的核酸序列组成的基因组。在其它实施方式中，本发明提供了经噬菌体感染的分离的铜绿假单胞菌，所述噬菌体具有包含SEQ ID NO :3的核酸序列的基因组或由SEQ ID NO :3的核酸序列组成的基因组。在其它实施方式中，本发明提供了经一种或多种噬菌体感染的分离的金黄色葡萄球菌，所述一种或多种噬菌体具有包含SEQ ID NO 4, SEQ ID NO 5, SEQ ID NO :6 禾口 / 或 SEQ ID NO 7 的核酸序列的基因组或由 SEQ ID NO :4， SEQ ID NO 5, SEQ ID NO :6和/或SEQ ID NO :7的核酸序列组成的基因组。在其它实施方式中，本发明提供了经噬菌体感染的分离的鲍氏不动杆菌，所述噬菌体具有包含SEQ ID NO 760的核酸序列的基因组或由SEQ ID NO :760的核酸序列组成的基因组。本发明包括分离自噬菌体F1245/05，F168/08, F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06和/或F91a/06的多肽，所述多肽显示出针对革兰氏阳性或革兰氏阴性细菌(例如鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌)的一个或多个种或菌株的抗菌活性。在具体的实施方式中，本发明的分离自或源自F168/08 或F/170/08的多肽显示出至少针对粪肠球菌和/或屎肠球菌的抗菌或抗微生物活性(例如溶解杀灭活性)；分离自或源自F770/05的那些至少针对铜绿假单胞菌；分离自或源自 F197/08, F86/06, F87s/06或F91a/06的那些至少针对金黄色葡萄球菌；分离自或源自 F1245/05的那些至少针对鲍氏不动杆菌。在一些实施方式中，本发明的多肽包含分离的内溶素或其片段(例如CHAP结构域)或由分离的内溶素或其片段组成，所述分离的内溶素或其片段显示出针对细菌(例如革兰氏阳性细菌或革兰氏阴性细菌，例如鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌)的一个或多个种或菌株的抗菌活性。在具体的实施方式中，本发明的多肽是分离的溶素蛋白，例如内溶素或尾部溶素，其包含SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO :446，SEQ ID NO :447，SEQ ID NO :448， SEQ ID NO :575, SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712的氨基酸序列或由所述氨基酸序列组成。在其它实施方式中，本发明提供了包含选自SEQ ID NO :761至SEQ ID NO :816的氨基酸序列或由所述氨基酸序列组成的多肽。在其它实施方式中，本发明的多肽包含SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 184，SEQ ID NO :202, SEQ ID NO 203, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO 447, SEQ ID NO 448, SEQ ID NO :575， SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712的片段、变体或衍生物，其中所述片段、变体或衍生物具有针对粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的一个或多个菌株的抗菌活性或抗微生物活性(例如溶解杀灭活性)。在根据该实施方式的具体实例中，SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 184, SEQ ID NO :202 和 / 或 SEQ ID NO :203 的氨基酸序列的变体、片段或衍生物显示出针对屎肠球菌和/或粪肠球菌的一个或多个菌株的抗细菌或抗微生物活性(例如溶解杀灭活性)。在根据该实施方式的其它实例中，SEQ ID NO :446, SEQ ID NO 447，SEQ ID NO :448，SEQ ID NO :575，SEQ ID NO :641 和 / 或 SEQ ID NO :712 的氨基酸序列的变体、片段或衍生物显示出针对金黄色葡萄球菌的一个或多个菌株的抗细菌或抗微生物活性(例如溶解杀灭活性)。在具体的实施方式中，本发明的分离的多肽包含SEQ ID NO 68, SEQ ID NO :446， SEQ ID NO :575, SEQ ID NO :641 或 SEQ ID NO :712 的 CHAP 结构域或由所述 CHAP 结构域组成。在一些实施方式中，分离的多肽包含SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO :575， SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712的CHAP结构域或由所述CHAP结构域组成，例如分别具有 SEQ ID NO :755, SEQ ID NO 756, SEQ ID NO 757, SEQ ID NO :758 或 SEQ ID NO :759 的氨基酸序列。在其它实施方式中，本发明的多肽包含SEQ ID NO :755, SEQ ID NO :756，SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758或SEQ ID NO :759的片段、变体或衍生物，其中所述片段、变体或衍生物具有针对粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的至少一个或多个菌株的抗菌活性或抗微生物活性(例如溶解杀灭活性)。在其它实施方式中，本发明的多肽包含SEQ IDNO :761至SEQ ID NO :816的片段、变体或衍生物，其中所述片段、变体或衍生物具有针对鲍氏不动杆菌的至少一个或多个菌株的抗菌活性或抗微生物活性(例如溶解杀灭活性)。在其它实施方式中，本发明的多肽包含分离的尾部长度带测定蛋白或尾部蛋白 (例如尾部成分、尾部纤毛蛋白、吸附相关尾部蛋白)或其片段或由所述蛋白或其片段组成，其具有与其所源自的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)，所述功能针对粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌和/或鲍氏不动杆菌的至少一个或多个种或菌株。在具体的实施方式中，本发明的多肽是分离的尾部长度带测定蛋白或尾部蛋白，其包含下列氨基酸序列或由其组成SEQ ID NO 61, SEQ ID NO 63,SEQ ID NO 204,SEQ ID N0:214，SEQ ID NO 435,SEQ ID NO 438,SEQ ID NO :440， SEQ ID NO :525, SEQ ID NO 526, SEQ ID NO 527, SEQ ID NO 528, SEQ ID NO 529, SEQ ID NO :530, SEQ ID NO :531，SEQ ID NO :532，SEQ ID NO :533，SEQ ID NO :534，SEQ ID NO 535，SEQ ID NO :536，SEQ ID NO :537，SEQ ID NO :538，SEQ ID NO :539，SEQ ID NO :567， SEQ ID NO :568,SEQ ID N0:632，SEQ ID N0:633，SEQ ID NO :700,SEQ ID NO :701,SEQ ID NO :702, SEQ ID NO :703，SEQ ID NO :704 或 SEQ ID NO :795。在其它实施方式中，本发明的多肽包含 SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO :204，SEQ ID NO :214，SEQ ID NO 435，SEQ ID NO :438，SEQ ID NO :440，SEQ ID NO :525，SEQ ID NO :526，SEQ ID NO :527， SEQ ID NO :528,SEQ ID NO 529,SEQ ID NO 530,SEQ ID N0:531，SEQ ID NO 532,SEQ ID NO :533, SEQ ID NO :534，SEQ ID NO :535，SEQ ID NO :536，SEQ ID NO :537，SEQ ID NO 538，SEQ ID NO :539，SEQ ID NO :567，SEQ ID NO :568，SEQ ID NO :632，SEQ ID NO :633， SEQ ID NO :700, SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702，SEQ ID NO :703，SEQ ID NO :704 或 SEQ ID NO 795的片段、变体或衍生物，其中所述片段、变体或衍生物显示出与其所源自的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)，所述功能针对粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌和/或鲍氏不动杆菌的一个或多个菌株。在一些实施方式中，本发明包括SEQ ID NO :61或SEQ ID NO 63的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，所述变体、片段或衍生物显示出与具有包含SEQ ID NO :1的核酸序列或由SEQ ID NO :1的核酸序列组成的基因组的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)，所述功能针对粪肠球菌和/或屎肠球菌的一个或多个菌株。在其它实施方式中，本发明包括SEQ ID NO :204或SEQ ID NO :214的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，所述变体、片段或衍生物显示出与具有包含SEQ ID NO :2的核酸序列或由SEQ ID NO :2的核酸序列组成的基因组的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)，所述功能针对粪肠球菌和/或屎肠球菌的一个或多个菌株。在一些实施方式中，本发明包括SEQ ID NO :435或SEQ ID NO :438的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，所述变体、片段或衍生物显示出与具有包含SEQ ID NO :3的核酸序列或由SEQ ID NO :3的核酸序列组成的基因组的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)，所述功能针对铜绿假单胞菌的一个或多个菌株。在一些实施方式中，本发明包括SEQID NO 440, SEQ ID NO 525, SEQ ID NO :526， SEQ ID NO :527,SEQ ID NO 528,SEQ ID NO 529,SEQ ID NO 530,SEQ ID NO :531,SEQ ID NO :532, SEQ ID NO :533，SEQ ID NO :534，SEQ ID NO :535，SEQ ID NO :536，SEQ ID NO 537，SEQ ID NO :538或SEQ ID NO :539的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，所述变体、片段或衍生物显示出与具有包含SEQ ID NO 4的核酸序列或由SEQ ID NO 4的核酸序列组成的基因组的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)， 所述功能针对金黄色葡萄球菌的一个或多个菌株。