Cox1基因作为猪妊娠期长短性状的遗传标记的制作方法
【专利摘要】本发明属于分子标记制备【技术领域】，具体涉及一种与猪妊娠期长短性状相关的SNP遗传标记的制备与关联分析。从猪COX1基因中克隆获得一种作为遗传标记应用的猪妊娠期长短性状相关的基因片段，其核苷酸序列如图4所示，在图4所示序列的452bp处有一个等位基因突变（碱基替换），该突变导致Bg?II-RFLP多态性。本发明还公开了制备猪妊娠期长短性状遗传标记的方法及其在猪妊娠期长短性状多态性检测中的应用。本发明的标记可应用于猪的标记辅助选择上。
【专利说明】C0X1基因作为猪妊娠期长短性状的遗传标记
【技术领域】
[0001]本发明属于猪相关遗传标记(分子标记)制备【技术领域】，具体涉及一种与猪妊娠期长短性状相关遗传标记。
【背景技术】
[0002]繁殖性状是猪的重要经济性状之一，是我国地方猪优良品种最具特色和国际竞争力的经济性状。提高猪繁殖率可降低养猪生产成本，提高生产经济效益，促进我国养猪业持续发展。
[0003]妊娠期是指从配种受孕至分娩这段时间，是母猪的一个重要繁殖性状，与其它繁殖性状特别是初生重、产仔数关系密切。母猪的妊娠期为108~120天，平均114天，不同个体间差异较大。一般来说，青年母猪的妊娠期比经产母猪短；产仔数少的比产仔数多的妊娠期长。妊娠期短，则可以缩短母猪的繁殖周期，提高其生产能力。列为国家级重点保护目录的清平猪妊娠期短，平均为111.43±0.07天，初产母猪110.69天，经产母猪为111.06-111.51天，与一般猪种妊娠期总体均值的差异极显著。
[0004]对猪妊娠期的研究主要涉及其影响因素、与其它繁殖性状的关系、QTL定位等方面，相关遗传分子基础报道较少。母猪妊娠期的长短主要受品种遗传的影响，中等遗传力(0.47)，与总产仔数、活产仔数等存在一定程度的相关。如能筛选到一种早期的遗传分子标记，应用后则能在提高产仔数的同时亦能缩短妊娠期，提高经济效益。Wilkie等(1999)利用梅山猪X大约克夏猪资源家系，采用119个微卫星标记对18条常染色体进行基因组扫描，发现9号染色体上1 35cM处存在控制猪妊娠期的QTL，位于微卫星标记SW174和SW1651之间，并估计该QTL加性效应为1.52±0.44d，显性效应为-2.34±0.75d，均达到了极显著水平；同时发现在15号染色体和I号染色体上也分别存在控制妊娠期的QTL，分别位于96和166cM处，并估计加性效应分别为1.86±0.54d和1.18±0.55d(Wilkie etal.A genomic scan of porcine reproductive traits reveals possible quantitativetrait loci (QTLs) for number of corpora lutea.Mamm Genome，1999，10 (6):573-578.)。动物分娩意味着妊娠的终止，分娩的启动直接决定妊娠期的长短，而分娩的启动受多种因素的影响，内分泌激素(如前列腺素、促肾上腺皮质激素释放激素)起关键作用。在前列腺素(prostaglandin, PG)的合成过程中，环氧合酶(cyclooxygenase,C0X)发挥着关键的作用。COX又称前列腺素H合成酶(prostaglandin H synthase,PGHS)或前列腺素内过氧化物合成酶(prostaglandin endoperoxidesynthase, PTGS)，介导由花生四烯酸(arachidonicacid, AA)合成PG的起始步骤(Crofford L.C0X-1and C0X—2 tissue expression:1mplications and predictions.The Journal ofrheumatology, 1997, 49:15-19)。COX通过催化合成PG影响卵泡发育、排卵、胚胎着床、子宫内膜蜕膜化、黄体形成、退化以及分娩等雌性哺乳动物生殖的多个环节。
[0005]综合考虑基因定位彳目息和该基因所表达蛋白在机体内的生理生化功能，COXl基因成为我们的候选基因。COXl是一种组成型酶，人的COXl基因位于染色体9q32-q33.3上，由11个外显子和10个内含子组成，其mRNA转录产物为2.7kb。具有一段26个氨基酸长的信号肤，剪切后的COXl具有576个氨基酸残基，分子量约为65500D。小鼠、人和绵羊的COXl氨基酸序列相似性为90%，最大差异在于信号肤和紧接C末端内质网停靠信号的12个氨基酸残基。猪的COXl基因也由11个外显子和10个内含子组成。COXl在大多数组织中微量恒定表达，产生具有生理作用的前列腺素，参与维持机体正常的生理功能，如保护胃粘膜，维持肾脏血流等(Jarving, et al.0n the evolutionary originof cyclooxygenase(COX)isozymes: characterization of marine invertebrate COXgenes points to independent duplication events in vertebrate and invertebratelineages.2004, J Biol Chem, 279(14):13624-13633)。
【发明内容】
[0006]本发明的目的在于获得一个与猪妊娠期长短性状相关的遗传标记，通过克隆猪COXl基因的特异DNA片段，并经关联分析，得到一个用于猪妊娠期长短性状检测的遗传标记，该标记属于一种新的标记，可以应用于猪的标记辅助选择的关联分析中。
[0007]本发明通过下列技术方案实现:
[0008] 申请人:通过筛选，得到一个用于检测猪妊娠期长短性状的遗传标记，该标记的核苷酸序列如下所示:
[0009]
【权利要求】
1.一个与猪妊娠期长短性状相关的遗传标记，其核苷酸序列如下所示:
2.一种扩增如权利要求1所述的遗传标记的引物对，其DNA序列如下所示: 正向引物:GTGCCAGCACCAGGGTAT， 反向引物:ATGCGTCAGCAGGAAGTG。
3.一种制备与猪妊娠期长短性状性状相关的遗传标记的方法，其特征在于下列步骤: 从猪血液中提取基因组DNA，根据猪COXl基因序列设计引物对，该引物对的DNA序列如序列表SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示，用SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的引物对在猪基因组DNA中进行PCR扩增，PCR产物纯化、克隆测序，获得如权利要求1所示的核苷酸序列。
4.权利要求1所述的遗传标记在猪妊娠期长短性状检测中的应用。
5.权利要求2所述的引物对在猪妊娠期长短性状检测中的应用。
【文档编号】C12N15/11GK103789310SQ201410052408
【公开日】2014年5月14日 申请日期:2014年2月15日 优先权日:2014年2月15日
【发明者】柴进, 蒋思文, 彭建, 刘高雯, 郑嵘, 彭永东, 王丹 申请人:华中农业大学