Egfr基因检测探针及其制备方法和试剂盒的制作方法_2

文档序号:9722793阅读:来源:国知局
039]
[0043] (2)GSPEGFR基因检测探针制备:使用Qiagen公司的Plasmid Maxi Kit,按照说明 书要求的操作方法对不同BAC克隆分别进行超低拷贝质粒DNA提取,通过测定260nm和280nm 处的吸光度对质粒DNA定量;采用高压灭菌的超纯水稀释为200ng/ul,采用1.5ml的离心管 分装,最后将分别得到的3种或4种质粒DNA混合,-20°C密封保存。
[0044] (3)通过切口平移方法对质粒DNA混合物进行荧光标记,每种探针标记的荧光素为 Spectrum-Orange。采用abbott的Nick Translation Kit,按如下方案,严格避光条件下在 冰上配制PCR反应体系。
[0045]
[0046] 配完后震荡混匀,在16°C标记12小时,再80°C孵育10分钟灭活酶。取5ul使用2%琼 脂糖凝胶做电泳,要求在50bp~500bp之间存在弥散的带。
[0047]对标记产物进行乙醇沉淀和浓缩,按如下方案在1.5ml离心管中依次加入醋酸钠 和无水乙醇,避光、冰上配制:
[0048] 标记产物 45ul
[0049] 醋酸钠(3mol/L) 5ul
[0050] 无水乙醇 125ul
[0051 ] 混匀后置于_70°C冰箱中至少2小时,4°C13000rpm离心30分钟,小心去上清,勿搅 动沉淀,加入lml的70%乙醇,4°C13000转/分钟离心15分钟,小心去上清,勿搅动沉淀,避光 干燥。使用1 u 1纯化水溶解沉淀,获得GSP EGFR基因探针,避光、-20°C储存。
[0052] (4)GSP EGFR基因探针验证:分别使用两组探针,使用人类正常分裂中期淋巴细胞 滴片进行待测样本进行两组探针验证(检测方法参考实施例3)。包含中期或间期染色体 DNA,荧光原位杂交时,染色体DNA表现为形态上可识别的染色体或是细胞核。两组探针的结 果相同,如图2所示:中期染色体的FISH杂交结果图。图中可以看见染色体7pll位置显示红 色荧光信号,内控探针CSP7(7号染色体鉴别探针,可以标记出7号染色体,购自KREATECH-KBI20007)显示绿色荧光。
[0053]实施例2 :EGFR基因检测试剂盒制备方法
[0054] EGFR基因检测试剂盒包括有EGFR杂交液和DAPI复染剂两个组分,其中EGFR杂交液 包含实施例1所述的GSP EGFR基因探针(分别为两组检测探针,对应两种试剂盒)、CSP7探针 (7号染色体鉴定探针)、用于杂交环境(促进杂交)的缓冲液组分、封闭重复序列的COT Human DNA等。DAPI复染剂主要用于杂交后的细胞复染,其中的DAPI会与DNA结合,使得细胞 核显示出蓝色荧光,含有对苯二胺的复染剂可以保持荧光的稳定。
[0055] 具体配方如下:
[0056] (1)杂交液配制
[0057]
[0058] (2)DAPI复染剂配制
[0059] 10mg的对苯二胺溶于lml的PBS中,调节pH为9.0,加入9ml甘油,反复震荡混匀,-20 °C储存。取2.5μ1的DAPI溶液(0. lmg/ml)溶于lml抗褪色液中,避光条件下反复震荡混匀,-20°C避光密闭保存。
[0060] (3)成品组装
[0061]
[0062]实施例3 :EGFR基因检测试剂盒的检测方法 [0063] 1、玻片预处理
[0064] 1.1玻片放入65±5°C恒温箱中烤片过夜;
[0065] 1.2取出玻片,将其放入二甲苯中室温脱蜡15分钟;
[0066] 1.3取出玻片,再将其放入另一缸二甲苯中室温继续脱蜡15分钟;
[0067] 1.4取出玻片,再将其放入无水乙醇中室温10分钟,去除残留二甲苯;
[0068] 1.5取出玻片,再将其放入100%、90%、70%梯度乙醇室温复水各3分钟;
[0069] 1.6取出玻片,再将其放入纯化水中室温洗涤3分钟,用无绒纸巾吸取多余水分;