在其它实施方式中，本发明包括SEQ ID NO :567或SEQ ID NO :568的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，所述变体、片段或衍生物显示出与具有包含SEQ ID NO :5的核酸序列或由SEQ ID NO :5的核酸序列组成的基因组的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)，所述功能针对金黄色葡萄球菌的一个或多个菌株。在其它实施方式中，本发明包括SEQ ID NO :632或SEQ ID NO 633的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，所述变体、片段或衍生物显示出与具有包含SEQ ID NO :6的核酸序列或由SEQ ID NO :6的核酸序列组成的基因组的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)，所述功能针对金黄色葡萄球菌的一个或多个菌株。在其它实施方式中，本发明包括SEQ ID NO :700, SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702, SEQ ID NO :703或SEQ ID NO :704的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，所述变体、片段或衍生物显示出与具有包含SEQ ID NO 7的核酸序列或由SEQ ID NO 7的核酸序列组成的基因组的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)，所述功能针对金黄色葡萄球菌的一个或多个菌株。在某些实施方式中，本发明包括SEQ ID NO :761-816的氨基酸序列的变体、片段或衍生物，所述变体、片段或衍生物显示出与具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列或由SEQ ID NO 760的核酸序列组成的基因组的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)，所述功能针对鲍氏不动杆菌的一个或多个菌株。在一些实施方式中，本发明提供了显示出针对细菌(例如革兰氏阳性细菌(例如粪肠球菌、屎肠球菌、金黄色葡萄球菌)、革兰氏阴性细菌(例如鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌)或未被分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性的细菌)的一种或多种菌株的抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)的分离的多肽，其中所述分离的多肽具有与相同长度(即由相同数目的残基组成)的第二氨基酸序列至少60%，65%，70%，75%，80%，85%，86%， 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % 或更高的序列同一性的氨基酸序列，其中所述第二氨基酸序列是SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 184, SEQ ID NO 202, SEQ ID NO 203, SEQ ID NO 204, SEQ ID NO :214，SEQ ID NO :435, SEQ ID NO 438, SEQ ID NO 440, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO 447, SEQ ID NO :448, SEQ ID NO :525，SEQ ID NO :526，SEQ ID NO :527，SEQ ID NO :528，SEQ ID NO 529，SEQ ID NO :530，SEQ ID NO :531，SEQ ID NO :532，SEQ ID NO :533，SEQ ID NO :534， SEQ ID NO :535,SEQ ID NO 536,SEQ ID NO :537,SEQ ID NO 538,SEQ ID NO 539,SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568，SEQ ID NO :575，SEQ ID NO :632，SEQ ID NO :633，SEQ ID NO 641，SEQ ID NO :700，SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702，SEQ ID NO :703，SEQ ID NO :704， SEQ ID NO :712, SEQ ID NO 755, SEQ ID NO 756, SEQ ID NO 757, SEQ ID NO 758, SEQ ID NO :759, SEQ ID NOS :761-816 和 / 或其片段。本发明还提供了包含SEQ ID NOS :8-130, SEQ ID NOS 131-343，SEQ ID NOS 344-438，SEQ ID NOS :439-553,SEQ ID NOS :554-616,SEQ ID NOS :617-681，SEQ ID NOS 682-759和SEQ ID NOS :761-816中任意项的氨基酸序列或由所述氨基酸序列组成的分离的多肽。在其它实施方式中，提供了重组地融合或化学地缀合(例如共价或非共价缀合) 至治疗剂(例如异源多肽或小分子)的本发明的分离的多肽。本发明还包括编码本发明的多肽的多核苷酸。在具体的实施方式中，本发明体提供了包含编码 SEQ ID NOS :8-130, SEQ ID NOS :131-343, SEQ ID NOS :344-438，SEQ ID NOS 439-553,SEQ ID NOS :554-616，SEQ ID NOS :617-681，SEQ ID NOS :682-759 和 SEQ ID NOS 761-816中的任意项的多肽的核酸序列的分离的核酸。在其它实施方式中，本发明提供了包含编码 N0:61，SEQ ID N0:63，SEQ ID NO 68, SEQ ID NO :184, SEQ ID NO :202, SEQ ID NO: 203，SEQ ID NO :204, SEQ ID NO :214, SEQ ID NO :435, SEQ ID NO :438, SEQ ID NO :440, SEQ ID NO :446, SEQ ID NO :447, SEQ ID NO :448, SEQ ID NO :525, SEQ ID NO :526, SEQ ID NO :527, SEQ ID NO :528, SEQ ID NO :529, SEQ ID NO :530, SEQ ID NO :531，SEQ ID NO 532，SEQ ID NO :533, SEQ ID NO :534, SEQ ID NO :535, SEQ ID NO :536, SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538, SEQ ID NO :539, SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568, SEQ ID NO :575, SEQ ID NO :632, SEQ ID NO :633, SEQ ID NO :641，SEQ ID NO :700, SEQ ID NO :701，SEQ ID NO 702，SEQ ID NO :703, SEQ ID NO :704, SEQ ID NO :712, SEQ ID NO :755, SEQ ID NO :756, SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758, SEQ ID NO :759, SEQ ID NOS 761-816 中的任意项的多肽或其活性片段、变体或衍生物的核酸序列的分离的核酸，其中所述多肽或活性片段、变体或衍生物显示出与其所分离自和/或源自的噬菌体相关的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)。本发明还涉及包含所述核酸的载体。在一个具体实施方式
中， 所述载体是表达载体。本发明还提供了含有包含编码本发明的多肽的多核苷酸的载体的宿主细胞。本发明包括用于产生本发明的多肽或其活性片段(尤其是用于药物组合物即抗微生物组合物中)的方法。例如，本发明的多肽可以直接分离自经噬菌体F1245/05， F168/08, F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06 或 F9la/06 感染的细胞培养物(例如细菌细胞培养物)。备选地，可以使用包含编码本发明的多肽例如SEQ ID NO 61, SEQ ID NO 63, SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO :204， SEQ ID NO :214, SEQ ID NO 435, SEQ ID NO 438, SEQ ID NO 440, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO :447, SEQ ID NO :448, SEQ ID NO :525, SEQ ID NO :526, SEQ ID NO :527, SEQ ID NO 528，SEQ ID NO :529，SEQ ID NO :530，SEQ ID NO :531，SEQ ID NO :532，SEQ ID NO :533，SEQ ID NO :534, SEQ ID NO 535, SEQ ID NO 536, SEQ ID NO 537, SEQ ID NO 538, SEQ ID NO :539, SEQ ID NO :567，SEQ ID NO :568，SEQ ID NO :575，SEQ ID NO :632，SEQ ID NO 633，SEQ ID NO :641，SEQ ID NO :700，SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702，SEQ ID NO :703， SEQ ID NO :704, SEQ ID N0:712，SEQ ID N0:755，SEQ ID NO :756, SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758, SEQ ID NO =759, SEQ ID NOS :761-816或其活性片段、衍生物或变体的核酸序列的表达载体通过重组方式衍生本发明的多肽。可以通过本领域已知的用于产生多肽的任意方法、尤其是通过化学合成或通过重组表达技术来产生本发明的多肽或其片段。在具体的实施方式中，本发明涉及用于重组产生噬菌体蛋白例如溶素蛋白、尾部蛋白或其活性片段、变体或衍生物的方法，所述方法包括(i)在适合于在培养基中表达所述蛋白的条件下培养含有包含编码 SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :184，SEQ ID NO 202，SEQ ID NO 203,SEQ ID NO 204,SEQ ID N0:214，SEQ ID N0:435，SEQ ID NO :438,SEQ ID NO :440,SEQ ID NO :446,SEQ ID NO :447,SEQ ID NO :448,SEQ ID NO :525,SEQ ID NO: 526，SEQ ID NO :527, SEQ ID NO :528, SEQ ID NO :529, SEQ ID NO :530, SEQ ID NO :531, SEQ ID NO :532, SEQ ID NO :533, SEQ ID NO :534, SEQ ID NO :535, SEQ ID NO :536, SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538, SEQ ID NO :539, SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568, SEQ ID NO 575，SEQ ID NO :632, SEQ ID NO :633, SEQ ID NO :641, SEQ ID NO :700, SEQ ID NO :701, SEQ ID NO :702, SEQ ID NO :703, SEQ ID NO :704, SEQ ID NO :712, SEQ ID NO :755, SEQ ID NO :756, SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758, SEQ ID NO :759, SEQ ID NOS :761-816 的氨基酸序列或其片段的核酸序列的载体的宿主细胞；和(ii)从所述培养基中回收所述蛋白。在一些实施方式中，编码本发明的多肽的核酸序列可操作地与异源启动子连接。本发明还包括用于诊断细菌感染的临床显现中的诱因剂的方法。本发明的分离的噬菌体或多肽可被用于通过建立样品中的细菌对于本发明的噬菌体和/或多肽的敏感性而辅助确定患者样品中的细菌的种。此类方法还包括评价本发明的分离的噬菌体和/或多肽的抗菌活性的方法。可以通过本领域已知的和/或本文描述的任何方法来评估本发明的噬菌体或多肽的抗菌活性，或未知样品对于此活性的敏感性。在一些实施方式中，通过根据标准技术(例如在液体培养物或在琼脂平板上)培养已知的细菌和/或患者组织、血液、流体或拭子样品、将培养物与本发明的噬菌体或多肽接触并监测在所述接触之后细胞的生长来评估抗菌活性和/或敏感性。例如，在液体培养物中，可以使细菌(例如鲍氏不动杆菌、 粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌)生长至代表培养物的指数生长中点的光密度(“0D”)；使培养物暴露于一种或多种浓度的本发明的一种或多种噬菌体和/或多肽，并相对于对照培养物监测0D。相对于对照培养物降低的OD表示噬菌体和/或多肽显示出针对测试样品或培养物中的细菌的种和/或菌株的抗菌活性(例如显示出溶解杀灭活性)。类似地，可以允许细菌菌落在琼脂平板上形成，使平板暴露于本发明的噬菌体或多肽，然后评价相对于对照平板的菌落生长情况。菌落的减小的大小或菌落的减少的总数目表示噬菌体和/或多肽具有针对测试样品和/或所培养的种或菌株的抗菌活性。本发明还涉及包含噬菌体或由噬菌体组成的药物组合物，所述噬菌体具有包含 SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO 6 或 SEQ ID NO :7或SEQ ID NO :760的核酸序列或由所述核酸序列组成的基因组。在一些实施方式中，本发明的药物组合物除了一种或多种其它噬菌体以外，还包含这样的噬菌体其具有包含 SEQ ID NO 1, SEQ ID N0:2，SEQ ID N0:3，SEQ ID N0:4，SEQ ID N0:5，SEQ ID NO: 6或SEQ ID NO 7或SEQ ID NO :760的核酸序列或由所述核酸序列组成的基因组。所述一种或多种其它噬菌体可以是本发明的一种或多种噬菌体(例如具有包含SEQ ID NO=LSEQ ID NO 2, SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO 6 或 SEQ ID NO 7 或 SEQ ID NO 760的核酸序列的基因组或由所述核酸序列组成的基因组)，其一种或多种菌株，或者可以是本领域已知的一种或多种噬菌体。此外，本发明的药物组合物中的一种或多种噬菌体可以靶向细菌的相同或不同的种或菌株。在一些实施方式中，包含本发明的一种或多种噬菌体的药物组合物进一步包含本发明的一种或多种多肽和/或本文描述的或本领域已知的其它噬菌体产品。在一些实施方式中，本发明提供了包含多肽或其活性片段(特别是具有抗微生物和/或抗菌活性的那些)的药物组合物，所述多肽或其活性片段分离自具有包含SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6SEQ ID NO 7和/或SEQ ID NO :760的核酸序列或由所述核酸序列组成的基因组的噬菌体。在具体的实施方式中，本发明的药物组合物包含具有SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO :68， SEQ ID NO :184,SEQ ID NO 202,SEQ ID NO 203,SEQ ID NO 204,SEQ ID N0:214，SEQ ID NO :435, SEQ ID NO :438，SEQ ID NO :440, SEQ ID NO :446，SEQ ID NO :447，SEQ ID NO 448，SEQ ID NO :525，SEQ ID NO :526，SEQ ID NO :527，SEQ ID NO :528，SEQ ID NO :529， SEQ ID NO :530,SEQ ID N0:531，SEQ ID NO 532,SEQ ID NO 533,SEQ ID NO 534,SEQ ID NO :535, SEQ ID NO :536，SEQ ID NO :537，SEQ ID NO :538，SEQ ID NO :539，SEQ ID NO 567，SEQ ID NO :568，SEQ ID NO :575，SEQ ID NO :632，SEQ ID NO :633，SEQ ID NO :641， SEQ ID NO :700,SEQ ID N0:701，SEQ ID NO 702,SEQ ID NO 703,SEQ ID NO 704,SEQ ID NO :712,SEQ ID NO 755,SEQ ID NO 756,SEQ ID NO 757,SEQ ID NO 758,SEQ ID NO :759 或SEQ ID NOS :761-816的氨基酸序列的一种或多种多肽。在其它实施方式中，本发明的药物组合物包含这样的多肽所述多肽是SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :184,SEQ ID NO 202,SEQ ID NO 203,SEQ ID NO :204，SEQ ID N0:214，SEQ ID NO: 435，SEQ ID NO :438, SEQ ID NO :440, SEQ ID NO :446, SEQ ID NO :447, SEQ ID NO :448, SEQ ID NO :525, SEQ ID NO :526, SEQ ID NO :527, SEQ ID NO :528, SEQ ID NO :529, SEQ ID NO :530, SEQ ID NO :531，SEQ ID NO :532, SEQ ID NO :533, SEQ ID NO :534, SEQ ID NO 535，SEQ ID NO :536, SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538, SEQ ID NO :539, SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568,SEQ ID NO :575,SEQ ID NO :632,SEQ ID NO :633,SEQ ID NO :641,SEQ ID NO :700, SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702, SEQ ID NO :703, SEQ ID NO :704, SEQ ID NO 712，SEQ ID NO :755, SEQ ID NO :756, SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758, SEQ ID NO :759 或 SEQ ID NOS :761-816的变体、衍生物或片段，其中所述变体、衍生物或片段保持其所衍生自的多肽的生物学功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解杀灭活性)，优选针对鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的一种或多种菌株。本发明的药物组合物可以另外包含药学上可接受的载体、赋形剂或稳定剂。在一些实施方式中，本发明的药物组合物是用于治疗、预防和/或缓解有此需要的受试者中与由细菌引起的感染相关的疾病或病症的症状的抗菌组合物(在于它们显示出抗菌活性)或治疗性组合物。在具体的实施方式中，本发明的药物组合物是用于治疗、预防和/或缓解与由鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌引起的感染相关的疾病或病症的症状的抗菌组合物或治疗性组合物。在一些实施方式中，接受本发明的药物组合物的受试者是哺乳动物(例如牛、绵羊、山羊、马、灵长类(例如人)、啮齿类、兔类或禽类(例如鸡、鸭、鹅))。本发明提供了用于治疗或预防细菌感染的方法，包括向有此需要的受试者施用包含一种或多种噬菌体或噬菌体产品(例如分离的噬菌体多肽或其活性片段、变体或衍生物)、以及任选地一种或多种如本文所描述的其它噬菌体或其它噬菌体产品的药物组合物。在本发明的上下文中，“治疗”是指治疗性处理和预防性(prophylactic)或预防性 (preventative)措施，其中目标是消除、减轻、降低致病病况或病症的严重性、延缓致病病况或病症的进展，或者延迟或预防与致病病况或病症相关的症状或根本诱因(例如细菌感染)。本发明的药物组合物可被用于治疗或处理与任何细菌感染相关的感染，包括但不限于鲍氏不动杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、耳葡萄球菌、头葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生性葡萄球菌、模仿葡萄球菌、木糖葡萄球菌、滕黄微球菌(M. luteus), 枯草芽孢杆菌(B. subtilis)、短小芽孢杆菌(B. pumilus)、粪肠球菌、E. hirae，屎肠球菌、 鸟肠球菌(E. avium)、铜绿假单胞菌及其组合。在一些实施方式中，药物组合物可被用于治疗与细菌感染相关的病况或病症，包括但不限于手术后眼内炎、心内膜炎、中枢神经系统感染、肺炎、骨髓炎、创伤感染(例如糖尿病性足溃疡)、乳腺炎、败血症、食物中毒和脑膜炎和 /或与医院细菌感染相关的其它病况。在一些实施方式中，本发明提供了噬菌体或分离的噬菌体产品(例如，分离的噬菌体多肽或其活性片段、变体或衍生物)作为单一试剂治疗的用途。在其它实施方式中，本发明提供了噬菌体或噬菌体产品(例如，分离的噬菌体多肽或其活性片段、变体或衍生物) 与用于细菌感染的标准的或实验的治疗相组合的用途。