[0070] 1.7取出玻片,再将其放入纯化水中100±5°C煮片25分钟(切片水平放置于容器 中,样本面朝上);
[0071] 1.8取出玻片,室温晾干;
[0072] 1.9将玻片正面朝上放在架子上,在样本区域滴加适量的胃蛋白酶反应液,消化5 ~15分钟;
[0073] 1.10将多余液体甩去,将其放入室温2 X SSC中5分钟;
[0074] 1.11取出玻片,再将其放入另一缸室温2 X SSC中5分钟;
[0075] 1.12取出玻片,再将其依次放入室温70%,90%,100%梯度乙醇脱水各3分钟;
[0076] 1.13取出玻片,室温晾干。
[0077]胃蛋白酶的反应时间需要通过预试验进行确定。可以使用同批制备的样本片按所 述方法进行预试验,通常以5分钟为间隔时间。例如,分别测试消化时间为5分钟、10分钟和 15分钟,完成"玻片预处理"后,可以在明场下,使用10X或20X物镜观察组织消化状态;或 者直接进行DAP I复染,进行消化状态判断。
[0078] 2、样品和探针同时变性(避光操作)
[0079] 2.12.1从_20±5°C冰箱中取出实施例2所述检测试剂盒中的杂交液,震荡混匀,瞬 时离心;
[0080] 2.22.2加 ?ομL的杂交液到杂交区域,迅速盖上18 X 18mm盖玻片,轻压使杂交液均 勾分布,避免产生气泡;
[0081 ] 2.32.3用橡皮胶沿盖玻片边缘封片,完全覆盖盖玻片和载玻片接触的部位;
[0082] 2.42.4将玻片放入杂交仪中,湿润原位杂交仪湿度条,插入湿条,盖上杂交仪上 盖,设置"Denat&Hyb"程序,变性85°C5分钟,杂交37°C 10~18小时。(若无杂交仪,可使用替 代仪器,如恒温热台进行变性,电热烘箱/或水浴锅进行杂交,需注意温度准确及保持杂交 湿度)。
[0083] 3、杂交后洗涤及复染(避光操作)
[0084] 3.1洗涤前30分钟,将配制好的洗液I,洗液II,放入37± 1°C的水浴中,测量以确保 温度合适;
[0085] 3.2关闭杂交仪电源,将玻片取出,轻轻撕去橡皮胶,移去盖玻片(若盖玻片难以去 除,可以将其放入洗液I中微微摇晃,以利于其脱落;
[0086] 3 · 3玻片放入37 ± 1°C洗液I (2 X SSC)中10分钟;
[0087] 3 · 4取出玻片,再将其放入37 ± 1°C洗液II (0 · 1 % NP-40/2 X SSC)中5分钟;
[0088] 3.5取出玻片,室温70%乙醇中3分钟;
[0089] 3.6取出玻片,暗处自然干燥玻片;
[0090] 3.7室温,滴加 ?ομL DAPI复染剂到22 X 22mm的盖玻片,载玻片目标区域朝下,轻放 于盖玻片上,轻压,避免产生气泡,在暗处存放,待观察。
[0091] 上述所列举试剂均在圆形染色缸中配制(每种试剂体积均为40ml),每个染色缸最 多可放入5片切片。非室温溶液,在操作开始前需提前预热反应试剂至指定温度。在洗涤过 程中,可间隔2~3分钟轻轻晃动染色缸,提高洗涤效果。
[0092] 4、结果分析
[0093] 相关荧光和DAPI需用合适的滤块观察。其中,CSP7探针显示绿色信号;GSPEGFR探 针为红色信号。
[0094] 4.1使用合适的滤镜,在40 X物镜下寻找,在100 X物镜下计数;
[0095] 4.2调整合适的焦距,对信号和背景有明确的概念;信号点因位于细胞内;当细胞 外存在荧光信号点时,要注意与细胞内信号点区分,最好能避开该区域进行计数;
[0096] 4.3扫视几个肿瘤细胞区域,选择至少4个有很好核分界的区域,要求细胞核边界 完整,DAPI染色均匀、核无重叠,CSP7探针(绿色信号点)信号清晰;
[0097] 4.4从选择区域的左上角开始分析,从左到右扫视,观察多个视野;
[0098] 4.5组织计数的要求:
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