此类组合治疗可以增强所述标准的或实验的治疗的功效。与本发明的多肽组合的特别有用的治疗剂的实例为抗炎剂，标准化疗抗生素试剂(例如青霉素、合成的青霉素、杆菌肽、甲氧西林、头孢菌素、多粘菌素、头孢克洛、头孢羟氨苄、头孢孟多酯钠、头孢唑林、头孢克肟、头孢美唑、头孢尼西(cefonioid)、 头孢哌酮、头孢雷特、cefotanme、头孢噻肟、头孢替坦、头孢西丁、头孢泊肟酯、头孢他啶、头孢唑肟、头孢曲松、头孢曲松拉氧头孢、头孢呋辛、头孢氨苄、头孢菌素C、头孢菌素C钠盐、 头孢噻吩、头孢噻吩钠盐、头孢匹林、头孢拉定、头孢呋辛酯、二水头孢噻吩、拉氧头孢、氯碳头孢mafate和螯合剂)、局部麻醉剂和/或皮质类固醇。在另一个实施方式中，本发明的组合物可以与本领域已知的一种或多种噬菌体或噬菌体产品组合。本发明所包括的组合治疗可被配制为单一的药物组合物或者可作为单独的组合物、但是为整体治疗方案的一部分来施用。本发明的药物组合物可以通过本领域已知的任何适合于施用抗菌化合物的方法来施用(例如，经口或肠胃外(例如吸入、肌肉内、静脉内或表皮))递送。在优选的实施方式中，本发明的药物组合物被表面施用，例如在表面制剂中。本发明的组合物可被表面地用于治疗和/或预防常见的医院感染，例如在手术切割位点处的感染或与导管或引流相关的感染。在其它实施方式中，本发明的组合物用于治疗皮肤或上真皮层的细菌感染(例如足的糖尿病性溃疡的感染)。本发明的药物组合物还可用于传统的非治疗性应用，例如化妆品中的抗菌剂，或用于固体表面以防止细菌定殖的喷雾剂或溶液中的抗菌剂(即作为消毒剂)。本发明还涉及用于就抗菌活性筛选肽的方法。在一个实施方式中，所述方法包括就抗菌活性筛选由核酸序列 SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO 5, SEQ ID NO :6，SEQ ID NO 7或SEQ ID NO :760的开放阅读框编码的长度为至少 6、10、15、20或25个残基的连续氨基酸序列，所述抗菌活性由肽抑制琼脂或液体培养物中的细菌生长的能力来测定。4. 1 定义如本文所使用的，术语“片段”是指包含蛋白的氨基酸序列的至少5个连续氨基酸残基，至少10个连续氨基酸残基，至少15个连续氨基酸残基，至少20个连续氨基酸残基， 至少25个连续氨基酸残基，至少40个连续氨基酸残基，至少50个连续氨基酸残基，至少60 个连续氨基酸残基，至少70个连续氨基酸残基，至少80个连续氨基酸残基、至少90个连续氨基酸残基，至少100个连续氨基酸残基，至少125个连续氨基酸残基，至少150个连续氨基酸残基，至少175个连续氨基酸残基，至少200个连续氨基酸残基，或至少250个连续氨基酸残基的氨基酸序列的肽或多肽。在具体的实施方式中，所述片段是保持其所分离自的蛋白的至少一种功能的功能性片段(例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解细胞杀灭))。如本文所使用的，术语“活性噬菌体产品，，和“噬菌体产品，，是指分离自本发明的噬菌体的多肽，或其片段、变体或衍生物，所述多肽或其片段、变体或衍生物显示出与其所分离自或衍生自的噬菌体相关的生物学功能或活性(例如抗微生物或抗菌活性(例如溶解细胞杀灭))。如本文所使用的，在肽、多肽或融合蛋白的上下文中，术语“分离的”是指实质上不含来自其所源自的细胞或组织来源的细胞材料或污染性蛋白的肽、多肽或融合蛋白；或者， 当通过化学方式合成时，指实质上不含化学前体或其它化学物质的肽、多肽或融合蛋白。用语“实质上不含细胞材料”包括这样的肽、多肽或融合蛋白的制备物其中肽、多肽或融合蛋白与其所分离自或重组产生自的细胞的细胞成分分离。因此，实质上不含细胞材料的肽、 多肽或融合蛋白包括具有小于大约30<%，20%，10%或5% (按干重计)的异源蛋白(在本文中也称作“污染性蛋白”)的肽、多肽或融合蛋白的制备物。当重组产生肽、多肽或融合蛋白时，优选地其实质上也不含培养基，即培养基少于蛋白制备物体积的大约20%，10%或 5%。当通过化学合成来产生肽、多肽或融合蛋白时，其优选地实质上不含化学前体或其它化学物质，即其与参与肽、多肽或融合蛋白合成的化学前体或其它化学物质分离。因此，肽、 多肽、融合蛋白或抗体的此类制备物具有小于大约30^,20^,10^,5% (按干重计)的除了目标肽、多肽或融合蛋白之外的化学前体或化合物。如本文所使用的，在核酸分子的上下文中术语“分离的”是指与存在于第一核酸分子的天然来源中的其它核酸分子分离的核酸分子。此外，“分离的”核酸分子(例如cDNA分子)实质上不含其它细胞材料或培养基(当通过重组技术产生时)，或实质上不含化学前体或其它化学物质(当通过化学合成时)，并且可以不含cDNA或其它基因组DNA分子，例如， 已经与核酸文库中的其它克隆分离。术语“纯化的”意思是肽、多肽、融合蛋白或核酸分子已经通过任意纯化方法可测地增加了浓度(所述方法包括但不限于柱色谱、HPLC、沉淀、电泳等)从而部分地、实质地或完全地除掉杂质(例如在制备肽、多肽、融合蛋白或核酸分子中所涉及的前体或其它化学物质)。本领域技术人员将理解对于给定的用途所需的纯化的量。例如，意在用于旨在向人类施用的治疗性组合物中的分离的蛋白通常必须是符合管理标准和货物制备过程的高纯度的。如本文所使用的，在多肽的上下文中，术语“衍生物”是指包含已经通过导入氨基酸残基置换、删除或添加而被改变的氨基酸序列的多肽。术语“衍生物”在本文中也用于指经过修饰(即通过将任意类型的分子与多肽共价结合)的多肽。例如但不限于，可以通过下列方式修饰多肽，例如糖基化、乙酰化、聚乙二醇化、磷酸化、酰胺化、通过已知的保护/封闭基团衍生、蛋白水解切害U、连接至细胞配体或其它蛋白等。可以使用本领域技术人员已知的技术通过化学修饰产生衍生物多肽，所述技术包括但不限于特异性化学切割、乙酰化、 甲酰化、衣霉素的代谢合成等。此外，衍生物多肽可以含有一个或多个非常规氨基酸。多肽衍生物具有与其所衍生自的多肽相似或相同的功能。在关于“衍生”自生物体的多肽时，术语“衍生”也可以指从所述生物体(例如细菌细胞或噬菌体)直接分离多肽。如本文所使用的，术语“宿主细胞”是指以核酸分子转染的特定受试者细胞以及包含所述核酸分子或其染色体整合形式的此类细胞的后代或潜在后代。由于在后续世代中或核酸分子整合进入宿主细胞基因组时可能发生的突变或环境的影响，此类细胞的后代可能与经核酸分子转染的亲代细胞不完全相同。为了表达噬菌体蛋白和多肽，宿主细胞优选与噬菌体所分离自或培养自的种或菌株是不同的种或菌株。如本文所使用的，“组合”是指使用多于一种预防和/或治疗剂。术语“组合”的使用不限制向具有疾病或病症的受试者施用的预防和/或治疗剂的顺序。可以在向具有疾病或病症的受试者施用第二预防剂或治疗剂(与第一预防剂或治疗剂不同)之前(例如5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周之前)，与之同时，或在其之后(例如5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周之后)施用第一预防剂或治疗剂。如本文所使用的，术语“核酸”和“核苷酸序列，，包括单链的和双链的DNA和/或 RNA分子或其组合。如本文所使用的，术语“由核酸编码”是指使用如本领域熟知的标准遗传密码(即标准的三联体密码子)从参考核酸序列的正向、反向、互补或反向互补序列翻译而来的氨基酸序列。如本文所使用的，术语“预防性试剂”是指本发明的噬菌体和/或多肽，其可用于预防、治疗、管理或缓解与由细菌引起的感染相关的一种或多种症状。如本文所使用的，术语“治疗剂”是指本发明的噬菌体和/或多肽，其可用于预防、 治疗、管理或缓解疾病或病症(尤其是与细菌感染相关的疾病或病症)的一种或多种症状。如本文所使用的，术语“治疗上有效量”是指足以弓I起疾病或病症(尤其是与细菌感染相关的疾病或病症)的一种或多种症状的缓解的治疗剂的量。如本文所使用的，术语“治疗”是指通过施用本发明的一种或多种噬菌体和/或多肽而引起的与细菌感染相关的一种或多种症状的缓解。如上所述，“治疗”以及相关的术语是指治疗性处理和预防性(prophylactic)或预防性(preventative)措施，其中目标是消除、减轻、降低致病病况或病症的严重性、延缓致病病况或病症的进展，或者延迟或防止与致病病况或病症相关的症状或根本诱因(例如细菌感染)。当提及噬菌体、分离的噬菌体蛋白(或其变体、衍生物或片段)或噬菌体产品时， 如本文所使用的，术语“抗菌活性”和“抗微生物活性”可互换地用于指杀死和/或抑制微生物(尤其是噬菌体所感染的种或菌株的细菌)的生长或繁殖的能力。在一些实施方式中， 通过下列方式评估抗菌或抗微生物活性根据标准技术(例如在液体培养物或在琼脂平板上)培养细菌(例如革兰氏阳性细菌(例如粪肠球菌、屎肠球菌、金黄色葡萄球菌)、革兰氏阴性细菌(例如鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌)或未被分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性的细菌)，使培养物与本发明的噬菌体或多肽接触，和在所述接触之后监测细胞生长。例如， 在液体培养物中，可以使细菌生长至代表培养物的指数生长中点的光密度(“0D”)；将培养物暴露于一种或多种浓度的本发明的一种或多种噬菌体或多肽，并相对于对照培养物监测 0D。相对于对照培养物降低的OD表示噬菌体或多肽显示出抗菌活性(例如显示出溶解杀灭活性)。类似地，可以允许细菌菌落在琼脂平板上形成，使平板暴露于本发明的噬菌体或多肽，然后评价相对于对照平板的菌落生长情况。菌落的减小的大小或菌落的减少的总数目表示噬菌体或多肽具有抗菌活性。如本文所使用的，“CHAP结构域”是指存在于数种噬菌体编码的肽聚糖水解酶中的保守性酰胺酶结构域，其表示“半胱氨酸、组氨酸依赖性氨基水解酶/肽酶(cysteine， histidine-dependent amidohydrolases/peptidases)，，。参见例如 Rigden D, et. al., Trends Biochem Sci. 2003May 28(5) :230_4。其存在于酰胺酶(包括GSP酰胺酶)和肽聚糖水解酶的超家族中。该家族包括至少两种不同类型的肽聚糖切割活性L-胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶和D-丙氨酰-甘氨酰内肽酶活性。CHAP结构域一般包含保守性半胱氨酸和组氨酸残基并水解含有Y-谷氨酰的底物。相信这些半胱氨酸残基对于这些酰胺酶中的数种的活性是关键的，并且它们的巯基似乎在包含该结构域的所有酶的催化机制中作为亲核体发挥作用。CHAP结构域经常被发现与切割肽聚糖的其它结构域结合，例如以协作方式起作用而切割特定的底物。也参见 Bateman A 等人，Trends Biochem Sci. 2003May 28(5) :234-7
5.
图1 :F168/08基因组的组织结构示意图，其包含SEQ ID NO=I的核酸序列。基因组中所预测的开放阅读框(“0RF”)以箭头表示并以黑色编号。箭头的方向表示转录的方向。颜色编码黑色-可以基于同源蛋白的已知功能为其产物进行功能分配的ORF(使用相同的数字标明并通过小写字母区分了编码显示出与相同或相似蛋白的同源性的产物的 0RF)；灰色-编码类似于具有未知功能的蛋白的产物的ORF ；白色或空白-编码与可获得的数据库中的蛋白没有显著同源性的蛋白的0RF。在图中也列出了按功能分配的0RF。图中的信息也包括在图2的表格形式中。图2A-X 噬菌体F168/08基因组的特征，包括基因产物和推定功能的分配。图中包括基因组的ORF的列表并为每个ORF提供了⑴其在基因组中的位置；(ii)其编码的氨基酸序列；(iii)同源蛋白，和其编码的多肽内的保守性结构域的列表；和(iv)推定功能的分配。图2中列出的ORF 1-116分别编码SEQ ID NO :8-130的氨基酸序列。图3A-B 通过分离自临床样品的105个粪肠球菌(EFS) (3A)和56个屎肠球菌 (EFM) (3B)菌株中的斑点测试确定的F168/08的宿主范围。每个斑点包含5μ 1具有所示滴度的噬菌体悬浮液(从CsCl纯化的裂解物制备而来)。基于混浊μ+)至清晰(++++)范围
内裂解色圈的相对等级评价每个菌株对于噬菌体的敏感性。对噬菌体感染的抗性被标记为 ㈠。图4 :F170/08基因组的组织结构示意图，其包含SEQ ID NO 2的核酸序列。基因组中所预测的ORF以箭头表示并以黑色编号。箭头的方向表示转录的方向。颜色编码黑色-可以基于同源蛋白的已知功能为其产物进行功能分配的ORF(使用相同的数字标明并通过小写字母区分了编码显示出与相同或相似蛋白的同源性的产物的0RF)；灰色-编码类似于具有未知功能的蛋白的产物的0RF;白色或空白-编码与可获得的数据库中的蛋白没有显著同源性的蛋白的0RF。在图中也列出了按功能分配的0RF。图中的信息也包括在图 5的表格形式中。图5A-AR 噬菌体F170/08基因组的特征，包括基因产物和推定功能的分配。图中包括基因组的ORF的列表并为每个ORF提供了⑴其在基因组中的位置；(ii)其编码的氨基酸序列；(iii)同源蛋白，和其编码的多肽内的保守性结构域的列表；和(iv)推定功能的分配。图5中列出的ORF 1-213分别编码SEQ ID NO 131-343的氨基酸序列。图6A-B 通过分离自临床样品的105个粪肠球菌(EFS) (6A)和56个屎肠球菌 (EFM) (6B)菌株中的斑点试验确定的F170/08的宿主范围。每个斑点包含5μ 1具有标明的滴度的噬菌体悬浮液(从CsCl纯化的裂解物制备而来)。基于混浊(+)至清晰(++++)范围内的裂解色圈的相对等级评价每个菌株对于噬菌体的敏感性。对噬菌体感染的抗性标记为㈠。图7 :F770/05基因组的组织结构示意图，其包含SEQ ID NO 3的核酸序列。基因组中的预测的ORF以箭头表示并以黑色编号。箭头的方向表示转录的方向。颜色编码黑色-可以基于同源蛋白的已知功能为其产物进行功能分配的ORF(使用相同的数字标明并通过小写字母区分了编码显示出与相同或相似蛋白的同源性的产物的0RF)；灰色_编码类似于具有未知功能的蛋白的产物的0RF;白色或空白-编码与可获得的数据库中的蛋白没有显著同源性的蛋白的0RF。在图中也列出了按功能分配的0RF。图中的信息也包括在图 8的表格形式中。图8A-AC 噬菌体F770/05基因组的特征，包括基因产物和推定功能的分配。图中包括基因组的ORF的列表并为每个ORF提供了⑴其在基因组中的位置；(ii)其编码的氨基酸序列；(iii)同源蛋白，和其编码的多肽内的保守性结构域的列表；和(iv)推定功能的分配。图8中列出的ORF 1-95分别编码SEQ ID NO =344-438的氨基酸序列。图9 通过分离自临床样品的100个铜绿假单胞菌(PSA)菌株中的斑点试验确定的F770/05的宿主范围。每个斑点包含5 μ 1具有标明的滴度的噬菌体悬浮液(从CsCl纯化的裂解物制备而来)。基于混浊(+)至清晰(++++)范围内裂解色圈的相对等级评价每个菌株对于噬菌体的敏感性。对噬菌体感染的抗性标记为(_)。图10 :F197/08基因组的组织结构示意图，其包含SEQ ID NO 4的核酸序列。基因组中所预测的ORF以箭头表示并以黑色编号。箭头的方向表示转录的方向。颜色编码黑色-可以基于同源蛋白的已知功能为其产物进行功能分配的ORF(使用相同的数字标明并通过小写字母区分了编码显示出与相同或相似蛋白的同源性的产物的0RF)；灰色-编码类似于具有未知功能的蛋白的产物的0RF;白色或空白-编码与可获得的数据库中的蛋白没有显著同源性的蛋白的0RF。在图中也列出了按功能分配的0RF。图中的信息也包括在图 11的表格形式中。图IlA-AA 噬菌体F197/08基因组的特征，包括基因产物和推定功能的分配。图中包括基因组的ORF的列表并为每个ORF提供了⑴其在基因组中的位置；(ii)其编码的氨基酸序列；(iii)同源蛋白，和其编码的多肽内的保守性结构域的列表；和(iv)推定功能的分配。图11中列出的ORF 1-66分别编码SEQ ID NO =439-553的氨基酸序列。图12 通过分离自临床样品的100个金黄色葡萄球菌(STA)菌株中的斑点试验确定的F197/08的宿主范围。每个斑点包含5μ 1具有标明的滴度的噬菌体悬浮液(从CsCl 纯化的裂解物制备而来)。基于混浊(+)至清晰(++++)范围内裂解色圈的相对等级评价每个菌株对于噬菌体的敏感性。对噬菌体感染的抗性标记为(_)。图13 :F86/06基因组的组织结构示意图，其包含SEQ ID NO 5的核酸序列。基因组中所预测的ORF以箭头表示并以黑色编号。箭头的方向表示转录的方向。颜色编码黑色-可以基于同源蛋白的已知功能为其产物进行功能分配的ORF(使用相同的数字标明并通过小写字母区分了编码显示出与相同或相似蛋白的同源性的产物的0RF)；灰色-编码类似于具有未知功能的蛋白的产物的0RF;白色或空白-编码与可获得的数据库中的蛋白没有显著同源性的蛋白的0RF。在图中也列出了按功能分配的0RF。图中的信息也包括在图 14的表格形式中。图14A-S 噬菌体F86/06基因组的特征，包括基因产物和推定功能的分配。图中包括基因组的ORF的列表并为每个ORF提供了⑴其在基因组中的位置；(ii)其编码的氨基酸序列；(iii)同源蛋白，和其编码的多肽内的保守性结构域的列表；和(iv)推定的功能的分配。图14中列出的ORF 1-63分别编码SEQ ID NO =554-616的氨基酸序列。图15 通过分离自临床样品的100个金黄色葡萄球菌(STA)菌株中的斑点试验确定的F86/06的宿主范围。每个斑点包含5μ1具有标明的滴度的噬菌体悬浮液(从CsCl 纯化的裂解物制备而来)。基于混浊(+)至清晰(++++)范围内裂解色圈的相对等级评价每个菌株对于噬菌体的敏感性。对噬菌体感染的抗性标记为(_)。图16 :F87s/06基因组的组织结构示意图，其包含SEQ ID NO 6的核酸序列。基因组中所预测的ORF以箭头表示并以黑色编号。箭头的方向表示转录的方向。颜色编码黑色-可以基于同源蛋白的已知功能为其产物进行功能分配的ORF(使用相同的数字标明并通过小写字母区分了编码显示出与相同或相似蛋白的同源性的产物的0RF)；灰色-编码类似于具有未知功能的蛋白的产物的0RF;白色或空白-编码与可获得的数据库中的蛋白没有显著同源性的蛋白的0RF。在图中也列出了按功能分配的0RF。图中的信息也包括在图 17的表格形式中。图17A-U 噬菌体F87s/06基因组的特征，包括基因产物和推定功能的分配。图中包括基因组的ORF的列表并为每个ORF提供了⑴其在基因组中的位置；(ii)其编码的氨基酸序列；(iii)同源蛋白，和其编码的多肽内的保守性结构域的列表；和(iv)推定功能的分配。图17中列出的ORF 1-61分别编码SEQ ID NO =617-681的氨基酸序列。图18 通过分离自临床样品的100个金黄色葡萄球菌(STA)菌株中的斑点试验确定的F87s/06的宿主范围。每个斑点包含5μ 1具有标明的滴度的噬菌体悬浮液(从CsCl 纯化的裂解物制备而来)。基于混浊(+)至清晰(++++)范围内裂解色圈的相对等级评价每个菌株对于噬菌体的敏感性。对噬菌体感染的抗性标记为(_)。图19 :F91a/06基因组的组织结构示意图，其包含SEQ ID NO 7的核酸序列。基因组中所预测的ORF以箭头表示并以黑色编号。箭头的方向表示转录的方向。颜色编码黑色-可以基于同源蛋白的已知功能为其产物进行功能分配的ORF(使用相同的数字标明并通过小写字母区分了编码显示出与相同或相似蛋白的同源性的产物的0RF)；灰色-编码类似于具有未知功能的蛋白的产物的0RF;白色或空白-编码与可获得的数据库中的蛋白没有显著同源性的蛋白的0RF。在图中也列出了按功能分配的0RF。图中的信息也包括在图 20的表格形式中。图20A-U 噬菌体F91a/06基因组的特征，包括基因产物和推定功能的分配。图中包括基因组的ORF的列表并为每个ORF提供了⑴其在基因组中的位置；(ii)其编码的氨基酸序列；(iii)同源蛋白，和其编码的多肽内的保守性结构域的列表；和(iv)推定功能的分配。图20中列出的ORF 1-64分别编码SEQ ID NO =682-754的氨基酸序列。图21 通过分离自临床样品的100个金黄色葡萄球菌(STA)菌株中的斑点试验确定的F91a/06的宿主范围。每个斑点包含5μ 1具有标明的滴度的噬菌体悬浮液(从CsCl 纯化的裂解物制备而来)。基于混浊(+)至清晰(++++)范围内裂解色圈的相对等级评价每个菌株对于噬菌体的敏感性。对噬菌体感染的抗性标记为(_)。图22 :F1245/05基因组的组织结构示意图，其包含SEQ ID NO :760的核酸序列。 431Λ基因组中所预测的ORF以箭头表示并以黑色编号。对于按功能分配的0RF，将数字替换为所预测的功能。箭头的方向表示转录的方向。颜色编码黑色-可以基于同源蛋白为其产物进行功能分配的ORF ；灰色-编码类似于具有未知功能的蛋白的产物的ORF ；条纹-具有基于其相对基因组位置以及基于编码的产物中推定的跨膜结构域的存在而分配的功能的ORF ；空白箭头-编码与数据中的蛋白没有显著同源性的蛋白的0RF。图23A-I 噬菌体F1M5/05基因组的特征，包括基因产物并提供了推定功能的分配。图24A-E:提供了通过分离自临床样品的100个鲍氏不动杆菌菌株中的斑点测试确定的F1M5/05的宿主范围。每个斑点包含5μ1具有标明的滴度的噬菌体悬浮液(从 CsCl纯化的裂解物制备而来)。基于混浊(+)至清晰(++++)范围内裂解色圈的相对等级评价对于噬菌体的敏感性。对噬菌体感染的抗性标记为(_)。6.发明详述本发明涉及具有针对医院病原体鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌的一个或多个种或菌株的抗菌活性的分离的噬菌体及其分离的多肽产物。在一个实施方式中，提供了显示出针对金黄色葡萄球菌的甲氧西林抗性株 (MRSA)的抗微生物和/或抗菌活性的分离的噬菌体或多肽。另外，本发明的噬菌体和多肽可以显示出针对致病细菌的一个或多个种或菌株的抗菌或抗微生物活性，所述致病细菌包括但不限于表皮葡萄球菌(S.印idermidis)、耳葡萄球菌(S. auricularis)、头葡萄球菌(S. capitis)、溶血性葡萄球菌(S. haemolyticus)、人葡萄球菌(S. hominis)、腐生性葡萄球菌(S. saprophyticus)、模仿葡萄球菌(S. simulans)、木糖葡萄球菌(S. xylosis)、 滕黄微球菌(Micrococcus luteus)、枯草芽孢杆菌(Bacilus subtilis)、短小芽孢杆菌 (B. pumilus)、E. hirae 禾口鸟肠球菌(E. avium)。
在一个实施方式中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO=I的核酸序列或由SEQ ID NO 1的核酸序列组成的基因组的噬菌体。根据该实施方式的具体实例是分离的噬菌体 F168/08，其靶向粪肠球菌和屎肠球菌的多种菌株。在图2中提供了 F168/08基因组中的开放阅读框(ORF)，由所述ORF编码的氨基酸序列和所编码的氨基酸序列(即所编码的蛋白和 /或多肽)的推定功能的分配(还提供了氨基酸序列SEQ ID NO :8-130)。肠球菌属是革兰氏阳性的球形菌，其以组或链形成菌落。其被发现是很多哺乳动物(包括人类)中的消化道菌群的一部分。肠球菌属感染占所有医院感染的12%。肠球菌属感染可以引起复杂的腹部感染、皮肤和皮肤结构感染、尿道感染和血流的感染，这些可能是难于治疗的，尤其是在所涉及的菌株产生了针对数种抗生素的抗性的情况下。在这样的情况下，感染可能危及生命，尤其是当患者已经是免疫缺损的时候。粪肠球菌构成主要的肠球菌属感染，并且是位于人类和其它哺乳动物的胃肠道中的革兰氏阳性的共生细菌。其是非能动和兼性厌氧的。粪肠球菌可以引起人类中的心内膜炎，以及膀胱、前列腺和附睾感染，包括危及生命的感染，尤其是在医院环境中。粪肠球菌对于很多通常使用的抗微生物试剂(例如，氨基糖苷类、氨曲南、头孢菌素、氯洁霉素、半合成的青霉素萘夫西林和苯唑西林、三甲氧苄氨嘧啶一磺胺甲异噁唑等)有抗性。已知屎肠球菌对于数种类型的抗生素(包括喹诺酮类和氨基糖苷类)具有抗性。 屎肠球菌的万古霉素抗性菌株也是已知的。对于数种抗生素的抗性和对于不利条件的耐受使得屎肠球菌成为医学界的一个主要担忧，这使得该微生物获得了“超级细菌”的称号。在另一个实施方式中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO 2的核酸序列或由SEQ ID NO 2的核酸序列组成的基因组的噬菌体。根据该实施方式的具体实例是分离的噬菌体F170/08， 其靶向粪肠球菌和屎肠球菌的多种菌株。在图5中提供了 F170/08基因组中的开放阅读框 (ORF)，由所述ORF编码的氨基酸序列和所编码的氨基酸序列(即编码的蛋白和/或多肽) 的推定功能的分配(还提供了氨基酸序列SEQ ID NO :131-343)。在另一个实施方式中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO :3的核酸序列或由SEQ ID NO :3的核酸序列组成的基因组的噬菌体。根据该实施方式的具体实例是分离的噬菌体 F770/05，其靶向铜绿假单胞菌的多种菌株。在图8中提供了 F770/05基因组中的开放阅读框(ORF)，由所述ORF编码的氨基酸序列和所编码的氨基酸序列(即编码的蛋白和/或多肽)的推定功能的分配(还提供了氨基酸序列SEQ ID NO :344-438)。铜绿假单胞菌是常见的革兰氏阴性的棒状细菌，其存在于土壤、水、皮肤菌群和多数人造环境中。其不仅在正常大气中茁壮成长，而且在极少的氧的情况下作为兼性厌氧微生物茁壮成长，并且其可以感染受损的组织或免疫缺损的个体。当此类定殖发生于关键的身体器官例如肺、尿道和肾中时，结果可以是致命的。由于其在表面上茁壮成长，所以该细菌也存在于医学设备(包括导管)之上和之内，引起医院和诊所中的交叉感染。铜绿假单胞菌是最相关的机会性、医院的病原体之一，据估计10例在医院中获得的感染中有1例是来自假单胞菌属。铜绿假单胞菌也是烧伤感染的最常见的诱因，以及医学设备(例如导管) 的最常见的定殖者。在另一个实施方式中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO :4的核酸序列或由SEQ ID NO :4的核酸序列组成的基因组的噬菌体。根据该实施方式的具体实例是分离的噬菌体 F197/08，其靶向金黄色葡萄球菌的多种菌株。在图11中提供了 F197/08基因组中的开放阅读框(ORF)，由所述ORF编码的氨基酸序列和所编码的氨基酸序列(即编码的蛋白和/或多肽)的推定功能的分配(还提供了氨基酸序列SEQ ID NO :439-553)。在另一个实施方式中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO :5的核酸序列或由SEQ ID NO :5的核酸序列组成的基因组的噬菌体。根据该实施方式的具体实例是分离的噬菌体 F86/06，其靶向金黄色葡萄球菌的多种菌株。在图14中提供了 F86/06基因组中的开放阅读框(ORF)，由所述ORF编码的氨基酸序列和所编码的氨基酸序列(即编码的蛋白和/或多肽)的推定功能的分配(还提供了氨基酸序列SEQ ID NO =554-616) 0在另一个实施方式中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO :6的核酸序列或由SEQ ID NO :6的核酸序列组成的基因组的噬菌体。根据该实施方式的具体实例是分离的噬菌体 F87s/06，其靶向金黄色葡萄球菌的多种菌株。在图17中提供了 F87s/06基因组中的开放阅读框(ORF)，由所述ORF编码的氨基酸序列和所编码的氨基酸序列(即编码的蛋白和/或多肽)的推定功能的分配(还提供了氨基酸序列SEQ ID NO :617-681)。在另一个实施方式中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO :7的核酸序列或由SEQ ID NO :7的核酸序列组成的基因组的噬菌体。根据该实施方式的具体实例是分离的噬菌体 F91a/06，其靶向金黄色葡萄球菌的多种菌株。在图20中提供了 F91a/06基因组中的开放阅读框(0RF)，由所述ORF编码的氨基酸序列和所编码的氨基酸序列(即编码的蛋白和/或多肽)的推定功能的分配(还提供了氨基酸序列SEQ ID NO =682-754) 0金黄色葡萄球菌是球形的、兼性厌氧的、革兰氏阳性细菌，通常是存在于鼻子中和皮肤上的皮肤菌群的一部分。金黄色葡萄球菌可以引起多种疾病，既有小的皮肤感染(例如丘疹)，又有肠胃炎，还有危及生命的疾病，例如肺炎、脑膜炎、骨髓炎、心内膜炎、中毒性休克综合征(TSS)、菌血症和败血症。其是医院感染的5种最常见的诱因之一，并且经常是手术后创伤感染的诱因。目前，金黄色葡萄球菌已经对很多常用的抗生素产生了抗性，据估计，仅有2%的金黄色葡萄球菌分离体对于青霉素是敏感的。开发了第二代青霉素，例如甲氧西林、苯唑西林、氯唑西林和氟氯西林，以治疗青霉素抗性的金黄色葡萄球菌。甲氧西林是该类别中第一个被使用的抗生素，但是仅仅2年后就报道了甲氧西林抗性的金黄色葡萄球菌(MRSA)的第一例。从二十世纪九十年代开始，在医院中爆发了 MRSA的流行，其现在被认为是地方性流行。在另一个实施方式中，本发明提供了具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列或由SEQ ID NO :760的核酸序列组成的基因组的噬菌体。根据该实施方式的具体实例是分离的噬菌体F1245/05，其靶向鲍氏不动杆菌的多种菌株。在图23中提供了 F1M5/05基因组中的开放阅读框(ORF)，由所述ORF编码的氨基酸序列和所编码的氨基酸序列(即编码的蛋白和/ 或多肽)的推定功能的分配(还提供了氨基酸序列SEQ ID NO :761-816)。鲍氏不动杆菌是引起(尤其是在具有缺陷的免疫系统的个体中)多种严重的临床感染的细菌种类。鲍氏不动杆菌是多形的需氧的革兰氏阴性细菌，其通常分离自医院环境和住院的患者。该细菌通常进入身体的开放性伤口、导管或呼吸管。鲍氏不动杆菌通常定殖于含水的环境，并且通常培养自住院患者的痰或呼吸分泌物、伤口和尿。在医院环境中， 鲍氏不动杆菌通常定殖于灌洗液和静脉内溶液。还已知其对于多种抗生素有抗性，近年来由鲍氏不动杆菌引起的医院感染的数目增加了。在一些实施方式中，本发明的噬菌体包含与SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ IDNO 3, SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO 7 或 SEQ ID NO :760 的核酸序列具有至少85%，90%，95%，96%，97%，98%或至少99%序列同一性的基因组或由其组成，所述噬菌体显示出噬菌体 F168/08，F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06, F91a/06和F1M5/05中的一种或多种的至少一个生物学(例如抗微生物或抗菌)活性(例如溶解杀灭活性)。备选地或另外，本发明的噬菌体可以具有包含SEQ ID N0:1,SEQ ID NO 2，SEQ ID NO 3, SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO 7 或 SEQ ID NO 760的核酸序列的功能性片段(包括图2、5、8、11、14、17、20和23中描述的任意开放阅读框的序列)的基因组。本发明还提供了经本发明的一种或多种噬菌体感染的分离的细菌。在一些实施方式中，本发明提供了经具有包含SEQ ID NO :1和/或SEQID NO :2的核酸序列或由所述核酸序列组成的基因组的噬菌体感染的分离的粪肠球菌或屎肠球菌。在其它实施方式中，本发明提供了经具有包含SEQ ID NO :3的核酸序列或由SEQ ID NO :3的核酸序列组成的基因组的噬菌体感染的分离的铜绿假单胞菌。在其它实施方式中，本发明提供了经具有包含 SEQ ID NO 4, SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6 禾口 / 或 SEQ ID NO 7 的核酸序列或由所述核酸序列组成的基因组的噬菌体感染的分离的金黄色葡萄球菌。在其它实施方式中，本发明提供了经具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列或由SEQ ID NO :760的核酸序列组成的基因组的噬菌体感染的分离的鲍氏不动杆菌。本发明提供了产生和分离噬菌体的方法，所述噬菌体具有包含SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 2, SEQ ID N0:3，SEQ ID N0:4，SEQ ID N0:5，SEQ ID N0:6，SEQ ID NO :7 或 SEQ ID NO 760的核酸序列或由所述核酸序列组成的基因组。在一些实施方式中，本发明提供了生产和/或分离噬菌体的方法，所述噬菌体具有包含SEQ ID NO :1或SEQ ID NO :2的核酸序列或由所述核酸序列组成的基因组，所述方法包括(i)获得粪肠球菌或屎肠球菌的培养物； (ii)用具有包含SEQ ID NO :1或SEQ ID NO :2的核酸序列或由所述核酸序列组成的基因组的噬菌体感染所述培养物；(iii)培养，直至观察到培养物的显著裂解；和(iv)从培养物中分离噬菌体。在其它实施方式中，本发明提供了生产和/或分离噬菌体的方法，所述噬菌体具有包含SEQ ID NO 3的核酸序列或由SEQ ID NO 3的核酸序列组成的基因组，所述方法包括(i)获得铜绿假单胞菌的培养物；( )用具有包含SEQ ID NO 3的核酸序列或由SEQ ID NO 3的核酸序列组成的基因组的噬菌体感染所述培养物；(iii)培养，直至观察到培养物的显著裂解；和(iv)从培养物中分离噬菌体。在其它实施方式中，本发明提供了生产和 /或分离噬菌体的方法，所述噬菌体具有包含SEQ ID NO 4, SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6或 SEQ ID NO :7的核酸序列或由所述核酸序列组成的基因组，所述方法包括(i)获得金黄色葡萄球菌的培养物；(ii)用具有包含SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO 6或SEQ ID NO 7的核酸序列或由所述核酸序列组成的基因组的噬菌体感染所述培养物；(iii)培养， 直至观察到培养物的显著裂解；和(iv)从培养物中分离噬菌体。在其它实施方式中，本发明提供了生产和/或分离噬菌体方法，所述噬菌体具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列或由SEQ ID NO :760的核酸序列组成的基因组，所述方法包括(i)获得鲍氏不动杆菌的培养物；(ii)用具有包含SEQ ID NO :760的核酸序列或由SEQ ID NO :760的核酸序列组成的基因组的噬菌体感染所述培养物；(iii)培养，直至观察到培养物的显著裂解；和(iv)从培养物中分离噬菌体。
可以使用本文所描述的或本领域已知的任意方法从细菌样品中分离噬菌体(见， 例如Carlson,"Working with bacteriophages common techniques and methodological approaches,，，In, Kutter 禾口 Sulakvel idze (Eds) Bacteriophages :Biology and Applications, 5th ed. CRC Press (2005)；通过引用方式全文并入本文)。本发明还提供了分离自本发明的噬菌体的多肽。所述分离的多肽可以是全长噬菌体蛋白或者可以是噬菌体蛋白的片段、变体或衍生物，条件是所述片段、变体或衍生物显示出与其所衍生自的噬菌体或多肽相关的至少一种生物学活性。在一些实施方式中，本发明的多肽分离自噬菌体F1M5/05 (其通常感染鲍氏不动杆菌)、F168/08或F170/08 (它们通常感染粪肠球菌和/或屎肠球菌)、噬菌体F770/05 (其通常感染铜绿假单胞菌)或噬菌体 F197/08, F86/06, F87s/06或F91a/06 (它们通常感染金黄色葡萄球菌)。在具体的实施方式中，本发明的多肽是分离自噬菌体的内溶素或溶素，所述噬菌体具有包含 SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO :7或SEQ ID NO :760或由所述序列组成的基因组(例如分别是噬菌体F168/08， F170/08, F197/08, F86/06, F87s/06, F9la/06 或 F1245/05)。在具体的实施方式中，本发明的多肽是内溶素或溶素，其具有包含SEQ ID NO :797, SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :184，SEQ ID NO :202,SEQ ID NO 203,SEQ ID NO 446,SEQ ID NO 447,SEQ ID NO 448,SEQ ID N0: 575, SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712的氨基酸序列或由所述氨基酸序列组成。在其它实施方式中，本发明的分离的多肽是分离自本发明的噬菌体的内溶素或溶素的片段、变体或衍生物，所述片段、变体或衍生物显示出其所分离自或衍生自的内溶素、溶素或噬菌体的至少一种生物学活性，优选为抗菌活性(例如溶解杀灭活性)。因此，在一些实施方式中，本发明提供了分离的多肽，其是分离自本发明的噬菌体的内溶素或溶素的片段、变体或衍生物， 所述片段、变体或衍生物显示出针对鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌或金黄色葡萄球菌中的一种或多种的抗菌或抗微生物活性(例如溶解杀灭活性)。在其它实施方式中，所述分离的多肽是分离自本发明的噬菌体的内溶素或溶素的片段、变体或衍生物，其显示出针对鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌或金黄色葡萄球菌之外的一种或多种细菌(例如铜绿假单胞菌)的抗菌或抗微生物活性(例如溶解杀灭活性)。在一些实施方式中，本发明的多肽包含氨基酸序列 SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 184, SEQ ID NO :202 或 SEQ ID NO :203 或其片段、变体或衍生物，或由所述氨基酸序列或其片段、变体或衍生物组成，所述多肽显示出针对粪肠球菌或屎肠球菌的抗菌或抗微生物活性。在其它实施方式中，本发明的多肽包含氨基酸序列 SEQ ID NO :446, SEQ ID NO 447, SEQ ID NO 448, SEQ ID NO 575, SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712或其片段、变体或衍生物，或由所述氨基酸序列或其片段、变体或衍生物组成，所述多肽显示出针对金黄色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性。在其它实施方式中，本发明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO :797或其片段、变体或衍生物，或由所述氨基酸序列或其片段、变体或衍生物组成，所述多肽显示出针对鲍氏不动杆菌的抗菌或抗微生物活性。在一些实施方式中，本发明的多肽包含分离自噬菌体F168/08，Fl70/08，F770/05， F197/08, F86/06, F87s/06或F91a/06的内溶素或溶素的CHAP结构域或由所述CHAP结构域组成。已经证明所述分离的CHAP结构域保留其所衍生自的内溶素或溶素的抗菌活性，例如溶解杀灭活性；可以通过本领域的常规方法鉴定并分离CHAP结构域(见，例如Rigden等A, 2003, Trends Biochem. Sci. 28 :230-234 ；Bateman等人，2003，iTrends Biochem. Scu. 28 234-237，其各自通过引用方式全文并入本文)。在具体的实施方式中，本发明的多肽包含分离自具有 SEQ ID NO 68, SEQ ID NO :184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO 446，SEQ ID NO :447，SEQ ID NO :448，SEQ ID NO :575，SEQ ID NO :641 或 SEQ ID NO :712 的氨基酸序列的多肽的CHAP结构域或由所述CHAP结构域组成。在具体的实施方式中，本发明提供了分离的多肽，其包含源自具有SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO :575， SEQ ID NO 641或SEQ ID NO :712的氨基酸序列的第二多肽的CHAP结构域或由所述CHAP 结构域组成，其中所述CHAP结构域分别具有SEQ ID NO :755，SEQ ID NO :756，SEQ ID NO 757，SEQ ID NO :758或SEQ ID NO :759的氨基酸序列。即，SEQ ID NO :755对应于源自具有SEQ ID NO :68的氨基酸序列的多肽的CHAP结构域；SEQ ID NO :756对应于源自具有SEQ ID NO :446的氨基酸序列的多肽的CHAP结构域，以此类推。在其它实施方式中，本发明提供了分离自噬菌体 F168/08, F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06 或 F9la/06 的内溶素或溶素的CHAP结构域的片段、变体或衍生物，所述片段、变体或衍生物显示出其所衍生自的CHAP结构域的至少一种生物学活性，例如溶解细胞杀灭，并且其中所述CHAP结构域具有 SEQ ID NO :755, SEQ ID NO :756，SEQ ID NO :757，SEQ ID NO :758 或 SEQ ID NO :759 的氨基酸序列。表1中提供了 SEQ ID NO :755-SEQ ID NO :759的氨基酸序列。表1 分离自本发明的噬菌体的CHAP结构域的氨基酸序列
权利要求
1.分离的噬菌体，其具有包含SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :2，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO 4，SEQ ID NO 5, SEQ ID NO :6，SEQ ID NO 7 或 SEQ ID NO :760 的核酸序列的基因组。
2.药物组合物，其包含权利要求1的噬菌体和药学上可接受的载体。
3.权利要求2的药物组合物，其包含具有包含SEQID NO :1或SEQ ID NO 2的核酸序列的基因组的噬菌体；还包含有效抵抗粪肠球菌(Enterococcus faecalis)或屎肠球菌(Enterococcus faecium)的一种或多种其它噬菌体。
4.权利要求2的药物组合物，其包含具有包含SEQID NO :1或SEQ ID NO 2的核酸序列的基因组的噬菌体；还包含有效抵抗粪肠球菌或屎肠球菌之外的细菌的一种或多种其它噬菌体。
5.权利要求2的药物组合物，其包含具有包含SEQID NO 3的核酸序列的基因组的噬菌体；还包含有效抵抗铜绿假单胞菌O^seudomonas aeruginosa)的一种或多种其它噬菌体。
6.权利要求2的药物组合物，其包含具有包含SEQID NO 3的核酸序列的基因组的噬菌体；还包含有效抵抗铜绿假单胞菌之外的细菌的一种或多种其它噬菌体。
7.权利要求2的药物组合物，其包含具有包含SEQID NO 4, SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :6或SEQ ID NO :7的核酸序列的基因组的噬菌体；还包含有效抵抗金黄色葡萄球菌 (Staphylococcus aureus)的一种或多种其它噬菌体。
8.权利要求2的药物组合物，其包含具有包含SEQID NO 4, SEQ ID NO :5，SEQ ID NO 6或SEQ ID NO 7的核酸序列的基因组的噬菌体；还包含有效抵抗金黄色葡萄球菌之外的细菌的一种或多种其它噬菌体。
9.权利要求2的药物组合物，其包含具有包含SEQID NO :760的核酸序列的基因组的噬菌体；还包含有效抵抗鲍氏不动杆菌(AcinetcAacter baumannii)的一种或多种其它噬菌体。
10.权利要求2的药物组合物，其包含具有包含SEQID NO :760的核酸序列的基因组的噬菌体；还包含有效抵抗鲍氏不动杆菌之外的细菌的一种或多种其它噬菌体。
11.来自噬菌体F1245/05, F168/08, F170/08, F197/08, F86/06, F87s/06 或 F9la/06 的分离的溶素蛋白或其片段、变体或衍生物，具有针对鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌和金黄色葡萄球菌中的一种或多种的抗菌或抗微生物活性。
12.权利要求11的分离的溶素蛋白，所述蛋白具有SEQID NO 68, SEQ ID NO 184, SEQ ID NO :202,SEQ ID NO 203,SEQ ID NO 446,SEQ ID NO 447,SEQ ID NO 448,SEQ ID N0: 575，SEQ ID NO :641，SEQ ID NO :712，SEQ ID NO :797的氨基酸序列，或其片段、变体或衍生物，其中所述片段、变体或衍生物具有针对粪肠球菌、屎肠球菌、金黄色葡萄球菌和鲍氏不动杆菌中的一种或多种的抗菌或抗微生物活性。
13.与相同大小的第二蛋白具有至少85%序列同一性的分离的第一蛋白，其中所述第一蛋白具有针对鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌和金黄色葡萄球菌中的一种或多种的抗菌或抗微生物活性，并且所述第二蛋白具有SEQ ID NO :797, SEQ ID NO 68，SEQ ID N0: 184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO :446，SEQ ID NO :447，SEQ ID NO :448， SEQ ID NO :575, SEQ ID NO :641，SEQ ID NO :712 的氨基酸序列或其片段。
14.权利要求13的分离的第一蛋白，其与所述第二蛋白具有至少95%的序列同一性。
15.权利要求11的片段，其中所述片段是分离自具有SEQID NO 68, SEQ ID NO 184， SEQ ID NO :202, SEQ ID NO 203, SEQ ID NO 446, SEQ ID NO 447, SEQ ID NO 448, SEQ ID NO :575, SEQ ID NO :641或SEQ ID NO :712的氨基酸序列的多肽的CHAP结构域。
16.权利要求15的片段，其中所述片段具有SEQID NO :755，SEQ ID NO :756，SEQ ID NO :757, SEQ ID NO :758 或 SEQ ID NO :759 的氨基酸序列。
17.来自噬菌体F168/08，F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06, F9la/06 或 F1M5/05的分离的尾部带测定蛋白或尾部蛋白，或其片段、变体或衍生物，其具有与其所分离自的噬菌体相关的生物学活性。
18.权利要求17的分离的尾部带测定蛋白或尾部蛋白，所述蛋白具有SEQID NO :61， SEQ ID NO 63, SEQ ID NO :204，SEQ ID NO :214，SEQ ID NO :435，SEQ ID NO :438，SEQ ID NO :440, SEQ ID NO :525，SEQ ID NO :526，SEQ ID NO :527，SEQ ID NO :528，SEQ ID NO 529，SEQ ID NO :530，SEQ ID NO :531，SEQ ID NO :532，SEQ ID NO :533，SEQ ID NO :534， SEQ ID NO :535,SEQ ID NO 536,SEQ ID NO :537,SEQ ID NO 538,SEQ ID NO 539,SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568，SEQ ID NO :632，SEQ ID NO :633，SEQ ID NO :700，SEQ ID NO 701, SEQ ID NO 702, SEQ ID NO 703, SEQ ID NO 704, SEQ ID NO :795 的氨基酸序列，或其片段、变体或衍生物，其中所述片段、变体或衍生物具有与其所分离自或衍生自的噬菌体相关的生物学活性。
19.与相同大小的第二蛋白具有至少85%序列同一性的分离的第一蛋白，其中所述第一蛋白具有与噬菌体 F168/08，F170/08, F770/05, F197/08, F86/06, F87s/06, F9la/06 或 F1M5/05相关的生物学活性，并且所述第二蛋白具有SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63，SEQ ID NO :204, SEQ ID N0:214，SEQ ID N0:435，SEQ ID NO :438, SEQ ID NO :440, SEQ ID NO: 525，SEQ ID NO :526, SEQ ID NO :527, SEQ ID NO :528, SEQ ID NO :529, SEQ ID NO :530, SEQ ID NO :531,SEQ ID NO :532,SEQ ID NO :533,SEQ ID NO :534,SEQ ID NO :535,SEQ ID NO: 536，SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538, SEQ ID NO :539, SEQ ID NO :567, SEQ ID NO :568, SEQ ID NO :632,SEQ ID NO :633,SEQ ID NO :700,SEQ ID NO :701,SEQ ID NO :702,SEQ ID NO :703, SEQ ID NO =704, SEQ ID NO :795 的氨基酸序列或其片段。
20.权利要求19的分离的第一蛋白，其与所述第二蛋白具有至少95%的序列同一性。
21.药物组合物，其包含权利要求11或17的分离的蛋白和药学上可接受的载体。
22.权利要求21的药物组合物，其包含具有SEQID NO :61，SEQ ID NO :63，SEQ ID NO 68, SEQ ID NO :184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO :204 或 SEQ ID NO 214的氨基酸序列的分离的蛋白，或其具有针对粪肠球菌或屎肠球菌的抗菌或抗微生物活性的片段、变体或衍生物；还包含有效抵抗粪肠球菌或屎肠球菌的一种或多种噬菌体或其它蛋白。
23.权利要求21的药物组合物，其包含具有SEQID NO :61，SEQ ID NO :63，SEQ ID NO 68, SEQ ID NO :184，SEQ ID NO :202，SEQ ID NO :203，SEQ ID NO :204 或 SEQ ID NO 214的氨基酸序列的分离的蛋白，或其具有针对粪肠球菌或屎肠球菌的抗菌或抗微生物活性的片段、变体或衍生物；还包含有效抵抗粪肠球菌或屎肠球菌之外的细菌的一种或多种噬菌体或其它蛋白。
24.权利要求21的药物组合物，其包含具有SEQID NO :435或SEQ ID NO :438的氨基酸序列的分离的蛋白，或其具有针对铜绿假单胞菌的抗菌或抗微生物活性的片段、变体或衍生物；还包含有效抵抗铜绿假单胞菌的一种或多种噬菌体或其它蛋白。
25.权利要求21的药物组合物，其包含具有SEQID NO :435或SEQ ID NO :438的氨基酸序列的分离的蛋白，或其具有针对铜绿假单胞菌的抗菌或抗微生物活性的片段、变体或衍生物；还包含有效抵抗铜绿假单胞菌之外的细菌的一种或多种噬菌体或其它蛋白。
26.权利要求21的药物组合物，其包含具有SEQID NO 440, SEQ ID NO 525, SEQ ID NO :526, SEQ ID NO 527, SEQ ID NO 528, SEQ ID NO 529, SEQ ID NO 530, SEQ ID NO :531， SEQ ID NO :532, SEQ ID NO 533, SEQ ID NO 534, SEQ ID NO 535, SEQ ID NO 536, SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538，SEQ ID NO :539，SEQ ID NO :567，SEQ ID NO :568，SEQ ID NO 632，SEQ ID NO :633，SEQ ID NO :700，SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702，SEQ ID NO :703， SEQ ID NO :704的氨基酸序列的分离的蛋白，或其具有针对金黄色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性的片段、变体或衍生物；还包含有效抵抗金黄色葡萄球菌的一种或多种噬菌体或其它蛋白。
27.权利要求21的药物组合物，其包含具有SEQID NO 440, SEQ ID NO 525, SEQ ID NO :526,SEQ ID NO 527,SEQ ID NO 528,SEQ ID NO 529,SEQ ID NO 530,SEQ ID NO :531， SEQ ID NO :532, SEQ ID NO 533, SEQ ID NO 534, SEQ ID NO 535, SEQ ID NO 536, SEQ ID NO :537, SEQ ID NO :538，SEQ ID NO :539，SEQ ID NO :567，SEQ ID NO :568，SEQ ID NO 632，SEQ ID NO :633，SEQ ID NO :700，SEQ ID NO :701，SEQ ID NO :702，SEQ ID NO :703， SEQ ID NO :704的氨基酸序列的分离的蛋白，或其具有针对金黄色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性的片段、变体或衍生物；还包含有效抵抗金黄色葡萄球菌之外的细菌的一种或多种噬菌体或其它蛋白。
28.权利要求21的药物组合物，其包含具有SEQID NOS :761-816的氨基酸序列的分离的蛋白，或其具有针对鲍氏不动杆菌的抗菌或抗微生物活性的片段、变体或衍生物；还包含有效抵抗鲍氏不动杆菌的一种或多种噬菌体或其它蛋白。
29.权利要求21的药物组合物，其包含具有SEQID NOS :761-816的氨基酸序列的分离的蛋白，或其具有针对鲍氏不动杆菌的抗菌或抗微生物活性的片段、变体或衍生物；还包含有效抵抗鲍氏不动杆菌之外的细菌的一种或多种噬菌体或其它蛋白。
30.分离的核酸，其包含编码权利要求11或17的蛋白的核苷酸序列。
31.治疗或预防有此需要的受试者中的细菌感染的方法，包括向所述受试者施用治疗量的权利要求2或21的药物组合物。
32.权利要求31的方法，其中所述细菌感染是由鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、 铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌中的一种或多种引起的感染。
33.权利要求31的方法，其中所述细菌感染是由鲍氏不动杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、 铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌之外的细菌引起的感染。
34.权利要求31的方法，其中所述感染是医院感染。
35.权利要求31的方法，其中所述组合物被表面地施用。
36.权利要求31的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
37.权利要求36的方法，其中所述哺乳动物是人。
38.权利要求31的方法，其中所治疗的感染是皮肤的感染。
39.权利要求38的方法，其中所述皮肤的感染是与糖尿病性足溃疡相关的感染。
40.用于诊断细菌感染的诱因剂的方法，包括 (i)培养来自患者的组织样品；( )将步骤(i)的培养物与权利要求1、11或17的噬菌体或蛋白接触； (iii)就培养物裂解或生长的证据进行监测，其中培养物裂解的证据指示该培养物包含已知对于步骤(ii)中所使用的噬菌体或多肽敏感的细菌的种或菌株。
41.权利要求40的方法，其中所述组织样品是收集自所述患者的血液、流体、组织活检、或拭子样品。
42.用于减少或抑制细菌在表面上的定殖或生长的方法，包括使所述表面与权利要求 1、11或17的噬菌体或多肽接触。
43.权利要求42的方法，其中所述表面是哺乳动物的皮肤或粘膜。
44.权利要求43的方法，其中所述哺乳动物是人。
45.权利要求42的方法，其中所述表面是医院器械或医院设备的表面。
46.权利要求45的方法，其中所述器械或设备是手术器械或手术设备。
全文摘要
本发明涉及用于治疗和控制细菌感染的噬菌体治疗的领域。具体地，本发明涉及新的噬菌体F1245/05，F168/08，F170/08，F770/05，F197/08，F86/06，F87s/06和F91a/06，它们的分离的多肽，包含一种或多种所述新的噬菌体和/或分离的多肽的组合物，以及用于治疗和预防细菌感染的方法，所述方法是单独的或与其它抗菌治疗(例如抗生素或其它噬菌体治疗)相组合。
文档编号C12N9/14GK102348460SQ201080011689
公开日2012年2月8日 申请日期2010年2月5日 优先权日2009年2月6日
发明者C·I·罗德里格斯莱安德罗, C·J·索萨德圣若泽, F·M·罗德里格斯帕尔达尔迪亚斯安图内斯马萨尔达席尔瓦, M·A·达科斯塔加西亚, S·费雷拉略伦斯格兰舒洛伦索 申请人:抗菌技术,生物技术研究与发展股份有限公司, 药物技术业制药技术股份有限公司